이 사건 국세환급가산금의 기산일은 경정청구인의 다은ㅁ 날인 2020. 2. 25.이라고 봄이 상당함

사 건 전주지방법원 2020구합1855 환급가산금 청구 원고, 상고인 유○○ 피고, 피상고인

○○세무서장 원 심 판 결 판 결 선 고 2021.03.25.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청구취지 피고는 원고에게 1,722,690원과 이에 대하여 이 사건 소장 부본 송달일 다음 날부터 다 갚은 날까지 연 12%의 비율로 계산한 돈을 지급하라.

• 가. 원고와 유○○은 2017. 8. 28. 변○○와 사이에, ○○시 ○○동 219-26 대 471㎡및 그 지상 2층 건물(이하 ‘이 사건 건물’이라 하고, 위 토지 및 이 사건 건물을 통틀어 ‘이 사건 부동산’이라 한다)을 8억 4,000만 원(건물분 부가가치세 포함)에 매수하는 계약(이하 ‘이 사건 계약’이라 한다)을 체결하였다. 원고와 유○○은 2017. 9. 1. 이 사건 부동산(각 1/2 지분)에 관한 소유권이전등기를 마치고, 2017. 9. 11.까지 이 사건 부동산에 관한 근저당권설정등기의 피담보채무인 변○○의 대출금채무를 변제하는 등의 방법으로 그 매매대금을 모두 지급하였다.
• 나. 부가가치세법상 사업자인 변○○가 원고와 유○○에게 위와 같이 과세재화인 이 사건 건물을 공급(양도)하였음에도 불구하고 세금계산서를 발급하여 주지 않자, 원고는 2017. 9. 15. ○○세무서장에게 이 사건 건물에 관한 거래사실의 확인을 신청하였다. 그러나 ○○세무서장은 2017. 10. 26. 원고에게 이 사건 계약이 사업 양도에 해당한다는 이유로 거래사실 확인 불가로 통지하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).
• 다. 원고는 ○○지방법원 2018구합1470호로 ○○세무서장을 상대로 하여 이 사건 처분의 취소를 구하는 소를 제기하였고, 위 법원은 2019. 7. 4. 변순희가 원고와 유선택에게 사업 양도를 한 것이 아니라 과세재화인 이 사건 건물을 양도하였다는 이유로 이 사건 처분을 취소하는 판결을 선고하였다(이하 ‘이 사건 선행소송’이라 한다). ○○세무서장은 ○○고등법원 2019누1734호로 위 판결에 대하여 항소하였으나, 항소심 법원은 2020. 1. 29. 정읍세무서장의 항소를 기각하는 판결을 선고하였다. ○○세무서장은 위 판결에 대하여 상고하였으나, 상고심 소송이 진행 중인 2020. 2. 19. 이 사건 처분을 직권으로 취소하고, 원고에게 공급가액 424,108,703원, 부가가치세액 ○○원(이하 ‘이 사건 부가가치세’라 한다), 작성연월일 2017. 8. 31.로 하여 이 사건 건물에 관한 거래사실을 확인하여 통지하였다. 이에 대법원은 2020. 4. 29. 원고의 소가 이미 소멸하고 없는 처분의 취소를 구하는 것이어서 부적법하다는 이유로 원심판결을 파기하고, 제1심 판결을 취소하며, 원고의 소를 각하하는 판결을 선고하였다.
• 라. 원고는 2020. 2. 24. ○○세무서장에게 위 거래사실 확인 통지에 기초하여 국세기본법 제45조의2 에 따라 이 사건 부가가치세를 2017년 제2기 부가가치세의 공제 및 감면세액으로 처리하여 이를 환급세액으로 경정하여 줄 것을 청구하였다. ○○세무서장은 2020. 3. 6. 원고의 청구를 받아들여 ○○원을 환급세액으로 경정하고, 국세환급금통지서에 환급금은 ○○원, 환급가산금은 26,630원(이는 국세기본법 시행령 제43조의3 제1항 제5호 가 적용됨을 전제로 위 경정청구일 다음 날인 2020. 2. 25.을 국세환급가산금 기산일로 하여 산정된 것)으로 각 기재하여 원고에게 송달하였다. 원고는 2020. 3. 11. 위 환급금 및 환급가산금을 모두 수령하였다.
• 마. 한편, 변○○는 피고의 이 사건 처분 취소 후인 2020. 2. 24.자 부가가치세 수정 신고 및 자진납부를 통하여 원고가 부담한 이 사건 부가가치세를 납부하였다. [인정 근거: 갑 제1 내지 4, 6, 16, 17, 18호증, 을 제1 내지 5호증의 각 기재, 변론 전체의 취지]

