생활폐기물의 처리용역과정에서 발생한 재활용가능재화의 공급에 대하여 부가가치세가 면제되는지 여부

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구인은 2000.12.21. 폐기물관리법에 의거 ○○○으로부터 폐기물 수집·운반업을 허가받아 2000.12.22.부터 동 사업을 영위하면서 면세로 부가가치세 신고하였다.
• 나. 처분청은 청구인에 대한 법인세 통합조사결과, 청구인이 2003~2007사업연도 기간 중 면세매출로 신고한 재활용품(공급가액 1,417,570,785원, 이하 “쟁점금액”이라 한다)에 대하여 부가가치세가 과세되는 재화에 해당한다고 보아 2008.7.3. 청구인에게 부가가치세 93,155,880원(2003년 제1기분 7,977,080원, 2003년 제2기분 11,749,480원, 2004년 제1기분 14,961,410원, 2004년 제2기분 3,312,490원, 2005년 제1기분 8,652,610원, 2005년 제2기분 5,127,000원, 2006년 제1기분 15,157,350원, 2006년 제2기분 5,806,730원, 2007년 제1기분 10,978,810원, 2007년 제2기분 9,432,920원)을 경정고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2008.7.15. 이의신청을 거쳐 2008.10.2. 이 건 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장

(1) 부가가치세법시행령제3조 제4호, 부가가치세법시행령제29조 제11호에 의하면 폐기물관리법에 의하여 생활폐기물처리업 허가를 받은 사업자가 공급하는 생활폐기물의 수집·운반 및 처리용역은 부가가치세가 면제되는 용역에 해당되고, 또한 부수적으로 발생하는 재활용폐기물 역시 주된 사업과 관련하여 주된 재화 또는 용역의 공급에 필수적으로 부수하여 생산되는 재화를 공급하는 경우 주된 재화와 동일하게 간주하여야 한다.

(2) 처분청은 재활용가능품의 판매금액이 전체 수입금액에서 차지하는 비율이 38.6%로 높다라고 하나, 부가가치세법제12조 및 부가가치세법시행령제29조의 규정에 수입비율에 의해 부수적 재화를 판단하는 근거가 없고, 처분청은 동종업종의 경우 재활용품에 대해 부가가치세 과세매출로 신고하고 있다고 하나, 위 동종업종인 해동자원북구사업소는 자신이 직접 투자하여 폐기물처리 공장을 신설하고 폐기물 수집·운반업과는 또 다른 생활재활용품을 자신이 운영하는 재활용품 제조공장(제조사업자 등록별도)에 모아 재활용품을 생산·매각하여 수거한 폐기물 등으로 과세되는 재화를 제조하여 공급하는 경우로 오직 ○○○ 용역과 관련하여 면세사업자로 사업자등록하고 ○○○에서 직접 투자한 설비를 가지고 생활폐기물을 수집·운반·처리(분리작업)하면서 발생한 부산물을 매각하여 얻은 금액을 차감하고 용역수수료(국고보조금)를 받는 청구인과 전혀 다른 형태이므로 처분청의 논거는 부당하다.

(3) 청구인은 회사설립이래 재활용품 매각 수입에 대하여 부가가치세 과세대상이 아니었던 바, 세무관청도 재활용품 매각수입 발생에 대하여도 잘 알고 있었고, 청구인의 회계법인과 세무관청의 협의과정에서도 면세대상임을 명백히 하여 지금까지 계속 면세하였던 것이므로 수년이 지난 이제 와서 소급 과세함은 국세기본법제18조 제3항 소급과세의 금지원칙에 위배되므로 이 건 처분은 부당하다.

• 나. 처분청 의견

(1) 부가가치세법제12조 및 부가가치세법시행령제29조에 의하면 폐기물관리법제26조의 규정에 의하여 생활폐기물의 수집·운반·처리용역에 대하여만 면세로 규정하고 있고, 부가가치세법 기본통칙 12-29-1【 면세하지 아니하는 의료보건위생용역】의 규정에 의하면 폐기물관리법에 의하여 허가를 얻은 사업자가 수거한 폐기물로 과세되는 재화를 제조하여 공급하는 경우에는 면세되지 아니한다고 규정하고 있으므로 청구인의 재활용품 판매를 과세대상으로 보아 부가가치세를 과세한 이 건 처분은 정당하다.

