법령상 기준의 변경에 의해 중소기업에 해당하지 아니한 경우 중소기업 유예기간을 적용 하는 것임

사 건 2018구합19 법인세부과처분취소 원 고 주식회사 ○○○ 피 고

○○세무서장 변 론 종 결

2018. 4. 18. 판 결 선 고

2018. 5. 16.

1. 피고가 2017. 1. 13. 원고에 대하여 한 2012 사업연도 법인세 160,445,650원의 부과처분을 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다. 청 구 취 지 주문과 같다.

• 가. 원고와 AAA의 지위

1. 원고는 2000. 2. 26. 설립되어 위생용 종이의 제조․판매업을 목적으로 하는 회사로 매년 1월 1일부터 12월 31일까지를 사업연도로 한다.

2. AAA 주식회사(이하 ‘AAA’이라 한다)는 2010 사업연도 매출액이 처음으로 1,000억 원을 초과하여 구 조세특례제한법 시행령(2010. 12. 30. 대통령령 제22583호로 개정되기 전의 것) 제2조 제1항 각 호 외의 부분 단서에 따라 중소기업에 해당하지 않게 되었으나, 위 시행령 제2조 제2항 본문에 따라 2010 사업연도와 그 다음 3개 과세연도인 2011, 2012, 2013 사업연도까지 중소기업 유예기간의 적용을 받게 되었다.

• 나. 중소기업기본법 시행령과 조세특례제한법 시행령의 개정 경과 1) 조세특례제한법 시행령의 중소기업 요건은 중소기업기본법 시행령을 준용하고 있는데, 중소기업기본법 시행령은 2009. 3. 25. 대통령령 제21368호로 개정되면서 제3조 제2호에서 중소기업의 실질적인 독립성의 요건으로 ㈐목을 추가하여 ‘관계회사’(2011. 12. 28. 대통령령 제23412호로 개정되면서 명칭이 관계기업으로 변경되었다, 이하 ‘관계기업’이라 한다)에 속하는 기업의 경우에는 제7조의2(2011. 12. 28. 대통령령 제23412호로 개정되면서 제7조의4로 이동하였다)에 따라 산정한 상시 근로자 수, 자본금, 매출액, 자기자본 또는 자산총액이 제3조 제1호에 따른 기준을 초과하는 기업이 아닐 것‘을 규정하였고, 그 부칙 제1조 제1호는 제3조 제2호 ㈐목의 개정규정은 2011. 1. 1.부터 시행하도록 하였다.

2. 이후 조세특례제한법 시행령이 2010. 12. 30. 대통령령 제22583호로 개정되면서 제2조 제1항 제3호 전단에서 ‘실질적인 독립성이 중소기업기본법 시행령 제3조 제2호 ㈎목부터 ㈐목까지의 규정에 적합할 것’을 규정하면서, 후단에서 “이 경우 중소기업기본법 시행령 제3조 제2호 ㈐목을 적용할 때 ‘ 중소기업기본법 시행령 제3조 제1호 에 따른 기준을 초과하는’은 ‘ 조세특례제한법 시행령 제2조 제1항 각 호 외의 부분 단서에 따른 기준에 해당하는’으로 본다”고 규정하여, 결국 ‘관계기업에 속하는 기업의 경우에는 중소기업기본법 시행령 제7조의2 에 따라 산정한 매출액 등이 조세특례제한법 시행령 제2조 제1항 각 호 외의 부분 단서에 따른 매출액 기준인 1,000억 원 이상에 해당하는 기업이 아닐 것’(이하 ‘관계기업 규모기준’이라 한다) 등을 중소기업의 요건으로 규정하였고, 같은 시행령 제2조 제2항 단서에서 관계기업에 속하는 기업의 경우 관계기업 규모기준을 충족하지 못하는 경우 그 당해 연도와 그 후 3년 동안 적용해주는 중소기업 유예기간을 적용하지 않도록 규정하였으며, 위 시행령 부칙 제1조 단서에서 제2조 제1항 제3호 전단[ 중소기업기본법 시행령 제3조 제2호 ㈐목의 부분만 해당한다] 및 후단의 개정규정은 2012. 1. 1.부터 시행하도록 하여 관계기업 규모기준을 도입하는 내용의 개정규정을 2012. 1. 1.부터 시행하도록 하였다.

