쟁점주택이 05.1.5. 전부터 임대한 기존임대주택으로서 합산배제 임대주택인지 여부

이 건 과세전적부심사청구는 불채택 결정합니다.

• 가. 청구법인은 2002... 전북 A시에서 설립된 **로, 2002... 사업자등록 및 2002..**. 임대사업자등록 후 A시 B구 소재 연립주택(이하 “쟁점주택”이라 한다)을 취득해 주택임대업을 영위하면서, 2005년부터 쟁점주택을 종합부동산세 합산배제 임대주택으로 신고해 왔다.
• 나. 청구법인은 2020.8.18. 개정된 ｢민간임대주택에 관한 특별법｣(이하 “민간임대주택법”이라 한다) 제6조제5항에 따라 임대사업자 등록이 2020.10.8. 자동 말소 처리되자, 2021.9.30. 다시 임대사업자로 등록 신청하면서 같은 날 쟁점주택에 대한 종합부동산세 합산배제 신고서를 제출하였다.
• 다. 통지관서는 청구법인의 주택임대사업자 등록 신청은 A시 B구가 조정대상지역으로 지정된 2020.12.18. 이후라는 이유로 쟁점주택을 합산배제 제외대상으로 보아, 청구법인에게 2021년 귀속 종합부동산세 423,455,832원 및 2022년 귀속 종합부동산세 264,146,078원(총 687,601,910원, 농어촌특별세 114,600,258원 포함)을 부과한다는 내용의 과세예고통지를 2025.10.13. 송달하였다.
• 라. 청구법인은 이에 대하여 2025.11.6. 이 건 과세전적부심사를 청구하였다.

