양도소득 필요경비 입증책임은 납세자에게 있는바, 청구인이 신고한 종합소득세 신고서상 쟁점부동산 장부가액을 취득가액으로 볼 수 없다는 입증이 부족하므로 처분청이 기준시가 신고를 부인하고 장부가액을 취득가액으로 산정하여 과세함은 타당하고, 청구인이 실제 지급한 것이 확인되는 명도비용은 추가로 필요경비로 인정가능함
양도소득 필요경비 입증책임은 납세자에게 있는바, 청구인이 신고한 종합소득세 신고서상 쟁점부동산 장부가액을 취득가액으로 볼 수 없다는 입증이 부족하므로 처분청이 기준시가 신고를 부인하고 장부가액을 취득가액으로 산정하여 과세함은 타당하고, 청구인이 실제 지급한 것이 확인되는 명도비용은 추가로 필요경비로 인정가능함
F세무서장이 2025.
8.
26. 청구인에게 감사결과 과세예고 통지한 2022 과세연도 양도소득세 535,896,380원은 청구인이 지급한 명도비용 359,000,000원을 소득세법 제97조 제1항 의 필요경비에 포함하는 것으로 하여 과세표준과 세액을 경정하고 나머지 청구는 이를 불채택합니다.
1. A(이하 “청구인”이라 한다)는 2004.
5.
6. 취득한 경기도 K 소재 토지 및 건물(이하 “쟁점부동산”이라 한다)을 2022.
4.
5. 5,280백만원에 양도하고 환산취득가액 2,345백만원을 적용하여 양도소득세 849백만원을 신고․납부하였다.
2. E지방국세청장(감사관, 이하 “감사관”이라 한다)은 2025.
4. 8.부터 4.
25. 까지 F세무서(이하 “통지관서”이라 한다)에 대한 교차감사를 실시하여, 청구인이 종합소득세 신고시 표준대차대조표에 계상한 쟁점부동산의 장부가액 1,128백만원을 실지취득가액으로 보아 양도소득세를 경정하도록 처분지시하였다.
8.
26. 청구인에게 양도소득세 535백만원을 과세하겠다는 내용의 감사결과 과세예고통지 (이하 “쟁점통지”라 한다) 하였다.
9.
22. 이 사건 과세전적부심사를 청구하였다.
1. 과세관청은 청구인이 2005년 과세연도부터 쟁점부동산 양도시까지 복식부기로 기장하여 종합소득세를 납부하였고, 납세의무자가 성실하게 작성한 장부가액이 실지거래가액과 다르게 기재되었다고 볼 수 없으므로 장부가액을 실지 취득가액으로 판단하였으나,
5.
6. 전소유자 C로부터 매매를 원인으로 취득하였고 2005 과세연도 종합소득세 신고할 시점인 2006년 5월 최초로 대차대조표를 작성하였는데, 그 당시 양도소득세는 기준시가 과세원칙으로 계약서를 양도할 때까지 보관해야 한다는 것을 알지 못했으며, 종합소득세 신고시 실제 취득가액으로 장부계상한 사실을 모르고 수차례 집과 사무실을 이사하면서 매매계약서를 분실하였다.
2. 과세관청은 前소유자 C가 2003년 前前소유자 D주식회사로부터 취득한 금액 750백만원과 약 1년이 경과한 후 청구인 환산취득가액과의 차이가 커서 장부가액이 실지거래가액이라고 판단하였다고 추정되나,
3.
31. 자본잠식률 50%이상 사유로 관리종목으로 지정되었고, 2004.
4.
21. 관리종목 지정사유 추가로 주권매매거래 정지가 되었음이 전자공시시스템에서 확인된다.
5.
3. 주요 고정자산인 쟁점부동산의 처분 목적이 재무구조와 경영개선이라고 공시하는 등 부도위기에 몰린 법인의 보유 부동산이 납품대금으로 변제된 부동산 가격을 정상적인 시세로 볼 수 없으며, 부도위기에 몰린 기업이 공시한 매도가격이 사실에 부합하는지 의문스럽다.
3. 청구인은 취득매매계약서 등을 분실하여 실지 취득가액을 입증서류로 증명할 수 없지만 2003년 매물로 나온 쟁점부동산을 21억 정도로 취득한 것으로 기억한다. 청구인은 쟁점부동산 매수자금을 마련하기 위해 2003.
