과세이연세액 추징과 관련된 부과제척기간의 만료 여부 및 이자상당액을 가산한 처분의 당부

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구인은 ○○○을 영위하던 사업자로 동 사업의 공장용지로 소유․사용하던 ○○○(이하 “쟁점토지”라 하며, 그 지상의 공장을 이하 “구공장”이라 한다)가 ○○○으로 인하여 1995.12.8. ○○○에 수용됨에 따라 구조세감면규제법(1995.12.29. 법률 제5038호로 개정되기 전의 것을 말하며, 이하 “구조세감면규제법”이라 한다) 제71조(5년 이상 가동한 공장의 이전에 대한 양도소득세 등의 감면)의 규정에 의하여 양도소득세 20,785,868원에 대한 과세이연을 받았다.
• 나. 처분청은 청구인이 쟁점토지를 양도한 후 3년 이내 새로운 공장을 신축․가동하지 아니하였다 하여 2001.1.8. 청구인에게 양도소득세 33,946,640원의 과세예고통지를 하였다.
• 다. 청구인은 2001.1.27. 과세전적부심사청구를 제기하여 새로운 공장의 신축이 ○○○의 공장부지 조성사업 지연 등 부득이한 사유에 의하여 지연되었음을 청주인이 주장함에 따라 2001.2.1. 처분청은 직권시정을 하여 과세유보 및 과세이연에 대한 사후관리를 개시하였다.
• 라. 그 후 청구인은 구공장을 이전할 부지인 ○○○에 새로운 공장(이하 “신공장”이라 한다)을 신축하여 2007.11.7. 사용승인을 받았으나, 처분청은 청구인이 기존의 업종인 ○○○에서 부동산임대업으로 업종을 변경하여 신공장을 임대한 사실을 확인하고 2008.8.4. 청구인에게 1995년 귀속 양도소득세 33,946,640원을 경정․고지하였다.
• 마. 청구인은 이에 불복하여 2008.8.22. 이의신청을 거쳐 2008.10.13. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장

(1) 청구인은 쟁점토지가 ○○○에 수용되면서 구조세감면규제법제71조의 규정에 따라 과세이연이 되었으므로 국세를 부과할 수 있는 기간은 구공장 양도일인 1995.12.8.로부터 3년이 경과한 1998.12.9.부터 기산하여 5년이 되는 날인 2003.12.8.까지이므로 국세부과제척기간의 기산일을 2007.2.1.로 보아 과세한 이 건 당초 처분은 부당하고, 설령, 위와 같은 청구인의 주장이 아니더라도 청구인이 제기한 과세전적부심사청구에 의하여 처분청이 과세유보결정(2001.2.1.)을 함에 따라 2001.6.30.까지 신공장의 신축․가동의 기한이 연장되어 그 익일인 2001.7.1.부터 국세를 부과할 수 있는 사유가 발생하였다고 보아야 하므로 이로부터 5년이 되는 날인 2006.6.30.까지가 이 건 국세부과제척기간으로 보는 것이 타당하며, 또한, 부득이한 사유로 사업을 개시하지 못한 사유는 과세이연 조건에 해당하지 아니하므로 이 건 당초 처분은 부당하다.

(2) (예비적 청구) 처분청은 이 건 처분에 대하여 과세이연세액을 추징하는 것으로 보아 그 이자상당액을 가산하고 있으나, 이 건은 과세이연 요건을 충족하지 아니한 경우에 해당되므로 과세이연세액만 추징하는 것이 타당하다.

• 나. 처분청 의견 청구인은 당초 쟁점토지를 양도하고 과세이연을 받았으나 구공장 양도 후 3년 이내에 신공장을 신축․가동하지 아니하여 처분청으로부터 과세예고통지를 받았고, 과세전적부심사청구(2001.1.27.)를 통하여 공장신축의 지연이 청구인의 귀책사유가 아닌 부득이한 사유에 의한 것임이 인정되어 과세가 유보된 바 있으며, 이후 2003.7.4. 이전할 공장부지가 확보됨에 따라 공장을 신축하여 2007.11.7. 사용승인을 받았으나 청구인이 공장이전 당시의 업종인 ○○○에서 부동산임대업으로 업종을 변경한 사실이 확인되어 과세이연세액이 추징되었는 바, 국세기본법 시행령제12조의3 제2항 제3호의 규정에 의하면, 공제․면제․비과세 또는 낮은 세율의 적용 등에 따른 세액을 의무불이행 등의 사유로 인하여 징수하는 경우 그 국세부과제척기간의 기산일은 “당해 공제세액 등을 징수할 수 있는 사유가 발생한 날”이라고 규정하고 있으므로 쟁점토지의 과세이연과 관련하여 징수 사유 발생일은 청구인이 신공장에 대하여 구공장의 업종인 해태가공업이 아닌 부동산임대업으로 업종을 변경하여 임대사업을 개시한 2007.2.1.이므로 이를 이 건 부과제척기간의 기산일로 보아 과세한 이 건 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점

