아파트 신축부지로 양도한 토지의 양도가액이 불분명한지 여부(취소)

[참조결정] 조심2008중2064 / 2007전1031 /

[주 문] OO세무서장이 2007.1.23. 청구인에게 한 2006년 귀속 양도소득세 1,191,639,210원부과처분은 이를 취소한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 청구인은 1967.8.18. OOO OOOO OOOO OOOO OOOO O OOOOO OOOO,OOOO(OOO OO,OOOOO OOO OO OOO, OO OOOOOOO OOO OO OO)를 취득하여 2006.8.22. OOOOOOOOO(OO OOOOOOOOO OO)에 163억원에 양도하고,2006.10.31. 양도가액은 실지거래가액인 163억원(3.3㎡당가액 265만원), 취득가액은 환산가액인 8,006,047,819원으로 하여 2006년 귀속 양도소득과세표준 예정신고 및 세액 1,524,367,480원을 자진납부하였다.
• 나. 처분청은 취득가액을 환산가액으로 산정하는 경우, 당해 금액이 양도가액을 초과할 수 없다는 국세청 예규(서면4팀-1839, 2006.6.19)를근거로 청구인이 쟁점토지 중 일부 토지에 대한 양도차손을 양도차익과통산하여 신고한 내용을 부인하고 2007.1.23. 청구인에게 2006년 귀속 양도소득세 1,191,639,210원을 경정·고지(이하 “1차 과세처분”이라 한다)하였다가, 변경된 재정경제부 예규(재재산-1164,2007.9.28.)에 따라양도차손을 양도차익과 통산하는 것이 타당하다고 보아 경정결정하면서, 쟁점토지의 각 필지별 양도가액의 구분이 불분명(당초 결정시는 분명하다고 보아 인정)한 것으로 보고 양도가액을 각필지별 기준시가로 안분계산하여 2008.5.6. 청구인에게 2006년 귀속 양도소득세945,095,530원을 추가로 경정·고지(이하 “2차 과세처분”이라 한다)하였다.
• 다. 청구인은1차 과세처분에 불복하여 2007.4.9. 이의신청을 거쳐 2008.5.26. 심판청구를 제기하였다[2차 과세처분에 대하여 청구인은 2008.5.26. 심판청구를 제기(2008중2064)하여 이 건과 병합심리].

