지방세에 부가되는 농어촌특별세 신고납부행위의 당연 무효 여부

1. 원고의 청구를 모두 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청구취지 원고에게, 피고

○○○○○○도는 금 2,219,957,270원, 피고 ○○○○은 금 105,761,780원 및 각 위 금원에 대한 2005. 5. 19.부터 이 사건 소장 부본 송달일까지는 연 5%, 그 다음 날부터 다 갚는 날까지는 연 20%의 비율에 의한 금원을 지급하라.

다음 각 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 갑 제1 내지 11호증의 각 기재, 이 법원의 ○○○○시장에 대한 사실조회결과에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정할 수 있다.

• 가. 원고는 2004. 6. 14. 유류판매・운반, 유류 보관 저장업 등을 목적으로 설립된 법인인데, 2005. 3. 25. 이사회에서 ○○○시 ○○동 2484-1 유원지 111,855㎡, 같은 동 3381-2 유원지 542㎡ 및 위 지상 ○○○ 식물원(이하 이 사건 식물원이라 한다.)의 인수에 따른 정관변경을 위하여 임시주주총회를 개최하기로 결의하였다. 원고는 2005. 4. 11. 임시주주총회에서 정관의 사업목적에 ○○○식물원 경영사업, 동물원, 식물원 및 박물관, 미술관 운영업 등을 추가하기로 하는 내용의 결의를 하고, 같은 날 그에 따라 사업목적을 추가하는 등기를 마쳤다.
• 나. 원고는 2005. 2. 17. ○○○○시와 사이에 이 사건 식물원을 552억 7,500만 원에 매수하기로 하는 매매계약을 체결하였고, 잔금지급일인 2005. 2. 18. ○○○○시에 매매잔대금을 모두 지급한 다음, 2005. 4. 19. 이 사건 식물원에 관하여 원고 앞으로 소유권이전등기를 마쳤다.
• 다. 원고는 2005. 5. 18. ○○○시장에게 이 사건 식물원에 대한 취득세 1,057,617,890원, 등록세 968,616,150원, 농어촌특별세 105,761,780원, 지방교육세 193,723,230원 합계 2,325,719,050원(이하 이사건 취득세 등이라 한다.)을 자진 신고하여 납부하였고(이하 이사건 신고・납부행위라 한다.), 2003. 3. 24. 이 사건 식물원을 박물관 및 미술관 진흥법 제16조 에 따라 박물관으로 등록하였다.
• 라. 원고는 2006. 3. 20. ○○○○부 장관에게 ○○회계법인을 통하여 ‘이 사건 식물원을 취득한 다음 1년 이내에 박물관 및 미술관 진흥법 제16조 에 따라 박물관으로 등록하여 식물원으로 사용하고 있는 경우, ○○○도세감면조례 제7조 제5호 규정에 의하여 취득세 등의 면제 대상이 되는지 여부 및 면제가 된다면 기납부한 이 사건 취득세 등을 반환받을 수 있는지 여부’에 관하여 질의하였다. 행정자치부 장관은 2006. 3. 30.경 ○○회계법인에 ‘식물원을 박물관으로 사용하기 위하여 취득한 경우 ○○○도세감면조례(2005. 1. 12. 조례 제2468호로 개정된 것. 이하 ○○도조례라고 한다)에 의하여 취득세와 등록세가 면제되고, 기납부한 이 사건 취득세 등을 반환받을 수 있다.’고 회신하였다.
• 마. 원고는 2006. 4. 19. ○○○시장에게 이 사건 취득세 등의 환부를 요구하였고, 이에 ○○○시장은 ○○도지사에게 위 환부 관련 문제를 질의하였다. ○○도지사는 2006. 5. 2. ○○○시장에게 ‘박물관으로 사용하기 위하여 취득세 등을 감면받고자 하는 자는 ○○도조례 제32조 규정에 의하여 감면신청서 및 그 사실을 증명할 수 있는 서류를 갖추어 신청하도록 되어 있으나 원고는 그러한 절차를 취하지 않은 점, 원고가 이 사건 식물원을 박물관으로 등록하였다 할지라도 관광사업을 위하여 취득한 당초의 목적에는 변함이 없는 점 등을 고려하면, 이 사건 취득세 등은 적법하게 신고하고 납부된 경우로써 중대하고 명백한 하자가 있는 경우가 아니므로, 이 사건 취득세 등은 환부 대상이 아니다.’라고 회신하였다. 이에 ○○○시장은 2006. 5. 2. 원고에게 위와 같은 이유로 이 사건 취득세 등을 환부할 수 없다고 회신하였다.
• 바. 원고는 2006. 5. 30. ○○○○부 장관에게 ○○○ 시장의 위 2006. 5. 2. 회신에 대한 심사청구를 하였고, ○○○○부 장관은 2006. 7. 31. 위 2006. 5. 2. 회신은 심사청구의 대상인 처분에 해당하지 않고, 원고의 2006. 4. 19.자 감면신청은 기간도과로 인하여 부적법하다는 이유로 위 심사청구를 각하하였다.
• 사. 원고는 ○○○○처리위원회에 ○○○시장을 상대로 이 사건 취득세 등의 환급에 관하여 민원을 신청하였고, ○○○○처리위원회는 2006. 11. 1. 원고의 민원 신청을 받아들여 ○○○시장에게 이 사건 취득세 등을 원고에게 환부할 것을 시정권고하였다. 이에 ○○○시장은 ○○○○위원회에 재심의를 요청하였으나, ○○○○위원회는 위 재심 요청을 기각하였다.
• 아. 원고는 ○○○시장에게 이 사건 취득세 등의 환부를 다시 요구하였으나, ○○○시장은 2006. 12. 26. 위 환부 요구를 거부하였다.
• 자. 한편, ○○도 행정체제 등에 관한 특별법이 2006. 7. 1. 시행됨에 따라, 피고 ○○○○○○도가 ○○○시의 모든 권리・의무를 승계하였다.

