쟁점토지에 대한 양도가액은 물론 취득가액, 취득부대비요, 자본적 지출액이 실지거래가액으로 확인되므로 처분청은 쟁점토지에 대한 양도차익을 실지거래가액으로 계산하여 양도소득세 과세표준 및 세액을 경정함이 타당함
쟁점토지에 대한 양도가액은 물론 취득가액, 취득부대비요, 자본적 지출액이 실지거래가액으로 확인되므로 처분청은 쟁점토지에 대한 양도차익을 실지거래가액으로 계산하여 양도소득세 과세표준 및 세액을 경정함이 타당함
전주세무서장이 2008.3.14. 청구인에게 한 2004년 귀속 양도소득세 290,916,630원의 부과처분은, 청구인이 장○녀로부터 취득한 토지에 대한 양도차익을 실지거래가액으로 계산하여 양도소득세 과세표준 및 세액을 경정하고, 나머지 청구는 기각한다.
(1) 청구인은 1996.8.8. 장○녀로부터 쟁점토지를 747,000,000원에 취득하였고, 1996.12.20. 박○자로부터 다른 토지를 487,000,000원에 취득하였다. 청구인의 쟁점토지 위에 주유소 건물을 신축하고자 1996년 9월부터 복토를 하는 등 주유소 부지를 조성하였고, 1997.2.6. ○○주유소 및 관련 부속건물을 신축하여 7년 이상 주유소를 운영하다가 2004.10.7. 임○현에게 쟁점부동산을 26억 원에 양도하였다.
(2) 청구인이 장○녀로부터 취득한 쟁점토지는 도로보다 훨씬 낮은 곳에 위치한 농지였고, 청구인은 이를 주유소 부지로 사용하기 위해 그 당시 농지가격보다 비싼 가격으로 취득하였으며, 취득후 사진 (청구인은 이와 관련된 사진을 제출함)에서 보는 바와 같이 2~7m 정도 높이로 복토를 하는 등 주유소 부지로 형질을 변경하였고, 청구인이 쟁점토지를 주유소 부지로 변경한 사실에 대해서는 (사) ○○기업 정책연구소가 현지 확인을 하여 작성한 ‘개발비산정결과표’ 및 ○○시청의 개발부담금 부과를 위한 검토자료 및 관련 등기부등본에 의해 확인할 수 있다. 또한, 청구인이 쟁점토지를 주유소 부지로 조성하면서 개발비용이 많이 지출되었다는 점에 대해서는 주유소 부지 조성 전후의 쟁점토지에 대한 개별공시지가를 비교(조성전 32,100원/㎡, 조성후 112,000원/㎡, 약 3.5배)해 보면 쉽게 알 수 있고, 주유소 부지 조성후 현재까지 쟁점토지에 대한개별공시지가 떨어진 점(조성후 112,000원/㎡, 양도시점 110,000원/㎡)은 주유소 부지 조성 외에 토지 가격을 변동시킬만한 여건 변화가 없었기 때문이다.
(3) 청구인은 장○녀로부터 쟁점토지를 취득하여 주유소 부지를 조성하는데 개발비용이 많이 지출된 관계로 양도소득세를 실지거래가액으로 신고할 수밖에 없었다. 처분청은 쟁점부동산의 양도가액에 대해서는 이견이 없으면서 단지, 쟁점토지의 취득가액에 대해서는 전소유자 장○녀가 청구인이 신고한 가액과 다른 가액으로 양도하였다고 진술하였다 하여 청구인이 신고한 가액을 실지거래가액으로 인정하지 않았고, 주유소 부지 개발비용도 객관적인 증빙이 없다 하여 실지거래가액으로 인정하지 않았다.
