원고가 대표이사에게 이 사건 전용실시료를 지급한 것은 부당행위계산의 부인대상에 해당함

사 건 2020구합1084 법인세 등 취소 원 고 AAA 피 고 BB세무서장 변 론 종 결

2021. 07. 22 판 결 선 고

2021. 11. 25

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청 구 취 지 피고가 2019. 6. 3. 원고에 대하여 한 2015년 사업연도 귀속 법인세 207,662,400원의 부과처분, 2016 사업연도 귀속 법인세 169,878,790원의 부과처분, 소득자를 AAA 소득금액을 2015년 귀속 1,920,000,000원, 2016년 귀속 637,000,000원으로 하는 각 소득금액 변동통지를 모두 취소한다.

• 가. 원고는 2007. 6. 4. 폐기물 처리업, 폐기물 재활용 신고업 등을 영위할 목적으로 설립된 법인이고, AAA는 2008. 1. 24.부터 현재까지 원고의 대표이사로 재직하고 있 는 사람이다.
• 나. AAA는 2008. 3.경부터 2012. 2.경까지 아래 표 기재와 같이 특허(이하 ‘이 사건 특허’라고 한다)를 출원등록하였다.
• 다. 원고와 AAA 사이에는 2012. 3. 2.자 및 2015. 6. 30.자로 이 사건 특허에 관한 전용실시권 및 기술이전계약서가 작성되었는데(이하 위 각 계약을 합하여 ‘이 사건 전 용실시계약’이라 한다), 원고는 2015, 2016 각 사업연도 귀속 법인세를 신고하면서 2012년부터 2016년까지 AAA에게 이 사건 전용실시계약에 따른 경상실시료를 직무발 명보상금으로 지급하였음을 전제로, 2012년부터 2014년까지의 지급분 1,200,000,000원 은 2015 사업연도 이익잉여금처분계산서에 전기오류수정 손실로 계상하고, 2015년 지 급분 720,000,000원 및 2016년 지급분 637,000,000원은 각 해당 사업연도의 손금에 산 입하였다(이하 위와 같이 직무발명보상금 명목으로 지급된 합계 2,557,000,000원을 ’이 사건 전용실시료‘라고 한다).
• 라. 전주세무서장은 2019. 3. 20.부터 2019. 4. 22.까지 원고에 대하여 2015, 2016 각 사업연도 귀속 법인세에 대한 세무조사(이하 ’이 사건 세무조사‘라 한다)를 실시하였다.
• 마. 이 사건 세무조사 결과에 따라 피고는 2019. 6. 3. 이 사건 전용실시료가 구 법 인세법(2018. 12. 24. 법률 제16008호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제52조에서 정한 부당행위계산의 부인 대상에 해당한다는 이유로, 원고에 대하여 2015 사업연도 귀속 법인세 207,662,400원2)의 부과처분, 2016 사업연도 귀속 법인세 169,878,790원3)의 부과처분 및 이 사건 전용실시료를 소득자 AAA에 대한 상여로 처분한다는 내용의 소득금액 변동통지를 하였다(이하 위 각 처분을 합하여 ‘이 사건 각 처분’이라고 한다).
• 바. 원고는 2019. 9. 9. 이 사건 각 처분의 취소를 구하는 조세심판청구를 하였는데, 조세심판원은 2020. 3. 27. 원고의 위 조세심판청구를 기각하였고, 원고는 2020. 5. 18.이 사건 각 처분의 취소를 구하는 이 사건 소를 제기하였다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 4호증, 을 제1, 7호증(가지번호 있는 것은 각 가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 피고는 2017. 10.경 원고에 대하여 세무조사를 실시하였는바, 전주세무서장이

2019. 3. 20.부터 2019. 4. 22.까지 원고에 대하여 다시 이 사건 세무조사를 실시한 것은 국세기본법 제81조의4 에서 금지하고 있는 중복세무조사에 해당하므로, 그 결과에 따라 이루어진 이 사건 각 처분은 위법하다.

