기준시가 적용 부동산을 실지거래가액으로 신고한 후 기준시가로 경정청구를 할 수 있는지 여부

○○세무서장이 2008.1.15 청구인에게 한 2006년 귀속 양도소득세에 대한 경정거부 처분은 이를 취소한다.

청구인은 2006.12.28. ○○광역시 ○○구 ○○동 266-1번지 539㎡(이하 “쟁점①부동산”이라 한다), 같은 곳 266-2번지 909㎡(이하 “쟁점②부동산”이라 한다) 및 같은 곳 산78번지 971㎡(이하 “쟁점③부동산”이라 하고, 쟁점①부동산, 쟁점②부동산, 쟁점③부동산을 합하여 이하 “쟁점부동산”이라 한다)를 양도한 후, 이를 비사업토지로 판단하여 양도가액 및 취득가액을 실지거래가액으로 하여 2007.2.28. 양도소득세 207,471천원을 신고 납부하였다. 청구인은 확정신고기한(2007.5.31) 경과후인 2007.12.4. 쟁점부동산이 소득세법시행령 제168조 의 14 제3항 제1호 및 제2호에 의한 사업용토지에 해당한다 하여 기준시가로 양도가액을 결정하여 달라는 경정청구를 하였고, 처분청은 2008.1.15. 쟁점부동산의 양도소득세를 실지거래가액으로 신고하였으므로 확정신고기한 경과후에 기준시가로 경정할 수 없다는 거부통지를 하였다. 청구인은 이에 불복하여 2008.3.25. 이 건 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 청구인이 2006.12.28. 양도한 쟁점① ∙ ②부동산은 지목이 전(田)으로서 1970.7.27. 취득하여 취득시점으로부터 36년 경과 및 쟁점③부동산은 1991.10.9. 상속받은 임야로서 상속시점으로부터 15년이 경과하여 소득세법시행령 제168조 의 14 제13항 1호 및 2호 규정에 의하여 비사업용 토지로 보지 아니하는 것임도 불구하고, 착오로 소득세법 제96조 제2항 제8호 에 의한 비사업용 토지에 해당하는 것으로 판단하여 실지거래가액으로 양도소득세를 신고하였으나, 청구인이 기준시가에 의한 신고가 가능한 것을 알았다면 굳이 세금부담이 많은 실지거래가액으로 신고․납부할 이유가 없었을 것이다. 따라서, 청구인이 양도소득세 신고를 기준시가로 신고가능한 것을 알면서도 기준시가와 실가 중 선택하여 실가로 신고한 것이 아니며, 경정청구 시점에서 쟁점부동산이 사업용토지에 해당하는 것을 알고 기준시가를 적용하여 경정청구한 것이므로, 이는 신고방법의 변경이 아니라 비사업용토지를 사업용토지로 변경하여 신고하는 신고내용의 변경에 해당되어 경정청구의 대상이라 할 것이다.
• 나. 처분청 의견 쟁접부동산이 관련법령에 비추어 볼 때 비사업용토지에 해당하지 아니하는 것은 확인되나, 청구인이 양도소득세 확정신고기한까지 양도당시 및 취득당시의 실지거래가액을 증빙서류와 함께 신고하였고, 소득세법 제96조 제2항 제6호 의 규정에 따르면 납세지 관할세무서장에게 실지거래가액으로 양도가액을 신고하는 경우 확정신고기한후 신고방법을 변경하여 기준시가에 의한 신고를 할 수 없는 것이므로 청구인의 경정청구를 거부한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 기준시가 적용대상 부동산을 양도하고 실지거래가액으로 양도소득세를 신고한 후 기준시가로 경정청구를 할 수 있는지 여부
• 나. 관련법령 （1） 국세기본법 제45조 의 2 【경정등의 청구】

① 과세표준신고서를 법정신고기한내에 제출한 자는 다음 각호의 1에 해당하는 때에는 법정신고기한 경과후 2년 이내에 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 과세표준 및 세액을 말한다)의 결정 또는 경정을 관할세무서장에게 청구할 수 있다.

1. 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과하는 때 （2） 소득세법 제96조 【양도가액】

① 제94조 제1항 각 호의 규정에 의한 자산의 양도가액은 당해 자산의 양도당시의 양도자와 양수자간에 실제로 거래한 가액(이하 “실지거래가액”이라 한다)에 의한다.

