「조세특례제한법」 제63조의2의 규정과 같은 법 제121조의2제3항의 규정이 같은 법 제127조 제5항에 의한 중복지원 배제에 해당되는 지 여부

○○○세무서장이 2008.2.13. 청구인에게 한 2005년 4월분 배당소득세 33,732,450원, 2006년 4월분 배당소득세 66,585,700원의 부과처분은 이를 취소한다.

청구인은 1999년에 서울특별시 ○○○을 본사 소재지로 하여 설립된 법인으로 설립당시 ○○○(이하 “외국투자가”라 한다)가 35%의 지분을 투자하여 외국인투자촉진법에 의한 외국인투자기업으로 등록하였고, 2000.1.19. 재정경제부장관으로부터 조세특례제한법 제121조의2 제1항 제1호 의 규정에 의한 고도기술을 수반하는 사업으로서 같은법 시행령 제116조의2 제1항 및 제2항의 규정에 의한 “조세감면의 기준”을 충족하여 외국인투자기업에 대한 조세감면 결정통보를 받아 1999사업연도부터 외국인투자기업에 대한 법인세 조세감면과 외국투자가의 배당금에 대한 조세감면 규정을 각각 적용받았다. 한편, 청구인은 2004년도에 본사와 공장을 수도권외의 지역인 ○○○로 이전하여 2005사업연도부터 조세특례제한법 제121조의2 제2항 의 외국인투자기업에 대한 법인세 감면 대신 조세특례제한법 제63조의2 의 규정에 의한 법인의 공장 및 본사의 수도권 외의 지역으로의 이전에 대한 임시특별세액감면 규정을 적용하고, 기존에 적용받던 외국투자가의 배당소득에 대한 조세감면 규정을 적용하였는 바, ○○○은 조세특례제한법 제63조의2 의 규정에 의한 법인세 감면과 조세특례제한법 제121조의2 의 감면은 조세특례제한법 제127조 제5항 의 규정에 의하여 중복적용이 배제된다 하여 2007.10.16. 2005년 4월분 및 2006년 4월분 외국투자가의 배당소득에 대한 감면을 추징하도록 처분청에 통보하였다. 처분청은 ○○○의 감사지적 사항의 통보에 따라 2008.2.13. 청구인에게 2005년 4월분 배당소득세 33,732,450원, 2006년 4월분 배당소득세 66,585,700원을 각각 고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 2008.4.30. 이 건 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 조세특례제한법 제127조 제5항 의 “내국인의 동일 사업장”은 같은법 제63조의2의 규정이 적용되는 사업장과 같은 법 제121조의2 제2항이 적용되는 외국인 투자기업의 사업장이 동일한 경우 적용되는 것인데 같은 법 제121조의2 제3항의 규정은 청구인의 “외국법인 주주에 대한 감면”이므로 중복감면 배제가 적용되지 아니한다.
• 나. 처분청 의견 조세특례제한법 제127조 제5항 의 규정은 동일한 사업장에 대하여 동일한 사업연도에 조세특례제한법 제63조의2 의 규정과 같은 법 제121조의2의 규정에 의한 법인세 또는 소득세의 감면규정 중 둘이상의 규정이 적용될 수 있는 경우에는 그 중 하나만을 선택하여 이를 적용받을 수 있다고 규정하고 있으므로 중복감면 배제에 해당되지 아니한다는 청구인의 주장은 타당하지 아니하다.

• 가. 쟁점 조세특례제한법 제63조의2 의 규정과 같은 법 제121조의2제3항의 규정이 같은 법 제127조 제5항에 의한 중복지원 배제에 해당되는 지 여부
• 나. 관련법령 (1) 조세특례제한법 제2조 【정 의】

① 이 법에서 사용하는 용어의 정의는 다음과 같다.

1. “내국인”이라 함은 소득세법에 의한 거주자 및 법인세법에 의한 내국법인을 말한다.

