골프장조성과 관련된 토지관련 매입세액을 불공제한 처분의 당부

○○세무서장이 2008.9.19. 청구인에게 한 2005년 제1기 부가가치세 및 2005년 제2기 부가가치세 경정청구에 대한 거부처분은

1. 청구인이 ○○조경(주) 및 (주)○○ 등으로부터 수취한 매입세금계산서관련 경정청구는 각하하고,

2. 나머지 청구는 이를 기각한다.

• 가. ○○○도 ○○시 ○○면 ○○번지에서 골프장을 영위하는 청구인은 2005년 제1기 ~ 2005년 제2기 과세기간 중 골프장조성과 관련한 토지관련 매입세액 1,861,836,602원(제1기 4,743,940원, 제2기 1,857,092,662원, 이하 “쟁점1매입세액”이라 한다)을 매입세액불공제되는 것으로 부가가치세신고를 하였고, 처분청은 2005.9.2.부터 2006.2.17.기간 중 청구인의 부가가치세신고에 대한 환급조사결과 골프장조성공사와 관련되어 ○○조경(주) 등으로부터 수취한 매입세금계산서와 관련된 매입세액 547,368,355원(이하 “쟁점2매입세액”이라 한다)을 공제받지 못할 매입세액으로 보아 매입세액불공제 하였으며, 그 후(주)○○ 등으로부터 수취한 매입세금계산서 등의 매입세액을 공제받지 못할 매입세액으로 보아 매입세액불공제하여야 한다는 ○○○○국세청의 감사지적에 따라 2007.7.10. 추가로 230,000,000원(이하 “쟁점3매입세액”이라 한다)을 매입세액불공제하여 과세하였다.
• 나. 청구인은 위 환급조사 및 ○○○○국세청의 감사지적에 따른 과세처분에 대하여 처분일로부터 90일 이내에 불복청구를 하지 아니하고 90일 경과 후에 과세사업에 사용되는 토지관련 매입세액인 쟁점 1․2․3매입세액(이하 “쟁점매입세액”이라 한다) 등도 매입세액공제 대상이 된다는 취지로 2008.7.23. 위 매입세액불공제액을 공제되는 매입세액으로 하여 각 과세기간의 부가가치세 합계 2,450,806,896원(2005.1기 527,527천원, 2005.2기 1,923,279천원)의 환급을 구하는 경정청구를 하였다.
• 다. 처분청은 2008.9.19. 쟁점매입세액이 부가가치세법 제17조 제2항 및 같은법 시행령 제60조 제6항의 규정에 정한 토지조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액에 해당하므로 불공제함이 타당하다고 보아 위 경정청구에 대하여 거부통지하였다.
• 라. 청구인은 이에 불복하여 2008.12.16. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 부가가치세법 제17조 제2항 제4호 후단 “대통령령이 정하는 토지관련 매입세액”은 동호 전단 “부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다.)”이라는 규정의 연속선상에서 파악하여야 할 것이므로 면세사업을 전제로 한 규정으로 해석하여야 할 것인 바, 쟁점매입세액의 경우 과세사업을 위한 매입세액인데도 토지관련 매입세액이라는 이유로 불공제한다면 부가가치세의 기본원리에 정면으로 배치되는 결과가 될 뿐 아니라, 매입세액공제에 관하여 “사업”과 “재화”의 2중 기준을 채택하는 결과가 되는 것이 어서 부가가치세의 기본원리에 위배되므로 청구인의 경정청구를 거부한 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 토지의 조성 등을 위한 자본적지출 부분에 관하여 부가가치세가 면제되는 이상, 토지의 조성 등을 위한 자본적지출이 과세사업(골프장 운영업)을 영위하기 위한 것이라 하더라도 거기에 관련된 매입세액은 면세제도의 기본원리상 매출세액에서 공제되어서는 안되고, 이는 당해 토지의 취득원가에 산입되었다가 당해 토지의 양도시 양도차익을 산정하는 과정에서 취득가액에 산입하는 방법으로 회수되어야 할 것이므로 토지관련 매입세액불공제가 면세사업의 경우로 한정되어야 한다는 주장은 인정할 수 없으며, 토지에 관하여는 부가가치세가 면제되어 토지의 양도와 관련하여 추가로 부가가치세를 납부하여야 하는 것이 아닌 바, 이중으로 부가가치세를 납부하는 것이 아니므로 토지관련 매입세액을 매출세액에서 공제하지 않는 것이 이중과세에 해당한다고 볼 수 없어 매입세액공제에 관하여 사업과 재화(또는 용역)의 2중 기준을 채택하는 결과가 된다는 청구주장은 이유 없다.

