잔금청산일이 불분명하다는 이유로 양도시기를 등기접수일로 본 처분의 당부

○○○세무서장이 2008.1.30. 청구인에게 한 2005년 귀속 양도소득세 37,613,090원의 부과처분은 이를 취소한다.

• 가. 청구인은 2003.8.28. 취득한 ○○○(이하 “쟁점아파트”라 한다)를 양도한 것에 대하여 부동산양도일을 부동산매매계약서상 잔금청산일인 2005.12.15.로 하고, 양도가액을 양도당시소득세법상 1세대 2주택 소유에 따른 기준시가로 적용하여 양도소득세를 신고하였다.
• 나. 처분청은 잔금청산일이 객관적으로 확인되지 아니한다는 이유로 청구인이 쟁점아파트를 등기접수일인 2005.12.22. 양도한 것으로 보아 쟁점아파트의 양도가액을 양도당시 1세대 3주택 소유에 따른 실지거래가액으로 적용하여 2008.1.30. 청구인에게 2005년 귀속 양도소득세 37,613,090 원을 경정․고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2008.4.14. 이의신청을 거쳐 2008.8.12. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 청구인은 쟁점아파트의 잔금을 2005.12.15.에 수령하였고, 2005.12.16.○○○(청구인의 주소지이며, 이하 “신규취득아파트”라 한다)를 취득하여 2005.12. 17. 신규취득아파트로 이사하였으며, 잔금청산일이 2005.12.15.인 사실은 쟁점아파트의 부동산매매계약서, 공인중개사 영수증, 쟁점아파트 관리내역서 및 신규취득아파트의 인테리어비용 지출 영수증, 이사용역 계약서, 신규취득아파트 입주․열쇠인수증 등의 증빙자료에 확인되는 바, 처분청이 등기접수일(2005.12.22.)을 양도시기로 보아 양도가액을 실지거래가액으로 하여 과세한 이 건 당초 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 청구인과 쟁점아파트의 매수인이 작성한 부동산매매계약서상에는 매수인이 근저당설정에 관한 채무를 인수하고 잔금에서 공제하여 잔금을 청산하기로 한다는 내용의 특약사항이 없었으며, 이후에 부동산공인중개사가 작성한 잔금영수증에는 매수인이 근저당 설정된 채무를 인수한다는 추가계약이 있었으나, 청구인이 2005.12.22. ○○○은행 근저당을 말소하고, 같은 날 매수인이 ○○○은행을 근저당권자로 하여 새로운 근저당을 설정한 것은 매수인이 청구인의 채무를 정상적으로 인수하였다고 보기 어렵고, 이 날 잔금을 청산한 것으로 판단되며, 청구인은 근저당 설정금액을 제외한 잔금 4,650만원을 2005.12.15. 지급하였다고 주장하나, 이를 입증할 만한 구체적인 증빙이 없으며, 공인중개사 김○○○에게 중개수수료 155만원을 2005.12.22. 계좌이체한 사실이 확인되는 점에 비추어, 청구인이 제출한 공인중개사의 영수증 등은 임의작성이 가능한 것으로서 신빙성이 없어 그 잔금청산일이 객관적인 자료에 의하여 확인되지 아니하므로 쟁점아파트의 양도시기는 소득세법 시행령제162조에서 규정하는 등기접수일인 2005.12.22.로 보는 것이 타당하고, 신규취득아파트의 등기접수일은 2005.12.19.이므로, 쟁점아파트 양도당시 청구인이 1세대 3주택 소유자에 해당하는 것으로 보아 양도가액을 실지거래가액으로 하여 양도소득세를 부과한 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 쟁점아파트의 양도에 대한 잔금청산일이 분명하지 아니하다는 이유로 그 양도시기를 등기접수일로 보아 양도가액을 1세대 3주택을 소유한 경우에 적용하는 실지거래가액으로 하여 양도소득세를 부과한 처분의 당부
• 나. 관련법령

(1) 소득세법(2005.12.31. 법률 제7837호로 개정되기 전의 것) 제96조【양도가액】① 제94조 제1항 제1호 및 제2호의 규정에 의한 자산의 양도가액은 당해 자산의 양도당시의 기준시가에 의한다. 다만, 당해 자산이 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 양도자와 양수자간에 실제로 거래한 가액(이하 “실지거래가액”이라 한다)에 의한다.