(4) 먼저, 청구인이 신고한 쟁점토지의 취득가액 747,000,000원이 실지거래가액인지에 대해 보면, 이 건 세무조사와 관련하여 쟁점토지의 전소유자 장○녀는 ○○○○국세청 조사공무원과 함께 두 번에 걸쳐 문답서를 작성하였는데, 첫 번째 문답서(2007.11.13)엔 “매매가액이 터무니없이 높고 자신의 도장이 아니다”고 진술하였다가, 이틀이 지난 두 번째 문답서(2007.11.15)엔 “자신의 도장이 맞다”고 진술하는 등 진술에 일관성이 없고, 또 장○녀는 청구인과 체결한 1996.8.8.자 매매계약서를 제시하지 못하고 있는 반면, 청구인이 제시한 1996.8.8.자 매매계약서에는 장○녀의 자택 전화번호는 물론, 국가에서 공인한 ○○중개사무소 김○성의 싸인이 있는 등 당사자 간에 매매가 이루어졌음을 증명하고 있으므로, 청구인이 신고한 쟁점토지 취득가액 747,000,000원(평당 45만 원)을 실지거래가액으로 인정함이 타당하다. 다만, 매매시점이 지금으로부터 약 12년 전인 1996년인지라 거래대금에 대한 금융증빙을 제시할 수 없지만, 그 당시 현금 및 수표로 5억 원, 지인의 어음으로 2억원 등 7억 여원을 지급하였고, 이를 증명하기 위해 ○○공인중개사무소를 수소문 하였지만 폐업하여 찾기가 곤란하므로, 처분청이 ○○공인중개사 김○성이 주로를 확인하여 매매계약서의 진위 여부를 확인함이 타당하다. 또한, 처분청은 세무행정을 집행함에 이어서 공정한 입장을 견지해야함에도 불구하고 장○녀의 일방적인 진술은 믿으면서 억울한 입장에 처해 있는 청구인의 진술은 믿지 않고 있어 공정한 판단을 하였다고 보기 어렵다. 2008년 3월초 장○녀를 수소문하여 확인해 본 바, ○○시 ○○보건소에서 영세민인 장○녀가 보건소에 진료를 받으러 올 것이라고 하여 장○녀의 행방을 찾게 되었고 장○녀에게 ○○○○국세청에서 진술한 내용에 대해 물어보았더니 생활이 너무 어려워 그렇게 진술하면 청구인이 찾아와 부탁할 것으로 생각을 하여 청구인으로부터 금전적 도움을 받을 생각에 그렇게 진술하게 되었다고 하면서 미안하게 됐다는 말과 함께 청구인이 보관하고 있는 매매계약서 사본(원본은 ○○○○국세청 과세전적부심사청구시 제시됨)의 내용이 맞다고 하면서 2008.3.28. 자신의 인감증명서를 첨부하여 위와 같이 확인해 주었다(인감증명서에 날인된 장○녀의 인감도장은 1996.8.8. 청구인과 장○녀 간에 매매계약서를 체결할 당시 날인한 도장과 같다).
(5) 다음으로, 청구인이 신고한 주유소 부지 개발비용 639,618,635원에 대9해 보면, 청구인은 1996.9.2. ○○시청에 쟁점토지를 주유소 부지로 개발한 데 대한 농지보전부담금 60,689,380원을 납부한 바 있다. 또한, 청구인이 쟁점토지를 주유소 부지로 개발한 데 대해 (사) ○○기업정책연구소가 청구인을 대신하여 1997.2.28. ○○시청에 ‘쟁점토지 개발비용 산정결과보고서(순공사비 521,647,602원, 조사비 및 설계비 25,982,797원, 일반관리비 31,298,856원, 기타경비 60,689,380원, 합계 639,618,635원)’를 제출하였고, ○○시청은 청구인에게 개발부담금을 부과하기 위해 개발이익환수에 관한 법률 제11조 (개발비용의 산정 및 동법 시행령 제10조 제4항에 의거 주유소 개발비용 639,618,635원에 대한 적정여부를 검토하였고, ○○시청은 ○○주유소 개발사업의 내용 및 성질이 특수하여 개발비용의 확인 및 금액의 산출이 어렵다고 판담함에 따라 ○○대학교 산업경제연구소에 이에 대한 확인 및 검토를 의뢰하였으며, 그 결과 쟁점토지의 개발비용으로 확인한 금액은 490,070,433원이었다 더욱이 주유소 개발비용 중 청구인이 보관하고 있는 자료에 의해서도 아래<표>와 같이 240,370,079원이 지출된 점을 보더라도 거액의 자금이 투입되었음을 알 수 있다. 따라서, 처분청은 청구인이 ○○시청에 주유소 개발비용으로 보고한 639,618,635원을 필요경비로 인정하여야 하고, 설령 이를 인정하지 아니할 경우에는 ○○시청이 쟁점토지 개발비용으로 산정한 490,070,433원을 필요경비에 산입함이 타당하다.
