비영리법인이 고유번호증으로 세금계산서를 교부받을 수 있는지 여부

심판청구를 기각한다.

청구법인은 2005.12.20. ○○○로부터 비영리사단법인 설립허가를 얻고 2006.1.4. 처분청으로부터 부가가치세법 시행령 제8조 제2항 의 규정에 의거 고유번호(○○○)를 부여받았으며 2007.10.25. 처분청에 수익사업개시신고 및 사업자등록정정신고를 한 비영리사단법인으로서, 2007.7.16.부터 2007.9.20.까지 ○○○(이하 “쟁점건물”이라 한다)을 신축하면서 공급가액 910,090,910원 상당의 세금계산서 3매(이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 수취하고, 쟁점세금계산서 관련 매입세액 91,009,090원 중 49,144,908원(이하 “쟁점매입세액”이라 한다)을 부가가치세법 제17조 제6항 의 규정에 의한 면세사업의 과세사업전환 공제매입세액으로 하여 2007년 2기 부가가치세 확정분 신고시 53,282,357원의 환급세액을 신고하였다. 처분청은 청구법인이 사업자등록을 하지 아니하고 용역을 제공받은 것으로 보아 쟁점매입세액을 불공제하고 초과환급신고가산세 4,914,490원(이하 “쟁점가산세”라 한다)를 가산하여 2008.5.8. 청구법인에게 2007년 2기분 부가가치세 777,040원을 경정고지하였다.2008.6.9. 이 건 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구법인 주장 (1) 부가가치세법 제17조 제6항 규정은 과세사업에 사용하던 재화를 면세사업에 사용하는 경우 재화의 공급으로 보아 과세하는 논리와 동일하게 면세사업에 사용하던 자산을 과세사업에 사용하는 경우에도 취득시 공제받지 못한 부분을 공제하여 줌으로서 과세의 형평을 기하기 위함이 입법취지이고, 세금계산서 수취당시 이미 법인이 설립되어 있었고 비영리법인의 본질상 사실상 면세사업자와 다름이 없으며 비영리법인이 고유번호로 등록되어있든 사업자로 등록되어있든 형식에 관계없이 실질적으로 사업을 영위하는 한 부가가치세법 제17조 제6항 규정을 적용하여 매입세액으로 공제하여야 한다.

(2) 세법해석에 관해 이견이 있을 수 있는 사항까지 가산세를 부과한다는 것은 세법에 규정하는 의무의 성실한 이행을 확보하기 위함이라는 가산세의 법적 취지에 부합되지 않을 뿐만 아니라 납세의무자의 조세불복청구권을 심히 저해할 수 있으며 또한 당초 처분이 부당한 처분이기에 이 건 가산세 부과는 당연 취소되어야 한다.

• 나. 처분청 의견

(1) 비영리법인은 고유목적사업을 위하여 부가가치세법에 의한 고유번호를 부여받을 수 있으며 비영리법인이 고유목적사업외의 법인세법 제3조 제2항 및 법인세법 시행령 제2조 규정에 의한 수익사업(과세, 면세 불문)이 있는 경우에는 사업자 등록을 하여야 한다. 따라서 청구법인이 사업자등록 미등록 상태에서 교부받은 쟁점세금계산서 관련 매입세액에 대하여 부가가치세법 제17조 제6항 의 규정을 적용해야 한다는 주장은 사업자미등록상태의 매입세액이므로 이유가 없다 할 것이다.

(2) 미등록 매입세액을 환급신고하였으므로 초과환급신고가산세 부과는 정당하다.

• 가. 쟁점

(1) 비영리법인이 고유번호증으로 세금계산서를 교부받은 경우 관련 매입세액 공제가 가능한지 여부

(2) 비영리법인이 고유번호로 세금계산서를 교부받아 관련 매입세액이 등록전 매입세액에 해당하여 불공제되는 경우 초과환급신고가산세 부과 여부

• 나. 관련 법령 (1) 부가가치세법 제5조 【등 록】① 신규로 사업을 개시하는 자 중 사업자단위과세사업자가 아닌 자는 사업장마다, 사업자단위과세사업자는 당해 사업자의 본점 또는 주사무소에 대하여 대통령령이 정하는 바에 따라 사업개시일부터 20일 이내에 사업장 관할세무서장에게 등록하여야 한다. 다만, 신규로 사업을 개시하려는 자는 사업개시일 전이라도 등록할 수 있다(2) 부가가치세법 제12조 【면 세】① 다음 각호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다.