• 가. 청구법인은 2021 및 2022 귀속연도에 대해서는 민간임대주택법에 따른 임대사업자에 해당한다. 1) 청구인은 2002... 주택임대업을 목적으로 설립되었으며, A시에 임대사업자-** 등록번호로 ｢임대 주택법｣ 제6조 에 의한 임대 사업자 등록을 2002... 완료하였다. 이후 2020.8.18 민간임대주택법 개정으로 인해 2021.9.30. A시청 민원 제호로 임대사업자 등록신청을 하였으며, 같은 법 시행령에 따라 처리되었음을 건축과-호로 2021.10.**. 회신하였다. 2) 종합부동산세법 제8조 에서 합산 대상이 되는 주택이 되는 범위에 포함되지 않기 위해서는 ｢민간임대주택법｣에 따라 사업자등록을 하여야 하고, 같은 법 시행령 제3조제1항 후단에서는 임대개시일 현재 과세기준일 현재 임대 개시한 자가 보유현황 신고기간 종료일(매년 9월 30일)까지 사업자등록을 하는 경우에는 해당 연도 과세기준일 현재 임대사업자로서 사업자등록을 한 것으로 보고 있다. 청구법인은 최초 설립일부터 지금까지 계속하여 임대사업자를 영위하고 있으며, ｢민간임대주택법｣ 등의 개정으로 인하여 2020.08.18 이후 불가피하게 A시청의 사업자등록이 말소되었으나 2021.09.30.까지 다시 사업자등록을 하여 민간임대주택법에 따른 임대사업자의 지위를 유지하게 되었다. 따라서 2021 귀속연도에는 종합부동산세법에서 언급하는 임대사업자의 지위를 유지하고 있는 것이며, 2005년부터 2020년까지는 구 임대주택법에 따라, 2021년과 2022년 귀속연도에 대해서는 ｢민간임대주택법｣에 따라 임대사업자의 지위를 가지고 있는 것이다. 3) 한편 쟁점규정은 2018.09.13. 주택시장 안정대책에 따라 개정된 규정으로 2018년 개정 당시에는 기존 주택 보유자가 추가로 취득한 조정대상지역의 주택을 합산배제 대상에서 제외할 목적으로 개정되었다. 그 후 2020.06.17. 주택시장 안정을 위한 관리방안에 따라 또다시 개정된 것으로 법인이 보유한 조정대상지역의 주택에 대해서는 합산배제에서 제외하는 쪽으로 2020.08.07. 개정이 이루어지게 되었다. 2020.08.07 개정 시 개정이유를 살펴보면, 개인 다주택자가 법인을 통해 주택을 분산 보유함으로 인하여 종합부동산세 과세를 회피하는 것을 방지하기 위한 개정으로 언급되어 있다. 반면 납세자는 2018년 이후 부동산 상승기에 쟁점 주택 등을 취득하고도 종합부동산세를 회피하기 위한 목적으로 법인을 설립하여 그 소유현황을 분리시킨 것이 아니다. 4) 앞서 살펴본 대로 납세자는 2002년부터 지속하여 임대사업을 영위하고 있으며, 당 법인은 임대사업을 단일사업으로 영위하고 있는 법인에 불과할 뿐이다.
• 나. 청구법인은 2018.10.23. 개정 시행령 부칙 규정 또는 개정 시행령 제3조제1항제3호 규정에 따라 합산배제 규정 적용대상이다. 1) 대통령령 제29243호로 2018.10.23. 개정된 시행령 부칙 제2조에서는 “2018년 9월 13일 이전에 주택을 취득한 경우에는 시행령 제3조제1항제8호의 개정 규정에도 불구하고 종전에 규정을 따르도록 한다.”라고 하면서, 이때 종전의 규정은 매입임대주택 중 장기일반민간임대주택 등으로 과세기준일 현재 공시가격이 3억원 이하이면 합산배제 대상이 된다고 언급한다. 납세자의 경우 쟁점주택 등은 2002년 취득한 것으로 2018년 9월 13일 이전에 취득한 것이 명백하므로 2018.10.23. 이후의 개정에는 영향을 미치지 않는 것으로 판단된다. 이렇게 판단할 수 있는 이유는 부칙이 후속 개정 등이 진행되고도 법률 또는 부칙에서 명백히 삭제되지 않는 경우 해당 부칙은 계속하여 적용할 수 있다는 판례를 찾을 수 있기 때문이다. 2) 대통령령 제29243호로 개정된 부칙 2조를 적용하지 못하더라도 대통령령 제3조제1항제3호의 규정은 적용될 수 있다고 판단된다. 앞서 살펴본 대로 종합부동산세법의 경우 도입 목적에서 종합부동산세를 과세하기에 적절하지 않은 주택 등의 경우에는 그 예외를 적용하기 위하여 제정 시기부터 예외를 둔 규정으로 도입 이후 일부 단어의 수정을 제외하고는 지속적으로 적용되고 있다. 해당 규정은 임대사업자의 지위에서 2005.1.5.부터 임대사업을 계속하고 있고, 국민주택 규모 이하이며, 2005년 과세기준일 현재 공시가격이 3억원 이하이면서 5년 이상 계속하여 임대하는 주택을 합산배제 대상으로 하는데 납세자의 경우 해당 조건을 모두 만족하고 있다. 다만 납세자는 2020년 ｢민간임대주택법｣의 개정에 따라 기존 임대사업 등록증이 2020년 10월경 말소되었으며, 2021년 종합부동산세 합산배제를 위하여 법령 상 기한인 2021년 9월 30일까지 민간임대주택법에 따른 임대사업자 등록을 완료하였다. 따라서 2021년 기준으로도 임대사업자의 지위를 유지하고 있는 것이며, 대안규정에서 언급하고 있는 조건들을 모두 만족하고 있으므로 2021년 귀속 및 2022년 귀속 종합부동산세에 대하여 합산배제 규정을 적용할 수 있는 것으로 판단된다.