(6) 쟁점토지에 대한 취득부대비용을 보면, 청구인이 1996년에 ○○시청에 납부한 쟁점토지 취득세 및 등록세는 4,600,000원이고, 청구인인 1997년에 ○○시청에 납부한 쟁점토지 형질변경에 대한 취득세는 1,590,030원(합계 6,190,030원)이다. 따라서, 이를 필요경비에 산입함이 타당하다.
(7) 위에서 본 바와 같이, 쟁점토지의 취득가액 747,000,000원과 ○○시청에 납부한 쟁점토지의 취득세 및 등록세 6,190,030 원, ○○시청이 쟁점토지의 개발비용으로 인정한 490,070,433원(합계 1,243,260,463원)은 실지거래가액임이 확인되므로, 처분청이 쟁점토지에 대한 양도차익을 실지거래가액으로 산정하지 아니하고 기준시가로 산정한 것은 부당하다.
○ 소득세법 제94조 [양도소득의 범위]
○ 소득세법 제96조 [양도가액]
○ 소득세법 제97조 [양도소득의 필요경비계산]
○ 소득세법 시행령 제163조 [양도자산의 필요경비]
○ 소득세법 시행규칙 제79조 [양도자산의 필요경비 계산등]
○ 소득세법 제100조 [양도차익의 산정]
○ 소득세법 제114조 [양도소득과세표준과 세액의 결정∙경정 및 통지]
- 다. 사실관계 및 판단
(1) ‘쟁점토지 및 쟁점부동산의 등기부등본’에는 청구인이 1996.9.1. 장○녀로부터 쟁점토지를 취득한 후 주유소 부지로 조성하기 위해 1996.8.9., 1996.10.11., 1997.3.7., 1998.6.26. 등 여러 차례에 걸쳐 토지 합병 및 분할을 거친 사실 및 1997.2.6. 쟁점토지 등 토지 위에 ○○주유소 건물 및 관련 부속시설을 신축한 사실, 그리고 청구인이 2004. 10. 7. 임○현에게 쟁점부동산을 양도한 사실이 나타난다. (2)‘쟁점토지 및 쟁점부동산의 등기부등본’에는 청구인이 2004.10.7. 임○현에게 양도한 토지는 전라북도 ○○시 ○○동 231번지 주유소용지 2,967㎡, 231-2번지 대 2,062㎡, 231-4번지 잡종지 4,780㎡, 203-2번지 답 350㎡, 230-3번지 답 526㎡(5필지 합계 10,685㎡)임이 확인되고, 또 청구인이 1996.9.1. 장○녀로부터 취득한 쟁점토지(위 같은 곳 231번지 답 1,729㎡, ○○○-8번지 답 2,240㎡, 229-5번지 답 1,520㎡, 합계 5,489㎡)는 위(1)에서 본 바와 같이 토지합병 및 분할을 거쳐 양도당시에는 위 같은 곳 231번지 주유소용지 2,967㎡, 231-2번지 대지 2,062㎡, 231-3번지 도로 30㎡, ○○○-4번지 잡종지 4,780㎡로 변경되었음이 확인된다.
(3) 청구인은 장○녀로부터 쟁점토지를 747,000,000원에 취득하였다고 주장하면서 매도인 장○녀, 매수인 청구인, 중개인 ○○공인중개사무소 김○성으로 기재된 ‘1996.8.8.자 매매계약서’를 제시(원본 계약서는 이 건 과세전적부심사청구시 제출됨)하고 있고, 동 계약서에는 매매대금 747,000,000원 중 계약금 80,000,000원은 계약시(1996.8.8)에, 중도금 300,000,000원은 1996.9.10.에, 잔금 367,000,000원은 1996.10.30.에 각각 지급한다고 기재되어 있다. 전소유자 장○녀는 쟁점토지 매매와 관련하여 2007. 11.13. ○○○○국세청 세무공무원에게 “아들 둘이 금융기관 대출금을 상환하지 못하여 가압류 등 처분이 들어와 어쩔 수 없이 김○구씨(청구인)에게 부동산을 양도하게 되었고, 부동산중개는 전라북도 ○○시 소재 ○○공인중개사 김○성이 연락을 해 와서 거래를 하게 되었으며, 양도한 토지는 1,660평으로 평당 30만원씩 4억9천8백만원에 양도하였고, 대금수령은 정확히 기억이 나지 않지만 잔금 중 5천만원을 수차례 김○구씨에게 지급을 요구하였으나 김○식씨를 통해 이미 지급하였다고 하여 3천만원만 받았다”고 진술한 바 있고, 청구인이 제시한 1996.8.8.자 매매계약서에 대해서는 한참을 들여다 본 후,“계약금액을 보니 터무니없게 높게 기재되어 있고 도장도 제 도장이 아닌 것으로 보아 당시 작성한 계약서가 아니다”고 진술한 바 있다.