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구인 주장 청구인은 쟁점토지를 OOOOO에게 양도한 후, 취득당시 실지거래가액을 확인할 수 없다고 보아 환산가액에 의하여 양도소득 과세표준 예정신고를 하였으며, 양도당시 필지별로 분할하지 아니하고 전체 13필지에 대한 일괄 양도가액 163억원에 양도하였으며, 쟁점토지는 분할하여 양도할 수 있는 토지가 아니고, OOOOO은 청구인의지분 뿐만 아니라, 공유자의 지분도 함께 아파트 신축·분양 목적으로 양수하였으며, 청구인과 공유자의 지분을 일괄 양수하였는 바, 각 필지별로 분할하여 양수한 것이 아님에도처분청이 쟁점토지의 각필지별 감정평가액이 없다는 이유만으로 양도가액을 기준시가로 안분계산하는 것은 부당하고, 이 건의 경우는 쟁점토지 양도일 이전에도 실제로 매매사례가 있었고 청구인과 매수인 간에 시장에서 합리적인 가액으로 확정된 실지거래가액이 존재하며,청구인은 쟁점토지 양도당시 지목을 변경하거나 토목공사를 하지 아니하고 일괄하여 아파트 건설용지로 양도하였는 바, 청구인의 필지별 양도단가는 막연히, 임의로 정한 것이 아니라 거래 당사자 쌍방이 모두 합리적으로 수용하고 인정한 실지거래가액이므로 그 실지거래가액을 인정하지 아니하는 것은 부당하다. 또한 쟁점토지의 일부 필지에 대하여 1/2 지분을 소유하고 있었던 OOO은 필지 구분없이 3.3㎡당 300만원에 매도하였지만, 청구인은 매수인의 여력과 아파트 건설사업의 타당성을 고려하여 그 가액보다는 약간 낮은 가액인 3.3㎡당 265만원에 매도한 것이며, 결과적으로 처분청의 판단과 같이아파트 건설용지를 양도·양수인이 필지별로 가액을 책정하여 거래하는 사례는 현재 시장에서 존재할 수 없는 거래방식으로, 아파트 건설용지는 각 필지를 망라하여 일괄로 양도(필지별 구분없이3.3㎡당가액으로 양도)하는 것이 사회적 통념이고 현실임에도 처분청이 단순히 쟁점토지의 필지별 가액이객관적인 가치를 반영하지못한다고보아 실지양도가액 163억원을 각 필지별 기준시가로 안분계산하여 과세한 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 청구인은 쟁점토지가 아파트 건설용지로 사용되었으며 아파트 건설용지는 토목공사시 토지를 정리한 후에 아파트 건설용지로 이용되므로각 필지별 가액을 단위당 면적기준(3.3㎡당 가액)으로 책정하는 것이 타당하다고 주장하나,청구인은 토지의 지목 등을 변경하거나 토목공사를 하지 아니하고 원래의 상태로 양도하였는 바, 이와 같이 기준시가나 감정평가금액에 근거하지 아니하고 막연히 단위당 면적기준에 비례하여 임의로 양도가액을 정하는 것은 타당하지 아니하며, 쟁점토지는 지목이 전, 답, 임야로서 각 필지별 기준시가는 현저한 차이가 있음에도 불구하고, 단순히 면적기준을 일률적으로 적용하여 양도 및 취득가액을 안분계산하여 계약서를 작성하는 것은 양도소득금액을 낮추기 위한 가장행위로서 인정할 수 없으며, 쟁점토지는 총 13필지를 일시에 일괄 양도한 것으로서 소득세법제100조 제2항의 규정에 의거 양도가액은 총 매매가액을 기준시가 비율로 안분계산하여야 하는 바, 청구인이 당초 신고한 금액은 감정평가 등 합리적인 절차없이 임의로 산정한 가액으로서 각 필지별 가액을 면적기준으로 동등하게 적용하여 신고하는 것은 토지의 객관적 가치를 반영하지 못한 것이므로 처분청이 기준시가로 안분계산하여 과세한 당초처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점 청구인이쟁점토지(13필지)를 OOOOO에게 아파트 건설용지로 163억원에 양도하고 각 필지별 양도가액(3.3㎡당 265만원)이 분명한 것으로 보아 각 필지별 양도가액 산식[각 필지별 양도가액 = 각 필지별 면적 ×3.3㎡당가액(265만원)]에 의하여 산정된 금액을 각 필지별 양도가액으로 하여 양도소득과세표준 신고를 하였으나, 처분청이 각 필지별 양도가액의 구분이 불분명하다고 보아 양도가액을 각 필지별 기준시가로 안분계산하여 과세한 처분의 당부
• 나. 관련법령

(1) 소득세법 제100조【양도차익의 산정】② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 의하여 산정하는 경우로서 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우에는 이를 각각 구분하여 기장하되 토지와 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 때에는 취득 또는 양도당시의 기준시가 등을 감안하여 대통령령이정하는 바에 따라 안분계산한다. 이 경우 공통되는 취득가액과 양도비용은 당해 자산의 가액에 비례하여 안분계산한다. (2000. 12. 29. 개정) 제102조【양도소득금액의 구분계산 등】① 양도소득금액은 다음 각호의 소득별로 구분하여 계산한다. 이 경우 소득금액을 계산함에 있어서 발생하는 결손금은 이를 다른 호의 소득금액과 통산하지 아니한다. (2003. 12. 30. 개정)

1. 제94조 제1항 제1호ㆍ제2호 및 제4호의 규정에 의한 소득 (2000. 12. 29. 개정)

2. 제94조 제1항 제3호의 규정에 의한 소득 (2000. 12. 29. 개정)

② 제1항의 규정에 의하여 양도소득금액을 계산함에 있어서 양도차손이 발생한 자산이 있는 경우에는제1항 각호별로 당해 자산외의 다른 자산에서 발생한 양도소득금액에서 그 양도차손을 공제한다.이 경우 공제방법은 양도소득금액의 세율 등을 감안하여 대통령령으로 정한다. (2003. 12. 30. 신설)

(2) 소득세법 시행령 제166조 【양도차익의 산정 등】④ 법 제100조 제2항의 규정을 적용함에 있어서토지와 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 때에는 부가가치세법 시행령 제48조의 2 제4항 단서의 규정에 의하여 안분계산한다. (2005. 2. 19. 개정)

(3) 부가가치세법 시행령 제48조의2 【과세표준의 안분계산】④ 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 및 그밖의 구축물 등(이하 이 조에서 “건물 등”이라 한다)을 함께 공급하는 경우에 그 건물 등의 공급가액은 실지거래가액에 의한다. 다만, 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우에는 다음 각호에 정하는 바에 의한다. (2000. 12. 29. 개정)

1. 토지와 건물 등에 대한 소득세법 제99조의 규정에 의한 기준시가(이하 이 조에서 “기준시가”라 한다)가 모두 있는 경우에는 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분계산한다.

