포합주식등의 취득가액을 합병법인 주식의 액면가액으로 인정할 수 없음

사 건 2009구합154 법인세경정 원 고 주식회사 XX디앤피 피 고 OO세무서장 변 론 종 결

2011. 6. 14. 판 결 선 고

2011. 7. 12.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청구취지 피고가 2007. 9. 5. 원고에 때하여 한 청산소득에 대한 법인세 경정거부처분을 취소한 다.

• 가. 원고(최초 설립 당시의 상호는 주식회사 XX실업이었다가, 2002. 3. 28. 주식회사 OO테크놀로지로, 2003. 5. 20. 주식회사 □□지로 각각 변경되었고, 2007. 1. 31.경 현재의 상호로 변경되었다. 이하 구별 없이 ’원고’라 한다)는 1977. 4. 21.경 설립된 반도체 제작 및 관련서비스 사업 등을 목적으로 하는 회사이다.
• 나. 원고는 2005. 12. 28. 원고와 특수관계가 없는 △△피아 주식회사(이하 ’피합병법인’이라 한다)의 대주주 최AA, ◇◇전자 주식회사, ☆☆페스트먼트 주식회사, ▽▽조합(이하 ’최AA 등’이라 한다) 등으로부터 이들이 소유하고 있는 피합병범인의 주식 4,596,798주를 취득하였다가 이 중 650,000주를 캐피탈파트너스에 양도하여 피합병법인의 주식 3,946,798주(이하 ’이 사건 포합주식’이라 한다)를 보유하게 되었고, 그 후 2006. 9. 19. 피합병볍인을 흡수합병하였다.
• 다. 원고는 2006. 12. 18. 피고에게 피합병법인의 청산소득에 대한 법인세 과세표준 을 16,783,556,488원으로 계산하여 피합병법인의 청산소득에 대한 법인세 4.183,889,122원을 신고하였다.
• 라. 피고는 2007. 5. 10. 원고에 대하여, 원고가 신고한 피합병법인의 청산소득에 대 한 법인세 산출내역에 일부 오류가 있다는 이유로 청산소득에 대한 법인세 과세표준을 13,303,714,081원으로 변경하고, 법인세를 3,461,066,946원(= 산출세액 3,313,928,520원 + 가산세 147.138,426원)으로 경정·고지하였다.
• 마. 원고는 2007. 7. 17. 피고에게, 1)원고의 경우 피합병법인에 대한 청산소득금액을 계산함에 있어 합병대가의 총합계액이 가산되는 포합주식등의 취득가액은 구 법인세법 시행령(2009. 12. 31. 대통령령 제21972호로 일부 개정되기 전의 것, 이하 ’법 시행령’이라 한다) 제122조 제1항 제2호 단서에 의하며 원고가 취득한 합병법인 주식의 액면가액을 기준으로 계산되어야 한다고 주장하면서, 구 법인세법(2009. 12. 31. 법률 제9898호로 일부 개정되기 전의 것, 이하 ’법’이라고만 한다) 제80조 제2항 제2문에 따라 포합주식의 취득가액 3,987,607,000원에서 합병으로 교부받은 3,987,607,000원을 공제하면 ’0원’이 되어 합병대가의 총합계액에 가산할 금액이 없고, 2) 피합병법인이 납부하지 아니한 청산소득에 대한 법인세를 합병대가의 총합계액에 포함시킨 것 또한 부당하다고 주장하면서, 피합병법인의 청산소득에 대한 법인세를 163,661,525원(= 산출 세액 156,703,874원 + 가산세 6,957,651원)으로 경정해 달라는 청구를 하였다.
• 바. 이에 패하여 피고는 2007. 9. 5. 원고에게 법 시행령 제122조 제1항 제2호 나목 에서 규정한 ’피합병법인의 주주등이 포합주식등을 합병법인에게 양도한 후 7일 이내 에 포합주식등의 양도금액의 100분의 95 이상에 상당하는 합병법인주식(합병법인이 새로이 발행한 주식을 말한다)을 취득할 것’의 요건을 충족하지 못하였다는 이유로 원고의 경정청구를 거부하는 처분(이하 ’이 사건 처분’이라 한다)을 하였다.
• 사. 원고는 2007. 11. 15. 이 사건 처분에 불복하여 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 2008. 10. 30. 기각결정을 받았다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제 내지 4호증(각 기자번호 포함), 갑 지16호증, 을 제 1. 2호종의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 원고의 주장

1. 합병대가의 총합계액에 가산되는 포함주식등의 취득가액을 합병법인 주식의 액면가액으로 보아야 한다는 주장(제1주장) 아래와 같은 이유에서 원고는 법 시행령 제122조 저11항 제2호 나목의 요건까지도 충족한 것으로 보아야 하므로, 합병법인 주식의 액면가액을 포합주식등의 취득가액으로 보지 아니한 피고의 이 사건 처분은 위법하다.

