자동차수출업자에게 공급된 제작 1년 미만 쟁점차량이 재활용폐자원 등 매입세액 공제 대상인지 여부

이 건 과세전적부심사청구는 불채택 결정합니다.

• 가. 청구법인은 2024.1.8. 설립되어 인천 **구에 본점을 두고 중고자동차 판매업 등을 영위하다가 2025.8.20. 폐업하였다.
• 나. 청구법인은 ｢조세특례제한법｣ 제108조 (재활용폐자원 등에 대한 부가가치세 매입세액 공제특례)에 따라 중고자동차(70대) 매입세액 1,230,813,037원을 매출세액 1,257,034,839원에서 공제해 2024년 제2기 부가가치세를 신고하였다.
• 다. 통지관서는 청구법인의 부가가치세 신고내역을 확인하고, 청구법인이 매입한 중고자동차 중 67대(이하 “쟁점차량”이라 한다)는 제작연월일로부터 수출신고수리일까지의 기간이 1년 미만인 중고자동차로서 같은 법 시행령 제110조제4항제2호가목에 따라 특례 적용 제외대상이라는 이유로 청구법인에게 2024년 제2기 부가가치세 1,424,919,110원(가산세 210,878,800원 포함)을 부과 하겠다고 통지하였다.
• 라. 청구법인은 이에 대하여 2025.12.26. 이 건 과세전적부심사를 청구하였다.

• 가. 쟁점차량은 운행 사실이 있는 국내에 판매한 1년 미만의 중고자동차로 재활용폐자원 등 매입세액 공제 대상이다. 1) 청구법인은 ｢자동차관리법｣에 따라 자동차매매업등록을 한 법인이고, 청구법인이 매입한 쟁점차량은 운행 사실이 있는 ｢조세특례제한법 시행령｣ 제110조 에 따른 중고자동차에 해당한다. 2) 통지관서는 2025.11.24. 청구법인에게 2024년 제2기 부가가치세 1,424,919,111원을 과세예고통지하면서 “1년 미만 중고차 재활용폐자원 매입세액공제 여부 검토한 바, 재활용폐자원 매입세액 공제대상인 중고차가 아닌 것으로 판단되어 경정하고자 합니다.”라고 통지하였다.

3. 청구법인은 1년 미만의 중고자동차를 매입하면서 운행 사실이 있는 중고자동차를 구매하였는데 자료를 보면 차량 운행기록이 600km 이상이 대부분인 것을 알 수 있다 (<붙임1> 쟁점차량 명세 참조). 4) 쟁점차량은 부가가치세 과세사업을 영위하지 아니하는 자에게 구매하였고, 쟁점차량을 국내에 판매하면서 대부분 세금계산서를 수수하였으며, 청구법인은 ｢자동차관리법｣에 따라 자동차매매업 등록을 한 법인이므로 재활용폐자원 등 매입세액 공제 대상이다.

• 나. (추가의견) 과세처분의 적법성에 대한 입증책임은 과세관청에게 있는데, 통지관서는 단순히 거래처가 1년 미만인 신차를 수출하였다는 이유만으로 재활용폐자원 등 매입세액을 불공제해 부당하다. 1) 청구법인의 대표는 2024.1.8. 중고차 매매상사를 설립한 후에 중고차 매매를 알아보던 중 거래처로부터 벤츠 등 경유(디젤) 외제차를 구매하여 달라는 부탁을 받고 네이버 카페를 통하여 벤츠 등 경유 수입차를 매입해 거래처에 판매하였다. 벤츠 경유 차량은 보통 차량 구매를 접수하면 2년에서 3년이 지나야 출고되므로 당초 구매를 신청한 사람이 차량이 출고되는 시점에 여러 가지 사정으로 판매를 해야 하는 경우 청구법인의 대표가 거래처에 차량을 구매할 의사를 물어보고 차량을 구매하여 세금계산서를 발행하여 판매하였다(차량이 2억원 정도의 고가이므로 거래처에 먼저 문의). 벤츠 등 차량을 구매하여 판매하는 중에 거래처가 늘어나서 거래처가 먼저 차량을 구매하여 줄 것을 청구법인에게 의뢰하는 경우가 많아지면서 거래가 증가하였으나, 2025.1. 이후에는 거래가 거의 없어 2025.8.에 폐업하였다. 2) 자동차를 말소할 때 ｢자동차관리법｣ 제13조 에 자동차를 수출하는 경우에는 자동차를 수출하는 자가 해당 소유자를 갈음하여 말소 등록을 신청하여야 한다고 규정하고 있고, 자동차 등록의 경우 취득세 및 등록세가 자동차 가격의 7%를 수출하는 업자가 부담하여야 하므로 대부분 수출업자들은 자동차 등록을 하지 않고 말소등록을 하는데, 통지관서는 이러한 이유로 청구법인이 1년 미만 신차를 수출하였다고 보고 재활용폐자원 매입세액 공제를 부인하였으므로 이는 부당하다.

