공익법인의 설립허가 취소일을 증여세의 과세요건 성립일로 볼 지 여부

심판청구를 기각한다.

• 가. 김○○외 5인(이하 “김○○등”이라 한다)은 2007.2.15. 피상속인 김□□의 사망으로 상속이 개시되어 상속재산가액을 50억1,704만원으로, 상속세 과세가액을 57억4,857만원으로, 과세표준을 38억4,243만원으로 하여 상속세 12억1,155만원을 신고납부하였다.
• 나. 처분청은 ◇◇지방국세청장(이하 “조사관서”라 한다)이 2008.3.10.부터 2008.5.2.까지 김○○등에 대하여 상속세 조사를 실시하고 과세자료를 통보함에 따라 청구인이 피상속인 등으로부터 출연받았으나 법인설립허가가 취소된 2004.5.31.까지 직접 공익목적사업에 사용하지 아니한 채 보유하고 있는 ◇◇광역시 ◇구 ◇◇동 377번지외 16필지의 부동산 18,775㎡(이하 “쟁점부동산”이라 한다)를 법인설립허가가 취소된 2004.5.31.에 청구인이 증여받은 것으로 보아 쟁점부동산에 대한 2004.5.31. 현재의 평가액 6,689,030,820원을 증여세 과세가액으로 하여 2007.7.15. 청구인에게 2004.5.31. 증여분 증여세 3건 4,623,005,320원을 결정고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2008.9.25. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 청구인은 피상속인으로부터 출연받은 재산 등을 근거로 의료기관(병원)을 설치 ․ 운영하려 하였으나 출연받은 재산 등이 ◇◇광역시의 도시개발 사업부지로 편입되어 사업이 지연되던 중 타인 소유의 인근토지 매입문제, 사업규모 축소문제, 병원 신축자금 조달문제 등으로 난항을 겪다가 ◇◇광역시장으로부터 사업연기 승인을 받은 2004.5.29.까지 병원 신축공사에 착수하지 못하게 됨에 따라 2004.5.29. 자진 해산하겠다는 의사를 ◇◇광역시에 전달하고, 2004.5.31. ◇◇광역시장으로부터 의료법인 설립허가 취소의 행정처분을 받아 현재 청산절차를 진행 중에 있는 바, 이 건 증여세는 의료법인 설립허가 취소시점에 과세할 것이 아니라 청산절차 등을 거쳐 잔여재산을 국가 ․ 지방자치단체 또는 당해 공익법인과 동일하거나 유사한 공익법인 등에게 귀속시키지 아니한 경우에 과세하는 것이 타당하며, 만약 2004.5.31.까지를 주무부장관이 인정한 사용기간으로 볼 수 없는 상당한 사유가 있어 상속세 및 증여세법제48조 제2항 제1호의 규정에 의하여 증여세를 부과하여야 한다면, 각각의 출연재산을 의료법인이 취득한 날로부터 3년이 경과한 날을 증여시기로 하여 증여세를 과세하는 것이 타당하다.
• 나. 처분청 의견 청구인은 이 건 증여세를 의료법인 설립허가 취소시점에 과세할 것이 아니라 상속세 및 증여세법 시행령제38조 제8항을 적용하여 청산절차를 거쳐 잔여재산을 국가 등에 귀속시키지 아니한 경우에 과세하거나, 상속세 및 증여세법제48조 제2항 제1호 본문을 적용하여 각각의 재산을 출연받은 날로부터 3년이 경과한 날을 증여시기로 보아 과세하여야 한다고 주장하나, 상속세 및 증여세법 시행령제38조 제8항은 공익법인이 출연받은 재산을 공익목적에 사용하다가 사업을 종료한 때에 잔여재산을 국가 등에 귀속시키지 아니한 경우에 적용되는 규정으로 이 건에 직접 적용하기 어렵고, 청구인은 의료법인 설립허가일 이후 수차에 걸쳐 허가기관인 ◇◇광역시장으로부터 사업연기 승인을 받았다가 고유목적 사업인 의료기관 개설이 어려울 것으로 판단하여 2004.5.31자로 설립허가 취소를 받았으므로 처분청이 상속세 및 증여세법제48조 제2항 제1호 단서를 적용하여 청구인에게는 2004.5.31.까지 ‘출연재산을 직접 공익목적사업 등에 사용할 수 없는 부득이한 사유’가 있었던 것으로 보고, 국세청 법규과의 과세기준자문을 거쳐 법인설립허가 취소일인 2004.5.31.을 이 건 증여세의 과세요건 성립일로 보아 청구인에게 증여세를 과세한 것이므로 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 이 건 증여세의 과세요건 성립일을 언제로 보아야 하는지 여부
• 나. 관련법령

