시공사가 하도급한 철거공사용역의 매입세액공제

1. ◇◇세무서장이 2007.7.2. 청구법인에게 한 부가가치세 2003년 제2기분 84,256,850원, 2004년 제1기분 1,962,440원 및 2005년 제2기분 584,110원의 부과처분은 이를 각각 취소한다.

2. 나머지 심판청구는 기각한다.

• 가. 청구법인은 2001.2.28. 부산 △△△△아파트 재건축사업(과세 및 면세 겸용 건축사업으로서 이하 󰡒쟁점사업󰡓이라 한다)을 위하여 설립된 재건축 주택조합으로서 쟁정사업의 건축공사를 ○○건설 주식회사(이하󰡒시공사󰡓라 한다)에게 도급한 후 작업진행률에 의거 건축공사비를 지급하고, 시공사로부터 세금계산서를 수취하여 해당 매입세액을 공통매입세액으로 보아 총예정사용면적을 기준으로 안분계산한 후 과세사업에 해당하는 2003년 제2기분 243,728천원, 2004년 제1기분 851,747천원 및 2005년 제2기분 282,412천원의 매입세액(이하󰡒신고매입세액󰡓이라 한다)을 매출세액에서 공제하는 것으로 부가가치세를 신고하였고, 2003년 제2기에 전주ㆍ지중선의 이설공사비로 지급하고 ◇◇◇◇공사 등으로부터 수취한 세금계산서(공급가액 771,082천원)의 매입세액(이하󰡒이설공사관련 매입세액󰡓이라 한다)을 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출과 관련된 매입세액으로 보아 매입세액에서 불공제하는 것으로 부가가치세를 신고하였으며, 2006년 제2기 부가가치세 과세기간중 매출액 722,670원을 과다신고하고, 매입액 56,045천원을 과소신고한 사실을 확인하고 2007.3.23. 2006년 제2기 부가가치세 75,171천원을 환급하여 줄 것을 내용으로 하는 경정청구서를 처분청에 제출하였다.
• 나. 처분청은 경정청구에 대한 조사에서 청구법인의 경정청구는 정당한 것으로 결정하였으나, 신고매입세액에는 시공사가 기존아파트 철거공사(이하󰡒철거공사󰡓라 한다)를 ○○○○○ 주식회사(이하󰡒하도급자󰡓라 한다)에게 하도급하고 수취한 매입세금계산서의 매입세액 2003년 제2기분 58,140천원, 2004년 제1기분 1,380천원 및 2005년 제2기분 464천원(이하󰡒철거공사관련 매입세액󰡓이라 한다)이 포함되어 있다고 보아 신고매입세액에서 철거공사관련 매입세액을 차감하여 2007.7.2. 청구법인에게 부가가치세 2003년 제2기분 84,256,850원, 2004년 제1기분 1,962,440원, 2005년 제2기분 584,110원을 경정ㆍ고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2007.10.2. 이의신청을 거쳐 2008.2.4. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구법인 주장

(1) 쟁점사업의 공사용역은 시공사가 아파트 및 부대복리시설을 재건축하여 청구법인의 조합원에게 무상지분면적의 아파트를 제공하고, 나머지 공사비 및 이익에 대하여는 시공사가 책임을 지는 형태의 공사도급용역으로서 청구법인이 시공사와 체결한 공사도급계약서에 시공사의 책임과 비용으로 사업부지내 건축물과 지장물을 철거하고, 철거 또는 시공 중에 발생하는 수목, 골재, 폐자재 등 부산물은 시공사에 귀속하는 것으로 약정하고 있어 쟁점사업의 철거용역은 시공사가 쟁점아파트의 재건축공사를 수주하면서 무상으로 제공한 용역에 해당하는 것임에도 쟁점사업의 공사도급액 내에 시공사의 철거용역비가 포함되어 있는 것으로 보아 신고매입세액에서 철거공사관련 매입세액을 차감한 처분은 부당하다.

(2) 2003년 제2기 부가가치세 과세기간에 기존아파트에 설치된 전력선, 전화선 및 통신케이블을 신축아파트에 맞게 이전하기 위하여 지출한 전주ㆍ지중선의 이설공사비용과 관련된 매입세액은 건축공사용역과 관련된 매입세액으로 공제대상임에도 토지관련 매입세액으로 오인하여 매입세액 불공제하는 것으로 신고하였으나, 처분청이 당해 과세기간의 부가가치세를 증액경정하면서 이를 바로잡아 매입세액으로 공제하지 아니함은 부당하다.

• 나. 처분청 의견

(1) 청구법인과 시공사 간에 작성한 공사도급계약서에 기존아파트의 철거내용이 명시되어 있고, 청구법인이 기존아파트의 철거공사용역과 관련된 세금계산서를 시공사로부터 직접 수취하지는 아니하였다 하더라도 쟁점공사의 공사도급액에는 기존아파트 철거비용이 포함되어 있는 것이므로 신고매입세액에서 철거공사관련 매입세액을 불공제한 처분은 정당하다.

