쟁점토지 분양 관련 손익의 귀속시기 및 쟁점정산금(미확정 충당부채)의 손금 귀속시기

사 건 전주지방법원 2018구합2053 법인세등부과처분취소 원고, 상고인

○○○◯공사 피고, 피상고인

○○세무서장 원 심 판 결 판 결 선 고 2019.8.14.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청구취지 피고가 2016. 11. 25. 원고에 대하여 한 2011 사업연도 법인세 ◯◯원(가산세 포함) 부과처분 및 2012 사업연도 법인세 ◯◯원(가산세 포함)의 부과처분을 모두 취소한다.

• 가. 원고는 1999. 1. 1. 지방공기업법 및 ◯◯◯◯공사 설치조례에 의하여 설립되어 ◯◯도의 토지개발사업 등을 영위하는 법인이다.
• 나. 원고는 2007. 10. 12. ◯◯◯◯주택공사와 사이에 ◯◯ ․ ◯◯혁신도시 개발사업(이하 ‘이 사건 개발사업’이라 한다)을 공동으로 시행하되, 각 시행자가 담당구역 내의 모둔 사업비용을 독립적으로 조달, 집행하고, 이 사건 개발사업에 따른 공동시행자간 손익정산의 방법으로 아래와 같이 각자의 손익비율이 동일하도록 사업비 정산금(이하 ‘쟁점 정산금’이라 한다)을 지급하는 특약(이하 ‘이 사건 특약’이라 한다)을 포함하는 내용의 공동시행협약을 체결하였다. 제6조(사업의 손익정산)

① 동 사업에 따른 공동시행자간 손익정산은 본 협약에서 따로 정하는 경우를 제외하고는 용어정의 및 계산방법은 혁신도시 조성원가의 산정 및 적용방법에 관한 기준 및 공급지침에 따른다.

② 동 사업의 총손익에 대한 정산계산식은 아래와 같다. 전체 손익률(A) = 총 수입(각 시행자별 수입 합계) / 총 비용(각 시행자별 투입비용 합계) 시행자별 손익률(B) = 각 시행자별 총 수입 / 각 시행자별 총 비용 정산금 = [전체 손익률(A) - 시행자별 손익률(B)] × 각 시행자별 총 비용 ※ 정산금 계산결과 (-)는 해당 시행자가 타 시행자에게 지급하여야 할 금액이며, (+)는 해당 시행자가 타 시행자에게 받을 금액임

③ 제2항의 계산식 중 ‘총수입’은 ‘공급지침’에 따라 실제 공급한 가격과 정산시점에서 미공급된 토지의 감정평가금액 또는 공급지침에서 정한 가격의 총 합계액을, ‘총비용’은 ‘원가산정기준’에 따른 총사업비(지구외 기반시설 설치비용 중 공동시행자가 부담한 비용 및 개발부담금을 포함한다)를 말한다.

④ 제2항의 ‘총비용’을 산정함에 있어 직접인건비율, 판매비율, 일반관리비율, 자본비용율, 기타비용율, 용지비 및 조성비 부대비용율 등은 ‘토지공사’의 기준을 따른다.

⑤ 제2항에 의한 손익정산 시기는 동 사업의 사업준공 인가일로부터 6개월 이내로 한다.

• 다. 원고는 아래와 같이 유한회사 ◯◯건설(이하 ‘◯◯건설’이라 한다), ◯◯연수원, ◯◯청(이하 ‘◯◯건설 등’이라 한다)과 사이에 개발사업의 담당구역 중 3곳의 토지(이하 ‘이 사건 쟁점토지’라 한다)에 관한 매매계약을 체결하고, 수분양자인 ◯◯건설 등에게 이 사건 쟁점토지에 대한 사용승낙을 하였다. 매매계약일 수분양자 쟁점토지 사용승낙일