3. 청구법인은 거래처에 자동차를 판매하면서 차량 및 자동차등록증 등 모든 서류를 인도하였고, 거래처가 직접 말소 신청을 하여 말소하였다.

4. 청구법인은 네이버 카페 등에 광고하여 2∼3년 전에 자동차 구매 계약을 하였으나 차량이 출고되자 여러 가지 사정으로 판매할 의사가 있는 소유자에게 차량을 운행은 하였으나 일부 프리미엄을 주고 매입하여 거래처에 판매하였다. 청구법인은 운행 사실이 있는 차량을 거래처에 판매한 것으로 국내 거래이다.

5. 과세처분의 적법성에 대한 입증책임은 과세관청에 있다 할 것인데, 청구법인과 거래처는 각각 다른 법인이라는 사실에 통지관서와 청구법인 간 다툼이 없고, 거래처가 벤츠 경유 차량 등을 구매 의뢰하여 청구법인이 차량을 국내 법인인 거래처에 세금계산서를 발행하여 판매하였을 뿐인데 통지관서는 단순히 거래처가 1년 미만 신차를 수출하였다는 이유만으로 청구법인에게 재활용폐자원 등 매입세액 공제를 불공제해 부당하다.

• 가. 쟁점차량은 재활용폐자원 등에 대한 매입세액 공제 적용대상이 아니다. 1) 청구법인은 쟁점차량이 ｢조세특례제한법 시행령｣ 제110조 에 따른 중고자동차에 해당한다고 주장한다. 그러나 청구법인의 주장과 달리 ｢조세특례제한법｣은 매입세액 공제 대상을 규정하면서, 동법 시행령 제110조제4항제2호에서 ‘ 수출되는 중고자동차로서 ｢자동차등록령｣ 제8조에 따른 자동차등록원부에 기재된 제작연월일부터 같은 영 제32조에 따른 수출이행여부신고서에 기재된 수출신고수리일까지의 기간이 1년 미만인 자동차 ’는 공제되는 범위에서 제외한다고 규정하였고, 처분청이 매입세액 불공제한 쟁점차량은 모두 아래 자동차등록원부와 같이 청구법인 명의로 수출말소 등록된 차량으로써 제작연월일부터 수출신고 수리일까지의 기간이 1년 미만인 차량이
• 다. 2) 청구법인은 청구법인 명의로 이루어진 수출말소등록과 관련하여 제3자(수출업체)가 청구법인으로부터 위임받아 말소한 것이라고 구두 소명하며, 쟁점차량이 수출되었다 하더라도 청구법인과 수출업체 간 거래는 국내거래이므로 재활용폐자원 등 매입세액공제 대상이라고 주장하는 것이나, 이는 해당 특례법의 입법취지와 단서조항을 반영하지 않은 것이다. ｢조세특례제한법｣ 제108조 에 의하여 ‘중고자동차’를 포함한 재활용폐자원 등의 의제매입세액을 매출세액에서 공제하여 주는 제도의 취지는 사업자가 세금계산서를 발행할 수 없는 간이과세자 또는 일반인들로부터 재활용이 가능한 폐자원 및 중고품을 수집하여 판매하는 경우에 매입가액 중 일정액을 매입세액으로 공제하여 줌으로써 재활용이 가능한 폐자원 및 중고품의 수집이 보다 원활하게 이루어지게 하고 재활용을 촉진시키며 환경보전도 도모하려는데 있는 것이고, 조세법률주의의 원칙상 조세법규는 그것이 납세의무를 감면하는 요건에 관한 규정이라고 하더라도 엄격하게 해석하여야 한다(대법원 1991. 7. 9. 선고 90누9797 판결, 대법원 2001. 2. 23. 선고 98두15122 판결 등 참조). 