12.
5. 서울 L소재 부동산을 약 9억원, 2004.
4.
14. 서울 Z 소재 부동산을 약 6억원에 각각 매도하고 별도 운영자금과 우리은행 근저당채무 450백만원을 인수하는 조건으로 쟁점부동산을 인수한 것으로 기억하고 있으나, 부동산의 매매계약서 등 관련서류를 분실하여 제출할 수 없어 현재 등기부등본 자료를 제출하지만 매도대금과 쟁점부동산 매수대금 내역을 확인하기 위해 여러 은행을 방문한바 쟁점부동산 등기부등본에 설정․인수한 대출금 450백만원에 대한 기록만이 확인되었다.
4. 쟁점부동산 양도시점에 기준시가 1,804백만원 대비 3배에 육박하는 5,280백만원으로 거래되었음에도 취득시점에는 기준시가 유사금액으로 거래되었다는 과세관청의 과세논리는 모순이 있다.
5. 청구인이 비록 종합소득세 신고시 복식부기 기장의무자라는 이유로 장부가액을 기재하였으나, 취득에 관한 어떤 증빙도 없이 장부가액을 실지취득가액으로 결정한다는 것은 부당하다.
1. 청구인이 2021. 5. 30. 매수법인 T주식회사와 체결한 쟁점부동산 매매계약(특약사항3)에서 “매도인은 임차인 명도책임을 가지며.....”라고 약정되어 있고, 약정에 따라 임차인 Q 등 6인에게 명도비용, 이사비용 등 명목으로 359백만원을 지급하였다.
2. 청구인이 쟁점부동산을 매도하는 과정에서 매매약정에 따라 매도인의 책임으로 임차인 명도를 위해 지출한 명도비용이므로 소득세법시행령 제163조 제5항 1호 라목의 필요경비에 해당한다.
1. 청구인은 쟁점부동산 취득일(2004.
5. 6.) 전인 2004.
5.
1. 쟁점부동산 소재지를 사업장으로 부동산임대업을 사업자등록하였으며 양도일(2022.
4. 5.) 전인 2022.
3.
30. 폐업하였다.
5.
3. 매매로 취득 후 2003.
5.
2. C에게 매매로 양도하였다가, C이 2004.
5.
6. 청구인에게 양도하였다. C의 양도가액은 확인되지 않으나, D주식회사가 쟁점부동산을 C에게 양도 후 주요 고정자산 처분으로 공시한 바, 확인된 처분가액이 750백만원이며, C과 D주식회사 간 특수관계가 확인되지 않아 정상거래가격으로 보이는 점, 해당 거래 약 1년 후 청구인이 취득한 점을 고려했을 때, 최초 장부가액 1,261백만원이 실지 취득가격으로 판단된다.
2. 청구인은 쟁점부동산의 장부가액이 실지취득가액이 아니라는 주장을 뒷받침할만한 근거자료를 제시하지 못하고 있다.
3. 환산취득가액은 실지취득가액을 확인하기 어려운 납득할 만한 사정이 있는 경우에 한하여 제한적으로 적용되어야 할 것으로 아래의 사정 등으로 장부가액을 실지취득가액으로 본 쟁점통지는 정당하다
11.
30. 참조),
12.
08. 법률 제18578호로 개정된 것)
① 제94조제1항 각 호에 따른 자산의 양도가액은 그 자산의 양도 당시의 양도자와 양수자 간에 실지거래가액에 따른다. 2) 소득세법 제97조 【 양도소득의 필요경비 계산 】(2021.
12.
08. 법률 제18578호로 개정된 것)
① 거주자의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각 호에서 규정하는 것으로 한다.
1. 취득가액(지적재조사에 관한 특별법 제18조 에 따른 경계의 확정으로 지적공부상의 면적이 증가되어 같은 법 제20조에 따라 징수한 조정금은 제외한다). 다만, 가목의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에 한정하여 나목의 금액을 적용한다.
2. 자본적지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것
3. 양도비 등으로서 대통령령으로 정하는 것
② 제1항에 따른 양도소득의 필요경비는 다음 각 호에 따라 계산한다.
1. 취득가액을 실지거래가액에 의하는 경우의 필요경비는 다음 각 목의 금액에 제1항제2호 및 제3호의 금액을 더한 금액으로 한다.