2009. ◯. ◯ ◯◯건설 ◯◯시 ◯◯구 ◯동 7-6

2011. ◯. ◯

2010. ◯. ◯ ◯◯연수원 ◯◯군 ◯◯면 ◯◯리

2011. ◯. ◯

2010. ◯. ◯ ◯◯청 ◯◯군 ◯◯면 ◯◯리

2012. ◯. ◯

• 라. 원고는 2011 ․ 2012 사업연도 중 각 사업 연도별로 공사진행률에 따라 손익을 인식하다가 2013 사업연도 중 이 사건 쟁점토지의 실제 사용승낙이 있는 것으로 보고 나머지 관련된 손익을 익금 및 손금에 산입하면서 이 사건 특약과 관련한 사업비 정산금 추정액을 손금에 포함하여 피고에게 2011 ․ 2013 사업연도 법인세를 신고 ․ 납부하였다.
• 마. ◯◯지방국세청장은 2016. 2. 15.부터 2016. 3. 27.까지 원고에 대한 법인세통합조사를 실시한 결과, 이 사건 쟁점토지와 관련한 손익의 귀속 사업연도는 이 사건 쟁점토지의 사용승낙일이 속한 2011 ․ 2012 사업연도라는 이유로 2013 사업연도의 법인세 신고에 포함된 당초 세무조정을 취소하고 관련 손익을 2011 ․ 2012 사업연도의 익금 및 손금으로 산입하되, 쟁점 정산금 추정액의 경우 조사 당시 미확정된 부채성 충당금이라는 이유로 손금불산입하여야 한다고 보고 다른 조사내역과 함께 법인세를 경정하도록 피고에게 과세자료를 통보하였다.
• 바. 이에 피고는 2016. 11. 25. 원고에게 2011 사업연도 법인 ◯◯원(가산세 포함), 2012 사업연도 법인세 ◯◯원(가산세 포함)을 각각 경정 ․ 고지하였고, 이후 위 법인세 부과처분 중 일부를 직권으로 감액경정하여 원고에 대한 2011 사업연도 법인세 부과액은 ◯◯원(가산세 포함), 2012 사업연도 법인세 부과액은 ◯◯원(가산세 포함)이 되었다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).
• 사. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 조세심판원에 심판청구를 제기하였으나, 조세심판원은 2018. 5. 23. 원고의 청구를 기각하였다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 8호증, 을 제1호증(가지번호 있는 것은 각 가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 원고의 주장 이 사건 처분은 다음과 같이 익금 및 손금 산입의 오류가 있으므로 위법한다.

1. 구 법인세법 시행령(2017. 2. 3. 대통령령 제27828호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 법인세법 시행령’이라 한다) 제68조 제1항 제3호의 ‘사용수익일’은 이 사건 쟁점토지를 독자적으로 사용 ․ 수익할 수 있는 권리가 실질적으로 이전되었는지를 기준으로 판단하여야 하는데, ① 원고가 ◯◯건설 등에게 교부한 사용승낙서에는 토지사용 목적으로 ‘공사 착공 및 시공’이라고 제한적으로 기재되어 있는 점, ② 원고와 ◯◯건설 등과 사이에 체결한 매매계약서 제5조는 부지조성공사로 인해 토지사용에 제한이 발생한다는 점 등이 명시되어 있는 점, ③ 이 사건 쟁점토지에 대한 부지조성공사가 2013년 11월경에 완료된 점 등을 종합하여 보면, ◯◯건설 등은 2013 사업연도 이전에 이 사건 쟁점톶지를 독자적으로 사용․수익할 수 없었다. 그럼에도 구 법인세법 시행령 제68조 제1항 제3호 의 ‘사용수익일’이 2011, 2012 사업연도에 속하여 있음을 전제로 한 이 사건 처분은 위법하여 취소되어야 한다.

2. 쟁점 정산금은 원고의 분양수익과 대응하는 비용이므로 원고의 분양수익이 2011, 2012 사업연도 또는 2013 사업연도에 귀속되는 것으로 확정되는 경우 쟁점 정산금도 당해 사업연도의 손금으로 귀속되어야 하고, 2013년 이전에 ◯◯◯◯주택공사 등이 마련한 자료 등을 통하여 분양수익, 분양원가를 충분히 객관적으로 예측할 수 있었으므로 원고가 이 사건 개발사업을 마무리하면 ◯◯◯◯주택공사에게 막대한 정산금을 지급할 것이라는 점이 분명한 상태였다.

