청구인이 영위하는 법인을 『오수・분뇨 및 축산폐수의 처리에 관한 법률』에 의한 분뇨 등 관련 영업으로서 폐기물관리법에 의한 폐기물처리업이 아닌 것으로 보아 중소기업특별세액 감면 및 임시투자세액 공제를 배제한 처분
청구인이 영위하는 법인을 『오수・분뇨 및 축산폐수의 처리에 관한 법률』에 의한 분뇨 등 관련 영업으로서 폐기물관리법에 의한 폐기물처리업이 아닌 것으로 보아 중소기업특별세액 감면 및 임시투자세액 공제를 배제한 처분
심판청구를 기각한다.
청구인은 1962.9.11.부터 분뇨, 오니(스러지) 및 축산폐수 등의 폐기물을 육상에서 수집·운송하여 해양배출처리를 주업으로 하는 법인으로서, 2002사업연도 법인세 신고시 주업종을 중소기업특별세액 감면대상업종인 폐기물처리업으로 보아 감면세액 87,867,620원을 법인세 산출세액에서 공제하였으며, 2001사업연도 중 대한7호(이하 “쟁점선박”이라 한다)와 대성호 2척의 선박을 각각 3,290,753,652원 및 253,350,312원에 취득한 후 354,410,396원의 임시투자세액공제를 신청하고 최저한세의 적용으로 이월된 임시투자세액공제액 중 71,133,968원을 2002사업연도에 세액공제하였다. 처분청은 청구인이 영위하는 업종을 오수·분뇨 및 축산폐수의 처리에 관한 법률 제35조 의 규정에 의한 분뇨 등 관련 영업으로 보아 중소기업특별세액감면 및 임시투자세액공제 대상업종에 해당되지 아니하고 쟁점선박은 임시투자세액 공제대상이 아니라는 이유로 2002사업연도의 중소기업특별세액감면액 87,360,586원과 임시투자세액공제액 71,133,968원을 배제하여 2008.3.11. 청구인에게 2002사업연도 법인세 244,366,900원을 경정고지하였다. 또한 처분청은 동일한 이유로 2003사업연도의 중소기업특별세액 감면액 156,777,218원과 임시투자세액 공제액 177,160,127원, 2004사업연도의 중소기업특별세액 감면액 33,451,504원과 임시투자세액 공제액 31,950,203원, 2005사업연도의 중소기업특별세액 감면액 8,628,778원을 배제하여 2008.9.4. 2003사업연도 법인세 495,729,980원, 2004사업연도 법인세 89,927,340원, 2005사업연도 법인세 10,919,710원을 추가경정고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 2008.6.9. 이의신청을 거쳐 2008.10.9. 심판청구를 제기하였다.
(1) 처분청은 조세특례제한법시행령 제23조 제1항 을 보면 임시투자세액 공제대상업종으로 “폐기물처리업”이라고 규정되어 있고 같은법시행령 제23조 제1항에서 임시투자세액 공제대상 업종으로 법문언상 “폐기물처리업”이라고만 표현되어 있지 “폐기물처리법상의 폐기물처리업”으로 규정하고 있지 아니함에도 임시투자세액 공제대상업종을 “ 폐기물관리법 제26조 제4항 에 해당하는 업종”이라고 임의해석하고 있으나 “ 폐기물관리법 제26조 제4항 에 해당하는 업종”과 폐기물관리법 제3조 제2항 의 “폐기물의 해역배출에 관하여는 해양오염방지법이 정하는 바에 의한다.”는 규정은 폐기물을 육지에서 처리하는 방법과 공해 등 해상에서 처리하는 방법과 관련된 폐기물처리방법에 관한 규정에 불과하므로 이 “폐기물 해양배출업은 폐기물처리업이 아니다.”라는 뜻으로 볼 것이 아니며, 더구나 환경부장관에게 질의하여 통보받은 회신문(1997.10.14.)에 의하면 “폐기물의 해역배출을 위하여 해양오염방지법 제16조 및 제18조의 규정에 의한 폐기물 배출해역지정 및 폐기물운반선 등록은 폐기물관리법 제26조 제1항 의 규정에 의한 폐기물 최종처리업 허가대상은 아니나, 해양오염방지법에 의거 폐기물을 적정하게 처리하는 경우라면 폐기물처리법에 의한 폐기물의 최종처리로서 인정할 수 있다.”고 하였다. 오수·분뇨 및 축산폐수처리에 관한 법률 제35조 제2항에 규정된 분뇨 등의 영업은 ①분뇨수집·운반업, ②분뇨처리업, ③정화조청소업, ④축산폐수 수집·운반업 등으로 업무분야가 세분되어 있고, 청구인은 오수·분뇨 및 축산폐수처리에 관한 법률에 의한 “분뇨처리업”을 주업으로 하는 업체가 아니라, 해양오염방지법에 의한 처리허가를 득하여 선박을 이용, 해당배출 운반처리업을 전업으로 하는 업체로 폐기물관리법과 오수·분뇨 및 축산폐수처리에 관한 법률과 해양방지법 등 각 법령에서 정하는 인·허가를 받아 해역배출 폐기물처리업을 영위하고 있음에도 불구하고, 2001년 이후 5년이 지난 2006년도에 개정된 공제대상 업종에 문언상 “분뇨 등 관련영업”으로 분뇨처리업이 공제대상으로 추가되었다 하여 그 동안의 관행을 무시하고 이를 “폐기물처리법상의 폐기물처리업”으로 해석하여 적용하는 것은 자의적인 법적용으로 국세기본법 제18조 의 세법해석의 기준 및 소급과세의 금지의 규정을 위배한 처분이다.