② 제94조 제1항 제1호 및 제2호의 규정에 의한 자산을 2006년 12월 31일까지 양도하는 경우에 그 자산의 양도가액은 제1항의 규정에 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 제외하고는 당해 자산의 양도당시의 기준시가에 의한다.

6. 양도자가 양도당시 및 취득당시의 실지거래가액을 증빙서류와 함께 제110조 제1항의 규정에 의한 확정신고기한까지 납세지 관할세무서장에게 신고하는 경우

8. 제104조의 3의 규정에 의한 비사업용 토지인 경우 （3） 소득세법 제104조 의 3 【비사업용 토지의 범위】

② 제1항의 규정을 적용함에 있어 토지의 취득 후 법률의 규정으로 인한 사용의 금지 그 밖에 대통령령이 정하는 부득이한 사유가 있어 비사업용 토지에 해당하는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 비사업용 토지로 보지 아니할 수 있다. （4） 소득세법 시행령 제168조의14 【부득이한 사유가 있어 비사업용 토지로 보지 아니하는 토지의 판정기준 등】

③ 법 제104조의 3 제2항의 규정에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지는 비사업용 토지로 보지 아니한다.

1. 2006년 12월 31일 이전에 상속받은 농지․임야 및 목장용지로서 2009년 12월 31일까지 양도하는 토지

2. 2006년 12월 31일 이전에 20년 이상을 소유한 농지․ 임야 및 목장용지로서 2009년 12월 31일까지 양도하는 토지

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인이 쟁점부동산을 양도한 후, 양도소득세 예정신고시 이를 비사업용토지로 판단하여 양도가액 및 취득가액을 실지거래가액으로 하여 양도소득세를 신고 및 납부하였으나, 추후 쟁점부동산이 사업용 토지에 해당된다 하여 기준시가로 변경하여 달라는 경정청구서를 제출한 것에 대해 처분청이 확정신고기한 경과후에 기준시가로 경정청구할 수 없다는 거부통지를 한 사실이 심리자료에 의해 확인된다.

(2) 쟁점 ①․②부동산은 지목이 전(田)으로서 청구인은 1970.7.27. 취득한 후 36년이 경과하였으며, 쟁점③부동산은 임야로서 1991.10.9. 상속받은 후 15년이 경과하여 관련법령에 의해 사업용토지에 해당된다는 사실에 대해서는 처분청과 청구인간에 다툼이 없다.

(3) 청구인은 쟁점부동산이 당초부터 사업용토지에 해당되어, 설령 청구인이 확정신고를 하지 않았더라도 처분청으로서는 기준시가로 결정할 수 밖에 없었던 상황이었고, 또한 청구인이 쟁점부동산에 대한 양도소득세 신고를 기준시가에 의해 신고가 가능한 사실을 알았더라면 굳이 세금부담이 많은 실지거래가액으로 신고․ 납부할 이유가 없었을 것이므로 이는 신고방법의 변경이 아니라 비사업용토지를 사업용토지로 변경하는 신고내용의 변경에 해당되어 경정청구의 대상이라고 주장하고 있다.

(4) 위 사실관계 및 관련법령을 종합해 볼 때, 청구인은 쟁점부동산이 사업용토지에 해당되어 기준시가로 신고가능한 사실을 알고서도 기준시가와 실가중 선택하여 실가로 신고한 것이 아니라 법률인식 착오로 쟁점부동산이 비사업용토지에 해당되는 것으로 판단하여 실가로 신고하였다가 추후 쟁점부동산이 사업용토지에 해당되어 기준시가 적용대상인 사실을 알고 경정청구한 것으로 보이는 바, 이는 확정신고후 신고방법을 변경하는 경정청구가 아니라 비사업용토지로 신고한 것을 사업용토지로 신고하겠다는 신고내용의 변경에 해당된다 할 것이며, 설령 청구인이 양도소득세를 무신고하였더라도 처분청으로서는 쟁점부동산의 양도소득세를 기준시가로 결정할 수 밖에 없었을 것이므로, 쟁점부동산을 사업용토지로 보아 기준시가로 양도소득세를 결정하여야 한다는 청구인의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다(국심2007중1345, 2007.9.10, 같은 뜻임).

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.