농업회사법인에 현물출자하는 경우 농업인의 4년 직접경작 요건은 2015. 2. 3.이후 양도분부터 적용되는 것임

사 건 2020구합5366 양도소득세부과처분취소 원 고 AAA 피 고 OO세무서장 변 론 종 결

2021. 3. 9. 판 결 선 고

2021. 5. 25.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청 구 취 지 피고가 2019. 5. 7. 원고에 대하여 한 2015년 귀속 양도소득세 548,456,650원의 부과처분(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다)을 취소한다.

○ 원고는 2013. 6. 12. OO시 OO면 OO리 979 과수원 660㎡, 같은 리 979-3 과수원 3,319㎡(이하 통틀어 ‘이 사건 부동산’이라 한다)에 관하여 각 2013. 5. 14.자 매매를 원인으로 한 각 소유권이전등기를 마쳤다.

○ 원고는 2015. 6. 26. 자신이 대표이사로 있는 농업회사법인 BB 유한회사(이하 ‘BB’라 한다)에 이 사건 부동산에 관하여 각 2015. 6. 22.자 현물출자를 원인으로 한 소유권이전등기를 마쳐주었다.

○ 원고는 피고에게 이 사건 부동산이 BB에 현물출자되었음을 이유로 양도소득세의 면제를 신청하였으나, 피고는 2019. 5. 7. 원고에게 2015년 귀속 양도소득세 548,456,650원을 부과하는 이 사건 처분을 하였다.

○ 원고는 이 사건 처분에 대하여 2019. 8. 9. 조세심판청구를 하였으나 2019. 12. 17. 기각되었다. [인정 근거] 갑 제1 내지 3, 20호증, 을 제1호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 제1주장 이 사건 처분은 구 조세특례제한법 시행령(2015. 2. 3. 대통령령 제26070호로 개정된 후 2015. 12. 22. 대통령령 제26754호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘개정 시행령’이라 한다)에 근거하여 내려진 것인데, 개정 시행령 부칙(2015. 2. 3.) 제1조는 모법인 구 조세특례제한법(2014. 12. 23. 법률 제12853호로 개정된 후 2015. 1. 28. 법률 제13082호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘개정 법’이라 한다) 부칙(2014. 12. 23.) 제1조 및 구 조세특례제한법(2014. 12. 23. 법률 제12853호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 법’이라 한다) 제68조 제2항의 규정취지에 반할 뿐만 아니라 그 위임범위를 벗어난 것으로서 위법하다. 따라서 위법한 개정 시행령에 근거하여 내려진 이 사건 처분은 위법하다.
• 나. 제2주장 구 법 제68조 제2항, 구 조세특례제한법 시행령(2015. 2. 3. 대통령령 제26070호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 시행령’이라 한다) 제63조 제4항은 양도소득세 면제의 요건으로서 농지 등을 ‘영농조합법인’에 현물출자하는 경우에만 ‘4년 이상 직접 경작한 자’라는 요건을 규정하였고, ‘농업회사법인’에 현물출자하는 경우에는 ‘4년 이상 직접 경작한 자’라는 요건을 두고 있지 않았는데, 개정 시행령 제63조 제4항은 ‘농업회사법인’에 현물출자하는 경우에도 ‘4년 이상 직접 경작한 자’를 요건으로 규정하였다. 그런데 개정 시행령 제63조 제4항은 2015. 2. 3.부터 시행되었는바, 기획재정부, 국세청 등은 개정 시행령이 시행되기 이전에 ‘2015. 7. 1. 이후의 양도부터 개정 시행령 제63조 제4항이 적용된다’는 내용의 보도자료를 배포하는 등의 방법으로 수차례 공적 견해표명을 하였고, 만일 원고가 그 시행일자를 제대로 알았다면 2015. 2. 3. 이전에 각 법인에 현물출자를 하여 양도소득세를 면제받았을 것임에도 위와 같은 기획재정부 등 과세관청의 공적인 견해표명을 신뢰하고 양도소득세를 면제받을 것으로 기대하여 2015. 2. 3. 이후인 2015. 3. 26.과 2015. 6. 26.에 각 부동산을 현물출자함으로써 양도소득세를 면제받지 못하게 되는 결과가 초래되었으며, 기획재정부 등 과세관청의 견해표명이 정당하다고 신뢰한 데 대하여 원고에게 귀책사유가 없다. 따라서 이 사건 처분은 신의성실의 원칙에 위배된다.
• 다. 제3주장 원고는 개정 시행령 제63조 제4항 후단에서 규정한 농업인으로서 농업회사법인에 현물출자한 경우에 해당하여 구 법 제68조 제3항에 따라 이월과세를 적용받을 수 있음에도 피고가 이를 적용하지 아니하였으므로, 이 사건 처분은 위법하다.