• 가) 법 제80조 제2항에서 규정하고 있는 포합주식은 합병법인이 합병등기일전 2년 이내에 취득한 피합병법인의 주식 등을 말하는 것인바, 이는 합병법인만이 보유할 수 있는 것이므로, 법 시행령 제122조 제1항 제2호 나목에서 규정한 포합주식등을 양도할 수 있는 ’피합병법인의 주주’는 합병법인을 의미한다고 보는 것이 엄격해석의 원칙에 부합한다.
• 나) 피합병법인의 주식을 합병법인에게 양도하였던 소멸법인의 주주는 당해 주식의 양도를 통하여 더 이상 합병선주를 교부받을 수 있는 지위에 있지 아니하고, 합병 시까지 당해 피합병법인의 주식을 양도하지 않고 있으면 합병등기 후 당초 지분율에 따라 합병신주를 교부받을 수 있으므로, 굳이 법 시행령 제122조 제1항 제2호 나목에서 정한 바와 같이 합병법인에게 피합병법인의 주식을 양도한 후 7일 이내에 포합주식 등의 양도금액의 100분의 95 이상에 상당하는 합병법인 주식을 취득할 이유가 없으며, 실제로 통상적인 법인합병의 과정상 신주권의 교부는 합병등기 후 1개월 상당의 시간 이 소요된다는 점에서 7일 이내에 합병법인 주식을 취득한다는 것은 사실상 불가능하다.
• 다) 법 시행령 제122조 제1항 제2호 나목의 ’피합병법인의 주주’와 다목 및 법 제44조 제1항 제2호의 ’피합병법인의 주주등’의 해석을 서로 달리 할 이유가 없고, 양자 모두, 같은 호 가목이 포합주식 취득 당시를 전제로 하는 것과는 달러, 합병 당시의 상황을 전제로 하고 있는 것으로 보아야 한다.
• 라) 법 시행령 제122조 제1항 제2호 나목에서 정한 포합주식등의 ’양도’에는 법인의 합병도 포함되고, 합병법인주식의 ’취득’에는 합병등기 후 지분율에 따른 피합병법인의 주주에 대한 합병선주의 교부도 포함되는 것으로 보아야 한다.
• 마) 따라서, 2005. 12. 28.경 이 사건 포합주식을 취득하여 피합병법인의 주주가 된 원고는 이 사건 포합주식을 합병법인에 양도하고 합병법인 주식(합병법인이 새로이 발행한 주식) 외에 별도의 합병교부금을 교부받지 아니하여 법 시행령 제122조 제1항 제2호 나목의 요건을 충족하였으므로, 합병에 의한 청산소득금액을 계산함에 있어 합 병대가의 총합계액에 가산되는 포합주식 등의 취득가액은 법 시행령 제122조 제1항 제2호 단서에 의하여 원고가 취득한 합병법인 주식의 액면가액을 기준으로 계산되어야 한다.

2. 피합병법인의 청산소득에 대한 법인세를 합병대가의 총합계액에 가산하여서는 안 된다는 주장(제2주장) 법 시행령 제122조 제1항 제3호에 의하면, 합병법인이 납부하는 피합병법인의 청산소득에 대한 법인세를 합병대가의 총합계액에 가산하도록 규정하고 있기는 하나, 이 사건의 경우 피합병법인이 합병 당시에 청산소득에 대한 법인세를 납부할 충분한 능력 이 있었음에도 합병법인인 원고가 이를 대신하여 납부하여야 하는 것처럼 가정하여 이 를 합병대가의 총합계액에 가산한 것은 부당하다.

• 나. 관계법령 별지 기재와 같다.
• 다. 인정사실

1. 원고는 1977. 4. 21.경 설립되어 반도체 제작 및 관련서비스 사업 등을 영위하는 회사이고, 피합병법인은 반도체 제조업 등을 영위하는 회사로서, 그 대표자는 최AA이 었다.

