일시적 2주택자의 비과세 보유기간 기산일 적용시점

사 건 2022구합1620 경정청구기각 처분 취소 원 고 AAA 피 고 KK세무서장 변 론 종 결

2022. 9. 29. 판 결 선 고

2022. 10. 20.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청 구 취 지 피고가 20**. . . 원고에 대하여 한 경정청구기각 처분을 취소한다.

• 가. 원고는 20. *. . 자신이 소유하고 있던 00시 00동 000-0 대 260.8㎡(이하 ‘이 사건 토지’라 한다) 지상에 4층 규모의 건물을 신축하고 소유권보존등기를 마쳤다(이하 이 사건 토지와 통칭하여 ‘이 사건 건물’이라 한다).
• 나. 원고는 20. *. . 00시 00동 000 000000파크 제110동 제805호에 대한 소유권이전등기를 마쳤다(이하 ‘이 사건 아파트’라 한다).
• 다. 원고의 배우자 문○선은 20. . . 00시 00동 0-00 0000000 제2차 제506동 제1704호에 대한 분양권(이하 ‘이 사건 분양권’이라 하고, 이 사건 건물 및 아파트와 통칭하는 경우 ‘이 사건 각 주택’이라 한다)을 취득하는 계약을 체결한 후, 20. . . 원고의 동생 조○민에게 이를 증여하는 계약을 체결하였다.
• 라. 원고는 이○완에게 이 사건 건물을 8억 9,000만 원에 매도하고 20. . **. 그 소유권이전등기를 마쳐주었다.
• 마. 이 사건 건물의 양도소득과 관련하여, 원고는 피고에게 20. . . 일반세율을 적용하여 양도소득세를 00,000,000원으로 계산한 양도소득세과세표준 신고 및 납부 계산서를 제출하였다가(이하 ‘이 사건 신고’라 한다), 20. *. **. 비과세대상(1세대 1주택)에 해당한다고 주장하며 이에 관한 경정청구를 하였다.
• 바. 피고는 20**. . . ‘이 사건 분양권의 처분일로부터 2년 내에 이 사건 건물을 처분함으로써 2년 이상 보유요건이 충족되지 아니하여 비과세대상(1세대 일시적 2주택)에 해당하지 아니한다’는 사유로 원고의 경정청구를 기각하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).
• 사. 원고 세대가 이 사건 각 주택을 보유한 기간을 정리하면 다음과 같다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 9호증, 을 제1호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

원고가 20. . . 이 사건 건물을 취득한 후 1년 이상 지난 20. . . 이 사건 아파트를 취득하였고, 이 사건 아파트 취득일로부터 3년 이내인 20. . **. 이 사건 건물을 처분하였으며, 그 처분 당시 이 사건 건물을 2년 이상 보유함으로써, 이 사건 건물의 양도소득에 대하여 1세대 일시적 2주택에 따른 비과세 요건을 충족하였다. 그런데 피고가 1세대 일시적 2주택 양도소득의 비과세 요건 중 보유기간 산정을 위한 기산점(이하 ‘보유기산점’이라 한다)에 대한 기획재정부의 잘못된 해석에 따라 이 사건 건물의 보유기간을 이 사건 건물의 취득일이 아닌 이 사건 분양권의 처분일로부터 산정하여 이 사건 처분을 한 것은 위법하다.

별지 기재와 같다.

• 가. 열거주의를 채택한 소득세법은 모든 양도소득금액에 대하여 과세하면서(소득세법 제4조 제1항 제3호 참조), 다음과 같은 유형에 한하여 비과세하는 것으로 규정하고 있다. 1)

① 유형: 1세대가 처분일 현재 국내에 1주택만 보유하고 있고 그 보유기간이 2년 이상인 경우 2)

② 유형: 1세대가 기존주택의 처분 전 신규주택을 취득하여 일시적으로 2주택을 보유하게 되었다고 하더라도, 기존주택 취득일로부터 1년 이상 지난 후 신규주택을 취득 하였고, 신규주택 취득일로부터 3년 이내에 기존주택을 처분하였으며, 그 처분 당시 기존주택의 보유기간이 2년 이상인 경우) 3)

③ 유형: 2주택 이상을 보유한 1세대가 1주택을 제외한 모든 주택을 처분 4) 하여 1주택 보유자가 된 후 1주택을 처분하였을 당시, 1주택 보유자가 된 시점으로부터 산정한 보유기간이 2년 이상인 경우 5)

