원고는 8년 자경 감면 요건을 충족하지 못하였고, 통장 출금 사실만으로는 자본적지출액을 인정하기 어려움

사 건 2025구단2 양도소득세부과처분취소 원 고 윤AA 피 고

○○세무서장 변 론 종 결

2025. 8. 27. 판 결 선 고

2025. 9. 10.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청 구 취 지 피고가 2023. xx. xx. 원고에 대하여 한 2022년 귀속 양도소득세 110,381,000원(가산세 14,166,261원 포함)의 부과처분을 취소한다.

• 가. 원고는 1995. 11. 14. 전북특별자치도 xx군 xx면 xx리 xxx, xxx, xxx-x 토지(이하 ‘이 사건 각 토지’라 한다)를 취득한 다음, 1997. 4. 8. 위 토지 중 xx리 xxx 토지 지상에 ‘BB산장 건물’(이하 ‘이 사건 건물’이라 한다)을 신축하였다.
• 나. 원고는 2022. 8. 1. 이 사건 각 토지와 이 사건 건물(이하 ‘이 사건 각 부동산’이라 한다)을 대금 700,000,000원에 양도하였다.
• 다. 이후 원고는 이 사건 각 부동산의 양도가액을 700,000,00원으로, 취득가액을 194,605,785원으로, 용도변경·개량·이용편의를 위해 지출된 자본적 지출액을 344,226,536원으로 하여 양도소득세 25,158,217원을 산출하였고, 이 사건 각 토지 중 xx리 xxx-x 토지(이하 ‘이 사건 쟁점 토지’라 한다)의 경우 8년 이상 자경한 농지에 해당한다고 주장하며 감면세액 13,828,845원을 공제하여, 2022. 9. 28. 양도소득세 11,329,370원을 신고·납부하였다.
• 라. 피고는 2023. 3. 22.부터 같은 해 4. 10.까지 원고에 대한 양도소득세 실지조사를 실시한 결과, 이 사건 쟁점 토지는 양도 당시 농지가 아니고 원고가 8년 이상 재촌·자경의 요건을 갖추지도 못하였다고 보아 감면신청을 부인함과 동시에 위 자본적 지출액 중 332,235,958원에 대하여 객관적 증빙자료가 없다는 취지로 원고에게 2023. 4. 20. 세무조사결과를 통지하였고, 이에 따라 2023. 6. 16. 원고에 대하여 2022년 귀속 양도소득세 110,381,000원(가산세 포함)의 부과처분(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다)을 하였다.
• 마. 원고는 이 사건 처분에 관하여 2023. 7. 13. 감사원에 심사청구를 하였으나 2024. 11. 15. 기각되었고, 2025. 2. 13. 이 사건 소를 제기하였다. [인정근거: 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 3호증, 을 제1호증의 각 기재, 변론 전체의 취지]

① 원고는 이 사건 쟁점 토지를 취득한 1995년부터 이를 양도한 2022년까지 이 사건 쟁점 토지에 소재한 컨테이너 박스에 거주하면서 느티나무를 재배하여 조세특례제한법 제69조 의 자경농지에 대한 양도소득세 감면요건을 충족하였고, ② 피고가 부인한 자본적 지출액 332,235,958원은 원고 및 원고의 배우자 박춘희의 통장 출금액을 통해 그 지출이 확인되므로, 이를 각 부인한 이 사건 처분은 위법하다.

별지 ‘관계 법령’ 기재와 같다.