(4) 청구인은 쟁점토지를 주유소 부지로 개발한 데 대한 개발비용 639,618,635원이 소요되었다고 주장하면서 (사)○○기업정책연구소(서울특별시 ○○○구 ○○○동 ○○-16번지 대표 어○배, 경제기획원 허가단체)가 청구인을 대신하여 1997.2.28. ○○시청에‘개발비용산정보고서’를 제출하였는바, 동 보고서에는‘개발이익환수에 관한 법률’제11조(개발비용의 산정)ㆍ제24조(개발비 산정과 관련된 자료제출 의무) 및 동법 시행령 제10조(개발비용의 산정)ㆍ시행규칙 제20조ㆍ개발부담금 부과ㆍ징수 업무처리규정 제12조(개발비용 산정기관) 등에 의거 주유소 준공도면, 관계 증빙자료 및 현장답사를 통해 개발비용을 639,618,635원으로 산정한 것으로 나타난다.
○○시청 소속 공무원이 1997.5.27. ○○시장에게 보고한‘개발부담금 산출결과보고서’에는 청구인이 쟁점토지를 주유소 부지로 개발한데 대해 개발부담금을 부과하고자 개발이익이 발생하였는지를 검토한 결과, 개발이익은 발생하지 않은 것[개발완료시점(1997.2.26.)지가-개발착수시점(1996.9.11)지가-정상지가상승분-개발비용=585,345,456원-236,136,274원-10,980,881원-490,070,433원=개발손실 151,841,132원]으로 나타나며, ○○시청은 청구인이 쟁점토지를 주유소 부지로 개발한 데 대해 개발비용을 490,070,433원으로 산정하였음이 확인된다. 청구인은 ○○시청이 1997.5.27. 쟁점토지에 대한 개발비용을 390,070,433원으로 산정한 것과 관련하여 2008.9.3., 2009.3.19., 2009.3.23. 세 차례에 걸쳐 ○○시청에 자신이 신고한 개발비용으로 신고한 금액 639,618,635원과 ○○시청이 개발비용으로 산정한 금액 490,070,433원이 다르게 된 이유가‘개발이익환수에 관한 법률’시행령 제10조 제5항에 의거 개발비용 확인 및 그 금액 산출을 위해 개발비용산정기관에 의뢰한 결과 개발비용이 490,070,433원으로 산정된 경우인지, 또 위 금액은 ○○시청이 청구인이 제출한 개발비용산정보고서 및 관련 증빙서류를 직접 확인한 경우인지 등에 대한 ‘행정정보’공개를 요청하였다. 청구인이 세 차례에 행정정보 공개를 요청한 것과 관련하여 익산시청이 2009.3.30. 청구인에게 회신한 공문(종합민원과-678)에 의하면,“전라북도 ○○시 ○○동 231번지, 231-2, 178-8, 178-32번지 등 4필지(쟁점토지) 주유소 신축부지 조성 건의 개발비용 산정 및 검토는‘개발이익 환수에 관한 법률’제11조 및 동법 시행령 제10조 제2항에 근거하여 개발부담금 납부의무자가 개발비용 산출명세서와 증빙서류를 갖추어 우리 시에 제출하면, 동법 시행령 제10조 제5항에 의거 납부의무자가 제시한 개발비용 금액의 사실 여부를 확인하여야 하고, 해당 개발사업의 내용ㆍ성질 등이 특수하여 그 확인 또는 금액의 산출이 곤란한 경우에는 개발비용산정기관에 그 확인 또는 금액의 산출을 의뢰하게 되는데, ○○주유소 부지조성 건의 개발비용 산정 및 검토는 개발비용산정기관인 전북대학교 산업경제연구소에 의뢰하여 개발비용 확인 및 검토를 받아 산정된 것이다”고 기재되어 있다.