7. 기타 당해 자산의 종류ㆍ보유기간ㆍ보유수ㆍ거래규모 및 거래방법 등을 감안하여 대통령령이 정하는 경우 제98조【양도 또는 취득의 시기】자산의 양도차익을 계산함에 있어서 그 취득시기 및 양도시기에 관하여는 대통령령으로 정한다. (2) 소득세법 시행령(2005.12.31. 대통령령 제19254호로 개정되기 전의 것) 제162조【양도 또는 취득의 시기】① 법 제98조의 규정에 의한 취득시기 및 양도시기는 다음 각 호의 경우를 제외하고는 당해 자산의 대금(괄호 생략)을 청산한 날로 한다.

1. 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 등기부․등록부 또는 명부 등에 기재된 등기․등록 접수일 또는 명의개서일

2. 대금을 청산하기 전에 소유권이전등기(등록 및 명의개서를 포함한다)를 한 경우에는 등기부, 등록부 또는 명부 등에 기재된 등기접수일 제162조의2【양도가액】법 제96조 제1항 제7호에서 “대통령령이 정하는 경우”라 함은 3주택 이상을 소유한 1세대가 주택(이에 부수되는 토지를 포함한다)을 양도하는 경우를 말한다. 이 경우 다가구주택의 주택수 계산에 대하여는 제155조 제15항의 규정을 준용(거주자가 선택하는 경우에 한한다)하며, 2개 이상의 주택을 같은 날에 양도하는 경우의 양도주택의 결정방법에 대하여는 제154조 제9항의 규정을 준용한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점아파트의 등기부등본에 의하면, 청구인이 2003.8.28. 쟁점아파트를 매매를 원인으로 취득하였고, 2005.12.22. 매매를 원인으로 매수인 나○○○에게 소유권이전등기하였으며, 2005.12.22. 청구인의 ○○○은행에 대한 근저당설정이 말소되고, 같은 날 매수인이 다시 ○○○은행에 새로운 근저당을 설정한 사실이 확인되며, 처분청의 양도소득세 조사복명서, 일반건축물대장 및 토지대장에 의하면, 쟁점아파트의 소유권 이전 당시 청구인이 ○○○(이하 “농촌주택”이라 한다), 같은 리 ○○○를 소유한 사실이 확인된다.