2. 그 밖의 경우의 필요경비는 제1항제1호나목(제1호나목이 적용되는 경우는 제외한다), 제7항(제1호다목이 적용되는 경우는 제외한다) 또는 제114조제7항(제1호나목이 적용되는 경우는 제외한다)의 금액에 자산별로 대통령령으로 정하는 금액을 더한 금액. 다만, 제1항제1호나목에 따라 취득가액을 환산취득가액으로 하는 경우로서 가목의 금액이 나목의 금액보다 적은 경우에는 나목의 금액을 필요경비로 할 수 있다.
③ 제2항에 따라 필요경비를 계산할 때 양도자산 보유기간에 그 자산에 대한 감가상각비로서 각 과세기간의 사업소득금액을 계산하는 경우 필요경비에 산입하였거나 산입할 금액이 있을 때에는 이를 제1항의 금액에서 공제한 금액을 그 취득가액으로 한다.
⑤ 취득에 든 실지거래가액의 범위 등 필요경비의 계산에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 2_1) 소득세법 시행령 제163조 【 양도자산의 필요경비 】(2022.
2.
15. 대통령령 제32420호로 개정된 것)
① 법 제97조제1항제1호가목에 따른 취득에 든 실지거래가액은 다음 각 호의 금액을 합한 것으로 한다.
1. 제89조제1항을 준용하여 계산한 취득원가에 상당하는 가액(제89조제2항제1호에 따른 현재가치할인차금과 부가가치세법 제10조제1항 및 제6항에 따라 납부하였거나 납부할 부가가치세를 포함하되 부당행위계산에 의한 시가초과액을 제외한다)
⑤ 법 제97조제1항제3호에서 "대통령령으로 정하는 것"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로서 그 지출에 관한 법 제160조의2제2항에 따른 증명서류를 수취ㆍ보관하거나 실제 지출사실이 금융거래 증명서류에 의하여 확인되는 경우를 말한다.
1. 법 제94조제1항 각 호의 자산을 양도하기 위하여 직접 지출한 비용으로서 다음 각 목의 비용
12.
08. 법률 제18578호로 개정된 것)
② 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제105조에 따라 예정신고를 한 자 또는 제110조에 따라 확정신고를 한 자의 신고 내용에 탈루 또는 오류가 있는 경우에는 양도소득과세표준과 세액을 경정한다.
③ 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 양도소득 과세표준과 세액을 결정 또는 경정한 후 그 결정 또는 경정에 탈루 또는 오류가 있는 것이 발견된 경우에는 즉시 다시 경정한다.
④ 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제1항부터 제3항까지의 규정에 따라 양도소득 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 제96조, 제97조 및 제97조의2에 따른 가액에 따라야 한다.
⑦ 제4항부터 제6항까지의 규정을 적용할 때 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 따라 정하는 경우로서 대통령령으로 정하는 사유로 장부나 그 밖의 증명서류에 의하여 해당 자산의 양도 당시 또는 취득 당시의 실지거래가액을 인정 또는 확인할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 양도가액 또는 취득가액을 매매사례가액, 감정가액, 환산취득가액 또는 기준시가 등에 따라 추계조사하여 결정 또는 경정할 수 있다. 3_1) 소득세법 시행령 제176조의2 【 추계결정 및 경정 】(2022.
2.
15. 대통령령 제32420호로 개정된 것)
① 법 제114조제7항에서 "대통령령으로 정하는 사유"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.
1. 양도 또는 취득당시의 실지거래가액의 확인을 위하여 필요한 장부ㆍ매매계약서ㆍ영수증 기타 증빙서류가 없거나 그 중요한 부분이 미비된 경우
2. 장부ㆍ매매계약서ㆍ영수증 기타 증빙서류의 내용이 매매사례가액, 감정평가 및 감정평가사에 관한 법률에 따른 감정평가법인등(이하 이 조에서 "감정평가법인등"이라 한다)이 평가한 감정가액 등에 비추어 거짓임이 명백한 경우
② 법 제114조제7항에서 "대통령령으로 정하는 방법에 따라 환산한 가액"이란 다음 각 호의 방법에 따라 환산한 가액을 말한다.
