고유목적사업 사용 여부

사 건 2025구합616 종합소득세부과처분취소 원 고 양BB 피 고 ZZ세무서장 변 론 종 결

2025. 12. 16. 판 결 선 고

2026. 1. 13.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청 구 취 지 피고가 2024. 8. 20. 원고에게 한 2020년도 종합소득세 562,943,470원(가산세 포함)의 부과처분을 취소한다.

○ 사단법인 CC연합총회는 기독교 교육․선교․회원간 협력 교류 등을 목적으로 2009. 11. 3. 설립된 비영리 사단법인이고, 원고가 대표자로 있는 DDD성회총회 EE교회(이하 ‘이 사건 교회’라 한다)는 위 사단법인 산하 소속교회로 2004.11. 10. 개업한 비영리 종교법인이다.

○ 이 사건 교회는 2006. 8. 21. 서울 YY구 GG동 00-00 소재 2층 주택(이하‘종전 주택’이라 한다)을 증여받아 보유해 왔는데, 종전 주택이 GG3주택 재건축 정비사업에 포함되자 2016. 9. 1. 이를 재건축조합에 신탁등기하였으며, 그 후 종전 주택은 2018. 4. 20. 재건축사업의 시행으로 인하여 멸실등기되었다.

○ 이 사건 교회는 위 재건축조합으로부터 서울 YY구 GG동 000 이편한세상 10x동 1xxx호(이하 ‘이 사건 아파트’라 한다)를 공급받아, 2020. 12. 9. 그 명의로 소유권보존등기를 마쳤다.

○ 이 사건 교회는 2020. 12. 28. 이HH, 우JJ에게 이 사건 아파트를 양도(이하‘이 사건 양도’라 한다)하고, 양도대금으로 13억 원을 수령하였으나, 이에 대한 법인세를 신고․납부하지 않았다.

○ 피고는 2023. 12. 18. 이 사건 교회에 대하여 이 사건 아파트의 처분이익을 반영하여 2020년 귀속 법인세 191,643,790원을 결정․고지하는 한편, 이 사건 아파트 양도 당시 이 사건 교회의 대표자였던 원고에게 이 사건 양도가액을 상여로 소득처분하고, 2024. 8. 20. 원고에게 2020년 귀속 종합소득세 562,943,470원(가산세 포함)을 경정․고지하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).

○ 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2024. 10. 28. 조세심판원에 심판청구를 제기하였으나, 조세심판원은 2024. 3. 11. 원고의 청구를 기각하였다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 5, 9호증, 을 제1호증의 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 원고의 주장

1. 이 사건 종전주택은 이 사건 교회의 교육관 및 종교시설로 사용해 온 것으로서 이 사건 교회의 고유목적사업에 직접 사용된 유형자산이고, 이 사건 아파트는 재건축사업으로 인하여 대체 취득한 것일 뿐이어서 이 사건 아파트 역시 고유목적사업에 사용된 자산의 성격을 여전히 유지한다고 보아야 한다. 따라서 이 사건 아파트의 처분으로 인한 수입은 법인세 과세대상이 아니다(제1주장).

2. 설령 이와 달리 보더라도 법인세법 시행령 제3조 제2항 에서 정한 법인세 면제요건은 “해당 유형자산을 사용할 수 있었던 기간 중에서” 해당 고정자산의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 고유목적사업에 직접 사용한 경우로 해석하여야 한다. 원고가 재건축사업으로 인하여 종전 주택이 멸실되어 이를 고유목적사업에 직접 사용할 수 없었던 이상, 멸실 이후 기간을 포함하여 면제요건 충족여부를 포함하여서는 안된다(제2주장).

3. 이 사건 교회는 이 사건 아파트를 처분한 수익을 종교활동 목적으로 사용하였고, 원고가 이를 사적으로 사용한바 없으므로, 원고에 대한 상여로 의제하여서는 안된다(제3주장).

• 나. 관계 법령 별지 기재와 같다.
• 다. 판단

1. 관련 법리 ⑴ 구 법인세법(2020. 8. 18. 법률 제17467호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘법인세법’이라 한다) 제4조 제1항, 제3항 제5호는 ‘비영리내국법인이 유형자산 및 무형자산을 처분함으로써 수입이 발생할 경우 이를 수익사업에서 발생하는 소득으로 보아 법인세를 부과하되, 고유목적사업에 직접 사용하는 자산으로서 대통령령으로 정하는 것은 제외한다.’고 규정하고 있다. 그 위임을 받은 구 법인세법 시행령(2021. 2. 17. 대통령령 제31433호로 개정되기 전의 것) 제3조 제2항(이하 ‘이 사건 시행령 조항’이라 한다)은 법인세 면제요건을 ‘해당 유형자산 및 무형자산의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업에 직접 사용한 경우’로 정하고 있다. 이때 ‘비영리내국법인이 고정자산을 고유목적에 직접 사용’하였는지 여부는 법인의 사업목적, 당해 자산을 취득하게 된 경위, 용도, 사용주체나 실태 및 현황, 취득 후 경과한 기간, 자산과 법인의 사업과의 관련정도 등을 종합적으로 고려하여 결정하되, 비영리내국법인의 사업목적이 광범위한 경우에는 ‘고유’목적사업에 ‘직접’ 사용한 경우로 한정하여 해석하여야 한다(대법원 2006. 7. 27. 선고 2005두14370 판결 등 참조). ⑵ 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다(대법원 2008. 10. 23. 선고 2008두7830 판결 등 참조). ⑶ 과세소송 취소소송에서 과세대상이 된 토지가 비과세 혹은 면제대상이라는 점은 이를 주장하는 납세의무자에게 증명책임이 있다(대법원 2009. 7. 9. 선고 2007두4049판결 등 참조).