• 다. 통지관서 의견에 대한 추가 의견 1) ｢종합부동산세법 시행령｣ 부칙 적용과 관련하여, 통지관서는 2018.10.23. 시행령 개정은 개인을 대상으로 하는 개정이며, 2020.10.7. 개정은 법인을 대상으로 하는 개정이라고 법령을 자의적으로 해석하고 있다. ｢종합부동산세법｣이 개인을 대상으로 하는 법률과 법인을 대상으로 하는 법률로 별개로 구분되어 있지 않으므로 법률 내에서 개정 사항 및 그에 따른 부칙 규정은 개인과 법인에 동일하게 영향을 미치는 것으로 판단하여야 한다. 2020.10.7. 부칙에서 제3조제1항제8호의 규정은 개정 이후 납세의무 성립분(2021년 귀속분)부터 적용된다고 하나, 2018.10.23. 개정 시에 2018.9.13. 이전에 취득한 규정은 종전규정을 적용한다고 예외 규정을 두고 있으며 2018.10.23. 개정 시 부칙 제2조의 규정이 2021년 과세기준일 현재까지도 삭제되지 않고 존재하고 있으므로 해당 부칙은 시행령 제3조제1항제8호의 이후 개정에도 불구하고 그대로 영향을 미친다고 판단하여야 한다. 2018.10.23. 개정에 따른 부칙 제2조의 규정이 개인에게만 영향을 미치는 개정 이었다면, 부칙 조문에서 개인에게만 적용되는 ‘1세대가’라는 용어의 언급이 있어야 한다. 예를 들어 개인에게만 적용되는 ｢소득세법 시행령｣의 경우, 2018.10.23. 개정 시 대통령령 제29242호 부칙 제2조에서 ‘1세대가’라는 용어를 언급하고 있다. 따라서, 2018.10.23.의 개정과 2020.10.7.의 개정은 동일 조문(종합부동산세법 시행령 제3조제1항제8호)내에서의 개정이므로 2018.10.23.의 개정 시의 부칙 조항은 2020.10.7. 개정 시에도 그대로 유효한 것으로 보아야 한다. 그러므로 부칙 조항의 적용에 따라 청구법인이 소유한 주택은 2018.9.13. 이전 취득한 주택으로서 2020.10.7. 이후 개정에도 불구하고 종전 규정을 적용할 수 있는 것이다. 2) ｢종합부동산세법 시행령｣ 제3조제1항제3호 적용과 관련하여, 통지관서는 ‘사전-2021-법령해석재산-0622, 2021.10.26.’를 근거로 청구법인이 2005.1.5. 이전부터 임대를 계속한 임대사업자의 지위에 해당하지 않는다고 주장하나 근거로 든 예규는 청구법인과 사실관계가 다르기에 본 사례에 적용할 수 없다. 위 예규에서는 2003.5.17. 비록 임대를 개시하였으나, 2006.5.29. 세무서에 사업자 등록을 하였기에 ｢종합부동산세법｣에서 임대사업자의 지위를 가지고 있음을 판단하는 기준은 2006.5.29.이 되는 것이고, 비록 임대가 2003.5.17.에 시작되었다고 하더라도 2005.1.5. 기준 임대사업자의 지위에 해당하지 않는다고 할 것이다. 반면 청구법인은 2002... 법인설립 및 2002... 세무서 사업자등록, 2002... A시청 사업자등록을 완료하였으므로 2005.1.5. 기준 임대사업자의 지위를 가지고 있음은 명백하다. 3) 또한, 통지관서에서는 ｢종합부동산세법 시행령｣ 제3조제1항제3호 를 적용함에 있어 ｢민간임대주택법｣에 따라 등록된 사업자만 임대사업자의 지위를 가진다고 주장하고 있으나 이는 법률을 오인하여 해석한 것이다. ｢민간임대주택법｣ 및 같은 법 시행령의 경우 구 ｢임대주택법｣을 개정하여 2015.12.29.부터 시행된 것으로, 이는 구 ｢임대주택법｣과 ｢민간임대주택법｣이 별개 법률이 아니라는 것을 의미한다. 2015.12.29. ｢종합부동산세법｣ 개정 시에도 구 ｢임대주택법｣이라는 표현을 ｢민간임대주택에 관한 특별법｣과 ｢공공주택특별법｣으로 변경한 바 있다. 통지관서 의견대로 ｢종합부동산세법 시행령｣ 제3조제1항제3호 가 구 ｢임대주택법｣에 따른 임대사업자만을 의미한다면 해당 조문은 2015년 개정 또는 늦어도 2020.8.18. ｢민간임대주택법｣ 개정에서는 삭제되었어야 할 것이다. 통지관서는 2021.9.30. A시청에 등록한 부분에 대하여 청구법인이 오해한 부분이 있다고 하고 있다. 그러나 2020.8.18. 개정에 의하더라도 청구법인이 임대 중인 주택은 ｢민간임대주택법｣에서 금지하고 있는 단기임대이거나 아파트를 대상으로 하는 임대주택이 아니므로, 언제든지 다시 등록을 할 수 있는 것이다. 다만, 2020.8.18. 이후 A시청의 임대사업자 등록이 말소되었다는 내용을 뒤늦게 확인하였을 뿐이고, ｢종합부동산세법｣ 상의 규정을 준수하기 위하여 세법에서 정한 기한에 늦지 않게 A시청의 등록을 완료하였을 뿐이다. 따라서, 청구법인은 2020년 귀속분까지는 구 ｢임대주택법｣에 따라, 2021년 귀속분은 ｢민간임대주택법｣에 따라 임대사업자의 지위를 유지하고 있는 것이므로 ｢종합부동산세법 시행령｣ 제3조제1항제3호 를 적용하기 위한 2005.1.5. 이전부터 임대를 개시한 임대사업자의 지위를 모두 유지하고 있다고 볼 수 있다. 4) 서울고등법원 2024누39228, 2024.10.11. 선고 판결에 대해서도 살펴보면, 해당 판결은 임대 대상물이 아파트이므로 2020.8.18. 민간임대주택법의 개정 이후에는 더 이상 임대주택으로 등록할 수 없다. 따라서 법원의 판결 자체는 당연한 것이다. 그러나 본 건 사례의 경우에는 민간임대주택법에서 금지하고 있는 임대 대상물이 아니므로(건축물대장 상 연립주택) 종전 임대기간이 종료되었다는 이유로 말소된다고 하더라도, 법률상 규정에 따라 새로 등록하는 경우에는 임대사업을 계속하여 유지할 수 있는 것으로 판단된다.

