장부상 기재된 가액이 신축건물의 실지취득가액이라고 인정할 만한 아무런 증빙자료의 제시가 없어 이를 인정하기 어렵고,청구인이 구분한 쟁점부동산의 토지와 건물의 가액이 기준시가에 의하여 안분 계산한 가액과 100분의 30 이상 차이가 있는 이상 가액 구분이 불분명한 때에 해당하므로 관련 규정에 의거 자산별 기준시가로 안분계산한 가액을 양도가액 및 부가가치세 과세표준으로 봄이 타당함
장부상 기재된 가액이 신축건물의 실지취득가액이라고 인정할 만한 아무런 증빙자료의 제시가 없어 이를 인정하기 어렵고,청구인이 구분한 쟁점부동산의 토지와 건물의 가액이 기준시가에 의하여 안분 계산한 가액과 100분의 30 이상 차이가 있는 이상 가액 구분이 불분명한 때에 해당하므로 관련 규정에 의거 자산별 기준시가로 안분계산한 가액을 양도가액 및 부가가치세 과세표준으로 봄이 타당함
[ 세 목 ] 양도 [ 결정유형 ] 불채택 [ 문서번호 ] 적부-서울청-2025-0030 [ 전심번호 ] [ 제 목 ]
1. 건물 취득가액은 장부가액으로 보아야 한다는 주장의 당부
2. 철거예정 건물과 토지를 일괄양도함에 있어 당사자 간 진정한 합의로 건물가액 산정한 것이므로 기준시가로 안분계산하여 양도소득세 및 부가가치세 과세함은 부당하다는 주장의 당부 [ 요 지 ] 장부상 기재된 가액이 신축건물의 실지취득가액이라고 인정할 만한 아무런 증빙자료의 제시가 없어 이를 인정하기 어렵고,청구인이 구분한 쟁점부동산의 토지와 건물의 가액이 기준시가에 의하여 안분 계산한 가액과 100분의 30 이상 차이가 있는 이상 가액 구분이 불분명한 때에 해당하므로 관련 규정에 의거 자산별 기준시가로 안분계산한 가액을 양도가액 및 부가가치세 과세표준으로 봄이 타당함 [ 결정내용 ] [주 문] 이 건 과세전적부심사청구는 불채택 결정합니다. [이 유] 붙임과 같습니다. [
] 소득세법 제97조 【양도자산의 필요경비】 소득세법 제100조 【양도차익의 산정】
20. 서울 Z구 F 토지 000㎡, 건물 000㎡를 취득하여 2015. 6.
,
2. 지하 2층, 지상 15층의 연면적 0,000㎡ 건물을 신축하여(이하 토지 및 신축건물을 “쟁점부동산” 이라 한다) 관광호텔(상호: G, 이하 “쟁점사업장” 이라 한다)을 운영하였다.
31. 쟁점부동산을 토지 17,900백만원, 신축건물 4,000백만원으로 구분기장하여 총 21,900백만원에 양도하고, 양도소득세 신고 시 토지와 신축건물의 장부가액 1) 15,237백만원(토지 6,169백 만원, 건물 9,068백만원)을 취득가액으로 하여 계산한 양도소득세 2,358백만원과 건물분 부가가치세 400백만원을 신고납부하였다.
1.
12. 사망하였고 배우자 B(이하 “청구인” 이라 한다)와 자녀 3인이 피상속인의 납세의무를 승계하였다.
4.
14. 쟁점부동산 신축건물을 철거하고 주거용 오피스텔 신축공사를 시작하였다.
10. 21.부터 2024.