• 가. 8년 이상의 자경농지에 해당하는지 여부 농지 소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자가 8년 이상 대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작한 토지 중 대통령령으로 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다[구 조세특례제한법(2023. 12. 31. 법률 제19936호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘조세특례법’이라 한다) 제69조 제1항]. 조세특례법 제69조 제1항 본문에서 ‘농지 소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자’라 함은 ‘농지가 소재하는 시·군·구 안의 지역, 그와 연접한 시·군·구 안의 지역, 해당 농지로부터 직선거리 30킬로미터 이내의 지역 중 어느 하나에 거주하는 자를 말하고, ‘대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작’이란 ‘거주자가 그 소유농지에서 농작물의 경작 또는 다년생식물의 재배에 상시 종사하는 것(1호)’ 또는‘거주자가 그 소유농지에서 농작업의 2분의 1 이상을 자기̇의 노동력에 의하여 경작 또는 재배하는 것(2호)’ 중 어느 하나에 해당하는 것을 말한다[구 조세특례제한법(2024. 3. 26. 대통령령 제34356호로 개정되기 전의 것) 시행령 제66조 제13항]. 과세처분에 관한 행정소송에 있어 과세원인 및 과세표준금액 등 과세요건이 되는 사실에 관하여는 특별한 사정이 없는 한 과세관청에 그 입증책임이 있는데(대법원 2007.

2. 22. 선고 2006두6604 판결 등 참조), 양도소득세의 감면요건에 해당하는 사실에 대한 입증책임은 양도소득세의 감면을 주장하는 납세의무자에게 있다고 할 것이다(대법원 1993. 7. 13. 선고 92누11893 판결, 대법원 2002. 11. 22. 선고 2002두7074 판결 등 참조). 또한 양도한 토지가 8년 이상 농지로서 이용된 사실이 인정된다 하여 이로써 양도자가 자경한 사실까지 추정되는 것은 아니며, 양도자가 그 토지를 8년 이상 자경한 사실은 이를 주장하는 자가 입증하여야 한다(대법원 1993. 7. 13. 선고 92누11893 판결, 대법원 2002. 11. 22. 선고 2002두7074 판결 등 참조). 한편, 공부상 지목이 농지라고 하더라도 양도일 현재 실제로 경작하고 있지 않는 토지는 농경지로 사용되지 않고 있는 것이 토지 소유자의 자의에 의한 것이든 또는 타의에 의한 것이든 일시적으로 휴경상태에 있는 것이 아닌 한 양도일 현재 농지라고 볼 수 없어 양도소득세 비과세대상인 토지에 해당하지 않고(대법원 2008. 4. 11. 선고 2006두13183 판결 등 참조), 다만 여러 사정에 비추어 그와 같은 농경장애 원인이 제거된다면 또다시 농경지로 이용될 수 있었다고 보이는 경우에는 이는 일시적 휴경상태라고 보아야 할 것이고, 그와 같은 휴경상태하에서 양도된 것이라면 이는 농지의 양도라고 보아야 할 것이다(대법원 1998. 9. 22. 선고 97누706 판결 등 참조). 위 각 법령 및 법리에 비추어 이 사건으로 돌아와 살펴보건대, 앞서 살펴본 인정사실 및 인정근거에 쌍방이 제출한 증거들과 변론 전체의 취지를 더하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들을 종합하여 보면, 원고가 제출한 증거만으로는 원고가 농지 소재지에 거주하는 거주자로서 이 사건 쟁점 토지를 8년 이상 직접 경작한 사실을 인정하기에 부족하고, 달리 이를 인정할 만한 증거가 없다.

① 원고는 1978년 xx시로 전입한 이래 현재에 이르기까지 계속해서 이 사건 쟁점 토지가 소재한 xx군과 연접하지 아니한 xx시에 그 주민등록을 두고 있다(을 제2호증). 이와 같이 원고가 xx시에 주민등록을 두어 온 이상 원고는 농지 소재지가 아닌 xx시에 거주한 것으로 사실상 추정할 수 있다고 보아야 하고(대법원 1986. 3. 11. 선고 85누772 판결 참조), 원고가 제시하고 있는 이 사건 쟁점 토지의 컨테이너 사진(소장 첨부자료 7면 등)만으로는 위 추정을 뒤집고 원고가 이 사건 쟁점 토지에서 거주하면서 위 산장을 운영하였다고 인정하기에는 부족하다.

