이 사건 토지는 비사업용 토지에 해당함

사 건 2024구합314 법인세부과처분취소 원 고 AA주택건설 주식회사 피 고

○○세무서장 변 론 종 결

2024. 11. 19. 판 결 선 고

2025. 1. 21.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청 구 취 지 피고가 2023. 11. 8. 원고에게 한 2021년 귀속 법인세 256,872,094원(가산세 포함)의 부과처분을 취소한다.

○ 원고는 주택건설 분양 및 임대업, 부동산매매 및 임대업 등을 영위하는 법인이다.

○ 원고는 2016. 4. 18. CCC으로부터 AA시 BB일동 1041-3 과수원 1,826㎡를, 2016. 4. 19. 같은 동 1048-6 과수원 2,352㎡를, 2015. 9. 7. 고FF, 고GG으로부터 같은 동 1049 묘지 106㎡를(이하 AA시 BB일동 소재 토지는 지번으로만 특정하고,1041-3, 1048-6, 1049 토지를 통칭하여 ‘이 사건 토지’라 한다)를 매수하여 그 소유권을 취득하였다.

○ 원고는 2021. 11. 22. AABB일동지역주택조합에게 이 사건 토지를 양도하여,AABB일동지역주택조합이 이 사건 토지에 대한 소유권을 취득하였다.

○ 피고는 이 사건 토지가 법인세법 제55조의2 에 따른 비사업용토지에 해당하는 것으로 보아 2023. 11. 8. 원고에게 2021년 귀속 법인세 256,872,090원(가산세 47,849,460원 포함)을 경정․고지하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).

○ 원고는 이에 불복하여 2024. 2. 26. 국세청에 심사청구를 하였으나, 국세청장은 2024. 4. 17. 이를 기각하였다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 4호증, 을 제1, 2호증의 기재(가지번호 있는 것은 가지번호 포함, 이하 같다), 변론 전체의 취지