• 나. 이 사건 특허는 원고가 영위하는 사업에 활용되어 매출에 기여하였으므로, 원고 가 AAA에게 지급한 이 사건 전용실시료는 관계 법령이 정한 절차에 따라 정당하게 산정된 직무발명보상금에 해당한다. 따라서 이 사건 전용실시료가 부당행위계산의 부 인 대상에 해당함을 전제로 하여 이루어진 이 사건 각 처분은 그 처분사유가 부존재하 여 위법하다.

별지 관계 법령 기재와 같다.

4. 이 사건 세무조사가 중복세무조사에 해당하는지 여부에 관한 판단

• 가. 관련 법리 세무조사는 국가의 과세권을 실현하기 위한 행정조사의 일종으로서 국세의 과세표 준과 세액을 결정 또는 경정하기 위하여 질문을 하고 장부·서류 그 밖의 물건을 검사·조사하거나 그 제출을 명하는 일체의 행위를 말하며, 부과처분을 위한 과세관청의 질 문조사권이 행하여지는 세무조사의 경우 납세자 또는 그 납세자와 거래가 있다고 인정 되는 자 등(이하 ‘납세자 등’이라 한다)은 세무공무원의 과세자료 수집을 위한 질문에 대답하고 검사를 수인하여야 할 법적 의무를 부담한다. 한편 같은 세목 및 과세기간에 대한 거듭된 세무조사는 납세자의 영업의 자유나 법적 안정성 등을 심각하게 침해할 뿐만 아니라 세무조사권의 남용으로 이어질 우려가 있으므로 조세공평의 원칙에 현저 히 반하는 예외적인 경우를 제외하고는 금지될 필요가 있다. 그러나 과세자료의 수집 또는 신고내용의 정확성 검증 등을 위한 과세관청의 모든 조사행위가 재조사가 금지되 는 세무조사에 해당한다고 볼 경우에는 과세관청으로서는 단순한 사실관계의 확인만으 로 충분한 사안에서 언제나 정식의 세무조사에 착수할 수밖에 없고 납세자 등으로서도 불필요하게 정식의 세무조사에 응하여야 하므로, 납세자 등이 대답하거나 수인할 의무 가 없고 납세자의 영업의 자유 등을 침해하거나 세무조사권이 남용될 염려가 없는 조 사행위까지 재조사가 금지되는 ‘세무조사’에 해당한다고 볼 것은 아니다(대법원 2017.

3. 16. 선고 2014두8360 판결 등 참조).

• 나. 구체적 판단 살피건대, 갑 제5호증, 을 제13 내지 15호증의 각 기재에 의하면 광주지방국세청 의 정기업무감사에 따라 피고가 2017. 10. 23.경 원고에게 ‘2015 사업연도 대표자 퇴직급 지급내역 및 이익잉여금처분계산서 중 전기오류수정손실 –2,196백만 원에 대한 근거 등’에 대한 해명요구서를 보낸 사실, 이에 따라 원고가 피고에게 그에 대한 소명자료로 ‘2015년도 및 2016년도 계정별 원장, 거래처 원장, 특허 관련 경상기술료 산정 및 지급내역, 대표자(AAA)에 대한 퇴직소득원천징수영수증/지급명세서’를 제출한 사실은 인정된다. 그러나 앞서 든 증거에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정, 즉 위 해명요구서는 원고의 법인세 신고내역 중 불분명하거나 미비한 점에 대한 보완을 요청한 것에 불과 한 점, 위 해명요구서에 따라 원고는 회계처리 과정에서 생성되어 보관하던 문서를 정 리하여 피고에게 소명자료로 제출한 점, 과세관청이 원고 또는 관계자를 직접 대면하 거나 접촉하여 질문하는 등의 조사를 한 것으로 보이지는 않아 이로써 원고의 영업의 자유 등이 침해되었다거나 침해될 우려가 있었다고 보기는 어려운 점 등에 비추어 보 면, 앞서 인정한 사실만으로는 피고가 원고에게 위와 같은 해명요구서를 보낸 것이 세 무조사의 실질을 가진다고 보기에 부족하고, 달리 이를 인정할 만한 증거가 없다. 따라서 위 해명요구 이후에 이루어진 이 사건 세무조사가 국세기본법 제81조의4 에 서 금지하는 중복세무조사에 해당한다는 취지의 원고 주장은 이유 없다.