(2) 재건축사업의 사업승인 후 전주이설 및 도시가스 배관시설 설치 등을 위한 비용은 토지관련 매입세액에 해당하므로 청구법인이 2003년 제2기 부가가치세 신고시 매입세액에서 불공제한 내용은 정당하다.

• 가. 쟁점

(1) 시공사가 기존아파트 철거공사용역을 하도급한 후 하도급자로부터 수취한 철거비용 관련 매입세액을 청구법인이 시공사로부터 수취한 건축공사비용 관련 매입세액에서 차감한 처분의 당부

(2) 전주ㆍ지중선의 이설공사비용 관련 매입세액이 토지관련 매입세액으로서 불공제대상인지 여부

• 나. 관련법령

(1) 부가가치세법 제17조 (납부세액) ② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

4. 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령이 정하는 토지관련 매입세액 (2) 부가가치세법 시행령 제60조 (매입세액의 범위) ⑥ 법 제17조 제2항 제4호에서 󰡒대통령령이 정하는 토지관련 매입세액󰡓이라 함은 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액으로서 다음 각호의 1에 해당하는 매입세액을 말한다.

1. 토지의 취득 및 형질변경, 공장부지 및 택지의 조성 등에 관련된 매입세액

2. 건축물이 있는 토지를 취득하여 그 건축물을 철거하고 토지만을 사용하는 경우에는 철거한 건축물의 취득 및 철거비용에 관련된 매입세액

3. 토지의 가치를 현실적으로 증가시켜 토지의 취득원가를 구성하는 비용에 관련된 매입세액

(3) 국세기본법 제22조의2 (경정 등의 효력) ① 세법의 규정에 의하여 당초 확정된 세액을 증가시키는 경정은 당초 확정된 세액에 관한 이 법 도는 세법에서 규정하는 권리ㆍ의무관계에 영향을 미치지 아니한다. 제45조의2 (경정 등의 청구) ① 과세표준신고서를 법정신고기한내에 제출한 자는 다음 각호의 1에 해당하는 때에는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액(각 세법에 따른 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 과세표준 및 세액을 말한다)의 결정 또는 경정을 법정신고기한 경과 후 3년(각 세법에 따른 결정 또는 경정이 있는 경우에는 이의신청ㆍ심사청구 또는 심판청구 기간을 말한다) 이내에 관할세무서장에게 청구할 수 있다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점 (1)에 대하여 살펴본다. (가) 청구법인은 쟁점사업의 건축공사를 시공사에게 도급한 후 작업진행률에 의거 건축공사비를 지급하고, 시공사로부터 세금계산서를 수취하여 해당 매입세액을 공통매입세액으로 보아 총예정사용면적을 기준으로 안분계산한 후 그 매입세액을 매출세액에서 공제하는 것으로 부가가치세를 신고한 사실이 부가가치세 신고서 등 심리자료에 의하여 확인된다. (나) 처분청은 신고매입세액에는 기존아파트 철거와 관련된 매입세액이 포함되어 잇는 것으로 보아 신고매입세액에서 시공사가 기존아파트 철거공사용역을 하도급한 후 하도급자로부터 수취한 세금계산서상 매입세액을 차감하여 2007.7.2. 청구법인에게 부가가치세 2003년 제2기분 84,256,850원, 2004년 제1기분 1,962,440원 및 2005년 제2기분 584,110원을 경정ㆍ고지한 사실이 부가가치세 경정결의서 등 심리자료에 의하여 확인된다. (다) 처분청은 청구법인과 시공사 간에 작성한 공사도급계약서에 기존아파트의 철거내용이 명시되어 있고, 청구법인이 기존아파트의 철거공사용역과 관련된 세금계산서를 시공사로부터 직접 수취하지는 아니하였다 하더라도 쟁점공사의 공사도급액에는 기존아파트 철거비용이 포함되어 있는 것이므로 신고매입세액에서 철거공사관련 매입세액을 차감한 처분은 정당하다는 의견이다. (라) 청구법인은 쟁점사업의 철거용역은 시공사가 쟁점아파트의 재건축공사를 수주하는 대신 무상으로 제공한 용역에 해당하는 것임에도 쟁점사업의 공사도급액 내에 시공사의 철거용역비가 포함되어 있는 것으로 보아 신고매입세액에서 철거공사관련 매입세액을 참가한 처분은 부당하다고 주장하고 있어 이에 대하여 살펴본다.

1. 2003년 청구법인과 시공사간에 작성한 부산사직주공아파트 재건축사업의 공사도급계약조건 제2조ㆍ제4조ㆍ제5조ㆍ제6조 및 제12조의 주요내용은 다음과 같고, 기존 건축물의 철거와 관련하여 제12조 제1항은 이주가 완료된 경우 시공사는 자신의 책임과 비용으로 사업부지 내의 건축물 등의 철거를 시행하여야 하는 것으로 약정하고 있다. 제2조(공사의 범위) ② 1. 건축연면적(139,22.88평), 아파트(104,389.38평), 상가(4,364.75평), 유치원(466.46평), 주차장(29,347.95평), 보육시설(122.06평), 기타(530.28평) 제4조(사업시행의 방법) ① 청구법인은 시공사에게 청구법인과 청구법인의 조합원이 소유하고 있는 토지를 제공하며, 이에 대한 대가로 신축된 아파트 및 부대복리시설을 대물로 받는다.