• 나. 관계 법령 별지 관계 법령의 기재와 같다.
• 다. 구 법인세법 시행령 제68조 제1항 제3호 의 ‘사용수익일’에 대한 판단

1. 관련 법리 법인세법 제40조 제1항 은 ‘내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다.’라고 규정하고 있고, 같은 조 제2항의 위임에 따른 구 법인세법 시행령 제68조 제1항 제3호 본문은 ‘상품 등 외의 자산의 양도로 인한 익금 및 손금의 귀속사업연도를 그 대금을 청산한 날이 속하는 사업연도’로 규정하고 있다. 이처럼 법인세법은 손익이 권리의무의 확정 시에 실현되는 것으로 보는 권리의무확정주의를 채택하여 손익의 귀속시기를 명확하게 규정하고 있다. 이는 납세자의 과세소득을 획일적으로 파악하여 법적 안정성을 도모하고 과세의 공평을 꾀함과 동시에 납세자의 자의를 배제하기 위한 것이다(대법원 2004. 2. 13. 선고 2003두10329 판결 참조). 한편, 법인세법 제40조, 구 법인세법 시행령 제68조 제1항 제3호 단서는 이 사건 쟁점토지와 같은 ‘상품 등 외의 자산’의 양도의 익금 및 손금의 귀속 상업연도는 ‘대금을 청산하기 전에 소유권 등의 이전등기를 하거나 당해 자산을 인도하거나 상대방이 당해 자산을 사용수익하는 경우에는 그 이전등기일 ․ 인도일 또는 사용수익일 중 빠른 날로 한다.’고 정하고 있다.

2. 판단 위 인정사실 및 앞서 든 증거에을 제5 내지 7호증의 각 기재, 변론 전체의 취지를 더하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사실 및 사정들을 앞서 본 법리에 비추어 살펴보면, 이 사건 쟁점토지와 관련한 손익의 귀속 사업연도는 원고가 ◯◯건설 등에게 사용승낙을 한 2011 사업연도 또는 2012 사업연도라고 봄이 상당하다. 따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

• 가) 원고는 20118. 8. 11. ◯◯연수원에게, 2011. 11. 21. ◯◯건설에게, 2012. 11. 13. ◯◯청에게 각각 이 사건 쟁점토지에 관한 토지사용승인을 하고 토지사용승낙서를 발급하였다.
• 나) ◯◯부(◯◯연수원)는 2011. 9. 27. ◯◯군수에게 이 사건 쟁점토지 지상에 착공신고를 하여 2011. 10. 14. ◯◯군수로부터 착공신고필증을 교부받았고, ◯◯건설은 2011. 11. 15. ◯◯TLO장에게 이 사건 쟁점토지 지상에 착공신고를 하여 2011. 11. 29. ◯◯시장으로부터 착공신고필증을 교부받았다. ◯◯청은 2012. 5. 23. ◯◯군수에게 착공신고를 하여 2012. 7. 5. ◯◯군수로부터 착공신고필증을 교부받았다.
• 다) 원고가 ◯◯건설에게 교부한 토지사용승낙서에는 토지사용 목적으로 ‘공동주택용지 분양아파트’가, ◯◯연수원에게 교부한 토지사용승낙서에는 토지사용 목적으로 ‘◯◯연수원 청사 건립’이, ◯◯청에게 교부한 토지사용승낙서에는 토지사용 목적으로 ‘공사 착공 및 시공용’이 각각 기재되어 있기는 하다. 그러나 ① 원고가 ◯◯건설 등과 이 사건 쟁점토지에 관하여 체결한 매매계약 제3조 제1항은 ‘◯◯건설 등은 이 사건 쟁점토지를 정해진 용도에 따라 사용하기로 하며, 조상사업을 위한 각종 영향평가 협의내용 및 지구단위계획 등을 포함한 실시계획상의 건축 관련 사항을 준수하기로 한다.’고 정하고 있는 점, ② 원고가 ◯◯건설 등과 이 사건 쟁점토지에 관하여 체결한 매매계약서상 이 사건 댕점토지의 지정용도에 관하여 ◯◯건설을 ‘공공주택용지’, ◯◯연수원은 ‘공공시설용지’, ◯◯청은 ‘◯◯생명클러스터용지’라고 각각 기재되어 있어 위 토지사용승낙서상 토지사용 목적은 위 매매계약상 지정용도와 다르지 않는 점 등에 비추어 볼 때, 위 토지사용승낙서상 ‘토지사용 목적’의 기재는 매매계약상의 이 사건 쟁점토지의 사용 목적을 확인하는 의미일 뿐 ◯◯건설 등의 이 사건 쟁점토지의 사용을 제한한 것이라고 보기 어렵다.
• 라) ◯◯건설 등은 이 사건 쟁점토지에 관한 사용승낙을 받은 이후 이 사건 쟁점토지를 사용승낙의 목적대로 사용하여 공사를 착공, 진행하였다.
• 마) 원고가 ◯◯건설에게 발급한 토지사용승낙서의 토지사용 승낙조건에는 ‘토지사용승낙일 후 부지에 대한 관리 책임은 매수인이 부담하여야 합니다.’라는 내용이 포함되어 있어 ◯◯건설은 토지사용승낙일 이후 이 사건 쟁점토지의 사용에 따른 관리 책임을 부담하였다.
• 라. 쟁점 정산금의 손금 귀속시기에 대한 판단

