8년 이상 직접 경작한 사실을 인정하기에 부족하므로 당초처분은 적법함

사 건 2024구단1078 양도소득세부과처분취소 원 고 이AA 피 고

○○세무서장 변 론 종 결

2025. 6. 11. 판 결 선 고

2025. 6. 25.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청 구 취 지 피고가 2022. ××. ×. 원고에게 한 2021년도 과세연도 양도소득세 ××,×××,×××원의 부과처분을 취소한다.

• 가. 원고는 2008. ×. ××. ○○ ○○군 ○○면 ○○리 00 답 000㎡(이하 ‘이 사건 토지’라 한다)를 ‘임의경매로 인한 매각’을 원인으로 대금 ×××,×××,×××원에 매수하고, 2008. ×. ××. 그 소유권이전등기를 마쳤다.
• 나. 원고는 2021. ×. ××. ○○ ○○군에 이 사건 토지를 양도(협의매수)하였다.
• 다. 원고는 2021. ×. ××. 이 사건 토지에 관한 양도소득세 신고를 함에 있어서, 이 사건 토지가 구 조세특례제한법(2021. 12. 28. 법률 제18634호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘조세특례법’이라 한다) 제69조 제1항에 따른 ‘8년 이상의 직접 경작 농지’에 해당한다고 보아 자경농지에 대한 양도소득세 전액 감면조항을 적용하여 예정신고를 하였다.
• 다. 피고는 2022. ×. ××.부터 2022. ×. ××.까지 원고에 대한 2021년 귀속 양도소득세 실지조사를 실시한 결과, 원고가 이 사건 토지를 8년 이상 자경한 경우에 해당하지 않는다고 보아 조세특례제한법 제69조 의 적용을 배제하고, 조세특례제한법 제77조 의 ‘공익사업용 토지 등에 대한 양도소득세의 감면’ 조항을 적용하여(양도소득세의 100분의 10에 상당하는 세액의 감면) 2021년 귀속 양도세 및 농어촌특별세 합계 ××,×××,×××원의 부과처분(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다)을 하였다. [인정근거: 다툼 없는 사실, 갑 제7호증, 을 제1호증의 각 기재, 변론 전체의 취지]

원고는 이 사건 토지를 취득한 2008년부터 직접 경작을 시작하여 양도한 시점에 이르기까지 이를 자경하였다. 따라서 이 사건 토지의 양도에 관해서는 조세특례법 제69조 제1항 이 적용되어야 한다.

• 가. 관계법령 별지 ‘관계법령’ 기재와 같다.
• 나. 판단 농지 소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자가 8년 이상 대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작한 토지 중 대통령령으로 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다(조세특례법 제69조 제1항). 조세특례법 제69조 제1항 본문에서 ‘대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작’이란 ‘거주자가 그 소유농지에서 농작물의 경작 또는 다년생식물의 재배에 상시 종사하는 것(1호)’ 또는 ‘거주자가 그 소유농지에서 농작업의 2분의 1 이상을 자기̇의 노동력에 의하여 경작 또는 재배하는 것(2호)’ 중 어느 하나에 해당하는 것을 말한다(조세특례제한법 시행령 제66조 제13항). 과세처분에 관한 행정소송에 있어 과세원인 및 과세표준금액 등 과세요건이 되는 사실에 관하여는 특별한 사정이 없는 한 과세관청에 그 입증책임이 있는데(대법원 2007.2. 22. 선고 2006두6604 판결 등 참조), 양도소득세의 감면요건에 해당하는 사실에 대한 입증책임은 양도소득세의 감면을 주장하는 납세의무자에게 있다고 할 것이다(대법원 1993. 7. 13. 선고 92누11893 판결, 대법원 2002. 11. 22. 선고 2002두7074 판결 등 참조). 또한 양도한 토지가 8년 이상 농지로서 이용된 사실이 인정된다 하여 이로써 양도자가 자경한 사실까지 추정되는 것은 아니며, 양도자가 그 토지를 8년 이상 자경한 사실은 이를 주장하는 자가 입증하여야 한다(대법원 1993. 7. 13. 선고 92누11893판결, 대법원 2002. 11. 22. 선고 2002두7074 판결 등 참조). 한편, 공부상 지목이 농지라고 하더라도 양도일 현재 실제로 경작하고 있지 않는 토지는 농경지로 사용되지 않고 있는 것이 토지 소유자의 자의에 의한 것이든 또는 타의에 의한 것이든 일시적으로 휴경상태에 있는 것이 아닌 한 양도일 현재 농지라고 볼 수 없어 양도소득세 비과세대상인 토지에 해당하지 않고(대법원 2008. 4. 11. 선고 2006두13183 판결 등 참조), 다만 여러 사정에 비추어 그와 같은 농경장애 원인이 제거된다면 또다시 농경지로 이용될 수 있었다고 보이는 경우에는 이는 일시적 휴경상태라고 보아야 할 것이고, 그와 같은 휴경상태하에서 양도된 것이라면 이는 농지의 양도라고 보아야 할 것이다(대법원1998. 9. 22. 선고 97누706 판결 등 참조). 위 각 법령 및 법리에 비추어 이 사건으로 돌아와 살펴보건대, 앞서 살펴본 인정사실 및 인정근거에 쌍방이 제출한 증거들과 변론 전체의 취지를 더하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들을 종합하여 보면, 원고가 제출한 증거만으로는 원고가 이 사건 토지를 8년 이상 직접 경작한 사실을 인정하기에 부족하고, 달리 이를 인정할 만한 증거가 없다.

