소득세 시행령 대주주 해당 여부 판단시 조세특례제한법 과세특례를 고려하는 지

사 건 2024구합6039 양도소득세경정거부처분취소 원 고 0AA 피 고

○○세무서장 변 론 종 결

2024. 12. 17. 판 결 선 고

2025. 1. 21.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청 구 취 지 피고가 2023. 11. 7. 원고에게 한 77,122,036원의 양도소득세 경정거부처분을 취소한다.

○ 원고는 2011. 7. 20. 비상장법인 주식회사 aaa(이하 ‘이 사건 회사’라 한다)발행의 주식 10만 주(액면가 500원, 이하 ‘이 사건 주식’이라 한다)를 양수하였고, 원고 배우자 bbb는 2010. 8. 11. 이 사건 회사로부터 유상증자 신주 5만 주(이하 ‘bbb 보유 주식’이라 한다)를 인수하였다.

○ 원고는 2022. 2. 15. ccc에게 이 사건 주식을 6억5,000만 원(주당 6,500원)에 양도하였고, bbb는 ccc에게 bbb 보유 주식을 3억2,500만 원(주당 6,500원)에 양도하였다.

○ 원고는 2022. 8. 4. 피고에게 이 사건 주식 양도에 관한 양도소득세 59,470,500원 (양도소득 과세표준 594,705,000원, 양도소득세율 10% 적용)을 신고․납부하였다. bbb는 bbb 보유 주식 양도에 관한 양도소득세 약 3천만 원을 신고․납부하였다.

○ 원고는 2022. 11. 4. 피고로부터, 이 사건 주식과 bbb 보유 주식을 합산한 평가액이 이 사건 회사의 2021년 사업연도 종료일 기준 16억7,955만 원으로 구 소득세법 시행령(2022. 2. 15. 대통령령 제32420호로 개정되기 전의 것) 제167조의8 제1항의 대주주에 해당되어 대주주 양도세율이 적용되어야 한다는 지적을 받고, 추가로 양도소득세 77,122,036원을 수정신고․납부하였다.

○ bbb는 bbb 보유 주식 양도는 조세특례제한법 제14조 제1항 제4호 의 벤처기업 출자 주식에 대한 과세특례 대상이라는 이유로 피고에게 이의를 제기하였고, 피고는 이를 인정하고 bbb에게 양도소득세 약 3천만 원을 전액 환급하였다.

○ 원고는 2023. 8. 31. 피고에게, 이 사건 주식과 bbb 보유 주식을 합산한다 하더라도 실제 매매거래가액이 9억7,500만 원이고, 상속세 및 증여세법(이하 ‘상증세법’이라 한다)의 보충적 평가방법에 따른 2021년 사업연도 종료일 기준 평가액이 8억2,428만 원으로 10억 원 미만이어서 소득세법 상 “대주주”에 해당될 수 없다고 주장하며, 수정신고․납부세액 77,122,036원을 환급하여 달라는 경정청구를 하였다.

○ 피고는 2023. 11. 7. 위 경정청구를 거부하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).

○ 원고는 2023. 12. 28. 조세심판원에 이 사건 처분의 취소를 구하는 심판을 청구하였으나, 2024. 6. 10. 원고의 청구는 기각되었다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2호증의 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 관계 법령과 처분 근거 법령 관계 법령은 별지 기재와 같다. 피고는, 국세기본법 시행령 제1조의2 제1항 제3호, 구 소득세법 시행령 제167조의8 제1항 제2호 나.에 따라 bbb 보유 주식과 이 사건 주식을 합산한 시가총액이 10억 원 이상인 경우에 해당하는 대주주에 해당한다고 판단하고, 주식 등의 시가총액 평가는 구 소득세법 시행령 제165조 제4항 1호, 제167조의8 제3항에 따라 양도일 또는 취득일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도 1년간의 주당 순손익가치를 반영하여 산정하였다.
• 나. bbb 보유 주식 포함 여부 ⑴ 원고 주장 피고는, 조세특례제한법 제14조 제1항 제4호 에 따라 양도소득 과세대상이 아닌 bbb 보유 주식을 이 사건 주식과 합산하여 대주주 양도세율을 적용하였다. 이러한 산정방식은 소득세법 제92, 93조를 정면으로 위반하여 조세법령이 정하지도 않은 신규의 과세대상, 세율을 창설한 것이고, 타인의 양도소득세 비과세 거래를 실질적으로 과세거래화하여 원고에게 조세부담을 전가시킨 것이며, 벤처기업 신규투자 지원을 도모하고자 비과세로 정한 조세특례제한법 특례조항의 입법취지를 몰각시킨 것으로, 이 사건 처분은 조세법률주의에 정면으로 반하여 무효이다. ⑵ 판단 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다(대법원 2008. 10. 23. 선고 2008두7830 판결). 또한 과세처분 취소소송에서 비과세요건이나 감면요건, 공제요건 등에 대한 증명책임은 원칙적으로 납세의무자에게 있다(대법원 2009. 7. 9. 선고 2007두4049 판결 등 참조). 구 소득세법 시행령 제167조의8 제1항 은 대주주 해당 여부를 판단할 때 주주 1인 및 배우자 등 특수관계인의 소유 주식을 합산하여 시가총액을 산정하도록 규정하고 있을 뿐, 소득세법령은 조세특례제한법 제14조 제1항 의 과세특례가 적용되는 경우 그 합산을 배제한다는 규정을 두고 있지 않다. 따라서 bbb 보유 주식이 조세특례제한법 제14조 제1항 제4호 에 따라 양도소득 과세대상에서 제외된다고 하더라도, 구 소득세법 시행령 제167조의8 제1항 의 대주주 해당 여부를 판단할 때 이를 고려하지 않은 피고의 이 사건 처분 근거에는 아무런 위법이 없다.
• 다. 시가총액 평가 규정의 위법 여부 ⑴ 원고 주장