(2) 선박이 2000년 이후부터 임시투자세액 공제대상의 사업용자산의 범위에서 제외되었다 하더라도 청구인의 보유선박 중 “대한7호”는 1999.11.10. 발주되어 2001.6.28. 건조된 선박이므로 적용법규를 달리하여야 하고 동 선박을 발주할 당시의 조세특례제한법 및 시행령, 법인세법시행규칙 등의 규정에 의하면 사업용자산으로 볼 수 있으며, 2000.1.10. 개정된 조세특례제한법시행령 부칙 제7조 및 2000.12.29. 개 정된 동 부칙 제4조의 경과규정에 의하면 1997.1.1. 이후 투자개시분 중 2000.1.1. 이후 투자가 진행 중인 것은 계속하여 세액을 공제받을 수 있는 것으로 규정되어 있고, 1999.9.30. 조세특례제한법시행규칙 개정으로 어업, 운수업 외의 업종에서 보유하는 선박이 사업용자산에서 제외되었다고 하나, 상위 법령인 위 조세특례제한법시행령 부칙 제7조(2000.1.10. 개정)에서 1997.1.1. 투자개시분은 계속하여 세액공제를 허용했을 뿐만 아니라 그 당시 선박은 법인세법시행규칙 별표2의 자산으로서 사업용자산에 해당하였고 청구인이 투자계획을 하면서 국세청에 질의하여 회신받은 예규(○○○, 1999.1.7.)를 보면 폐기물처리업종에서 보유한 선박은 사업용 자산으로 인정하고 있으며 또한 청구인이 보유한 선박은 폐기물처리의 해역배출을 하기 위한 필수적 자산으로서 이를 사업용자산에서 제외하는 것은 조리상으로 맞지 아니하다.
(3) 2002사업연도에 이월된 임시투자 세액공제의 적법 여부는 사업용 자산의 투자가 발생하여 세액공제를 실제로 신청한 2001사업연도를 대상으로 결정하여야 하므로(○○○, 2006.7.25.) 국세부과 제척기간의 만료로 인하여 2001사업연도(공제 신청년도)의 선행 경정없이 2002사업연도 이후 이월공제된 임시투자 세액공제를 배제하여 경정처분을 한 것은 원인무효인 처분에 해당된다. 과세관청의 당초 처분 후 처분사유 변경이 있는 경우 국세부과의 제척기간이 경과하였는지 여부는 당초의 처분시를 기준으로 판단하여야 한다(○○○, 2002.3.12.)
(4) 처분청은 청구인의 5개사업연도(2001년~2005년)에 대한 법인세 제1차 정기조사를 2006.2.9.부터 2006.2.28.까지 실시하였으나 중소기업특별세액감면업종(폐기물관리법에 의한 폐기물처리업 부분: 환경사업)의 해당 여부에 대해서는 별다른 지적없이 감면업종으로 인정하고, 다만 청구인이 영위하고 있는 다른 업종(자동차정비사업, 토공사업)과의 구분경리문제로 인한 감면소득의 계산상 오류부분에 대해서만 지적하고 법인세를 부과처분한데 대하여 청구인은 이의신청을 제기하였고, ○○○지방국세청장도 이의신청결정(○○○, 2006.10.27.)에서 청구인의 환경사업(폐기물처리업)이 감면업종에 해당함을 전제로 감면소득의 계산이 잘못된 부분만 시정하는 것으로 결정하였다. 처분청은 그 동안 청구인이 신청한 중소기업특별세액감면과 임시투자세액공제에 대하여 아무런 지적이나 이의 등이 없다가 2005.12.31. 및 2006.12.30. 개정된 조세특례제한법에 오수·분뇨 및 축산폐수처리에 관한 법률에 의한 분뇨 등 관련영업이 감면 및 공제업종으로 추가됨을 계기로 청구인의 영위업종이 감면·공제업종에 해당하는지를 내부적으로 조사한 결과(2007년 10월), 청구인의 주업종이 “분뇨 등 관련업종”에 해당하고 폐기물관리법에 의한 폐기물처리업에는 해당되지 않는다고 하였는 바, 이는 조세탈루 혐의를 인정할 명백한 자료나 기타 국세기본법 제81조의4 및 같은 법시행령 제63조의2에서 정한 불가피한 재조사 사유도 없이 단순히 2005.12.31. 조세특례제한법 제7조 가 개정(분뇨 등 관련영업이 감면업종으로 추가됨)된 점 등을 이유로 1차 세무조사 사업연도분을 다시 조사하여 세액감면을 배제한 후 이 건 법인세를 부과한 것은 중복조사금지원칙에 위배되므로 중소기업특별세액감면과 관련된 처분은 취소되어야 한다.
