토지와 건물의 가액을 계약서에 구분기재시 근거가 없으면 불분명한 것으로 봄

심판청구를 기각합니다.

• 가. 청구인은 2002.12.31. ○○시 ○○구 ○○동 1646-92 대지 386㎡, 건물 1,002.75㎡(이하 “쟁점부동산”이라 한다)를 취득하여 부동산임대업을 영위하다가 2006.4.17. 쟁점부동산을 ○○주식회사에 30억원에 양도한 후 건물가액을 4억원(부가가치세 포함)으로 한여 2006년 1기분 부가가치세를 신고하였다.
• 나. 처분청은 쟁점부동산의 토지 및 건물가액의 구분이 불분명한 것으로 보아 매매가액 30억원(공급대가)을 토지와 건물의 기준시가로 각각 안분계산하여 건물가액을 1,975,412,556원으로 하고 2007.12.9. 청구인에게 2006년 1기분 부가가치세 212,692,560원을 경정고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2008.1.25. 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구인 주장 청구인이 관할구청에 제출한 매매계약서는 등기상 필요에 의하여 형식적으로 작성된 매매계약서이나, 처분청에 제출한 매매계약서는 양도인과 양수인이 정식계약에 의해 토지와 건물가액을 각각 별도 계약서에 구분 기재하여 실지거래가액으로 작성한 매매계약서이며, 쟁점부동산은 ○○주식회사에서 건물은 철거하고 토지만 사용 목적으로 매매된 것으로 도시재개발에 따른 특수한 사정으로 토지의 사용가치가 급격하게 상승하여 상대적으로 토지가액이 증가하였음에도 불구하고 처분청이 쟁점부동산의 토지 및 건물가액의 구분이 불분명한 것으로 보아 매매가액을 토지와 건물의 기준시가로 각각 안분계산하여 이 건 과세한 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 청구인은 총매매대금 30억원 중 토지가액 26억원, 건물가액 4억원으로 구분기재된 매매계약서를 작성하여 신고하였으나, 처분청이 관할구청에서 수집한 매매계약서에 의하면 총매매대금 30억원은 일치하나, 토지와 건물가액이 구분되지 아니하여 부가가치세법시행령 제48조 의 2 제4항을 적용하여 쟁점부동산의 건물가액을 기준시가에 의해 안분계산한 1,975,412,556원으로 보아 이 건 과세한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 토지가액과 건물가액의 구분이 불분명한 것으로 보아 기준시가로 안분계산하여 건물분 부가가치세를 과세한 처분의 당부
• 나. 관련법령 (1) 부가가치세법 제6조 【재화의 공급】⑥ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것은 재화의 공급으로 보지 아니한다.

1. 재화를 담보로 제공하는 것으로서 대통령령이 정하는 것

2. 사업을 양도하는 것으로서 대통령령이 정하는 것. 다만, 사업자가 제16조의 규정에 의한 세금계산서를 교부한 경우로서 대통령령이 정하는 경우를 제외한다.

3. 법률에 의하여 조세를 물납하는 것으로서 대통령령이 정하는 것 (2) 부가가치세법시행령 제48조 의2【과세표준의 안분계산】④ 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 및 그 밖의 구축물 등(이하 이 조에서 "건물 등"이라 한다)을 함께 공급하는 경우에 그 건물 등의 공급가액은 실지거래가액에 의한다. 다만, 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우에는 다음 각 호에 정하는 바에 의한다.

소득세법 제99조 의 규정에 의한 기준시가(이하 이 조에서 "기준시가"라 한다)가 모두 있는 경우에는 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분계산한다. 다만, 감정평가가액[제21조에 규정된 공급시기(중간지급조건부 또는 장기할부판매의 경우는 최초 공급시기)가 속하는 과세기간의 직전 과세기간 개시일부터 공급시기가 속하는 과세기간의 종료일까지 부동산가격공시 및 감정평가에 관한 법률에 따른 감정평가법인이 평가한 감정평가가액을 말한다. 이하 이 항에서 같다]이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분계산한다.

2. 토지와 건물 등 중 어느 하나 또는 모두의 기준시가가 없는 경우로서 감정평가가액이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분계산한다. 다만, 감정평가가액이 없는 경우에는 장부가액(장부가액이 없는 경우에는 취득가액)에 비례하여 안분계산한 후 기준시가가 있는 자산에 대하여는 그 합계액을 다시 기준시가에 의하여 안분계산한다.

3. 제1호 및 제2호의 규정을 적용할 수 없거나 적용하기 곤란한 경우에는 국세청장이 정하는 바에 따라 안분계산한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 이 건 과세경위를 보면, 청구인은 2002.12.31. 쟁점부동산을 취득하여 부동산임대업을 영위하다가 2006.4.17. ○○주식회사에 30억원에 양도한 후 건물가액을 4억원으로 하여 2006년 1기분 부가가치세를 신고하였으나, 처분청은 쟁점부동산의 토지 및 건물가액의 구분이 불분명한 것으로 보아 매매가액 30억원(공급대가)을 토지와 건물의 기준시가로 각각 안분계산하여 건물가액을 19,975,412,556원으로 하고 2007.12.9. 청구인에게 이 건 과세처분한 사실이 확인된다.

(2) 청구인은 쟁점부동산은 ○○주식회사에서 건물은 철거하고 토지만 사용할 목적으로 토지와 건물가액을 각각 별도 계약서에 구분 기재하여 실지거래가액으로 거래하였음에도 처분청이 쟁점부동산의 토지 및 건물가액의 구분이 불분명한 것으로 보아 매매가액을 토지와 건물의 기준시가로 각각 안분계산하여 이 건 과세한 처분은 부당하다고 주장하므로 이에 대하여 본다. (가) 청구인이 관할구청에 신고한 쟁점부동산의 매매계약서(2006.3.25.)에 의하면 토지 및 건물가액의 구분없이 계약금 3억원(2006.3.25.) 및 잔금 27억원(2006.4.14), 합계 30억원에 매매계약을 체결한 것으로 나타나고, 처분청에 신고한 매매계약서(2006.2.27.)에는 토지 26억원 및 건물 4억원 합계 30억원에 매매계약을 체결한 것으로 나타난다. (나) 부동산임대업을 영위하던 사업자가 과세사업에 사용하던 토지와 건물을 양도하는 경우 건물의 양도에 대하여는 부가가치세법 제6조 제1항 규정에 의하여 부가가치세가 과세되는 것이며, 부가가치세가 과세되는 건물의 과세표준은 실지거래가액에 의하는 것이나 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물의 가액의 구분이 불분명한 경우에는 부가가치세법 시행령 제48조 의 2 제4항의 규정에 따라 안분계산한 금액으로 하며, 당해 안분계산한 건물의 가액을 과세표준(공급가액)으로 하여 부가가치세법 제16조 의 규정에 의한 세금계산서를 공급받는 자에게 교부하여야 한다. (다) 종합하건대, 청구인이 처분청 및 관할구청에 제출한 매매계약서상의 총 매매대금은 30억원으로 일치하나, 처분청에 제출한 매매계약서상의 토지가액을 26억원, 건물가액을 4억원으로 구분 기재한 근거를 제시하지 못하고 있으므로 처분청이 쟁점부동산의 양도에 대하여 부가가치세법시행령 제48조 의 2 제4항에서 규정하고 있는 토지의 가액과 건물의 가액이 불분명한 경우에 해당한다고 보아 기준시가로 토지와 건물가액을 안분계산한 후 건물가액에 대하여 이 건 부가가치세를 과세한 처분에는 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.