원고는 이 사건 부동산의 양도 당시 법인으로 보는 단체에 해당하지 아니함

사 건 전주지방법원2015구단509 원 고

○○교회 피 고

○○세무서장 변 론 종 결

2015. 12. 4 판 결 선 고

2016. 1. 15

원고의 청구를 기각한다. 소송비용은 원고가 부담한다. 청 구 취 지 피고가 2014. 1. 15. 원고에 대하여 한 2011년 귀속 양도소득세 92,186원의 부과처분을 취소한다.

• 가. 원고는 선교활동을 목적으로 설립된 단체로서 2000. 5.초 국세기본법 제13조 제2항 에 따른 ‘법인으로 보는 단체’(비영리국내법인)의 승인신청서를 제출하여 피고(○○세무서장)로부터 승인통지를 받고, 2000. 5. 12. 사업자등록을 하면서 사업자등록번호 (401-82-○○○○○, 법인으로 보는 단체의 고유번호)를 부여받았다.
• 나. 원고는 2002. 11. 12. ○○시 ○○동 토지를 매입하였고, 2003. 6. 5. 같은 동 45-12 토지(이하 3필지 토지를 총칭하여 ‘이 사건 교회부지’)를 매입한 후 2003. 8. 13. 이 사건 교회부지 위에 교회건물(이하 ‘이 사건 교회건물’)을 짓기 위한 건축허가를 받았고, 2003. 8. 22. 신축공사를 시작하여 2004. 3. 3. 이 사건 교회건물을 완공하여 소유권보존등기를 마쳤다.
• 다. 한편, 원고의 대표자의 신청에 의하여, 2003. 9. 5. 원고에 대하여 법인으로 보는 단체의 고유번호(위 401-82-○○○○○)가 부여된 부분에는 폐업신고가 되고, 같은 날 원고에 대하여 소득세법상의 고유번호(401-89-○○○○○, 개인으로 보는 단체의 사업자등록번호)가 부여되었다.
• 라. 원고는 2011. 12. 27. 이 사건 교회부지와 이 사건 교회건물(이하 합하여 ‘이 사건 부동산’)을 지역주택조합에 거래가액 1,405,000원에 양도하였다.
• 마. 피고는, 이 사건 부동산의 양도 당시 원고가 국세기본법 제13조 제2항 에 따른 ‘법인으로 보는 단체’에 해당되지 아니한다는 이유로 원고를 소득세법상 거주자로 보, 2014. 1. 15. 원고에게 이 사건 부동산 처분에 관한 2011년 귀속 양도소득세로 92,1860원을 결정․고지하였다(이하 ‘이 사건 처분’).
• 바. 원고는 이에 불복하여 2014. 3. 31. 피고에게 이의신청을 한 후 2014. 5. 23. 조세심판원에 심판청구를 제기하였으나, 2014. 10. 17. 그 청구가 기각당하자, 2014. 12. 26. 이 사건 소를 제기하였다.

원고는 2000. 5. 12. 피고로부터 국세기본법 제13조 제2항 및 동법 시행령 제8조에 따라 법인으로 보는 단체로 승인받았으나, 피고로부터 ‘법인으로 보는 단체’에서 ‘개인으로 보는 단체’로 변경하라는 통지를 받고, 2003. 9.경 그에 따른 신청서를 제출하였다. 원고의 실질은 그대로이고 사업자등록 형식만 바뀐 것이며, 국세기본법 시행령 제8조 제4항 은 법인으로 보는 단체의 사후감독의 일환으로 그 요건을 갖추지 못하였음을 발견하였을 때 직권으로 승인을 취소할 수 있도록 규정하고 있으나, 피고는 직권으로 승인취소를 한 사실이 없다. 따라서 원고는 여전히 법인으로 보는 단체에 해당하여, 소득세법 적용 대상이 아닌 법인세법 적용 대상이고, 법인세법상 비영리국내법인이 ‘고유목적사업에 3년 이상 직접 사용하는 고정자산’의 처분으로 인하여 생기는 수입은 과세소득에서 제외되는바, 원고는 이 사건 부동산을 3년 이상 고유목적사업에 직접 사용한 후 처분하였으므로, 과세대상이 될 수 없다. 결국 피고의 이 사건 처분은 위법하다.

별지 관계 법령 기재와 같다.