(3) 청구인이 2002사업연도분 법인세 244,366,900원의 부과처분은 원천무효라고 주장하는 근거로 본 심판례는 당초 신청하지 아니한 임시투자세액공제를 국세기본법 제45조의2 의 규정에 의하여 경정청구하는 경우에 관련된 해석으로 세액공제요건에 부합되지 않음을 이유로 이후 사업연도의 세액공제액을 경정하는 경우까지 확대하여 적용할 수 없으며, 국세기본법 제26조 의 2 제1항의 규정에 의하면 국세는 납세자가 사기 기타 부정한 행위로써 국세를 포탈하거나 환급ㆍ공제받는 경우 및 납세자가 법정신고기한내에 과세표준신고서를 제출하지 아니한 경우에 해당하지 아니하는 경우에는 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년의 기간이 만료된 날 후에는 부과할 수 없다고 규정하고 있는 바, 2001사업연도의 선행 경정이 없었다 하더라도 국세부과 제척기간이 만료되지 아니한 2002사업연도의 임시투자세액공제를 배제하여 법인세를 경정한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.
(4) 청구인의 중소기업특별세액 감면배제분 및 임시투자세액 공제배제분 법인세 841,443,930원(2002~2005사업연도)의 부과처분에 대하여 국세기본법시행령 제63조의2 의 중복조사금지 규정이 배제되는 국세기본법 제81조의4 의 제2항에 의하여 명백한 탈루혐의가 있었음에도 불구하고 2007년 세무조사를 실시한 사실이 전혀 없으며 단순히 법인세 신고내역에 대하여 서면검토로 부당한 중소기업특별세액 감면세액 및 임시투자세액 공제액을 추징하였으므로 이는 중복조사에 해당하지 아니한다.
(1) 청구인이 영위하는 업종이 중소기업특별세액감면대상 및 임시투자세액공제대상인지 여부
(2) 쟁점선박이 임시투자세액공제대상인 사업용자산에 해당하는지 여부
(3) 당초 임시투자세액공제액의 발생 과세연도가 국세부과제척기간이 경과한 경우로서 최저한세 적용으로 이월된 임시투자세액공제액이 경정대상인지 여부
(4) 처분청이 쟁점(1)·(2)·(3)과 관련한 과세처분을 위하여 2007년 10월 세무조사를 실시하였는지 여부
1. 대통령령이 정하는 수도권(이하 이 조에서 "수도권" 이라 한다)안에서 중소기업을 영위하는 내국인 중 대통령령이 정하는 소기업(이하 이 조에서 “소기업”이라 한다)과 대통령령이 정하는 지식기반산업을 영위하는 중소기업: 100분의 20(도매업, 소매업, 의료업, 자동차정비업을 영위하는 소기업은 100분의 10)
2. 수도권외의 지역에서 중소기업을 영위하는 내국인: 100분의 30(도매업，소매업, 의료업, 자동차정비업을 영위하는 중소기업은 100분의 10) (2) 조세특례제한법시행령 제2조 【중소기업의 범위】① 조세특례제한법(이하 “법”이라 한다) 제4조 제1항에서 “대통령령이 정하는 중소기업”이라 함은 제조업(소득세법시행령 제31조 의 규정에 의하여 제조업으로 보는 업종을 포함한다. 이하 같다), 광업, 건설업, 제5조 제6항의 규정에 의한 엔지니어링사업, 제5조 제8항의 규정에 의한 물류산업，운수업 중 여객운송업, 어업，도매업, 소매업, 전기통신업, 연구 및 개발업，방송업, 정보처리 및 기타 컴퓨터운영 관련업, 제54조 제1항의 규정에 의한 자동차정비공장을 운영하는 사업, 의료법에 의한 의료기관을 운영하는 사업, 폐기물관리법에 의한 폐기물처리업(동법 제44조의 2의 규정에 의하여 신고를 하고 폐기물을 재생처리하는 경우를 포함한다. 