• 가. 쟁 점

① 본안심리 여부(환급조사 처분 및 감사지적 처분일로부터 90일이 경과된 이후 경정청구할 수 있는지 여부)

② 청구인이 주장하는 토지관련 매입세액을 매출세액에서 공제할 수 있는지 여부

• 나. 관련법령 (1) 국세기본법 제55조 【불복】① 이 법 또는 세법에 의한 처분으로서 위법 또는 부당한 처분을 받거나 필요한 처분을 받지 못함으로써 권리 또는 이익의 침해를 당한 자는 이 장의 규정에 의한 심사청구 또는 심판청구를 하여 그 처분의 취소 또는 변경이나 필요한 처분을 청구할 수 있다. (2) 국세기본법 제45조 의 2 【경정 등의 청구】① 과세표준신고서를 법정신고기한내에 제출한 자는 다음 각호의 1에 해당하는 때에는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액(각 세법에 따른 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 과세표준 및 세액을 말한다)의 결정 또는 경정을 법정신고기한 경과 후 3년(각 세법에 따른 결정 또는 경정이 있는 경우에는 이의신청 ․ 심사청구 또는 심판청구 기간을 말한다) 이내에 관할세무서장에게 청구할 수 있다.

1. 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정 후 의 과세표준 및 세액을 말한다.)이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과하는 때

2. 과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 결손금액 또는 환급세액을 말한다)이 세법에 의하여 신고하여야 할 결손금액 또는 환급세액에 미달하는 때 (3) 국세기본법 제68조 【청구기간】① 심판청구는 당해 처분이 있은 것을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내에 제기하여야 한다.

② 이의신청을 거친 후 심판청구를 하는 경우의 청구기간에 관하여는 제61조 제2항의 규정을 준용한다. (4) 부가가치세법 제17조 【납부세액】② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

4. 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령이 정하는 토지관련 매입세액 (5) 부가가치세법시행령 제60조 【매입세액의 범위】⑥ 법 제17조 제2항 제4호에서 “대통령령이 정하는 토지관련 매입세액”이라 함은 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액으로서 다음 각호의 1에 해당하는 매입세액을 말한다.

1. 토지의 취득 및 형질변경, 공장부지 및 택지의 조성 등에 관련된 매입세액

2. 건축물이 있는 토지를 취득하여 그 건축물을 철거하고 토지만을 사용하는 경우에는 철거한 건축물의 취득 및 철거비용에 관련된 매입세액

3. 토지의 가치를 현실적으로 증가시켜 토지의 취득원가를 구성하는 비용에 관련된 매입세액

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 이 건 과세관련 자료에 의하면 다음의 사실이 나타난다. (가) 청구인은 2005년 제1기 ~ 2005년 제2기 부가가치세 신고시 골프장조성공사비와 관련된 쟁점1매입세액을 공제되지 아니하는 매입세액으로 보아 각 과세기간별로 신고하였다. (나) 이에 대하여 처분청은 청구인의 부가가치세신고에 대한 환급조사결과 2005.9.2.부터 2006.2.17. 기간 중 쟁점2매입세액을 불공제하였고, ○○○○국세청의 감사지적에 따라 2007.7.10. 청구인에게 쟁점3매입세액을 추가로 불공제하였다. (다) 이후 청구인은 2008.7.23. 쟁점매입세액(쟁점1 ․ 2 ․ 3매입세액)에 대하여 매출세액에서 공제하여 환급을 구하는 경정청구를 제기하였고 처분청은 쟁점매입세액이 토지관련 매입세액이라는 이유로 2008.9.19. 청구인의 위 경정청구를 거부하는 통지를 하였다.