④ 유형: 2주택 이상을 보유한 1세대가 1주택(기존주택)을 제외한 모든 주택을 처분 6) 한 후 신규주택을 취득하여 2주택을 보유하게 되었다고 하더라도, 기존주택 취득일로부터 1년 이상 지난 후 신규주택을 취득하였고, 신규주택 취득일로부터 3년 이내에 기존주택을 처분하였으며, 그 처분 당시 2주택 보유자가 된 시점으로부터 산정한 기존주택의 보유기간이 2년 이상인 경우 7)

• 나. 위 ①②③④유형 중 다주택자에 대한 양도소득 비과세 규정인 ③유형과 ④유형을 살펴보면, ③유형의 경우는 1주택 처분 시점을 기준으로 보면 외형상 ①유형과 동일하고, ④유형의 경우는 기존주택 처분 시점을 기준으로 보면 외형상 ②유형과 동일함에도, 그 보유기산점은 1주택 취득시점인 ①유형이나 기존주택 취득시점인 ②유형과 달리, 다른 주택의 처분으로 1주택 보유자가 된 시점(③유형의 경우)과 신규주택의 취득으로 2주택 보유자가 된 시점(④유형의 경우)으로 늦추고 있는 바, 구 소득세법 시행령은 다주택자에 대한 양도소득 비과세 적용 요건을 강화하는 방향으로 개정되었음을 알 수 있다. 8)
• 다. 이 사건의 경우 원고가 3주택을 보유한 1세대로서 보유하고 있던 3주택 중 1주택(이 사건 분양권)만을 처분하여 2주택 소유자가 된 후 기존주택(이 사건 건물)을 처분한 것이어서, 위 ①②③④유형 중 어느 유형에도 해당하지 아니하나, 다음과 같은 이유에서 이 사건 건물의 보유기산점은 원고 세대가 이 사건 분양권을 처분함으로써 2주택 보유자가 된 시점이라고 봄이 타당하다.

1. 3주택을 보유한 1세대인 원고가 이 사건 분양권을 처분한 후 2주택 보유 상태에서 이 사건 건물을 처분하였다는 점에서, 2주택 이상을 보유한 1세대가 일부 주택을 처분한 후 2주택 보유 상태에서 기존주택을 처분하는 경우인 ④유형과 외관상 유사한데, ④유형의 경우 보유기산점은 2주택 보유자가 된 시점이다.

2. 위 나항에서 살펴본 바와 같이, 구 소득세법 시행령 제154조 제5항 은 단서를 신설함으로써 다주택자에 대한 양도소득 비과세 적용 요건을 강화하는 방향으로 개정되었다.

3. 기존주택 처분에 따른 양도소득이 비과세되기 위한 보유기산점을, 처음부터 2주택만 보유하고 있던 경우나 3주택 이상 보유자가 일부 주택만을 처분하여 2주택만 보유하게 된 경우 모두 기존주택의 취득일로 인정하여 양자를 동일하게 취급하는 것은, 1세대가 보유한 주택수에 따라 양도소득세를 달리 부과하는 관련 법령의 체계에 반하는 것이다.

4. 3주택 보유자가 2주택을 처분하여 1주택 보유자가 된 경우 1주택의 보유기산점은 그 취득시점이 아니라 이후 1주택 보유자가 된 시점임은 명확한데(③유형), 이 사건과 같이 3주택 보유자가 1주택만을 처분하여 2주택 보유자가 된 경우에는 기존주택의 보유기산점을 그 취득시점으로 인정한다면, 1주택만 처분한 3주택 보유자가 2주택을 처분한 3주택 보유자에 비하여 오히려 유리해지는 불합리한 결과가 발생하게 된다.