• 가. 청구법인이 소유한 쟁점주택은 ｢종합부동산세법 시행령｣ 제3조제1항 제8호 에 따라 합산배제에서 제외되는 주택에 해당한다. 1) 주택시장 안정 목적으로 추진한 임대주택 관련 대책은 아래와 같다. 발표 일자 대책 명 주요 내용 ’18.9.13. ｢주택시장 안정대책｣ (개인) ’18.9.14. 이후 1주택 이상 보유 세대 조정대상지역 내 신규 취득 장기일반매입임대 합산배제 제외 ’20.6.17. ｢주택시장 안정을 위한 관리방안｣ (법인) ’20.6.18. 이후 등록분 조정대상지역 내 장기일반매입임대 합산배제 제외 ’20.7.10. ｢주택시장 안정 보완대책｣ ▪ ’20.8.18. 이후 단기임대·아파트 장기일반매입임대 폐지 ▪ 폐지유형 임대주택 자진·자동말소 제도 도입 2) 대한민국 정부는 2018.9.13. ｢주택시장 안정대책｣에 따라 주택임대사업자의 과도한 세제혜택을 조정하기 위해 ｢종합부동산세법 시행령｣ 제3조제1항제8호 를 개정(2018.10.23. 대통령령 제29243호)하여 1세대가 1주택 이상을 보유한 상태에서 조정대상지역 내 신규 취득한 장기일반매입임대주택을 합산배제 임대주택서 제외하는 단서규정을 신설하였다. 이후 ｢종합부동산세법 시행령｣ 제3조제1항제8호 는 2020.6.17. ｢주택시장 안정을 위한 관리방안｣에 따라 법인의 투기 수요를 억제하기 위해 다시 개정(2020.8.7. 대통령령 제30921호)되었는데, 법인 소유 주택으로서 조정대상지역 공고 이후에 사업자등록등을 신청한 조정대상지역에 있는 장기일반매입임대주택을 합산배제 임대주택에서 제외한다는 단서규정이 추가되었다. 이렇듯 주택시장 안정을 목적으로 ｢종합부동산세법 시행령｣ 제3조제1항 제8호 장기일반매입임대주택 중 조정대상지역 내 주택을 제재하기 위하여 납세의무자 중 개인에게 적용될 법률이 2018.10.23. 우선 개정되고 법인에 적용될 법률이 이후 2020.8.7. 개정되었다. 3) 청구법인은 쟁점부칙을 적용하여 2018.9.13. 이전에 쟁점주택을 취득하였기에 2018.10.23. 개정된 ｢종합부동산세법 시행령｣ 제3조제1항제8호 단서에 해당되지 않고 종전 규정에 따라 쟁점주택이 합산배제 임대주택이라고 주장하나, 청구법인은 법인사업자로 2018.10.23. 개정된 법률의 적용대상이 아니며 그 부칙의 적용 또한 마찬가지이고 대신 2020. 8. 7. 개정된 ｢종합부동산세법 시행령｣ 제3조제1항제8호 (2020.8.7. 대통령령 제30921호)로 그 해당 여부를 판단하여야 하는바, 쟁점부칙으로 쟁점주택을 합산배제 임대주택에 해당한다고 판단한 주장은 법률을 오인하여 해석한 것이다. 4) 청구법인이 소유한 쟁점주택의 소재지는 전북특별자치도 A시로 해당 지역은 2020.12.18. 조정대상지역으로 지정되었는데 청구법인은 2020.10.8. 임대사업자 등록이 자동말소되었고, 조정대상지역 공고일 이후 2021.9.30. 주택의 종류를 장기일반매입임대주택으로 하여 임대사업자로 등록하였기에 쟁점주택은 ｢종합부동산세법 시행령｣ 제3조제1항제8호 단서규정에 따라 합산배제 임대주택에서 제외됨이 타당하므로, 통지관서가 쟁점주택을 합산배제에서 제외하여 청구법인에게 한 이 건 과세예고 통지는 정당하다.