16. 종교ㆍ자선ㆍ학술ㆍ구호ㆍ기타 공익을 목적으로 하는 단체가 공급하는 재화 또는 용역으로서 대통령령이 정하는 것 (2)-1 부가가치세법 시행령 제37조 【종교ㆍ자선ㆍ학술ㆍ구호단체 등이 공급하는 재화 등의 범위】법 제12조 제1항 제16호에서 “대통령령이 정하는 것”이라 함은 다음 각호의 것을 말한다.

1. 주무관청의 허가 또는 인가를 받거나 주무관청에 등록된 단체로서 상속세 및 증여세법 시행령 제12조 각호의 1에 규정하는 사업 또는 재정경제부령이 정하는 사업을 하는 단체가 그 고유의 사업목적을 위하여 일시적으로 공급하거나 실비 또는 무상으로 공급하는 재화 및 용역 (2)-2 부가가치세법 시행규칙 제11조 의 5 【종교ㆍ자선ㆍ학술ㆍ구호단체 등의 범위】① 영 제37조 제1호에서 “재정경제부령이 정하는 사업”이라 함은 비영리법인의 사업으로서 종교ㆍ자선ㆍ학술ㆍ구호ㆍ사회복지ㆍ교육ㆍ문화ㆍ예술 등 공익을 목적으로 하는 사업을 말한다. (3) 부가가치세법 제17조 【납부세액】② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.4. 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령이 정하는 토지관련 매입세액

5. 제5조 제1항의 규정에 의한 등록을 하기 전의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 것을 제외한다.

⑤ 제1항의 규정에 의하여 매입세액이 공제된 재화를 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업 기타의 목적을 위하여 사용하거나 소비하는 때에는 당해 사업자는 대통령령이 정하는 바에 의하여 납부세액 또는 환급세액을 재계산하여 제19조의 규정에 의한 당해 과세기간의 확정신고와 함께 관할세무서장에게 이를 신고납부하여야 한다.

⑥ 제2항 제4호의 규정에 따라 매입세액이 공제되지 아니한 재화를 과세사업에 사용하거나 소비하는 때에는 그 사업자는 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액을 그 과세사업에 사용하거나 소비하는 날이 속하는 과세기간의 매입세액으로 공제할 수 있다. (3)-1 부가가치세법 시행령 제63조 【면세사업용 감가상각자산의 과세사업용 전환시 공제되는 매입세액의 계산】② 사업자가 법 제17조 제6항에 따라 매입세액이 공제되지 아니한 감가상각자산을 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용하거나 소비하는 때에 공제하는세액은 다음 각 호의 산식에 따라 계산한 금액으로 하되, 그 과세사업에 의한 과세공급가액이 총공급가액 중 100분의 5 미만인 경우에는 공제세액이 없는 것으로 본다. 이 경우 경과된 과세기간의 수에 관하여는 제49조 제1항 각 호 외의 부분 후단을 준용한다.

공제되는 세액 = 취득 당시 해당 재화의 면세사업과 관련하여 공제되지 아니한 매입세액 × (1 － 5/100 × 경과된 과세기간의 수) × (과세사업에 사용ㆍ소비한 날이 속하는 과세기간의 과세공급가액/과세사업에 사용ㆍ소비한 날이 속하는 과세기간의 총공급가액)

공제되는 세액 = 취득 당시 해당 재화의 면세사업과 관련하여 공제되지 아니한 매입세액 × (1 － 25/100 × 경과된 과세기간의 수)×(과세사업에 사용ㆍ소비한 날이 속하는 과세기간의 과세공급가액/과세사업에 사용ㆍ소비한 날이 속하는 과세기간의 총공급가액)

⑤ 사업자가 법 제17조 제6항에 따라 매입세액이 공제되지 아니한 감가상각자산을 과세사업에 사용ㆍ소비하는 때에는 동 과세사업에 사용ㆍ소비하는 날이 속하는 과세기간에 대한 확정신고와 함께 재정경제부령이 정하는 과세사업전환 감가상각자산신고서에 의하여 각 사업장 관할세무서장에게 신고하여야 한다. (4) 법인세법 제111조 【사업자등록】① 신규로 사업을 개시하는 법인은 대통령령이 정하는 바에 따라 납세지 관할세무서장에게 등록하여야 한다.

② 부가가치세법에 의하여 사업자등록을 한 사업자는 당해 사업에 관하여 제1항의 규정에 의한 등록을 한 것으로 본다.

③ 부가가치세법 제5조 의 규정은 이 법의 규정에 의하여 사업자등록을 하는 법인에 관하여 이를 준용한다.