(2) 공동주택에서 배출된 재활용품은 청구인의 선별장에 입고되기 전에 품목별로 개근하여 서구청에서 규정한 단가표에 의거 계산하여 아파트관리사무소나 부녀회 등에 계좌이체 송금하여 주고 있으며, 재활용품 판매금액이 전체 수입금액에서 차지하는 비중이 38.6%로 독립된 거래로 보아 부가가치세를 과세한 이 건 처분은 정당하다.

(3) 청구인과 동일업종 사업자로 예시한 해동자원북구사업소는 일반폐기물처리서비스업이고 부업종으로 재활용품제조업으로 사업자등록하여 사업을 하고 있고 재활용품 판매에 대하여 과세로 세금계산서를 발행하고 있으며, 생활쓰레기 수거업체는 면세사업자로 등록되고 생활쓰레기 수거업체에서 수집된 재활용품은 지자체에서 지정업체로 운반하도록 하고 있으며 재활용품 수거업체에의 재활용품은 과세로 신고하고 있다.

(4) 청구인은 처분청에서 공적표시가 있었다는 것을 입증하고 있지 아니하고 처분청 또한 재활용품 판매부분에 대하여 과세, 면세하라는 표명을 한 적이 없고, 과세관청이 청구인에게 면세사업자등록증을 교부하고 수년간 면세사업자로서 한 부가가치세 예정신고, 확정신고를 받은 행위만으로는 과세관청이 청구인에게 그가 영위하는 사업에 관하여 부가가치세를 과세하지 아니함을 시사하는 공적인 견해를 표명한 것이라 할 수 없다.

• 가. 쟁 점 생활폐기물의 처리용역과정에서 발생한 재활용가능재화의 공급에 대하여 부가가치세가 면제되는지 여부
• 나. 관련법령 (1) 국세기본법 제15조 【신의ㆍ성실】 납세자가 그 의무를 이행함에 있어서는 신의에 좇아 성실히 하여야 한다. 세무공무원이 그 직무를 수행함에 있어서도 또한 같다. (2) 국세기본법 제18조 【세법해석의 기준, 소급과세의 금지】

① 세법의 해석ㆍ적용에 있어서는 과세의 형평과 당해 조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당히 침해되지 아니하도록 하여야 한다.

② 국세를 납부할 의무(세법에 징수의무자가 따로 규정되어 있는 국세의 경우에는 이를 징수하여 납부할 의무. 이하 같다)가 성립한 소득ㆍ수익ㆍ재산ㆍ행위 또는 거래에 대하여는 그 성립후의 새로운 세법에 의하여 소급하여 과세하지 아니한다.

③ 세법의 해석 또는 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석 또는 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석 또는 관행에 의하여 소급하여 과세하지 아니한다. (3) 부가가치세법 제1조 【과세대상】

① 부가가치세는 다음 각호의 거래에 대하여 부과한다.

④ 주된 거래인 재화의 공급에 필수적으로 부수되는 재화 또는 용역의 공급은 주된 거래인 재화의 공급에 포함되고, 주된 거래인 용역의 공급에 필수적으로 부수되는 재화 또는 용역의 공급은 주된 거래인 용역의 공급에 포함되는 것으로 본다. 부가가치세법시행령 제3조 【부수재화 또는 용역의 범위】 법 제1조 제4항의 규정에 의하여 주된 거래인 재화 또는 용역의 공급에 포함되는 것으로 보는 재화 또는 용역은 다음 각호에 규정하는 것으로 한다.

1. 당해 대가가 주된 거래인 재화 또는 용역의 공급대가에 통상적으로 포함되어 공급되는 재화 또는 용역

2. 거래의 관행으로 보아 통상적으로 주된 거래인 재화 또는 용역의 공급에 부수하여 공급되는 것으로 인정되는 재화 또는 용역

3. 주된 사업과 관련하여 우발적 또는 일시적으로 공급되는 재화 또는 용역

4. 주된 사업과 관련하여 주된 재화의 생산에 필수적으로 부수하여 생산되는 재화 (4) 부가가치세법 제12조 【면 세】

① 다음 각호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다.

4. 의료보건용역(수의사의 용역을 포함한다)으로서 대통령령이 정하는 것과 혈액 부가가치세법시행령 제29조 【의료보건용역의 범위】 법 제12조 제1항 제4호에 규정하는 의료보건용역은 다음 각호에 규정하는 것(의료법 또는 수의사법의 규정에 의하여 의료기관 또는 동물병원을 개설한 자가 제공하는 것을 포함한다)으로 한다.