원고가 2017. 9. 15. ○○세무서장에게 이 사건 건물에 관한 거래사실 확인 신청을 하였으나, ○○세무서장은 위법하게 거래사실 확인 불가 통지를 하였다가 2020. 2. 19.에야 이를 직권 취소하고 원고에게 2017. 8. 31.자로 거래사실 확인 통지를 함으로써, 원고는 위 거래사실 확인 신청 이후 오랜 기간이 지난 2020. 3. 11.에야 이 사건 부가가치세를 환급받을 수 있게 되었다. 그런데 구 국세기본법(2020. 12. 22. 법률 제17650호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제52조 제1항 및 구 국세기본법 시행령(2020. 6. 2. 대통령령 제30724호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제43조의3 제1항 제1호는, 국세 납부 후 그 납부의 기초가 된 신고 또는 부과를 경정하거나 취소함에 따라 발생한 국세환급가산금의 기산일은 국세납부일 다음 날로 규정하고 있을 뿐만 아니라, 과세처분이 판결 또는 직권에 의해 취소된 경우 취소의 효력은 그 취소된 국세 부과처분이 있었을 당시에 소급하여 발생하는 것이다(대법원 2020. 3. 12. 선고 2018다264161 판결 등). 이 사건 부가가치세는 ○○세무서장이 이 사건 선행소송의 최종 확정판결 이전에 이 사건 처분을 직권으로 취소한 후 2017. 8. 31.자로 거래사실 확인 통지를 하고, 이에 기초하여 원고가 경정청구를 하자 ○○세무서장이 이를 받아들여 환급이 이루어진 것이므로, 이 사건 부가가치세의 당초 납부일인 2018. 1. 25.(2017년 제2기 부가가치세 확정신고 기한)의 다음 날을 환급가산금의 기산일로 보아야 한다. 따라서 피고는 원고에게 이 사건 부가가치세에 대하여 2018. 1. 26.부터 계산된 환급가산금 1,722,690원과 이에 대하여 이 사건 소장 부본 송달일 다음 날부터 다 갚는 날까지 소송촉진 등에 관한 특례법이 정한 연 12%의 비율로 계산한 지연손해금을 지급하여야 한다.

별지 기재와 같다.