② 시공사는 청구법인과 청구법인의 조합원이 제공한 토지에 사업경비를 투입하여 건축시설을 시공한 후, 신축된 아파트 및 부대복리시설중 제5조에서 정한 무상지분면적을 청구법인에게 공급하며, 잔여 건축시설은 일반 분양하여 공사비 및 사업비로 충당한다. 제5조(무상지분면적) ① 1. 아파트를 소유하고 있는 청구법인의 조합원이 소유한 기존아파트에 한 신축아파트의 무상지분면적 기준은 다음과 같다. (표 생략)

3. 청구법인은 제1호 무상지분을 제외한 조합원 부담금, 일반분양수입금(부대복리시설 포함)과 시공사의 공사비 및 사업비 등에 대하여 일체 관여할 수 없다. 제6조(업무의 범위) ② 시공사의 책임의 범위는 다음과 같다.

3. 관할행정기관이 최종 승인한 건축시설(부대시설 포함)의 시공

4. 기존 건축물의 철거, 이설, 폐자재 처리

제12조(지장물의 철거)

① 이주가 완료된 경우 시공사는 자신의 책임과 비용으로 사업부지내 건축물 및 지장물(수목, 전기, 상수도, 통신 등)의 철거를 시행하여야 한다.

② 지장물의 철거 또는 시공 중에 발생되는 수목, 골재, 폐자재 등 부산물은 시공사에게 귀속되며, 청구법인의 조합원은 여하한 이유로도 배상 혹은 보상을 요구할 수 없다.

2. 시공사는 기존아파트 철거공사를 위하여 2003.10.31. 하도급자와 도급금액 2,883백만원(부가가치세 별도)의 철거공사 하도급계약서를 작성한 후 2003.12.31. 도급금액 75백만원을 감액하는 변경계약서를 작성하였다가 2004.4.26. 도급금액 76백만원을 증액하는 변경계약서를 다시 작성하였고, 하도급자로부터 매입세금계산서(공급가액이 2003년 제2기 2,172,351천원, 2004년 제1기 51,589천원 및 2005년 제2기 17,368천원)를 수취하여 부가가치세 신고시 매입세액으로 공제받은 사실이 공사도급계약서 및 세금계산서 등 심리자료에 의하여 확인된다. (마) 살피건대, 쟁점사업은 시공사가 청구법인의 조합원이 제공한 토지에 경비를 투입하여 건축시설을 완공한 후 신축된 아파트 및 부대복리시설중 무상지분면적의 아파트를 청구법인의 조합원에게 공급하고, 잔여 건축시설은 일반 분양하여 시공사의 공사비 및 사업비로 충당하는 형태의 사업으로서 공사도급계약조건 제5조 제1항 제3호에서 청구법인은 제1호 무상지분을 제외한 조합원 부담금, 일반분양수입금(부대복리시설 포함)과 시공사의 공사비 및 사업비 등에 대하여 일체 관여할 수 없다는 것으로 약정하고 있어 시공사가 쟁점사업의 공사를 수주한 이후 발생하는 공사비 및 이익에 대하여는 시공사가 책임을 지는 형태의 공사도급계약이라 할 것인 바, 동 계약조건 제12조 제1항에서 이주가 완료된 경우 시공사는 자신의 책임과 비용으로 사업부지내 건축물 및 지장물(수목, 전기, 상수도, 통신 등)의 철거를 시행하여야 하는 것으로 약정하고 있는 사실을 감안하면 시공사가 쟁점사업의 공사를 수주하면서 기존아파트의 철거용역을 청구법인에게 무상으로 제공하였다 할 것이고, 그렇다면 시공사가 실제 철거공사를 한 하도급자에게 공사비를 지급하였다 하더라도 이는 위 계약조건에 따라 자신의 책임과 비용으로 지급한 것일 뿐 청구법인에게 동 공사비 상당액의 구상을 요구할 수도 없으므로 청구법인이 시공사에게 하도급한 쟁점공사의 공사도급액 중에 기존아파트 철거비용이 포함되어 있다고 보기가 어렵다. (바) 따라서, 청구법인이 시공사에게 하도급한 쟁점공사의 공사도금액 중에 기존아파트 철거비용이 포함되어 있는 것으로 보아 신고매입세액에서 철거공사관련 매입세액을 차감하여 부가가치세를 부과한 이 건 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

(2) 쟁점(2)에 대하여 살펴보면, 청구법인이 2003년 제2기 부가가치세 과세기간에 이설공사관련 매입세액을 토지관련 매입세액으로 보아 불공제하는 것으로 부가가치세를 신고한 후국세기본법제45조의2 제1항에서 규정하는 경정청구기한 내에 경정청구를 제기하지 아니하였지만, 증액경정처분으로 고지된 세액의 범위 내에서 불복청구가 가능하다(국심 2003중556, 2003.10.18. 같은 뜻) 할 것이므로 심리대상에 해당하나, 쟁점(1)에서 이 건 증액경정처분이 취소되었으므로 심리를 생략한다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호, 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.