(5) 청구인이 1996년에 쟁점토지를 취득하거나 1997년에 농지인 쟁점토지를 주유소 부지로 개발하여 용도를 주유소 부지로 변경한 것과 관련하여 ○○시청이 2008.4.18. 청구인에게 교부한‘세목별 과세(납세)증명세’에는 청구인이 1996년에 쟁점토지에 대한 취득세 및 등록세 4,600,000원을 납부한 것으로 나타나고, 또 청구인이 1997년에 쟁점토지를 주유소 부지로 개발하여 기존의 농지를 주유소 부지로 형질을 변경한 데 대한 취득세 1,590,030원(합계 6,190,030원)을 납부한 것으로 나타난다.
(6) ○○○○국세청 소속 세무공무원이 작성한 청구인에 대한‘양도소득세 조사서’(2007년 11월)에는 쟁점부동산의 양도가액 26억원은 ○○주유소에 설치된 주유기 세차기 등 기계장치 등을 포함하여 거래한 경우로서 실지거래가액임이 확인되지만, 쟁점토지의 취득가액 747,000,000원은 전소유자 장○녀가 진술한 가액 498,000,000원과 청구인이 신고한 금액이 서로 다르게 확인되고, 쟁점토지의 주유소 부지 조성비 및 건물 취득가액은 객관적인 증빙에 의해 확인되지 않는다하여 기준시가로 쟁점부동산에 대한 양도차익을 산정한 것으로 나타나고, 쟁점토지의 취득가액에 대한 조사부분에는 청구인이 평당 45만원으로 계산하여 7억4천7백만원에 취득하였다고 주장하지만, 전소유자 장○녀는 평당 30만원으로 계산하여 4억9천8백만원에 양도하였다고 진술한 반면, 청구인은 이에 대한 객관적인 증빙을 제시하지 못한다고 기재되어 있으며, 주유소 부지 조성비에 대한 조사부분에는 쟁점토지를 주유소 부지로 조성하기 위해 성토작업 등 토목공사를 한 사실은 인정되지만, 청구인이 쟁점토지에 대한 개발비용이라고 주장하는 639,618,635원은 (사)○○기업정책연구소가 작성한‘개발비용산정결과’일 뿐, 주유소 부지 조성비를 확인할 수 있는 직접적인 증빙서류를 제시하지 못한다고 기재되어 있으며, 쟁점토지의 농징전용부담금 조사부분에는 한국농촌공사에서 발행한 농지보전부담금 납부증명서에 의해 청구인이 농지전용부담금 60,689,380원을 납부한 것으로 확인된다고 기재되어 있다.