또한 과거 수출되는 중고자동차에 대한 의제매입세액 공제를 적용하는 경우 사실상 신차와 중고자동차 경계가 불분명한 문제점이 있어, 2010년 재활용폐자원 등의 의제매입세액 공제제도 개선목적으로 ｢조세특례제한법｣ 제110조제4항 제2호 가 개정되면서 특례적용 제외대상을 단서조항으로 명시하여 문제점을 해소하는 방향으로 법령이 정비되었다. 이에 따라 쟁점차량이 제작연월일로부터 1년 미만인 차량임에도 운행기록이 존재하는지, 세금계산서를 발급하였는지 등을 고려하여 의제매입세액 공제 여부를 사실판단할 것이 아니라, 단서조항에 의해 공제대상에서 원래 제외하여야 하는 것이다.
• 나. (추가의견) 청구법인이 주장하는 내용은 사실과 다르며 쟁점차량은 ‘국내업체를 통해 수출’한 차량이고 ‘사실상 신차’로 보아야 한다. 1) ｢조세특례제한법｣에서는 재활용폐자원 등 매입세액공제대상에 국내거래인지 국외거래인지를 구분하는 것이 아니라, 수출되는 중고자동차인지 수출되는 중고자동차가 아닌지만 구분하고 있다. 만약 청구법인이 아닌 국내업체(수출업체)가 쟁점차량에 대해 수출신고 말소등록을 하고 쟁점차량을 수출하였다면, 중고차 매매업체인 청구법인이 수출여부를 확인하기 어렵다고 볼 여지도 있으나, 본 사건의 경우 청구법인이 직접 수출신고 말소등록을 하여 쟁점차량이 수출되는 중고자동차인지 수출되는 중고자동차가 아닌지 명확히 인지하고 있다. 청구법인이 쟁점차량을 국내에서 판매할 목적이었다면 취득과 동시에 수출신고 말소등록을 하여 수출되는 중고자동차로 변경할 이유가 없으므로, 청구법인은 국내업체가 수출할 차량을 매입한 것으로 보아야 한다. 2) 청구법인은 쟁점차량을 신차로 광고하며 매입‧수출판매하였다. 청구법인은 인스타그램에 아래와 같이 신차를 프리미엄 주고 매입한다고 하여 과거 ‘신차알바’와 거래구조가 동일하였고, 청구법인 명의차량을 수출하고자 직접 광고한 게시물이 확인된다. 청구법인은 청구법인이 거래하는 차량에 대해 ‘Export cars from Korea’, ‘New car’ 등의 용어를 쓰며 광고하면서도 부가가치세 신고 시에는 중고자동차로 판단하여 재활용폐자원 매입세액 공제를 적용하는 것은 쟁점차량이 중고자동차라는 청구법인 주장에 모순된다. 3) 쟁 점차량의 운행거리 등을 고려할 때 사실상 신차에 해당한다. 청구법인은 쟁점차량의 운행기록이 대부분 600km 이상이라는 점을 근거로 쟁점차량이 중고자동차라고 주장하나, 한국교통안전공단에서 매년 발표하는 자동차 주행거리 통계를 볼 때 연간 평균 주행거리는 1만km∼1.2만km(일일 평균 33.3km)이나, 쟁점차량은 겨우 600km로 18일 내외에 해당하여 사실상 신차로 판단된다. 또한 금융감독원 산하 손해보험협회는 자동차 보험요율 산정시 차량 최초 등록일로부터 6개월 미만 차량을 신차로 분류해 기본 보험료를 산정하고 있으나, 청구법인의 차량은 모두 최초등록일로부터 6개월 미만인 차량인 점을 볼 때 쟁점차량은 사실상 신차로 보아야 함이 타당하다.