• 다. AAA의 원고 주식 소유 및 원고와 AAA의 매출액

1. AAA의 원고 주식 취득 현황은 아래 표 기재와 같다. 사업연도 기초 취득주식수 기말 비고 주식수 지분율 주식수 지분율 2006 98,000 98,000 14.85% 2008 98,000 14.85% 57,808 155,808 23.61% 2009 155,808 23.61% 47,000 202,808 30.37% 2010 202,808 30.37% 20,000 222,808 33.76% 2012 222,808 33.76% 6,000 228,808 34.67%

2012. 3. 19. 취득 2013 228,808 34.67% 101,192 330,000 50.00%

2. bbb는 친족과 합산하여 AAA의 발행주식 총수의 39.57%(= bbb 10.62% + ccc 7.14% + ddd 7.14% + eee 6.24% + fff 5.96% + ggg 2.47%)를 소유한 최다출자자이고, AAA는 2011. 12. 31. 기준 1) 원고의 발행주식 총수의 33.76%를 소유하고 있어 위 bbb의 친족(hhh, iii, ddd)과 합산하면 원고의 발행주식 총수의 30% 이상을 소유하면서 최다출자자이다.

3. 원고와 지배기업인 AAA의 사업연도별 매출액 및 그 합계는 아래 표 기재와 같은데, 원고와 AAA의 2012 사업연도 매출액 합계 2) 는 1,000억 원을 초과하였다. (단위 백만 원) 사업연도 원고 AAA 합계 2009 44,798 84,989 129,787 2010 65,692 101,307 166,999 2011 73,884 116,941 190,825 2012 71,455 124,356 195,811 2013 69,879 128,956 198,835

• 라. 원고의 법인세 신고 및 피고의 부과처분

1. 원고는 2012. 12. 31. 기준으로 2012 사업연도 법인세를 신고하면서 전 사업연도와 마찬가지로 조세특례제한법에 규정된 중소기업 조세특례를 적용하였다.

2. 피고는 2017. 1. 13. 원고가 2012 사업연도에 구 조세특례제한법 시행령(2012. 2. 2. 대통령령 제23590호로 개정되어 2013. 2. 15. 대통령령 제24368호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘개정 조세특례제한법 시행령’이라 한다) 제2조 제1항 제3호에 따라 중소기업의 범위에서 제외되는 ‘관계기업에 속하는 기업’에 해당하여 같은 시행령 제2조 제2항 단서 제3호에 따라 중소기업 유예기간이 적용되지 아니한다고 보아 중소기업 조세특례의 적용을 배제하여 원고에게 2012 사업연도 법인세 160,445,650원(가산세 포함)을 경정․고지하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).

• 마. 전심절차 원고는 이에 불복하여 2017. 3. 28. 조세심판원에 심판을 청구하였고, 조세심판원은 2017. 11. 22. 원고의 심판청구를 기각하였다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2호증, 을 제1호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 당사자의 주장