2. “과세연도”라 함은 소득세법에 의한 과세기간 또는 법인세법에 의한 사업연도를 말한다.

(2) 조세특례제한법(2003.12.30. 법률 제7003호로 개정된 것) 제63조의 2 【법인의 공장 및 본사의 수도권외의 지역으로의 이전에 대한 임시특별세액감면】

① 다음 각호의 요건을 갖춘 법인(이하 이 조에서 “수도권외 지역이전법인”이라 한다)은 제2항 내지 제4항의 규정에 의하여 법인세를 감면받을 수 있다. 다만, 대통령령이 정하는 부동산업ㆍ소비성서비스업 및 건설업을 영위하는 법인의 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 수도권과밀억제권역 안에 3년 이상 계속하여 공장시설을 갖추고 사업을 영위하거나 3년 이상 계속하여 본점 또는 주사무소(이하 이 조에서 “본사”라 한다)를 둔 법인일 것

2. 공장시설의 전부 또는 본사를 수도권외의 지역(공장시설을 광역시로 이전하는 경우에는 산업입지 및 개발에 관한 법률에 의한 산업단지에 한한다. 이하 이 조에서 같다)으로 대통령령이 정하는 바에 따라 2005년 12월 31일까지 이전하여 사업을 개시하거나 수도권외의 지역에 2008년 12월 31일까지 공장 또는 본사를 신축하여 사업을 개시할 것(공장 또는 본사의 부지를 2005년 12월 31일까지 보유하고 2005년 12월 31일이 속하는 과세연도의 과세표준신고시에 이전계획서를 제출하는 경우에 한한다)

② 수도권외 지역이전법인은 다음 각호의 소득에 대하여 이전일이 속하는 과세연도와 그 다음 과세연도의 개시일부터 4년 이내에 종료하는 과세연도에 있어서는 법인세의 전액을, 그 다음 2년 이내에 종료하는 과세연도에 있어서는 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다.

1. 공장을 이전한 경우에는 당해 공장에서 발생하는 소득

2. 본사를 이전한 경우에는 과세연도별로 가목의 금액에 나목 및 다목의 비율을 곱하여 산출한 금액에 상당하는 소득

• 가. 당해 과세연도의 과세표준에서 토지 및 건물의 양도차익을 차감한 금액
• 나. 당해 과세연도 이전본사 근무인원이 이전 후에 받는 급여총액이 법인 전체인원이 받는 연간급여총액에서 차지하는 비율
• 다. 당해 과세연도 이전본사 근무인원이 수도권안의 본사 근무인원과 이전본사 근무인원의 합계인원에서 차지하는 비율(동비율이 100분의 50 미만인 경우에는 이를 영으로 본다)

3. 공장과 본사를 함께 이전한 경우에는 제1호 및 제2호의 소득을 합하여 산출한 금액에 상당하는 소득. 다만, 당해 과세연도의 소득금액을 한도로 한다.

③ 제2항 제2호의 규정을 적용함에 있어서 이전본사 근무인원이라 함은 수도권외의 지역에서 본사업무에 종사하는 상시근무인원의 연평균인원(매월말 현재의 인원을 합하고 이를 해당 월수로 나누어 계산한 인원을 말한다)에서 이전일이 속하는 과세연도의 직전 과세연도에 수도권외의 지역에서 본사업무에 종사하던 상시근무인원의 연평균인원을 차감하여 계산한 인원을 말하며, 수도권안의 본사 근무인원이라 함은 본사의 이전후 수도권안에서 본사업무에 종사하는 상시근무인원의 연평균인원을 말한다. 이 경우 이전일이 속하는 과세연도에는 이전후 근무인원을 기준으로 연평균인원을 계산한다.

④ 제2항 제2호의 규정을 적용함에 있어서 법인세감면기간 중 동항 제2호 다목의 비율이 100분의 50에 미달하게 되는 경우에는 당해 과세연도부터 제2항의 규정에 의하여 법인세를 감면받을 수 없다.

