조세심판원 심판청구 양도소득세

실지 취득가액이 불분명하다고 보아 기준시가로 과세한 처분의 당부

사건번호 조심-2008-부-1001 선고일 2009.01.28

당초 처분청이 취득시 매매계약서 원본 분실로 그 진위 여부가 불확실하다 하여 기준시가에 의해 경정하였으나 거래증빙이나 주변인의 확인 및 정황 등 청구인이 신고한 가액과 다른 것으로 확인된 바가 없으므로 당초처분을 취소해야 할 것임

주 문

○○○세무서장이 2007.12.6. 청구인에게 한 2003년 귀속 양도소득세 24,556,250원의 부과처분은 이를 취소한다.

1. 처분개요
  • 가. 청구인은 1989.5.30. ○○○로부터 ○○○ 답 1,812㎡(이하 “당초취득토지”라 한다)를 취득하여 1991.12.24. 및 1999.10.20. 535㎡를 분할하여 양도하고 기준시가에 의하여 양도소득세를 신고하였고, 2003.8.29. 당초취득토지 중 보유하고 있던 1,277㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 ○○○에게 양도하고 2003.11.4. 실지거래가액(양도가액 160,000,000원, 취득가액 124,592,070원)으로 양도소득세를 신고하였다.
  • 나. 처분청은 청구인에 대한 양도소득세 조사를 실시하여 쟁점토지의 실지취득가액이 불분명한 것으로 보아 기준시가(양도가액 171,118,000원, 취득가액 40,962,329원)에 의하여 양도차익을 계산하여 2007.12.6. 청구인에게 2003년 귀속 양도소득세 24,556,250원을 경정고지하였다.
  • 다. 청구인은 이에 불복하여 2008.1.9. 이의신청을 거쳐 2008.2.29. 이 건 심판청구를 제기하였다.
2. 청구인 주장 및 처분청 의견
  • 가. 청구인 주장 쟁점토지를 양도하고 양도소득세를 신고할 당시에는 당초취득토지의 취득계약서 원본이 있었고 이를 복사하여 사본을 양도소득세 신고서류에 첨부하였으나 이후 매매계약서 원본을 분실하였기 때문에 매매계약서 원본은 제출할 수 없으나, 당초취득토지 취득시 종전소유자 ○○○로부터 수령한 중도금 및 잔금 영수증 원본이 있고, ○○○(사망)의 남편 ○○○이 매매계약서 사본 및 중도금, 잔금 영수증이 사실과 다름없음을 확인하고 있으므로 청구인이 신고한 실지취득가액을 인정하여야 한다.
  • 나. 처분청 의견 청구인이 제출한 당초취득토지의 부동산매매계약서 사본, 검인계약서 사본 및 영수증 2매는 실지취득가액임을 주장한 내용과 거래금액, 계약일, 대금지급일자 및 ○○○의 도장 등이 일치하지 않는 등 쟁점토지의 실지취득가액을 확인할 수 없으므로 소득세법 제96조 및 제114조에 의거 기준시가로 경정한 당초 처분은 정당하다.
3. 심리 및 판단
  • 가. 쟁점 청구인이 신고한 실지취득가액이 사실인지 여부
  • 나. 관련 법령 (1) 소득세법 제96조 【양도가액】

① 제94조 제1항 제1호 및 제2호의 규정에 의한 자산의 양도가액은 당해 자산의 양도당시의 기준시가에 의한다. 다만, 당해 자산이 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 양도자와 양수자간에 실제로 거래한 가액(이하 “실지거래가액”이라 한다)에 의한다.

6. 양도자가 양도당시 및 취득당시의 실지거래가액을 증빙서류와 함께 제110조 제1항의 규정에 의한 확정신고기한까지 납세지 관할세무서장에게 신고하는 경우 (2) 소득세법 제97조 【양도소득의 필요경비계산】

① 거주자의 양도차익의 계산에 있어서 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각호에 규정하는 것으로 한다.