1. 원고의 주장

• 가) 개정 조세특례제한법 시행령 제2조 제5항 이 적용된다는 주장 구 중소기업기본법 시행령 제3조의2 가 2011. 12. 28. 대통령령 제23412호로 개정되어 2012. 1. 1.부터 시행되었고, 2012. 2. 2. 대통령령 제23590호로 개정된 개정 조세특례제한법 시행령 제2조 제5항 이 부칙에 따라 2012. 1. 1.부터 적용된다. AAA의 원고 주식 소유 비율에는 변동이 없음에도 원고는 구 중소기업기본법 시행령 제3조의2 의 개정으로 인하여 중소기업에 해당되지 않게 된 것이므로, 개정 조세특례제한법 시행령 제2조 제5항 3) 에 따라 중소기업에 해당하지 않는 사유가 발생한 날이 속하는 2012 과세연도와 그 다음 3개 과세연도인 2013 내지 2015 사업연도까지는 원고를 중소기업으로 보아야 한다. 개정 조세특례제한법 시행령 부칙에서 제2조 제1항 제3호 전단[ 중소기업기본법 시행령 제3조 제2호 ㈐목의 부분만 해당한다] 및 후단이 2012. 1. 1.부터 적용되도록 하였음에도 위 시행령 제2조 제5항이 적용되기 때문에 소급과세금지의 원칙에 반하지 않는 것이므로 위와 같이 해석하지 않는다면 소급과세금지의 원칙에 반한다.
• 나) 개정 조세특례제한법 시행령 제2조 제2항 단서 제3호가 적용되지 않는다는 주장 설령 원고가 구 중소기업기본법 시행령(2011. 12. 28. 대통령령 제23412호로 개정되어 2012. 1. 25. 대통령령 제23527호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘개정 중소기업기본법 시행령’이라 한다) 제3조 제1항 제2호 ㈐목으로 인해 개정 조세특례제한법 시행령 제2조 제1항 제3호 가 규정하고 있는 중소기업에 해당하지 않는다고 하더라도, ① 개정 조세특례제한법 시행령 제2조 제1항 각 호 외의 부분 단서는 매출액이 1,000억 원 이상인 경우 중소기업으로 보지 아니한다고 규정하고 있으므로, 원고가 중소기업에 해당하는지 여부는 ‘중소기업’이 아닌 ‘중소기업 유예기간의 적용 중’에 있는 AAA와 원고의 매출액을 합산할 것이 아니라 AAA의 매출액은 제외하여야 하는 점, ② 지배기업인 AAA가 중소기업 유예기간의 적용을 받게 된 후에는 원고와 관계기업에 해당하게 되어도 그 유예기간의 적용이 실효되지 않음에도 종속기업인 원고만 관계기업으로 중소기업 유예기간을 적용하지 않는다면 소급과세금지의 원칙에 반하여 부당하고, 관계기업 제도의 취지에 비추어도 타당하지 않다고 보이는 점, ③ 지배기업이 중소기업 유예기간 중에 있다면 유예기간 동안은 종속기업과 소유와 경영이 분리되어 있다고 보아야 하는 점 등을 고려하면, 개정 조세특례제한법 시행령 제2조 제2항 단서 제3호는 ‘중소기업’과 관계기업에 해당하여 매출액 합산액이 1,000억 원 이상인 경우 유예기간을 적용하지 않는 것이고, ‘중소기업 유예기간 중에 있는 기업’과 관계기업에 해당하는 경우는 개정 조세특례제한법 시행령 제2조 제2항 단서 제3호가 적용되지 않는다.

2. 피고의 주장

• 가) 개정 조세특례제한법 시행령 제2조 제5항 이 적용되지 않는다는 주장 조세법률주의의 원칙상 조세감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다. 개정 조세특례제한법 시행령은 중소기업기본법 시행령 제3조 제1항 제2호, [별표 1] 및 [별표 2]의 개정으로 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 때 중소기업으로 본다고 규정하고 있을 뿐 중소기업기본법 시행령 제3조의2 의 개정이라고 규정하지 않고 있으므로, 위와 같이 적용하는 경우 유추해석 또는 확장해석에 해당한다. 따라서 원고에게 개정 조세특례제한법 시행령 제2조 제5항 을 적용하여 중소기업 유예 규정을 적용할 수 없다.
• 나) 개정 조세특례제한법 시행령 제2조 제2항 단서 제3호가 적용된다는 주장 원고와 AAA는 2012 사업연도에 ‘관계기업에 속하는 기업’으로서 관계기업 간 합산한 2012 사업연도 매출액 합계가 1,000억 원 이상이므로 개정 조세특례제한법 시행령 제2조 제1항 각 호 외의 부분 단서에 해당하고, 개정 중소기업기본법 시행령 제3조 제1항 제2호 ㈐목에 정한 기준을 충족하지 못하여 2012. 1. 1.부터 시행된 개정 조세특례제한법 시행령 제2조 제1항 제3호 에 따라 원고는 중소기업에 해당하지 않고, 개정 조세특례제한법 시행령 제2조 제2항 단서 제3호에 따라 위와 같은 이유로 실질적 독립성의 요건을 충족하지 못하여 중소기업에 해당하지 않게 된 경우 중소기업 유예기간이 적용되지 않는다.
• 나. 관계 법령 별지 기재와 같다.
• 다. 판단