11. 폐기물관리법 제26조 의 규정에 의하여 생활폐기물 또는 감염성폐기물의 폐기물처리업 허가를 받은 사업자가 공급하는 생활폐기물 또는 감염성폐기물의 수집ㆍ운반 및 처리용역과 동법 제30조의 규정에 의하여 폐기물처리시설의 설치승인을 얻거나 그 설치의 신고를 한 사업자가 공급하는 생활폐기물의 재활용용역

(5) 폐기물관리법(2002.12.26. 법률 6817호로 개정된 것) 제2조【정의】이 법에서 사용하는 용어의 정의는 다음과 같다.

1. “폐기물”이라 함은 쓰레기·연소재·오니·폐유·폐산·폐알카리·동물의 사체 등으로서 사람의 생활이나 사업활동에 필요하지 아니하게 된 물질을 말한다.

2. “생활폐기물”이라 함은 사업장폐기물외의 폐기물을 말한다.

3. “사업장폐기물”이라 함은 대기환경보전법·수질 환경보전법 또는 소음·진동규제법의 규정에 의하여 배출시설을 설치·운영하는 사업장 기타 대통령령이 정하는 사업장에서 발생되는 폐기물을 말한다.

4. “지정폐기물”이라 함은 사업장폐기물중 폐유·폐산등 주변환경을 오염시킬 수 있거나 감염성폐기물 등 인체에 위해를 줄 수 있는 유해한 물질로서 대통령령이 정하는 폐기물을 말한다. 4의2. “감염성폐기물”이라 함은 지정폐기물중 인체조직 등 적출물, 탈지면, 실험동물의 사체 등 의료기관이나 시험·검사기관 등에서 배출되는 인체에 위해를 줄 수 있는 물질로서 대통령령이 정하는 폐기물을 말한다.

5. “처리”라 함은 폐기물의 소각·중화·파쇄·고형화 등에 의한 중간처리(제6호의 규정에 의한 재활용을 포함한다. 이하 같다)와 매립·해역배출 등에 의한 최종처리를 말한다.

6. “재활용”이라 함은 폐기물을 재사용·재생이용하거나 재사용·재생이용할 수 있는 상태로 만드는 활동 또는 폐기물로부터 환경부령이 정하는 기준에 따라 에너지이용합리화법 제2조제1호 의 규정에 의한 에너지를 회수하는 활동을 말한다.

7. “폐기물처리시설”이라 함은 폐기물의 중간처리시설과 최종처리시설로서 대통령령이 정하는 시설을 말한다. 제26조【폐기물처리업】①폐기물의 수집·운반 또는 처리를 업(이하 “폐기물처리업”이라 한다)으로 하고자 하는 자는 환경부령이 정하는 바에 따라 폐기물처리사업계획서를 지정폐기물을 대상으로 하는 경우에는 환경부장관에게 제출하고, 그 밖의 폐기물을 대상으로 하는 경우에는 시·도지사에게 제출하여야 한다. 환경부령이 정하는 중요사항을 변경하고자 하는 때에도 또한 같다.

④ 폐기물처리업의 업종구분과 영업내용은 다음과 같다.

폐기물을 수집하여 처리장소로 운반하는 영업

폐기물중간처리시설을 갖추고 폐기물을 소각·중화·파쇄·고형화 등의 방법에 의하여 중간처리(생활폐기물을 재활용하는 경우를 제외한다)하는 영업

폐기물최종처리시설을 갖추고 폐기물을 매립 등(해역배출을 제외한다)의 방법에 의하여 최종처리하는 영업

폐기물처리시설을 갖추고 폐기물을 중간처리 및 최종처리를 함께 하는 영업

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청은 청구인에 대한 법인세 통합조사결과, 청구인이 2003~2007사업연도 기간 중 면세매출로 신고한 재활용품에 대하여 부가가치세가 과세되는 재화에 해당한다고 보아 청구인에게 해당 부가가치세를 과세한 내용이 처분청 심리자료에 나타나고 있다.

(2) 청구인은 부가가치세가 면제되는 용역으로 인해 부수적으로 발생하는 재활용품 판매도 면세되어야 하고, 과세관청이 지금까지 계속 면세하였다가 수년이 지난 이제 와서 과세함은 소급과세의 금지원칙에 위배되므로 이 건 처분은 부당하다고 주장하고 있다.