11. 7.까지 D세무서장(이하 “처분청①” 이라 한다)에 대한 종합감사를 실시하여 피상속인의 쟁점부동산 양도소득세 신고내용에 대해
1. ① 토지 취득계약서상 매매금액 및 전소유자 신고 양도가액은 5,860백만원이나 5,898백만원으로 신고하여 매입가액 38백만원 차이 발생,
② 건물 취득가액을 9,068백만원으로 신고하였으나 신축건물 취득세 신고 시 지자체에 제출된 관련 증빙과 세금계산서 등으로 확인되는 금액은 6,959백만원으로 2,109백만원 차이 발생하여 쟁점부동산의 취득가액을 경정하여 양도소득세를 경정하도록 처분청①에 처분지시하고, 〈취득가액 신고 내역 및 과세예고 내역〉 (천원) 취득가액 신 고 과세예고 증 감 토지 매입가액 5,898,000 5,860,000 △38 취득세 269,560 269,560 법무사비용 1,484 1,484 소 계 6,169,044 6,131,044 △38 건물 신축가액 9,318,684 7,209,873 △2,108,811 취득세 226,280 226,280 감가상각비 477,214 477,214 소 계 9,067,749 6,958,939 △2,108,811 합 계 15,236,793 13,089,983
2. 토지와 건물을 함께 양도하는 경우로서 양도가액 21,900백만원에 대해 토지 17,900백만원, 건물 4,000백만원으로 구분기장 하였으나, 각 자산별 기준시가로 안분계산한 금액과 100분의 30 이상 차이가 있어 기준시가로 안분계산한 건물가액 9,774백만원과 신고금액 4,000백만원과의 차이 5,774백만원에 대한 부가가치세를 과소신고한 것으로 보아 사업장 관할 관서인 E세무서장(이하 “처분청②“ 라고 한다)에게 부가가치세를 경정하도록 처분지시하였다.
3.
18. 이 사건 과세전적부심사를 청구하였다.
4.
3. 토지 취득가액 중 20백만원을 추가 인정하여 과세 예고 금액을 직권 시정하기로 하였고, 청구인은 토지 취득가액 차이 38백만원에 대한 과세전적부심사 청구 부분은 취하하였다.
11.
14. 건물 준공 시 취득세 신고하면서 제출한 서류는 시간적으로 온전한 장부마감을 한 자료가 아니기에, 이러한 상황에서 취득세 과세표준을 과소하게 신고하였다 하여 매년 증빙에 의해 기장하고 신고한 재무제표 장부가액이 잘못되었다고 결론 짓는 것은 부당하다. 4) 건물 신축비용은 처분청이 매입세금계산서 등을 조회하면 확인이 가능할 것인바, 청구인이 2014.
11.
10. 부동산 취득계약 체결 시부터 준공 시까지 수취한 매입세금계산서 등이 194건임에도 처분청은 주요 매입처 5개 업체와 기타경비를 가산한 것 외에는 상당한 매입처를 누락하고 신축비용을 산정하였는데 이는 실제 건축비용과 다르므로 부당하다. 5) 감사관이 2024.
11. 처분청①에 대한 종합감사 시 청구인에게 쟁점부동산 양도와 관련하여 취득 시부터 양도 시까지 토지․건물 계정별 원장 제출을 요구한 사실이 있으나, 청구인은 호텔 매각으로 인한 2021.
3.
31. 폐업 및 2022.
1.
22. 피상속인 사망으로 보존기간 5년이 지난 장부는 제출하지 못하였다. 이와 관련하여 국세기본법 제85조의3 제2항 에서 장부 및 증거서류는 그 거래 사실이 속하는 과세기간에 대한 해당 국세의 법정 신고 기한이 지난날부터 5년간 보존하여야 한다고 규정하고 있는바, 보존기간이 도과되어 관련 증빙을 제출하지 못한 청구인에게는 귀책 사유가 없다. 6) 국세기본법 제81조의3 에서 ‘세무공무원은 납세자가 성실하며 납세자가 제출한 신고서 등이 진실한 것으로 추정하여야 한다’고 규정하고 있는바, 청구인이 취득가액으로 신고한 건물 장부가액은 호텔 매각 시까지 증빙에 의한 복식 기장과 성실신고 확인을 받아 매년 종합소득세를 신고한 재무제표와 장부이므로 신뢰 되어야 한다.
3.
31. 쟁점부동산 매입 후 2022.
4.