1. 관계기업에 해당하는지 여부에 관한 판단 개정 중소기업기본법 시행령 제2조 제3호 에 의하면, 주식회사의 외부감사에 관한 법률 제2조에 따라 외부감사의 대상이 되는 기업이 제3조의2에 따라 다른 국내기업을 지배함으로써 지배 또는 종속의 관계에 있는 경우 그러한 기업의 집단이 ‘관계기업’이 되는데, 같은 시행령 제3조의2 제1항 제1호 ㈎목, ㈏목에 의하면, 지배기업이 ‘친족과 합산하여 지배기업의 주식을 100분의 30 이상 소유하면서 최대출자자인 개인’ 및 ‘그 개인의 친족’과 합산하여 직전 사업연도 말일 현재 종속기업의 주식을 100분의 30 이상 소유하면서 최다출자자인 경우 지배 또는 종속의 관계에 있게 되어 관계기업이 된다. 원고의 사업연도는 매년 1월 1일부터 12월 31일까지이고, AAA는 이 사건 처분의 해당 과세연도 직전 사업연도 말일인 2011. 12. 31. 기준 친족과 합산하여 AAA의 주식 30% 이상 소유하면서 최대출자자인 bbb 및 bbb의 친족과 합산하여 원고 주식의 30% 이상을 소유하면서 최다출자자임은 앞에서 본 바와 같으므로, AAA와 원고는 2012 사업연도에 지배 또는 종속의 관계에 있게 되어 관계기업이 되었다고 할 것이다.

2. 중소기업에 해당하는지 여부에 관한 판단 구 조세특례제한법(2014. 1. 1. 법률 제12173호로 개정되기 전의 것, 이하 같다)은 제2장 제1절 등에서 중소기업에 대한 조세특례(이하 ‘중소기업 조세특례’라고 한다)를 두고 있는데, 구 조세특례제한법 제5조 의 위임에 따라 중소기업 조세특례의 적용대상인 중소기업의 업종, 규모, 독립성 등 요건에 관하여 규정하고 있는 개정 조세특례제한법 시행령 제2조 제1항 은 그 중 독립성 요건에 관하여 제3호에서 ‘실질적인 독립성이 중소기업기본법 시행령 제3조 제1항 제2호 의 규정에 적합할 것’을 요구하고 있다. 그리고 개정 조세특례제한법 시행령은 제2조 제1항 제3호 후문에 개정 중소기업기본법 시행령 제3조 제1항 제2호 ㈐목의 ‘관계기업에 속하는 기업’에 대한 규정을 두어, 중소기업의 소유와 경영의 실질적인 독립성 기준의 하나로 ‘관계기업에 속하는 기업의 경우에는 개정 중소기업기본법 시행령 제7조의4 에 따라 산정한 상시 근로자 수, 자본금, 매출액, 자기자본 또는 자산총액이 개정 조세특례제한법 시행령 제2조 제1항 각 호 외의 부분 단서에 따른 기준에 해당하는 기업’이 아닐 것을 정하고 있는데, ‘관계기업에 속하는 기업’의 매출액 등의 합산규모가 일정 요건을 충족하는 경우에 한하여 위 ㈐목의 규정에 적합한 중소기업에 해당하는 것으로 보고 있어 개정 조세특례제한법 시행령 제2조 제1항 각 호 외의 부분 단서에 의하면, 관계기업에 속하는 기업의 경우에는 ‘관계기업의 연간 매출액 합계가 1,000억 원 이상이 아닐 것’을 중소기업에 해당하기 위한 요건으로 규정하고 있다. 이 사건에 관하여 보면, 원고는 매년 12. 31. 결산하는 법인으로, 원고의 2012사업연도 법인세 납부의무는 2012. 12. 31. 성립하는데, 원고와 AAA는 2012 사업연도에 개정 중소기업기본법 시행령이 정한 관계기업에 해당하고, 원고와 AAA의 2012 사업연도 매출액 합계가 1,000억 원을 초과함은 앞에서 본 바와 같다. 따라서 2012 사업연도 법인세 납세의무 성립 당시 원고는 개정 조세특례제한법 시행령 제2조 제1항 이 정한 중소기업에 해당하지 않는다 할 것이다.