1. 관련 법리 법인세법 제40조 제1항 은 내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속 사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다고 규정함으로써 현실적으로 소득이 없더라도 그 원인이 되는 권리가 확정적으로 발생한 때에는 그 소득이 실현된 것으로 보고 과세소득을 계산하는 이른 바 권리확정주의를 채택하고 있다. 이러한 권리확정주의란 소득의 원인이 되는 권리의 확정시기와 소득의 실현시기와의 사이에 시간적 간격이 있는 경우에는 과세상 소득이 실현된 때가 아닌 권리가 확정적으로 발생한 때를 기준으로 하여 그 때 소득이 있는 것으로 보고 당해 사업연도의 소득을 산정하는 방식으로, 실질적으로는 불확실한 소득에 대하여 장래 그것이 실현될 것을 전제로 하여 미리 과세하는 것을 허용하는 것이다(대법원 2013. 12. 26. 선고 2011두1245 판결 참조). 손금의 확정 또한 마찬가지로서, 수익비용대응의 원칙에 따라 익금에 대응하는 비용이라 하더라도 당해 사업연도에 확정되지 않은 것을 손금으로 계상할 수는 없다. 익금이나 손금이 확정되었다고 하기 위하여서는 소득의 원인이 되는 권리나 의무가 실현가능성에서 상당히 높은 정도로 성숙되어야 하고, 이런 정도에 이르지 아니하고 단지 성립한 것에 불과한 단계에서는 익금이나 손금이 확정되었다고 할 수 없다. 여기서 소득이 발생할 권리나 의무가 성숙, 확정되었는지 여부는 일률적으로 말할 수 없고 개개의 구체적인 권리의 성질과 내용 및 법률상 ․ 사실상의 여러 사항을 종합적으로 고려하여 결정하여야 한다(대법원 2011. 9. 29. 선고 2009두11157 판결 등 참조).

2. 판단 위 인정사실 및 앞서 든 증거에을 제3호증의 기재, 변론 전체의 취지를 더하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사정들을 앞서 본 법리에 비추어 살펴보면, 쟁점 정산금은 법인세법 제40조 제1항 에서 정한 바와 같이 2011 사업연도 내지 2013 사업연도의 손금에 산입할 정도로 성숙 ․ 확정되었다고 볼 수 없고, 달리 일반적으로 공정 ․ 타당한 회계관행으로 받아들여지는 기업회계기준에 따라 손익의 귀속을 정할 수 있는 경우라고 볼 만한 자료도 없으므로, 이와 다른 전제에 선 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.