이하 "폐기물처리업" 이라 한다)，수질환경보전법에 의한 폐수처리업(이하 “폐수처리업”이라 한다), 종자 및 묘목생산업, 축산업, 과학 및 기술서비스업, 포장 및 충전업，영화산업(영화 및 비디오 제작업, 영화 및 비디오 제작관련 서비스업, 영화 배급업에 한하며, 이하 “영화산업”이라 한다), 공연산업，전문디자인업, 뉴스제공업, 관광진흥법에 의한 관광사업(카지노, 관광유흥음식점업 및 외국인전용 유흥음식점업을 제외한다) 및 노인복지법에 의한 노인복지시설을 운영하는 사업을 주된 사업으로 영위하는 기업으로서 다음 각호의 요건을 모두 갖춘 기업(이하 "중소기업" 이라 한다)을 말한다. (단서 생략) (3) 조세특례제한법 제26조 【임시투자세액공제】① 정부가 경기조절을 위하여 필요하다고 인정하는 때에는 대통령령이 정하는 투자(중고품에 의한 투자를 제외한다)를 한 금액의 100분의 10을 초과하지 아니하는 범위안에서 대통령령이 정하는 율을 곱하여 계산한 금액에 상당하는 세액을 대통령령이 정하는 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세에 한한다) 또는 법인세에서 공제한다. (4) 조세특례제한법시행령 제23조 【임시투자세액공제】① 법 제26조 제1항에서 “대통령령이 정하는 투자(중고품에 의한 투자를 제외한다)를 한 금액”이라 함은 광업, 제조업, 건설업, 도매업，소매업, 전기통신업，연구 및 개발업, 공업디자인서비스업, 포장 및 충전업, 패션디자인업, 영화제작 및 배급업，라디오방송업, 텔레비전방송업, 유선방송업, 방송프로그램제작업, 엔지니어링사업，정보처리 및 컴퓨터운용관련업, 물류산업, 관광진흥법에 의하여 등록한 관광숙박업 및 국제회의기획업, 폐기물처리업, 폐수처리업을 영위하는 내국인이 2001년 6월 30일까지 재정경제부령이 정하는 사업용자산에 해당하는 시설을 새로이 취득하기 위하여 투자하는 금액을 말한다.
② 법 제26조 제1항에서 “대통령령이 정하는 율”이라 함은 100분의 10을 말한다.
③ 법 제26조 제1항에서 "대통령령이 정하는 과세연도" 라 함은 제1항의 규정에 의한 투자가 이루어지는 각 과세연도 또는 당해 투자가 완료된 과세연도를 말한다.
④ 제1항 및 제3항의 규정을 적용함에 있어서 투자금액의 계산에 관하여는 제4조 제3항의 규정을 준용한다.
⑤ 법 제26조 제1항의 규정에 의하여 세액공제를 받고자 하는 자는 과세표준신고와 함께 재정경제부령이 정하는 세액공제신청서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.
⑥ 제1항 내지 제5항의 규정을 적용함에 있어서 투자의 개시시기는 다음 각호의 1에 해당하는 때로 한다.
1. 제작계약에 의하여 발주하는 경우에는 발주자가 최초로 주문서를 발송한 때
2. 제1호의 규정에 의한 발주에 의하지 아니하고 매매계약에 의하여 매입하는 경우에는 계약금 또는 대가의 일부를 지급한 때(계약금 또는 대가의 일부를 지급하기 전에 당해 시설을 인수한 경우에는 실제로 인수한 때) (5) 조세특례제한법시행령 부칙(2000. 12. 29 대통령령 제17034호) 제1조 【시행일】이 영은 2001년 1월 1일부터 시행한다. (단서 생략) 제2조 【일반적 적용례】① 이 영 중 소득세 및 법인세에 관한 개정규정은 이 영 시행후 최초로 개시하는 과세연도분부터 적용한다. 제4조 【투자세액공제에 관한 적용례】② 제23조의 개정규정은 이 영 시행후 최초로 투자를 개시하는 분부터 적용한다. 다만, 이 영 시행당시 투자가 진행중에 있는 것으로서 2000년 7월 1일 이후 투자가 개시된 것에 대하여는 이 영 시행후의 투자분에 대하여도 이를 적용하되, 투자금액은 제4조 제3항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다 (6) 조세특례제한법시행규칙 제3조 【사업용자산의 범위】① 영 제3조 제2항에서 “재정경제부령이 정하는 것”이라 함은 다음 각호의 자산을 말한다.