2. 원고는 2005. 12. 28. 피합병법인의 대주주 최AA 등으로부터 이들이 소유하고 있는 피합병법인의 주식 4,596,798주를 15,107,519,000원에 취득하였다가 그 중 650,000주플 캐피탈파트너스에 다시 양도하여, 이 사건 포합주식인 피합병법인의 주식 3,946,798주(취득가액: 12.971.274,212원)플 보유하고 있었다.

3. 원고는 2006. 5. 26. 피합병법인과 사이에, 원고가 피합병법인을 흡수합병하고, 원고는 피합병법인의 주주에게 합병신주를 교부하기 위하여 기명식 보통주 22,715,377 주(액면가 500원)똘 신규로 발행하되, 합병교부금은 별도로 없는 것으로 하며, 원고와 피합병법인의 합병비율을 1: 2.0207253으로 정하는 등의 내용으로 합병계약을 체결하였다.

4. 원고가 피합병법인을 흡수합병한 전후의 피합병법인의 주식소유 현황과 합병 후 원고의 합병신주 교부내역은 아래 [표 1] 기재와 같다. (아래 표 생략)

5. 원고는 2006. 4. 26. 이사회 결의를 통하여 피합병법인을 흡수합병하고. 2006. 8. 4.합병승인을 위한 임시주주총회 결의를 거쳐 2009. 9. 19. 합병등기를 마쳤다. 원고 는 피합병법인의 주주에게 합병신주를 교부하기 위하여 기명식 보통주 22.715.377주 (액면가 500원)를 발행하여 기말 주식 소유비울에 따라 주식을 교부하였는데, 원고가 보유하고 있던 이 사건 포함주식에 대하여 위 합병신주 중 7,975,395원을 교부하는 것으로 처리하였다.

6. 원고는 2006. 12. 18. 피고에게 16.783.556,488원을 피합병법인의 청산소득금액 으로 하여 피합병법인의 청산소득에 대한 법인세 4,183.889.122원을 신고하였다.

7. 피고는 2007. 5. 10. 원고에 대하여, 원고가 신고한 피합병법인의 청산소득에 대 한 법인세 산출내역에 일부 오류가 있다는 이유로 청산소득에 대한 법인세 과세표준을 13,303,714.081원으로 변경 하고, 납부할 법인세를 3,461.066.946원(= 산출세액 3.313,928.520원 + 가산세 147,138,426원)으로 경정·고지하였다. 피고가 위 법인세를 산출한 근거는 아래 [표 2]와 같다. (아래 표 생략)

8. 원고가 앞서 처분의 경위 마.항에서 본 바와 같이 2007. 7. 17. 피고에게 피합병법인의 청산소득에 대한 법인세를 감액해 달라는 경정청구를 하였으나, 피고는 2007. 9. 5. 이를 거부하는 이 사건 처분을 하였다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제2 내지 4호증(각 가지번호 포함), 갑 제6호증, 을 제 1, 2호종의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 라. 판단