2. 법 제94조제1항제1호 및 제2호가목에 따른 토지ㆍ건물 및 부동산을 취득할 수 있는 권리의 경우에는 다음 계산식에 따른 금액. 이 경우 부동산 가격공시에 관한 법률에 따른 개별주택가격 및 공동주택가격(이들에 부수되는 토지의 가격을 포함한다)이 최초로 공시되기 이전에 취득한 주택과 부수토지를 함께 양도하는 경우에는 다음 계산식 중 취득당시의 기준시가를 제164조제7항에 따라 계산한 가액으로 한다. 4) 국세기본법 제81조의3 【 납세자의 성실성 추정 】(2021.
12.
21. 법률 제18586호로 개정된 것) 세무공무원은 납세자가 제81조의6제3항 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 제외하고는 납세자가 성실하며 납세자가 제출한 신고서 등이 진실한 것으로 추정하여야 한다. 5) 국세기본법 제86조의6 【 세무조사 관할 및 대상자 선정 】(2021.
12.
21. 법률 제18586호로 개정된 것)
③ 세무공무원은 제2항에 따른 정기선정에 의한 조사 외에 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 세무조사를 할 수 있다.
1. 납세자가 세법에서 정하는 신고, 성실신고확인서의 제출, 세금계산서 또는 계산서의 작성ㆍ교부ㆍ제출, 지급명세서의 작성ㆍ제출 등의 납세협력의무를 이행하지 아니한 경우
2. 무자료거래, 위장ㆍ가공거래 등 거래 내용이 사실과 다른 혐의가 있는 경우
3. 납세자에 대한 구체적인 탈세 제보가 있는 경우
4. 신고 내용에 탈루나 오류의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우
5. 납세자가 세무공무원에게 직무와 관련하여 금품을 제공하거나 금품제공을 알선한 경우
1. 청구인이 쟁점부동산의 취득가액 * 을 환산취득가액 2,345백만원으로 신고하였으나 처분청은 장부가액 1,128백만원을 실지취득가액으로 보아 취득가액 과다신고로 양도소득세를 과세하겠다는 내용의 감사결과 과세예고통지하였다.
2. 청구인이 쟁점부동산과 관련하여 개업일 2004.
5. 1., 업종 부동산임대업으로 20. . . 일반과세자로 사업자등록신청을 하고 폐업일 20. .. 폐업신고한 사실이 국세청 전산망으로 확인된다.
3. 쟁점부동산과 관련하여 장부가액 최초 신고는 2005 과세연도에 토지 731백만원, 건물 529백만원으로 표준대차대조표에 계상하여 신고하였고, 2011년부터 2020년까지 매년 13백만원을 감가상각하여 2020년 감가상각누계액 132백만원이며, 2021년 감가상각비 미계상으로 양도시에 건물 장부가액이 397백만원인 사실이 국세청 전산망으로 확인된다.
4. 청구인에게 쟁점부동산 취득․등록과 관련하여 과세표준 800백만원에 대한 취득․등록세 46백만원의 과세내역이 국세청 전산망으로 확인된다.
5. D주식회사는 19. 월 설립된 도․소매 및 임대를 주요사업으로 하였으나 20. . **. 현재 해당 영업을 중단하고 경기도 W소재 지하2층, 지상6층의 판매 및 영업시설을 분양중에 있다고 2005.
3.
19. 제출된 2004 사업연도 감사보고서 및 부동산종합공부로 확인된다.
6. 청구인의 쟁점부동산에 대한 2021. 2기 및 2022. 1기 부동산임대공급가액 명세서 제출내역은 아래와 같다.
7. 청구인 제출자료
5. 3.)를 통해 확인되므로 부도 위기에 몰린 법인 보유 부동산의 양도가액을 정상적인 시세로 볼 수 없다고 주장하며 청구인은 관리종목 지정, 주권매매거래정지 등 공시자료를 제출하였다.
5.
30. 매수법인과 체결한 매매계약 특약사항3에 따라 임차인 Q 등 6인에게 지급한 명도비용, 이사비용등 359백만원에 대한 금융증빙등을 제출하였다.
28. 선고 2013누53389 판결 참조).