• 다. 사실관계 및 판단 처분청은 당초 취득가액을 환산가액으로 산정하는 경우, 당해 금액이 양도가액을 초과할 수 없다는 국세청 예규(서면4팀-1839, 2006.6.19.)를 근거로 양도차손을 양도차익과 통산하여 신고한 내용을 부인하고1차 과세처분을하였다가, 변경된 재정경제부 예규(재재산-1164, 2007.9.28.)에 따라 양도차손을 양도차익과 통산하는 것이 타당하다고 보아 경정결정하면서 새로운 사안으로, 쟁점토지의 각 필지별 양도가액의 구분이 불분명한 것으로 보고 양도가액을 각필지별 기준시가로 안분계산하여 산정한 후, 양도소득세를 추가로 2차 과세처분을하였으며, 이에 대하여 청구인은처분청의 판단과 같이아파트 건설용지를 거래하면서 매도·매수인이 필지별로 가액을 책정하여 거래하는 사례는 현재 시장에서 존재할 수 없는 거래방식이며, 아파트 건설용지는 각 필지별 구분없이3.3㎡당가액으로 양도하는 것이 사회적 통념이고 현실임에도 처분청이 단순히 쟁점토지의 필지별 가액이객관적인 가치를 반영하지못한다고보아 각 필지별 기준시가로 안분계산하여 과세한 처분은 부당하다고 주장하면서매매계약서 등을 제출하므로 이에 대하여 본다.

(1) 처분청의 현지확인 조사복명서에 의하면,쟁점토지의 양도는법인과의 거래로서 양도가액 163억원에 대하여 매수자인 OOOOO을 상대로 확인한 바, 위 거래금액이 확인되고, 청구인은 각 필지별 양도가액을 당초 신고시 면적기준으로 안분계산하여 신고하였으나, 청구인이 쟁점토지를 OOOOO에 일괄양도하면서 감정가액이나 기준시가 등 일정한 기준없이 계약당사자 간에 단순히 면적기준에 비례하여 임의로 필지별 양도단가를 산정하는 것은 양도소득금액을 낮추려는 의도로 작성한 것이어서 이를 인정할 수 없으므로소득세법제100조 제2항의 규정에 의하여 양도가액을 각 필지별 기준시가로 안분계산하여 아래 <표1>과 같이 과세하였다. OOOOOOOOOO OO O OOOO OOOO (OO O OO)