⑤ 수도권외 지역이전법인이 수도권 과밀억제권역 안의 공장 또는 본사를 양도함으로써 발생한 양도차익에 대한 법인세에 관하여는 제60조 제2항ㆍ제4항ㆍ제6항 또는 제61조 제3항ㆍ제5항ㆍ제6항의 규정을 준용한다.

⑦ 제2항의 규정에 의하여 법인세를 감면받은 수도권외 지역이전법인이 다음 각호의 1에 해당하는 때에는 당해 사유가 발생한 과세연도의 과세표준신고시 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 세액을 법인세로 납부하여야 한다.

1. 공장 또는 본사를 이전하여 사업을 개시한 날부터 3년 이내에 당해 사업을 폐지하거나 법인이 해산한 때. 다만，합병ㆍ분할 또는 분할합병으로 인한 경우에는 그러하지 아니하다.

2. 대통령령이 정하는 바에 따라 공장 또는 본사를 수도권외의 지역으로 이전하여 사업을 개시하지 아니한 때

3. 수도권 안에 본사 또는 제1항의 규정에 따라 이전한 공장에서 생산하는 제품과 동일한 제품을 생산하는 공장을 설치한 때

5. 본사를 이전한 경우로서 수도권안에 대통령령이 정하는 기준 이상의 사무소를 둔 때

⑧ 제2항의 규정에 의하여 감면받은 법인세액을 제7항의 규정에 의하여 납부하는 경우에는 제40조 제2항 중 이자상당가산액에 관한 규정을 준용한다.

⑨ 제1항 내지 제5항 및 제7항의 규정을 적용함에 있어서의 기간계산의 방법, 급여의 범위, 세액감면신청 기타 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(3) 조세특례제한법(2000.12.29. 법률 제6297호로 개정되기 전의 것) 제121조의2 【외국인투자에 대한 법인세 등의 감면】

① 다음 각호의 1에 해당하는 사업을 영위하기 위한 외국인투자(외국인투자촉진법 제2조 제1항 제4호 의 규정에 의한 외국인투자를 말한다. 이하 이 장에서 같다)로서 대통령령이 정하는 기준에 해당하는 외국인투자에 대하여는 제2항 내지 제5항에 규정하는 바에 따라 법인세ㆍ소득세ㆍ취득세ㆍ등록세ㆍ재산세 및 종합토지세를 각각 감면한다.

1. 국내산업의 국제경쟁력강화에 긴요한 산업지원서비스업 및 고도의 기술을 수반하는 사업

② 외국인투자촉진법 제2조 제1항 제6호 의 규정에 의한 외국인투자기업(이하 이 장에서 “외국인투자기업”이라 한다)에 대한 법인세 또는 소득세는 제1항의 규정에 의하여 감면대상이 되는 사업을 영위함으로써 발생한 소득에 한하여 감면하되, 당해 사업을 개시한 후 당해 사업에서 최초로 소득이 발생한 과세연도(사업개시일부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 당해 사업에서 소득이 발생하지 아니한 때에는 5년이 되는 날이 속하는 과세연도)부터 7년 이내에 종료하는 과세연도에 있어서는 당해 사업소득에 대한 법인세 또는 소득세 상당액(총산출세액에 제1항 각호의 사업을 영위함으로써 발생한 소득이 총과세표준에서 차지하는 비율을 곱한 금액을 말한다)에 외국인투자비율을 곱한 금액(이하 이 항에서 “감면대상세액”이라 한다)의 전액을, 그 다음 3년 이내에 종료하는 과세연도에 있어서는 감면대상세액의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다.