(1) 상속세 및 증여세법(2005.1.14. 법률 제7335호로 개정되기 전의 것) 제48조 【공익법인등이 출연받은 재산에 대한 과세가액 불산입 등】

① 공익법인등이 출연받은 재산의 가액은 증여세과세가액에 산입하지 아니한다.(단서생략)

② 세무서장등은 제1항 및 제16조제1항의 규정에 의하여 재산을 출연받은 공익법인등이 다음 제1호 내지 제4호 및 제5호의 1에 해당하는 경우에는 대통령령이 정하는 가액을 공익법인등이 증여받은 것으로 보아 즉시 증여세를 부과하고, 제4호의2에 해당하는 경우에는 제78조제9항의 규정에 의한 가산세를 부과한다. 다만, 불특정다수인으로부터 출연받은 재산중 출연자별로 출연받은 재산가액의 산정이 어려운 재산으로서 대통령령이 정하는 재산을 제외한다.

1. 출연받은 재산을 직접 공익목적사업등(직접 공익목적사업에 충당하기 위하여 수익용 또는 수익사업용으로 운용하는 경우를 포함한다. 이하 이 호에서 같다)외에 사용하거나 출연받은 날부터 3년이내에 직접 공익목적사업등에 사용하지 아니하는 경우. 다만, 그 사용에 장기간을 요하는 등 대통령령이 정하는 부득이한 사유가 있는 경우로서 제5항의 규정에 의한 보고서의 제출과 함께 납세지관할세무서장에게 그 사실을 보고한 경우를 제외한다.

5. 기타 출연받은 재산 및 직접 공익목적사업의 운용에 있어서 대통령령이 정하는 바에 의하여 운용하지 아니하는 경우 (2) 상속세 및 증여세법 시행령(2004.12.31. 대통령령 제18627호로 개정되기 전의 것) 제38조 【공익법인등이 출연받은 재산의 사후관리】

② 법 제48조제2항제1호에서 직접 공익목적사업에 사용하는 것은 공익법인등의 정관상 고유목적사업에 사용(재정경제부령이 정하는 관리비로 사용하는 경우를 제외한다)하는 것으로 한다. 다만, 출연받은 재산을 당해 직접 공익목적사업에 효율적으로 사용하기 위하여 주무관청의 허가를 받아 다른 공익법인등에게 출연하는 것을 포함한다.

③ 법 제48조제2항제1호 단서에서 "대통령령이 정하는 부득이한 사유"라 함은 출연받은 재산을 직접 공익목적사업에 사용함에 있어서 법령상 또는 행정상의 부득이한 사유등으로 인하여 3년이내에 전부 사용하는 것이 곤란한 경우로서 주무부장관(권한을 위임받은 자를 포함한다)이 인정한 경우를 말한다

⑧ 법 제48조제2항제5호에서 "대통령령이 정하는 바에 의하여 운용하지 아니하는 경우"라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 말한다.

1. 공익법인등이 사업을 종료한 때의 잔여재산을 국가·지방자치단체 또는 당해 공익법인등과 동일하거나 유사한 공익법인등에 귀속시키지 아니한 때

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 의료기관을 설치 운영하여 국민보건에 기여하겠다는 설립자 김□□의 뜻에 따라 설립되어 1992.1.6. 보건복지부 장관으로부터 법인설립허가를 받았으며, 1992.4.10.부터 1998.9.4.까지 김□□으로부터 쟁점부동산을 출연받았다.