3. 개정 조세특례제한법 제2조 제5항 의 적용 여부에 관한 판단 원고와 AAA가 2012 사업연도에 관계기업이 되어 원고는 개정 조세특례제한법 시행령 제2조 제1항 이 정한 중소기업에 해당하지 않음에도 개정 조세특례제한법 제2조 제5항 에 따라 중소기업 유예기간의 적용을 받을 수 있는지 여부에 관하여 본다. 개정 중소기업기본법 시행령 제3조 제1항 제2호 ㈐목은 관계기업에 속하는 기업의 경우 중소기업에 해당하기 위한 요건을 규정하고 있는데, 구 중소기업기본법 시행령(2011. 12. 28. 대통령령 제23412호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 중소기업기본법 시행령’이라고 한다) 제3조의2 제1항 제1호 ㈎목, ㈏목, 제2호는 지배 또는 종속의 관계의 하나로, ‘지배기업’, ‘지배기업의 주식의 100분의 30 이상을 소유하고 있는 자로서 그 지배기업의 최다출자자’, ‘그 최대출자자의 친족’이 합산하여 종속기업의 주식의 100분의 50 이상을 소유하는 경우 또는 100분의 30 이상 100분의 50 미만을 소유하면서 그 종속기업의 최대출자자인 경우라고 규정하고 있다가, 개정 중소기업기본법 시행령 제3조의2 제1항 제1호 ㈎목, ㈏목은 ‘지배기업’, ‘단독으로 또는 친족과 합산하여 지배기업의 주식을 100분의 30 이상 소유하면서 최다출자자인 개인’, ‘그 최대출자자의 친족’이 합산하여 종속기업의 주식을 100분의 30 이상 소유하면서 최다출자자인 경우로 그 규정이 변경되었다. 따라서 구 중소기업기본법 시행령 제3조의2 에서는 ‘단독으로’ 지배기업의 주식의 30% 이상을 소유하고 있는 자로서 그 지배기업의 최다출자자, 그 최대출자자의 친족 및 지배기업이 합산하여 종속기업의 주식을 30% 이상 소유하면서 그 종속기업의 최대출자자인 경우 관계기업에 속하게 되었다가, 개정 중소기업기본법 시행령 제3조의2 에서는 ‘단독으로 또는 친족과 합산하여’ 지배기업의 주식을 30% 이상 소유하면서 최다출자자인 개인, 그 개인의 친족 및 지배기업이 합산하여 종속기업의 주식을 30% 이상 소유하면서 그 종속기업의 최대출자자인 경우 관계기업에 속하게 되는 것으로 개정되었다. 한편 개정 중소기업기본법 시행령 부칙 제1항은 이 영은 2012. 1. 1.부터 시행한다고 규정하고 있다. 한편 개정 중소기업기본법 시행령 부칙<대통령령 제23412호, 2011. 12. 28.> 제1조 본문은 이 영은 2012. 1. 1.부터 시행한다고 규정하고 있다. 구 중소기업기본법 시행령이 계속 시행되었더라면, 단독으로 지배기업인 AAA의 주식 30% 이상을 소유하고 있는 자로서 AAA의 최다출자자가 없어 지배기업인 AAA가 종속기업인 원고의 주식 33.76%를 소유하여 원고의 주식의 30% 이상을 소유하고 있다고 하더라도 원고의 최대출자자가 아니어서 원고가 중소기업에 해당할 수 있었으나, 개정 중소기업기본법 시행령이 시행됨으로써 2012년 사업연도부터 앞에서 본 바와 같이 원고가 중소기업에 해당하지 않게 되었다. 따라서 위 인정사실 및 변론 전체의 취지에 의하여 알 수 있는 다음과 같은 사정을 종합하면, 원고는 2012 사업연도에 개정 조세특례제한법 시행령 제2조 제5항 의 ‘ 중소기업기본법 시행령 제3조 제1항 제2호 의 개정으로 인하여 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 때’에 해당하여 중소기업 유예기간의 적용을 받게 되었고, 이와 다른 전제에서 이루어진 이 사건 법인세 부과처분은 위법하다(따라서 개정 조세특례제한법 제2조 제2항 단서를 적용할 수 없음에도 적용하여 위법한지 여부에 관하여는 별도로 판단하지 않는다).