③ 외국인투자촉진법 제2조 제1항 제5호 의 규정에 의한 외국투자가(이하 이 장에서 "외국투자가" 라 한다)가 취득한 주식 또는 출자지분(이하 이 장에서 “주식 등”이라 한다)에서 생기는 배당금에 대한 법인세 또는 소득세는 당해 외국인투자기업의 각 과세연도의 소득에 대하여 그 기업이 제1항의 규정에 의하여 법인세 또는 소득세 감면대상이 되는 사업을 영위함으로써 발생한 소득의 비율에 따라 감면하되, 제2항의 규정에 의하여 법인세 또는 소득세의 감면대상세액의 전액이 감면되는 동안에 있어서는 세액의 전액을, 법인세 또는 소득세 감면대상세액의 100분의 50에 상당하는 세액이 감면되는 동안에 있어서는 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다.

④ 외국인투자기업이 신고한 사업을 영위하기 위하여 취득ㆍ보유하는 재산에 대한 취득세ㆍ등록세ㆍ재산세 및 종합토지세에 대하여는 다음 각호와 같이 그 세액을 감면하거나 일정금액을 과세표준에서 공제한다. 다만，지방자치단체가 지방세법 제9조 의 규정에 의한 조례가 정하는 바에 따라 감면기간 또는 공제기간을 15년까지 연장하거나 연장한 기간내에서 감면비율 또는 공제비율을 높인 때에는 제1호 및 제2호의 규정에 불구하고 그 기간 및 비율에 의한다.

1. 취득세ㆍ등록세 및 재산세는 사업개시일부터 5년 이내에 있어서는 당해 재산에 대한 산출세액에 외국인투자비율을 곱한 금액(이하 이 항 및 제5항에서 “감면대상세액”이라 한다)의 전액을, 그 다음 3년 이내에 있어서는 감면대상세액의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면

2. 종합토지세는 사업개시일부터 5년 동안은 당해 재산의 과세표준에 외국인투자비율을 곱한 금액(이하 이 항 및 제5항에서 "공제대상금액" 이라 한다)의 전액을, 그 다음 3년 동안은 공제대상금액의 100분의 50에 상당하는 금액을 과세표준에서 공제

(4) 조세특례제한법(2004.12.31. 법률 제7322호로 개정된 것) 제127조 【중복지원의 배제】

⑤ 내국인의 동일한 사업장에 대하여 동일한 과세연도에 제6조, 제7조, 제30조의 2, 제31조 제4항ㆍ제5항，제32조 제4항, 제63조, 제63조의 2 제2항, 제64조, 제121조의8，제121조의9 제2항, 제121조의17 제2항, 법률 제4666호 조세감면규제법 개정법률 부칙 제13조 또는 법률 제5584호 조세감면규제법 개정법률 부칙 제12조 제4항과 제121조의2 또는 제121조의4의 규정에 의한 소득세 또는 법인세의 감면규정 중 둘 이상의 규정이 적용될 수 있는 경우에는 그 중 하나만을 선택하여 이를 적용받을 수 있다. (5) 소득세법 제40조 【배당소득 등의 귀속연도】

① 잉여금의 처분에 의하여 거주자가 받는 배당ㆍ상여와 퇴직급여의 귀속연도는 당해 법인의 주주총회ㆍ사원총회 또는 이에 준하는 의결기관에서 그 처분의 결의를 한 날이 속하는 연도로 한다. 다만, 제17조 제1항 제6호의 3의 규정에 따른 배당소득의 귀속연도는 해당 공동사업의 총수입금액과 필요경비에 관한 제39조의 규정에 따른 귀속연도로 한다.

④ 법인의 당해 사업연도의 소득금액을 결정함에 있어서 그 법인의 임원 또는 주주ㆍ사원 기타 출자자에 대한 상여로 보는 소득의 귀속연도는 그 법인의 결산사업연도로 한다. 이 경우에 월평균금액을 계산한 것이 2년도에 걸친 때에는 이를 각각 해당연도에 귀속시킨다 (6) 소득세법 시행령 제46조 【배당소득의 수입시기】 배당소득에 대한 총수입금액의 수입할 시기는 다음 각 호에 규정하는 날로 한다.