• 가. 원고가 이 사건 부동산의 양도 당시 국세기본법 제14조 제2항 의 ‘법인으로 보는 단체’에 해당하였는지 여부

1. 원고가 2000. 5. 12. ‘법인으로 보는 단체’로 승인된 적이 있었음과 원고의 대표자의 신청에 의하여, 2003. 9. 5. 원고에 대하여 법인으로 보는 단체 부분에 관하여는 폐업신고가 되고, 같은 날 원고에 대하여 소득세법상의 고유번호가 부과된 점은 앞서 본바와 같고, 원고는 “원고의 대표자가 2003. 9.경 과세당국으로부터 ‘법인으로 보는 단체’에서 ‘개인으로 보는 단체’로 변경하라는 통지를 받고 그에 따라 세무서에 신청서를 제출하였다.”고 주장하고 있다(다만 보존기관의 경과로 원고의 대표자가 제출한 관련 신청서 및 그에 관한 처리내역을 담은 서류는 존재하지 않는다. 원고도 준비서면을 통하여, “원고의 대표자 역시 자신이 어떠한 신청서를 제출하였는지 등을 기억하지 못한다.”는 취지로 진술하였다).

2. 살피건대, 원고의 주장에 의하더라도 원고의 대표자가 ‘법인으로 보는 단체’에서‘개인으로 보는 단체’로 변경하는 취지의 신청을 하였다는 것인바, 그로 인하여 앞서 본 바와 같이 법인으로 보는 단체 부분에 관하여 폐업신고가 되고, 동시에 소득세법상의 고유번호가 부과되었다면, 이는 원고의 대표자가 신청을 통해 원고가 ‘법인으로 보는 단체’로 승인된 부분에 관하여 ‘개인으로 보는 단체’로의 변경의사를 표시하고, 관할 세무서장이 그 변경의사를 수리하고 관련 조치를 취한 것으로 보아야 한다{원고가 법인세법상 ‘법인으로 보는 단체’이면서 동시에 소득세법상 ‘거주자(개인으로 보는 단체)에 해당할 수는 없다}.

3. 이에 관하여, 원고는 피고의 직권취소가 없었으므로, 원고가 여전히 법인세법상의 법인으로 보는 단체에 해당한다고 주장한다. 살피건대 직권취소 사유는 승인대상자의 신청이 없다 하더라도 과세관청이 법인으로 보는 단체 요건에 해당하는지를 살펴 직권으로 그 승인을 취소할 수 있다는 취지에 불과할 뿐, 그러한 직권취소 사유가 존재하지 않을 때 당사자가 법인으로 보는 단체에서 개인으로 보는 단체로의 변경을 요청하고, 과세관청이 그에 따른 처분을 하는 것이 불가능하다는 취지로 볼 수는 없다(즉 법률은 요건을 갖춘 당사자에게 과세관청의 승인을 받아 법인으로 보는 단체가 될 수 있도록 허용하고 있을 뿐, 그러한 요건을 갖추고 있음에도 법인으로 보는 단체가 아닌 개인으로 보는 단체로서의 지위를 누리는 것을 금지하고 있는 것은 아니므로, 직권취소 사유가 없더라도 당사자가 법인으로 보는 단체에서 개인으로 보는 단체로의 변경의사를 밝히고 과세관청이 그러한 신청을 받아들이는 방식을 취한다 하여 위법이 있다고 하기 어렵다). 따라서 직권취소가 없었다는 이유만으로는 원고가 여전히 세법상 법인으로 보는 단체에 해당한다고 볼 수 없다.

4. 이 부분 원고의 주장은 이유 없다.

• 나. 피고가 ‘종교단체는 법인으로 보는 단체에서 개인으로 보는 단체로 변경하라.’는 통지를 하여 원고가 그에 따라 변경 신청을 하였으므로, 이 사건 처분이 위법하다는 취지의 주장에 관하여 살피건대, 설령 원고의 주장처럼 그와 같은 취지의 통지(강학상의 ‘행정지도’에 해당할 것으로 보인다)가 있었고 그에 따라 원고가 ‘법인으로 보는 단체’에서 ‘개인으로 보는 단체’로 변경하는 의사를 표시하였다 하더라도, 그러한 피고의 안내가 강제적인 행정지도였다는 등 위법한 행정지도였음을 인정할 증거가 부족하고(오히려, 원고 제출의 갑 제4호증의 1 내지 4 기재는 다른 교회의 경우 종교단체는 사업장 등록번호를 법인으로 보는 단체에서 개인으로 보는 단체로 변경 신청하라는 통보를 받았으나 별로 중요하게여기지 않아 법인으로 보는 단체의 지위를 그대로 유지하고 있다는 취지에 불과하다), 과세관청이 행정지도에 따를 경우 추후 양도소득세를 부과하지 않을 의사를 표시하였다는 등의 사정을 인정할 증거 역시 부족하다. 이 부분 원고의 주장도 이유 없다.
• 다. 소결 그렇다면 원고는 이 사건 부동산의 처분 당시 ‘법인으로 보는 단체’에 해당하지 아니하였으므로, 이를 전제로 한 피고의 이 사건 처분에 위법이 있다고 할 수 없으므로, 이 사건 처분은 적법하다.

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유가 없으므로, 이를 기각한다.