1. 취득가액
  • 가. 제94조 제1항 제1호 및 제2호의 규정에 의한 자산의 경우에는 당해 자산의 취득당시의 기준시가. 다만, 당해 자산이 제96조 제1항 각호의 1에 해당하는 경우에는 그 자산의 취득에 소요된 실지거래가액에 의한다.
  • 나. 제94조 제1항 제3호 및 제4호의 자산의 경우에는 당해 자산의 취득에 소요된 실지거래가액
  • 다. 가목 단서 또는 나목의 경우에 있어서 취득당시의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에는 대통령령이 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산가액 (3) 소득세법 제100조 【양도차익의 산정】

① 양도차익을 계산함에 있어서 양도가액을 실지거래가액(제96조 제3항의 규정에 의한 가액 및 제114조 제5항의 규정에 의하여 매매사례가액ㆍ감정가액이 적용되는 경우 당해 매매사례가액ㆍ감정가액 등을 포함한다)에 의하는 때에는 취득가액도 실지거래가액(제97조 제7항의 규정에 의한 가액 및 제114조 제5항의 규정에 의하여 매매사례가액ㆍ감정가액ㆍ환산가액이 적용되는 경우 당해 매매사례가액ㆍ감정가액ㆍ환산가액 등을 포함한다)에 의하고, 양도가액을 기준시가에 의하는 때에는 취득가액도 기준시가에 의한다. (4) 소득세법 제114조 【양도소득과세표준과 세액의 결정ㆍ경정 및 통지】

④ 납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장은 제1항 내지 제3항의 규정에 의하여 양도소득과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 제96조 및 제97조의 규정에 의한 가액에 의하여야 한다. 다만, 거주자가 제96조 제1항, 제96조 제2항 제6호 및 제97조 제1항 제1호 가목 본문의 규정에 의하여 양도소득과세표준 예정신고 또는 확정신고를 한 경우로서 당해 신고가액이 사실과 달라 납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장이 실지거래가액을 확인한 때에는 그 확인된 가액을 양도가액 또는 취득가액으로 하여 양도소득과세표준과 세액을 경정한다.

⑤ 제4항의 규정을 적용함에 있어서 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 의하는 경우로서 대통령령이 정하는 사유로 장부 기타 증빙서류에 의하여 당해 자산의 양도당시 또는 취득당시의 실지거래가액을 인정 또는 확인할 수 없는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 양도가액 또는 취득가액을 매매사례가액, 감정가액, 환산가액(실지거래가액ㆍ매매사례가액 또는 감정가액을 대통령령이 정하는 방법에 의하여 환산한 취득가액을 말한다) 또는 기준시가 등에 의하여 추계조사하여 결정 또는 경정할 수 있다.

  • 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 1989.5.30. ○○○로부터 쟁점토지를 취득하여 2003.8.29. ○○○에게 양도하고 실지양도가액은 160,000,000원, 실지취득가액은 124,592,070원[당초취득토지 취득가액 176,790,000원을 면적(1,277㎡/1,812㎡)으로 안분계산]으로 하여 양도소득세를 신고한 사실이 양도소득세 신고서(2003.11.4. 접수) 및 처분청 심리자료에 나타난다.

(2) 처분청이 심리자료로 제출한 양도소득세 실가신고자 분석보고서(2007.3) 및 양도소득세 조사(종결)복명서(2007.10.5.)에 의하면, 청구인이 신고한 실지양도가액이 기준시가에 비해 낮은 가액이어서 실지양도가액은 과소신고 혐의가 있고 실지취득가액은 과소신고 혐의가 없는 것으로 분석되어 청구인에 대한 양도소득세 조사가 실시되었으나, 청구인으로부터 쟁점토지를 취득한 ○○○이 수원보호구역으로 지정되어 개발행위가 제한된 토지이기 때문에 기준시가 및 시세에 미달하게 취득하였음을 진술하였고 매매계약서 원본을 제시하여 실지양도가액 160,000,000원은 사실로 확인되었고, 청구인이 당초취득토지의 매매계약서 원본을 제시하지 못하고 종전소유자 ○○○의 주민등록번호가 불분명하여 확인이 불가하며 대금지급 관련 증빙서류도 없으므로 실지취득가액이 확인되지 않는다고 조사한 내용이 나타난다.

(3) 처분청은 위 양도소득세 조사결과를 근거로 쟁점토지의 실지취득가액이 확인되지 아니한다고 하여 청구인이 신고한 실지거래가액을 부인하고 기준시가를 적용하여 이 건 양도소득세를 부과한 사실이 심리자료에 나타나며, 청구인이 신고한 실지거래가액 및 처분청이 적용한 기준시가는 아래 표와 같다.