① 과세이연세액 추징과 관련하여 국세부과제척기간이 만료되었는지 여부

② (예비적 청구) 과세이연세액 추징시 이자상당액을 가산한 처분의 적법성 여부

• 나. 관련법령

(1) 구 조세감면규제법 제2조【정 의】① 이 법에서 사용하는 용어의 정의는 다음과 같다.

6. "과세이연"이라 함은 당해 사업에 사용되는 사업용 고정자산 등(이하 이 조에서 "종전사업용 고정자산 등" 이라 한다)을 양도하고 새로운 사업용 고정자산등(이하 이 조에서 "신사업용 고정자산 등"이라 한다)을 취득한 경우에 이들 사업용 고정자산의 양도에 따른 소득세법 제94조 의 규정에 의한 양도소득에 대한 소득세(이하 "양도소득세"라 한다) 또는 법인세법 제59조의2 의 규정에 의한 특별부가세(이하 "특별부가세"라 한다)을 과세함에 있어서 종전사업용 고정자산등의 양도에 대하여는 이를 양도로 보지 아니하고, 그 대신 신사업용 고정자산등의 양도에 따른 과세시에 그 취득시기 및 취득가액을 종전사업용 고정자산등의 취득시기 및 취득가액으로 하는 것을 말한다. 제71조【5년이상 가동한 공장의 이전에 대한 양도소득세 등의 감면】① 내국인이 5년이상 계속하여 가동한 공장(이하 이 조에서 "구공장"이라 한다)을 새로운 공장(이하 이 조에서 "신공장"이라 한다)으로 이전하기 위하여 토지 등을 양도하는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 다음 각호의 방법중 하나를 선택하여 세액을 감면받거나 과세이연을 받을 수 있다.

1. 당해 토지 등을 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여 대통령령이 정하는 바에 따라 양도소득세 또는 특별부가세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면하는 방법

2. 당해 토지 등의 양도에 대하여 대통령령이 정하는 바에 따라 과세이연을 하는 방법

② 제1항의 규정에 의하여 양도소득세 또는 특별부가세를 감면받거나 과세이연을 받은 자가 다음 각호의 1에 해당하는 때에는 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 세액을 추징한다. 다만, 대통령령이 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 대통령령이 정하는 바에 따라 공장을 이전하여 사업을 개시하지 아니한 때

2. 신공장에서 사업을 개시한 후 3년이내에 당해 사업을 폐지한 때

3. 신공장에서 사업을 개시한 후 3년이내에 당해 공장을 처분한 때

③ 제1항의 규정에 의하여 감면받거나 과세이연을 받은 세액을 제2항의 규정에 의하여 추징하는 경우에는 제31조 제6항의 규정을 준용한다.

④ 제1항의 규정은 대통령령이 정하는 바에 따라 세액감면신청 또는 과세이연신청을 하는 경우에 한하여 이를 적용한다. 제31조【중소기업간의 통합에 대한 양도소득세등의 감면】⑥ 제1항의 규정에 의하여 감면받거나 양도가액의 특례를 적용받음으로써 과세받지 아니한 세액을 제5항의 규정에 의하여 징수하는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 이자상당액을 가산하여 징수한다.

(2) 구 조세감면규제법 시행령(1995.12.30. 대통령령 제14869호로 개정되기 전의 것) 제68조【5년이상 가동한 공장의 이전에 대한 양도소득세 등의 감면】 ① 법 제71조의 규정에 의하여 세액을 감면받거나 과세이연을 받을 수 있는 경우는 다음 각호의 1에 해당하는 경우로 한다.