(3) 청구인이 제시한 폐기물 수집·운반업 허가증 사본(2007.7.16., 2000.12.21. 최초허가)에는 ○○○으로부터 폐기물관리법제25조 제3항의 규정에 의한 폐기물처리업중 폐기물수집·운반업 허가(영업대상폐기물: 생활폐기물)를 받은 사실이 나타나고 있고, 처분청 조사복명서에는 청구인이 2000.12.26. ○○○과 재활용품 및 대형폐기물처리사무에 대한 민간 위·수탁 계약을 최초 체결하여 3년 단위로 재계약 연장을 하는 방법으로 폐기물 수집 및 운반업을 영위하고 있으며, 서구청으로부터 공동주택과 공공배출단체에서 배출되는 모든 재활용가능폐기물과 서구 관내 전 지역에서 주민의 신고에 의하여 배출되는 대형폐기물 수집, 운반 처리를 위탁받은 내용과 청구인이 재활용가능 폐기물을 사업장으로 수집·운반하여 품목별로 개근한 후 개근량에 따라 아파트관리사무소나 부녀회 등에 수집대금을 계좌이체 송금하고, 선별과정을 거쳐 재활용품과 폐기물로 분류한 후 폐기물은 소각장이나 매립장으로 운반처리하고, 재활용품은 실수요처에 판매하고 대금은 청구인 통장으로 입금을 받은 내용이 처분청 심리자료에 나타나고 있다.

(4) 청구인의 연도별 재활용품 판매금액, 대형폐기물처리수수료, 운영지원금 및 총수입금액은 아래와 같이 청구인이 제시한 증빙자료와 처분청 심리자료에 나타나고 있다. (단위: 건, 천㎏, 천원) 연 도 재활용품 대형폐기물 운영 지원금 총수입 수거량 판매량 금액 처리건수 수수료 2003 3,346 2,910 235,610 49,070 231,279 385,388 852,277 2004 4,314 3,015 342,000 41,655 196,255 486,068 1,024,323 2005 4,247 2,684 259,478 36,019 181,702 487,306 928,486 2006 4,199 3,260 349,407 50,060 239,189 487,306 1,075,902 2007 4,211 2,917 372,832 60,966 249,326 638,500 1,260,658 계 20,317 14,786 1,559,327 237,770 1,097,751 2,484,568 5,141,646 한편, 청구인의 총수입금액대비 재활용품 판매금액 비중은 2003년도에는 27.6%, 2004년도에는 33.4%, 2005년도에는 27.9%, 2006년도에는 32.5%, 2007년도에는 29.6% 수준을 나타내고 있다.

(5) 부가가치세법제12조 및 부가가치세법시행령제29조에서 폐기물관리법제26조의 규정에 의하여 생활폐기물 또는 감염성폐기물의 폐기물처리업 허가를 받은 사업자가 공급하는 생활폐기물 또는 감염성폐기물의 수집ㆍ운반 및 처리용역과 동법 제30조의 규정에 의하여 폐기물처리시설의 설치승인을 얻거나 그 설치의 신고를 한 사업자가 공급하는 생활폐기물의 재활용용역에 대하여는 면세로 규정하고 있다.

(6) 살피건대, 생활폐기물의 수집·운반업을 영위하는 청구인의 재활용품 판매는 부가가치세법 제12조 및 동법 시행령 제29조 제11호에서 규정하는 부가가치세 면제용역에 해당하지 아니하고, 청구인의 총수입금액대비 재활용품 판매금액의 비중이 매년 27.6%에서 33.4% 수준을 차지하고 있는 것으로 보아 재활용품 판매가 주된 사업과 관련하여 우발적 또는 일시적으로 공급되는 재화에 해당하지 않아 청구인의 면세사업에 대한 부수재화라고도 보여지지 아니하므로 처분청이 면세매출로 신고한 쟁점금액 상당의 재활용품 판매를 과세되는 재화에 해당한다고 보아 부가가치세를 과세한 이 건 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다. 또한, 청구인은 과세관청이 지금까지 계속 면세하였다가 수년이 지난 이제 와서 과세함은 소급과세의 금지원칙에 위배되었다는 주장이나 처분청이 면세라고 공적인 견해표명을 하였다고 명백히 인정할 수 있는 근거가 있지 않은 상황에서 일정기간이 경과한 후에 관련 법령규정을 검토하여 과세하였다는 이유만으로 소급과세에 해당한다고 볼 수는 없다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.