부동산 양도가액을 기준시가로 안분계산하여 부가가치세를 과세한 처분의 당부

심판청구를 기각합니다.

청구법인은 2005.12.27. OOOO교회에 OOO도 OO시 OO동 86-3 외 7필지 22,997㎡ 및 부속건물 7,442.68㎡(이하 “쟁점부동산”이라 한다)를 9,650,000천원〔토지가액 9,500,000천원, 건물가액(공급대가) 150,000천원〕에 양도한 후 건물의 공급가액 136,363천원 상당액을 해당 과세기간에 대한 과세표준에 포함하여 부가가치세 신고를 하였다. 처분청은 쟁점부동산 양도가액을 부가가치세법 제13조 제5항 및 동법시행령 제48조의2 제4항 규정을 적용하여 기준시가로 안분한 가액(토지가액 6,655,214천원, 건물가액 2,722,532천원)으로 부가가치세 과세표준을 경정하여 2007.11.5. 청구법인에게 2005년 제2기 부가가치세 360,382,600원을 경정고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2008.1.30. 이 건 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구법인 주장

(1) 계약당시 이 건 건물은 장기간 공해공장인 제지공장 용도로 사용되어 부식되고 노후된 건물로 재산가치가 거의 없는 상태였으며, 더군다나 매수인인 OOOO교회 측은 교회로 사용하기에는 공장건물은 아무 쓸모가 없으니 건물가치를 인정할 수 없다고 주장하고 심지어는 공장건물을 철거하여 줄 것을 요구하여 계약이 성사되지 못할 뻔 하였으나 토지가액 9,500,000천원, 공장건물가액 150,000천원으로 당사자 간에 합의하고 매매계약서상에 토지가액과 공장건물가액을 명시적으로 구분 기재하여 계약을 체결하였다.

(2) 청구법인은 토지가액과 건물가액을 구분 표시하여 매매계약을 체결하였고, 건물과 토지의 규모와 형태, 사용용도, 매수인의 사용목적 등을 감안하면 매매계약서상의 건물가액 150,000천원이 실지거래가액임에도 불구하고 건물가액을 기준시가에 의하여 안분하여 부가가치세를 과세한 이 건 처분은 부당하다.

• 나. 처분청 의견 건물을 멸실하고 신축할 의도에서 토지만 필요한 상태라 하더라도 건물을 신축할 경우 나대지가 아닌 이상 건물도 매입하여 멸실후 건축하여야 하는 것이 일반적이며, 2002.1.4. 취득한 쟁점부동산중 건물취득가액이 1,932,640천원이나 되며, 양수인은 쟁점부동산의 토지가 꼭 필요한 상황이므로 청구인의 건물취득가액보다 더 높은 금액을 건물을 매수할 의사가 있음에도 건물을 150,000천원에 매매를 한다는 것은 있을 수 없는 일이며, 건물가액 150,000천원은 쟁점부동산중 건물 장부가액의 8.4%, 양도당시 기준시가의 9.4%에 불과하고, 2003년 사업연도에서 발생한 이월결손금중 미공제액이 1,237,969,269원이 존재하는 상태에서 임의로 건물가액을 결정함으로써 납부해야 할 부가가치세액은 258,616,867원이나 감소하는 반면, 법인세법상 익금은 258,616,867원 증가에 그치므로 세부담을 부당히 감소시키기 위하여 부가가치세법에서 정한 방법에 의하지 아니하고 임의로 건물가액을 정하였다고 판단되므로 부동산매매계약서상에 기재된 그 구분 표시된 가액이 당해 토지 및 건물의 규모와 형태, 사회통념 등에 비추어 합당하지 아니한 경우에 해당되므로 기준시가에 의하여 안분한 건물가액을 부가가치세 과세표준으로 결정한 이 건 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 쟁점부동산 양도가액을 기준시가로 안분계산하여 부가가치세를 과세한 처분의 당부
• 나. 관련법령

○ 부가가치세법 제13조 【과세표준】

① 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 다음 각호의 가액의 합계액(이하 “공급가액”이라 한다)으로 한다. 다만, 부가가치세는 포함하지 아니한다.

1. 금전으로 대가를 받는 경우에는 그 대가

2. 금전 이외의 대가를 받는 경우에는 자기가 공급한 재화 또는 용역의 시가

3. 재화의 공급에 대하여 부당하게 낮은 대가를 받거나 대가를 받지 아니하는 경우에는 자기가 공급한 재화의 시가 3의 2. 용역의 공급에 대하여 부당하게 낮은 대가를 받는 경우에는 자기가 공급한 용역의 시가

4. 폐업하는 경우의 재고재화에 대하여는 시가

② 다음 각호의 금액은 과세표준에 포함하지 아니한다.

3. 공급받는 자에게 도달하기 전에 파손ㆍ훼손 또는 멸실된 재화의 가액

5. 공급대가의 지급지연으로 인하여 지급받는 이자로서 대통령령이 정하는 연체이자

③ 재화 또는 용역을 공급한 후의 그 공급가액에 대한 할인액ㆍ대손금ㆍ장려금과 이와 유사한 금액은 과세표준에서 공제하지 아니한다.

④ 재화의 수입에 대한 부가가치세의 과세표준은 관세의 과세가격과 관세ㆍ특별소비세ㆍ주세ㆍ교육세ㆍ교통세 및 농어촌특별세의 합계액으로 한다.

⑤ 제1항 내지 제4항 이외에 과세표준의 계산에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 부가가치세법시행령 제48조 의 2 【과세표준의 안분계산】

④ 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 및 그밖의 구축물 등(이하 이 조에서 “건물 등” 이라 한다)을 함께 공급하는 경우에 그 건물 등의 공급가액은 실지거래가액에 의한다. 다만, 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우에는 다음 각호에 정하는 바에 의한다.