수출업체에 공급된 쟁점차량은 재활용폐자원 등 매입세액 공제 제외 대상인 수출되는 중고자동차에 포함되지 않는다는 청구주장의 당부

1) 부가가치세법 제38조 【공제하는 매입세액】(2016.12.20. 법률 제14387호로 일부 개정된 것)

① 매출세액에서 공제하는 매입세액은 다음 각 호의 금액을 말한다.

1. 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역에 대한 부가가치세액 2) 조세특례제한법 제108조 【재활용폐자원 등에 대한 부가가치세 매입세액 공제특례】(2025.12.23. 법률 제21223호로 일부 개정되기 전의 것)

① 재활용폐자원 및 중고자동차를 수집하는 사업자가 세금계산서를 발급할 수 없는 자 등 대통령령으로 정하는 자로부터 재활용폐자원을 2025년 12월 31일까지, 중고자동차를 2025년 12월 31일까지 취득하여 제조 또는 가공하거나 이를 공급하는 경우에는 취득가액에 다음 각 호의 값을 곱하여 계산한 금액을 ｢부가가치세법｣ 제37조제1항 및 같은 법 제38조에 따라 매출세액에서 매입세액으로 공제할 수 있다.

2. 중고자동차: 110분의 10

③ 제1항 및 제2항을 적용하는 경우 재활용폐자원 및 중고자동차를 수집하는 사업자의 범위, 재활용폐자원 및 중고자동차의 범위, 매입세액 공제방법, 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 2-1) 조세특례제한법 시행령 제110조 【재활용폐자원등에 대한 부가가치세 매입세액공제 특례】(2022.2.15. 대통령령 제32413호로 일부 개정된 것)

① 법 제108조제1항에서 "대통령령으로 정하는 자"란 부가가치세 과세사업을 영위하지 아니하는 자(면세사업과 과세사업을 겸영하는 경우를 포함한다)와 ｢부가가치세법｣ 제36조의2제1항 또는 제2항에 따라 영수증 발급에 관한 규정이 적용되는 기간에 재화 또는 용역을 공급하는 간이과세자를 말한다.

③ 법 제108조의 규정에 의하여 매입세액공제를 받을 수 있는 사업자의 범위는 다음과 같다.

2. ｢자동차관리법｣에 따라 자동차매매업등록을 한 자

4. 제4항제2호의 중고자동차를 수출하는 자

④ 법 제108조의 규정에 따라 매입세액공제를 받을 수 있는 재활용폐자원 및 중고자동차(이하 이 조에서 "재활용폐자원등"이라 한다)의 범위는 다음과 같다.

2. ｢자동차관리법｣에 따른 자동차 중 중고자동차. 다만, 다음 각 목의 자동차는 제외한다.

• 가. 수출되는 중고자동차로서 ｢자동차등록령｣ 제8조에 따른 자동차등록원부에 기재된 제작연월일부터 같은 영 제32조에 따른 수출이행여부신고서에 기재된 수출신고수리일까지의 기간이 1년 미만인 자동차 3) 자동차관리법 제13조 【말소등록】(2021.12.7. 법률 제18559호로 일부 개정된 것)

① 자동차 소유자(재산관리인 및 상속인을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)는 등록된 자동차가 다음 각 호의 어느 하나의 사유에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 자동차등록증, 등록번호판을 반납하고 시·도지사에게 말소등록(이하 "말소등록"이라 한다)을 신청하여야 한다. 다만, 제7호 및 제8호의 사유에 해당되는 경우에는 말소등록을 신청할 수 있다.