1. 제1주장에 대한 판단

• 가) 법 제80조 제1항에 의하면, 내국법인이 합병으로 인하여 해산하는 경우 합병에 의한 청산소득의 금액은 피합병법인의 주주등이 합병법인으로부터 받은 합병대가의 총합계액에서 피합병법인의 합병등기일 현재의 자기자본의 총액을 공제한 금액으로 하고, 같은 조 제2항에 의하면, 위 합병대가의 총합계액을 계산함에 있어서, 합병법인이 합병등기일 전 2년 니내에 취득한 피합병법인의 주식등(이하 ’포합주식등’이라 한다)이 있고, 그 포합주식등에 대하여 주식등을 교부한 경우에는, 합병대가의 총합계액을 산정함에 있어서 당해 포합주식등의 취득가액에서 교부한 주식등의 가액을 공제한 금액을 가산하도록 되어 있다. 법 제80조 제4항의 위임에 따른 법 시행령 제122조 제l항 제2호 단서에 의하면 이 때의 ‘포합주식등의 취득가액’은, ① 합병법인이 법 제80조 제2항의 규정에 의한 포합 주식등을 피합병법인의 주주등으로부터 취득할 당시 합병법인과 피합병법인이 특수관 계자가 아닐 것(같은 호 가목), ② 피합병법인의 주주가 포합주식등을 합병법인에게 양 도한 후 7일 이내에 포합주식등의 양도급액의 100분의 95 이상에 상당하는 합병법인 주식(합병법인이 새로이 발행한 주식을 말한다)을 취득할 것(같은 호 나목), ③ 법 제44조 제1항 제1호 및 제2호의 요건, 즉 ㉮ 합병등기일 현재 1년 이상 계속하여 사업을 영위하던 내국법인간의 합병이고(법 제44조 치11항 제1호), ㉯ 피합병법인의 주주등이 합병법인으로부터 합병대가를 받은 경우에는 동 합병대가의 총합계액 중 주식등의 가액이 100분의 95 이상일 것(법 제44조 제l항 제2호)의 요건(같은 호 다목)을 모두 충족 하는 경우에는, 나목의 규정에 의하여 피합병법인의 주주가 취득한 합병법인의 주식가액(취득가액이 액면가액보다 큰 경우에는 액면가액)에 포합주식 양도대금 중 합병법인 주식 취득에 사용되지 아니한 급액을 더한 금액으로 하도록 되어 있다.
• 나) 이와 같이 법 시행령 제122조 제1항 제2호 단서에서 합병에 의한 청산소득금액에 가산하는 포합주식등의 취득가액의 계산에 대하여 특례를 둔 취지는, ① 특수관계 없는 법인 간 합병시 합병법인이 먼저 피합병법인 주식을 취득하여 경영권을 획득 한 후 합병이 이루어지는 현실을 감안하고, 포합주식에 대한 청산소득 과세제도가 합병에 걸림돌이 되지 않도록 하며, ② 피합병법인의 주주가 합병 전 주식 양도의 대가로 합병법인이 새로 발행한 주식을 취득(주식교환)하는 경우에는, 합병시점에서 피합병법인 주주가 합병대가로 합병법인 주식을 교부받은 것과 사실상 차이가 없으므로, 합병시 청산소득 계산 방식과 동일하게 합병법인 주식가액을 액면가액으로 계산하도록 하는 것이 과세형평상 타당하고, ③ 다만 현행 상법상 자회사 주식을 100% 취득하는 경우에만 인수기엽과 피인수기업간 주식의 직접 교환이 인정되는 점을 감안하여 피합 병법인 주식의 매매 및 합병법인 주식의 신주 발행이라는 형식을 통하여 사실상 주식 교환과 동일한 결과가 발생하는 경우에는 세제지원요건을 갖춘 합병과 동일하게 지원 한다는 것이다.
• 다) 이 사건에서는 원고의 경우에도 법 시행령 제122조 제1항 제2호 나목에서 정한 요건을 충족한 것으로 볼 수 있는지 여부만이 쟁점이 되는바, 위 인정사실 및 앞서 본 관계법령 전체의 취지 등에 비추어 볼 때, 아래와 같은 이유에서 원고는 법 시행령 제122조 제1항 제2호 나목의 요건을 충족한 것으로 볼 수 없다.

(1) 문언해석상, 법 시행령 제122조 제1항 제2호 나목에서 정한 피합병법인의 주주는 ’포합주식을 합병법인에게 양도한 피합병법인의 주주’를 의미한다고 봄이 상당 하다. 원고의 주장과 같이 위 규정의 피합병법인의 주주가 합병법인만을 의미한다고 보아야 할 것이었다면, 같은 호 가목과 같이 직접 ’합병법인’으로 규정했어야 할 것이고, 여기서의 ’피합병법인의 주주’는 소멸법인의 주주로서 합병법인에게 합병등기일 전 2년 이내에 피합병법인의 주식을 양도하고, 이에 따라 합병법인이 보유하게 된 피합병법인의 주식이 바로 법 시행령 제122조 제1항 제2호 나목에서 정한 ’포합주식등’이라고 보는 것이 법 제80조 제2항의 법문에 비추어 보더라도 더 자연스러운 해석이다.

(2) 앞서 본 특례규정의 입법취지에 의할 때, 법 시행령 제122조 제1항 제2호 나목은, 같은 호 다목(합병시점에서 피합병법인 주주가 합병대가로 합병법인 주식을 교부받는 경우)과는 달리, 피합병법인의 주주가 ’합병 전’에 주식을 양도한 대가로 합병법인의 신규발행 주식을 취득하는 경우를 상정하고 있다. 따라서 법 시행령 제122조 제1항 제2호 나목에서 정한 포합주식등의 ’양도’에는 법인의 합병이 포함된다고 할 수 없고, 합병법인주식의 ’취득’에는 합병등기 후 지분율에 따른 피합병법인의 주주에 대한 합병신주의 교부가 포함된다고 할 수 없다.

