토지 양도 후 건물을 임차하여 사용하다 지상건물을 철거한 경우 매입세액 공제가 허용됨.

사 건 2019구합2043 부가가치세 환급거부처분 등 취소청구 원 고 OO주식회사 피 고 OO세무서장 변 론 종 결

2021. 1. 14 판 결 선 고

2021. 2. 18.

1. 피고가 2018. 11. 28. 원고에게 한, 2017년 제2기 부가가치세 000,000,000원의 환급거부처분 및 그 가산세 00,000,000원의 부과처분, 2018년 제1기 부가가치세000,000,000원의 환급거부처분 및 그 가산세 00,000,000원의 부과처분을 모두 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다. 청 구 취 지 주문과 같다

• 가. 원고는 화학제품 등의 제조 및 판매업 등을 목적으로 19OO. O. OO. 설립된 주 식회사이다.
• 나. 원고는 OO OOO구 OO동 5OO-OO 공장용지 OO,OOO㎡ 외 7필지(이하 '이 사건 각 토지'라 한다) 지상 여러 공장 등 건물(이하 '이 사건 각 건물'이라 한다)에서 화학제품 등을 생산하여 왔다.
• 다. 원고는 2015. O. O. 주식회사 AAAA(이하 ‘AAAA’라 한다)와 사이에, 이 사건 각 토지(이 사건 각 건물은 매매목적물이 아님)를 52,000,000,000원에 매도하는 계약(이하 “이 사건 매매계약”이라고 합니다)을 체결하였는데, 이 사건 매매계약의 주요 내용은 다음과 같다.
• 라. 원고는 2016. O. O. AAAA로부터 이 사건 각 토지의 매매대금을 모두 지급받은 후 AAAA 앞으로 이 사건 각 토지에 관한 소유권이전등기를 마쳐주었다. 원고는 2016. O. O. AAAA와 사이에 이 사건 매매계약에서 정한 바와 같이 이 사건 각 토지에 관한 임대차계약을 체결하였고, 그 이후에도 이 사건 각 건물을 사용하며 이전과 같이 화학제품 등 제품을 생산하였다.
• 마. 원고와 AAAA는 2017. O. O. 위 임대차계약의 내용 일부를 변경하는 계약을 체결하였는데, 그 주요 내용은 다음과 같다.
• 바. 원고는 2017. O. O. BBBB과 업무협약(이하 ‘이 사건 업무협약’이라 한다)을 체결하였는데, 그 주요 내용은 다음과 같다.
• 사. 원고는 2017. O. O. 이 사건 업무협약에 따라 BBBB에게 O00,000,000원 (그 중 부가가치세액은 00,000,000원)을 지급하고, 2018. O. O. OOO,000,000원(그 중 부가가치세액은 O,000,000원)을 지급하여 합계 OOO,000,000원(그 중 부가가치세액은 000,000원)의 이 사건 각 건물 철거 등 용역대금(이하 ‘이 사건 용역대금’이 라 한다)을 지급하였다.
• 아. 원고는 2017. OO. OO. 피고에게 2017년 제2기 부가가치세와 관련하여 매입세액(BBBB으로부터 수취한 2017. O. OO.자 세금계산서의 매입세액 00,000,000원 포함)이 매출세액을 초과한 금액 OOOO원을 환급세액(매출세액을 초과하는 부분의 매입세액, 부가가치세법 제37조 제2항 참조)으로 신고하였고, 2018. O. OO. 피고에게 2018년 제1기 부가가치세와 관련하여 매입세액(BBBB으로부터 수취한 2018. O. O.자 세금계산서의 매입세액 OO,000,000원 포함)이 매출세액을 초과한 금액 OOOO원을 환급세액으로 신고하였다. 이로써 원고는 위와 같이 부가가치세 환급세액을 신고하면서 이 사건 용역대금과 관련된 부가가치세(O00,000,000원 및 OOOO원)를 매입세액으로 공제하였다.
• 자. 그런데 피고는 2018. O. O. 원고에게 위 각 세금계산서의 매입세액(이하 ‘이 사건 매입세액’이라 한다)을 매출세액에서 공제되지 않는 매입세액으로 보아 2017년 제2기 부가가치세 환급신고세액 OOOO원에서 2017. O. O.자 세금계산서의 매입세액 OOOO원 및 그 초과환급신고 가산세 OOO원을 공제한 나머지 금액인 OOO원을 환급금으로, 2018년 제1기 부가가치세 환급신고세액 OOO원에서 2018. O. O.자 세금계산서의 매입세액 OOO원 및 그 초과환급신고 가산세 OOOO원을 공제한 나머지 금액인 OOOO원을 환급금으로 각 통지함으로써 위 세금계산서 매입세액 상당액의 환급거부처분과 위 가산세액 상당의 가산세 부과처분(이하 위 각 처분을 통틀어 ‘이 사건 처분’이라고 한다. 이 사건 처분은 위 각 환급거부처분과 위 각 가산세 부과처분이 혼합된 것이다1))을 하였다.
• 차. 원고는 2019. O. O. 조세심판원에 이 사건 용역대금에 포함된 부가가치세가 매입세액 공제대상임에도 피고가 이를 인정하지 않은 것은 위법하다는 이유로 이 사건 처분의 취소를 구하는 심판청구를 하였으나, 조세심판원은 2019. O. O. 원고의 청구를 기각하였다. [인정 근거: 다툼 없는 사실, 갑 제2 내지 9, 11, 18호증(가지번호 있는 것은 각 가지번 호 포함), 을 제1호증의 각 기재, 변론 전체의 취지]