② 제1항제1호에 해당하는 경우에는 자동차해체재활용업자가, 제1항제6호에 해당되는 경우에는 자동차를 수출하는 자가 해당 자동차 소유자를 갈음하여 제1항에 따른 말소등록을 신청하여야 한다. 다만, 국토교통부령으로 정하는 바에 따라 자동차 소유자가 직접 말소등록을 신청하는 경우에는 그러하지 아니하다. 3-1) 자동차등록령 제32조【수출 이행 여부의 신고】(2024.6.18. 대통령령 제34582호로 일부 개정된 것) 법 제13조제1항제6호에 따라 자동차를 수출하기 위하여 말소등록을 신청한 자는 그 말소등록일부터 1년 이내에 국토교통부령으로 정하는 바에 따라 해당 자동차의 수출 이행 여부를 해당 말소등록을 한 등록관청에 신고하여야 한다. 3-2) 자동차등록규칙 제37조【말소등록 신청】(2022.12.1. 국토교통부령 제226 1호로 일부 개정된 것)

① 법 제13조에 따른 말소등록을 하려는 자는 별지 제17호서식의 자동차말소등록신청서(자동차해체재활용업자의 경우에는 폐차사실의 통보서에 따를 수 있다)에 다음 각 호의 서류 등을 첨부하여 제출해야 한다. 이 경우 등록관청은 전산정보처리조직 및 ｢전자정부법｣ 제36조제1항 에 따른 행정정보의 공동이용을 통하여 자동차의 자동차등록원부, 폐차인수증명서 및 사용본거지확인정보 등을 확인해야 하며, 신청인이 확인에 동의하지 않거나 전산정보처리조직 및 ｢전자정부법｣ 제36조제1항 에 따른 행정정보의 공동이용을 통하여 확인할 수 없는 경우에는 해당 서류를 첨부하도록 해야 한다.

1. 자동차등록증. (법 제58조제4항에 따라 자동차해체재활용업자가 자동차 등록증을 인수한 경우는 제외한다). 다만, 법 제13조제1항에 따른 재산관리인이 자동차등록증을 반납할 수 없을 때에는 그 사유를 소명하는 서류를 제출하여야 한다.

2. 자동차등록번호판(법 제58조제4항에 따라 자동차해체재활용업자가 자동차 등록번호판을 인수한 경우와 제7호에 해당하는 경우는 제외한다)

8. 수출신용장 또는 수출계약서 등 수출 예정 사실을 증명할 수 있는 서류(자동차를 수출하려는 경우만 해당한다)

11. 대리인이 신청하는 경우에는 위임장 및 위임한 자의 신분을 확인할 수 있는 신분증명서 사본(법인인 경우에는 법인인감증명서를 말하되, 해당 법인이 제출한 사용인감계를 등록관청이 대조ㆍ확인할 수 있는 경우에는 제출하지 아니할 수 있다)

1) 청구법인 기본사항 가) 청구법인은 2024.1.8. 경기 시에서 설립되어 2024.8. 인천 구로 이전한 뒤 2025.8.20. 사업부진을 이유로 폐업한 법인으로, **구청장에게 자동차관리사업(자동차매매업)을 등록한 사실이 있고, 대표자는 OO인으로서 사내이사로 등기되어 있다. 나) 청구법인의 2024년 제2기 부가가치세 신고내역(예정·확정 합산)은 다음 표와 같고, 영세율 매출 없이 신고한 뒤 세액 24,583,548원을 전액 납부한 사실이 있다. <청구법인 2024년 제2기 부가가치세 신고내역> 다) 청구법인의 2024 사업연도 손익계산서는 다음 표와 같고, 청구법인은 12,570,348,399원의 국내상품매출을, 12,308,130,733원의 매출원가를 신고한 사실이 있다. <청구법인 2024 사업연도 손익계산서> 라) 청구법인의 2024 사업연도 기말(12.31.) 및 2025 사업연도 법인세 예납신고일(6.30.) 기준 재무상태표는 다음 표와 같다. <청구법인 2024·2025 사업연도 재무상태표> 2) 쟁점차량 매입·매출 거래 관련 신고내역

