비사업용 토지 해당 여부

사 건 2024구합5975 법인세부과처분취소 원 고 A 피 고 Z 변 론 종 결

2025. 3. 4. 판 결 선 고

2025. 4. 1.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청 구 취 지 피고가 2023. 4. 3. 원고에게 한 법인세경정처분을 취소한다.

○ 원고는 숙박업 등을 목적으로 하여 설립된 주식회사이다.

○ 원고는 OO시 OOO동 0000 전 126㎡, 같은 동 0000 전 1,652㎡, 같은 동 0000-0 전 2,450㎡, 같은 동 0000 전 73㎡, 같은 동 0000 전 3,745㎡, 같은 동 0000 전 1,718㎡, 같은 동 0000-0 전 1,472㎡, 같은 동 0000 전 129㎡, 같은 동 0000 전 83㎡, 같은 동 0000 전 1,507㎡, 같은 동 0000-0 전 317㎡를 24억 8,000만 원에 매수하여 2013. 4. 25. 위 각 토지에 관한 소유권이전등기를 마쳤다. 위 각 토지는 2015. 3. 25. 합병되어 OOO동 0000 전 13,272㎡(이하 ‘이 사건 토지’라 한다)가 되었다.

○ 원고는 2019. 8. 27. 주식회사 B(이하 ‘B’라 한다)에 이 사건 토지를 100억 원에 매도하고, 같은 날 이 사건 토지에 관하여 B에 소유권이전등기를 마쳐주었다.

○ 원고는 2020. 3. 31. 피고에게 이 사건 토지의 양도에 따른 토지등 양도소득에 대한 법인세 752,313,666원을 포함한 2019 사업연도 법인세를 신고하였다.

○ 원고는 2020. 11. 17. B와 이 사건 토지의 매매대금을 85억 원으로 변경하는 계약을 체결하고, 2020. 12. 30. 피고에게 이 사건 토지의 양도가액 감액에 따른 유형자산 처분이익 감소 및 이 사건 토지가 사업용 토지에 해당하므로 토지등 양도소득에 대한 법인세 과세대상이 아니라는 점을 이유로 경정청구를 하였다. 피고는 위 경정청구를 받아들여 2021. 1. 13. 원고에게 2019 사업연도 법인세 중 1,012,332,175원을 환급하였다.

○ CC지방국세청은 2022. 10. 17.부터 같은 해 11. 3.까지 피고에 대한 종합감사를 실시하여 이 사건 토지는 비사업용 토지에 해당하여 토지등 양도소득에 대한 법인세 과세대상에 해당한다는 이유로 피고에게 법인세를 과세하도록 하였다. 피고는 이에 따라 2023. 4. 3. 원고에게 2019 사업연도 법인세 717,120,660원(가산세 포함)을 추가 경정ㆍ고지하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).

○ 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2023. 5. 31. 감사원에 심사청구를 하였으나, 2024. 5. 20. 기각되었다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 5호증의 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 원고 주장의 요지

1. 원고는 호텔의 건축을 위하여 이 사건 토지를 취득하였으므로, 그 취득일로부터 2년이 경과한 2015. 4. 24.까지의 기간은 법인세법 시행규칙 제46조의2 제1항 제5호 에 따라 이 사건 토지가 비사업용 토지에 해당하지 않는다. 원고는 2016. 9. 19. 호텔의 건축공사(이하 ‘이 사건 공사’라 한다)에 관한 착공신청서를 제출하고 그 무렵부터 이 사건 공사 중 토지의 형질변경을 위한 공사, 건물 신축을 위한 터파기공사를 진행하다가 2018. 9. 28. 이를 중단하였다. 따라서 2016. 9. 19.부터 2018. 9. 28.까지의 기간도 이 사건 토지가 비사업용 토지에 해당하지 않는다. 원고가 발행한 주식 전부를 보유하고 있는 모회사인 주식회사 D이 서울회생법원으로부터 보전처분결정을 받은 2019. 2. 20.부터 회생개시결정을 받은 2019. 3. 18.까지는 법인세법 시행규칙 제46조의2 제1항 제5호 에서 말하는 ‘그 밖의 정당한 사유로 인하여 건설을 중단한 경우’에 해당하므로 2019. 2. 20.부터 2019. 3. 18.까지의 기간도 이 사건 토지가 비사업용 토지에 해당하지 않는다. 결국 이 사건 토지가 비사업용 토지에 해당하는 기간은 총 820일로 원고가 이 사건 토지를 소유한 2013. 4. 25.부터 2019. 8. 27.까지 총 2,316일의 100분의 40인 926.4일을 초과하지 않으므로, 이 사건 토지는 법인세법 제55조의2 제2항, 법인세법 시행령 제92조의3 제1호 (다)목, 제92조의11 제3항 제5호, 법인세법 시행규칙 제46조의2 제1항 제5호 에 의하여 비사업용 토지에 해당하지 않는다. 그런데 이 사건 처분은 이 사건 토지가 비사업용 토지에 해당한다는 것을 전제로 이루어진 것이므로 위법하다.