• 가. 원고의 주장 원고는 이 사건 토지를 주택 신축 목적으로 취득하여 주택 신축사업 수행을 위한 견본주택 건설, 분양업무 진행, 설계용역계약 체결 등의 준비를 하였고, 2020. 4. 8. 경에는 주식회사 건축사사무소 ZZ(이하 회사명 중 주식회사 표시는 모두 생략한다)에게 설계용역계약에 따른 1차 계약금을 지급하였다. 이와 같이 원고가 이 사건 토지를 취득하여 적어도 2020. 4. 8.까지 주택 신축공사를 수행하였다고 보아야 하고, 따라서 2020. 4. 8.까지 이 사건 토지는 법인세법 제55조의2 제3항, 구 법인세법 시행령(2024.5. 7. 대통령령 제34488호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘ 법인세법 시행령’이라 한다) 제92조의11 제1항 제3호, 법인세법 시행규칙 제46조의2 제1항 제5호 의 ‘지상에 건축물이 정착되어 있지 아니한 토지를 취득하여 사업용으로 사용하기 위하여 건설에 착공한 토지에 해당되는 사업용 토지‘에 해당한다고 보아야 한다. 그럼에도 불구하고 피고가 이 사건 토지가 비사업용 토지에 해당한다고 보아 이 사건 처분을 한 것은 위법하다.
• 나. 관계 법령 관계 법령은 별지 기재와 같고, 주요 법령의 내용은 다음과 같다. 법인세법 제55조의2 제1항 제3호 는, 내국법인이 비사업용 토지를 양도한 경우, 토지 등의 양도소득에 100분의 10을 곱하여 산출한 세액을 법인세로 추가 납부하도록 규정하고 있고, 같은 조 제2항 각 호는 비(非)사업용 토지에 해당하는 토지를 농지, 임야, 목장용지 및 그 외의 토지 등으로 구분하여 열거하고 있다. 법인세법 제55조의2 제2항 은 “비사업용 토지란 토지를 소유하는 기간 중 대통령령으로 정하는 기간 동안 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지를 말한다.”라고 규정하면서, 제1호 가목에서 ‘농업을 주된 사업으로 하지 아니하는 법인이 소유하는 논밭 및 과수원’을 비사업용 토지로 규정하고 있고, 법인세법 시행령 제92조의3 제1호 는 법인세법 제55조의2 제2항 본문에서 말하는 ‘대통령령으로 정하는 기간’을 해당 토지의 소유기간이 5년 이상인 경우 ‘양도일 직전 5년 중 2년을 초과하는 기간(가목)’, ‘양도일 직전 3년 중 1년을 초과하는 기간(나목)’, ‘토지의 소유기간의 100분의 40에 상당하는 초과하는 기간’을 모두 충족하는 기간으로 정하고 있다. 한편 법인세법 제55조의2 제3항 에서는 ‘토지를 취득한 후 법령에 따라 사용이 금지되거나 그 밖에 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있어 비사업용 토지에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 비사업용 토지로 보지 아니할 수 있다.’고 규정한다. 그 위임에 따라 법인세법 시행령 제92조의11 제1항 제3호 는 ‘그 밖에 공익, 기업의 구조조정 또는 불가피한 사유로 인한 법령상 제한, 토지의 현황․취득사유 또는 이용상황 등을 고려하여 기획재정부령으로 정하는 부득이한 사유’에 해당되는 토지에 대하여는 ‘기획재정부령으로 정하는 기간’을 비사업용토지로 보지 않는 기간으로 정한다. 위 시행령의 위임을 받은 법인세법 시행규칙 제46조의2 제1항 제5호 에서 ‘지상에 건축물이 정착되어 있지 아니한 토지를 취득하여 사업용으로 사용하기 위하여 건설에 착공(착공일이 불분명한 경우에는 착공신고서 제출일 기준)한 토지는 토지의 취득일로부터 2년 및 착공일 이후 건설이 진행 중인 기간’을 비사업용 토지에 해당하지 아니하는 기간으로 규정하고 있다.
• 다. 이 사건 토지의 비사업용 토지 해당 여부에 대한 판단 앞서 인정한 사실, 갑 제5 내지 7호증, 을 제3 내지 12호증의 기재에 변론 전체의 취지에 의하여 인정․판단되는 다음의 근거를 종합하여 보면, 이 사건 토지는 법인세법 제55조의2 제3항, 법인세법 시행령 제92조의11 제1항 제3호, 같은 법 시행규칙 제46조의2 제1항 제5호)(이하 ‘쟁점조항’이라 한다) 소정의 ‘사업용으로 사용하기 위하여 건설공사 중에 있는 토지’에 해당하지 않는다고 판단된다. 따라서 이와 전제를 달리하는 원고의 주장은 이유 없다.

① 이 사건 토지는 과수원 또는 묘지로서 원고는 농업을 주된 사업으로 하는 법인이 아니므로 원칙적으로 이 사건 토지는 비사업용 토지에 해당한다.