• 가. 원고의 주장

1. 납세의무의 부존재에 관하여 원고는 이 사건 식물원을 박물관으로 사용하기 위하여 취득하였고, 이후 이를 박물관으로 등록한 후 이 사건 취득세 등의 감면신청을 하여 원고는 이 사건 취득세 등에 대한 감면요건을 모두 갖추었으므로, ○○도조례 제7조 제5호에 따라 원고의 이 사건 식물원에 대한 취득세 등의 납부의무는 면제되었다. 따라서 원고가 납부한 이 사건 취득세 등은 납부 의무 없는 자가 납부한 것이므로, 피고들은 법률상 원인이 없이 이 사건 취득세 상당의 부당이득을 취하고 있다.

2. 이 사건 신고・납부행위의 무효에 관하여 원고의 이 사건 신고・납부행위는 ① 이 사건 식물원의 취득에 관하여 ○○도조례에 따른 면제요건을 충족하고 있어 원고에게 이 사건 취득세 등의 납부의무가 없었다는 점, ② 원고는 이 사건 신고・납부행위 이전에 ○○○시청 소속 담당공무원에게 이 사건 식물원을 박물관으로 운영한다는 전제하에 그에 따른 취득세 등의 감면 여부를 문의하였던 점, ③ ○○○시청에 근무하는 담당공무원의 잘못된 행정지도 및 ○○회계법인의 잘못된 자문에 따라 이 사건 취득세 등의 신고・납부한 점, ④ 원고가 이 사건 식물원을 박물관으로 사용할 목적으로 취득하였고, 그 취득일로부터 1년 이내에 이를 박물관으로 등록하여 사용하고 있는 점, ⑤ 민사소송 이외에는 다른 법적 구제 방법이 없는 점, ⑥ 세무공무원으로부터 이 사건 식물원을 박물관으로 사용하기 위하여 취득한 경우 이 사건 취득세 등이 면제되는 것에 대하여 어떠한 설명도 들은 적이 없는 점 등을 종합하여 보면, 이 사건 신고・납부행위에는 중대하고 명백한 하자가 있어 당연무효하다.

3. 반환 주체 다만, 농어촌특별세는 국세에 해당하여 농어촌특별세법 제10조 에 의하여 피고 ○○○○이 그 이익을 보유하고 있으므로, 원고에게 피고 ○○○○은 앞서 본 농어촌특별세 105,761,780원, 피고 ○○○○○○도는 위 농어촌특별세를 제외한 나머지 이 사건 취득세 등 2,219,957,270원 및 각 위 금원에 대한 지연손해금을 지급할 의무가 있다.