④ 제109조의 규정에 의한 법인설립신고를 한 경우에는 사업자등록신청을 한 것으로 본다. (5) 국세기본법 제47조 의 4 【초과환급신고가산세】① 납세자가 법정신고기한 내에 세법에 따른 과세표준신고서를 제출한 경우로서 세법에 따라 신고납부하여야 할 세액을 납세자가 환급받을 세액으로 신고하거나 납세자가 신고한 환급세액이 세법에 따라 신고하여야 할 환급세액을 초과하는 경우에는 그 환급신고한 세액 또는 그 초과환급신고한 세액의 100분의 10에 상당하는 금액을 납부할 세액에 가산하거나 환급받을 세액에서 공제한다. 이 경우 납세자가 환급신고를 하였으나 납부하여야 할 세액이 있는 경우에는 납부하여야 할 세액을 과소신고한 것으로 보아 제47조의 3의 규정을 적용한다.

② 제1항의 규정에 불구하고 부당한 방법으로 초과환급신고한 세액이 있는 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 납부할 세액에 가산하거나 환급받을 세액에서 공제한다.

1. 부당한 방법으로 초과환급신고한 세액에 대한 가산세액: 초과환급신고한 세액 중 부당한 방법으로 초과환급신고한 세액의 100분의 40에 상당하는 금액

2. 제1호 외의 부분에 대한 가산세액: 초과환급신고한 세액 중 부당한 방법으로 초과환급신고한 세액 외의 세액의 100분의 10에 상당하는 금액

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점(1)에 대하여 살펴본다. (가) 청구법인은 2005.12.20. 경상북도지사로부터 설립허가를 얻은 비영리사단법인으로서 2006.1.4. 처분청으로부터 부가가치세법 시행령 제8조 제2항 의 규정에 의거 고유번호를 부여받은 사실이 심리자료에 나타난다. (나) 청구법인은 2007.7.16.부터 2007.9.20.까지 ○○○기술단으로부터 쟁점건물신축과 관련하여 건설공사용역 및 전기공사감리용역을 제공받으면서 쟁점세금계산서를 청구법인의 고유번호(○○○)로 교부받았으며, 2007.10.25. 처분청에 수익사업개시신고 및 사업자등록정정신고를 한 것으로 심리자료에 나타난다. (다) 청구법인은 2007년 2기 부가가치세 확정분 신고시 쟁점세금계산서 관련 매입세액 중 쟁점매입세액을 부가가치세법 제17조 제6항 의 규정에 의한 과세사업전환 공제매입세액으로 하여 부가가치세를 신고한 사실이 심리자료에 나타난다. (라) 살피건대, 청구법인은 과세사업에 사용하던 재화를 면세사업에 사용하는 경우 재화의 공급으로 보아 과세하는 논리와 동일하게 면세사업에 사용하던 재화를 과세사업에 사용하는 경우에도 부가가치세법 제17조 제6항 의 규정을 적용하여 매입세액을 공제하여야 한다는 주장이나, 청구법인은 고유번호를 부여받은 후 수익사업개시신고 등 별도의 사업자등록을 하지 아니한 상태에서 쟁점건물을 신축하면서 고유번호를 기재하여 쟁점세금계산서를 교부받은 것으로 나타나므로 쟁점매입세액은 부가가치세법 제17조 제2항 제5호 본문에서 규정한 사업자등록을 하기 전의 매입세액에 해당한다고 할 것이다. 따라서 처분청이 매출세액에서 쟁점매입세액을 공제하지 아니하고 이 건 부가가치세를 부과한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

(2) 쟁점(2)에 대하여 살펴본다. (가) 국세기본법 제47조 의 4 제1항에 의하면 납세자가 법정신고기한 내에 세법에 따른 과세표준신고서를 제출한 경우로서 납세자가 신고한 환급세액이 세법에 따라 신고하여야 할 환급세액을 초과하는 경우에는 그 초과환급신고한 세액의 100분의 10에 상당하는 금액을 납부할 세액에 가산하거나 환급받을 세액에서 공제한다고 규정하고 있고, 제2항에 의하면 제1항의 규정에 불구하고 부당한 방법으로 초과환급신고한 세액이 있는 경우에는 부당한 방법으로 초과환급신고한 세액의 100분의 40에 상당하는 금액을 합한 금액을 납부할 세액에 가산하거나 환급받을 세액에서 공제한다고 규정하고 있다. (나) 청구법인은 세법해석에 이견이 있는 사항에 대하여 초과환급가산세 부과는 부당하다는 주장이나, 청구법인은 사업자등록전의 매입세액으로 공제받을 수 없는 쟁점매입세액을 공제받는 것으로 하여 초과환급신고하였으므로 쟁점매입세액은 초과환급신고한 세액에 해당한다고 할 것이다. (다) 따라서 처분청이 초과환급신고한 쟁점매입세액에 대하여 국세기본법 제47조 의 4 제1항의 규정에 의거 초과환급신고가산세를 부과한 것은 정당하다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.