(7) 청구인은 2008.11.28. 우리 원의 심판관회의에서“제가 1994년부터‘전군가도’길에 있는 ○○주유소를 운영해 오다가 사업을 넓혀 보고자 1996.9.1. 제 옆에 계신 장○녀씨로부터 농지 약 1,700평을 7억4천7백만원에 취득하였고, 1996년 12월경 장○녀씨 땅 뒤편에 있는 박○자씨 농지 약 1,600평을 4억8천7백만원, 합계 12억3천4백만원에 취득하였으며, 장○녀로부터 취득한 토지를 주유소 부지로 개발하는 데 6억3천9백만원, 박○자로부터 취득한 토지를 잡종지로 개발하는데 1억6백만원, 합계 7억4천5백만원이 개발비로 소요되었고, 주유소 건물 신축비 3억원 등 세차장, 저유소시설, 주유소 옆 근린생활시설 등을 설치하는데 대략 13억2천1백만원이 소요되어 총 33억원이 들어갔으며, 그후 7년 이상 주유소를 운영하다가 은행대출금 이자부담 때문에 26억원에 팔아 7억원 정도 손해를 봤는데도 처분청이 저가 신고한 실지거래가액은 한 푼도 인정하지 않고 기준시가로 3억원을 과세하여 너무나도 억울합니다. 먼저, 장○녀씨로부터 취득한 쟁점토지의 매매금액 7억4천7백만원에 대해 말씀드리면, 취득당시 저는 현금 3억원뿐이어서 대부분 주위사람들 어음으로 자금을 조달하였는데 아마도 현금과 수표로 5억원, 어음으로 2억원, 합계 7억여원을 지급한 것으로 기억납니다. 장○녀씨는 제가 어음으로 지급한 2억원을 기억하지 못한 것이 아닌가 싶습니다. 또한, 장○녀씨는 ○○○○국세청 세무공무원에게 매매금액이 4억9천8백만원이라고 진술하면서도 이를 증명하는 계약서나 관련 증빙을 제시하지 못한 것으로 알고 있습니다. 아울러, 장○녀씨는 세무공무원과 함께 두 차례 문답서를 작성하였는데, 1차 문답서엔“터무니없이 높은 금액이고 도장이 내 것이 아니다”고 진술하였다가 이틀이 지난 2차 문답서엔“제 도장이 맞다”고 진술을 번복한 점으로 보아 세무공무원이라면 장○녀씨의 진술이 일관성이 없다는 것을 쉽게 알 수 있는데도 청구인에게만 불리하게 판정한 것이 아닌가 싶습니다. 제가 제출한 1996.8.8.자 매매계약서에는 장○녀씨의 인감도장이 날인되어 있고, 장○녀씨의 집 전화번호는 물론 ○○공인중개사 김○성의 싸인도 있으며, 이 건 과세전적부심사청구를 담당하였던 ○○○○국세청 직원도 청구인이 원본 계약서를 제출하였다고 확인해 주고 있습니다. 다음으로, 주유소 부지 개발비용 6억3천9백만원에 대해 말씀드리면, (사)○○기업정책연구소가 산정한 개발비용 6억3천9백만원은 객관성과 전문성이 있는 외부평가기관이 ○○시청의 위임을 받아 ○○주유소 준공도면, 관계 증빙자료 및 현장답사를 통해 산정한 것이며, 익산시청은 청구인에게 개발부담금을 부과하기 위해 청구인이 제출한 개발비용 명세서 및 관련 증빙을 검토하여 개발비용을 4억9천여만원으로 산정하였습니다. ○○시청이 왜 이 금액만 개발비용으로 인정하였는지는 알 수 없지만, ○○시청이 개발비용으로 인정한 4억9천여만원은 객관적으로 확인한 금액으로 보아야 합니다. 따라서, 청구인이 장○녀로부터 취득한 쟁점토지의 취득가액 7억4천7백만원과 쟁점토지를 주유소 부지로 개발한 데 소요된 개발비용 6억3천9백만원 또는 ○○시청이 개발비용으로 산정한 4억9천여만원 및 농지전용부담금 6천 만원 등은 실질거래가액임이 확인되므로, 처분청이 쟁점토지에 대한 양도차익을 실지거래가액으로 산정하지 아니하고 기준시가로 산정한 것은 부당하다“고 진술한 바 있다. 또한, 쟁점토지의 전소유자 장○녀는 2008.11.28. 우리 원의 심판관회의에서“제가 옆에 있는 김○구씨에게 잘못을 저지른 것 같아요. ○○○○국세청 세무공무원들이 저희 집에 왔을 때, 당뇨나 혈압 등으로 제 몸이 많이 아팠고, 도박에 빠진 아들들 문제로 정신이 없었으며, 집도 경매로 넘어가 2백만원짜리 집을 얻어 월세를 살다보니 세금문제가 무서워 매매가액을 5억원에 못미친 4억9천8백만원이라고 진술했던 것 같아요. 하지만, 김○구씨에게 7억5천만원에서 조금 빠진 금액으로 양도했습니다. 저 때문에 김○구씨가 피해를 보고 있는 것 같아 미안할 따름 입니다”라고 진술한 바 있다.