별지 기재와 같다.

• 가. 제1주장에 대하여 구 법 제68조 제2항은 대통령령으로 정하는 농업인이 농업회사법인에 현물출자하는 경우 양도소득세를 면제하도록 정하고 있고, 개정 법은 위와 같은 현물출자의 경우 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하는 것으로 개정하되 그 부칙 제1조는 개정 법률의 시행시기를 2015. 7. 1.로 정하고 있다. 따라서 개정 시행령 제63조 제4항의 시행시기를 2015. 2. 3.로 규정한 개정 시행령 부칙 제1조가 모법인 구 법 제68조 제2항 및 개정 법 부칙 제1조의 위임범위를 벗어났는지 여부에 관하여 보건대, ① 조세 법률에 있어서 그 과세요건과 이에 대한 예외적 규정인 비과세 내지 면세요건을 규정하는 것은 그 규정이 현저히 불합리하지 아니하는 한 입법자의 입법재량에 속하는데(대법원 2001. 5. 29. 선고 99두7265 판결 참조), 개정 시행령이 양도소득세를 감면받을 수 있는 농업인의 자격요건에 ‘4년 이상 직접 경작한 자‘를 추가하면서 그 시행시기를 개정 시행령의 시행일인 2015. 2. 3.로 규정한 것이 현저히 불합리하다고 인정하기 어려운 점, ② 2015. 7. 1.부터 시행된 개정법은 농업인이 농업회사법인에 대한 현물출자 시 양도소득세의 면제에서 세액감면으로 개정한 취지인 반면, 2015. 2. 3.부터 시행된 개정 시행령은 구 법 제68조 제2항에서 위임한 “대통령령으로 정하는 농업인”의 자격요건에 앞서 살펴본 바와 같은 ’4년 직접경작‘ 요건을 추가하여 양도세 면제 또는 감면받을 수 있는 농업인의 자격을 제한하는 취지로 개정한 것으로 각 개정내용의 규율대상이나 목적이 달라 각 개정규정의 시행시기가 반드시 일치해야 할 필요성이 인정되지 아니한 점, ③ 구 법 제68조 제2항은 농업인의 농업회사법인에 대한 현물출자 시 양도소득세를 면제하도록 규정하고, 개정 법 제68조 제2항은 위 현물출자 시 양도소득세에 대하여 세액감면을 규정하고 있을 뿐 현물출자의 주체에 대하여는 모두 ’대통령령으로 정하는 농업인‘으로 동일하게 규정하고 있고, 양도소득세가 면제되는 농업인의 자격요건에 관한 규정의 시행시기에 관하여는 별도로 정하거나 그에 관하여 어떠한 제한규정도 두고 있지 아니하므로 ’농업인‘의 자격 요건을 제한하는 것으로 개정된 조세특례제한법 시행령이 공포일에 즉시 시행되도록 한 부칙 자체에 어떠한 위법이 있다고 볼 수 없는 점, ④ 구 시행령 제63조 제4항은 영농조합법인에 현물출자하고 양도소득세를 면제받는 농업인에 대하여만 ‘4년 이상 직접 경작한 자’라는 제한 요건을 규정하고 있었는데, 영농조합법인과 농업회사법인 사이에 실질적인 차이가 없어 농업회사법인에 현물출자하고 양도소득세를 면제받을 수 있는 ‘농업인’의 범위를 영농조합법인의 경우와 동일하게 취급하는 개정 시행령을 개정안 공포일인 2015. 2. 3. 즉시 시행하도록 할 긴급한 필요성이 있었다고 보이는 점 등에 비추어 보면, 농업회사법인에 현물출자 시 양도소득세를 면제받을 수 있는 농업인 자격을 제한하도록 개정한 시행령의 시행시기를 그 공포일로 정한 부칙 조항이 모법의 위임한계를 벗어났다고 볼 수 없다. 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.
• 나. 제2주장에 대하여