2. 이 사건 토지가 비사업용 토지에 해당하여 토지등 양도소득에 대한 법인세의 과세대상에 해당하더라도, 원고는 세무전문가의 자문을 받아 이 사건 토지가 비사업용 토지에 해당하지 않는 것으로 판단하여 경정청구를 하였고, 피고 역시 이 사건 토지가 비사업용 토지에 해당하지 않는다고 보아 원고의 경정청구를 받아들이기까지 한 이상 피고의 경정결정을 신뢰한 원고에게 가산세(납부불성실 가산세, 환급불성실 가산세)를 부과하는 것은 부당하다.

• 나. 관계법령 별지 관계법령 기재와 같다.
• 다. 이 사건 토지가 법인세법상 비사업용 토지에 해당하는지 여부

1. 관련 법리 가) 법인세법 시행규칙 제46조의2 제1항 제5호 (이하 ‘이 사건 규정’이라 한다)은 ‘지상에 건축물이 정착되어 있지 아니한 토지를 취득하여 사업용으로 사용하기 위하여 건설에 착공(착공일이 불분명한 경우에는 착공신고서 제출일 기준)한 토지는 토지의 취득일로부터 2년 및 착공일 이후 건설이 진행 중인 기간’을 비사업용 토지에 해당하지 아니하는 기간으로 규정하고 있다. 이는 일정한 요건을 갖춘 경우 해당 토지를 비사업용 토지에서 제외하여 비사업용 토지에 부과하는 추가적인 조세부담을 경감하여 주는 특혜규정이라고 봄이 타당하고 조세법률주의의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다(대법원 2009. 8. 20. 선고 2008두11372 판결 등 참조).

• 나) 이 사건 규정에 따라 특정 토지에서 건물을 신축하기 위한 공사에 ‘착공’하였다고 인정하기 위해서는, 건물을 착공하기 위하여 필요한 준비 행위, 즉 토지의 측량이나 지반조사, 건물신축도급계약의 체결, 기존 건물의 철거나 착공신고서를 제출하는 것만으로는 부족하다. 건축 공정상 일련의 행정절차를 마친 다음 건물 신축을 위한 실질적인 공사의 실행이라 볼 수 있는 행위로서 신축할 건물을 유지할 수 있는 최소한의 정도로 부지를 파내는 정도의 굴착공사나 터파기공사에 착수하는 경우에 비로소 공사에 ‘착공’하였다고 볼 수 있다. 이 사건 규정에서 말하는 건설에 ‘착공’은 당해 토지에서 굴착공사 등과 같은 토목공사를 포함하여 건설공사가 시작된 경우를 의미하고, 특별한 사정이 없는 한 건물을 신축하기 위한 착공에 필요한 준비 작업을 하는 경우까지 포함한다고 보기는 어렵다(대법원 1994. 12. 2. 선고 94누7058 판결 참조, 대법원 1995. 9. 26. 선고 95누7857 판결, 대법원 1997. 9. 9. 선고 96누15558 판결, 대법원 2013. 5. 23.자 2013두2723 판결 등 참조).

2. 구체적 판단 앞에서 인정한 사실, 앞에서 든 증거, 갑 제2 내지 4, 6 내지 10호증, 을 제1 내지 4호증의 기재 및 영상에 변론 전체의 취지를 더하여 알 수 있는 다음과 같은 사실 내지 사정 등을 종합하여 보면, 이 사건 토지는 법인세법령에서 정한 비사업용 토지에 해당한다.