1. 무기명주식의 이익이나 배당: 그 지급을 받은 날

2. 잉여금의 처분에 의한 배당: 당해 법인의 잉여금처분결의일 3의 3. 법 제17조 제1항 제7호의 규정에 의한 배당 또는 분배금: 그 지급을 받은 날

6. 법인세법에 의하여 처분된 배당: 당해 법인의 당해 사업연도의 결산확정일

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 1999년에 서울특별시 ○○○을 본사 소재지로 하여 설립된 법인으로 설립당시 ○○○가 35%의 지분을 투자하여 외국인투자기업으로 등록된 기업으로서, 2000.1.19. 재정경제부장관으로부터 조세특례제한법 제121조의2 제1항 제1호 의 규정에 의한 고도기술을 수반하는 사업으로 조세특례제한법 제121조의2 제2항 (외국인투자기업에 대한 법인세 또는 소득세의 감면), 제3항(외국투자가의 배당금에 대한 법인세 또는 소득세 감면), 제4항(취득세․등록세․재산세 및 종합토지세의 감면)에 대한 조세감면 결정통보를 받아 1999사업연도부터 2004사업연도까지 조세특례제한법 제121조의2 제2항 에 의한 외국인투자기업에 대한 법인세 감면과 같은 조 제3항에 의한 외국투자가의 배당금에 세액감면을 각각 적용받았음이 심리자료에 나타난다.

(2) 한편, 청구인은 2004년 중에 본사 및 공장을 서울에서 수도권 외의 지역인 ○○○으로 이전하였는 바, 2005사업연도부터는 외국인투자기업에 대한 법인세 감면 대신 청구인에 유리한 지역이전법인에 적용되는 법인세 감면과 외국투자가의 배당소득에 대한 감면을 각각 적용받았음이 처분청의 심리자료에 나타난다.

(3) ○○○은 처분청에 대하여 종합감사를 실시한 결과 청구인이 2005사업연도 및 2006사업연도에 대하여 조세특례제한법 제121조의2 제3항 에 의한 외국투자가의 배당금에 대한 감면을 적용한 후 원천징수한 것에 대하여 같은 법 제63조의2(본사 수도권외 지방이전에 대한 특별세액)의 규정과 동시 적용할 경우 같은 법 제127조 제5항(중복적용의 배제)에 의하여 그 중 하나만을 선택하여야 하는 것으로 중복감면에 해당하는 것으로 감사지적하였고, 처분청은 부산지방국세청장의 감사지적에 대하여 외국투자가에 대한 배당소득세 감면분을 중복감면으로 보아 이 건 배당소득세를 과세하였음이 처분청의 심리자료에 나타난다.

(4) 살피건대, 조세특례제한법 제127조 (중복지원의 배제)의 취지는 조세지원이 중복적으로 적용됨으로써 발생하는 과다한 조세지원을 적절하게 조절하여 조세감면의 체계적 관리를 유지하기 위한 것으로 같은 법 제127조 제5항에서 “내국인의 동일한 사업장에 대하여 동일한 과세연도에 제63조의2 제2항과 제121조의2의 규정에 의한 소득세 또는 법인세의 감면규정 중 둘 이상의 규정이 적용될 수 있는 경우에는 그 중 하나만을 선택하여 이를 적용받을 수 있다”고 규정하고 있는 바, 같은 법 제121조의2 제3항에 의한 외국투자가는 외국인이므로 내국인의 동일한 사업장에 대한 감면으로 보기 어렵고, 외국투자가가 국내기업에 자본을 출자하고 받는 배당은 외국투자가에 귀속되고 청구인은 이에 대한 원천징수 의무만이 있는 것이므로 조세특례제한법 제127조제5항 의 규정에 의한 중복적용이 배제되는 감면에 해당하지 아니한다고 판단되므로 처분청이 청구인의 수도권외 지역이전법인에 대한 법인세 감면과 외국투자가에 대한 배당소득세 감면을 중복지원으로 보아 과세한 당초처분은 잘못이 있다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있다고 판단되므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.