일괄양도 부동산을 감정가액을 기준으로 부가가치세를 부과할 수 있는지 여부

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구인은 2004.2.10.부터 ○○○(이하 “사업장”이라 한다)에서 자동차부품 제조업체인 ○○○를 운영하다가 2007.1.30. 폐업한 사업자로서, 2006.9.25. ○○○에게 위 사업장 외 1필지 토지 6,310㎡ 및 그 부속건물 1,192.9㎡(이하 “쟁점부동산”이라 한다)과 사업장의 기계장치(이하 “쟁점기계장치”라 한다)를 일괄양도한 후 건물분 공급가액은 1억5천만원, 쟁점기계장치는 공급가액이 없는 것으로 하여 2006년 제2기 부가가치세를 신고하였다.
• 나. 처분청은 쟁점부동산 및 쟁점기계장치의 공급가액이 불분명한 것으로 보아 부가가치세법 시행령제48조의2를 적용하여, 일괄양도가액을 15억원으로 하고, 건물 및 기계장치의 양도가액을 ○○○의 감정평가가액으로 안분계산(건물분 공급가액 269,753,948원, 기계장치분 공급가액 230,900,438원)하여 2008.8.8. 청구인에게 2006년 제2기 부가가치세 47,906,400원을 경정․고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2008.9.18. 이의신청을 거쳐 2008.12.9. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 청구인은 2006년 9월말경에 사업의 부진으로 폐업하고 공장건물과 공장부지를 10억5천만원(건물분 부가가치세 별도)에 함께 양도하면서 당사자간 합의하에 건물분은 1억5천만원(부가가치세 별도)으로 계약하고, 그 대금을 지급받은 것에 대하여 세금계산서를 교부하여 부가가치세를 신고하였으며, 쟁점기계장치는 폐기하였다가 고철로 처분하여 청소비 및 보관료에 충당하였으며, 청구인이 ○○○(주) 명의와 대표이사 명의로 입금받은 금액은 1,088,378,000원이며, 이 금액 중 매매대금 10억5천만원과 건물분 부가가치세 1,500만원을 초과하는 23,378,000원은 당시 청구인이 대납했던 등록비 등 공과금 납부액과 일부 폐기처분한 기계의 고철값으로 받았던 것으로 기억하고, 청구인은 특수관계 없는 자에게 쟁점부동산을 양도하고 건물분 공급가액 또한 당시의 여러 가지 사정을 감안하여 당사자간에 합의한 가액으로서 실제 양도자인 청구인은 양수자로부터 받은 부가가치세를 납부하면 되는 것이고, 양수인은 이를 다시 환급받을 수 있기 때문에 건물분 공급가액을 특별히 높거나 낮게 책정할 이유가 없으며, 양수인이 은행으로부터 매매대금을 대출받는 과정에서 매매가액이 실제보다 과다하게 기재된 매매계약서를 은행에 제출한 것인데도 처분청이 이에 대한 사실확인 없이 과세한 이 건 당초처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 청구인은 쟁점부동산을 10억5천만원에 매매하였다고 하면서 매매계약서 사본을 제시하였으나, ○○○은행으로부터 제출받은 부동산 감정평가서상 평가가액은 1,468,318,800원인 바, 이는 처분청에서 확인한 매매계약서상 매매대금(15억원)과 거의 일치하고 있으며, 청구인이 계좌이체받은 금액 1,088,378,000원 및 계약금 수령액 2천만원으로도 청구인이 주장하는 매매대금을 초과하므로 청구인이 심판청구시 제출한 계약서는 신빙성이 없으며, 처분청이 확인한 매매계약서상에 총 매매금액 15억원 중 건물 및 기계장치에 대한 공급가액이 별도로 구분되어 있지 아니한 바, 부가가치세법 시행령제48조의2 제4항 제1호의 규정에 따라 감정평가가액에 의거 안분하여 건물 및 기계장치분 공급가액을 재계산하여 과소신고된 과세표준350,654,386원에 대하여 부가가치세를 경정․고지한 당초처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 청구인이 일괄양도한 쟁점부동산 및 쟁점기계장치의 공급가액이 불분명한 것으로 보아 감정평가가액을 기준으로 안분계산하여 부가가치세를 과세한 처분의 당부
• 나. 관련법령

(1) 부가가치세법(2007.12.31. 법률 제8826호로 개정되기 전의 것)

○ 부가가치세법 제13조 【과세표준】

① 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 다음 각호의 가액의 합계액(이하 “공급가액”이라 한다)으로 한다. 다만, 부가가치세는 포함하지 아니한다.