• 가) 쟁점차량은 총 67대로 (<붙임1> 쟁점차량 명세 참조) 취득금액은 총 13,354,443,770원이고, 청구법인이 쟁점차량을 개인 67명으로부터 각각 1대씩 매입했으며 세금계산서를 수취하지 않았다는 사실에 대해 당사자 간 다툼이 없다. 또한, 쟁점차량의 제작연월일로부터 수출신고수리일까지의 기간이 1년 미만이라는 사실에 대해서도 당사자 간 다툼이 없다(평균 147일). 쟁점차량은 벤츠 58대, BMW 8대, 레인지로버 1대이며 청구법인이 매입한 날짜를 기준으로 자동차등록원부에 기재된 주행거리는 301km∼960km이고, 최초등록일로부터 2일∼44일 이내에 수출신고(평균 9.1일)된 사실이 나타난다. 차명은 벤츠 G450d(2025년형), 벤츠 G63(2024년형)이 대부분으로 보험개발원 차량기준가액(2025.4. 기준)은 각각 18,760만원, 20,266만원이다. 나) 청구법인의 전자세금계산서 발급내역에 따르면, 청구법인은 쟁점차량을 중고자동차수출업을 영위하는 (유)A, ㈜C, (유)B, ㈜D(이하 4 개 법인을 통칭 “청구외법인”이라 한다)에게 양도하고 공급가액 12,518,530,217원의 매출세금계산서를 발행하였다. <청구외법인 명세> <청구외법인·청구법인 간 매출세금계산서 내역> 다) 쟁점차량의 자동차등록원부(말소)에 따르면 최종소유자는 ‘㈜E (상품용)’으로 기재된 사실이 나타난다. 라) 청구외법인은 쟁점차량 전부를 중국, 키르기스스탄, 카자흐스탄, 타지키스탄 등으로 수출한다고 통관신고하면서 거래품명을 ‘USED CAR’로 기재하였고, 2024년 제2기 부가가치세 신고 시 영세율 매출만 발생한 것으로 신고하면서, 청구법인으로부터 매입한 쟁점차량에 대해 매입세액공제(세금계산서 수취분)를 받은 사실이 있다. 3) 청구법인·A 간 쟁점차량 거래 관련 증빙 가) (유)A가 부가가치세 신고 시 제출한 쟁점차량의 자동차양도증명서, 수출신고필증, 자동차말소등록사실증명서에 따르면, 청구법인은 (유)A에게 중고자동차를 양도하고 소유권이전등록에 필요한 서류를 인도하기로 계약하고, 쟁점차량의 자동차등록은 ‘수출예정(수출말소)’을 이유로 말소된 뒤, (유)A는 수출화주로서 쟁점차량을 FOB 거래(본선인도조건)로 수출한다고 신고하는 방식으로 거래가 이루어진 사실이 나타난다. 나) 쟁점차량 중 (벤츠 G450d, 2025년형) 차량의 거래내역을 살펴보면, 청구법인은 해당 차량을 2024.10.22. 209,851,909원에 취득한 뒤 같은 날 (유)A에게 양도하였고(계약서에는 부가가치세 없이 194,589,952원으로, 세금계산서에는 위 금액에 부가가치세를 더한 공급금액 214,048,947원으로 기재), 자동차등록은 2024.10.23. ‘수출예정(수출말소)’ 사유로 말소되었으며, (유)A는 214,048,947원을 신고가격으로 하여 중국에 수출하는 것으로 2024.10.25. 신고하였고 같은 날 수출신고가 수리된 사실이 나타난다 (<붙임2> 107부5858 차량 거래 관련 증빙 참조). 다) 자동차등록원부에 따르면 차량은 2024.4.29. 제작되어 2024.10.18. 개인 명의로 최초 등록되었고, 주행거리는 청구법인이 2024.10.22. 매입했을 때 560km, 2024.10.22. 양도 시에는 600km, 2024.10.23. 등록 말소 시에는 930km이다. 4) 중고자동차 수출통관 제도 동향 및 기타 자료
• 가) 2025.2.24. 조선일보 보도를 보면, 중고차 수출업체들은 차량을 매입한 뒤 본인 앞으로 이전등록하는 것이 신뢰성 확보와 수출 이후 매입부가세 환급 등에서 유리하지만, 자동차세 납부와 자동차보험 가입 부담 때문에 차량을 매입하면 차량 등록을 즉각 말소하는 것이 관행이라고 보도된 사실이 있다. 나) ｢자동차관리법｣ 제13조제2항 및 같은 법 시행령 제32조에 따르면 자동차를 수출하는 자가 자동차의 등록을 말소하고 말소일로부터 1년 이내에 수출 이행 여부를 신고하여야 한다.
• 다) 관세청 보도자료(2017.2.17.)에 따르면, 차량 선적 후 관세청에 선적 신고 시 국토교통부에 전산으로 수출이행 내역이 공유되어 ｢자동차관리법｣에 따른 수출 이행 여부 신고서를 별도로 제출할 필요는 없는 것으로 나타나며, 심리담당자가 ***차량등록사업소에 확인한 결과 차량등록사업소 역시 별도로 수출 이행 여부 신고서를 제출받은 사실이 없다고 회신하였다.
• 라) 통지관서가 제출한 인스타그램 계정명은 ‘E’로 청구법인과 상호 및 휴대전화번호가 동일하며, 계정 설명에는 ‘G450d G63 신차 프리미엄 주고 매입합니다’라고 명시되어 있고, 판매 홍보 게시된 **** 차량은 청구법인이 매입해 (유)B에 공급한 차량이다.

