매입세액이 과세사업인 종합휴양단지 조성에 관한 것인지 면세사업인 토지분양업에 관한 것인지 여부

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청구취지 피고가 2006.5.1. 원고에 대하여 한 2003년도 법인세 48,780,804원 및 2003년도 제1기분 부가가치세 41,202,844원, 2003년도 제2기분 부가가치세 116,690,245원의 각 부과처분을 취소한다.

• 가. 원고는 2001.5.31. 부동산개발임대업, 종합휴양업 등을 목적사업으로 설립된 법원이고, 2003.2.4. 제주시 ○○급 ○○리 2692 소재 구 ○○○미술관 부지(이하 이 사건 부동산이라고 한다)를 매입하였으며 2006.12.31. 피고에 의하여 사업자등록이 직권으로 말소되었다.
• 나. 피고는 원고가 2003.8.28. 표○숙과 이○순에게 강원도 ○○군 ○○명 ○○리 산 7 임야 14,389㎡를 174,080,000원에, 2003.10.30. 류○훈에게 같은 면 간척리 산 7-○ 임야 258㎡를 200,000원에, 2003.12.10. 국○호에게 같은 면 ○○리 산 12 임야 71,505㎡를 33,000,000원에 각 양도하였음에도 2003 사업연도 법인세 과세표준 등을 신고함에 있어 위 양도가액 합계 207,280,000원(= 174,080,000원 + 200,000원 + 33,000,000원)을 누락하였다는 이유로 위 양도가액 합계 207,280,000원을 익금산입하고, 2006.5.1. 원고에 대하여 2003 사업연도 법인세 48,780,804원의 부과처분(이하 이 사건 법인세 부과처분이라고 한다)을 하였다.
• 다. 또한 피고는 원고가 2003년 제1기 및 제2기 부가가치세 신고를 함에 있어 부가가치세 공제대상이 아닌 면세사업 관련 매입세액을 매출세액에서 공제하여 신고하였다는 이유로 2003년 제1기 매입세액 29,550,000원, 2003년 제2기 매입세액 86,297,000원 합계 115,847,000원(이하 이 사건 매입세액이라고 한다)을 매출세액에서 공제하지 아니하고, 2006.5.1. 원고에게 2003년 제1기분 부가가치세 41,202,844원 및 2003년 제2기분 부가가치세 116,690,245원의 부과처분(이하 이 사건 부가가치세 부과처분이라고 한다)을 하였다.
• 라. 원고는 위 각 부과처분에 대하여 2006.8.30. 피고에게 이의신청을 하였으나 기각당하자 2007.1.16. 국세청장에게 심사청구를 하였는데, 국세청장은 2007.5.30. 원고의 주장을 일부 받아들여 피고에게 이 사건 매입세액이 면세사업 관련 매입세액인지 여부를 조사하여 그 결과에 따라 이 사건 부가가치세 부과처분을 경정하라는 내용의 결정을 하였다.
• 마. 피고는 위 결정에 따라 2007.7.6. 이 사건 매입세액 중 건축설계용역대금에 대한 매입세액 12,000,000원을 공제대상으로 인정하여 2003년도 2기분 부가가치세를 101,094,290원으로 감액하는 경정결정을 하였으나, 그 결정을 원고에게 고지하지 않았다. [인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1호증, 갑 제2호증의 1 내지 3,을 제1 내지 13호증의 각 기재, 이 법원의 주식회사 ○○일보에 대한 사실조회 결과, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 법인세 부과처분의 적법 여부에 관한 판단