• 가. 피고의 주장 1) 부가가치세법 제39조 제1항 제7호 전단의 ‘면세사업에 관련된 매입세액’은 매출세액에서 공제될 수 없다. 부가가치세법 제26조 제1항 제14호 에 따라 부가가치세가 과세되지 않는 면세 재화인 토지를 양도하는 것은 면세사업에 해당하므로, 그와 관련하여 지출한 매입세액은 불공제 대상인 ‘면세사업에 관련된 매입세액’에 해당한다. 원고는 이 사건 매매계약을 통해 나대지를 필요로 하는 AAAA에게 이 사건 각 토지를 매도하면서 이 사건 각 건물을 철거하여 주기로 하였는바, 원고가 이 사건 각 토지의 양도를 위하여 BBBB에 지급한 이 사건 용역대금 중 이 사건 매입세액은 ‘면세사업에 관련된 매입세액’에 해당하여 이를 매출세액에서 공제할 수 없다. 2) 부가가치세법 제38조 제1항 제1호 에 따라 사업 관련성이 없는 매입세액은 매출세액에서 공제될 수 없다. 원고는 과세사업에 사용하던 이 사건 각 건물에 관하여 AAAA에게 그 소유권이전등기를 마쳐준 이후 이 사건 각 건물을 철거하기 위하여 BBBB에게 이 사건 용역대금을 지급하였는바, 이 사건 각 건물의 철거 당시 그 철거는 더 이상 원고의 과세사업에 공하지 않게 된 이 사건 각 토지를 매수인에게 양도하기 위한 것으로서 원고의 과세사업과 관련이 없다. 따라서 이 사건 용역대금 중 이 사건 매입세액은 원고의 사업과 관련성이 없는 매입세액에 해당하여 이를 매출세액에서 공제할 수 없다. 3) 부가가치세법 제39조 제1항 제7호 후단, 부가가치세법 시행령 제80조 제3호 의 ‘토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액’으로서 ‘토지의 가치를 현실적으로 증가시켜 토지의 취득원가를 구성하는 비용에 관련된 매입세액’은 매출세액에서 공제될 수 없다. 이 사건 각 토지를 소유한 상태에서 이 사건 각 건물을 철거할 경우 이 사건 용역대금은 부가가치세법 제39조 제1항 제7호 후단, 부가가치세법 시행령 제80조 제3호 의 토지조성 등을 위한 자본적 지출에 해당하며, 이 사건 매입세액은 매출세액에서 공제되지 않으나, 원고는 이 사건 매매계약을 통해 이 사건 각 토지에 관한 소유권을 이전한 후 그 토지를 임차한 상태에서 이 사건 각 건물을 철거할 경우 이 사건 매입세액은 매출세액에서 공제가 가능하다고 판단하여 이례적인 거래를 하였다. 원고는 AAAA가 이 사건 각 토지를 온전히 사용할 수 있도록 이 사건 용역대금을 지출하였으며, 이에 따라 이 사건 각 토지의 가치가 상승하였으므로, 원고가 BBBB에 지급한 이 사건 용역대금 중 이 사건 매입세액은 ‘토지의 취득원가를 구성하는 비용에 관련된 매입세액’으로서 매출세액에서 공제될 수 없다고 해석하여야 한다.