5. 소득세법이 1세대 일시적 2주택의 경우에도 양도소득에 대한 비과세가 가능하도록 규정한 것은, 상속·부양·혼인 등의 다양한 사유로 1세대 2주택이 될 수밖에 없는 상황이 발생하는 현실을 반영하여 1세대 1주택에 대한 예외를 규정한 것이므로 9) 엄격한 요건 하에서만 이를 인정함이 타당하다. 그런데 이 사건에서 원고의 주장과 같이 기존주택의 보유기산점을 3주택 중 1주택을 처분한 시점이 아니라 기존주택의 취득시점으로 보게 될 경우, 2주택 보유자의 기존주택이 1세대 일시적 2주택에 해당하지 아니하여 그 양도소득에 대하여 과세되는 상황에서 1주택을 추가로 취득함으로써 기존주택의 양도소득을 비과세되도록 악용하는 것이 가능하다. 예컨대, 아래 <그림 1>과 같은 상황에서 제1주택의 양도소득은 과세대상인데(제1주택의 처분일이 제2주택의 취득일로부터 3년이 도과하여 제1주택이 1세대 일시적 2주택의 요건을 충족하지 못하였다), 이 경우 소유자는 <그림 2>와 같이 제1주택 처분 직전에 제3주택을 취득하고 제2주택을 처분함으로써 손쉽게 10) 제1주택의 양도소득을 비과세대상으로 전환할 수 있게 된다.

• 라. 따라서 이 사건 건물의 보유기산점은 그 취득일인 2017. 3. 29.이 아니라 이 사건 분양권의 처분일인 20. *. .이라고 봄이 타당하고, 그렇다면 원고는 이 사건 건물을 20. . **. 양도함으로써 양도소득 비과세를 위한 2년 이상 보유기간 요건을 충족하지 못한 것이어서 이 사건 처분은 정당하고, 이와 다른 전제에 선 원고의 주장은 이유 없다.

그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다. 1) 이 사건에 적용되는 법령을 기준으로 기재한 것으로, 이 사건 각 주택이 위치한 군산시가 조정대상지역에 해당하지 아니하여 조정대상지역 내 주택과 관련된 규정은 별도로 언급하지 아니한다. 2) 소득세법 제89조 제1항 제3호 가목, 제95조 제4항, 구 소득세법 시행령(2021. 11. 9. 대통령령 제32104호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 소득세법 시행령’이라 한다) 제154조 제1항, 제5항 본문 참조 3) 소득세법 제89조 제1항 제3호 나목, 제95조 제4항, 구 소득세법 시행령 제154조 제11항, 제155조 제1항 제1호 참조 4) ‘②유형에 해당하지 아니하여 과세대상인 처분’만을 의미한다. 구 소득세법 시행령 제154조 제5항 단서 괄호 부분 전단에서 ‘제155조 등에 따라 일시적으로 2주택에 해당하는 경우 해당 2주택은 제외’하는 것으로 규정하고 있어, ②유형에 해당하여 비과세 되는 처분이라면 위 조항에 따라 보유기간이 재산정되는 것이 아니라 소득세법 제95조 제4항 에 따라 1주택의 취득시점으로부터 보유기간이 산정되기 때문이다. 5) 소득세법 제89조 제1항 제3호 가목, 구 소득세법 시행령 제154조 제1항, 제5항 단서 참조 6) 각주 4 기재와 같은 이유에서 ‘②유형에 해당하지 아니하여 과세대상인 처분’만을 의미한다. 7) 소득세법 제89조 제1항 제3호 나목, 구 소득세법 시행령 제154조 제11항, 제155조 제1항 제1호, 제154조 제1항, 제5항 단서 참조 8)

③ ④유형에 관한 구 소득세법 시행령 제154조 제5항 단서의 내용은 ‘자산의 보유기간을 그 자산의 취득일부터 양도일까지로 한다’는 취지의 같은 항 본문 내용에 추가되어 2021. 1. 1.부터 시행되었다[구 소득세법 시행령(2019. 2. 12. 대통령령 제29523호로 개정되기 전의 것) 제154조 제5항, 구 소득세법 시행령(2020. 2. 11. 대통령령 제30395호로 개정되기 전의 것) 제154조 제5항, 소득세법 시행령 부칙 <제29523호, 2019. 2. 12.> 제1조 제3호 참조]. 9) 관련 규정인 소득세법 시행령 제155조 의 조문명은 ‘1세대1주택의 특례’이다. 10) 일반적으로 계약체결일 이후에 소유권이전등기가 이루어지므로, 2주택 보유자는 제1주택에 대한 처분계약이 체결되어 처분예정일(소유권이전등기일)이 확정된 상태에서 제3주택의 취득 및 제2주택을 처분하는 것이 가능해진다.