(2) 청구인은 청구인이 쟁점아파트를 담보로 받은 대출금은 매수인이 승계하는 것으로 하여 당초 계약당시 약정한 잔금 1억4,100만원 중 대출금 등을 제외한 잔금 4,650만원을 2005.12.15. 지급받고 쟁점아파트에 대한 매매거래를 종료하고, 2005.12.16. 신규취득아파트의 소유권을 취득하였으며, 다음 날인 2005.12.17. 신규취득아파트로 이사하였으므로 쟁점아파트의 양도일인 2005.12.15. 현재 청구인은 농촌주택을 포함하여 1세대 2주택에 해당하고, 주택매매의 경우 주택담보대출은 매수인이 승계하는 것이 통상적이며, 매수인은 청구인이 쟁점아파트에 설정한 채무액보다 더 많은 자금이 필요하였기 때문에 ○○○은행과 대출협의를 마친 후, 같은 날인 2005.12.22. 소유권이전등기를 한 바, 만약 매수인이 추가로 자금을 필요로 하지 아니하였다면 금융기관을 변경○○○하여 근저당을 설정할 필요가 없어 소유권이전등기가 늦어질 이유가 없었고, 청구인이 쟁점아파트 양도당시 1세대 3주택의 경우 양도가액을 실지거래가액으로 한다는 소득세법령의 입법취지는 부동산 투기를 억제하기 위한 것이나, 청구인은 주말농장 개념의 농촌주택과 거주목적으로 쟁점아파트 및 신규취득아파트를 소유하였음에도 불구하고, 처분청이 매수인이 금융기관에 대한 채무승계 절차를 완료(2005.12.22.)한 시점을 쟁점부동산 매매거래의 완성시기로 보아 과세한 이 건 당초 처분은 부당하다고 주장하면서, 쟁점아파트 부동산매매계약서 등을 증빙으로 제출한 바, 이에 대하여 본다. (가) 청구인과 쟁점아파트 매수인이 2005.11.8. 체결한 부동산매매계약서에는 매매대금 2억9천만원, 잔금 1억4,100만원, 잔금청산일은 2005. 12.15., 특약사항에는 중도금 처리 후 근저당설정을 해지하고, 개 2마리를 승계하며, 붙박이장은 놓고 가기로 한다는 내용이 기재되어 있다. (나) 공인중개사 김○○○가 작성한 영수증에는 청구인이 쟁점아파트의 잔금 4,650만원을 2005.12.15. 영수한 것으로 되어 있으며, 붙임 추가특약사항에는 잔금 1억4,100만원 중 잔금으로 지급한 4,650만원을 제외한 청구인의 ○○○은행 대출원금 및 이자예상액 등 9,440만원 및 근저당 말소 수수료 10만원 등 9,450만원의 채무는 매수인이 인수하여 차후에 거론하지 아니하고, 매도인(청구인)은 매수인이 지정하는 날짜에 소유권 이전에 따른 일체의 서류를 구비하여 협조하며, 공인중개사는 소유권 이전이 완료될 때까지 입회하기로 하는 내용이 기재되어 있는 바, 청구인은 이 특약사항을 들어 청구인과 매수인이 실제로는 2005.12.15. 잔금을 청산하고 그 날 이후에 등기부등본상 소유권이전을 예정하고 있으며 이를 공인중개사가 확인하도록 한 것이라고 주장한다. (다) 이에 대하여, 처분청은 청구인이 잔금 4,650만원을 현금으로 지급받았다고 하는 사실을 입증할 만한 구체적인 증빙이 없으며, 청구인이 제출한 공인중개수수료 영수증에 의하면, 2005.11.8.에 20만원, 2005.12.15.에 135만원의 중개수수료를 지급하고 영수증을 수령한 것으로 되어 있으나, 실제로는 중개수수료 합계 155만원이 2005.12.22. 공인중개사 김○○○계좌로 전액 계좌이체된 사실이 청구인의 ○○○의 예금거래기록명세표에 의하여 확인되므로, 청구인이 제출한 영수증 등이 신빙성이 없다는 의견인 반면, 청구인은 잔금 4,650만원을 현금으로 지급받은 이유에 대하여 신규취득아파트의 ○○○들이 공사대금을 현금으로 지급하여 줄 것을 요구하였기 때문이며, 2005.12.15. 동 공사대금을 모두 현금으로 지급하였다고 주장하는 바, ○○○ 대표이사 최○○○은 거래사실확인원(2006년 7월)에서 청구인에게 쟁점아파트 인테리어공사용역을 제공하고 2005.12.15. 공사대금 2,200만원을 현금으로 수령하고 매출세금계산서를 교부한 사실이 있음을 확인하면서 세금계산서 사본을 증빙으로 제시하였으며, ○○○은 인감증명서를 붙인 거래사실확인서 및 2009. 1.5. 우리 원 조사공무원과의 전화통화에서 청구인으로부터 2005.12.15. 쟁점아파트 인테리어공사대금 2,500만원을 수령한 사실을 확인하였으며, 처분청의 부가가치세 일반과세자 조회서에 의하면, 김○○○이 당초 2005년 제2기 부가가치세 확정신고시에는 동 매출신고를 누락하였다가 이 건 부가가치세가 과세된 이후인 2008.6.26. 공급대가 2,500만원의 매출에 대하여 수정신고한 사실이 확인되고, 쟁점아파트 매수인 나○○○는 처분청에 제출한 확인서에서 2005.12.15. 청구인의 요청으로 잔금 4,710만원을 현금으로 지급하였으며 나머지는 은행융자금임을 확인하였으나, 처분청은 청구인이 지급하였다고 주장하는 동 공사대금이 매수인으로부터 지급받은 금액인지 청구인의 보유자금인지 여부를 확인할 수 없다는 의견이다. (라) 청구인이 쟁점아파트에서 신규취득아파트로 2005.12.17. 이사하였다고 주장하면서 제출한 쟁점아파트의 관리비내역서에는 이사일은 2005.12.17., 이 날까지의 관리비 및 전기료를 납부하지 아니한 것에 대하여는 청구인과 매수인 정산하도록 한 내용이 기재되어 있으며, 이사용역회사인 ○○○와의 계약서에는 포장일 및 운반일이 2005.12. 17., 이사 후 주소가 신규취득아파트의 주소지로 기재되어 있고, 신규취득아파트의 전 소유자인 유한회사 ○○○은 잔금 납부 확인서(2007.11. 13.)에서 2005.12.16. 잔금을 자신의 ○○○은행계좌로 입금받은 사실을 확인하고 있으며, 주식회사 ○○○이 작성한 입주/열쇠인수증에는 청구인이 2005.12.17. 신규취득아파트에 입주한 것으로 기재되어 있으나, 처분청은 이에 대하여 입주/열쇠인수증상의 확인필 일부인의 확인일자가 2006.1.4.로 기재되어 있고, 쟁점아파트 매수인 나경아가 2006. 1.4. 쟁점아파트에 입주한 사실이 쟁점아파트 입주자명단에 의하여 확인되는 바, 이는 청구인이 2005.12.15. 잔금을 수령하였음을 입증할 만한 증빙으로 보기 어렵다는 의견이다.