별표 6의 업종별 자산의 기준내용연수 및 내용연수범위표의 적용을 받는 자산(차량 및 운반구와 선박 및 항공기를 제외한다) (7) 조세특례제한법시행규칙 제14조 【임시투자세액공제 대상 사업용자산의 범위】 영 제23조 제1항에서 “재정경제부령이 정하는 사업용자산”이라 함은 제3조의 규정에 의한 사업용자산과 다음 각호의 자산을 말한다. (8) 법인세법시행규칙 (1999.5.24. 개정) 【별표 5】건축물 등의 기준내용연수 및 내용연수범위표(제15조 제3항 관련) 【별표 6】건축물 등의 기준내용연수 및 내용연수범위표(제15조 제3항 관련) (9) 법인세법시행규칙 부칙(1999. 5. 24 재정경제부령 제86호) 제2조 【일반적 적용례】 이 규칙은 1999년 1월 1일 이후 최초로 개시하는 사업연도분부터 적용한다. (단서 생략) (10) 국세기본법 제26조 의 2 【국세부과의 제척기간】① 국세는 다음 각호에 규정하는 기간이 만료된 날 후에는 부과할 수 없다. 다만, 조세의 이중과세방지를 위하여 체결한 조약(이하 “조세조약”이라 한다)의 규정에 의하여 상호합의절차가 진행중인 경우에는 국제조세조정에 관한 법률 제25조 에서 정하는 바에 따른다.
1. 납세자가 사기 기타 부정한 행위로써 국세를 포탈하거나 환급ㆍ공제받는 경우에는 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 10년간
2. 납세자가 법정신고기한내에 과세표준신고서를 제출하지 아니한 경우에는 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 7년간
3. 제1호 및 제2호에 해당하지 아니하는 경우에는 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년간 (11) 오수·분뇨 및 축산폐수의 처리에 관한 법률 제35조 【분뇨등관련영업】① 분뇨 또는 축산폐수의 수집·운반 또는 처리나 오수처리시설 및 단독정화조의 청소·관리 또는 오수처리시설 및 단독정화조의 청소과정에서 발생하는 오니의 운반을 업(이하 분뇨등관련영업이라 한다)으로 하고자 하는 자는 대통령령이 정하는 기준에 의한 시설·장비 및 기술능력등 요건을 갖추어 업종별로 시장·군수·구청장의 허가를 받아야 하며, 허가 받은 사항을 변경하고자 하는 때에는 환경부령이 정하는 바에 의하여 변경허가 또는 변경신고를 하여야 한다.
② 분뇨등관련영업의 업종구분과 영업내용은 다음과 같다.
분뇨(오수처리시설 및 단독정화조의 청소과정에서 발생하는 오니를 제외한다)또는 축산폐수(축산폐수처리시설의 청소과정에서 발생하는 오니를 포함한다)를 수집하여 처리장소로 운반하거나 이를 모두 수집하여 처리장소로 운반하는 영업
분뇨처리시설 또는 축산폐수처리시설을 갖추고 분뇨 또는 축산폐수를 최종적으로 안전하게 처리하는 영업 (12) 오수·분뇨 및 축산폐수의 처리에 관한 법률시행규칙 제38조 【분뇨의 수집·운반 및 처리기준】② 법 제19조제1항의 규정에 의한 분노의 처리기준은 다음 각 호와 같다.
1. 다음 각 목의 경우를 제외하고는 법 제21조의 규정에 의한 분뇨처리시설에서 처리할것
4. 오수·분뇨및축산폐수의처리에관한법률에 의한 오수·분뇨 및 축산폐수
② 이 법에 의한 폐기물의 해역배출에 관하여는 해양오염방지법이 정하는 바에 의한다. (14) 폐기물관리법 제26조 【폐기물처리업】④ 폐기물처리업의 업종구분과 영업내용은 다음과 같다.
폐기물을 수집하여 처리장소로 운방하는 영업
폐기물중간처리시설을 갖추고 폐기물을 소각·중화·파쇄·고형화 등의 방법에 의하여 중간처리(생활폐기물을 재활용하는 경우를 제외한다)하는 영업
폐기물최종처리시설을 갖추고 폐기물을 매립 등(해역배출을 제외한다)의 방법에 의하여 최종처리하는 영업
폐기물처리시설을 갖추고 폐기물을 중간처리 및 최종처리를 함께 하는 영업 (15) 해양오염방지법 제2조 【정의】이 법에서 사용하는 용어의 정의는 다음과 같다.