1. 공장을 이전하여 사업을 개시한 날부터 2년이내에 구공장을 양도하는 경우

2. 구공장을 양도한 날부터 1년이내에 신공장을 취득하여 사업을 개시하는 경우

3. 구공장을 양도한 날부터 3년이내에 신공장을 준공하여 사업을 개시하는 경우

⑤ 법 제71조제2항의 규정에 의하여 추징할 세액의 계산은 다음 각호에 의한다.

1. 법 제71조의 규정에 의하여 양도소득세 또는 특별부가세를 감면받거나 과세이연을 받은 내국인이 제1항 제2호 또는 제3호의 규정에 의하여 신공장을 준공하거나 취득하여 사업을 개시하지 아니한 때에는 그 감면세액 전액 또는 과세이연세액 전액

(3) 국세기본법 제26조의2【국세부과의 제척기간】① 국세는 다음 각호에 규정하는 기간이 만료된 날 후에는 부과할 수 없다.(단서 생략)

1. 납세자가 사기 기타 부정한 행위로써 국세를 포탈하거나 환급ㆍ공제받는 경우에는 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 10년간

2. 납세자가 법정신고기한내에 과세표준신고서를 제출하지 아니한 경우에는 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 7년간

3. 제1호 및 제2호에 해당하지 아니하는 경우에는 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년간 (4) 국세기본법 시행령 제12조의3【국세부과의 제척기간의 기산일】① 법 제26조의 2 제4항의 규정에 의한 국세를 부과할 수 있는 날은 다음 각 호의 날로 한다.

1. 과세표준과 세액을 신고하는 국세(종합부동산세법 제16조 제3항 에 따라 신고하는 종합부동산세를 제외한다)에 있어서는 당해 국세의 과세표준과 세액에 대한 신고기한 또는 신고서 제출기한(이하 “과세표준 신고기한”이라 한다)의 다음 날. 이 경우 중간예납ㆍ예정신고 및 수정신고기한은 과세표준 신고기한에 포함되지 아니한다.

② 다음 각호의 날은 제1항의 규정에 불구하고 국세를 부과할 수 있는 날로 한다.

3. 공제․면제․비과세 또는 낮은 세율의 적용 등에 따른 세액(소득공제를 받은 경우에는 공제받은 소득금액에 상당하는 세액을 말하고, 낮은 세율을 적용받은 경우에는 일반세율과의 차이에 상당하는 세액을 말한다. 이하 이호에서 “공제세액 등”이라 한다)을 의무불이행 등의 사유로 인하여 징수하는 경우에는 당해 공제세액 등을 징수할 수 있는 사유가 발생한 날

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 ○○○으로 사용하던 쟁점토지가 ○○○으로 인하여 1995.12.8. ○○○에 수용되자, 1996.11.20. 구조세감면규제법제71조에 의하여 양도소득세 과세이연을 받았으며, 이후 청구인이 구공장 양도 후 3년 이내 신공장을 신축․가동하지 아니함에 따라 처분청에서 2001.1.8. 청구인에게 과세예고통지를 하였고, 이에 청구인이 과세전적부심사청구(2001.1.27.)를 제기함에 따라 처분청은 신공장 건축의 지연이 부산광역시의 공장부지 조성사업의 지연에 따른 부득이한 것임을 확인하고 직권시정(과세유보 및 과세이연에 대한 사후관리)한 사실이 청구인의 과세이연 신고서, 과세전적부심사청구서 및 처분청의 결과통보 공문 등 이 건 심리자료에 의하여 확인된다.

(2) 청구인의 과세전적부심사청구서의 내용에 의하면, 청구인은 과세이연에 따른 의무사항 이행을 위하여 1998년 12월까지 ○○○을 신축․가동하고자 ○○○에 수차례 민원을 제기하였고, 이에 ○○○는 2001.1.12.자 공문○○○을 통하여 2001년 6월까지 공장이전부지 조성사업이 완료예정임을 회신하였으며, 청구인은 이에 따라 2001년 6월까지 양도소득세 과세를 유보할 것을 요청하였다는 내용이 나타난다.

(3) 청구인은 2003.7.4. 이전할 공장부지○○○에 대하여 ○○○와 매매계약을 체결하였는 바, 동 매매계약 내용에 의하면 공장부지 면적 830.2㎡, 용도는 ○○○, 대금납부는 3년간 10회 균등분할납부로서 그 잔금일은 2006.7.4.로 되어 있으며, 청구인이 동일자 잔금을 납부함에 따라 2006.9.22. 신공장부지에 대한 소유권을 이전하였음이 ○○○ 공문, 매매계약서 사본 등 이 건 심리자료에 의하여 확인된다.