(4) 청구인은 당초취득토지의 매매계약서 사본을 양도소득세 신고시 처분청에 제출하였으나 이후 원본을 분실하여 매매계약서 원본을 제시할 수는 없으나 당초취득토지의 매매대금을 지급하고 ○○○로부터 받은 중도금 및 잔금 영수증 원본, ○○○의 배우자 ○○○ 및 당시 부동산중개인 ○○○ 등의 사실확인서를 제시하면서 쟁점토지의 실지취득가액이 124,592,070원(당초취득토지의 취득가액은 176,790,000원, 평당 약 32만원)임을 주장하고 있으므로 이에 대하여 살펴본다. (가) 청구인이 제시하는 당초 취득토지 취득관련 매매계약서(이하 “매매계약서”라 한다) 사본에 의하면, 계약체결일이 1989.4.15, 매매대금은 176,790,000원[계약금 20,000,000원(계약과 동시 지불, 계약금란에 “영수함”이라는 기재와 ○○○의 타원형 도장이 날인되어 있음), 잔금 156,790,000원(1989.5.30. 지불키로 함)]으로 나타나고, 매도인란에 ○○○의 타원형 도장, 매수인란에 청구인의 이름과 도장, 소개인란에 시민소개소 ○○○(사업장은 ○○○로 나타남)의 이름과 도장이 날인되어 있다. 한편, 처분청 심리자료에 의하면, ○○○는 ○○○’라는 상호로 1989.12.31.까지 부동산 중개소를 운영한 사실이 확인된다는 내용이 나타난다. (나) 청구인이 제시하는 당초취득토지 취득관련 검인계약서 사본에 의하면, ○○○가 1989.5.30. 부동산등기법 제40조 제2항 의 규정에 따라 검인하였고, ○○○의 주민등록번호(○○○)가 기재되어 있으며, 계약일은 1989.5.20., 매매대금은 10,690,800원이고, 매도인란에 ○○○의 원형 도장이 날인되어 있는 것으로 나타난다. (다) 청구인이 처분청에 제시한 것으로 나타나는 당초취득토지의 중도금 및 잔금 영수증에 의하면, ○○○가 청구인으로부터 당초취득토지 매도대금으로 1989.5.8. 중도금 30,000,000원, 1989.5.30. 잔금 126,790,000원을 영수하였다는 내용이 기재되어 있고, 중도금 영수증에는 ○○○의 타원형 도장이 잔금 영수증에는 ○○○의 원형 도장이 날인되어 있으며, 잔금 영수증과 중도금 영수증의 필체는 서로 다른 것으로 나타난다. 한편, 청구인이 우리원에 제출한 중도금 영수증 원본에는 ○○○의 인감도장과 ○○○의 원형도장이 추가로 날인되어 있고, 잔금 영수증 원본에는 ○○○의 인감도장이 추가로 날인되어 있는 바, 이에 대하여 청구인은 처분청이 위 영수증을 신뢰하지 아니하여 ○○○의 배우자 ○○○에게 영수증 원본을 제시하고 사실과 다름없음을 확인하는 의미에서 ○○○의 인감도장과 ○○○의 원형도장을 추가로 날인 받았다는 주장이다. 위 중도금 및 잔금 영수증에 대하여, 처분청은 매매계약서에는 계약금과 잔금으로만 나누어서 매매대금을 지급하는 것으로 하였지 중도금을 지급하기로 한 사실이 없고 매매계약서에 기재된 잔금과 잔금 영수증의 금액이 서로 다르며, 중도금 및 잔금 영수증에 찍힌 ○○○의 도장이 서로 같은 도장이 아니고 영수증의 필적도 서로 다른 것으로 나타나고 있어 신빙성이 없다는 의견이고, 청구인은 매매계약서에 매매대금을 계약금과 잔금으로 나누어 지급하기로 하였으므로 만약 영수증이 허위로 작성되었다면 굳이 중도금과 잔금으로 나누어 영수증을 작성할 이유가 없는 것이며, 당시 시민소개소 ○○○ 외에 ○○○의 친척으로 추정되는 성명 미상의 다른 한 사람이 중개에 관여하였는데 중도금과 잔금의 필체가 서로 다른 것은 ○○○와 그 성명미상자가 각각 작성하였기 때문이고, 중도금 영수증에 날인된 도장은 매매계약서에 날인된 ○○○의 타원형 도장과 같고 잔금 영수증에 날인된 도장은 검인계약서에 날인된 ○○○의 원형 도장과 같으며 둘 다 ○○○의 