6. “폐기물”이라 함은 해양에 배출되었을 경우 해양환경의 보전을 저해하는 물질(기름 및 유해액체물질 등을 제외한다)로서 해양수산부령이 정하는 물질과 해양에 배출됨으로써 그 상태로는 쓸 수 없게 된 물질을 말한다. (16) 해양오염방지법 제3조 【적용범위】② 제8조제1항·제17조의2·제34조제5항 및 제40조제1항의 규정에 의한 폐유·폐기물 및 유해액체물질에 대한 육상에서의 처리에 관하여는 이 법에 특별한 규정이 있는 경우를 제외하고는 폐기물관리법, 수질 환경보전법 또는 오수·분뇨및축산폐수의처리에관한법률이 정하는 바에 의한다. (17) 국세기본법 제81조 의 3 【세무조사권 남용 금지】① 세무공무원은 적정하고 공평한 과세의 실현을 위하여 필요한 최소한의 범위 안에서 세무조사를 행하여야 하며, 다른 목적 등을 위하여 조사권을 남용하여서는 아니된다.
② 세무공무원은 조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우, 거래상대방에 대한 조사가 필요한 경우, 2 이상의 사업연도와 관련하여 잘못이 있는 경우 기타 이와 유사한 경우로서 대통령령이 정하는 경우를 제외하고는 같은 세목 및 같은 과세기간에 대하여 재조사를 할 수 없다. (18) 국세기본법 제63조 의 2 【중복조사의 금지】 법 제81조의 4 제2항에서 “기타 이와 유사한 경우로서 대통령령이 정하는 경우”라 함은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.
1. 부동산투기ㆍ매점매석ㆍ무자료거래 등 경제질서교란 등을 통한 탈세혐의가 있는 자에 대하여 일제조사를 하는 경우
2. 각종 과세자료의 처리를 위한 재조사나 국세환급금의 결정을 위한 확인조사 등과 법 제81조의 5 및 법 제81조의 9의 규정에 의한 부과처분을 위한 실지조사에 의하지 아니하고 재경정하는 경우
(1) 쟁점(1)에 대하여 살펴본다. (가) 처분청의 청구인에 대한 감면·공제 검토 복명서(2008년 3월)에 의하면, 청구인은 1962.9.11.부터 오수·분뇨 및 축산폐수의 처리에 관한 법률 제35조 의 규정에 의하여 분뇨, 오니(수러지) 및 축산폐수 등의 폐기물을 육상에서 수집·운송하여 선박에 적재하여 해양에 투기하는 “분뇨 등 관련영업(분뇨처리업)”을 주업으로 영위하는 법인으로, 오수·분뇨 및 축산폐수의 처리에 관한 법률 제35조 의 규정에 의한 분뇨 등 관련영업은 2005.12.31. 법개정으로 중소기업에 대한 특별세액 감면대상에 추가되었으며 동 개정규정은 2006.1.1. 이후 종료하는 과세연도분부터 적용하게 되었을 뿐만 아니라 2006.1.1. 이후부터 분뇨처리업이 감면대상업종에 추가 되기 전 예규(○○○, 2000.10.5.)에서도 ‘중소기업의 범위에는 폐기물처리업이 포함되나 1991.3.8. 제정된 오수·분뇨 및 축사폐수의 처리에 관한 법률에 의한 분뇨처리업은 중소기업의 업종에 해당하지 아니하는 것임’으로 명확히 규정하였음을 이유로 청구인이 영위하는 업종은 중소기업특별세액 감면대상이 아닌 것으로 판단하였다. 또한, 오수·분뇨 및 축산폐수의 처리에 관한 법률 제35조 의 규정에 의한 분뇨 등 관련영업은 2006.12.30. 법개정으로 임시투자세액 공제대상에 추가되었고 동 개정규정은 2007.1.1. 이후 종료하는 과세연도분부터 적용하게 되었는 바, 임시투자세액 공제대상이 되는 폐기물처리업은 폐기물관리법 제26조 제4항 의 규정에 해당하는 업종이며 같은 조 제3호에 의하면 “해역배출은 제외한다”라고 규정함으로써 “해역배출”은 폐기물처리업의 범위에서 제외하고 있을 뿐만 아니라 청구인이 주장하는 바와 같이 분뇨 등 해역배출을 폐기물처리업으로 본다 하더라도 임시투자 세액공제한 자산은 선박으로, 선박은 조세특례제한법시행규칙 제14조 및 제3조, 폐기물관리법시행령 별표3 등의 규정에 따라 임시투자세액공제 대상자산에 포함되지 아니하는 것으로 판단하였다. (나) 나주세무서장이 2007.1.16. 처분청에 통보한 세원정보자료(총무과-216)에 의하면, “축산폐수 등을 해양투기하는 용역은 폐기물관리법 제26조 제4항 제3호 에서 면세되는 폐기물최종처리업에서 ‘해역배출은 제외한다.’라고 규정하고 있고, 부가가치세법 제12조 및 같은 법시행령 제29조의 규정에 의한 ‘의료보건용역의 범위’에 해당되지 아니하여 과세용역에 해당되므로 면세로 신고한 부분은 부가가치세 추징대상이다.”