(2) 그러나, 출연받은 부동산의 소재지가 ◇◇광역시의 도시계획사업 시설부지로 편입됨에 따라 1992년 7월경 청구인은 도시계획사업 시행자로 지정되었으며, 그 후 3년이 경과한 1995년 9월경에 교통영향평가 심의를 받고 그 후 2년이 경과한 1997년 10월경에 ◇◇광역시장으로부터 도시계획사업 실시계획인가를 받게 되었으며, 청구인이 인가받은 사업규모는 대지면적 43,371㎡, 건축연면적 101,047.73㎡로 지하 3층, 지상 18층의 가칭 ◇◇종합병원을 신축하는 것이었다.

(3) 청구인은 동 도시계획사업에 따라 종합의료시설을 신축하고자 도시계획사업 시행부지에 포함되는 출연받은 부동산을 제외한 타인소유 부동산을 매수하기 위한 협의를 진행하여 오던 중 사업부지 내 출연받은 토지 중 일부가 인근 ◇◇1택지개발지구에 편입됨에 따라 당초 인가받은 사업규모를 축소하지 않을 수 없게 되어 도시계획사업변경신청을 하였으며, 2000년 6월경 ◇◇광역시장으로부터 종합의료시설 시행부지면적을 당초 43,371㎡에서 3,949㎡ 축소된 39,422㎡ 으로 변경결정을 받게되었다.

(4) 그 후에도 청구인은 도시계획사업 변경결정에 따라 종합의료시설을 신축하기 위하여 사업시행부지 내에 포함된 타인소유 부동산을 매수하기 위한 협의를 진행하였으나, 편입토지 소유자들이 당시 시세보다 과다한 가격을 제시하는 등 매수에 난항을 겪게 되어 일부만 매입할 수 밖에 없었고 이 과정에서 국민고충처리위원회, 지방토지수용위원회의 처분지시에 따른 편입토지 소유자와의 민원 등 문제점들이 해소되지 않아 부득이 의료기관 개설기한을 계속 연장할 수 밖에 없었다.

(5) 결과적으로, 청구인은 1992년 설립이후 출연받은 부동산이 도시계획사업 시설부지로 편입되고, 또한 일부가 택지개발사업부지로 편입되는 관계로 당초 인가받은 종합의료시설이 축소되는 등 최종적으로 변경 결정된 2000년까지 8년이 경과된 시점에서야 행정적으로 의료기관을 신축하기 위한 제반여건이 마련되었으며, 이러한 과정속에서 2년내에 의료기관을 개설해야 한다는 의료법의 규정에 따라 공익법인 설립허가 담당부서인 ◇◇광역시장에게 의료기관 개설기한 및 출연재산의 사용기한 연장신청서를 제출하여 1차 1996년 1월경, 2차 1998년 1월경, 3차 2000년 1월경, 4차 2002.1.6경, 5차 2004.1.6.경 각각 연장 승인을 받았다.

(6) 이후 청구인은 IMF 사태 이후 경기침체가 지속되고 금융기관 구조조정, 부동산 담보가치 하락 등으로 인하여 편입토지 매수 및 병원신축자금 등 자본조달계획이 차질을 빚게되어 부득이 외자유치를 통한 의료기관 신축을 위하여 ◇◇ ▽▽대학측과 합작의료기관 설립방안 ․ 출자조건 ․ 운영방법 등 사업추진일정을 수차례에 걸쳐 협의하는 등 최대한 노력을 하고 있음을 ◇◇광역시에 통보하고, 의료기관 설립계획 등 구체적인 방안을 마련하여 2004.5.29.까지 의료기관 설립공사를 착공하겠다는 의사를 ◇◇광역시에 통보하여 ◇◇광역시장으로부터 2004.5.29.까지 행정처분을 연기받았으나, 결과적으로 신축자금조달의 어려움, 인근토지의 협의매수 불투명, 추가 출연자들의 출연기피, 출연 및 추가 취득한 부동산만으로는 의료기관 신축이 불가능하다는 점 등 여러 가지 문제점이 빠른 시일내에 해소되지 못함에 따라 당초 약속한 2004.5.29.까지 의료기관의 신축을 할 수 없게되어 의료법인의 설립목적을 달성할 수 없다는 판단을 하게 되었으며, 2004.5.29. 이사회에서 자진해산 결의를 한 후, ◇◇광역시장에게 이를 통보하였고, ◇◇광역시장은 이를 받아들여 2004.5.31.자로 청구인에 대한 의료법인 설립허가를 취소하였다.