• 가) 원고가 주장하는 토지의 형질변경을 위한 공사는 토지 자체의 가치를 증대하기 위한 공사이거나 건축물의 건축과 직접 관련이 없는 공사에 불과할 뿐 원고가 이 사건 토지에 사업용으로 사용하기 위한 건축물을 건설하기 위한 공사를 진행한 것이라고 볼 수 없으므로, 이 사건 규정에서 말하는 ‘착공’에 해당하지 않는다.
• 나) 다음과 같은 사정에 비추어 보면, 원고가 ’터파기공사‘에 착수하였다고 볼 수도 없다.

① 원고는, 2016. 3.경 및 2017. 1.경 이 사건 토지를 촬영한 사진에 콘크리트 흄관이 적치된 사실을 확인할 수 있으므로, 적어도 그 즈음 흄관매설을 위한 터파기공사가 착공되었다는 취지로 주장한다. 그러나 터파기공사는 건축물을 건설할 때 그 건축물의 일부나 기초를 구축할 경우 그 부분의 흙을 파내는 것을 말한다. 따라서 콘크리트 흄관매설을 위한 터파기공사가 있었다는 사정만으로 건축물 건설을 위한 터파기공사가 있었다고 볼 수는 없다. 오히려 상ㆍ하수도 관로가 매설되지 않은 토지라면 토지의 형질변경이 완료되지 않은 것으로 보아야 하는 바(대법원 2010. 2. 25. 선고 2009두19960 판결 취지 등 참조), 이 사건 토지 지상에 흄관이 적치되어 있을 뿐 매설되어 있지 않았다는 사정은 그 자체로 터파기공사의 전단계로서 토지의 형질변경조차 완료되지 않았다는 사정으로 보일 뿐이다.

② 나아가 터파기공사를 위해서는 건축물이 부지 내에서 위치할 지점의 확정이 전제되어야 하므로, 터파기공사 이전에 측량 등을 통하여 건물의 위치를 잡는 일련의 과정이 이루어져야 한다. 그런데 이 사건 토지에서 원고가 진행하였다고 주장하는 공사사진(갑 제6호증, 을 제4호증)을 모두 살펴보아도, 그와 같은 과정이 이루어졌다고 보기는 어렵다.

③ 이에 대하여 원고는, 이 사건 규정에 따라 착공일이 불분명한 경우에 해당하므로 착공신고서 제출일인 2016. 9. 19. 착공이 이루어진 것으로 보아야 한다는 취지로 주장한다. 그러나 위 규정은 문언 자체로 착공이 이루어졌으나 그 착공일이 불분명한 경우를 전제로 하는 것이지 앞에서 살펴본 바와 같이 착공이 인정되지 않는 경우에 적용되는 것은 아니다.

• 다) 결국 이 사건 토지가 이 사건 규정에 따라 비사업용 토지에 해당하지 않는 기간은 이 사건 토지 취득일인 2013. 4. 25.부터 2015. 4. 24.까지인 2년에 불과하다. 원고 주장과 같이 주식회사 D이 서울회생법원으로부터 보전처분결정을 받은 2019. 2. 20.부터 회생개시결정을 받은 2019. 3. 18.까지를 비사업용 토지에 해당하지 않는 기간으로 모두 포함한다고 하더라도 아래에서 보는 바와 같이 이 사건 토지가 비사업용 토지에 해당함은 계산상 명백하다.(표 생략)
• 라. 가산세에 관한 정당한 사유의 존부 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세의무자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 법이 정하는 바에 따라 부과하는 행정상의 제재이다. 따라서 단순한 법률의 부지나 오해의 범위를 넘어 세법해석상 의의로 인한 견해의 대립이 있는 등으로 납세의무자가 의무를 알지 못하는 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어서 그를 정당시할 수 있는 사정이 있을 때 또는 의무의 이행을 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 의무를 게을리한 점을 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이러한 제재를 과할 수 없다(대법원 2016. 10. 27. 선고 2016두44711 판결 등). 그런데 원고가 주장하는 사정들이나 제출한 증거들만으로는 원고에게 이 사건 토지의 양도에 따른 토지등 양도소득에 대한 법인세 납부의무의 위반을 탓할 수 없는 정당한 사유가 있음을 인정하기 부족하고, 달리 이를 인정할 증거가 없다.
• 마. 소결론 이 사건 처분은 적법하다.

원고의 청구는 이유 없으므로 기각한다.