청구법인이 경정이 있을 것을 미리 알고 수정신고 한 것으로 볼 수 있는지 여부

심판청구를 기각합니다.

• 가. 청구법인은○○○○○

○○구 ○○ 동 ○○○-○번지(이하 “쟁점사 업장”이라 한다) 에서 건설․ 전문공사업을 영위하는 사업자로서 2003년 2기에 ○○종합상사 최○○(이하 “○○○○”라 한다)로부터 공급가액 150,000천원(이하 “쟁점매입액”이라 한다)의 매입세금계산서 3매(이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 수취하고, 매입세액 공제 및 손금산입하여 부가가치세 및 법인세를 신고납부하였다가 2005.5.17.공급대가 165백만원(이하 “쟁점금액”이라 한다)을 대표자로부터 회수하고 익금산입한 후, 유보로 소득처분하여 2005.5.31. 2003사업연도 법인세 과세표준 및 세액을 수정신고하였다.

• 나. ○○지방국세청장은 처분청에 대한 종합감사에서 처분청이 청구법인의 수정신 고 전인 2005.4.6.자로 청구법인에게 과세자료 해명 안내문을 발송하였으므로 청구 법인이 처분청의 경정이 있을 것을 미리 알고 수정신고한 것으로 보고, 쟁점금액을 대표자 상여로 소득처분하는 것이 타당하다고 보아 처분청에 시정지시하였다.
• 다. 처분청은 2006.12.8. 쟁점금액을 대표자 상여로 소득처분하여 청구법인에게 소득금액변동통지하였다가, 청구법인이 갑종근로소득세를 원천징수하여 납부하지 아니하자, 법인세법 제71조 제3항 의 규정에 의거 2007.9.10. 청구법인에게 2003년 귀속 원천분 갑종근로소득세 50,293,020원을 경정고지하였다.
• 라. 청구법인은 이에 불복하여 2007.12.7. 심판청구를 제기하였

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 쟁점세금계산서와 관련하여 처분청으로부터 세무조사 통지를 받은 사실이 없으며 세무조사 통지를 받기 이전에 사외유출된 금액을 회수하고 당시 시행되던 법령에 따라 익금산입하여 적법하게 수정신고 하였음에도 처분청이 2005.2.19. 개정되고 2005.1.1. 이후 개시되는 사업연도분부터 적용되는 개정 후 법인세법시행령 제106조 제4항의 단서규정을 잘못 해석하여 과세하였는 바, 청구법인과 같이 세무조사 통지를 받기 전에 가공경비를 회수하고, 세무조정으로 익금산입하여 수정신고한 경우에는 위 개정규정을 적용할 수 없다. 따라서 세무조사 통지를 받은 사실이 없이 적법하게 수정신고한 청구법인의 회수 금액에 대하여는 상여처분할 수 없는 것이며, 과세자료의 현지확인이나 과세자료 소명안내 통지 등은 세무조사의 통지에 해당하지 아니하므로 처분청이 쟁점금액을 상여처분하여 이 건 과세한 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 처분청은 2005.4.6.자로 과세자료 해명안내문을 발송하였고 청구법인은 동 안내문을 수령한 후, 2005.5.31. 가공매입에 대한 수정신고 를 하였으며, 이에 대해 법인세법시행령 제106조 제4항 (2005.2.19. 개정 규정)에서 상여로 처분하도록 규정하고 있으며, 위 개정규정 부칙 제7조에서 위 개정령 시행 후 최초 수정신고분부터 적용토록 규정하고 있는 바, 2003사업연도분으로 위 개정 규정 시행일(2005.2.9.) 이후 수정신고분에 대해 상여처분하여 과세한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 2003사업연도 가공매입액을 처분청의 소명자료 발송일 이후인 2005사업연도에 대표자로부터 회수하고 익금산입․유보처분하여 신고납부하였으나, 경정이 있을 것을 미리 알고 수정신고한 것으로 보아 대표자 상여로 소득처분하여 과세한 처분의 당부
• 나. 관련법령

○ 법인세법시행령 제106조 【소득처분】

① 법 제67조의 규정에 의하여 익금에 산입한 금액은 다음 각호의 규정에 의하여 처분한다. 비영리내국법인과 비영리외국법인에 대하여도 또한 같다.

1. 익금에 산입한 금액이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음 각목에 의하여 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타 사외유출로 할 것. 다만, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자에게 귀속된 것으로 본다.