• 가. 구 국세기본법 제51조 제1항 은 “세무서장은 납세의무자가 국세 및 체납처분비로서 납부한 금액 중 잘못 납부하거나 초과하여 납부한 금액이 있거나 세법에 따라 환급하여야 할 환급세액(세법에 따라 환급세액에서 공제하여야 할 세액이 있을 때에는 공제한 후에 남은 금액을 말한다)이 있을 때에는 즉시 그 잘못 납부한 금액, 초과하여 납부한 금액 또는 환급세액을 국세환급금으로 결정하여야 한다”고 규정하고, 구 국세기본법 제52조 제1항 의 위임에 따라 마련된 구 국세기본법 시행령 제43조의3 제1항 제1호 는 “납부 후 그 납부의 기초가 된 신고 또는 부과를 경정(제5호에 해당하는 경우는 제외한다)하거나 취소함에 따라 발생한 국세환급금”의 경우 “국세 납부일”의 다음 날을 국세환급가산금의 기산일로 규정하고 있다. 이러한 규정의 취지와 내용을 살펴보면, 구 국세기본법 시행령 제43조의3 제1항 제1호 에 규정된 “납부의 기초가 된 신고 또는 부과”는 신고납세 방식의 조세신고와 부과과세 방식의 조세부과를 의미하는 것으로 보아야 할 것인데, 이 사건 처분은 이 사건 부가가치세 “납부의 기초가 된 신고 또는 부과”에 해당한다고 볼 수 없다. 따라서 이 사건 처분이 부가가치세 “납부의 기초가 된 신고 또는 부과”에 해당한다거나, 이 사건 처분의 직권취소가 부가가치세 “납부의 기초가 된 신고 또는 부과의 취소”에 해당함을 전제로 한 원고의 주장은 이유 없다. 오히려, 구 국세기본법 시행령 제43조의3 제1항 제5호 가 ‘법 제45조의2에 따른 경정의 청구에 따라 납부한 세액 또는 환급한 세액을 경정함으로 인하여 환급하는 경우’ 국세환급가산금의 기산일을 ‘경정청구일 다음 날’로 규정하고 있는바, 앞서 본 바와같이 원고가 구 국세기본법 제45조의2 에 따라 경정청구를 하고, ○○세무서장이 그 경정청구에 따라 환급세액을 경정한 이상, 비록 그러한 경정이 이 사건 처분에 대한 피고의 직권취소 후에 이루어진 거래사실 확인 통지에 기반해서 이루어졌다고 하더라도국세환급가산금의 기산일은 구 국세기본법 시행령 제43조의3 제1항 제5호 에 따라 경정청구일 다음 날인 2020. 2. 25.이라고 봄이 타당하다. 나. 원고는 ‘과세처분이 판결 또는 직권에 의해 취소된 경우에 취소의 효력은 그 취소된 국세 부과처분이 있었을 당시에 소급하여 발생하므로 국세환급금은 납부일에 소급하여 발생한 것으로 보아야 한다’는 취지의 대법원 판례를 원용하고 있으나, 앞서 본 바와 같이, 이 사건 선행소송 과정에서 ○○세무서장이 직권으로 취소한 것은 과세처분이 아니라 거래사실 확인에 관한 이 사건 처분이고, ○○세무서장은 원고에게 이 사건 건물의 거래와 관련하여 부가가치세 부과처분을 한 사실은 물론 이를 취소한 사실이 없으므로, 원고가 원용하는 과세처분의 직권 취소에 관한 위 판결은 구체적 사실관계를 달리하는 이 사건에 그대로 적용될 수 없다. 따라서 원고의 이 부분 주장도 이유없다.
• 다. 나아가 위 각 규정의 문언상 구 국세기본법 시행령 제43조의3 제1항 제1호 의 “국세 납부일”은 ‘납세의무자’가 ‘국세를 납부한 경우 그 납부일’로 봄이 타당한데,부가가치세의 납세의무자를 사업자로(제3조 제1항 제1호), 과세대상을 사업자가 행하는 재화 또는 용역의 공급으로(제4조 제1호), ‘재화의 공급’을 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따라 재화를 인도하거나 양도하는 것으로(제9조 제1항) 각각 규정하고, 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 경우에 재화 또는 용역을 공급받는 자로부터 부가가치세를 징수하여야 한다고(제31조) 규정하고 있는 부가가치세법의 내용에 비추어 보면, 이 사건 건물 거래에 관한 부가가치세 납세의무자는 원고가 아니라 원고와 유○○에게 이 사건 건물을 공급(양도)한 사업자인 변○○로서, 변○○는 2020. 2. 24.경에야 피고에게 원고로부터 징수하였던 부가가치세를 납부하였다. 이에 반하여 원고가 변○○에게 부가가치세액을 포함한 이 사건 건물의 매대대금을 지급하였다고 하여 원고가 피고에게 이 사건 부가가치세를 납부한 것이라고 볼 수는 없다. 따라서 원고가 이 사건 부가가치세의 납세의무자로서 그 금액을 피고에게 납부하였음을 전제로 구 국세기본법 시행령 제43조의3 제1항 제1호 가 적용되어야 한다는 원고의 주장도 이유 없다.

그렇다면 이 사건 부가가치세의 환급가산금 기산일을 구 국세기본법 시행령 제43조 의3 제1항 제1호에 따라 정해야 함을 전제로 한 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기 각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.