4. 따라서 이 사건 각 건물의 철거는 토지 매매계약의 전제조건에 해당하고, 그 철거비용은 토지 양도를 위한 비용인 점, 토지 양도는 부가가치세 면제대상인 점, 이 사건 각 건물의 철거는 원고의 사업에 제공되지 않는 토지를 양도하기 위한 것으로서 원고의 사업과 관련성이 없는 점, 원고는 부가가치세 매입세액 공제 효과를 의도하고 토지 양도 후 임대차계약을 이용하는 이례적인 거래형태를 이용한 점을 고려할 때, 이 사건 매입세액은 매출세액에서 공제되지 않는 매입세액이라고 할 것이므로, 이 사건 처분은 적법하다.

• 나. 원고의 주장

1. 피고는 이 사건 매입세액이 부가가치세법 제39조 제1항 제7호 전단의 ‘면세사업에 관련된 매입세액’이라고 주장하나, 원고는 화학제품의 제조 및 판매업을 영위하는 과세사업자일 뿐, 토지매매업을 영위하는 면세사업자가 아니므로, 이 사건 매입세액은 ‘면세사업에 관련된 매입세액’에 해당하지 아니하여 매출세액에서 공제되어야 한다.

2. 사업자가 공장을 신축하여 이전하면서 종전 공장을 철거한 비용은 당연히 사업자의 생산 활동과 관련한 비용으로 사업 관련성이 있다고 할 것인데, 이 사건에서 토지의 매매계약의 내용으로 이 사건 각 건물의 철거가 정하여졌다는 사정이 있다고 해서 철거의 사업 관련성이 부정될 수는 없다. 원고는 이 사건 각 건물을 철거한 후 OOO 부지에서 다시 공장을 신축하였는데 이 사건 각 건물 철거는 공장 이전을 위해 필요하였고, 이 사건 용역대금은 새로운 공장 이전 및 신축과 관련된 비용으로 원고의 과세사업과 관련성이 있는 것이므로 이 사건 매입세액은 매출세액에서 공제되어야 한다.

3. 피고는 이 사건 매입세액이 부가가치세법 제39조 제1항 제7호 후단, 부가가치세법 시행령 제80조 제3호 의 ‘토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액’으로서 ‘토지의 가치를 현실적으로 증가시켜 토지의 취득원가를 구성하는 비용에 관련된 매입세액’에 해당한다고 주장하나, 원고는 이 사건 각 토지를 매도한 후에도 상당한 기간 계속하여 원고의 사업을 위하여 이 사건 각 건물을 사용한 후 이를 철거하였고, 위 용역대금이 토지의 취득원가를 구성하지도 않았으므로, 이 사건 매입세액은 ‘토지의 취득원가를 구성하는 비용에 관련된 매입세액’으로 볼 수 없다. 나아가 당해 토지의 소유자 아닌 사업자가 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출의 성격을 갖는 비용을 지출한 경우 그에 관련된 매입세액은 특별한 사정이 없는 한 매입세액 불공제대상인 토지 관련 매입세액에 해당하지 않는데, 원고는 이 사건 각 토지에 관하여 AAAA 앞으로 소유권이전등기를 마쳐준 후 이 사건 각 토지의 임차인 지위에서 이 사건 용역대금을 지출하였으므로, 이 사건 매입세액은 ‘토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액’에 해당하지 않는바, 매출세액에서 공제되어야 한다.