2. 제1주장에 대한 판단 앞서 든 증거, 이 법원의 GG1동장, YY구청장에 대한 각 사실조회회신 결과 및 변론 전체의 취지를 더하여 인정․판단되는 다음과 같은 근거를 종합하여 보면, 원고가 이 사건 아파트를 처분일 당시 3년 이상 계속하여 고유목적사업에 직접 사용하였다고 보기 어렵다. 이와 다른 전제에 선 원고의 이 부분 주장은 받아들일 수 없다. ⑴ 비영리내국법인이 고유목적으로 사용한 자산의 처분 수입을 과세대상에서 제외하는 것은 비영리내국법인이 수행하는 사업의 공익성을 고려하여 이들 법인을 세제상 지원, 육성하기 위함이다. 그러나 이는 일반 영리법인 납세자와 비교할 때 특별한 혜택을부여하는 규정이므로, 조세공평의 원칙상 엄격히 해석하여야 한다. ⑵ 이 사건 교회가 소속된 사단법인 CC연합총회는 “신, 구약성경으로 신앙고백을 같이하는 국내의 기독교 총회들이 기독교정치원리에 따라 교단마다 자유로이 행정하고 협의체와 연합적 총회를 구성하여 지상교회의 사명을 감당하기 위하여 필요한 연합사업을 공동으로 연구협의하며 회원 총회의 사업목적인 교육, 성령운동, 전도, 기도 등 대내외적인 공익사업을 협의 추진함을 목적으로” 설립되었다. 이 사건 교회의 설립 목적, 교회 단체의 특성 등을 고려할 때, 예배, 선교, 교육 등과 같은 종교활동이 원고의 고유목적사업이라 할 수 있다. ⑶ 그런데 이 사건 교회는 이 사건 아파트를 취득한지 1주일이 지난 2020. 12. 16. 이HH 등과 매매계약을 체결한 뒤 같은 달 28. 소유권이전등기를 마쳐 주었다. 종전주택에 관하여는 소유기간 동안 총 6건의 전입신고가 이루어졌고, 그 중 2건에 대하여는 전세계약에 대한 확정일자까지 부여받은 것으로 확인된다. 특히 임차인 김PP의 경우 2006. 3. 4.경부터 원고로부터 종전 주택을 보증금 30,000,000원에 임차하여 2008. 2. 14. 종전 주택에 전입신고를 마치고 2014. 7. 7. 확정일자를 부여받은 후 2017. 3. 22. 전출신고를 한 것으로 확인되는바, 위 김PP의 거주기간은 이 사건 교회가 종전 주택을 보유하고 있었던 기간 대부분에 해당한다. 또한 이 사건 교회는 2009.10월 종전 주택을 종교 목적으로 사용하지 않음을 이유로 취득세 수정 신고를 하였는바, 위와 같은 사정에 비추어 보면 이 사건 교회는 종전 주택을 취득한 시점부터 재건축사업으로 퇴거가 진행될 무렵까지 제3자에게 이를 임대하여 왔던 것으로 보이고, 원고가 제출한 증거만으로는 이 사건 교회의 종교활동 목적으로 종전 주택이 직접 사용되었음을 인정하기 부족하고, 달리 이를 인정할 자료가 없다[원고는 이 사건 교회가 소속된 연합 총회 소속의 다른 교회들이 종전 주택을 ‘샬롬홀’이라는 명칭으로 종교시설로 사용하였다는 내용이 담긴 사실확인서를 제출하였으나(갑 제11, 12, 13, 14, 24,25호증), 대부분이 같은 총회 소속 교회의 담임목사 등에 의하여 원고를 옹호할 목적으로 작성된 것으로 보여서 그 내용을 그대로 믿기 어렵다]. ⑷ 원고는 ‘이 사건 아파트의 처분으로 얻은 소득 전액을 이 사건 교회가 종교활동 목적으로 사용하였으므로 원고가 이 사건 아파트를 고유목적사업에 직접 사용한 것으로 평가되어야 한다.’는 취지로 주장하나, 자산 매각 대금의 사용을 이 사건 아파트를 원고의 고유한 목적사업에 대한 ‘직접적인 사용’으로 평가할 수 없다. 원고는 또, 이 사건 아파트 취득에 대한 취득세를 부과받지 않았으므로, 이 사건 아파트의 처분으로 인한 법인세도 면제되어야 한다는 취지로도 주장하나, 취득세와 법인세는 과세관청, 부과 요건 등이 다른 별개의 세목이므로, 취득세가 부과되지 않았다고 하여 법인세도 면제된다고 볼 근거가 없다.