• 가. 당사자의 주장 원고는 국○호에게 강원도 ○○군 ○○면 ○○리 산7 임야 14,389㎡를 74,080,000원에 매도하였고, 국○호가 이를 이○순 등에게 174,080,000원에 전매한 것임에도, 피고가 원고의 위 ○○리 산7 임야에 대한 매도가격을 174,080,000원으로 잘못 산정하였다고 주장하고, 피고는 이 사건 법인세 부과처분은 처분사유와 적용법령에 비추어 적법하다고 주장한다.
• 나. 관계법령 법인세법 제67조 법인세법 시행령 제106조
• 다. 판단 을 제1 내지 4호증의 각 기재에 의하면, 원고가 2003.8.28. 강원도 ○○군 ○○면 ○○리 산 7 임야 14,389㎡를 2/3 지분을 표○숙에게 116,053,000원에, 나머지 1/3 지분을 이○순에게 58,027,000원에 각 매도한 사실이 인정되므로, 원고의 위 ○○리 산 7임야 14,389㎡에 대한 매도가격이 74,080,000원에 불과하다는 주장은 이유 없고, 라서 피고의 원고에 대한 이 사건 법인세 부과처분은 적법하다.

3. 이 사건 부가가치세 부과처분의 적법 여부에 관한 판단

• 가. 원고의 주장 이 사건 매입세액은 이 사건 부동산에 종합휴양단지를 조성하기 위하여 지출한 설계비와 광고비 등에 대한 것인데, 일부 투자자들이 이 사건 부동산에 관하여 가압류, 가등기 등을 하는 바람에 종합휴양단지 조성사업을 추진할 수 없었고, 그로 인하여 운영자금이 경색되어 종합휴양단지 조성사업을 더 이상 진행할 수 없게 된 상황에서 이 사건 부동산 중 일부 토지가 임의경매 등으로 매각된 것이므로, 이 사건 매입세액은 과세사업인 종합휴양단지 조성사업에 관한 것이지 면세사업인 토지분양업에 관련된 것이 아니어서 이 사건 부가가치세 부과처분은 위법하다.
• 나. 관계법령 부가가치세법 제12조 부가가치세법 제17조
• 다. 판단 살피건대, 이 사건 매입세액이 과세사업인 종합휴양단지 조성사업에 관련된 것인지 아니면 면세사업인 이 사건 부동산의 분양사업에 관련된 것인지 여부가 쟁점이라고 할 것인바, 갑 제1호증, 을 제12 내지 13호증의 각 기재 및 이 법원의 주식회사 ○○일보사에 대한 사실조회 결과에 변론 존체의 취지를 종합하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사정들 즉, ① 법인등기부등본 목적사업에 부동산매매업을 포함하고 있는 원고가 이 사건 부동산을 고정자산이 아닌 재고자산으로 회계처리함으로써 이 사건 부동산을 판매대상인 상품으로 인식한 점, ② 원고가 2003년도 법인세 과세표준을 신고함에 있어 신고한 수입금액 1,505,000,000원 전액이 이 사건 부동산의 분양대금인 점, ③ 원고가 이 사건 부동산에 관하여 일간지에 게재한 광고는 투자자에게 등기필증을 교부하고 연 15.3%의 확정배당금을 지급하겠다는 내용인 점, ④ 원고가 이 사건 부동산에 종합휴양단지 조성사업을 추진하기 위하여 어떠한 노력을 하였다는 점에 대한 아무런 자료도 제시하지 못하고 있는 점, ⑤ 원고는 2001.5.28. 설립도니 후 ○○월드 주식회사, ○○시티 주식회사로 상호를 자주 변경하고, 대표이사와 본점소재지도 수차례 변경하였으며, 강원도 ○○군 ○○면 ○○○리 산7 외 2필지 86,152㎡를 매수한 후 이를 분할하여 전매한 전력이 있는 점 등ㅇㄹ 종합하여 보면, 원고는 이 사건 부동산에 종합휴양단지 조성사업을 하려고 한 것이 아니라 면세사업인 이 사건 부동산을 분양하는 사업을 한 것으로 봄이 상당하다. 따라서, 이 사건 매입세액은 면세사업인 이 사건 부동산의 분양사업에 관련된 것이라 할 것이므로, 원고의 위 주장은 이유 없다.

그렇다면, 원고의 청구는 이유 없으므로, 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.