라고 하면서, 청구인이 2004년 제1기부터 2005년 제2기까지 처리한 폐기물의 종류는 분뇨, 축산폐수, 폐수, 음식물처리폐수, 폐수처리 및 수저준설 등이고 그 총량이 2,302,211㎡로 기재되어 있는 폐기물 해양배출업체별 투기현황을 첨부하였다. (다) 처분청은 청구인이 사업과 관련하여 ① 폐기물관리법에 의한 “폐기물처리업 중 수집·운반업 허가(1997.6.27. 최초 허가), ② 오수·분뇨 및 축산폐수의 처리에 관한 법률에 의한 ”분뇨 등 관련 영업 중 분뇨수집·운반업 허가(2001.3.22. 최초 허가), ③ 해양오염방지법에 의한 “폐기물해양배출업 등록(2000.5.4. 최초 허가), ④ 해양오염방지법에 의한 ”폐기물 배출해역 지정(1990.3.30. 최초 허가)을 인·허가받은 사실을 확인하였음이 ○○○지방국세청장의 이의신청결정서○○○, 2008.7.9.)에 나타난다. (다) 위 사실관계 및 관련법령을 살펴보건대, 조세특례제한법시행령 제2조 제1항 은 조세특례제한법 제4조 제1항 에서 규정한 “대통령령이 정하는 중소기업”의 범위를 열거하면서 “폐기물관리법에 의한 폐기물처리업”을 이하 "폐기물처리업" 이라고 규정하고 있으므로 같은 법시행령 제23조 제1항의 “임시투자세액 공제대상”으로 열거된 업종 중 “폐기물처리업”은 “폐기물관리법에 의한 폐기물처리업”으로 보아야 하고, 폐기물관리법 제3조 제1항 제1호 에서 폐기물관리법의 적용범위를 “오수·분뇨 및 축산폐수의 처리에 관한 법률에 의한 오수·분뇨·축산폐수”를 제외하고 있고 제2항에서 “이 법에 의한 폐기물의 해역배출에 관하여는 해양오염방지법이 정하는 바에 의한다.”고 규정하고 있고, 같은 법 제26조 제4항에서는 폐기물처리업의 업종을 “폐기물수집·운반업”, “폐기물중간처리업”, “폐기물최종처리업” 및 “폐기물종합처리업”으로 구분하면서 “폐기물최종처리업”을 폐기물최종처리시설을 갖추고 폐기물을 매립 등(해역배출을 제외한다)의 방법에 의하여 최종처리하는 영업이라고 규정하고 있으며, 2006.12.31. 개정된 조세특례제한법시행령 제23조 제1항 에 “ 오수·분뇨 및 축산폐수의 처리에 관한 법률 제35조 제1항 의 분뇨 등 관련영업”이 창설되었는 바, 청구인이 분뇨, 오니(스러지) 및 축산폐수 등을 육상에서 수집·운송하여 해양에서 배출·처리하는 업은 오수·분뇨 및 축산폐수의 처리에 관한 법률에 의한 분뇨 등 관련 영업으로서 폐기물관리법에 의한 폐기물처리업이 아닌 것으로 보아 중소기업특별세액 감면 및 임시투자세액 공제를 배제한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.
(2) 쟁점(2)에 대하여 살펴본다. (가) 청구인은 국세청 예규(○○○ 1999.1.7.)에서 “폐기물처리업의 선박은 구 조세감면규제법 제4조(중소기업투자준비금)에 규정한 사업용 자산에 해당한다.”고 회신한 내용을 근거로 선박은 사업용 자산에 포함되므로 법 제26조에서 규정한 임시투자세액공제 대상자산의 범위에도 포함된다고 주장하였으나 처분청은 구 조세감면규제법 제4조와 제26조의 대상자산의 범위는 상이하고, 특히 구 조세감면규제법시행규칙 제3조는 1999.1.7. 질의회신 당시에는 사업용자산의 범위에 ‘선박’이 포함되어 있어서 이를 근거로 예규(○○○, 1999.1.7.)가 생산되었으나 법개정으로 인하여 2000년 이후에는 그 범위에 “차량 및 운반구와 선박 및 항공기를 제외한다.”고 규정하여 선박의 경우 조세특례제한법시행규칙 제3조 의 규정에 의한 사업용자산의 범위에서 명확히 제외되었을 뿐만 아니라 2000년 이후 예규는 계속하여 폐기물처리업의 임시투자세액공제 대상자산의 범위에서 제외하고 있으므로 청구인이 2002~2005사업연도에 감면받은 중소기업에 대한 특별세액감면액 284백만원에 대하여 감면배제하고, 2002~2004사업연도에 공제받은 임시투자세액 공제액 279백만원에 대하여 공제배제하여 추징하는 것이 타당하다고 판단하였다. (나) 처분청은 청구인이 쟁점선박(대한7호) 및 ○○○를 각각 32억 9,075만원 및 2억 5,335만원에 취득하였고 쟁점선박은 1999.11.10. 발주하여 2001.5.29. 진수되었고, 대성호는 2001.6.8. 