② 조세특례법에 따른 자경농지 양도의 감면혜택을 받기 위해서는 위에서 본 바와 같이 ‘양도일 현재의 농지’에 해당하여야 하는데, 원고는 1999년경부터 양도시점에 이르기까지 타인에게 이 사건 건물을 임대하여 그 임차인이 ‘BB산장’을 운영한 사실이 확인되는바(을 제4호증), ‘BB산장’은 주차장, 텐트 야영장, 간이 수영장, 평상이 놓인 식당 등의 시설을 갖추고 있는 식당 겸 레크리에이션 시설로(을 제5호증), 이러한 용도에 쓰인 이 사건 건물이 소재하고 있는 이 사건 쟁점 토지를 ‘농지’에 해당한다고 보기는 어렵다.

③ 원고는 1983년부터 현재까지 xx시에서 계속사업자로서 ‘CC금고사’를 운영해오고 있는데(을 제3호증), 설령 원고가 이 사건 쟁점 토지 위에 느티나무를 식재한 사실이 있다고 하더라도(갑 제11, 16, 17호증 등 참조) 이는 위 임차인들이 운영하는 ‘BB산장’의 조경의 일부를 이루는 것에 불과하다고 보아야 하고(산장과 느티나무들의 거리는 약 30미터 정도임), 별도의 사업체를 운영하면서 임차인들을 통해 느티나무를 관리한 것을 두고 ‘원고가 그 소유농지에서 농작물의 경작 또는 다년생식물의 재배에 상시 종사하였다’거나 ‘원고가 그 소유농지에서 농작업의 2분의 1 이상을 자기̇의 노동력에 의하여 농작물을 경작 또는 재배하였다’고 평가할 수는 없다. 따라서 원고가 이 사건 쟁점 토지가 ‘8년 이상의 자경농지’에 해당한다고 볼 수는 없으므로, 이 사건 처분에는 원고가 주장하는 바와 같은 위법이 있다고 볼 수 없다.

• 나. 자본적 지출액의 인정여부 소득세법 제97조 제1항 제2호 는 거주자의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비로 ‘자본적 지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것’을 규정하고 있고, 그 위임에 따른 소득세법 시행령 제163조 제3호 는 ‘자본적 지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것’의 하나로 ‘양도자산의 용도변경, 개량 또는 이용편의를 위하여 지출한 비용’을 들고 있다. 다만 그 증빙에 관하여 현행 소득세법 시행령 제163조 제3항 본문은 ‘그 지출에 관하여 소득세법 제160조의2 제2항 에 따른 증빙서류(법인세법에 따른 계산서, 부가가치세법에 따른 세금계산서, 여신전문금융업법에 따른 신용카드매출전표, 현금영수증)를 수취, 보관하거나 이를 통하여 확인될 것’을 요구하고 있으나, 2018. 2. 13. 대통령령 제28637호 부칙 제19조(양도자산의 필요경비에 관한 적용례)는 ‘제163조 제3항의 개정규정은 2018. 4. 1. 이후 양도하는 분부터 적용한다’고 하면서도, ‘다만 자본적 지출액 등으로서 2016년 2월 16일 이전에 지출한 분은 대통령령 제26982호 소득세법 시행령 일부개정령 부칙 제24조(이 영 시행 전의 자본적지출액 등에 대해서는 제163조 제3항의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다)를 적용한다’고 규정하고 있는바, 원고가 주장하는 이 사건 각 부동산에 관한 대지, 농지 조정비(토지매립공사, 석축공사, 계단설치비, 주차장 수로 포장 등, 이하 ‘이 사건 쟁점 지출비’라 한다)는 1995년에 지출이 이루어졌다는 것이므로, 개정된 소득세법 시행령에도 불구하고, 2016. 2.17. 대통령령 제26982호로 개정되기 전의 소득세법 시행령 규정이 적용되어야 한다. 따라서 그 지출사실이 법인세법상 계산서나 세금계산서나 현금영수증, 신용카드매출전표 등 증명서류에 의해 확인되지 않더라도 실제 지출된 사실이 인정된다면 필요경비로 인정될 수 있다. 과세처분의 적법성에 대한 증명책임은 과세관청에게 있으므로 과세소득확정의 기초가 되는 필요경비도 원칙적으로 과세관청이 그 증명책임을 부담하나, 필요경비의 공제는 납세의무자에게 유리한 것일 뿐 아니라 필요경비의 기초가 되는 사실관계는 대부분 납세의무자의 지배영역 안에 있는 것이어서 과세관청으로서는 그 증명이 곤란한 경우가 있으므로 그 증명의 곤란이나 당사자 사이의 형평을 고려하여 납세의무자로 하여금 증명케 하는 것이 합리적인 경우에는 증명의 필요를 납세의무자에게 돌려야 한다(대법원 1992. 7. 28. 선고 91누10909 판결 등 참조). 필요경비의 구체적인 항목에 대한 증명에 관하여 그 증명의 난이라든가 당사자의 형평 등을 고려하여 납세의무자에게 그 증명의 필요를 돌리는 경우란 과세관청에 의하여 납세의무자가 신고한 어느 비용의 용도와 그 지급의 상대방이 허위임이 상당한 정도로 증명된 경우 등을 가리키는 것이다(대법원 1999. 1. 15. 선고 97누15463 판결, 대법원 2015. 6. 23. 선고 2012두7776 판결 등 참조). 위 법리에 비추어 이 사건으로 돌아와 살펴보건대, 앞서 살펴본 인정사실 및 인정근거에 쌍방이 제출한 증거들을 모두 살펴보더라도, 이를 통해 알 수 있는 다음과 같은 사정들을 고려하여 보면 이 사건 쟁점 지출비가 이 사건 각 부동산과 관련하여 실제 지출이 이루어진 금액이라고 보기는 힘들다. 따라서 이 사건 처분에 원고가 이 부분에서 주장하는 바와 같은 위법이 있다고 할 수도 없다.