(3) 법의 취지 등을 종합하여 알 수 있는 다음의 사정 즉, 청산소득금액이 되는 합병대가는 ”피합병법인의 주주등이" “합병법인으로부터” 받은 주식등의 가액과 금전 기타 재산가액인 점(법 제80조 제1항, 제16조 제1항 제5호). 포합주식 조항의 입법목적은 합병법인이 합병 전에 피합병법인의 주식을 미리 취득하여 청산소득에 대한 법인세 부담을 부당하게 회피하는 것을 방지하기 위한 것인 점(헌법재판소 2009. 12. 29. 선고 2007헌바78 결정). 법 제80조 제2항은 합병법인이 그와 같은 포합주식을 취득하는 경우에 그 취득가액으로 피합병법인의 주주등에게 지급된 금원 중 합병법인의 주식 취득 가액으로 사용되지 않은 부분, 즉 피합병법인의 주주가 그대로 보유하고 있는 포합주식 양도대금은 이를 합병대가에 가산한다는 취지인 점, 따라서 법 제80조 제2항을 구 체화한 법 시행령 제122조 제1항 제2호 단서의 나목도 합병법인과 대항적인 위치에 있는 피합병법인의 주주가 그 조항에서 정한 일정한 요건을 갖춘 경우에 합병대가에 가산하는 금액에 관해서 규정하는 것에 불과한 점 등에 비추어 보면, 합병법인은 포합주식등을 취득하는 방법으로 피합병법인의 주주등에게 합병대가에 가산하는 금액를 교부하는 지위에 있는 것이지, 피합병법인의 청산소득금액이 되는 합병대가에 가산되는 금액을 취득하는 지위에 있다고 볼 수는 없다. 따라서, 합병법인인 원고는 법 제80조 제2항에서 규정하는 합병대가에 가산되는 ”포합주식 취득가액"(밥 시행령 제122조 제1 항 제2호의 ”포합주식 양도금액”과 같은 금액이다)의 귀속 주체가 될 수도 없고, 법 시행령 제122조 저11항 제2호 나목에서 규정하는 포합주식을 양도하는 피합병법인의 주주 지위를 가질 수도 없다.

• 라) 위와 같은 사실들을 종합해 보면, 피합병법인의 주주인 최AA 등이 원고에게 이 사건 포합주식을 양도한 후 7일 이내에, 양도금액의 100분의 95 이상에 상당하는 합병법인주식(원고가 새로이 발행한 주식)을 취득한 것으로 볼 수 없으므로, 원고가 법 시행령 제122조 제1항 제2호 나목에서 정한 요건을 충족하지 못한 것으로 보아 포합주식등의 취득가액을 합병법인 주식의 액면가액으로 인정하지 아니한 피고의 이 사건 처분은 적법하다.

2. 제2주장에 대한 판단 피합병법인의 청산소득에 대한 법인세는 피합병법인이 청산소득에서 납부하여야 하나, 피합병법인이 청산소득에 대한 법인세를 납부하지 않고 소멸하는 경우, 법 시행령 제127조 제2항에 의하여, 합병법인이 위 법인세를 납부할 책임을 지게 된다. 결국 소멸한 피합병법인이 납부하지 아니한 청산소득에 대한 법언세를 합병법인이 납부하는 경우 그에 상당한 금액도 사실상 합병대가로 피합병법인에게 지급된 것으로 볼 수 있어, 법 시행령 제122조 제1항 제3호는 이와 같은 점을 고려하여, 합병법인이 납부하는 피합병법인의 청산소득에 대한 법인세콜 합병대가의 총합계액에 포함시키도록 규정하고 있다. 피고의 이 사건 처분은 법 시행령 제122조 제1항 제3호에 따른 것으로서 적법하고, 위 법률 조항에서 합병 당시 피합병법인의 자력 유무에 따라 합병대가의 총합 계액에 피합병법인의 청산소득에 대한 법인세를 포함시킬지 여부를 달리 규정하고 있지 아니하므로, 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.