제주첨단과학기술단지 외 투자금액의 감면대상 투자누계액 해당 여부

사 건 2019구합5728 법인세경정거부처분취소 원 고 농업회사법인 AAA 피 고 BB세무서장 변 론 종 결

2020. 7. 21. 판 결 선 고

2020. 9. 22.

1. 피고가 2018. 8. 28. 원고에게 한 2014년 및 2015년 귀속 각 법인세 부과처분의 경정청구에 대한 거부처분을 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다. 청 구 취 지 주문과 같다.

○ 원고는 2013. 8. 1. 설립되어 2014. 7. 1. ○○첨단과학기술단지(이하 ‘○○첨단단지’라고만 한다) 내에 위치한 현재 주소로 본점을 이전하였다.

○ 원고는 황칠나무 등을 원료로 건강보조식품을 연구·개발하여 생산·판매하는 사업(이하 ‘이 사건 사업’이라 한다)을 영위하고 있다. 이 사건 사업 중 건강보조식품의 생산 과정은, ○○첨단단지 밖인 ○○시 △△읍, ▲▲읍과 ●●●시 표선면에 있는 경작지 7필지(이하 ‘이 사건 경작지’라 한다)에서 재배되는 황칠나무의 파쇄된 가지를 원재료로 하여 ◇◇시에 있는 주식회사 CCC의 공장에서 제조하는 주문자 생산 방식으로 이루어지고 있다.

○ 원고는 피고에게 2014년 및 2015년 귀속 각 법인세를 구 조세특례제한법(2018. 12. 24. 법률 제16009호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제121조의8에 따라 감면된 세액으로 피고에게 신고·납부하였다.

○ 피고는 2016. 7월 원고에게 이 사건 사업이 구 조세특례제한법 제121조의8 에 따른 법인세 감면 대상 업종이 아니어서 법인세 경정·고지 대상에 해당한다고 안내하였고, 이에 원고는 2016. 7. 28. 피고에게 2014년 및 2015년 귀속 각 법인세를 위 조항에 따른 감면을 적용하지 아니한 세액으로 수정신고·납부하였다.

○ 원고는 2017. 1. 12. 과학기술정보통신부로터 ‘농림·축수산 등 생명자원에 대한 연구개발을 통하여 인체에 유용한 식품 등을 생산하는 행위는 생명공학육성법 제2조 의 규정에 의한 생명공학과 관련된 산업에 해당한다’는 민원 회신을 받고, 2017. 10. 18. 농림축산식품부로부터 ‘원고가 수행하는 황칠나무 원료 생산 기반 구축과 이를 이용한 산업화 관련 연구개발과제는 농림축산식품부의 농생명산업기술개발사업으로 지원되고 있는 연구과제임을 확인한다’는 민원 회신을 받았다.

○ 원고는 2018. 5. 31. 피고에게 위 각 민원 회신을 첨부하여 ‘이 사건 사업이 구 조세특례제한법 제121조의8 에 따른 법인세 감면 대상 업종에 해당하므로, 원고가 기납부한 2014년 귀속 법인세 중 223,623,184원, 2015년 귀속 법인세 중 409,609,924원을 환급받아야 한다’는 내용으로 감액경정청구(이하 ‘이 사건 경정청구’라 한다)를 하였다.

○ 피고는 2018. 8. 28. 이 사건 경정청구에 대하여, 이 사건 사업에서 발생한 소득에 대한 법인세에 구 조세특례제한법 제121조의8 에 따른 감면을 적용하되, 같은 조 제2항 제1호의 한도액(투자누계액의 50%)을 산정하면서, 원고가 ○○첨단단지 안에서 취득한 사업용 자산의 취득가액만을 투자누계액에 포함하고, 이 사건 경작지, 그 위에 식재된 수목 및 원고가 ○○첨단단지 밖에서 취득한 기타자산(이하 ‘이 사건 경작지 등 이라 한다)의 취득가액은 투자누계액에서 제외하여, 2014년 귀속 법인세 중 17,545,550원, 2015년 귀속 법인세 중 37,604,400원을 각 감액경정하는 것으로 결정하였다(이 사건 경정청구 중 위 각 금액을 초과하는 부분에 대하여는 피고가 감액경정을 거부한 것으로 볼 것인바, 이를 ‘이 사건 거부처분’이라 한다).

○ 원고는 이 사건 거부처분에 불복하여 2018. 11. 23. 조세심판원에 심판청구를 제기하였으나 2019. 4. 30. 기각되었다. [인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 3호증, 을 제1 내지 3호증(가지번호 있는 것은 각 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

별지 기재와 같다.