(8) 이를 바탕으로 하여, 처분청이 쟁점토지의 취득가액 및 주유소 부지 개발비용이 실지거래가액으로 확인되지 않는다 하여 기준시가로 양도소득세를 부과한 처분이 타당한지를 살펴본다. (가) 소득세법 제94조 제1항 에서는“양도소득은 토지, 건물, 부동산에 관한 권리 등의 양도로 인하여 발생하는 소득”이라고 규정하고 있는바, 토지와 건물은 별개의 자산으로서 이에 대한 양도차익을 구분하여 계산하고 있음을 알 수 있고, 같은 법 제100조 제2항에서는“자산에 대한 양도가액 또는 취득가액을 실질거래가액에 의하여 산정하는 경우로서 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우에는 이를 각각 구분하여 기장하되 토지와 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 때에는 당해 자산의 취득 또는 양도당시의 기준시가 등으로 안분하여 이를 계산한다”고 규정하고 있는바, 쟁점토지에 대한 실지양도가액은 쟁점부동산의 양도당시 토지 및 건물의 기준시가로 안분하여 계산함을 알 수 있다. 같은 법 제114조 제4항에서는“과세관청이 납세자가 신고한 가액과 다른 가액을 실지거래가액으로 확인한 때에는 이를 양도가액 또는 취득가액으로 하여 양도소득과세표준 및 세액을 경정한다”고 규정하고 있는바, 쟁점토지에 대한 양도차익을 계산함에 있어서 처분청이 청구인이 신고한 취득가액과 다른 가액을 실지거래가액으로 확인한 때에는 이를 취득가액으로 하여 경정하여야 함을 알 수 있고, 소득세법 제97조 제1항 제2호 및 같은 법 시행령 제163조 제3항 제3호 및 제4호에서는“부동산에 대한 양도차익을 실지거래가액으로 계산함에 있어서 당해 자산의 용도변경ㆍ개량 또는 이용편의를 위하여 지출한 비용은 자본적 지출로서 양도가액에서 공제한다”고 규정하고 있는바, 쟁점토지를 주유소 부지로 개발한 데 소요된 개발비용이 실질거래가액임이 확인되는 경우에는 이를 필요경비에 산입함을 알 수 있다. 그렇다면, 청구인이 주장하는 바와 같이 쟁점토지의 취득가액 및 주유소 개발비용 등이 실지거래가액임이 확인되는 경우에는 실지거래가액에 의해 양도차익을 산정할 수 있겠지만, 그렇지 아니할 경우에는 기준시가에 의해 양도차익을 산정할 수 밖에 없다 할 것이다. (나) 개발이익 환수에 관한 법률 제11조 및 동법률 시행령 제10조 제2항에서는“개발부담금 납부의무자는 개발사업과 관련된 개발비용 산출명세서와 증빙서류를 제출하여야 한다”고 규정하고 있고, 동조 제4항에서는“납부의무자가 개발비용산정기관 등에 의뢰하여 개발비용을 산정한 경우에는 이를 개발비용으로 인정할 수 있다”고 규정하고 잇으며, 동조 제5항에서는“개발부담금을 부과하는 기관은 납부의무자가 제시한 개발비용에 대한 사실 여부를 확인하여 개발부담금을 부과하여야 하고, 이 경우 해당 개발사업의 내용ㆍ성질 등이 특수하여 개발비용에 대한 지출사실의 확인 또는 그 금액의 산출이 곤란한 경우에는 개발비용산정기관에 그 확인 또는 금액의 산출을 의뢰할 수 있다”고 규정하고 있는바, ○○시청은 청구인이 쟁점토지를 개발한 데 대해 개발부담금을 부과하는 경우,‘개발이익 환수에 관한 법률’시행령 제10조 제5항에 의거, 해당 개발사업의 내용ㆍ성질 등이 특수하여 개발비용 지출의 확인 및 그 금액 산출이 곤란하다고 판단한 경우에는 개발비용산정기관에 이를 의뢰하여 개발비용을 산정함을 알 수 있다. (다) 위 관련 법령 및 사실관계를 바탕으로하여, 쟁점토지에 대한 양도차익을 실지거래가액으로 계산할 수 있는지를 살펴보면, 먼저, 청구인이 쟁점부동산의 양도대금으로 수령한 금액은 26억원이고, 이 중 양도소득세 과세대상이 아닌 기계장치가액 165,500,000원을 차감하면 토지 및 건물에 대한 양도가액은 2,434,500,000원으로 계산된다. 