도장이므로 중도금 및 잔금 영수증이 신빙성이 없다는 처분청 의견은 타당하지 않다는 주장이다. (라) 청구인은 당초 취득토지를 건축자재 적재용으로 취득하였다고 주장하면서 건설회사를 운영한 증빙[○○○ 개업한 내용이 나타나는 사업자등록증(발급일은 1992.9.2)을 제시]을 제시하고 있는 바, 처분청은 청구인의 건축관련 사업이력이 확인되지 않고, 건축자재 적재용으로 사용하기 위해 176,790,000원이라는 큰 금액을 지급하였다는 것이 쉽게 수긍이 가지 않는다는 의견이고, 청구인은 1992년 이전에도 ○○○(폐업되었다고 주장)의 이사로서 건축관련 사업을 하였고, 1986.1.21. 청구인의 주소지인 ○○○으로부터 저축증대에 기여한 공으로 감사장을 수여받은 사실도 있는 등 당초취득토지를 취득할 경제적 기반이 있었다는 주장이다. (마) 청구인은, 당시 ○○○는 병환으로 인해 거래에는 일체 참여하지 않았고 ○○○의 배우자 ○○○이 매매계약을 진행하였다고 주장하면서, ○○○으로부터 매매계약서 및 중도금, 잔금 영수증이 사실과 다름없다는 내용의 사실확인서(작성일: 2008.2.14.)를 인감증명서를 첨부하여 제시하였고, 처분청은 ○○○과 통화하여 확인한 바 오래전 일이고 ○○○가 직접 계약을 체결하여 본인은 계약내용에 대해 알지 못한다고 진술하였다는 의견이나, 우리 원이 ○○○에게 확인한 바에 의하면, ○○○은 위 사실확인서 내용이 사실이라고 진술하였고, ○○○의 도장 중 타원형 도장을 현재도 보관하고 있다면서 이를 백지에 날인하여 우리 원에 보내왔으며, 당초취득토지는 부산에서 울산으로 가는 도로변에 위치해 있고, 당시 좋은 가격을 받고 당초취득토지를 양도하였다고 진술하였다. (바) 청구인은 당초취득토지의 매매를 중개한 ○○○의 사실확인서를 인감증명서를 첨부하여 우리 원에 제시하였는 바, ○○○의 사실확인서에 의하면, ○○○는 ○○○를 대리한 ○○○과 청구인 사이에서 당초취득토지 매매계약을 중개한 사실이 있으며, ○○○는 건강상의 이유로 매매계약시 배석하지 아니하였고, ○○○ 본인이 매매계약일, 중도금 및 잔금지급일에 현장에 입회하였으며 직접 매매계약서와 중도금 및 잔금 영수증을 작성한 사실이 있다는 내용이 나타나고, 매매계약서 상의 중개인 ○○○의 서명 및 인감도장이 ○○○ 자신의 서명 및 인감도장과 동일하다는 증거로 매매계약서 중개인란 아래에 다시 ○○○의 이름을 기재하고 현재 보관하고 있다는 인감도장을 날인하여 제출한 것으로 나타난다. 우리 원이 ○○○에게 확인한 바에 의하면, 당시 ○○○이 쟁점토지를 평당 30만원 내지 40만원 선에서 매물로 내놓았고, 청구인이 찾아와서 거래를 중개하게 되었으며, 청구인 주장이 사실이어서 사실확인서에 날인한 것이고, 매매계약서에 날인된 도장이 본인의 인감도장이고 현재도 보관하고 있으며, 매매계약서에 적힌 필체가 자신의 필체가 맞다고 답변하였다. (사) 청구인은 당시 마을이장이었던 ○○○의 사실확인서를 우리 원에 제출하였는 바, ○○○의 사실확인서에 의하면 당초취득토지는 개발제한구역과 상수원보호지역으로 묶여있어 가격이 저가로 형성되어 있던 중 1988년 서울올림픽 효과로 인하여 그린벨트지역이 해제되고 ○○○가 공업용수로 바뀔 것이란 소문으로 토지를 매입하고자 하는 사람은 다소 있었으나 매도하고자 하는 사람은 없었으며, 1989년도에는 대로변의 토지는 평당 토지가격이 30만원 내지 40만원을 호가하였고, ○○○의 배우자 ○○○으로부터 당초취득토지를 그 정도의 가격으로 매도하였다는 말을 들은 사실이 있다는 내용이다. 