5. 부당행위계산의 부인 대상에 해당하는지 여부에 관한 판단

• 가. 관련 법리 구 법인세법 제52조 에 정한 부당행위계산의 부인이란 법인이 특수관계에 있는 자 와의 거래에 있어 정상적인 경제인의 합리적인 방법에 의하지 아니하고 구 법인세법 시행령(2018. 2. 13. 대통령령 제28640호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제88조 제1항 각 호에 열거된 여러 거래형태를 빙자하여 남용함으로써 조세부담을 부당하게 회피하거나 경감시켰다고 하는 경우에 과세권자가 이를 부인하고 법령에 정하는 방법에 의하여 객관적이고 타당하다고 보이는 소득이 있는 것으로 의제하는 제도로서, 경제인의 입장에서 볼 때 부자연스럽고 불합리한 행위계산을 함으로 인하여 경제적 합리성을 무시하였다고 인정되는 경우에 한하여 적용되는 것이고, 경제적 합리성의 유무에 대한 판단은 거래행위의 여러 사정을 구체적으로 고려하여 과연 그 거래행위가 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성을 결한 비정상적인 것인지의 여부에 따라 판단하되, 비특수관계자 간의 거래가격, 거래 당시의 특별한 사정 등도 고려하여야 한다 (대법원 2010. 10. 28. 선고 2008두15541 판결 등 참조). 그리고 구 법인세법 시행령 제88조 제1항 제2호에서 정한 ‘무수익자산’이라 함은 법인의 수익파생에 공헌하지 못 하거나 법인의 수익과 관련이 없는 자산으로서 장래에도 그 자산의 운용으로 수익을 얻을 가망성이 희박한 자산을 말한다(대법원 2000. 11. 10. 선고 98두12055 판결 등 참조).
• 나. 이 사건 전용실시료 중 2015. 10. 21. 이전 지급분에 대한 판단 종업원, 법인의 임원 등이 직무발명에 대하여 특허등을 받을 수 있는 권리나 특허 권등을 계약이나 근무규정에 따라 사용자등에게 승계하게 하거나 전용실시권을 설정함 으로써 정당한 보상을 받을 권리를 가지는 경우 그 보상액 산정에 있어서는 직무발명 에 의하여 사용자등이 얻을 이익과 그 발명의 완성에 사용자등과 종업원등이 공헌한 정도를 고려하여야 한다(발명진흥법 제15조 제1항, 제6항 참조). 그런데 발명진흥법 제10조 제1항 에 의하면 사용자는 직무발명을 승계하지 않더라도 직무발명이 특허를 받았을 때 그 특허권에 대하여 무상의 통상실시권을 가지므로, 직무발명보상액 산정에 있어 고려할 ‘사용자가 얻을 이익’은 통상실시권을 넘어 직무발명을 독점적․배타적으로 실시할 수 있는 지위를 취득함으로써 얻을 이익을 의미한다(대법원 2017. 1. 25. 선고 2014다220347 판결 등 참조). 그리고 특허법 제101조 제1항 제2호 는 전용실시권의 설정은 등록하여야만 그 효력이 발생한다고 규정하고 있다. 살피건대, 을 제1호증의 기재에 의하면, 2015. 10. 21. 이 사건 특허에 관한 특허 등록원부에 원고 명의의 전용실시권이 등록된 사실이 인정되는바, 위 인정사실에 의하 면 이 사건 특허에 관한 원고의 전용실시권의 효력이 발생한 2015. 10. 21. 이전에는 원고가 무상의 통상실시권을 넘어 직무발명을 독점적․배타적으로 실시할 수 있는 지 위를 가지고 있었다고 볼 수 없으므로, 이 사건 전용실시료 중 2015. 10. 21. 이전에 지급된 부분은 원고의 수익과 관련이 없는 자산에 대한 비용을 부담한 경우에 해당하 여 부당행위계산의 부인 대상에 해당한다고 봄이 상당하다.
• 다. 이 사건 전용실시료 중 2015. 10. 21. 이후 지급분에 대한 판단

