손금산입 인정여부

사 건 2023구합6476 법인세경정거부처분취소 원 고 A 피 고 Z 변 론 종 결

2025. 6. 10. 판 결 선 고

2025. 8. 12.

1. 피고가 2022. 12. 12. 원고에 대하여 한 2021 사업연도 법인세 57,856,400원의 경정거부처분을 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다. 청 구 취 지 주문과 같다.

◯ 원고는 부동산 임대업, 국내 여행업 등을 영위하는 법인이다. ◯ 원고는 2014. 10. 25. 주식회사 B건설(이하 ‘B건설’이라 한다)과 사이에 공사대금 953,900,000원으로 정하여 OO시 OO읍 OO리 2970-1 외 1필지 지상에 3층 규모의 건물(이하 ‘이 사건 건물’이라 한다)을 신축하는 내용의 공사도급계약을 체결하고, 2015. 4. 16.까지 공사대금을 모두 지급하였으며, 2015. 5. 20. 이 사건 건물에 관하여 소유권보존등기를 마쳤다. ◯ 원고는 2017. 1. 2. F에게 OO시 OO읍 OO리 2972 묘 136㎡(이하 ‘이 사건 토지’라 하고, 이 사건 건물과 통틀어 ‘이 사건 부동산’이라 한다) 매매대금 및 묘지이장대금으로 3,000만 원을 지급하고, 같은 날 이 사건 토지에 관한 소유권이전등기를 마쳤다. ◯ 원고는 C에게 2020. 12. 28. 이 사건 부동산을 포함한 원고 소유 부동산을 매매대금 16억 원에 매도하고, 2021. 2. 2. 그 소유권이전등기를 마쳐주었다. ◯ 한편 원고는 이 사건 건물에 관하여 B건설에게 지급한 공사대금 중 2014. 10. 29.자 2억 원을 이 사건 건물의 장부가액에 계상하는 것을 누락하였고, 2022. 3. 31. 피고에게 위와 같이 누락한 2억 원 및 이 사건 토지 매매대금 및 묘지이장대금 3,000만 원을 손금에 산입하지 않고 산정한 2021 사업연도 법인세를 신고하였다. ◯ 원고는 2022. 9. 13. 피고에게 ‘2021 사업연도 법인세를 신고하면서 이 사건 건물에 관하여 2억 원, 이 사건 토지에 관하여 3,000만 원을 손금에 산입하는 것을 누락하였다’는 등의 이유로 2021 사업연도 법인세 57,856,400원을 환급하여 달라는 취지의 경정청구를 하였으나, 피고는 2022. 12. 12. ‘2021년도 자산 양도하여 장부가액 손금산입은 적정하나, 누락한 장부가액 손금산입 유보추인 근거가 없다’는 이유로 위 경정청구를 거부하는 처분(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다)을 하였다. ◯ 원고는 이 사건 처분에 불복하여 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 2023. 9. 20. 기각되었다. [인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 22호증, 을 제1 내지 5호증(각 가지번호 포함)의 기재, 변론 전체의 취지

별지 관계 법령 기재와 같다.

• 가. 이 사건 건물에 관한 2억 원 부분에 대한 판단

1. 당사자들 주장의 요지

• 가) 원고 원고는 B건설에게 이 사건 건물 공사대금으로 953,900,000원을 지급하였으나, 착오로 그중 2억 원을 자산으로 계상하지 아니하였다. 그러나 자산의 양도시 손금에 산입될 장부가액이란 잘못된 회계처리로 인한 회계상 장부가액이 아니라 세무상 ‘정당한’ 장부가액이다. 따라서 위 2억 원은 이 사건 건물 양도와 관련한 소득 계산시 손금에 산입되어야 한다.
• 나) 피고 원고는 이 사건 건물 취득 당시 공사대금 중 2억 원을 자산으로 계상하지 않았고, 이 사건 건물 양도시까지 이를 바로잡는 수정신고가 이루어지지 않았다. 따라서 이 사건 건물 취득으로 인한 익금은 위와 같이 2억 원이 과소계상된 것으로 확정되었으므로, 그에 대응하는 손금의 기초가 되는 세무상 장부가액에서도 2억 원은 제외되어야 한다. 따라서 이 사건 건물 취득 당시 사업연도에 2억 원을 익금산입하는 세무조정이 선행되지 않는 한 2021년에 갑자기 이를 손금으로 인정할 수는 없다.