소득세법 제99조 의 규정에 의한 기준시가(이하 이 조에서 “기준시가”라 한다)가 모두 있는 경우에는 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분계산한다. 다만, 감정평가가액(지가공시 및 토지 등의 평가에 관한 법률에 의한 감정평가법인이 평가한 가액을 말한다. 이하 같다)이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분계산한다.

2. 토지와 건물 등 중 어느 하나 또는 모두의 기준시가가 없는 경우로서 감정평가가액이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분계산한다. 다만, 감정평가가액이 없는 경우에는 장부가액(장부가액이 없는 경우에는 취득가액)에 비례하여 안분계산한 후 기준시가가 있는 자산에 대하여는 그 합계액을 다시 기준시가에 의하여 안분계산한다.

3. 제1호 및 제2호의 규정을 적용할 수 없거나 적용하기 곤란한 경우에는 국세청장이 정하는 바에 따라 안분계산한다.

⑤ 삭 제 (2000. 12. 29)

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인이 쟁점부동산을 양도한 후 건물의 공급가액 상당액을 해당 과세기간에 대한 과세표준에 포함하여 부가가치세 신고를 한 데 대하여, 처분청은 쟁점부동산 양도가액을 기준시가로 안분한 가액으로 부가가치세 과세표준을 경정하여 청구법인에게 부가가치세를 과세한 사실이 처분청 심리자료에 나타난다.

(2) 청구법인은 토지가액과 건물가액을 구분 표시하여 매매계약을 체결하였고, 건물과 토지의 규모와 형태, 사용용도, 매수인의 사용목적 등을 감안하면 매매계약서상의 건물가액 150,000천원이 실지거래가액이므로 기준시가에 의하여 안분한 건물가액을 부가가치세 과세표준으로 결정한 이 건 처분은 부당하다고 주장하고 있어 이에 대하여 살펴본다.

(3) 쟁점부동산의 등기부등본에 의하면, 청구법인이 2002.1.4. 쟁점부동산을 취득하여 2005.12.27. 대한OOOOO교회에 쟁점부동산을 양도한 사실이 나타나고, 쟁점부동산의 일반건축물대장에는 쟁점부동산의 대지면적이 22,381㎡이고, 연면적은 7,442.68㎡이며, 건축면적이 4,339.11㎡〔공해공장 2층건물(1층 3,084.35㎡-R.C조/샌드위치판넬, 2층 3,744.15㎡-철골조/샌드위치판넬, 공해공장 1층건물(189.6㎡-철근콘크리트/스레트), 1층 사무실 및 창고건물(252.08㎡-철근콘크리트조/샌드위치판넬), 2층 창고건물(96㎡-철근콘크리트조/샌드위치판넬), 1층 보일러실(76.5㎡-경 량철골조/샌드위치판넬)로 나타나고 있으며, 사용승인일은 1996.11.21.로 나타나고 있다.

(4) 청구법인과 대한OOOOO교회와 2005.12.7. 계약 체결한 쟁점부동산매매계약서에는 총매매대금을 9,650,000천원(토지대금 9,500,000천원, 건물대금 150,000천원)으로 기재한 내용이 나타나고 있다.

(5) 이 건 취득 관련하여 양도인 OOOOO 컴퍼니 리미티드와 양수인 청구법인이 2001.12.6. 쟁점부동산을 7,300,000천원에 매매계약 체결한 내용이 부동산 및 기계기구매매계약서에 나타나고 있으며, OOOO은행장 OO지점장이 청구법인의 담보 평가목적으로 의뢰하여 한국감정원이 2001.12.17. 시점으로 평가한 이 건 쟁점부동산의 평가액은 9,011,796천원(공장용지 3,086,860천원, 잡종지 106,920천원, 건물 2,022,516천원, 기계기구 3,795,400천원 등)으로 나타나고 있다.

(6) 처분청 심리자료에 나타나고 있는 청구법인의 2004.12.31.자 유형고정자산명세서내역은 아래와 같다. (단위:원) (7) 부가가치세법시행령 제48조의2 제4항 의 실지거래가액이라함은 계약서상 기재된 매매금액이 실지거래가액임이 확인되고 매매계액 체결 전에 계약당사자간에 토지와 건물의 가액을 합의한 사실이 관련 증빙 등에 의하여 확인되는 것으로 정상적인 거래에 비추어 합당하다고 인정되는 경우의 가액을 말하는 것이라 할 것(국심2003부395, 2003.5.13, 재경부 소비세제과-165, 2004.2.13 같은 뜻임)이다.

(8) 살피건대, 이 건의 경우 쟁점부동산매매계약서에 기재된 매매대금중 건물대금이 150,000천원으로 기재된 사실이 나타나고 있지만, 한국감정원이 2001.12.17.시점으로 평가한 건물평가액이 2,022,516천원으로 나타나고 있고, 청구법인의 유형고정자산명세서내역에 건물의 취득원가가 1,932,640천원으로 나타나고 있으며, 건물대금 150,000천원이 건물 취득 후 4년 정도 경과한 시점의 건물 감가상각누계액을 제외한 청구법인의 건물 장부가액 1,792,828천원의 8.4%수준인 점 등을 감안하면 쟁점부동산매매계약서상 나타나고 있는 건물대금 150,000천원은 당해 건물의 규모와 형태, 사회통념 등에 비추어 합당하지 아니한 경우에 해당된다고 판단되므로 처분청이 기준시가로 안분계산하여 건물의 공급가액에 대해 부가가치세를 과세한 이 건 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의거 주문과 같이 결정한다.