• 나. 피고들의 주장

1. 피고 ○○○○○○도의 주장

• 가) 원고의 납세의무에 대하여 부동산을 취득한 자는 원칙적으로 취득세 및 등록세를 납부할 의무가 있는데 신고・납부 당시 감면의 요건을 갖추지 못하고 있었을 경우, 사후에 그러한 요건을 갖추었다 하여도 소급하여 그 신고・납부의무가 감면되는 것은 아니라 할 것인데, 원고는 이 사건 취득세 등을 신고・납부할 당시는 ○○도조례가 정한 감면요건을 갖추지 못하였으므로, 원고에게 납부의무가 없다는 것을 전제로 하는 원고의 주장은 이유 없다.
• 나) 신고행위의 무효에 대하여 원고가 이 사건 취득세 등을 신고・납부하기 이전에 ○○도조례 제34조에 따른 감면신청을 한 사실도 없고, ○○○시에 대하여 이 사건 식물원을 박물관으로 등록할 예정이거나 박물관으로 등록할 경우 조세가 감면되는지 여부에 관하여 문의한 사실도 없는 점, 감면신청에 대하여 반려하는 통지를 받은 경우에는 과세전적부심사를 청구하는 등의 권리구제절차가 마련되어 있는 점 등을 고려하면, 원고의 이 사건 신고・납부행위를 당연무효로 볼 수 없다.

2. 피고 ○○○○의 주장 농어촌특별세법 제12조 및 동법 시행령 제11조에 의하면, 농어촌특별세의 환급은 본세의 환급의 예에 따라 이루어지므로 본세를 신고・납부한 지방자차단체에 반환을 청구하여야 하므로, 피고 ○○○○이 앞서 본 농어촌특별세금에 대한 환급의무가 있음을 전제로 하는 원고의 주장은 이유 없다.

• 가. ○○도조례 제7조에 의하여 감면요건을 충족하였는지 여부

1. 관련 규정 등

• 가) ○○조조례 제7조 (평생교육시설 등에 대한 감면) 다음 각호의 1에 해당하는 평생 교육시설 등에 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하고 과세기준일 현제 평생교육시설 등에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 공동시설세를 면제한다. 다만, 부동산의 취득일부터 1년 이내에 정당한 사유 없이 평생교육 시설 등에 직접 사용하지 아니하는 경우에는 면제된 취득세와 등록세를 추징하다.

5. 박물관 및 미술관 진흥법 제16조 의 규정에 의하여 등록된 박물관 및 미술관

• 나) 박물관 및 미술관 진흥법(2005. 8. 4 법률 제7678호로 개정되기 이전의 것) 제2조 (정의) 이 법에서 사용하는 용어의 정의는 다음과 같다.

1. "박물관“이라 함은 문화・예술・학문을 발전과 일반공중의 문화향수 증진에 이바지하기 위하여 역사・고고・인류・민속・예술・동물・식물・광물・과학・기 술・산업등에 관한 자료를 수집・관리・보존・조사・연구・전시하는 시설을 말한 다. 제16조

① 박물관 및 미술관을 설립・운영하고자 하는 자는 그 설립목적을 달성하기 위하여 필요한 학예사와 박물관자료 또는 미술관자료 및 시설을 갖추어 대통령령이 정하는 바의 의하여 특별시장・광역시장 또는 도지사(이하 “시・도지사”라 한다)에게 등록할 수 있다.

2. 이 사건 식물원을 박물관으로 사용하기 위하여 취득하였는지 여부 등 살피건대, 갑 제1 내재 3호증의 기재만으로 원고가 이 사건 식물원을 박물관으로 사용하기 위하여 취득하였다고 보기 어렵고 달리 이를 인정할 증거가 없다. 오히려, 갑 제6호증의 1의 기재 및 증인 김○○, 박○○의 증언에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음의 각 사정 즉, ① 원고로부터 이 사건 취득세 등의 감면 여부에 관하여 자문 요청을 받은 회계전문가인 박○○은 행정자치부에 이 사건 취득세 등의 환급과 관련하여 질의하면서 “이 사건 식물원을 식물원으로 직접 사용하기 위하여 취득하였다”라는 내용의 질의서를 작성한 점, ② 위 박○○은 원고가 이 사건 신고・납부행위 이후에야 비로소 이 사건 식물원을 박물관으로 등록하여 운영할 것이라는 것에 대하여 알았던 점(박○○은 박물관으로 사용할 목적으로 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세가 면제되는 사실을 잘 알고 있었으므로 만약, 원고가 이 사건 신고・납부 이전에 박○○에게 이 사건 식물원을 박물관으로 사용하기 위하여 취득하였다는 것을 전제로 자문을 구하였다면, 이 사건 취득세 등은 면제 대상이라는 자문을 받았을 것이고, 나아가 이 사건 신고・납부행위를 하지 않았을 것으로 보인다.), ③ ○○○시 소속 세무 담당 공무원인 김○○은 2005. 4.경 ○○○시청 세무과에서 원고회사 직원과 박○○ 등으로부터 이 사건 식물원의 개개 식물이 취득세의 대상인지 여부, 이 사건 식물원이 교육시설에 해당하여 감면이 되는지 여 부 등에 관하여 문의를 받은 적은 있으나, 이 사건 식물원의 취득 목적 또는 이 사건 식물원을 박물관으로 사용하는 경우에 감면이 되는지 여부 등에 관하여는 아무런 문의도 받은 적이 없는 점 등을 고려하면, 원고는 이 사건 식물원을 박물관으로 사용하기 위하여 취득하였다고 보기 어렵다.