. 매수자가 신축을 목적으로 상업용 토지를 매수하는 거래에서는 건물가격은 없이 토지 평당가액을 산정하여 거래가 이루어지고 있는 것이 일반적인데, 쟁점부동산은 이러한 매매거래 상황에서 거래당사자 사이에 진정한 합의에 의해서 매매가액 219억원, 이중 토지 179억원, 건물 40억원(부가세 별도)으로 명확하게 토지와 건물가액을 구분하여 매매계약을 체결하였다. 2) 당사자 간 진정한 합의 소득세법 제96조 제1항 에서 자산의 양도가액은 그 자산의 양도 당시의 양도자와 양수자 간의 실지거래가액에 따른다고 규정하고 있고, 부가가치세법 제29조 제9항 2) 에서도 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 또는 구축물 등을 함께 공급하는 경우에는 건물 또는 구축물 등의 실지거래가액을 공급가액으로 한다고 규정하고 있으므로, 쟁점부동산 양도거래의 양도가액과 부가가치세 공급가액도 실지거래가액을 적용하여야 한다. 또한 민법 제105조 에서도 ‘법률 행위의 당사자가 법령 중의 선량한 풍속 기타 사회질서에 관계없는 규정과 다른 의사를 표시한 때에는 그 의사에 의한다’고 사적자치의 원칙을 규정하고 있는바, 쟁점부동산 양도거래는 당사자 사이에 진정한 합의로 토지․건물가액을 명확히 구분하여 계약하였으므로 존중되어야 한다. 3) 조세회피 목적 없으므로 소득세법 제100조 제3항 의 입법취지에 비추어 실지거래가액 인정되어야 함
12.
15. 법률 제13588호로 신설된 소득세법 제100조 제3항 은 일괄양도하는 토지․건물의 구분기장 가액이 기준시가로 안분계산한 금액과 100분의 30 이상 차이가 나는 경우 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명할 때로 보아 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산하도록 규정하였는데, 그 입법취지는 자산별 가액의 임의적 구분에 의한 조세회피를 방지하기 위함에 있다. 쟁점부동산 양도거래는 ① 토지가액과 건물가액이 명확하게 구분되어 있고, ② 당사자 사이에 진정한 합의에 의한 매매계약 체결이며, ③토지가액과 건물가액을 조세회피를 위해서 임의적으로 구분한 사실이 없으므로 기준시가로 안분계산함은 소득세법 제100조 제3항 의 입법취지에 위배되어 부당하다.
12.
31. 법률 제20615호로 신설되어 2025.
1. 1.부터 시행하는 소득세법 제100조 제3항 단서 규정에서는 대통령령으로 정하는 사유에 해당하는 경우는 불분명한 경우에서 제외한다고 하였으며, 이에 따른 소득세법 시행령 제166조 제8항 제2호 에서는 ‘토지와 건물 등을 함께 취득한 후 건물 등을 철거하고 토지만 사용하는 경우’를 대통령령으로 정하는 사유로 규정하고 있다. 이러한 법 개정의 입법 취지로 볼 때 ”토지와 건물 등을 철거하고 토지만 사용하는 경우“에서는 조세회피를 위한 임의적인 구분이 아니라면 양도자와 양수자 사이에 진정으로 합의하여 구분한 실지거래가액에 따르는 것이 합당하며 기준시가 안분계산은 적용하지 아니하여야 할 것이다. 4) 안분계산의 결과는 실제 현황에 부합하지 않음 쟁점부동산의 매매계약 내용과 처분청의 안분계산 현황은 아래와 같다. 〈실지 매매계약 내역 및 처분청 안분계산 내역〉 (천원) 구 분 기준시가
① 매매계약
② 처분청 경정 차 액(①-②) 총매매가액 12,514,092 21,900,000 21,322,613 577,386 토지가액 6,480,810 17,900,000 11,548,745 6,351,254 건물가액 (부가세별도) 6,033,282 4,000,000 9,773,867 -5,773,867 처분청이 쟁점부동산의 실지거래가액에 대해서 기준시가로 안분계산한 결과에 따르면 다음과 같은 모순이 발생하여 부당하다.
11.
13. 신축건물의 취득세 신고 시 서초구청에 제출한 관련서류인 신축공사비 과세표준 내역서, 건설공사계약서, 건설업종 표준도급계약서, 건축물의 설계․감리계약서, 설계 계약서, 감리용역 계약서 등을 징취하여 확인한바, 신축건물의 취득가액은 7,161백만원으로 기재되어 있다. 3) 신축건물의 신축허가일은 2015.