우리 원이 ○○○에게 확인한 바, ○○○ 본인은 1988년에서 1991년 사이에 당초취득토지 소재지 마을이장을 하였고 현재도 거주하고 있으며, 당시 ○○○으로부터 평당 30만원에서 34만원 수준에서 가격을 잘 받고 팔았다는 애기들 들었고, 마을 아래쪽에 ○○○가 있었는데 1988년 올림픽을 전후해서 모 재벌이 이를 구입하여 요트장을 만든다는 풍문이 돌아 마을사람들이 토지를 팔지 않았기 때문에 거래가 거의 없었으며, 청구인의 사실확인요청을 받고 ○○○에게 전화하여 당시 30만원에서 34만원 수준에 양도하였다는 내용을 재차 확인하고 사실확인서를 작성한 것이며, 청구인은 당초취득토지를 구입하여 보유하다가 손해를 보고 나간 것으로 알고 있다고 진술하였다. (아) 청구인이 제시한 쟁점토지 토지이용계획확인서 및 현황사진에 의하면, 쟁점토지는 상수원보호구역내의 토지로서 왕복 4차선 도로와 고속철도 사이에 서로 접해있는 것으로 나타난다. (자) 살피건대, 청구인이 당초취득토지 취득관련 매매계약서 원본을 제시하지 못하고 있으나 2003.11.4. 쟁점토지 양도소득세 신고당시 매매계약서 사본을 처분청에 제출한 것으로 나타나므로 양도소득세 신고 이후 매매계약서 원본을 분실하였을 가능성도 있는 점, 청구인이 당초취득토지의 매매대금 중 중도금 및 잔금을 지급하고 받은 중도금 및 잔금 영수증 원본을 제시하였고 그 중도금 및 잔금 영수증에 날인된 도장이 ○○○의 두개의 도장으로 나타나나 중도금 영수증에 날인된 도장과 매매계약서에 날인된 도장이 서로 같은 도장(○○○의 타원형 도장)이고 잔금 영수증에 날인된 도장과 검인계약서에 날인된 도장이 서로 같은 도장(○○○의 원형 도장)이며 매매계약서 및 영수증에 날인된 ○○○의 도장을 ○○○의 배우자 ○○○이 현재도 보관하고 있는 사실 등으로 보아 중도금 및 잔금 영수증이 신빙성이 있어 보이는 점, 매매계약서에 매도인 ○○○의 주소와 중개인 ○○○의 인적사항이 기재되어 있고 검인계약서에는 ○○○의 주민등록번호가 기재되어 있으므로 중개인, ○○○ 또는 ○○○의 배우자 ○○○을 통하여 실지취득가액을 확인할 수 있다고 보이는 점, 매매계약서에 나타나는 중개인 ○○○가 매매계약서가 사실이고 당초취득토지의 실지취득가액이 176,790,000원이라고 확인하였고 ○○○의 사실확인서에 기재 또는 날인된 ○○○의 필체 및 인감도장이 매매계약서에 기재 또는 날인된 ○○○의 필체 및 인감도장과 동일한 것으로 보아 매매계약서를 ○○○가 작성하였다는 주장이 사실로 보이는 점, ○○○의 배우자 ○○○도 당초취득토지의 실지취득가액이 176,790,000원이라고 확인하였고 당시 마을이장 ○○○의 사실확인내용과 일치하며 매매계약서 및 영수증에 날인된 ○○○의 도장을 현재도 보관하고 있는 것으로 보아 ○○○의 주장이 신빙성이 있는 점, 청구인이 쟁점토지를 기준시가보다 고가에 취득하여 기준시가보다 저가에 양도한 것으로 신고하였으나 당초취득토지 취득시점이 88서울올림픽 직후이며, 쟁점토지 양도당시에는 쟁점토지 바로 옆에 고속철도가 건설되고 있고, 실지양도가액은 처분청 조사결과 사실로 확인되었으며, 1989년에 당초취득토지 인근 대로변의 토지가격이 평당 30만원 내지 40만원을 호가하였다는 마을이장 ○○○의 진술과 쟁점토지를 평당 약 32만원에 취득하였다는 청구인의 주장이 일치하는 점 등으로 보아 청구인의 양도소득세 신고내용이 거짓으로는 보이지 않는 점, 쟁점토지의 실지취득가액이 청구인이 신고한 가액과 다른 것으로 확인된 사실은 없는 점 등을 종합적으로 고려할 때 쟁점토지의 실지취득가액은 청구인이 당초 신고한 124,592,070원으로 인정된다 할 것이므로 처분청이 기준시가를 적용하여 이 건 양도소득세를 부과한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

결정 내용은 붙임과 같습니다.

원본 출처 (국세법령정보시스템)