8년 이상의 자경 농지인지 여부

사 건 2025구단1020 양도소득세부과처분취소 원 고 AAA 피 고 BB세무서장 변 론 종 결 2025. 12. 10. 판 결 선 고 2026. 2. 25.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청 구 취 지 피고가 2023. 12. 13. 원고에게 한 2022년 귀속 양도소득세 98,505,250원의 부과처분을 취소한다.

• 가. 원고는 2010. 3. 31.경 ○○○도 ◇◇군 □□면 ☆☆리 262-2 전 17,470㎡ (이하 ‘이 사건 토지’라 한다)를 대금 211,380,000원에 취득하여 보유하다가, 2022. 5. 11. CCC 외 10인에게 이를 564,000,000원에 양도하였다.
• 나. 원고는 2022. 7. 29. 이 사건 토지에 관한 양도소득세를 신고함에 있어서, 이 사건 토지가 구 조세특례제한법(2022. 12. 31. 법률 제19199호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘조세특례제한법’이라 한다) 제69조 제1항에 따른 ‘8년 이상의 직접 경작 농지’에 해당한다고 보아 자경농지에 대한 양도소득세 감면세액 81,602,176원을 적용하여 양도소득세 예정신고를 하였다.
• 다. 피고는 2023. 9. 22.부터 2023. 10. 20.까지 원고에 대한 양도소득세 실지조사를 실시한 결과, 이 사건 토지가 ‘8년 이상의 직접 경작 농지’에 해당하지 않는다고 보고감면을 부인하여, 2023. 12. 1. 원고에게 2022년 귀속 양도소득세 98,505,250원을 경정·고지하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).
• 라. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2024. 2. 27. 이의신청을 거쳐, 2024. 6. 19. 조세심판원에 심판청구를 하였으나 2024. 10. 16. 기각되자, 2025. 1. 15. 그 처분을 구하는 이 사건 소를 제기하였다.

원고는 이 사건 토지를 취득한 2010년부터 직접 경작을 시작하여, 양도한 시점에 이르기까지 전체 농작업 중 2분의 1이상을 원고의 노동력을 사용하여 이를 경작하였다. 따라서 이 사건 토지의 양도에 관해서는 조세특례법 제69조 제1항 이 적용되어야 한다.

• 가. 관계법령 별지 ‘관계법령’ 기재와 같다.
• 나. 판단 농지 소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자가 8년 이상 대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작한 토지 중 대통령령으로 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다(조세특례법 제69조 제1항). 조세특례법 제69조 제1항 본문에서 ‘대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작’이란 ‘거주자가 그 소유농지에서 농작물의 경작 또는 다년생식물의 재배에 상시 종사하는 것(1호)’ 또는 ‘거주자가 그 소유농지에서 농작업의 2분의 1 이상을 자기̇의 노동력에 의하여 경작 또는 재배하는 것(2호)’ 중 어느 하나에 해당하는 것을 말한다(조세특례제한법 시행령 제66조 제13항). 과세처분에 관한 행정소송에 있어 과세원인 및 과세표준금액 등 과세요건이 되는 사실에 관하여는 특별한 사정이 없는 한 과세관청에 그 입증책임이 있는데(대법원 2007. 2. 22. 선고 2006두6604 판결 등 참조), 양도소득세의 감면요건에 해당하는 사실에 대한 입증책임은 양도소득세의 감면을 주장하는 납세의무자에게 있다고 할 것이다(대법원 1993. 7. 13. 선고 92누11893 판결, 대법원 2002. 11. 22. 선고 2002두7074 판결 등 참조). 또한 양도한 토지가 8년 이상 농지로서 이용된 사실이 인정된다 하여 이로써 양도자가 자경한 사실까지 추정되는 것은 아니며, 양도자가 그 토지를 8년 이상 자경한 사실은 이를 주장하는 자가 입증하여야 한다(대법원 1993. 7. 13. 선고 92누11893 판결, 대법원 2002. 11. 22. 선고 2002두7074 판결 등 참조). 위 각 법령 및 법리에 비추어 살펴보건대, 이 사건 토지가 ‘농지’에 해당한다는 사실 및 원고가 이 사건 토지가 있는 ‘농지소재지’에 거주하였다는 사실에 대해서는 당사자들 사이에 다툼이 없으나, 나아가 앞서 살펴본 인정사실 및 인정근거에 쌍방이 제출한 증거들과 변론 전체의 취지를 더하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들을 종합하여 보면, 원고가 제출한 증거만으로는 ‘원고가 이 사건 토지를 8년 이상 직접 경작한 사실’을 인정하기에 부족하고, 달리 이를 인정할 만한 증거가 없다.

① 위 조세특례제한법 제69조 제1항 의 위임에 따른 구 조세특례제한법 시행령(2022.12. 31. 대통령령 제33208호로 개정되기 전의 것) 제66조 제4항, 제14항에 따르면, 농업소득 등이 아닌 사업소득에서 발생하는 소득금액과 총급여액이 3,700만원 이상인 과세기간은 농지를 자경한 기간에서 제외하도록 규정하고 있는바, 원고는 2018년의 사업소득금액 및 총급여액의 합계액이 38,301,740원, 2019년 77,957,885원, 53,554,685원에 달하고 있어 위 기준금액을 초과하고 있다.1)

② 그 이외에도 원고는 2016년경부터 농가부업규모를 초과하는 규모의 육계농장과 3개소의 태양광 발전업을 영위하는 등 별도의 사업을 다수 영위해오고 있다.

③ 2018년부터 2021년까지 이 사건 토지에 관한 농업경영체 신청서 및 직불금 신청서를 살펴보면, 이 사건 토지의 경영주는 원고의 부친인 DDD으로, 경영주 외의 농업인으로는 모친인 EEE이 기재되어 있다.

④ 원고가 농자재를 구입한 내역과 면세유를 구입한 내역이 제출된바 있으나 원고는 이 사건 토지 이외에도 다수의 농지를 경영하고 있어 위와 같은 농자재나 면세유가 이 사건 토지에 사용된 것인지 특정하기 어렵고, 반면에 사과판매로 인한 수입은 원고의 모친인 EEE 명의의 계좌로 입금되었는데, 갑 제3, 8호증의 기재만으로는 이것이 다시 원고에게 최종적으로 귀속되었다고 보기에 부족하다.

⑤ 2023. 10.경 실지조사 당시 ☆☆리 △△으로 재직중이던 FFF(12년 이상 거주)은 ‘이 사건 토지의 실제 경작자는 원고의 부친 DDD이었다’는 취지의 질문서를 제출하였다.

⑥ 그 외에 원고가 제출한 사실확인서 등 다른 증거들을 모두 종합하더라도, 위 각 증거들을 뒤집고 ‘원고가 이 사건 토지에 소요되는 농작업의 2분의 1 이상을 직접 자신의 노동력에 의하여 경작하였다’는 점을 인정하기에는 여전히 부족하다.

그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.