1. 일반적으로 행정상의 법률관계에 있어서 행정청의 행위에 대하여 신뢰보호의 원칙이 적용되기 위해서는, 첫째 행정청이 개인에 대하여 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해표명을 하여야 하고, 둘째 행정청의 견해표명이 정당하다고 신뢰한 데에 대하여 그 개인에게 귀책사유가 없어야 하며, 셋째 그 개인이 그 견해표명을 신뢰하고 이에 상응하는 어떠한 행위를 하였어야 하고, 넷째 행정청이 그 견해표명에 반하는 처분을 함으로써 그 견해표명을 신뢰한 개인의 이익이 침해되는 결과가 초래되어야 하며, 마지막으로 위 견해표명에 따른 행정처분을 할 경우 이로 인하여 공익 또는 제3자의 정당한 이익을 현저히 해할 우려가 있는 경우가 아니어야 한다(대법원 2002. 11. 8. 선고 2001두1512 판결 등 참조). 또한 신의성실의 원칙에 위배된다는 이유로 그 권리의 행사를 부정하기 위하여는 상대방에게 신의를 주었다거나 객관적으로 보아 상대방이 그러한 신의를 가짐이 정당한 상태에 이르러야 하고, 이와 같은 상대방의 신의에 반하여 권리를 행사하는 것이 정의 관념에 비추어 용인될 수 없는 정도의 상태에 이르러야 하며, 일반 행정법률관계에서 행정청의 행위에 대하여 신의칙이 적용되기 위해서는 합법성의 원칙을 희생하여서라도 처분의 상대방의 신뢰를 보호함이 정의의 관념에 부합하는 것으로 인정되는 특별한 사정이 있을 경우에 한하여 예외적으로 적용된다(대법원 2004. 7. 22. 선고 2002두11233 판결 등 참조).

2. 살피건대, 갑 제7 내지 23호증의 각 기재와 변론 전체의 취지에 의하면 기획재정부가 보도자료를 통해 농업회사법인에 대한 현물출자 시 양도소득세 면제와 관련한 세법개정안을 2015. 7. 1. 이후 양도하는 분부터 적용한다고 밝힌 사실은 인정되나, ① 이러한 보도자료를 근거로 피고와 같은 과세관청이 원고에 대하여 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해표명을 하였다고 보기 어려운 점, ② 위 보도자료에 기초한 언론보도 등이 이루어졌다고 하더라도 기획재정부의 견해가 표명된 방식이나 내용 등에 비추어 적어도 농업회사법인에 대한 현물출자에 대해 양도소득세를 면제받고자 하는 사람이라면 현물출자를 하기 전에 당시 시행되고 있는 관련 규정의 면제 요건을 확인하였어야 한다고 봄이 타당하고, 결국 이러한 주의를 게을리 한 원고에게 귀책사유가 없다고 볼 수 없는 점(원고는 정작 현물출자 당시 실제로 시행되고 있는 법령의 내용은 확인하지도 않은 채 수개월 전의 언론보도만을 믿었다는 것이다), ③ 이 사건 처분으로 공익 또는 제3자의 이익을 현저히 해하는 결과가 초래되거나 그러할 위험이 있다고 인정하기 어려운 점 등에 비추어 볼 때, 위의 인정사실만으로는 이 사건 처분에 신뢰보호의 원칙 또는 신의성실의 원칙을 위반한 위법이 있다고 인정하기 어렵고, 달리 그와 같이 볼만한 사정이 있음을 인정할 충분한 증거가 없다.

3. 따라서 원고의 이 부분 주장도 받아들일 수 없다.

• 다. 제3주장에 대하여 구 법 제68조 제3항, 제5항에 따르면, 대통령령으로 정하는 농업인이 농지 및 초지를 제외한 부동산을 농업회사법인에 현물출자하는 경우 이월과세를 적용받을 수 있고, 이러한 이월과세를 적용받기 위하여는 대통령령으로 정하는 바에 따라 신청을 하여야 한다. 그런데, 앞서 본 증거들에 의하여 인정되는 사정들, 즉 ① 각 부동산 중 제4건물을 제외한 나머지는 모두 농지에 해당하여 현물출자 시 이월과세 적용대상이 아닌 점, ② 원고는 양도소득세 감면 신청시 피고에게 이월과세 적용을 신청하지 아니한 점 등을 고려하면, 피고가 이월과세를 적용하지 아니한 채 원고에게 양도소득세를 부과하는 이 사건 처분을 하였더라도 여기에 어떠한 위법이 있다고 볼 수 없다. 따라서 이 부분 원고의 주장도 이유 없다.

그렇다면 원고의 청구는 이유 없어 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.