4. 8., 착공일은 2015.
6. 20., 사용승인일은 2017.
11.
2. 인바, 피상속인은 신축건물에 대해 2015년 과세연도에는 외부조정으로, 2016~2017년 과세연도에는 간편장부를 기장하여 아래와 같이 종합소득세를 신고하였다. 〈종합소득세 신고 내역〉 표생략 4) 취득세 신고 시 신축건물 취득가액은 7,161백만원임에도 2015년 신고된 장부가액은 7,781백만원으로 계상하였고, 2015.
6. 착공하여 2017.
11. 사용승인되었음에도 2016년~2017년 과세연도는 간편장부로 신고하였으며, 2018년에는 9,306백만원, 2019년~2020년에는 9,544백만원으로 장부계상되어 있어 차이가 발생된 사유에 대한 관련 증빙을 제출할 것을 소명요구하였으나, 청구인은 보존기간 5년이 도과하였다는 이유로 제출하지 아니하였다. 5) 이에 감사관은 장부에 기장된 신축건물 가액이 실지취득가액이라고 인정할 만한 자료가 없어, Z구청으로부터 징취한 신축가액 관련증빙과 세금계산서 수취내역을 조회하여 추가로 일부 인정하여 아래와 같이 신축건물의 실지거래가액 7,209백만원을 취득가액으로 경정하도록 처분지시 하였다. 〈처분청 경정 건물 신축가액〉표생략
1. 건물 취득가액은 장부가액으로 보아야 한다는 주장의 당부
2. 철거예정 건물과 토지를 일괄양도함에 있어 당사자 간 진정한 합의로 건물가액 산정한 것이므로 기준시가로 안분계산하여 양도소득세 및 부가가치세 과세함은 부당하다는 주장의 당부
① 거주자의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각 호에서 규정하는 것으로 한다.
1. 취득가액(괄호생략). 다만, 가목의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에 한정하여 나목의 금액을 적용한다.
2. 자본적지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것
3. 양도비 등으로서 대통령령으로 정하는 것 1-2) 소득세법 시행령 제163조 【양도자산의 필요경비】
① 법 제97조 제1항 제1호 가목에 따른 취득에 든 실지거래가액 은 다음 각 호의 금액을 합한 것으로 한다.
1. 제89조 제1항을 준용하여 계산한 취득원가에 상당하는 가액 1-3) 소득세법 제39조 【총수입금액 및 필요경비의 귀속연도 등】
② 거주자가 매입ㆍ제작 등으로 취득한 자산의 취득가액은 그 자산의 매입가액이나 제작원가에 부대비용을 더한 금액으로 한다. 1-4) 소득세법 시행령 제89조 【자산의 취득가액등】
① 법 제39조 제2항의 규정에 의한 자산의 취득가액은 다음 각 호의 금액에 따른다.
1. 타인으로부터 매입한 자산은 매입가액에 취득세ㆍ등록면허세 기타 부대비용을 가산한 금액
2. 자기가 행한 제조ㆍ생산 또는 건설등에 의하여 취득한 자산은 원재료비ㆍ 노무비ㆍ운임ㆍ하역비ㆍ보험료ㆍ수수료ㆍ공과금(취득세와 등록면허세를 포함 한다)ㆍ설치비 기타 부대비용의 합계액 2) 소득세법 제100조 【양도차익의 산정】 2024.12.31.법률 제20615호로 개정되기 전의 것
① 양도차익을 계산할 때 양도가액을 실지거래가액(제96조제3항에 따른 가액 및 제114조제7항에 따라 매매사례가액ㆍ감정가액이 적용되는 경우 그 매매사례 가액ㆍ감정가액 등을 포함한다)에 따를 때에는 취득가액도 실지거래가액 (제97조제7항에 따른 가액 및 제114조제7항에 따라 매매사례가액ㆍ감정가액 ㆍ환산취득가액이 적용되는 경우 그 매매사례가액ㆍ감정가액ㆍ환산취득가액 등을 포함한다)에 따르고, 양도가액을 기준시가에 따를 때에는 취득가액도 기준시가에 따른다. <개정 2019.12.31>
② 제1항을 적용할 때 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 따라 산정하는 경우로서 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우에는 이를 각각 구분하여 기장하되 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명할 때에는 취득 또는 양도 당시의 기준시가 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산한다. 이 경우 공통되는 취득가액과 양도비용은 해당 자산의 가액에 비례하여 안분계산한다.