(3) 한편, 청구인은 2009.2.12. 우리 원에서 개최된 조세심판관회의에 출석하여 공인중개사에게 중개수수료를 2005.12.22.에 입금한 이유에 대하여 계약당시 자기가 키우던 개 2마리를 매수인이 승계하기로 한 특약사항을 매수인이 이행하지 아니한 것에 대하여 책임을 물은 것이며, 매수인은 당시 쟁점아파트 매매계약을 성사시키기 위하여 영수증만 발행하고 실제 중개수수료는 나중에 주어도 된다고 하여 부동산이전등기가 경료된 날 한꺼번에 지급하게 되었기 때문이며, 청구인과 매수인이 2005.12.15. 청구인의 근저당 채무를 매수인이 인수하기로 계약을 하고 잔금을 지급받았으므로 이 날을 잔금청산일로 보아야 하며, 입주/열쇠인수증상의 입주일이 2005.12.17.로 기재된 바, 통상 입주일부터 관리비 등을 납부하여야 하는 사실에 비추어, 청구인이 처분청 의견대로 2006. 1.4. 입주를 하였다면 입주일을 굳이 2005.12.17.로 기재할 이유가 없다고 의견진술하였다.

(4) 한편, 공인중개사 김○○○는 인감증명서를 첨부하여 우리 원에 제출한 확인서(2009.2.27.)에서, 매매계약서상의 특약사항을 이행하지 못하여 중개수수료를 늦게 받았으며, 매수인이 쟁점아파트를 담보로 받은 청구인의 대출금을 인수하고 나머지 잔금을 현금으로 지급한 사실이 있음을 확인하였고, 쟁점아파트 매수인 나○○○는 우리 원 조사공무원과의 전화통화에서 청구인이 받은 대출금을 본인이 부담하고 이를 제외한 잔금을 현금으로 지급하였으며, 이와 같은 내용을 특약한 것으로 기억한다는 내용을 확인하였다.

(5) 부동산의 양도차익을 계산함에 있어서 그 취득시기 및 양도시기는 원칙적으로 소득세법 시행령제162조의 규정에 의하여 당해 자산의 대금을 청산한 날이 되는 것이나, 대금청산일이 분명하지 아니하거나 대금을 청산하기 전에 소유권이전등기를 한 경우에는 등기부에 기재된 등기접수일이 되고, 매매대상 부동산을 담보로 발생한 채무 또는 당해 부동산을 타인에게 임대하고 발생한 임대보증금 채무 등을 매수인이 승계받은 경우에는 인수한 채무를 공제한 잔액수령일을 잔금청산일로 보고 있는 바○○○, 쟁점아파트 중개수수료가 2005.12.22. 계좌입금되고, 쟁점아파트에 대한 청구인의 근저당 말소, 매수인의 신규 근저당 설정 및 소유권이전등기일이 같은 날인 2005.12.22.에 이루어 진 사실은 있으나, 부동산매매계약서상 쟁점아파트의 양도와 관련한 특약사항이 구체적으로 정하여져 있는 점, 동 계약서상의 잔금청산일이 2005.12.15.로 기재되어 있는 점, 2005.12.15.에 잔금 1억4,100만원 중 쟁점아파트를 담보로 한 청구인의 대출금을 매수인이 부담하기로 하고 이를 차감한 잔액 4,650만원을 청구인이 현금으로 수령하기로 하는 내용의 특약사항을 정한 사실이 있고, 매수인이 이를 확인하고 있는 점, 청구인이 잔금으로 수령한 현금을 같은 날 신규취득아파트의 인테리어 공사비용 등으로 지급한 사실이 공사업자들의 부가가치세 신고내역 등에 의하여 확인되는 점, 쟁점아파트의 관리비내역서, 이사용역회사와의 계약서 및 입주/열쇠인수증에 신규취득아파트의 입주일이 2005.12.17.로 기재되어 있는 점, 청구인이 조세심판관회의에 출석하여 부동산중개수수료를 2005.12.22.에 지급하게 된 사유 등에 대하여 구체적으로 진술하고 있는 점 등에 비추어, 쟁점아파트의 잔금청산은 2005.12.15.에 실질적으로 이루어진 것으로 보는 것이 타당한 것으로 보인다. 따라서, 처분청이 쟁점아파트의 양도시기를 잔금청산일이 분명하지 아니하다 하여 등기접수일인 2005.12.22.로 보아 쟁점아파트 양도가액을 1세대 3주택 소유에 따른 실지거래가액으로 적용하여 이 건 양도소득세를 과세한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.