• 나. 청구법인이 소유한 쟁점주택은 ｢종합부동산세법 시행령｣ 제3조제1항제3호 에 따른 임대주택이 아닌 ｢종합부동산세법 시행령｣ 제3조제1항제8호 에 따른 장기일반매입임대주택에 해당되기에 그 단서규정에 따라 합산배제 임대주택에서 제외된다. 1) 청구법인은 2020.10.8. 임대사업자 등록 자동말소 이후 2021.9.30. 다시 임대사업자로 등록하였는데, ｢종합부동산세법 시행령｣ 제3조제1항 후단에서 합산배제 신고기간(9.16.∼9.30.)까지 임대사업자등록을 한 경우 과세기준일(6.1.) 현재 임대사업자로서 사업자 등록을 한 것으로 본다는 규정에 따라 ｢민간임대주택에 관한 특별법｣ 상 임대사업자의 지위가 계속 유지되고, 쟁점주택이 ｢종합부동산세법 시행령｣ 제3조제1항제3호 요건을 모두 만족하면서 2005.1.5. 이전부터 임대하고 있던 임대주택에 해당되기에 ｢종합부동산세법 시행령｣ 제3조제1항제3호 에 따라 합산배제 규정을 적용할 수 있다고 주장한다. 2) ｢종합부동산세법 시행령｣ 제3조제1항제3호 에서 언급한 “임대사업자”란 ｢종합부동산세 시행령｣ 제3조제1항 본문에 나와있듯 ｢민간임대주택법｣에 따라 임대사업을 목적으로 시·군·구에 등록한 자를 말하는 것으로 ｢종합부동산세법 시행령｣ 제3조제1항제3호 를 적용하기 위해서는 청구법인이 2005.1.5. 이전부터 등록한 임대사업자의 지위에 해당되어야 하나, 청구법인의 기존 임대사업자 등록 지위는 2020.10.8. 말소되어 2005.1.5. 이전부터 ｢민간임대주택법｣(구 임대주택법)에 따라 등록한 임대사업자의 지위에 해당되지 않기에 쟁점주택은 ｢종합부동산세법 시행령｣ 제3조제1항제3호 를 적용할 수 없다(사전-2021-법령해석재산-0622, 2021.10.26.). 3) ｢종합부동산세 시행령｣ 제3조제1항 후단은 2012년 ｢종합부동산세 시행령｣을 개정(2012.2.2. 대통령령 제23594호)하면서 추가되었는데, 과세기준일(6.1.) 현재 ｢민간임대주택법｣(구 임대주택법) 상 임대사업자, ｢소득세법｣ 또는 ｢법인세법｣ 상 임대사업자 등록을 한 자로 한정한 기존 합산배제 사업자등록 요건을 합산배제 신고기간 종료일(9.30.)까지 갖춘 경우로 완화하여 납세자의 편의를 제고하기 위해 개정한 것임을 기획재정부 ｢2011년 간추린 개정세법｣에서 법 개정이유에 대해 명시하고 있다. 4) ｢종합부동산세 시행령｣ 제3조제1항 후단은 비록 과세기준일까지 사업자등록 등의 요건을 갖추지 못한 납세의무자라 하더라도 합산배제 신고기간 종료일까지 등록 요건 이행시 합산배제 적용의 요건을 갖춘 납세의무자로 본다는 것을 의미하는 것으로, 말소된 임대사업자 등록을 합산배제 신고기간까지 다시 등록하였기에 임대사업자의 지위가 유지가 되고 있다는 청구법인의 주장은 ｢ 민간임대주택법｣에 따라 지위가 유효하게 유지되고 있는지의 여부를 판단해야 하는 “임대사업자의 지위”의 의미를 ｢종합부동산세 시행령｣ 제3조제1항 후단을 적용하여 잘못 해석하여 판단한 것이다. 5) 따라서 청구법인의 기존 임대사업자등록은 2020.10.8. 최종말소되어 임대사업자 지위가 상실되었기에 쟁점주택은 2005.1.5. 이전부터 등록한 임대사업자로서 임대하고 있는 임대주택에 해당하지 않아 ｢종합부동산세법 시행령｣ 제3조제1항제3호를 적용할 수 없고, 이후 청구법인은 장기일반매입임대주택을 주택의 종류로 한 임대사업자로 등록하였기에 ｢종합부동산세법 시행령｣ 제3조 제1항제8호 단서규정을 적용하여 쟁점주택을 합산배제 임대주택에서 제외하여야 한다.