2015. 10. 21. 원고 명의의 전용실시권이 이 사건 특허에 관한 특허등록원부에 등 록된 사실은 앞서 본 바와 같으나, 갑 제3, 4, 12, 15, 16호증, 을 제2 내지 6, 8 내지 12, 17호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음과 같은 사정에 비추어 보면, 이 사건 전용실시료 중 2015. 10. 21. 이후에 지급된 부분 역시 무수익자산에 대한 비용을 부담한 행위로서 부당행위계산의 부인 대상에 해당한다고 봄이 상당하다.

1. 이 사건 전용실시계약은 원고가 AAA에게 원고 법인 매출액의 3.0% 내지 4.3%라는 상당한 고액의 경상실시료를 지급하는 것을 내용으로 하고 있고, 이에 따라 원고는 AAA에게 이 사건 전용실시료 명목으로 합계 2,557,000,000원 상당의 금원을 지급하였다.

2. 다음과 같은 사정을 고려해 볼 때 원고는 2015. 10. 21. 이 사건 특허에 관한 특허등록원부에 원고 명의의 전용실시권을 등록하고, 이 사건 전용실시계약서 등 관련 서류를 소급하여 작성한 다음, AAA에게 전용실시료 명목으로 합계 2,557,000,000원 을 지급한 것으로 보이는바, 이에 의하면 원고 명의의 전용실시권 등록은 원고의 영업 및 수익창출을 염두에 두고 이루어진 것이 아니라 이와 무관하게 AAA에게 지급한 2,557,000,000원을 손금에 산입시킬 의도로 이루어진 것으로 봄이 상당하다.

○ 원고는 직무발명보상규정, 직무발명보상금 산정기준 세칙, 이사회 회의록 등 을 제출하면서 위 각 문서들이 2012. 1.경 작성되었다고 주장하였는데, 위 각 문서에는 2013. 12.경 특허청에서 발간한 ‘개정 직무발명보상제도 해설 및 편람’에서 사용된 용어들이 반영되어 있어 위 각 문서는 소급하여 작성되었다고 보는 것이 타당하다.

○ 원고의 재무 담당 이사 BBB은 이 사건 세무조사 과정에서 자신이 원고 법 인의 직무발명보상제도를 도입한 실무자였다고 진술하면서도 이사회 회의록 등 관련 서류의 작성일시, 경위 등에 관하여 기억이 나지 않는다는 취지로 진술하였다.

○ AAA는 2008. 3.경부터 2012. 2.경까지 이 사건 특허를 출원․등록하였고, 원고 명의의 전용실시권 등록은 2015. 10. 21.경 이루어졌는데, 위와 같이 소급 작성된 각 문서를 제외하고는 그 사이에 이 사건 전용실시계약 체결 및 이 사건 전용실시료 지급에 관한 논의나 검토가 있었다고 볼 만한 정황이 확인되지 아니한다.

3. 이 사건 특허는 하수처리오니를 고화처리하여 폐석산을 복구하는 채움재로 사 용하는 고화물 및 그 제조 방법 등을 주된 내용으로 하고 있다. 그런데 원고가 폐기물 처리업을 영위하는 과정에서 발급한 세금계산서 내역을 살펴보면, 원고의 매출은 폐기 물인 하수처리오니를 처리하는 과정에서 발생하고 있을 뿐이고, 하수처리오니를 재활 용하여 폐석산을 복구하는 고화물의 제조 등을 통하여 발생하고 있는 것은 아니므로, 이 사건 특허가 원고의 매출 및 수익창출에 기여하였다거나 이와 관련이 있다고 볼 수 는 없다. 이에 대하여 원고는 하수처리오니 처리 과정에서 이 사건 특허가 활용되고 있다는 취지로 주장하나, 이는 앞서 본 이 사건 특허의 주된 내용과 상충되는 것으로 받아들일 수 없다.