1. 금전으로 대가를 받는 경우에는 그 대가

2. (생략)

3. 재화의 공급에 대하여 부당하게 낮은 대가를 받거나 대가를 받지 아니하는 경우에는 자기가 공급한 재화의 시가

⑤ 제1항 내지 제4항 이외에 과세표준의 계산에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (2) 부가가치세법 시행령(2007.2.28. 대통령령 제19892호로 개정되기 전의 것)

○ 부가가치세법시행령 제48조의2 【과세표준의 안분계산】

④ 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 및 그밖의 구축물 등(이하 이 조에서 "건물 등" 이라 한다)을 함께 공급하는 경우에 그 건물 등의 공급가액은 실지거래가액에 의한다. 다만, 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우에는 다음 각호에 정하는 바에 의한다.

1. 토지와 건물 등에 대한소득세법제99조의 규정에 의한 기준시가(이하 이 조에서 “기준시가”라 한다)가 모두 있는 경우에는 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분계산한다. 다만, 감정평가가액[제21조에 규정된 공급시기(중간지급조건부 또는 장기할부판매의 경우는 최초 공급시기)가 속하는 과세기간의 직전 과세기간 개시일부터 공급시기가 속하는 과세기간의 종료일까지부동산가격공시 및 감정평가에 관한 법률에 따른 감정평가법인이 평가한 감정평가가액을 말한다. 이하 이 항에서 같다]이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분계산한다.

2. 토지와 건물 등 중 어느 하나 또는 모두의 기준시가가 없는 경우로서 감정평가가액이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분계산한다. 다만, 감정평가가액이 없는 경우에는 장부가액(장부가액이 없는 경우에는 취득가액)에 비례하여 안분계산한 후 기준시가가 있는 자산에 대하여는 그 합계액을 다시 기준시가에 의하여 안분계산한다.

3. 제1호 및 제2호의 규정을 적용할 수 없거나 적용하기 곤란한 경우에는 국세청장이 정하는 바 에 따라 안분계산한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청의 과세자료 처리복명서(2008년 6월)에 의하면, 처분청은 청구인에게 두 차례에 걸쳐 자료소명요청서를 발송하였으나, 소명자료 를 제출하지 아니하였고, 쟁점부동산(공장용지, 공장건물)과 쟁점기계장치 일체를 ○○○(주)에 자산별 구분없이 총액 15억원에 양도하는 계약서를 작성하였으나, 세금계산서는 건물분 공급가액을 1억5천만원으로 하여 교부한 것으로 확인하였으며, 쟁점부동산 및 쟁점기계장치의 공급가액이 불분명한 것에 대하여 부가가치세 과세표준을 안분계산함에 있어서는 ○○○이 ○○○의 평가의뢰를 받아 쟁점부동산(토지․건물) 및 쟁점기계장치에 대하여 평가한 공업용부동산평가표를 근거로 하였고, 안분계산된 공급가액은 건물분이 269,753,948원, 쟁점기계장치분이 230,900,438원인 바, 과소신고된 과세표준은 공급가액 350,654,386 원인 것으로 확인하였다.

(2) ○○○으로부터 의뢰를 받아 쟁점부동산 및 쟁점기계장치에 대하여 평가한 공업용부동산 평가표(2006. 9.18.)에 의하면, 평가가액은 1,468,318,800원, 이 중 토지분은 929,250,000원, 건물분은 290,442,800원, 쟁점기계장치분은 248,626,000원인 것으로 나타난다.