① 상증세법은 비상장주식의 평가에 대하여, 불특정다수인 사이의 거래가액, 감정가순으로 평가하고, 이를 산정하기 어려운 경우 보충적 평가방법에 따르며, 보충적 평가방법은 최근 3년 기간의 순손익액을 반영하도록 정하고 있다. 이에 반하여 구 소득세법 시행령은 주식의 실질 가치를 적정하게 평가할 수 있는 방법인 불특정다수인 사이의 거래가액, 감정가를 배제하고 바로 보충적 평가방법을 적용하고, 보충적 평가방법도 최근 1년 간 순손익액만을 반영하여 실질적 주식 가치 평가를 현저히 그르치고 있다. 따라서 구 소득세법 시행령 조항은 실질과세 원칙에 반하여 위법하다. 이 사건 주식양도와 bbb 주식 양도의 실제 거래액 합계는 9억7,500만 원이고, 상증세법 상 보충적 평가방법에 의한 주식가액도 8억2,428만 원으로, 10억 원 미만이어서, 대주주에 해당되지 않는다. 이 사건 처분은 위법한 평가방법에 따라 원고와 bbb의 주식을 16억7,955만 원으로 산정하여 원고를 대주주로 보고 대주주 양도세율을 잘못 적용함으로써 실질과세 원칙을 위반하였다.

② 원고는 이 사건 회사의 다수의 소액주주 중 1인일뿐이므로, 이 사건 주식 양도거래 당시 대주주에 해당되리라고는 전혀 예상할 수 없었고 대주주 여부를 확인할 방법도 없었는바, 이 사건 처분은 경제주체의 예측가능성을 현저히 낮게 만드는 요인이 되어 위법하다. ⑵ 판단 관련 법령의 내용 및 입법자의 의도, 위임 입법의 한계 등 아래와 같은 여러 근거를 종합적으로 고려하여 볼 때, 소득세법령이 실질과세 원칙 등을 위반하였다고 보기 어렵다. 따라서 원고의 주장은 모두 이유 없고, 이 사건 처분은 적법하다.

① 소득세법 제104조 제1항 규정은 ‘소유주식의 비율․시가총액 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 대주주가 양도하는 주식’이라고 규정하고 있어 대주주인지 여부에 대해 시가총액에 의해 결정될 수 있음을 예측할 수 있으며, ‘시가총액’ 규정에 대해 소득세법 시행령 제167조의8 에서는 명확하게 ‘시가총액을 계산할 때 시가는 제165조제4항에 따른 평가액에 따른다.’고 규정하고 있으므로, 어느 누구라도 당해 법률 그 자체로부터 대통령령 등에 규정될 내용의 대강을 예측할 수 있다.

② 상장주식은 주권상장시장 및 코스닥시장에 상장되어 불특정 다수에 의하여 그 시세가 결정되고, 상장주식의 특성상 시세가 조작될 위험이 크지 않고, 불특정 다수가 거래를 지속하므로 매매사례가액 등 시가를 인정함에 문제가 없으나, 비상장주식의 경우에는 일반적으로 거래 건수가 매우 적고, 이에 따라 그 가격이 올바른 주식의 가치를 반영하지 못할 가능성이 높다. 특히 비상장주식의 경우 다수의 법인이 혈연 위주로 운영된다는 점, 그에 따라 그 시세가 비교적 급격하게 변동되고 부정확한 점 등을 고려하면, 비상장주식의 경우 매매사례가액 등 다른 평가방법을 인정하는 것이 오히려 납세자들의 예측가능성을 저해하는 요인이 될 수 있으므로, 비상장회사의 주주가 보유한 시가총액을 계산할 때 보충적 평가방법만을 허용한 것은 비상장주식의 특성을 고려한 것이어서 정당한 사유가 있다. 결국 비상장주식의 가액은 결국 자산가치, 수익가치, 상대가치 등을 결합하여 객관적이고 합리성을 담보할 수 있는 가액을 도출하는 보충적 평가방법으로 산출해야 하고, 그 평가방법은 절대적인 기준이 있다고 보기 어렵고 여러 방법이 있을 수 있는 점 등을 고려하면, 소득세법상의 보충적 평가방법은 당시의 조세정책적 고려에 따라 비상장주식의 시가를 반영할 수 있는 여러 방법들 중 하나의 방법을 선택한 것이라 할 것이고, 이렇게 평가한 비상장주식의 가액이 객관성과 합리성을 결여하여 시가주의에 반한다고 할 수 없다.

③ 소득세법 시행령 제167조의8 제3항 ‘시가총액’ 계산은 상법 제448, 제466조에 따라 주주에게 그 권리가 보장되어 있으므로, 대주주 여부를 미리 알 수 있어 어느 정도 예측가능성 및 법적안정성을 납세자에게 보장하고 있다.

원고의 청구는 이유 없으므로 기각한다.