3. 소결론 따라서 이 사건 식물원을 박물관으로 사용하기 위하여 취득하여 ○○도조례 제7조의 요건을 충족하였음을 전제로, 원고에게 이 사건 취득세 등의 납부의무가 없음에도 이 사건 신고・납부를 하였다는 원고의 주장은 이유 없다(또한, 아래에서 보는 법리 및 위 인정사실에 의하면, 원고가 신고납세방식의 조세인 이 사건 취득세 등을 앞서본 바와 같이 신고함으로써 그에 대한 납세 의무가 구체적으로 확정되었고, 그에 따른 원고의 이 사건 납부 행위는 위와 같이 확정된 구체적 납세의무의 이행에 해당하며, 그 결과 피고들은 이 사건 취득세 등을 위와 같이 확정된 조세채권에 기하여 납부된 세액을 보유하는 것이고, 그 것이 바로 부당이득에 해당한다고 할 수 없으므로, 원고의 위 주장은 어느 모로 보나 이유 없다.).

• 나. 이 사건 신고・납부행위가 당연 무효인지 여부에 관한 판단

1. 취득세와 등록세는 신고납세방식의 조세로서 이러한 유형의 조세에 있어서는 원칙적으로 납세의무자가 스스로 과세표준과 세액을 정하여 신고하는 행위에 의하여 납세의무가 구체적으로 확정되고, 그 납부행위는 신고에 의하여 확정된 구체적 납세의무의 이행으로 하는 것이며 지방자치단체는 그와 같이 확정된 조세채권에 기하여 납부된 세액을 보유하는 것이므로, 납세의무자의 신고 행위가 중대하고 명백한 하자로 인하여 당연무효로 되지 아니하는 한 그것이 바로 부당이득에 해당한다고 할 수 없고, 여기에서 신고행위의 하자가 중대하고 명백하여 당연무효에 해당하는지의 여부에 대하여는 신고행위의 근거가 되는 법규의 목적, 의미, 기능 및 하자 있는 신고행위에 대한 법적 구제수단 등을 목적론적으로 고찰함과 동시에 신고행위에 이르게 된 구체적 사정을 개별적으로 파악하여 합리적으로 판단하여야 한다(대법원 2006.1.13. 선고 2004다64340 판결).

2. 이러한 법리에 비추어 보건대, ① 앞서 본 바와 같이 원고가 이 사건 식물원을 박물관으로 사용하기 위하여 취득하였다고 보기 어려워 이 사건 취득세 등의 납세의무가 없다고 할 수 없어 이 사건 신고・납부행위는 납세의무 없는 자에 의하여 이루어진 것이 아닌 점, ② 원고가 이 사건 신고・납부행위 이전에 ○○○시청 소속 담당 공무원 또는 회계전문가인 박○○에게 이 사건 식물원을 박물관으로 운영한다는 전제하에 그에 따른 취득세 등의 감면 여부를 문의하였거나 자문을 요청하였다고 보기 어려워 그로부터 잘못된 행정지도나 자문을 받았다고 볼 수 없으며, 나아가 담당 세무공무원이 원고에게 이 사건 취득세 등이 면제되는 모든 경우까지 설명하여야 할 의무가 있다고 볼 수 없는 점 등을 종합적으로 고려하여 보면 이 사건 신고・납부행위에 중대하고 명백한 하자가 있다고 볼 수 없으므로, 원고의 위 주장은 이유 없다.

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.