그런데, 청구인은 임○현에게 쟁점부동산을 양도하면서 토지 및 건물의 가액을 구분하여 양도한 경우가 아니므로, 소득세법 제100조 제2항 에 의거 토지 및 건물의 양도당시 기준시가(별지<표2>참조)로 안분하여 계산하면, 쟁점토지의 양도가액은 1,035,364,248원(별지<표3>참조)으로 계산된다. 다음으로, 쟁점토지의 취득가액이 실지거래가액으로 확인되는지를 보면, 이 건 조사당시 쟁점토지의 전소유자 장○녀는 ○○○○국세청 소속 공무원에게 쟁점토지를 양도하게 된 경위는 물론, 매매를 중개한 자가 누구인지, 매매금액은 얼마인지, 잔금을 수령하였는지, 청구인이 제시한 매매계약서가 거래당시에 작성된 것인지 등에 관해 구체적으로 진술한 바 있으므로, 장○녀가 매매가액으로 확인한 금액 498,000,000원은 실지거래가액으로서 취득가액으로 봄이 타당하다. 또한, 청구인이 쟁점토지를 취득하거나 쟁점토지를 주유소 부지로 개발하여 농지인 쟁점토지를 주유소 부지로 변경한 것과 관련하여 ○○시청에 취득세 및 등록세 6,190,030원을 납부한 사실이 확인되므로, 이를 취득가액에 가산함이 타당하다. 끝으로, 쟁점토지에 대한 개발비용이 실지거래가액으로 확인되는지를 보면, 청구인은‘개발이익환수에 관한 법률’시행령 제10조 제2항에 의거 ○○시청에 개발비용 산출명세서 및 관련 증빙서류를 제출하였고, ○○시청은 개발비용이 지출사실 확인 및 그 금액 산출을 위해 위 시행령 제10조 제5항에 의거 ○○대학교 산업경제연구소에 개발비용 지출 확인 및 그 금액 산출을 의뢰하였으며, 그 결과 ○○시청은 청구인이 개발비용으로 보고한 금액 639,618,635원 중 149,548,202원을 지출사실이 확인되지 않거나 개발비용으로 인정할 수 없다 하여 개발비용을 490,070,433원으로 산정하였다. 그렇다면, ○○시청이 개발비용으로 산정한 금액은 개발비용 지출사실 확인 및 그 금액 산출에 관한 법령을 준수하여 산정한 결과이므로, 지출사실이 확인된 실지거래가액에 해당한다. 더욱이, 청구주장에서 본 바와 같이 청구인은 이 건 심판청구시 개발비용 지출과 관련하여 주유소 옹벽공사비, 토석운반비, 토지설계비, 용역비, 도로점용료 등에 대한 일부 증빙을 제시하고 있으므로, 이에 의해서도 쟁점토지에 대한 개발비용은 그 지출사실이 확인된다 할 것이다. 따라서, ○○시청이 쟁점토지 개발비용으로 확인한 금액 490,070,433원에 대해서는 필요경비에 산입함이 타당하다(국심 2006중1954, 2007.6.27., 2001중810,2001.7.5. 같은 뜻임). (라) 한편, 청구인은 쟁점토지의 취득가액이 747,000,000원이라고 주장하지만, 위 사실관계에서 본 바와 같이 전소유자 장○녀가 ○○○○국세청 소속 공무원에게 쟁점토지 매매와 관련된 거래경위, 중개인, 매매금액, 잔금 수령 등에 관해 구체적으로 진술한 바 있어 특별한 사정이 없는 한 장○녀의 진술은 사실에 부합된 진술로 인정된다. 그렇다면, 쟁점토지의 취득가액이 747,000,000원이라는 청구주장은 받아들이기 어렵다. (마) 위 판단을 종합해 보면, 쟁점토지에 대한 양도가액은 물론, 취득가액, 취득부대비용, 자본적 지출액이 실지거래가액으로 확인되므로, 처분청은 쟁점토지에 대한 양도차익을 실지거래가액(별지<표3>참조)으로 계산하여 이 건 양도소득세 과세표준 및 세액을 경정함이 타당하다고 판단된다. A
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 판결한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.