2. 취득 관련 증빙서류에 의하여 취득가액이 확인되는 때에 한하여 그것과 일치하는 장부가액만을 실지취득가액으로 인정할 수 있다고 볼 것은 아니고, 과세관청은 반드시 취득과 관련된 증빙서류에 의하지 않더라도 해당 장부의 기재를 실지취득가액이라고 볼 수 있는 상당한 사정을 증명하면 족하다고 할 것이며, 그러한 상당한 사정이 증명된 때에는 장부가액을 부인하려는 납세의무자 측에서 장부의 기재가 실지거래가액과 다르다는 점이나 장부를 실제와 달리 기재한 납득할 만한 이유를 밝혀 장부를 실지취득가액으로 인정할 수 없는 사정을 증명하여야 한다고 봄이 타당하다(서울고등법원 2014.
28. 선고 2013누53389 판결 참조). 3) 살펴보면, 청구인은 쟁점부동산을 취득한 후 오랜 기간이 경과하여 취득계약서 등을 분실하여 실지취득가액을 입증할 수 없을 뿐만 아니라 장부가액이 계상한 사업연도의 기준시가와 별 차이가 없어 실지거래가액을 반영하였다고 볼 수 없으므로 환산취득가액을 적용하는 것이 타당하다는 주장이나, 상기 법리와 아래의 사정을 종합하여 판단하면 청구인이 2005년 귀속 종합소득세를 신고하면서 제출한 표준대차대조표에 기재된 쟁점부동산의 장부가액이 있음에도 실지거래가액이 불분명한 것으로 보아 환산취득가액을 적용하여야 한다는 청구주장은 받아들이기 어렵다고 판단된다.
11.
30. 참조)
2. 청구인이 외부조정으로 종합소득세 신고시 첨부한 결산서상 취득가액 및 감가상각비는 납세의무자로서 세법상 성실하게 작성하였음을 전제로 하므로 명백한 근거 없이 부인할 수 없는 것인데(조심2019중2708, 2020.
4.
8. 참조), 청구인은 장부가액이 실지취득가액이 아니라는 특별한 사정 등을 입증하지 못하는 점
3. 코스닥상장법인인 D주식회사는 쟁점부동산의 前前소유자로 前소유자인 C에게 양도 후 주요고정자산 처분가액을 750백만원으로 공시한 사실이 확인되며 그 금액은 매매당사자 간 특수관계가 확인되지 않은 정상거래가격으로 보이며, 청구인이 해당 거래 약 1년 후 쟁점부동산을 취득한 점을 고려했을 때 최초 장부가액 1,261백만원이 실지 취득가격으로 판단되는 점 따라서 통지관서가 청구인이 종합소득세 신고시 표준대차대조표에 계상한 장부가액을 쟁점부동산의 실지취득가액으로 보아 청구인에게 취득가액 과다로 양도소득세를 과세하겠다는 쟁점통지는 잘못이 없는 것으로 판단된다. (예비적 청구) 장부가액을 실지거래가액으로 볼 경우 명도비용 359백만원을 필요경비로 인정해달라는 청구주장의 당부 1) 소득세법 제97조제1항제3호 및 같은 법 시행령 제163조제5항제1호라목에서 거주자의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비인 양도비 등은 자산을 양도하기 위하여 직접 지출한 비용으로서 매매계약에 따른 인도의무를 이행하기 위하여 양도자가 지출하는 명도비용으로 그 지출에 관한 소득세법 제160조의2제2항 에 따른 증명서류를 수취․보관하거나 실제 지출사실이 금융거래 증명서류에 의하여 확인되는 경우를 말한다라고 규정하고 있다.
2. 쟁점부동산의 장부가액을 실지취득가액으로 보는 경우에는 매매계약에 따른 인도의무를 이행하기 위해 양도자인 청구인이 임차인들에게 지급한 명도비용을 필요경비로 공제해달라는 청구인 주장에 대해 상기 법령과 아래의 사정을 종합하여 판단하면 필요경비로 공제되는 양도비에 해당된다고 판단된다.
5.
30. 매수법인과 체결한 매매계약 특약사항으로 ‘청구인이 임차인 명도책임을 가지며 잔금 전까지 모든 세대원 주소이전 또는 사업자등록을 말소하고 임차인 명도를 완료한 상태에서 잔금을 진행한다’라고 계약을 체결한 사실이 확인되는 점
이 건 과세전적부심사청구는 청구법인 주장이 일부 이유 있다고 인정되므로 국세기본법 제81조의15 제5항 제2호 에 따라 주문과 같이 결정한다.
청구인이 지급한 명도비용을 필요경비에 산입하는 일부채택 결정함