4. 따라서 이 사건 매입세액은 매출세액에서 공제되는 매입세액이라고 할 것이므로, 이와 다른 전제에 선 이 사건 처분은 위법하다.

1) 부가가치세법 제39조 제1항 제7호 전단의 ‘면세사업에 관련된 매입세액’에 해당하는지 여부 가) 부가가치세법 제39조 제1항 제7호 전단은 ‘면세사업에 관련된 매입세액’을 매출세액에서 공제하지 않는 매입세액으로 규정하고 있는데, 그 문언 자체에 의하더라도 면세되는 재화 또는 용역 자체를 기준으로 하고 있는 것이 아니라 그 재화 또는 용역을 공급하는 '사업'을 기준으로 하여 정하고 있으므로, 매입세액의 공제 여부는 당해 사업이 면세사업이냐, 과세사업이냐에 달려 있는 것이지 지출한 비용이 면세재화를 위한 것이냐 과세재화를 위한 것이냐에 달려 있지 않다(대법원 1995. 12. 21. 선고 94누1449 전원합의체 판결 참조). 따라서 사업자가 면세재화를 공급하는 것과 면세사업상 재화를 공급한 것을 동일한 것으로는 볼 수 없는바, 결국 원고가 과세사업에 사용하던 이 사건 각 토지를 양도한 것이 면세사업에 해당한다는 피고의 주장은 이유 없다.

• 나) 따라서 이 사건 매입세액이 ‘면세사업에 관련된 매입세액’에 해당함을 전제로 매출세액에서 공제되어서는 안 된다는 피고의 위 주장은 이유 없다. 2) 부가가치세법 제38조 제1항 제1호 의 사업 관련성이 있는 부가가치세액에 해당하는지 여부 가) 부가가치세법 제38조 제1항 은 매출세액에서 공제하는 매입세액에 관하여 ‘자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로’ 공급받은 재화 또는 용역과 수입하는 재화의 수입에 대한 부가가치세액으로 규정함으로써 그 기준을 사업 관련성에 두고 있으며, 제39조 제1항 제4호에서 공제하지 아니하는 매입세액의 하나로 들고 있는 ‘사업과 직접 관련이 없는 지출에 대한 매입세액’은 부가가치세의 원리상 당연히 매출세액에서 공제될 수 없는 경우를 규정하고 있는 것으로 이해된다. 따라서 사업 관련성이 없는 지출에 대한 매입세액은 부가가치세법 제38조, 제39조 제1항 제4호에 의하여 매출세액에서 공제될 수 없다고 할 것이고, 여기에서 사업 관련성의 유무는 지출의 목적과 경위, 사업의 내용 등에 비추어 그 지출이 사업의 수행에 필요한 것이었는지를 살펴 개별적으로 판단하여야 한다(대법원 2012. 7. 26. 선고 2010두12552 판결 등 참조).
• 나) 이 사건에 관하여 보건대, 갑 제4, 5, 6, 13, 14호증, 을 제2호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 다음과 같은 사정을 위와 같은 법리에 비추어 보면, 원고가 이 사건 매매계약을 체결한 것은 원고의 공장을 이전하기 위한 것이었고, 원고가 이 사건 용역대금을 지출한 것 또한 이 사건 매매계약의 이행을 위한 것으로서 공장의 이전 과정에서 이루어진 것이므로, 원고의 사업과 관련성이 있다고 판단된다. 따라서 이 사건 각 건물 철거 당시 이 사건 각 토지를 원고의 사업에 제공하지 않았고 이를 양도하기 위하여 이 사건 용역대금을 지급하였다고 하더라도 그 비용지출은 원고의 사업과 관련성이 있다고 할 것이므로, 이 사건 매입세액이 원고의 사업과 관련성이 없다는 피고의 주장은 이유 없다.

① 원고는 이 사건 각 토지가 OO·OO O블록 도시개발사업구역에 포함될 것으로 예상되어(실제로 2016. O. O. 그 사업구역에 포함되었다) 이 사건 각 건물에 있는 OO 공장을 이전하기로 계획한 후 이 사건 각 토지를 매도하게 되었다.