② 원고가 2015. 10. 26. AA시장으로부터 1049 토지와 이 사건 토지에 인접한 HHHH 소유의 1041-2 토지 및 1048-1 토지 지상에 일반철골구조창고시설 2개동(지상 1층, 연면적 576.40㎡)을 신축하는 내용의 건축허가를 받았고, 2016. 6. 27.경 건축위치를 원고 소유의 1041-3 토지 및 1048-6 토지(이하 ‘이 사건 공사부지’라 한다)로, 신축할 건축물의 용도를 공동주택(다세대주택) 5개동(지하 1층, 지상 4층, 49세대, 연면적 4,249.19㎡, 이하 ‘이 사건 주택‘이라 한다)로 변경하는 내용의 변경허가를 받은 사실, 원고가 2017. 5. 17. AA시장에게 착공예정일자를 2017. 5. 10.로 하여 이 사건 공사부지 지상의 이 사건 주택에 대한 착공신고를 마친 사실, MM종합건설이 2017. 8. 25. 원고를 공급받는 자로 하여 이 사건 주택 공사 선급금 665,290,000원에 대한 세금계산서를 발행한 사실, NN토지신탁이 2017. 4. 25. 이 사건 토지에 관하여 신탁계약을 원인으로 한 소유권이전등기를 마친 뒤 2020. 1. 31. 건축사사무소 ZZ 사이에 용역대금을 99,500,000원으로 정하여 이 사건 토지 일원에 단지형 연립주택 40세대(연면적3,538.80㎡)를 신축하는 공사에 관한 설계용역계약을 체결한 사실, 원고가 2020. 4. 8. 계약금 9,950,000원을 지급한 사실은 인정된다. 그러나 이 사건 주택 공사도급계약 해지에 따라 2021. 12. 10. 486,102,876원 상당의 세금계산서가 취소되었고, 위 설계용역계약 제2조 제1항에 따르면 건축심의 완료시, 건축허가 완료시, 착공설계도서 제출 완료시 각 1 내지 3차 중도금을 지급하기로 정하였음에도 그 후 원고가 건축사사무소 ZZ에게 용역대금을 지급한 사실은 확인되지 않는바, 원고는 달리 이 사건 토지에 대한 착공사실을 인정할 아무런 증거를 제출하지 않고 있고, 위 인정사실 만으로 이 사건 토지에 이 사건 주택이 착공되었다고 인정하기 어렵다.

③ 한편 피고는 이 사건 토지에 대한 2016. 3. 28.부터 2023. 4. 22.까지의 항공사진(을 제11호증)의 영상에 비추어 보면 2018. 6. 24.경 이 사건 토지에 공사 흔적이 일부 확인된다고 하였으나, 위 항공사진의 영상만으로는 그 공사의 내용이 이 사건 주택 신축을 위한 토목공사인지 알기 어렵다. 설령 위 무렵 이 사건 토지에 건축물의 신축 공사가 이루어진 것이라고 하더라도 그 이후에 공사가 계속되었음을 확인할 아무런 증거가 없다. 원고의 1041-3 토지 및 1048-6 토지의 소유기간은 약 5년 7개월(1041-3 토지 2,045일, 1048-6 토지 2,044일), 1049 토지의 소유기간은 약 6년 2개월(2,269일)로 그 중 40%의 기간은 1048-1 토지 및 1048-6 토지는 818일1), 1049 토지 908일인데,2018. 6. 24.경부터 원고가 이 사건 토지를 양도한 2021. 11. 22.까지의 기간을 계산하더라도 약 4년 8개월(1,551일) 정도가 되어, 소유기간의 40%를 초과하는바, 이 사건 토지가 비사업용 토지에 해당한다는 결론에는 변함이 없다.

④ 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 할 것이고 합리적이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 조세감면요건에 대하여는 엄격하게 해석하는 것이 조세 공평의 원칙에 부합한다(대법원 2008. 2.15. 선고 2006두8969 판결 등 참조). 원고는 이 사건 토지에 신축할 공동주택 등에 대하여 견본주택을 건설하고, 분양업무 등에 소요된 기간을 비사업용 토지에 해당하는 기간에서 제외하여야 한다고 주장하나, 쟁점조항 소정의 ‘지상에 건축물이 정착되어 있지 아니한 토지를 취득하여 사업용으로 사용하기 위하여 건설에 착공한 토지’에서 ‘착공’은 당해 토지에서 굴착공사 등과 같은 토목공사를 포함하여 건축물에 대한 건설공사가 시작된 경우를 의미하고, 건물을 신축하기 위한 준비작업을 하는 경우까지 포함한다고 볼 수 없다. 또한 원고 주장의 분양업무가 건물 신축을 위한 준비라고 보기도 어렵다.

• 라. 소결 이 사건 처분은 적법하다.

원고의 청구는 이유 없으므로 기각한다.