③ 제2항을 적용할 때 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우로서 그 토지와 건물 등을 구분 기장한 가액이 같은 항에 따라 안분계산한 가액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우에는 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명한 때로 본다. <신설 2015.12.15> 2-1) 소득세법 시행령 제166조 【양도차익의 산정 등】 2022.2.15. 법률 제32420호로 개정되기 전의 것
⑥ 법 제100조제2항의 규정을 적용함에 있어서 토지와 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 때에는 부가가치세법 시행령 제64조에 따라 안분계산 하며, 이를 적용함에 있어 상속세 및 증여세법 제62조제1항 에 따른 선박 등 그 밖의 유형재산에 대하여 부가가치세법 시행령 제64조제2호 단서에 해당 하는 장부가액이 없는 경우에는 상속세 및 증여세법 제62조제1항 에 따라 평가한 가액을 기준으로 한다. <개정 2013.6.28, 2016.2.17., 2016.3.31> 2-2) 소득세법 시행령 제166조 【양도차익의 산정 등】 (법률제33267호, 2023.2.28.개정,시행)
⑥ 법 제100조제2항의 규정을 적용함에 있어서 토지와 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 때에는 부가가치세법 시행령 제64조 제1항 에 따라 안분계산 하며,이를 적용함에 있어 상속세 및 증여세법 제62조제1항 에 따른 선박 등 (후략) 2-3) 부가가치세법 제29조 【과세표준】
⑨ 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 또는 구축물 등을 함께 공급하는 경우에는 건물 또는 구축물 등의 실지거래가액을 공급가액으로 한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산한 금액을 공급가액으로 한다.
1. 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 또는 구축물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우
2. 사업자가 실지거래가액으로 구분한 토지와 건물 또는 구축물 등의 가액이 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산한 금액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우. 다만, 다른 법령에서 정하는 바에 따라 가액을 구분한 경우 등 대통령령으로 정하는 사유에 해당하는 경우는 제외한다. 2-4) 부가가치세법 시행령 제64조 【토지와 건물 등을 함께 공급하는 경우 건물 등의 공급가액 계산】
① 법 제29조제9항 각 호 외의 부분 단서 및 같은 항 제2호 본문에 따른 안분계산한 금액은 다음 각 호의 구분에 따라 계산한 금액으로 한다.
1. 토지와 건물 또는 구축물 등(이하 이 조에서 "건물등"이라 한다)에 대한 소득세법 제99조에 따른 기준시가(이하 이 조에서 "기준시가"라 한다)가 모두 있는 경우: 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분 계산한 금액. 다만, 감정평가가액[제28조에 따른 공급시기(중간지급조건부 또는 장기할부판매의 경우는 최초 공급시기)가 속하는 과세기간의 직전 과세기간 개시일부터 공급시기가 속하는 과세기간의 종료일까지 감정평가 및 감정평가사에 관한 법률에 따른 감정평가법인등이 평가한 감정평가가액을 말한다. 이하 이 조에서 같다]이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분 계산한 금액으로 한다. 2~3. (생략)
② 법 제29조제9항제2호 단서에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 건물등의 실지거래가액을 공급가액으로 한다. <신설 2022.2.15>
1. 다른 법령에서 정하는 바에 따라 토지와 건물등의 가액을 구분한 경우
2. 토지와 건물등을 함께 공급받은 후 건물등을 철거하고 토지만 사용하는 경우
3.
30. 취득계약서상 매매금액은 5,860백만원으로 확인된다. 〈취득계약서_2015.