(4) 2006.10.26. 청구인은 신공장 설립허가를 신청하였는 바, 그 사업계획서에 의하면 업종은 금속문 및 관련제품 제조업, 생산제품은 금속문 및 보강심재 프레임, 착공예정일 2006년 11월, 사용승인 예정일은 2006년 12월로 기재되어 있으며, 동 청구인의 신청에 대하여 ○○○은 2006.11.6. 신공장 설립허가(업종은 금속문 및 관련제품 제조업)를 하였고, 2006.11.17. 청구인이 신공장 착공신고를 하여 2007.11.7. 사용승인을 받은 사실이 ○○○ 등 이 건 심리자료에 의하여 확인된다.

(5) ○○○의 ○○○ 조성사업 추진경과에 대하여 살펴보면, ○○○ 및 ○○○ 등에 의하여 동 산업단지의 제1공구의 착공은 1995년 7월, 사용승인은 1997년 12월이고, 청구인의 ○○○의 착공일은 1996.10.8.이며, 사용승인일은 2001.6.30.인 사실이 나타난다.

(6) 처분청이 제시한 청구인의 사업자기본사항 자료(국세통합시스템의 자료)에 의하면 청구인은 신공장 사용승인 당시(2007.1.30.) 업종을 당초 구공장 양도시 영위하던 해태가공업이 아닌 건설자재 제조업 및 부동산임대업을 영위한 것으로 확인되며, 이에 따라 처분청은 구조세감면규제법제71조 제2항의 규정에 의하여 과세이연세액 추징사유에 해당하는 것으로 보아 양도소득세 33,946,640원(이자상당액 18,024,674원 포함)을 경정․고지한 사실이 확인된다.

(7) 청구인의 임대차계약서, 부동산임대공급가액명세서 등 처분청 제시자료에 의하면 청구인은 신공장에 대하여 2007.2.1.부터 주식회사 ○○○ 및 주식회사 ○○○에게 임대한 것으로 나타난다.

(8) 처분청이 제시한 ‘공장이전 감면자 사후관리대장’에 의하면 처분청은 청구인의 공장이전 및 양도소득세 과세이연과 관련하여 1998년부터 2007년 11월까지 사후관리한 사실이 확인된다.

(9) 이상의 사실관계 및 관련법령 등을 종합하여 쟁점①에 대하여 살피건대, 국세기본법 시행령제12조의3 제2항 제3호의 규정에 의하면, “공제․면제․비과세 또는 낮은 세율의 적용 등에 따른 세액을 의무불이행 등의 사유로 인하여 징수하는 경우는 당해 공제세액 등을 징수할 수 있는 사유가 발생한 날”을 국세부과제척기간의 기산일로 보고 있고, 공장의 신축․사용승인이 납세의무자에게 책임을 돌릴 수 없는 부득이한 사유에 의하여 지연된 경우에는 감면된 양도소득세를 추징하지 아니하는 것이 타당하다 할 것인 바○○○, 구조세감면규제법에 의하면, 구공장을 양도한 날부터 3년 이내에 신공장을 준공하거나 취득하여 사업을 개시하지 아니한 때에는 과세이연세액을 추징하도록 되어 있으므로, 청구인의 경우 국세부과제척기간의 만료일은 구공장을 양도한 날부터 3년이 되는 날의 다음날부터 5년이 되는 날이 되는 것이며, 위 3년의 기간 중 청구인에게 귀책사유가 없어 부득이한 사유가 발생한 것으로 인정할 수 있는 ○○○의 조성기간인 1996.10.8.부터 2001.6.30.까지의 기간을 제외하면 2008.8.30. 이 건 국세부과제척기간 만료일이 되므로, 처분청이 국세부과제척기간 만료일 이전인 2008.8.4.에 양도소득세를 부과한 이 건 당초 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

(10) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 이 건의 경우 쟁점①에서 살펴본 바와 같이 처분청이 청구인에 대한 과세이연세액을 사후관리하는 과정에서 청구인이 기존의 업종을 변경하는 등 과세이연세액 추징사유가 발생함에 따라 그 세액을 추징하는 것이므로 구조세감면규제법제31조 제6항의 규정에 따라 이자상당액을 가산하여 추징하는 것이 타당한 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다