① 이 사건 토지가 ○○ ○○군에 양도된 시점이 2021. ×. ××.인 사실은 앞서 살펴본 바와 같은바, 그렇다면 조세특례법 제69조 에서 정하는 ‘8년 이상 직접 경작한 사실’이 인정되기 위해서는 원고가 2013. 4.경부터 이 사건 토지에서 직접 경작한 사실이 증명되어야 할 것이다.

② 원고는 이러한 자경사실에 부합하는 듯한 증거로 농지이용 및 경작사실 확인서(갑 제3호증)와 농지원부(갑 제4호증)를 제시하였다. 그러나 이는 그 내용이 자경사실을 뒷받침할 수 있을 정도로 구체적이지 않을 뿐 아니라, 원고는 2007. 3.경 ○○시에 소재한 ○○대학교에 입학하여 2012. 2.에 졸업한 사실이 있고(을 제2호증), 이후 2013. 6.부터 12.까지 6개월 간 ○○ ○○구에 소재한 ‘주식회사 ◆◆’에서, 2014. 1.부터 6.까지 ○○ ○○군에 소재한 주식회사 ▲▲‘에서 각각 근무한 사실이 있는바(을 제3호증), 위 각 학교와 직장의 위치 등을 고려했을 때 이는 위 갑 제3, 4호증의 증거가치와 신빙성을 흔들기에 충분한 사정이고, 실제로 이 사건 토지의 2014. 2.경의 사진을 살펴보면 그 무렵까지 나대지 내지는 주차장으로 사용된 것으로 보일 뿐 경작의 흔적이 보이지 않는다(을 제8호증 아래 부분의 2014년 2월 사진 영상 참조).

③ 다만 2017년경 무렵부터는 원고의 모친 신BB가 이 사건 토지에서 고구마 농작을 한 것은 사실로 보이고(증인 남CC의 증언. 또한 을 제8호증 항공사진의 영상을 살펴보면, 2017년의 사진은 정확하지 않으나, 적어도 2018년에는 이 사건 토지가 농지로 개간되어 있는 것으로 보임), 이 과정에서 원고가 신BB 등이 캔 고구마를 나르는 작업을 일부 한 사실도 있는 것으로 보인다(증인 남CC에 대한 증언녹취서 참조).

④ 그러나 이것도 연간 수일 정도를 신BB가 주도하는 고구마 경작을 도와주었다는 정도에 그치고 있어 ’농작물의 경작 또는 다년생 식물의 재배에 상시 종사‘하였다거나,’농작업의 2분의 1 이상을 자기의 노동력에 의하여 경작 또는 재배한 경우‘에 해당한다고 보기는 힘들고, 설령 2017년경부터 자경한 사실이 인정된다고 가정하더라도 이 사건 토지가 양도된 2021년에 이르기까지는 조세특례법 제69조 제1항 이 요구하는 자경기간인 8년에는 미치지 못한다. 따라서 원고의 청구는 받아들일 수 없다

그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.