3. 제2주장에 대한 판단 법인세법 제4조 제3항 제5호 및 이 사건 시행령 조항은 비영리내국법인의 유형자산 처분수입에 대하여 원칙적으로 법인세 과세대상으로 하되, 일정한 요건을 갖춘 경우 예외적으로 비과세대상에 해당하는 것으로 규정하고 있는바, 비과세대상에 해당하는지에 대하여는 법문대로 엄격하게 해석하여야 한다. 위 법령의 문언에 의하면, 비영리내국법인이 고정자산의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 고유목적사업에 직접 사용하지 아니하는 경우 그 유형자산의 처분으로 인하여 생기는 수입에 관하여 법인세를 부과하여야 하고, 고유목적사업에 직접 사용이 불가능한 사유가 있는지 여부에 따라 달리 본다는 규정은 두고 있지 아니하다. 위 시행령 조항의 취지는 비영리내국법인이라 하더라도 보유하고 있는 자산을 처분함으로써 수입이 발생하면 이를 원칙적으로 과세대상소득으로 취급하되, 비영리내국법인의 공익적 활동목적을 존중․장려하는 차원에서 자산 처분일을 기준으로 3년간 고유목적사업에 직접 사용하였다는 객관적인 사실관계가 인정되는 경우에 한하여 비과세대상으로 삼겠다는 것이다. 따라서 이 사건 아파트를 고유목적사업에 직접 사용이 불가능한 사유가 있는지 여부는 살필 필요가 없고, 달리 원고 주장과 같이 해석할 아무런 근거가 없다.

4. 제3주장에 대한 판단 ⑴ 법인세법 시행령 제106조 제1항 제1호 는 과세관청이 법인세의 과세표준을 결정또는 경정할 때 익금에 산입한 금액이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타 사외유출로 하되, 다만 그 귀속이 불분명한 경우에는 대표자에게 귀속된 것으로 보도록 규정하고 있다. 법인세법상 대표자 인정상여 제도는 그 대표자에게 그러한 소득이 발생한 사실에 바탕을 두는 것이 아니라, 법인에 의한 세법상의 부당행위를 방지하기 위하여 그러한 행위로 인정될 수 있는 일정한 사실에 대해 그 실질에 관계없이 무조건 대표자에 대한 상여로 간주하도록 하는 데 그 취지가 있는바(대법원 2008. 1. 18. 선고 2005두8030 판결 등 참조), 사외 유출된 법인의 수입금은 그 귀속이 분명치 않는 한 대표자에 대한 상여로 소득처분할 수밖에 없는 것이고, 이 경우 그 귀속이 분명하다는 점에 관한 입증책임은 이를 주장하는 납세의무자에게 있다(대법원 1992. 8. 14. 선고 92누6747 판결 등 참조). 한편 법인이 매출사실이 있음에도 불구하고 매출액을 장부에 기재하지 아니하거나 가공의 비용을 장부에 계상한 경우 특별한 사정이 없는 한 그 매출누락액 또는 가공비용 상당의 법인의 수익은 사외로 유출된 것으로 보아야 하며, 이 경우 그 매출누락액 등의 전액이 사외로 유출된 것이 아니라고 볼 특별한 사정은 이를 주장하는 법인 측에서 입증할 필요가 있다(대법원 1999. 12. 24. 선고 98두16347 판결 등 참조). ⑵ 앞서 본 바와 같이 이 사건 교회가 2020년 귀속 법인세에 관하여 이 사건 아파트의 처분 이익을 신고하지 않은 이상 이 사건 양도가액은 사외유출된 것으로 보아야한다. 나아가 원고는 이 사건 양도금액이 자신에게 귀속되지 않았을 뿐만 아니라 귀속자가 따로 있음을 밝혀 그 귀속이 분명하다는 점을 증명하지 못하는 한 자신에게 이 사건 양도금액이 실제로 귀속되지 않았다는 사유를 내세워 이 사건 각 처분이 위법하다고 할 수는 없고(대법원 2008. 9. 18. 선고 2006다49789 전원합의체 판결 참조), 이 사건 양도가액의 귀속자가 따로 있다는 사실이 증명되지 않은 이상(원고는 이 사건 양도가액을 이 사건 교회를 위하여 사용하였다는 취지로 주장할 뿐 귀속자가 따로 있다는 점에 대하여는 아무런 주장․증명을 하지 않았다), 이 사건 양도가액의 현실적 귀속 여부와 관계없이 대표자인 원고는 소득세를 납부할 의무가 있다. ⑶ 따라서 이 부분 원고의 주장도 이유 없다.

• 라. 소결론 이 사건 처분은 적법하다.

원고의 청구는 이유 없으므로 기각한다.