원고는, 이 사건 경작지 등은 원고가 이 사건 사업에 주로 사용하는 사업용 유형자산으로서 구 조세특례제한법 시행규칙(2019. 3. 20. 기획재정부령 제726호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제8조의3 제1호의 ‘해당 사업에 주로 사용하는 사업용 유형자산’에 해당하여 그 각 취득가액이 구 조세특례제한법 제121조의8 제2항 제1호 의 투자누계액에 포함되어야 한다고 주장하고, 피고는, 위 조항의 ‘해당 사업에 주로 사용하는 사업용 유형자산’은 ‘○○첨단단지 안에서 취득한 사업용 유형자산’으로 한정되는 것이고 따라서 이 사건 경작지 등은 여기에 해당하지 않는다고 다툰다.

• 가. 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고, 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하고, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다(대법원 2004. 5. 28. 선고 2003두7392 판결). 따라서 구 조세특례제한법 시행규칙 제8조의3 제1호 의 ‘해당 사업에 주로 사용하는 사업용 유형자산’의 가액은 법인세의 감면한도액을 산정하는 요소가 되므로 위 법문을 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니한다. 또한 구 조세특례제한법 제121조의8 제1항 이 ○○첨단단지의 활성화를 지원할 목적으로 마련되었고(2002. 4. 20. 법률 제6689호) 제121조의8 제2항이 ○○첨단단지 입주 기업이 투자금액에 비하여 과다하게 조세감면을 받는 것을 방지하기 위하여 마련되었으므로 (2010. 12. 27. 법률 제10406호), 위의 각 입법취지를 고려하면 ‘해당 사업에 주로 사용하는 사업용 유형자산’의 범위를 엄격하게 해석할 필요가 있기는 하다.
• 나. 그러나 위 ‘해당 사업에 주로 사용하는 사업용 유형자산’이라는 법문을 근거 없이 그 문언 자체의 의미보다 축소해석하는 것도 역시 허용되지 아니한다고 할 것인데, 다음과 같은 점들에 비추어 보면 피고가 위 법문을 ‘○○첨단단지 안에서 취득한 사업용 유형자산’으로 한정하여 해석할 만한 근거가 있다고 보기 어렵다. ◎ ‘해당 사업에 주로 사용하는 사업용 유형자산’이라는 문언 자체에서 바로 장소적 요건이 도출된다고 볼 수 없다. ◎ ○○첨단단지 밖에 소재하는 사업용 유형자산도 ○○첨단단지에 소재하는 사업장에서 발생하는 소득에 기여할 수 있다. 특히 원고의 사업처럼 식품의 원료가 되는 수목 및 그 경작지가 상당량 필요한 경우에는 그와 같은 유형자산이 오히려 ○○첨단단지 내의 유형자산보다도 소득 발생에 상당한 관련이 있다고 할 것이다. 위와 같은 소득에 대하여 법인세를 부과하면서 그 소득의 발생에 기여한 사업용 유형자산이 단지 ○○첨단단지 밖에 소재한다는 이유로 반드시 그 가액을 감면액에서 제외하지 않으면 안 된다고 할 만한 조세법원리 등의 논리적 근거가 불분명하다. ◎ ○○첨단단지 입주 기업이 투자금액에 비하여 과다하게 조세감면을 받는 것을 방지한다는 입법목적(위 가.항 참조)을 위하여, 구 조세특례제한법 제121조의8 제2항 제1호 의 ‘투자누계액’을 조세특례제한법 시행령 제116조의14 제2항 은 ‘사업용 자산에 대한 투자 합계액’으로 한정하고, 구 조세특례제한법 시행규칙 제8조의3 은 다시 위 ‘사업용 자산’을 ‘해당 사업에 주로 사용하는 사업용 유형자산’ 등으로 한정하여, ‘투자누계액’의 범위가 과도하게 넓어지는 것을 이미 어느 정도 방지하고 있으므로, 이에다가 사업용 유형자산의 장소적 요건까지 더하여 해석하지 아니하면 위와 같은 입법목적을 전혀 달성할 수 없게 된다고 단정하기 어렵다. ◎ 조세특례제한법 시행규칙 제8조의3 제1호 가 2020. 3. 13. 기획재정부령 제776호로 ‘해당 특구 등에 소재하거나 해당 특구 등에서 해당 사업에 주로 사용하는 사업용 유형자산’으로 개정되어 장소적 요건이 추가되었는데, 이로써 이 사건 거부처분의 기초가 된 피고의 해석이 당시에도 타당하였다거나 소급하여 타당하게 된다고 볼 수 없다. 오히려 위 개정은 개정 전 법문의 해석만으로는 장소적 요건이 도출될 수 없는 까닭에 이루어진 것으로 봄이 상당하다.
• 다. 그렇다면 이 사건 거부처분은 피고가 구 조세특례제한법 시행규칙 제8조의3 제1호 의 문언을 근거 없이 축소해석함에 따른 것으로서 위법하여 취소되어야 한다.

원고의 청구는 이유 있어 이를 인용하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.