2. 자산의 양도시 손금에 산입될 장부가액의 의미

• 가) ‘장부가액’이라는 용어는 기업회계기준에 따라 작성된 회계상의 장부가액을 의미할 수 있고, 기업회계기준과 무관하게 납세의무자에 의해 임의로 회계장부에 실제로 기재된 장부가액(이 사건과 같은 경우)을 의미할 수도 있으며, 기업회계기준에 따라 작성된 회계상의 장부가액의 세무상 장부가액으로의 조정을 의미하는 세무회계에 따라 작성된 세무상 장부가액을 의미하는 것일 수도 있다.
• 나) 법인세법은 자산의 취득가액에 대하여 ‘타인으로부터 매입한 자산은 매입가액에 부대비용을 더한 금액(제41조 제1항 제1호)’, ‘자기가 제조ㆍ생산 또는 건설하거나 그밖에 이에 준하는 방법으로 취득한 자산은 제작원가에 부대비용을 더한 금액(제41조 제1항 제2호)’으로 한다고 규정하고 있다. 또한 법인세법령은 ‘익금은 자본 또는 출자의 납입 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산을 증가시키는 거래로 인하여 발생하는 이익 또는 수입의 금액으로 한다(법인세법 제15조 제1항)‘고 규정하면서, 자산의 취득과 관련하여서는 ‘특수관계인인 개인으로부터 유가증권을 제52조제2항에 따른 시가보다 낮은 가액으로 매입하는 경우 시가와 그 매입가액의 차액에 상당하는 금액(법인세법 제15조 제2항 제1호)’, ‘자산의 평가차익(법인세법 시행령 제11조 제4호)’ 등을 예외적으로 익금으로 규정하고 있다. 법인세법령은 ‘자산의 양도금액’을 익금으로 규정하면서(법인세법 시행령 제11조 제2호), 그에 대응하는 손금으로 ‘양도한 자산의 양도당시의 장부가액’을 규정하고 있다(법인세법 시행령 제19조 제2호). 이처럼 법인세법령은 이 사건 건물과 같은 유형자산의 취득 자체는 자산의 증가로 분류할 뿐 원칙적으로 법인세법령에 따른 익금이나 손금과는 무관한 것으로 규정하면서, 유형자산이 양도되어 대금청산이 완료되는 때에 자산의 양도금액을 익금으로, 양도한 자산의 양도당시의 장부가액을 손금으로 확정하여 그 차액이 법인의 소득 또는 결손금의 일부를 구성하는 것으로 규정하고 있다.
• 다) 이러한 각 규정을 종합하여 보면, 법인세법 시행령 제19조 제2호 에서 정한 ‘양도한 자산의 양도당시의 장부가액’이란 취득 당시 매입가액 등 자산의 취득가액을 기초로 하되, 기업회계에 따른 장부가액이 아니라 자본적 지출 등을 가산하고 감각상각 등을 차감한 당해 자산의 장부산 대차잔액을 가리키는 것으로 이해된다(대법원 2013. 5. 23. 선고 2010두28601 판결, 대법원 2017. 7. 11. 선고 2016두64722 판결 취지 등 참조).
• 라) 결국 ’양도당시의 장부가액‘이란 회계상의 장부가액이 아니라 세무회계에 따라 수정된 장부상 평가가액으로서 법률적으로 세법 해석에 맞게 회계상 장부가액을 수정한 가액이므로, 당해 법인이 회계처리를 하지 않았다고 하더라도 세법상 자산의 가액에 해당하는 비용을 회계상 장부가액에 가산하여 세무상 장부가액으로 수정하는 것이 가능하다.

3. 구체적 판단 앞에서 인정한 사실, 앞에서 든 증거 및 변론 전체의 취지에 의하여 알 수 있는 다음과 같은 근거들을 종합하여 보면, 이 부분 2억 원도 2021 사업연도 법인세를 산정함에 있어 산입되어야 할 손금이므로, 이와 다른 전제에 선 이 사건 처분은 위법하다.