① 개정 중소기업기본법 시행령 제3조 제1항 제2호 ㈐목은 관계기업에 속하는 기업의 경우 중소기업에 해당하기 위한 요건을 규정하고 있는데, 같은 시행령 제2조 제3호는 ‘관계기업’이란 지배 또는 종속의 관계에 있는 기업의 집단이라고 정의하고 있고, 같은 시행령 제3조의2는 지배 또는 종속의 관계를 규정하고 있다. 따라서 개정 중소기업기본법 시행령 제3조 2의 개정으로 관계기업의 규정이 변경된 경우 같은 시행령 제3조 제1항 제2호 ㈐목이 변경된 것으로 개정 조세특례제한법 시행령 제2조 제5항 의 ‘ 중소기업기본법 시행령 제3조 제1항 제2호 의 개정으로 인하여 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 때’에 해당하고, 위와 같이 해석한다고 조세법규를 합리적 이유 없이 확장 또는 유추해석하는 것이라고 할 수 없다. 한편 중소기업기본법 시행령 제3조의2 는 2014. 4. 14. 대통령령 제25302호로 개정되면서 ‘관계기업에서’ 지배 또는 종속의 관계라고 개정되어 위 제3조의2가 같은 시행령 제3조 제1항 제2호 ㈐목의 관계기업을 정의하는 규정임을 명백히 하였다.

② 중소기업기본법 제2조 제3항 본문은 “중소기업이 그 규모의 확대 등으로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우 그 사유가 발생한 연도의 다음 연도부터 3년간은 중소기업으로 본다.”고 규정하고 있다. 중소기업 유예기간 제도는 중소기업의 규모 확대나 법령상 기준의 변경으로 인하여 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 경우에도 조세정책적 고려에서 일정 기간 세제혜택을 부여하는 것으로서(대법원 2016. 8. 29. 선고 2016두33902 판결 등 참조), 개정 조세특례제한법 시행령은 제2조 제2항과 제5항에서 중소기업에 해당하지 아니하게 된 때에는 최초로 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지는 중소기업으로 보는 유예기간에 대하여 규정하는 데, 제2항은 중소기업이 그 매출액이 1,000억 원 이상인 경우와 같이 규모의 확대 등으로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 때 중소기업으로 보는 유예기간에 대하여 규정하면서 그 단서에서 그 유예기간을 적용하지 아니하는 제외사유를 들고 있고, 제5항은 법령상 기준의 변경으로 인하여 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 경우 중소기업으로 보는 유예기간에 대하여 규정하면서 4) 유예기간을 적용하지 아니하는 제외사유에 대하여 규정하고 있지 않다. 이러한 제도의 취지와 문언에 비추어 볼 때 법령상 기준의 변경으로 인하여 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 기업에 대한 그 유예기간의 적용 여부는 제2조 제2항 단서 각 호 부분에 해당하는지 여부를 판단함이 없이 그 유예기간을 적용함이 타당하다.