• 가) 이 사건 특약에 따르면, 원고와 ◯◯◯◯주택공사의 각각의 총 수입과 총 비용을 산정할 수 있을 때 그 손익률을 계산할 수 있어 쟁점 정산금의 액수와 부담 주체를 비로소 확정할 수 있다. 이 때 총 수입은 실제 공급한 가격과 정산시점에서 미공급된 토지의 감정평가금액 또는 공급지침에서 정한 가격의 총 합계액(제3항)을, 총 비용은 원가산정기준에 따른 총사업비(제4항)를 말하고, 그 손익정산 시기는 이 사건 개발사업의 사업준공 인가일로부터 6개월 이내로(제6항) 정하고 있다. 그러나 2011 내지 2013 사업연도에는 이 사건 개발사업의 준공이 완료되지 않은 시점이었고, 총 수입의 산정과 관련하여 미공급 토지의 존부 및 그 규모는 물론 정산시점(이 사건 개발사업의 사업준공 인가일로부터 6개월 이내)을 기준으로 미공급된 토지의 감정평가금액 등이 불분명하였다. 따라서 원고와 ◯◯◯◯주택공사의 이 사건 개발사업으로 인한 총 수입과 총 비용의 액수, 원고와 ◯◯◯◯주택공사 중 정산금 채무의 부담주체 및 그 액수가 불명확하여 손금이 발생할지 여부가 손금에 산입할 정도로 성숙 ․ 확정되었다고 볼 수 없다.
• 나) 이에 대하여 원고는 ◯◯◯◯주택공사 혁신도시 조성원가심의위원회가 2009. 9. 24. 이 사건 개발사업과 관련한 조성비 등에 관한 조성원가를 미리 추산한 자료를 통하여 2011 사업연도 내지 2013 사업연도에 분양수익과 분양원가를 충분히 예측할 수 있었다고 주장한다. 그러나 ① 위 조성원가심의위원회 심의자료(갑 제11호증의 1)는 ◯◯◯◯주택공사에서 작성한 예측 자료일 뿐인 점, ② 원고의 총무회계부 부장이었던 이◯◯는 원고에 대한 세무조사 과정에서 2013 사업연도 사업비정산비용 예상액을 산정함에 있어 ◯◯◯◯주택공사의 예상분양금액, 용지비 및 조성비 예상액, 간접비 예상액의 근거 자료에 관하여 ‘사업지정산비용 예상액 산출을 위해 ◯◯◯◯주택공사에게 수차례 예상 분양금액, 용지비 및 조성비 예상액, 간접비 예상액 자료를 요처하였으나 입수할 수가 없었습니다. 그래서, 자체 수집한 자료와 담당자들의 의견을 반영하여 ◯◯◯◯주택공사의 예상분양금액, 용지비 및 조성비 예상액을 산정하였습니다.’라고 진술한 점에 비추어 볼 때, 원고의 2013 사업연도 사업비정산비용 예상액 산정이 객관적이고 구체적인 자료에 근거한 것이라고 보기 어려운 점, ③ 원고의 보상판매부 부장이었던 박◯◯도 원고에 대한 세무조사 과정에서 2013 사업연도 사업비정산비용 예정액 산정과 관련하여 용지비 및 조성비 예상액의 근거자료에 관하여 ‘용지비의 경우 조성원가심의위원회 자료, 사업계획서, 각종 회의자료 등을 기초로 하여 예상액을 자체산정하고 있으며 ◯◯◯◯주택공사 담당자에게 유선으로 기지출금액 및 향후 지출예상액 등의 자료를 입수하여 자체 추정한 예상액과 큰 차이가 없으면 자체 산정한 금액을 총무회계부서에 통보하고 있습니다.’라고 진술한 점에 비추어 보더다로 원고가 2013 사업연도 사업비 정산비용 예상액을 객관적으로 신빙할 수 있는 근거자료에 기초하여 합리적으로 산정하였다고 보기 어려운 점 등을 종합하여 보면, 2011 내지 2013 사업연도에는 쟁점 정산금의 발생 여부 및 그 액수가 불분명하여 손금이 발생할지 여부가 상당히 높은 정도로 성숙 ․ 확정되었다고 볼 수 없다.
• 다) 또한, 원고는 쟁점 정산금은 원고의 분양수익과 대응하는 비용이므로 수익 ․ 비용 대응의 원칙에 따라 쟁점 정산금의 손금 귀속시기기가 분양수익이 발생한 2011, 2012 사업연도 또는 2013 사업연도에 귀속되어야 한다고 주장한다. 그러나 재료비나 원가 등과 같이 특정 수익과 직접 대응시킬 수 있는 비용의 경우에는 그 수익이 귀속되는 사업연도의 손금에 산입할 수 있지만, 수익과 비용을 직접적으로 대응시킬 수 없는 비용의 경우에는 권리의무확정주의에 따라 해당 비용의 이행 의무가 확정된 날을 기준으로 손금에 귀속시켜야 할 것인데, 쟁점 정산금은 원고와 ◯◯◯◯주택공사가 얻는 분양수익과는 별도로 이 사건 개발사업에 따른 각자의 손익률이 동일하도록 손익을 정산하기 위하여 손익률이 높으 사업시행자가 손익률이 낮은 사업시행자에게 지급하기로 약정한 것이므로, 이 사건 개발사업에 따라 원고가 분양수익을 얻는 2011 내지 2013 사업연도가 쟁점 정산금의 손금 귀속시기라고 볼 수 없고, 단지 쟁점 정산금의 손금 산입시기를 2011 내지 2013 사업연도로 하지 않을 경우 원고가 법인세를 과다하게 납부하는 결과가 발생한다는 사정만으로 달리 볼 것은 아니다.

그렇다면 원고의 청구는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.