1) 관련 법리 가) 구 ｢조세특례제한법｣(2025.12.23. 법률 제21223호로 일부 개정되기 전의 것) 제108조에 따르면 중고자동차를 수집하는 사업자가 세금계산서를 발급할 수 없는 자 등 대통령령으로 정하는 자로부터 중고자동차를 취득하여 이를 공급하는 경우 매입세액으로 공제할 수 있다는 의제매입세액공제 규정을 두면서 그 범위를 대통령령으로 정하도록 하고, 같은 법 시행령(2022.2.15. 대통령령 제32413호로 일부 개정된 것) 제110조 제4항제2호가목에 따르면 수출되는 중고자동차로서 ｢자동차등록령｣ 제8조에 따른 자동차등록원부에 기재된 제작연원일부터 같은 영 제32조에 따른 수출이행여부 신고서에 기재된 수출신고수리일까지의 기간이 1년 미만인 자동차는 공제 대상에서 제외된다. 나) ｢조세특례제한법｣ 제108조 에 의하여 ‘중고자동차’를 포함한 재활용폐자원 등의 의제매입세액을 매출세액에서 공제하여 주는 제도의 취지는 재활용을 촉진시키며 환경보전도 도모하려는데 있는 것으로 조세법률주의의 원칙 상 엄격하게 해석하여야 할 것이며, 위 법령의 관계규정은 제도의 본래 취지에는 어긋나게 의제매입세액을 공제받을 목적으로 형식상 타인을 매개로 하여 그가 자동차제조회사로부터 매수한 자동차를 실제 인도받아 사용하기 전에 바로 매수하는 방법을 취하는 경우에도 위 제도의 혜택을 보게 되는 문제점을 해소하는 방향으로 관계법령이 정비되어 온 것으로 보인다(서울고등법원 2011.1.28. 선고 2010누23127 판결 참조). 2) 쟁점차량이 재활용폐자원 등 매입세액 공제 제외 대상인 수출되는 중고자동차에 포함되지 않는지에 대한 판단 가) 위 법리와 앞서 살펴본 사실관계 및 다음 내용으로 볼 때 쟁점차량은 수출되는 중고자동차에 해당하므로 재활용폐자원 등 매입세액 공제 대상으로 볼 수 없다. (1) ｢조세특례제한법 시행령｣ 제110조제4항제2호 가목의 문언은 ‘수출되는 중고자동차’를 매입세액 공제 대상에서 제외하도록 규정하고 있고 수출 주체가 누구인지에 따라 이를 구분하고 있지 않으며, 엄격해석의 원칙은 과세요건에 해당하는 경우에는 물론이고 비과세 및 조세감면요건에 해당하는 경우에도 적용되는 것이므로 납세자에게 유리하다고 하여 비과세요건이나 조세감면요건을 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하는 바(대법원 2006.5.25. 선고 2005다19163 판결 참조), 쟁점차량과 같이 수출업체로 공급되어 해당 수출자 명의로 수출되는 경우에도 공제 대상에서 제외된다고 해석함이 타당하다. (2) 청구법인은 쟁점차량을 국내 법인인 거래처에 판매하면서 세금계산서를 수취하였고 수출을 위한 자동차등록의 말소는 거래처에서 진행하므로 청구법인이 알 수 없다는 취지로 주장하나, 청구법인은 SNS 계정에 회사를 소개하면서 ‘Export cars from Korea’라고 기재하였고, 국세심사위원회에 출석해 거래처로부터 특정 차종을 구해달라는 주문을 받으면 그 차종을 매입해 판매하였다고 진술하기도 하였으며, ｢자동차등록령｣ 제13조 및 ｢자동차등록규칙｣ 제37조에 따르면 자동차를 수출하려는 자가 자동차등록을 말소하기 위해서는 자동차등록 번호판과 수출계약서 등의 서류가 제출되어야 하는 점을 고려할 때 청구법인도 자동차등록 말소 과정에 협조하면서 수출을 위한 자동차등록의 말소 사실을 알았을 것으로 판단되며, 달리 공제 부인으로 인해 청구법인에게 불측의 손해가 발생한다고 인정하기도 어렵