• 가. 귀속자가 주주 등(임원 또는 사용인인 주주 등을 제외한다)인 경우에는 그 귀속 자에 대한 배당
• 나. 귀속자가 임원 또는 사용인인 경우에는 그 귀속자에 대한 상여

④ 내국법인이 국세기본법 제45조 의 수정신고기한내에 매출누락, 가공경비 등 부당하게 사외유출된 금액을 회수하고 세무조정으로 익금에 산입하여 신고하는 경 우의 소득처분은 사내유보로 한다. 다만，세무조사의 통지를 받거나 세무조사에 착 수된 것을 알게 된 경우 등 경정이 있을 것을 미리 알고 사외유출된 금액을 익금산 입하는 경우에는 그러하지 아니하다.(2005.2.19. 신설, 2005.2.19. 이후 수정신고하 는 분부터 적용)

○ 국세기본법 제45조 【수정신고】

① 과세표준신고서를 법정신고기한내에 제출한 자는 다음 각호의 1에 해당하는 때에는 관할세무서장이 각 세법의 규정에 의하여 당해 국세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하여 통지를 하기 전까지 과세표준수정신고서를 제출할 수 있다. (1994. 12. 22 개정)

3. 제1호 및 제2호외에 세무조정 과정에서의 누락 등 대통령령이 정하는 사유로 인 하여 불완전한 신고를 한 때(제45조의 2의 규정에 의하여 경정등의 청구를 할 수 있는 경우를 제외한다) (2000. 12. 29 신설)

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청은 2005.4.6. 청구법인에게 쟁점금액과 관련한 과세자료 해명안내문을 발송하였으며, 청구법인은 사외유출된 금액을 회수하고 2005.5.31. 처분청에 수정신고한 사실이 처분청의 전산자료 등에 의해 확인된다.

(2) 처분청은 청구법인이 법인세의 경정이 있을 것을 미리 알고 수정신고한 것으로 보아 청구법인에게 소득금액변동통지하였고 이에 대해 청구법인은 처분청으로부터 세무조사 통지를 받은 사실이 없으며 세무조사 통지를 받기 이전에 사외유출된 금 액을 회수하고 익금산입하여 적법하게 수정신고 하였음에도 처분청이 2005.2.19. 개정되고 2005.1.1. 이후 개시되는 사업연도분부터 적용되는 개정 후 법인세법시행 령 제106조 제4항 단서규정을 적용하여 과세하는 것은 부당하다고 주장한다. (3) 법인세법시행령 제106조 제4항 에서 국세기본법 제45조 규정에 의한 수정신고 기한내에 매출누락 등 부당하게 사외유출된 금액을 회수하고 세무조정으로 익금에 산입하여 신고하는 경우의 소득처분은 사내유보로 처분하나, 다만 세무조사의 통지 를 받거나 세무조사에 착수된 것을 알게 된 경우 등 경정이 있을 것을 미리 알고 사외유출된 금액을 익금산입하는 경우에는 그러하지 아니하다고 규정하고 있는 바, 청구법인이 2005.5.31. 한 수정신고는 처분청의 2005.4.6. 과세자료 해명안내문을 받고 한 것으로 이는 경정이 있을 것을 미리 안 경우에 해당한다고 할 것이므로 청 구법인이 과세자료 해명안내문을 받은 후에 수정신고한데 대하여 처분청이 쟁점금 액을 청구법인의 대표자에 대한 상여로 소득처분하여 소득금액변동통지한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

(4) 한편, 청구법인은 세무조사 통지를 받기 전에 2003년도에 부당하게 지출된 가 공경비를 회수하고 세무조정으로 신고한 경우, 2005.2.19. 개정된 당해 규정을 적 용할 수 없다고 주장하나, 법인세법시행령 제106조 규정에서, 세무조사의 통지를 받거나 세무조사에 착수된 것을 알게 된 경우 등 경정이 있을 것을 미리 알고 사외 유출된 금액을 익금산입하는 경우에는 상여처분에서 제외할 수 없는 것으로 규정하 고 있고 같은 법 시행령 부칙 제7조에서 위 개정규정은 이 영 시행 후 수정신고하 는 분부터 적용한다고 규정하고 있다. 이에 대해 청구법인은 개정규정의 시행시기 와 관련하여 개정 법령의 부칙 제1조 및 제2조에 의해 2005.1.1. 개시하는 사업연 도분으로, 개정 규정 공포일 이후 수정신고하는 분부터 적용해야 한다고 주장하나, 위 부칙 제1조 및 제2조의 규정은 일반적인 규정이고, 제7조는 특별규정으로서 청 구법인의 경우와 같이 2003사업연도분으로 2005.1.1. 개시하는 사업연도에 수정신 고하는 경우에 대하여는 특별규정인 제7조 규정에 의한 개정규정이 적용된다 하겠 다. 따라서 처분청이 2005.1.1. 이후 수정신고한 이 건에 대하여 소득처분을 상여로 보 아 과세한 처분은 잘못이 없다 하겠다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.