③ 피고는 개정 조세특례제한법 시행령 제2조 제5항 은 2012. 2. 2.부터 시행하는데, 위 시행령이 시행된 후 중소기업기본법 시행령 제3조 제1항 제2호, [별표 1] 및 [별표 2]가 개정된 경우에만 개정 조세특례제한법 시행령 제2조 제5항 이 적용되므로 이 사건과 같이 그 이전인 2011. 12. 28. 개정 중소기업기본법 시행령 제3호 의2가 개정된 경우는 개정 조세특례제한법 시행령 제2조 제5항 에 따라 중소기업 유예기간이 적용될 수 없다고 주장한다. 구 조세특례제한법 시행령(2012. 2. 2. 대통령령 제23590호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 조세특례제한법 시행령’이라 한다) 제2조 제5항은 ‘제1항을 적용할 때 기업이 중소기업기본법 시행령 제3조 제2호 가목․나목 및 [별표 1]의 개정으로 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 때에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지 중소기업으로 본다’고 규정하고 있다가 개정 조세특례제한법 시행령 제2조 제5항 으로 개정되면서 ‘제3조 제2호 가목․나목 및 [별표 1]’ 부분이 ‘제3조 제1항 제2호, [별표 1] 및 [별표 2]’로 변경되었다. 개정 조세특례제한법 시행령은 개정 중소기업기본법 시행령이 2011. 12. 28. 개정된 후인 2012. 2. 2. 개정 중소기업기본법 시행령의 문언에 따라 개정된 것으로, 관계기업 규모기준이 조세특례제한법 시행령에 도입되기 이전에도 조세특례제한법 시행령 제2조 제5항 에서 같은 취지로 규정하여 법령상 기준의 변경으로 인하여 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 경우 중소기업으로 보는 유예기간에 대하여 규정하고 있었던 점을 고려하면, 이 사건과 같은 경우 개정 조세특례제한법 시행령 제2조 제5항 을 적용한다고 하여 위 규정을 소급하여 적용한 것이라고 볼 수 없다.

④ 구 조세특례제한법 시행령 제2조 제1항 이 중소기업의 요건으로 관계기업 기준을 도입하면서 같은 시행령 제2조 제2항 단서 제3호에서 관계기업에 속하는 기업에 대하여는 중소기업의 규모 확대 등의 경우에 부여하는 유예기간을 적용하지 않도록 규정하고 있는 것은, 중소기업의 규모가 확대된 모든 경우에 중소기업으로서 보호받을 수 있는 기간을 3년간 연장하는 것이 아니라 중소기업이 노력을 기울이지 않은 채 다른 중소기업의 주식을 취득함으로써 관계기업으로 규모를 확대하여 중소기업의 규모기준을 충족하지 못하게 된 경우에는 유예 규정을 마련한 취지에 반하므로(또한 다른 중소기업의 주식을 취득하여 관계기업에 해당하게 된 경우에는, 다른 중소기업의 주식을 매수하여 관계기업에 해당할 수 있고, 그 주식을 매각함으로써 관계기업에서 벗어날 수도 있다) 그 경우 3년간 중소기업으로서의 보호 기간을 더 연장할 필요가 없는 것으로 정한 것으로 보인다. 조세특례제한법 시행령 제2조 제2항 단서 제3호 및 제2조 제5항의 문언 및 위와 같은 중소기업 유예 제도취지에 비추어, 관계기업 규모기준을 충족하지 못하여 새로이 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 모든 경우 조세특례제한법 시행령 제2조 제2항 단서에 따라 유예기간을 적용하지 않는 것이 아니라, 다른 중소기업의 주식을 취득함으로써 관계기업에 해당하게 되는 경우 유예기간을 적용하지 않는 것이고, 관계기업 규모기준이 개정되었다거나 이 사건의 경우와 같이 해당 사업연도에 중소기업기본법 시행령의 관계기업 기준 개정으로 관계기업에 해당하게 되어 새로이 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 때에 유예 규정을 적용하려는 것으로 보인다.