(2) 먼저,쟁점토지 인근지역에 대한 도시계획 설정 및 쟁점토지의 거래과정 등에 대하여 살펴본다. (가) 쟁점토지의 인근지역은 2000년 초에 주거지역 내 도시계획이 설정됨에 따라 도시계획선이 표시되었고, 경기일보의 2000.2.12.자 보도내용에 의하면,남양주시 공고 제2000-49호에 의하여 남양주시 도시계획(재정비)안의 공람공고가 있었음이 확인된다. (나) 2000년 하반기에는 건설회사들이 쟁점토지 인근지역에 소재하는 주거지역 내의 토지를 아파트건설부지로 매입하기 시작하였으며, 청구인이 제출한 건설회사의 매입의향서 등에 의하면, OOOOOOOO, OOOOOOOOOOOO, OOOOOOOO 등은 쟁점토지 인근지역의 주거지역을 대상으로 하고, OOOOOOOO, OOOOOOOO, OOOOOOOOOO 등은 주거지역 아래 쪽을 대상으로 토지를 매입하기 위한 협약서 또는 매입의향서를 토지소유자들에게 제출하였고, 매매가격은 아래 <표2>와 같이 전체토지에 대한3.3㎡당 가액으로 표기되어 있다. OOOOOOOOOO OOOOOOOO OOOO OOOO (OO O OO) (다) OOOO공사에서 2002년 5월경 쟁점토지 아래 쪽에 대하여대단위 아파트 조성 계획을 확정하고 아파트건설사업 시행 안내서를 배포함에 따라 쟁점토지 인근지역이 차순위아파트 건설 예정지로 각광을 받기 시작하였으며,2002년 9월에는 주식회사OOOO과 매매계약을 체결하였는 바, 그 계약내용을 보면, 잔금은 OOO OO주식회사에서 지급보증을 하고 매매대금은 필지별 구분없이 전체토지에 대한 대금을 지불하는 것으로 표기되어 있다. 다만, 위 매매계약은 타인 공유지분의 매수불가로 취소되었으며, 청구인은 당초 수령하였던 계약금 및 중도금 합계 46억7,280만원을OOOOOOOO에 반환한 사실이 청구인의 OOOO OOOO(OOOOOOOOOOOOO)O 입출금 내역에 의하여 확인된다. (라) 청구인과 쟁점토지의 공유지분자인 OOO, OOO은 쟁점토지 양도일 전에 OOOOO주식회사와 매매계약을 체결한 사실이 있는 바, OOO과 OOOOO 간에 2004년 6월에 작성된 매매계약서에 의하면, 주거지역 전체에 대하여 필지별 구분없이 일괄적으로 3.3㎡당 300만원에 매매계약을 체결하면서 면적이 확정되는 2006년 8월 이후에 변경계약을 체결하기로 약정한 것으로 기재되어 있고, OOO과 OOOOO주식회사 간에 2005년 7월에 작성된 매매계약서에 의하면, 주거지역은 3.3㎡당 210만원에 매매계약을 체결하였는 바, 동 금액이 OOO의 3.3㎡당 양도가액 300만원보다 낮은 이유는 계약서상에 OOOO OOO 토지에 대한 권리포기 조건이 들어있기 때문이며, OOOOO주식회사는 위 계약으로 아파트건설 대상부지의 1/2을 매수 완료하였고, 청구인의지분만 매수하면 쟁점토지 전체를 매수할 수 있었던 것으로 나타난다. (마) 또한 OOOOO의 사업추진 진행상황을 보면, 매수인은 아파트 사업의 수익성을 획기적으로 높이기 위하여 대상부지의 고도제한 완화(아파트 5층 이하 → 15층 이하)를 2005년 5월경 군부대에 신청하였으나 거부되었다가, 2009.4.28. 협의가 성립된 사실이 OOOO 회신공문에 의하여 확인되며, OOOOO은 OOO, OOO으로부터 아파트건설사업시행 승인을 위하여 토지사용승낙을 받고, OOOOO주식회사는 대리인 OOO을 통하여 2005년 4월에 청구인의 지분에 대하여 조기매입을 시도하였는 바, OOO은 OOO과 계약서를 작성(주거지역 매수가액을 3.3㎡당 160만원으로 표기)하여 청구인 측에 제시하면서, 주거지역을 3.3㎡당 165만원에 거래가 성사될 수 있도록 시도했던 것으로 나타난다. (바) 한편, 토지매매계약 체결 및 진행상황을 보면, 청구인은 1/2 공유지분 소유자인 OOO과 OOO의 실제 평균매수가격이3.3㎡당약 260만원에 이르는 것으로 파악하고, 동 가액보다 약간 윗선에서 매도하는 쪽으로 상호협의를 진행해 오다가 주거지역 내 필지 여부의 구분없이 모든 필지에 대하여 일괄적으로 동일한 가격인 3.3㎡당 265만원에 매도키로 하였고 2006년 4월에 OOOOO은 매수의향서를 청구인 측에 제시하였으며, 매수인은 매수대금을 OOOOOOOO(OO OOOOOOOO OO)의 차입금으로 충당하기로 함에 따라, 저축은행은 OOOO주식회사와 아파트 건설도급계약에 근거하여 건설자금을 대출하였으며, OOOOO은 2006.8.22. 청구인과 쟁점토지의 양도가액을 3.3㎡당 265만원으로 하여 일괄적으로 매매계약을 체결하고 동시에 저축은행의 차입금으로 매도대금을 일시불로 지급하였음이 확인된다.