• 가) 이 사건 건물은 내국법인이 건설하거나 이에 준하는 방법으로 취득한 자산으로 그 취득가액은 제작원가에 부대비용을 더한 금액이 된다. 원고가 주장하는 2억 원도 이 사건 건물의 제작원가에 포함되므로, 특별한 사정이 없는 한 양도당시의 장부가액의 기초가 되는 이 사건 부동산의 취득가액에 포함되고, 원고가 회계처리를 하지 아니하였다고 하여 달리 볼 것은 아니다.
• 나) 자산의 취득은 익금 내지 손금과 원칙적으로 무관하다. 이 사건 건물 취득 당시에 취득가액이 익금으로 확정되므로, 손금 산입을 위하여 익금 조정이 선행되어야 한다는 피고의 주장은 받아들이기 어렵다.
• 다) 법인세법령은 감가상각비를 손금으로 계상할 것인지 여부에 관하여 법인에게 선택권을 주고 있는 임의상각제도를 취하고 있다. 따라서 양도한 자산의 일부가액이 누락되었다면 그 부분에 대하여는 감가상각비 상당액이 과거에 손금으로 산입되지 않았다고 할 것이므로, 양도한 자산의 누락가액 전부가 ’양도당시의 장부가액‘으로서 손금으로 산입된다고 하여 손금의 이중공제 등의 문제가 발생하는 것도 아니다.
• 라) 물론 누락된 2억 원이 2021 사업연도 전에 비용으로 처리되어 손금으로 산입되었다면, 이를 또다시 2021 사업연도 손금으로 산입하는 것은 손금의 이중공제로서 허용되어서 안 될 것으로 볼 여지가 있다. 그러나 원고의 세무기장 등 세무업무를 대리한 세무법인 D의 대표자 E에 의하면, 2억 원은 유형자산 계정이 아닌 현금(가지급금 또는 가수금)으로 회계처리 되어 주ㆍ임ㆍ종단기채권의 당좌자산에 계상되었다는 것으로 2억 원이 비용으로 처리되었다고 볼 수 없다(이 법원이 지정한 전문심리위원의 의견 또한 마찬가지이다).
• 나. 이 사건 토지에 관한 3,000만 원 부분에 대한 판단 원고가 이 사건 토지를 매수하면서 매도인인 F에게 이 사건 매매대금 및 묘지이장대금으로 3,000만 원을 지급한 사실은 앞에서 본 바와 같고, 묘지이장대금 역시 실질적으로 이 사건 토지를 취득하는데 소요된 대가와 같이 볼 수 있다. 이 부분 3,000만 원 전부는 법인세법 제41조 제1항 제1호 에서 정한 매입가액으로 2021 사업연도 법인세를 산정함에 있어 산입되어야 할 손금이므로, 이와 다른 전제에 선 이 사건 처분은 위법하다.
• 다. 소결론 - 정당세액의 산정 및 이 사건 처분의 취소

1. 경정거부처분 취소소송에서 그 거부처분의 적법 여부는 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 정당한 과세표준 및 세액을 초과하느냐의 여부에 따라 판단되는 것으로서, 당사자는 사실심 변론종결시까지 객관적인 조세채무액을 뒷받침하는 주장과 자료를 제출할 수 있고, 이러한 자료에 의하여 정당한 세액이 산출되는 때에는 감액을 구하는 세액 중 당초 신고한 세액에서 정당한 세액을 차감한 부분만 취소하여야 하고 전체를 취소할 것이 아니다(대법원 2008. 12. 24. 선고 2006두13497 판결 등 참조). 다만 그 경우 법원이 직권에 의하여 적극적으로 합리적이고 타당성 있는 산정방법을 찾아내어 부과할 정당한 세액을 계산할 의무까지 지는 것은 아니다(대법원 1995. 4. 28. 선고 94누13527 판결 등 참조).

2. 피고는 원고가 주장하는 2억 3,000만 원 모두가 양도당시의 장부가액으로 손금에 산입될 수 없다는 것을 전제로 이 사건 처분을 하였다. 그러나 앞에서 판단한 바에 따르면 이는 잘못된 전제라고 할 것이므로, 2억 3,000만 원을 손금에 산입하여 원고의 2021 사업연도 법인세를 계산하여야 한다. 그런데 원고는 경정청구 당시 2억 3,000만 원의 손금산입 이외에 ’ 조세특례제한법 제7조 에 따른 중소기업에 대한 특별 세액감면‘도 경정청구이유로 기재하였고, 과목별 소득금액조정명세서에는 유형자산처분손실, 미수금을 기재하였으나, 이 사건 소송에서 이에 관하여는 다투지 아니하여 이와 관련된 아무런 자료가 제출되어 있지 않다. 따라서 변론종결시까지 제출된 자료만으로는 2억 3,000만 원을 손금산입하는 경우의 정당한 과세표준 및 세액을 산출할 수 없으므로, 피고가 원고에 대하여 한 이 사건 처분 전부를 취소한다.

원고의 청구는 이유 있으므로 인용한다.