(2) 본안심리 전에 이 건 심판청구가 적법한지(쟁점①)이에 대하여 본다. (가) 국세기본법 제45조 의 2 제1항의 규정에 의하면, 과세표준신고서를 법정신고기한내에 제출한 자가 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과하는 때에는 법정신고기한 경과 후 3년 이내에 관할 세무서장에게 경정청구를 할 수 있도록 규정하면서, 각 세법에 따른 결정 또는 경정청구가 있는 경우에는 90일 이내에 이의신청 ․ 심사청구 또는 심판청구를 하도록 규정하고 있다. (나) 따라서, 쟁점2매입세액 및 쟁점3매입세액과 관련된 심판청구의 경우 처분청 등의 경정 또는 결정일인 2005년 9월 ~ 2007년 7월로부터 90일 이내에 불복(또는 경정)청구를 제기하여야 하나 2년 10월내지 1년이 경과한 2008.7.23. 경정청구를 한 것 외에 다른 반증이 없으므로 청구기간이 경과된 후에 청구된 부적법한 청구라 할 것이다. 다만, 쟁점1매입세액의 경우 처분청의 경정 또는 결정과 관련없이 본인이 신고한 세액이 공제받을 세액임에도 잘못 신고되었다고 보아 당초 신고기한인 2005.7.25.로부터 3년 이내에 경정청구를 한 것이고, 이에 대한 경정거부처분 후 90일 이내에 심판청구를 한 것이므로 본안 심리대상으로 봄이 타당하다고 판단된다.

(3) 쟁점1매입세액을 매출세액에서 공제되는 매입세액에 해당하는지(쟁점②)이에 대하여 본다. (가) 쟁점1매입세액이 토지관련 매입세액에 해당하는 점에 대하여는 처분청과 청구인 간에 이견이 없다. (나) 청구인은 부가가치세법 제17조 제2항 제4호 후단 “대통령령이 정하는 토지관련 매입세액”은 동호 전단 “부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다.)”이라는 규정의 연속선상에서 파악하여야 할 것이므로 면세사업을 전제로 한 규정으로 해석하여야 할 것인 바, 과세사업을 위한 매입세액인데도 토지과련 매입세액이라는 이유로 불공제한다면 부가가치세의 기본원리에 위배되므로 쟁점매입세액과 같이 과세사업에 사용하는 경우에는 토지관련 매입세액이라 하더라도 매출세액에서 공제되는 매입세액으로 보아야 한다고 주장한다. (다) 그러나, 부가가치세법 제17조 제2항 및 같은 법 시행령 제60조 제6항에 의하면, 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액으로서 토지의 취득 및 형질변경, 공장부지 및 택지의 조성 등에 관련된 매입세액, 건축물이 있는 토지를 취득하여 그 건축물을 철거하고 토지만을 사용하는 경우에는 철거한 건축물의 취득 및 철거비용에 관련된 매입세액, 토지의 가치를 현실적으로 증가시켜 토지의 취득원가를 구성하는 비용에 관련된 토지관련 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니하는 것으로 규정하고 있는 바, 처분청이 토지관련 매입세액에 해당하는 쟁점1매입세액에 대하여 매출세액에서 공제되지 아니하는 매입세액으로 보아 청구인의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

이 건 심리결과 일부는 청구기간이 경과된 후에 청구된 부적법한 청구에 해당하고 나머지 청구는 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제1․ 2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.