② 원고는 공장 이전에 따라 신축하는 공장에서 제품 생산이 가능하게 되는 시점을 곧바로 확정지을 수 없었던 상황에서 원고의 사업을 중단 없이 안정적으로 지속하기 위하여 이 사건 각 토지 매도 후에도 이 사건 각 토지를 상당한 기간 동안 임차하여 이 사건 각 건물을 계속 사용할 필요가 있었던 것으로 보인다.

③ 이 사건 매매계약 체결 당시 이 사건 각 토지는 위 도시개발사업의 사업부지로 편입될 것이 예상되고 있었기 때문에 이 사건 각 건물의 철거는 불가피하였고, 결국 이 사건 매매계약의 당사자인 원고 및 AAAA 중 누군가가 이 사건 각 건물을 철거할 의무를 부담하여야 했다.

④ 그런데 공정 효율성을 증진시키기 위한 제조 시설의 배치는 영업비밀에 해당하는 점에 비추어 볼 때, 원고가 이 사건 매매계약 체결 당시 영업비밀 등의 유출을 방지하기 위하여 이 사건 각 건물의 철거 의무를 부담하기로 결정하였을 가능성이 충분하다. 한편, 이 사건 각 토지를 매수하여 주거용지 등으로 개발하려는 AAAA 입장에서도, 이 사건 각 건물이 화학제품을 생산하는 시설이었으므로 토양오염이 존재하는지 여부가 중요한 관심사라고 할 것인바, 이 사건 각 건물의 철거와 토지의 오염에 관한 책임을 매도인인 원고가 부담하도록 할 필요성이 충분하였다고 할 것이다.

⑤ 원고가 AAAA로부터 수령한 이 사건 각 토지의 매매대금은 OO,000,000,000원이라는 막대한 금액인데, 원고의 종전 공장이 있던 이 사건 각 토지의 면적 등에 비추어 보면, 유사한 규모의 공장 부지 구입, 공장 건물 건축 및 생산시설설치 등을 위하여 상당한 자금이 필요한 것으로 보이므로, 결국 이 사건 각 토지의 매매대금은 그와 같은 사업비용으로 지출되었을 것으로 보인다. 3) 부가가치세법 제39조 제1항 제7호 후단, 부가가치세법 시행령 제80조 제3호 의 ‘토지의 취득원가를 구성하는 비용에 관련된 매입세액’ 해당 여부 가) 부가가치세법 제39조 제1항 제7호 후단, 부가가치세법 시행령 제80조 제3호 는 ‘토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액’으로서 ‘토지의 가치를 현실적으로 증가시켜 토지의 취득원가를 구성하는 비용에 관련된 매입세액’을 매출세액에서 공제하지 않는 매입세액으로 규정하고 있다. 그런데 부가가치세법 제38조 제1항 제1호, 제39조 제1항 제7호, 부가가치세법 시행령 제80조 의 내용과 입법 연혁, 토지 관련 매입세액을 불공제하는 취지는 토지가 부가가치세법상 면세재화이어서 그 자체의 공급에 대해서는 매출세액이 발생하지 않으므로 그에 관련된 매입세액도 공제하지 않는 것이 타당하다는 데 있고, 일반적으로 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출은 당해 토지의 양도시 양도차익을 산정하면서 그 취득가액에 가산하는 방법으로 회수되는 점 등에 비추어 보면, 부가가치세법 시행령 제80조 소정의 ‘토지의 조성 등을 위한 자본적 지출’은 토지 소유자인 사업자가 당해 토지의 조성 등을 위하여 한 자본적 지출을 의미한다(대법원 2010. 1. 14. 선고 2007두20744 판결 등 참조). 이 사건에 관하여 살펴보건대, 앞서 본 사실관계에 의하면, 이 사건 각 건물은 원고의 과세사업을 위하여 장기간 사용해 오던 건물이었는데, 원고의 공장을 이전하는 과정에서 토지를 매도하고 건물을 철거하게 된 것이므로 이를 가리켜 그 목적이 토지의 조성 등을 위한 것이라고 단정하기는 어렵고, 또한 이 사건 각 건물의 철거는 이 사건 각 토지의 양도를 위한 매매계약에서 정해진 원고의 철거의무를 이행하기 위한 것이므로 이 사건 용역대금이 토지의 가치를 현실적으로 증가시키는 ‘토지의 취득원가를 구성하는 비용’에 해당한다고 보기 어렵다. 따라서 이러한 사정을 참작해 볼 때, 이 사건 매입세액이 ‘토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액’에 해당한다거나 ‘토지의 가치를 현실적으로 증가시켜 토지의 취득원가를 구성하는 비용에 관련된 매입세액’에 해당한다는 피고의 주장은 이유 없다.