(3) 청구인과 매수인 OOOOO 간에 2006.8.22. 체결한 매매계약서등에 대하여 살펴본다. (가) 청구인과 OOOOO이 2006.8.22. 체결한 매매계약서에 의하면,매매대금은 163억원으로 하고, 필지별 구체적 내역은 별지목록 기재와 같다고 되어 있으며, 별지의 부동산 목록에 의하면 쟁점토지의 필지별 매매단가가3.3㎡당 265만원으로 계산되며, 매수인은 계약당일 일시불로 전액을 매도인에게 현금(매도인이 지정하는 계좌)으로 지급하고, 현황대로 목적물을 매수하되, 추후 매도인과 매수인은 공부상의 면적과 실제면적이 상이하더라도 매매대금등의증감청구를 할 수 없는 것으로 하여 매매계약을 체결한 것으로 나타난다. (나)청구인은 매매대금 163억원을 OOOOO으로부터2006.8.22. 전액 수령하였음을 입증하는 증빙으로 아래 <표3>과 같이 OOOOOO OOOO의 “거래내역 조회서”를 제출하고 있으며, 처분청의 조사복명서에 의하면, 양도가액 163억원에 대하여는 처분청이 OOOOO을 상대로거래금액을 확인하였고, 이에 대하여는 청구인과 처분청 간에 다툼이 없다. OOOOOOOOOO OOOO OOO (OO O OOO) (다) 청구인은 쟁점토지 취득일 이후 쟁점토지의 일부 지번에 대하여 아래 <표4>와 같이 개별공시지가 변동내역을 제출하고 있으며, 이와같이 각 필지별로 양도당시 기준시가가 취득당시 기준시가보다 낮은 토지의 경우에는 양도차손이 발생하였고, 이에 대하여 처분청은 당초 국세청 예규(서면4팀-3303, 2006.9.27.)에 따라 취득가액을 환산하는 경우 당해금액은 양도가액을 초과할 수 없는 것으로 보고, 양도차손에 대하여 이를 다른 자산의 양도차익에서 차감하지 아니한다고 보아 양도차익을 산정하였다가, 변경된 재정경제부 예규(재산세제과-1164, 2007.9.28)에 따라 위 국세청 예규는 소득세법제102조 제2항의 규정에 배치되어 부적합하다고 보아 양도차익과 양도차손을 통산하여 경정결정하면서, 당초 과세처분시에는 인정하였던 일괄 양도가액 163억원(3.3㎡당 265만원)을 각 필지별로 상이하다고 보아 기준시가 비율로 각 필지별 양도가액을 안분계산하여 양도소득세를 추가로 경정고지하였는 바, 이 건의 경우와 같이 동일한 과세기간 중에 양도하여 양도차익과 양도차손이 발생하는 경우는 그 양도차손의 발생원인에 관계없이 각각 서로 통산하여 양도소득금액을 산정하여야 하며, 이에 대하여는 청구인과 처분청간에 다툼이 없다.(국심 2007전1031, 2007.10.8. 같은 뜻임) OOOOOOOOOO OOO OOOO OO (OO O O)

(4) 위 사실관계 및 관련법령 등을 종합해 볼 때, 청구인은 쟁점토지를 아파트 건설용지로3.3㎡당265만원에양도하고163억원을수령하였으며, “매매계약서상 부동산 내역”을 보면, 위치 및 필지에 관계없이각 필지별로3.3㎡당 265만원에 양도한 것으로 확인되는점,일반적으로 아파트 지구의 토지 양도는 각 필지별이 아닌, 단위(3.3㎡)당 면적 가액을기준으로 계약이체결되고있는점, OOOOO은청구인의 지분 뿐만 아니라, 공유자의 지분도 함께 아파트 부지로 매수하면서필지별 구분없이 매입하였는 바, OOO의 지분은 3.3㎡당 300만원, OOO의 지분은 3.3㎡당 210만원에일괄 거래된 사실이 확인되는 점,아파트 지구 내의 토지를 건설회사에서 매수하면서 사업지구 내의 토지를 개별 필지별로 가액을 책정하여 거래하는 것은 사회통념에도 맞지 아니하여 보이는 점 등에 비추어 쟁점토지의 실지양도가액 163억원에 대하여는다툼이 없는 이 건의 경우, 각 지목별, 필지별로 양도가액이 상이하다고 보고 각 필지별 기준시가로 안분계산한 가액을 각 필지별 실지양도가액으로 보아 과세한 당초처분은 타당하지 아니한 것으로 판단된다. 따라서 처분청이 쟁점토지의 각 필지별 양도가액의 구분이 불분명한 것으로 보고 양도가액을 각필지별 기준시가로 안분계산하여 산정된 양도가액을 기준으로 양도소득세를 과세한 당초처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다. OOOOOOOOOO OOOO OO OOOOOOOO OOOOOO (OO O O,O) O OOO OO(O) OOOOOO OO(OOOOO) O OOOOO O OOOOO