임○○○으로부터 취득한 것으로 1983년 5월에 진수된 사실이 “폐기물운반선 건조 발주 계약서”, “선박매매계약서” 및 “등기부등본”에 의하여 확인되었음이 ○○○지방국세청장의 이의신청결정서(○○○, 2008.7.9.)에 나타난다. (다) 위 사실관계 및 관련 법령을 살펴보건대, 청구인은 1962.9.11.부터오수·분뇨 및 축산폐수의 처리에 관한 법률의 규정에 의한 분뇨, 오니(스러지) 및 축산폐수 등의 폐기물을 육상에서 수집·운송하여 선박에 적재하고 해양에 투기하는 분뇨처리업을 주업으로 영위하는 사실이 처분청의 조사서에 의하여 나타나고, 청구인이 소유한 선박인 쟁점선박은 1999.11.10. 발주하여 2001.5.29. 진수된 선박이며 대성호는 2001.6.8. 중고선박을 취득한 것으로 나타나는 바, 조세특례제한법 시행령제23조 제1항에서 임시투자세액공제대상 업종 중폐기물관리법에 의한 폐기물처리업을 규정하면서 2006.12.30. 대통령령 제19811호로 조세특례제한법 시행령제23조 제1항을 개정하여오수·분뇨 및 축산폐수의 처리에 관한 법률제35조 제1항에 따른 분뇨 등 관련영업을 추가한 것은 폐기물처리업 등 유사업종과의 과세형평을 제고하고 환경관련 설비투자를 촉진하기 위해 추가한 것으로 나타나고 그 부칙 제2항의 규정에서 2007.1.1. 이후 투자를 개시하는 분부터 적용하는 것으로 규정하고 있으며 2000.3.30. 재정경제부령 제132호로 개정된 조세특례제한법 시행규칙제3조 제1항 제1호의 규정에서 임시투자세액공제대상이 되는 사업용 자산에서 선박을 제외하는 것으로 규정하고 있는 바, 청구인이 영위하는 분뇨처리업은 폐기물처리업에 해당되지 아니하고 청구인이 보유한 선박 또한 폐기물처리업과 관련된 사업용 자산에 해당되지 아니하는 것으로서, 조세법률주의의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하고, 특히 감면요건 규정은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에 부합한다 할 것(○○○, 1998.3.27 같은 뜻임)이므로, 청구인이 2001.5.29. 이미 투자가 완료된 쟁점선박과 중고선박인○○○에 대해 청구인이 보유한 선박은 사업용자산으로서 청구대상 사업연도인 2002.1.1.~2005.12.31.사업연도에는 투자된 금액이 없음에도 불구하고 1997.1.1. 이후 투자개시분은 계속하여 임시투자세액공제를 하여야 한다는 청구인의 주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.
(3) 쟁점(3)에 대하여 살펴본다. 국세기본법 제26조 의 2 제1항에서 납세자가 사기 기타 부정한 행위로써 국세를 포탈하거나 환급ㆍ공제받는 경우 및 납세자가 법정신고기한내에 과세표준신고서를 제출하지 아니한 경우에 해당하지 아니하는 경우에는 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년의 기간이 만료된 날 후에는 부과할 수 없다고 규정하고 있는 바, 국세부과의 제척기간이 경과되었는지 여부는 당해 처분시를 기준으로 판단하여야 하므로 2001사업연도의 선행 경정이 없었다 하더라도 국세부과 제척기간이 만료되지 아니한 2002사업연도의 임시투자세액 공제를 배제하여 과세한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.
(4) 쟁점(4)에 대하여 살펴본다. 청구인은 처분청이 2007년 10월 청구인에 대하여 세무조사가 이루어졌다고 주장하고 있으나, 세무공무원이 국세에 관한 조사를 위하여 당해 장부·서류 기타 물건 등을 조사하는 경우에는 국세기본법 제81조 의 7 제1항 및 같은 법시행령 제63조의6의 규정에 의하여 조사를 받을 납세자 또는 납세관리인에게 조사개시 10일 전에 조사기간, 조사대상 세목 및 조사사유, 납세자 또는 납세관리인의 성명과 주소 또는 거소 등을 기재한 사항을 문서로 통지하여야 하는 바, 처분청이 2007년 10월 청구인에 대한 세무조사를 실시하기 전에 사전통지된 공문 또는 서면질의서 등이 제출하지 아니한 상황에서 동 세무조사가 이루어졌다는 청구인의 주장은 받아들이기 어렵다고 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.