① 원고가 이 사건 각 부동산과 관련하여 지출하였다고 주장하는 총 680,727,454원 중 이 사건 건물의 건축에 소요된 190,000,000원의 경우 피고도 이를 자본적 지출액으로 인정하였는바, 이는 이 사건 건물이 원고가 1995. 11. 14. 이 사건 각 부동산을 취득한 이후인 1997. 4. 8.에 비로소 준공승인이 이루어진 것으로, 원고가 이 사건 건물의 건축을 위해 지출한 비용이 1995. 11. 14. 이후 시기에 위 지출이 이루어진 것이라고 그 시점을 특정할 수 있기 때문이다. 그러나 이 사건 쟁점 지출비의 경우 토지매립공사, 석축, 돌계단 및 나무계단 설치, 수로 등으로 설령 실제로 공사가 이루어졌다고 하더라도 그 시기가 원고가 이 사건 각 부동산을 취득한 1995. 11. 14. 이후인지 그 이전인지 시점을 특정할 수 없다.

② 원고는 이 사건 쟁점 지출비 332,235,958원을 통장에서 현금으로 출금한 다음 지출하였다는 취지로 주장하는데, 위와 같은 상황에서는 그 실제 사용처를 과세관청으로서는 입증하는 것이 사실상 불가능하므로 납세자인 원고가 지출된 사용처와 구체적인 공사의 내용 등에 관하여 ‘증명할 필요’가 있다고 보아야 한다.

③ 이와 관련해서 원고는 이 사건 쟁점 지출비와 관련된 각 공사를 ‘DD건축공사’라는 상호의 소외 ‘김xx’이라는 사업자에게 맡겼다는 취지로 주장하나, ‘DD건축공사’라는 업체와 ‘김xx’이라는 사업자의 실존여부를 자료를 통해서 확인할 수가 없으며, 따라서 ‘김xx’이라는 사업자가 구체적으로 어떠한 내용의 공사를 하였는지도 특정할 수 없다.

④ 그 외에 원고가 제출한 다른 자료들을 모두 살펴보더라도, 이 사건 쟁점 지출비가 이 사건 각 부동산과 관련된 각종 공사비용으로 사용되었다고 인정하기에는 부족하다(원고가 통장에서 출금한 금액들은 원고의 생활비나 ‘CC금고사’의 운영과 관련된 비용으로 사용되었을 가능성도 충분히 존재한다).

그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.