• 나) 그리고 당해 토지의 소유자 아닌 사업자의 경우에는 그가 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출의 성격을 갖는 비용을 지출하더라도 그에 관련된 매입세액은 특별한 사정이 없는 한 부가가치세법 제39조 제1항 제7호, 부가가치세법 시행령 제80조 소정의 매입세액 불공제 대상인 토지 관련 매입세액에 해당하지 않는 것인바(대법원 2010. 1. 14. 선고 2007두20744 판결 등 참조), 이 사건에 관하여 보면, 원고가 2016. O. O. AAAA에게 이 사건 각 토지에 관한 소유권이전등기를 마쳐주고, 그 이후에도 이 사건 각 건물을 사용하며 이전과 같이 화학제품 등 제품을 생산한 사실, 원고는 2017. O. O. 및 2018. O. O. BBBB에게 이 사건 용역대금으로 합계 OO,OO,000,000원(그 중 부가가치세액은 000,000원)을 지급한 사실은 앞서 본 바와 같다. 이러한 사실관계에 의하면, 원고가 이 사건 용역대금을 지출할 당시에는 이 사건 각 토지를 소유하고 있지 않았으므로, 위 법리에 비추어 볼 때, 이 사건 용역대금의 지출은 부가가치세법 제39조 제1항 제7호 후단, 부가가치세법 시행령 제80조 의 ‘토지의 조성 등을 위한 자본적 지출’에 해당한다고 보기 어렵다. 이 점에서도 피고의 이 부분 주장은 이유 없다.

4. 조세회피행위에 대한 처리 부가가치세법 제39조 제1항 은 공제하지 않는 매입세액을 규정하면서 허위 세금계산서에 의한 매입세액 등(제1호, 제2호)과 같이 과세절차의 편의나 조세정책상 공제를 부인하는 경우는 물론이고, 사업과 관련이 없는 지출에 대한 매입세액(제4호), 면세사업관련 매입세액(제7호) 등과 같이 부가가치세의 원리상 당연한 경우도 일일이 열거하고 있는바, 이는 매입세액의 공제 여부가 부가가치세 납부세액을 결정하는 가장 중요한 요소 중의 하나이기 때문에 그 공제 여부를 해석에 맡겨두지 아니하고 이와 같이 제한적·열거적으로 규정한 것으로 보아야 할 것이다. 따라서 사업 관련성이 인정되는 매입세액은 위 규정에서 열거하고 있는 것 외에는 같은 법 제38조 제1항에 따라 모두 공제되어야 하며, 이러한 특별규정이 없다면 조세법률주의 원칙상 그 공제를 부인할 수 없다고 할 것이다(대법원 1995. 12. 21. 선고 94누1449 전원합의체 판결 참조). 이 사건에 관하여 살펴보면, 앞서 본 사정을 고려할 때 이 사건 매매계약이 이례적인 거래라고 볼 수 없고, 설령 피고가 주장하는 바와 같이 원고가 매출세액에서 이 사건 매입세액을 공제받기 위하여 이례적인 거래를 하였다고 하더라도, 이러한 경우를 매입세액 불공제 대상으로 볼 명시적인 규정이 없는 이상 이 사건 매입세액을 매출세액에서 공제되지 않는 매입세액으로 볼 수는 없다.

5. 소결론 따라서 이 사건 매입세액 합계 OOO,000,000원은 원고의 매출세액에서 공제되어야 하는바, 위 금액이 매출세액에서 공제될 수 없는 것임을 전제로 한 이 사건 처분은 모두 위법하다.

그렇다면 원고의 청구는 이유 있어 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.