(3) 청구인이 실제 계약서라고 주장하는 부동산 매매계약서(2006.9. 21.)상에는 매매대금이 10억5천만원(부가가치세 별도), 계약금이 2천만원 (2006.9.21. 계약당일 지급), 잔금 10억3천만원(2006.9.29. 지급예정)으로 되어 있으나, 토지, 건물 및 기계장치의 가액이 구분되어 있지 아니하고, 처분청이 확인한 부동산 매매계약서(2006.9.21.)상에는 매매대금이 15억원, 계약금이 2천만원(2006.9.21. 계약당일 지급), 잔금이 14억8천만원으로 되어 있으나, 토지, 건물 및 기계장치의 가액은 구분되어 있지 아니하고, 인수비품목록에는 사출성형기 5대 등 쟁점기계장치의 목록이 기재되어 있으며 동 기재목록 외에 공장 및 사무실에서 사용되는 모든 비품, 공구일체가 인수비품에 포함되는 것으로 기재되어 있다.

(4) 청구인은 쟁점부동산 및 쟁점기계장치를 10억5천만원(부가가치세 별도)에 양도한 것이 사실이라고 주장하면서, 청구인의 ○○○은행 계좌의 통장사본 등을 증빙으로 제출한 바, 이에 대하여 본다. (가) 청구인은 쟁점부동산 등의 매매대금으로 총 1,088,378,000원을 입금받았다고 주장하는 바, 2006.9.27. ○○○(주)를 입금자로 하여 999,850,000원을 ○○○로, 2006.10.2. 35,000,000 원을 다른 ○○○로, ○○○을 입금자로 하여 2006.10.10. 53,528,000원을 ○○○에 입금된 것으로 나타난다. 다만, 부동산매매계약서에는 계약금 2천만원을 계약당일인 2006.9.21.지급받은 것으로 되어 있는 바, 청구인이 주장하는 매매대금에서 이 금액은 누락된 것을 알 수 있다. (나) 부동산거래계약신고필증○○○에는 청구인이 제출한 매매계약서상의 거래대금이 실제 거래가액으로 기재되어 있으나, 토지 및 건물의 가액이 구분되어 있지 아니하다. (다) 2006년 제2기 부가가치세 확정신고서상의 매출처별 명세에는 ○○○(주) 1건, 공급가액은 1억5천만원(건물분)인 것으로 되어 있으며, 처분청에 확인한 결과, ○○○(주)도 이를 같은 과세기간에 매입분으로 신고한 것으로 나타난다.

(5) 살피건대, 부가가치세법 시행령제48조의2 제4항(과세표준의 안분계산)은 “사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 및 그밖의 구축물 등을 함께 공급하는 경우에 그 건물 등의 공급가액은 실지거래가액에 의한다. 다만, 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우 감정평가가액이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분계산한다.”고 규정하고 있으며, 같은 항에서의 실지거래가액이라함은 계약서상 기재된 매매금액이 실지거래가액임이 확인되고 매매계약 체결 전에 계약당사자간에 토지와 건물의 가액을 합의한 사실이 관련 증빙 등에 의하여 확인되는 것으로 정상적인 거래에 비추어 합당하다고 인정되는 경우의 가액을 말하는 것이라 할 것○○○인 바, 토지와 건물을 일괄하여 양도한 이 건의 경우, 처분청이 확인한 부동산 매매계약서 및 청구인이 제출한 부동산 매매계약서 모두에 토지, 건물 및 기계장치의 공급가액이 구분되어 있지 아니하고, 쟁점부동산 및 쟁점기계장치에 대한 감정평가가액이 존재하며, 감정평가법인이 평가한 감정평가가액과 처분청이 확인한 거래가액이 유사한 뿐만 아니라, 청구인이 쟁점부동산 등 매매대금으로 지급받았다고 주장하는 금액에 계약당일 지급받은 계약금 2천만원이 누락된 점, 청구인은 기계장치 등을 고철로 폐기하였다고 하였으나, 사출성형기 5대 등 기계장치 등의 인수비품목록이 존재하는 반면, 청구주장을 입증할 만한 객관적인 증빙은 부족한 점 등에 비추어, 처분청이 쟁점부동산 및 쟁점기계장치의 공급가액이 불분명한 것으로 보아 건물 및 기계장치의 양도가액을 ○○○의 감정평가가액을 기준으로 안분계산하여 청구인에게 이 건 부가가치세를 경정․고지한 당초 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구 주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.