• 다. (3) 또한 청구법인은 쟁점차량은 운행사실이 있으므로 중고자동차에 해당한다고 주장하나, 차량 1대(****)의 주행거리를 살펴보았을 때 2024.10.

22. 청구법인 양도 시에는 600km였으나 불과 하루 뒤인 등록 말소 시에는 930km로 증가한 사실을 볼 때 운행사실만을 기준으로 삼아 중고자동차 여부를 판단할 수는 없으며, 쟁점차량은 전부 수입차량으로서 소유자가 최초로 등록한 최초등록일로부터 2일∼44일(평균 9.1일) 이내에 수출신고된 바 이는 사실상 신차를 매수하면서도 형식상 타인을 중간취득자로 내세워 중고자동차를 매수하는 형태를 취한 것이므로 의제매입세액공제를 허용하는 것은 재활용 촉진이라는 입법취지에 부합하지 않는다고 판단된다. (4) 나아가 쟁점차량의 거래구조를 살펴보면 청구법인은 2024년 제2기 동안 취득가액 13,000백만원에 달하는 대량의 차량을 매입하였음에도 2024.12.31. 기준 당좌자산이 94백만원에 불과하고 재고자산은 전무하며, 취득가액보다 낮은 가액으로 차량을 매도해 의제매입세액공제액만이 청구법인의 이윤이 되는 구조로 거래하기도 해, 결국 청구법인은 제작된 지 1년 미만인 차량을 대량으로 매입하고 의제매입세액공제를 적용받은 다음 폐업하였으며 청구외법인은 영세율 매출 및 매입세액공제를 적용해 부가가치세를 환급받게 되었는데 이러한 거래구조는 부당하게 공제를 받기 위한 목적으로 볼 소지도 있다. (5) 아울러 최근 국세청은 자동차매매업자가 출고 후 수출신고수리일까지 1년 미만인 중고자동차를 수출업자에게 공급하는 경우 재활용폐자원 등에 대한 매입세액 공제를 적용받을 수 없다고 해석한 바 있다(사전-2025-법규부가-1259, 2026.2.24.). 나) 따라서, 통지관서가 쟁점차량을 재활용폐자원 등 매입세액 불공제 대상 으로 본 이 건 과세예고통지는 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

1) 이 건 과세전적부심사청구는 청구주장이 이유 없다고 인정되므로 ｢국세기본법｣ 제81조의15제5항제1호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.