4. 20._발췌〉표생략 4) 일반건축물대장 변동사항 기재내용에 의하면 피상속인은 취득한 구건물을
2015. 6. 25. 철거․멸실로 말소하였고, 동일 소재지 대지 000㎡에 지하2층, 지상 15층, 연면적 0000㎡ 규모의 호텔 용도 건물을 신축하였는데, 신축허가일은 2015.
4. 8., 착공일은 2015.
6. 20., 사용승인일은 2017.
11.
2. 임이 확인된다. 5) 감사관이 제출한 쟁점부동산 ‘취득세 과세표준 신고가액 및 관련서류 협조 요청’에 대한 서초구청장의 회신내용에 따르면 신축건물의 취득세 과세표준은 7,161백만원으로 구체적 내역은 아래와 같다. 〈신축건물 취득세 신고서 첨부서류 ‘신축 공사비 과세표준 내역서’_2017.11.13.〉표생략 6) 신축건물 취득세 과세표준 내역서상 공사내역 및 도급계약서 등 제출된 증빙 금액과 국세청 전산망에서 조회되는 거래처별 매입세금계산서 수취내역은 아래와 같은바, 처분청은 거래처별 매입세금계산서 수취금액인 7,209백만원을 신축건물의 공사비(취득가액)으로 보아 과세예고 통지하였다. 〈신축공사 거래처 별 세금계산서 수취 내역〉 (천원) 거 래 처 공사내역 (관련증빙) 제출증빙 금액 매입세금계산서 수취금액 * I㈜ 시공비 (도급계약서) 3,678,900 3,720,902 ㈜H 인테리어시공비 (도급계약서) 3,070,000 3,067,091 ㈜J 인테리어 (설계계약서) 130,000 100,000 ㈜K 설계․감리 (설계감리계약서) 165,000 205,000 ㈜L 감리비 (소방 등 감리용역계약서) 30,000 30,000 기타경비 각종 부담금, 수도인입비 등 86,880 86,880 합 계 7,160,780 7,209,873 7) 신축건물의 공사 착공일인 2015.
6. 20.과 사용승인일인 2017.
11. 2.이 속하는 과세기간인 2015. 1기부터 2017. 2기까지의 쟁점사업장 부가가치세 신고서상 총 고정자산 매입세금계산서 수취금액은 8,276백만원으로 확인된다. 〈쟁점사업장 매입세금계산서 수취금액〉 표생략 8) 피상속인의 양도소득세 신고서에 첨부된 쟁점사업장의 재무상태표에 의하면 2020.12.31. 현재 토지가액은 5,898백만원, 건물가액은 9,544백만원, 건물 감가상각누계액은 477백만원으로 나타난다. 〈연도별 재무상태표_발췌〉표생략 9) 쟁점부동산 양도 매매계약서에 의하면 양수법인이 신축을 위하여 쟁점부동산의 건물을 철거할 것임을 양 당사자 간 인지한 상태에서의 계약으로서, 토지가액 17,900백만원, 건물가액을 4,000백만원으로 한 안분가액은 매도인 피상속인이 산정한 가액임이 나타난다. 〈부동산매매계약서_2020.