쟁점주택이 종합부동산세 합산배제 임대주택에 해당한다는 청구주장의 당부

1) 종합부동산세법 제8조 【과세표준】(2020.8.18. 법률 제174789호로 일부 개정된 것)

② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택은 제1항에 따른 과세표준 합산의 대상이 되는 주택의 범위에 포함되지 아니하는 것으로 본다.

1. ｢민간임대주택에 관한 특별법｣에 따른 민간임대주택, ｢공공주택 특별법｣에 따른 공공임대주택 또는 대통령령으로 정하는 다가구 임대주택으로서 임대기간, 주택의 수, 가격, 규모 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 주택

③ 제2항의 규정에 따른 주택을 보유한 납세의무자는 해당 연도 9월 16일부터 9월 30일까지 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할세무서장(이하 "관할세무서장"이라 한다)에게 해당 주택의 보유현황을 신고하여야 한다. 1-1) 종합부동산세법 시행령 제3조 【합산배제 임대주택】(2018.10.23. 대통령령 제29243호로 일부 개정되기 전의 것)

① 법 제8조제2항제1호에서 "대통령령이 정하는 주택"이란 ｢공공주택 특별법｣ 제4조 에 따른 공공주택사업자 또는 ｢민간임대주택에 관한 특별법｣ 제2조제7호 에 따른 임대사업자(이하 "임대사업자"라 한다)로서 과세기준일 현재 ｢소득세법｣ 제168조 또는 ｢법인세법｣ 제111조 에 따른 주택임대업 사업자등록(이하 이 조에서 "사업자등록"이라 한다)을 한 자가 과세기준일 현재 임대(제1호부터 제3호까지, 제5호부터 제8호까지의 주택을 임대한 경우를 말한다)하거나 소유(제4호의 주택을 소유한 경우를 말한다)하고 있는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택(이하 "합산배제 임대주택"이라 한다)을 말한다. 이 경우 과세기준일 현재 임대를 개시한 자가 법 제8조제3항에 따른 합산배제 신고기간 종료일까지 임대사업자로서 사업자등록을 하는 경우에는 해당 연도 과세기준일 현재 임대사업자로서 사업자등록을 한 것으로 본다.

3. 임대사업자의 지위에서 2005년 1월 5일 이전부터 임대하고 있던 임대주택으로서 다음 각목의 요건을 모두 갖춘 주택이 2호 이상인 경우 그 주택

• 가. 국민주택 규모 이하로서 2005년도 과세기준일의 공시가격이 3억원 이하일 것
• 나. 5년 이상 계속하여 임대하는 것일 것

8. 매입임대주택 중 장기일반민간임대주택등으로서 다음 각 목의 요건을 모두 갖춘 주택

• 가. 해당 주택의 임대개시일 또는 최초로 제8항에 따른 합산배제신고를 한 연도의 과세기준일의 공시가격이 6억원(수도권 밖의 지역인 경우에는 3억원) 이하일 것
• 나. 8년 이상 계속하여 임대하는 것일 것. 이 경우 임대기간을 계산할 때 ｢민간임대주택에 관한 특별법｣ 제5조제3항 에 따라 같은 법 제2조제6호의 단기민간임대주택을 장기일반민간임대주택등으로 변경 신고한 경우에는 제7항제1호에도 불구하고 같은 법 시행령 제34조제1항제3호에 따른 시점부터 그 기간을 계산한다. 1-2) 종합부동산세법 시행령 제3조 【합산배제 임대주택】 (2018.10.23. 대통령령 제29243호로 일부 개정된 것)

① (상 동)

8. 매입임대주택 중 장기일반민간임대주택등으로서 다음 각 목의 요건을 모두 갖춘 주택. 다만, 1세대가 국내에 1주택 이상을 보유한 상태에서 새로이 취득한 조정대상지역(｢주택법｣ 제63조의2제1항제1호 에 따른 조정대상지역을 말한다. 이하 같다)에 있는 ｢민간임대주택에 관한 특별법｣ 제2조제5호 에 따른 장기일반민간 임대주택[조정대상지역의 공고가 있은 날 이전에 주택(주택을 취득할 수 있는 권리를 포함한다. 이하 이 호에서 같다)을 취득하거나 주택을 취득하기 위하여 매매계약을 체결하고 계약금을 지급한 사실이 증빙서류에 의하여 확인되는 경우는 제외한다]은 제외한다.