⑤ 피고는 구 중소기업기본법 시행령 및 구 조세특례제한법 시행령이 2009. 3. 25.부터 관계기업 규모기준을 순차로 도입하면서도 그 시행일은 2012. 1. 1.로 정함으로써 사실상 유예기간을 부여하였다는 취지로도 주장하나, 원고로서는 관계기업의 전체 매출액이 1,000억 원을 초과하게 되면 중소기업 유예기간 적용이 배제될 것을 예상할 수 있었다고 하더라도, 개정 중소기업기본법 시행령 제3조의2 가 2012. 1. 1.에서 불과 4일 전인 2011. 12. 28. 개정되어 원고와 AAA가 관계기업이 될 것까지는 예상하여 이에 대비할 수 없었을 것으로 보인다.

그렇다면 원고의 청구는 이유 있어 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다. 1) 구 조세특례제한법 시행령 제2조 제4항 은 ‘제1항 각 호 외의 부분 단서 및 같은 항 제1호 및 제3호 후단에 따른 상시 사용하는 종업원수·자기자본·자본금·매출액·자산총액, 발행주식의 간접소유비율의 계산과 중소기업기본법 시행령 제3조 제1항 제2호 다목에 따른 관계기업에 속하는 기업인지의 판단에 관하여 필요한 사항은 기획재정부령으로 정한다’고 규정하고 있었으나, 같은 법 시행규칙(2014. 3. 14. 기획재정부령 제406호로 개정되기 전의 것) 제2조는 ‘ 중소기업기본법 시행령 제3조 제1항 제2호 다.목에 따른 관계기업에 속하는 기업인지’ 여부에 관한 판단의 기준시기를 규정하고 있지 않다가, 구 조세특례제한법 시행규칙이 2014. 3. 14. 기획재정부령 제406호로 개정되면서 제2조 제8항으로 ‘영 제2조 제4항에 따른 중소기업기본법 시행령 제3조 제1항 제2호 다.목에 따른 관계기업에 속하는 기업인지의 판단은 과세연도 종료일 현재를 기준으로 한다.‘는 규정이 신설되었고 그 부칙 제1조로 위 규칙은 공포일부터 시행한다고 규정하였다. 따라서 이 사건에서는 개정 조세특례제한법 시행령이 관계기업의 판단기준에 관하여 별도로 규정하고 있지 않으므로 중소기업기본법 시행령의 관계기업 판단기준을 따른다. 2) 실질적 지배에 해당하므로 원고와 AAA의 매출액을 합산한다. 3) 기업이 중소기업기본법 시행령 제3조 제1항 제2호, [별표 1] 및 [별표 2]의 개정으로 새로이 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 때에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지 중소기업으로 본다고 규정하고 있다. 4) 개정 조세특례제한법 시행령 제2조 제5항 은 개정 중소기업기본법 시행령 제3조 제1항 제2호, [별표 1] 및 [별표 2]에 규정된 기존의 규모기준, 상호출자제한 기준, 자산총액 5천억 원 이상 법인의 직․간접 소유기준 및 관계기업 기준 등이 변경됨으로써 새로이 중소기업에 해당하게 되거나 해당하지 않게 되는 경우에 적용되는 규정이다.