11. 6._발췌〉 표생략 10) 쟁점부동산 양도 시 토지와 건물의 구분 기장 가액이 기준시가에 따라 안분게산한 가액과 100분의 30이상 차이가 있다는 사실에는 양 당사자 간 다툼이 없다. 〈구분기장 가액과 기준시가 안분계산 가액 차이〉 표생략
2. 9., 판결, 서울고등법원 2013누13183, 2014. 3.26. 판결 등 참조). 이 건의 경우, 청구인은 소득세 신고 시 제출한 재무제표상 건물의 장부가액을 취득가액으로 보아야 한다는 주장이나, 장부상 기재된 가액이 신축건물의 실지취득가액이라고 인정할 만한 아무런 증빙자료의 제시가 없어 이를 인정하기 어려운 점, 2016년부터 2017년 과세연도까지는 건물의 신축시기였음에도 복식부기가 아닌 간편장부로 신고하여 건물가액 확인이 불가능한 점, 필요경비로 신고한 장부가액은 피상속인이 신축공사 관련 각종 도급계약서와 매입세금계산서 수취목록을 첨부하여 지자체에 신고한 건물 취득세 과세표준 금액과도 상이한 점 등을 고려하면 장부가액을 실지취득가액으로 보기는 어렵다 할 것이다. 따라서 처분청①이 취득세 과세표준 신고 내역서상 금액과 매입세금계산서 수취 금액을 확인하여 산정한 금액을 실지취득가액으로 보아 양도소득세를 부과하겠다는 내용으로 한 과세예고 통지는 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다. (쟁점2) 철거예정 건물과 토지를 일괄양도함에 있어 당사자 간 진정한 합의로 건물가액 산정한 것이므로 기준시가로 안분계산하여 양도소득세 및 부가가치세 과세함은 부당하다는 주장의 당부 소득세법 제100조 (2024.12.31. 법률 제20615호로 개정되기 전의 것) 제2항에서는 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우에는 이를 각각 구분하여 기장하되 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명할 때에는 취득 또는 양도 당시의 기준시가 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산한다고 규정하고 있고, 제3항에서는 ’제2항을 적용할 때 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우로서 그 토지와 건물 등을 구분 기장한 가액이 같은 항에 따라 안분계산한 가액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우에는 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명한 때로 본다‘고 규정하고 있다. 이와 관련하여 판례에서는 위 소득세법 제100조 제3항 의 입법취지, 문언의 내용, 조세법률주의의 원칙 등에 비추어 볼 때, 위 조항의 요건에 해당하는 경우 일응 가액 구분이 불분명한 경우로 추정되나 납세의무자가 그러한 가액 구분이 통상의 거래관행에 따른 합리적인 의사합치의 결과라는 입증을 하면 당사자가 구분한 가액에 의하도록 하는 추정규정이 아니라 반증이 허용되지 아니하는 간주규정으로 해석함이 타당하다고 판시하고 있고(서울고등법원2019누58799, 2020.6.18.(대법원2020두4279 8.,2020.11.05. 상고기각 확정)), 예규에서는 토지와 건물을 구분 기장한 가액이 안분계산한 가액과 100분의 30이상 차이나는 경우에는 조세회피 목적의 유무와 관련없이 토지와 건물의 가액의 구분이 불분명한 것으로 본다고 해석하고 있다(기준 2017 법령해석재산-0023, 2017.6.28.). 이 건의 경우, 청구인은 쟁점부동산 토지․건물 구분가액이 조세회피목적 없이 당사자간 진정한 합의에 의한 실지 거래가액이므로 인정되어야 한다는 주장이나, 청구인이 구분한 쟁점부동산의 토지와 건물의 가액이 기준시가에 의하여 안분 계산한 가액과 100분의 30 이상 차이가 있는 이상 가액 구분이 불분명한 때에 해당하므로 관련 규정에 의거 자산별 기준시가로 안분계산한 가액을 양도가액 및 부가가치세 과세표준으로 봄이 타당하다 할 것이다. 따라서 처분청①,②가 자산별 기준시가로 안분계산하여 건물 양도가액(공급가액)을 9,774백만원으로 산정하여 양도소득세 및 부가가치세를 과세하겠다는 내용으로 한 과세예고통지는 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.
이 건 과세전적부심사청구는 청구주장이 이유 없다고 인정되므로 국 세 기 본법 제81조의15 제5항 제1호의 규정에 따라 주문과 같이 결정한다. 1) 장부가액 = 매입(신축)가액 + 취득세 - 감가상각누계액 2) (2021.1기 귀속) 부가세법 제29조 제9항: 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 또는 구축물 등을 함께 공급하는 경우에는 건물 또는 구축물 등의 실지거래가액을 공급가액으로 한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산한 금액을 공급가액으로 한다. <개정 2018.12.31.>
1. 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 또는 구축물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우
2. 사업자가 실지거래가액으로 구분한 토지와 건물 또는 구축물 등의 가액이 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산한 금액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우 3) 사실관계: 부가가치세 별도 금액으로서 부가가치세를 포함하면 매매계약에 의해 양도자가 수취하는 금액은 22,300백만원으로 동일함
[주 문] 이 건 과세전적부심사청구는 불채택 결정합니다. [이 유] 붙임과 같습니다.