• 가. 해당 주택의 임대개시일 또는 최초로 제8항에 따른 합산배제신고를 한 연도의 과세기준일의 공시가격이 6억원(수도권 밖의 지역인 경우에는 3억원) 이하일 것
• 나. 8년 이상 계속하여 임대하는 것일 것. 이 경우 임대기간을 계산할 때 ｢민간임대주택에 관한 특별법｣ 제5조제3항 에 따라 같은 법 제2조제6호의 단기민간임대주택을 장기일반민간임대주택등으로 변경 신고한 경우에는 제7항제1호에도 불구하고 같은 법 시행령 제34조제1항제3호에 따른 시점부터 그 기간을 계산한다. 1-3) 종합부동산세법 시행령 부칙 제2조【합산배제 임대주택에 관한 적용례】 (2018.10.23. 대통령령 제29243호로 일부 개정된 것)

① 제3조제1항제8호의 개정규정은 이 영 시행 이후 납세의무가 성립하는 분부터 적용한다.

② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제3조제1항제8호의 개정규정 및 이 조 제1항에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.

1. 2018년 9월 13일 이전에 주택(주택을 취득할 수 있는 권리를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)을 취득한 경우

2. 2018년 9월 13일 이전에 주택을 취득하기 위하여 매매계약을 체결하고 계약금을 지급한 사실이 증빙서류에 의하여 확인되는 경우 1-4) 종합부동산세법 시행령 제3조 【합산배제 임대주택】 (2020.10.7. 대통령령 제31085호로 일부 개정된 것)

① (상 동)

3. 임대사업자의 지위에서 2005년 1월 5일 이전부터 임대하고 있던 임대주택으로서 다음 각목의 요건을 모두 갖춘 주택이 2호 이상인 경우 그 주택

• 가. 국민주택 규모 이하로서 2005년도 과세기준일의 공시가격이 3억원 이하일 것
• 나. 5년 이상 계속하여 임대하는 것일 것

8. 매입임대주택 중 장기일반민간임대주택등으로서 가목1)부터 3)까지의 요건을 모두 갖춘 주택. 다만, 나목1)부터 4)까지에 해당하는 주택의 경우는 제외한다.

• 나. 제외되는 주택

2. 법인 또는 법인으로 보는 단체가 조정대상지역의 공고가 있은 날(이미 공고된 조정대상지역의 경우 2020년 6월 17일을 말한다)이 지난 후에 사업자등록등을 신청(임대할 주택을 추가하기 위한 등록사항의 변경신고를 포함하며, 제7항제7호에 따라 임대기간이 합산되는 경우는 멸실된 주택에 대한 신청을 말한다)한 조정대상지역에 있는 ｢민간임대주택에 관한 특별법｣ 제2조제5호에 따른 장기일반민간임대주택 1-5) 종합부동산세법 시행령 부칙 (2020.10.7. 대통령령 제31085호로 일부 개정된 것) 제1조(시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다. 제2조(합산배제 장기일반민간임대주택등에 관한 적용례) 제3조제1항제6호, 같은 항 제7호 각 목 외의 부분 단서, 같은 항 제8호나목3) 및 4)의 개정규정은 이 법 시행 이후 납세의무가 성립하는 분부터 적용한다. 2) 민간임대주택법 제2조 【정의】 (2020.8.18. 법률 제17482호로 일부 개정되기 전의 것) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1. "민간임대주택"이란 임대 목적으로 제공하는 주택[토지를 임차하여 건설된 주택 및 오피스텔 등 대통령령으로 정하는 준주택(이하 "준주택"이라 한다) 및 대통령령으로 정하는 일부만을 임대하는 주택을 포함한다. 이하 같다] 으로서 임대사업자가 제5조에 따라 등록한 주택을 말하며, 민간건설임대주택과 민간매입임대주택으로 구분한다.