(7) ◇◇광역시장은 2004.5.31. 청구인의 법인설립허가를 취소하면서 의료법 및 의료법인의 정관, 민법의 규정에 따른 해산 및 청산절차를 이행하라는 취지의 행정처분명령을 하였고, 청구인은 2006년 10월경 청산인을 선임하여 승인을 받고 현재 청산절차를 진행중에 있으며, 법인설립허가 취소일인 2004.5.31. 현재 쟁점부동산을 보유하고 있다.

(8) 상속세 및 증여세법제48조 제2항 제1호 상속세 및 증여세법 시행령제38조 제3항에서 공익법인이 출연받은 재산을 출연받은 날로부터 3년 이내에 직접 공익목적사업에 사용하지 아니한 경우에는 이를 당해 공익법인이 증여받은 것으로 보아 즉시 출연당시 과세 제외되었던 증여세를 추징하도록 하였고, 다만 출연받은 재산을 직접 공익목적사업에 사용함에 있어서 법령상 또는 행정상의 부득이한 사유 등으로 인하여 3년 이내에 전부 사용하는 것이 곤란한 경우로서 주무부장관(권한을 위임받은 자를 포함한다)이 인정한 경우에는 그 기간동안 증여세를 추징하지 아니하도록 하였으며, 상속세 및 증여세법제48조 제2항 제5호 및 상속세 및 증여세법 시행령제38조 제8항에서 공익법인이 사업을 종료하는 때의 잔여재산을 국가 ․ 지방자치단체 또는 당해 공익법인 등과 동일하거나 유사한 공익법인 등에게 귀속시키지 아니한 때 등 출연받은 재산을 대통령령이 정하는 바에 의하여 운용하지 아니하는 경우에는 즉시 증여세를 추징하도록 하고 있다.

(9) 이 건의 경우, 청구인은 출연받은 재산을 출연받은 날로부터 3년 이내에 직접 공익목적사업에 사용하지 못하였으나, 법령상 또는 행정상의 부득이한 사유 등으로 인하여 3년 이내에 사용할 수 없어 수차례에 걸쳐 주무부장관으로부터 사용기간 연장승인을 받았으므로 주무부장관이 인정한 사용기간까지는 증여세를 추징할 수 없다고 할 것이지만, 그 연장한 사용기간에도 불구하고 쟁점부동산을 직접 공익목적사업에 사용하지 못하였고, 그 연장한 사용기간 내에 직접 공익목적사업 목적에 사용하지 못한 출연재산을 국가 ․ 지방자치단체 또는 청구인과 동일하거나 유사한 공익법인에게 귀속시키기로 하는 내용의 결정을 하지 못한 채 2004.5.31.자로 법인설립허가가 취소되어 출연재산이 공익목적사업에 사용되지 못할 것이 명백해졌으므로 그 허가취소일을 추징하는 증여세의 과세요건 성립일로 보아 즉시 증여세를 추징하는 것이 타당하다고 판단된다. 청구인은 이 건 증여세의 과세요건 성립일을 청산절차 등을 거쳐 잔여재산을 국가 등에 귀속시키지 아니한 때로 보아야 한다고 주장하나, 공익법인의 설립허가가 취소되어 출연재산이 직접 공익목적사업에 사용되지 못할 것이 명백한 경우에는 이러한 사유가 발생한 시점에 즉시 증여세를 추징하는 것이 타당하다할 것이고(국심 2001서516,2002.6.4. 같은 뜻임), 청구인은 이 건 증여세의 과세요건 성립일을 각각의 출연재산을 출연받은 날로부터 3년이 경과한 날로 보아야 한다는 취지의 예비적 청구를 하였으나, 주무부장관이 연장한 사용기간까지는 증여세를 추징할 수 없다고 할 것이다(국심 2004중3694,2005.4.7. 같은 뜻임). 따라서, 처분청이 청구인의 법인설립허가취소일(2004.5.31)을 출연 당시 과세 제외하였던 이 건 증여세의 과세요건 성립일로 보아 청구인에게 이 건 증여세를 과세한 것은 달리 잘못이 없다 하겠다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.