4. 폐기물관리법이 2010. 7. 23. 법률 제10389호로 개정됨에 따라 경량골재의 원료 또는 폐기물 매립시설의 복토재로 사용하는 경우가 아닌 이상, 구체적인 기준 및 방법을 정한 환경부장관의 고시가 있어야만 하수처리오니와 같은 유기성오니를 이용한 고화처리물의 재활용이 가능하게 되었다. 이에 따라 원고가 이 사건 특허를 활용하여 하수처리오니를 폐석산 복구를 위한 채움재로 사용하기 위해서는 위와 같은 내용의 환 경부장관 고시가 마련되었어야 하는데, 2016년에도 위와 같은 고시는 제정되지 아니한 상황이었다. 원고가 2015년경부터 환경부 담당부서와 이 사건 특허를 활용한 시범사업 실시에 관한 논의를 하였던 것으로 보이기는 하지만, 폐석산 복구를 위한 채움재로 하 수처리오니가 사용되는 경우 시간이 경과됨에 따라 빗물 등에 접촉하여 분해되거나 부 패 등으로 유기물질이 용출되어 지하수가 오염되는 등 2차 환경오염에 노출될 가능성 이 우려됨에도 이 사건 특허에 위와 같은 2차 환경오염을 방지하는 기술까지 포함되어 있지는 않았고, 결국 환경부는 2017. 4.경 원고에게 이 사건 특허를 활용한 시범사업 자체를 종료한다는 취지로 통보하였던 것으로 보인다. 따라서 원고가 AAA에게 이 사건 전용실시료 명목의 금원을 지급할 당시 원고가 이 사건 특허를 이용하여 수익을 창출할 가능성은 매우 불투명하거나 희박하였던 것으로 보인다.

5. 한편 사용자가 제조·판매하고 있는 제품이 직무발명의 권리범위에 포함되지 않 더라도 그것이 직무발명 실시제품의 수요를 대체할 수 있는 제품으로서 사용자가 직무 발명에 대한 특허권에 기해 경쟁회사로 하여금 직무발명을 실시할 수 없게 함으로써 매출이 증가하였다면, 그로 인한 이익을 직무발명에 의한 사용자의 이익으로 평가할 수 있으나(대법원 2011. 7. 28. 선고 2009다75178 판결 참조), 원고가 이 사건 특허에 관한 배타적․독점적 권리를 취득함으로써 다른 경쟁업체의 영업활동에 상당한 제약이 초래되었고, 그로 인하여 원고의 매출이 증가하였다고 볼 만한 정황이 전혀 확인되지 아니하므로, 위와 같은 법리를 들어 이 사건 전용실시료를 손금에 산입한 것이 정당하다고 평가할 수는 없어 보인다.

6. 원고는 MIXING PLANT 설치공사를 발주하는 등 이 사건 특허를 활용하기 위 한 시설을 갖추기도 하였으므로 이 사건 전용실시료는 정당하게 지급된 것이라는 취지 로 주장하나, 이 사건 특허가 직무발명에 해당하는 이상 원고로서는 이에 대한 무상의 통상실시권을 가지고 있었다고 할 것이므로, 원고가 주장하는 사정을 고려한다고 하더 라도 원고가 AAA에게 이 사건 전용실시료를 지급하고 이를 손금에 산입한 것이 정 당하다고 볼 수는 없다.

• 라. 소결 따라서 원고가 AAA에게 이 사건 전용실시료를 지급한 것이 구 법인세법 제52조 에서 정한 부당행위계산의 부인 대상에 해당한다는 전제 하에 이루어진 이 사건 각 처 분은 적법하므로, 이와 다른 전제에 서 있는 원고의 주장은 받아들일 수 없다.

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 모두 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.