3. "민간매입임대주택"이란 임대사업자가 매매 등으로 소유권을 취득하여 임대하는 민간임대주택을 말한다.

5. "장기일반민간임대주택"이란 임대사업자가 공공지원민간임대주택이 아닌 주택을 10년 이상 임대할 목적으로 취득하여 임대하는 민간임대주택 (아파트를 임대하는 민간매입임대주택은 제외한다)을 말한다.

6. "단기민간임대주택"이란 임대사업자가 4년 이상 임대할 목적으로 취득하여 임대하는 민간임대주택을 말한다. 3) 민간임대주택법 제6조 【임대사업자 등록의 말소】 (2020.8.18. 법률 제17482호로 일부 개정된 것)

⑤ 종전의 ｢민간임대주택에 관한 특별법｣ 제2조제5호 에 따른 장기일반민간 임대주택 중 아파트를 임대하는 민간매입임대주택 및 제2조제6호에 따른 단기민간임대주택은 임대의무기간이 종료한 날 등록이 말소된다. 3-1) 민간임대주택법 부칙 제5조【폐지되는 민간임대주택 종류에 관한 특례】 (2020.8.18. 법률 제17482호로 일부 개정된 것)

① 이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 장기일반민간임대주택 중 아파트를 임대하는 민간매입임대주택 또는 단기민간임대주택을 등록한 임대사업자 및 그 민간임대주택은 임대사업자 및 그 민간임대주택의 등록이 말소되기 전까지 이 법에 따른 임대사업자 및 장기일반민간임대주택으로 보아 이 법을 적용한다. 다만, 임대의무기간은 종전의 규정에 따른다. 3-1) 민간임대주택법 부칙 제7조【자동 등록 말소 관련 경과조치】 (2020.8.18. 법률 제17482호로 일부 개정된 것) 제6조제5항의 개정규정에도 불구하고 이 법 시행일 당시 종전의 제2조제6호에 따른 단기민간임대주택 또는 제2조제5호에 따른 장기일반임대주택 중 아파트를 임대하는 민간매입임대주택의 임대의무기간이 이 법 시행일 전에 경과된 경우에는 이 법 시행일에 그 임대주택의 등록이 말소된 것으로 본다.

1) 청구법인 기본사항 가) 청구법인은 2002... 설립되어 2002... A시장에게 민간임대주택(5년) 임대사업자 등록을 하고, 2002... C세무서에 주택임대사업자로 사업자등록을 한 뒤 쟁점주택을 임대하여 왔다. 청구법인의 주택임대사업자 등록은 2020.10.8. ‘전체말소를 통한 폐업처리(자동말소(전부))’되었고, 청구법인은 2021.9.30. 쟁점주택을 장기일반 민간임대주택(10년)으로 하는 주택임대사업자로 등록 신청해 2021.10.12. 등록 처리되어 유지 중에 있다 (<붙임1> 최초 임대사업자 등록 및 말소 내역, <붙임2> 신규 임대사업자 등록 내역 참조). 나) 청구법인은 쟁점주택에 대한 2005년 종합부동산세 합산배제 임대주택 신고서를 제출하 면서 사유를 ‘기존임대주택(’05.1.5. 이전 등록 공공·민간임대)’으로 기재하였는데 2005.6.1. 기준 쟁점주택 각 호의 공시가격은 1,200만원이고 면적은 31.2㎡이며, 청구법인은 2005년부터 쟁점주택에 대한 종합부동산세 합산배제를 적용받았으며 합산배제 제외 신고서를 제출한 사실은 나타나지 않는다. 다) A시 B구는 2020.12.18. 국토교통부 공고 제2020-1650호로 조정대상지역 지정 공고되었고, 2022.9.26. 국토교통부 공고 제2022-1207호로 지정 해제 공고되었다. 라) 통지관서의 2021년 및 2022년 귀속 종합부동산세 결정 내역은 다음과 같다. <종합부동산세 결정 내역> 2) 종합부동산세법 시행령 개정 취지 가) 2020.6.17. 국토교통부, 기획재정부, 금융위원회가 합동 발표한 ｢주택시장 안정을 위한 관리방안｣에 따르면, ‘법인이 2020.6.18. 이후 조정대상지역에 8년 이상 장기 임대등록하는 주택은 종부세 과세’하는 방안을 추진한다고 명시되어 있고, 개인의 경우, ‘1세대가 1주택 이상을 보유한 개인의 경우 2018.9.14. 이후 조정대상지역 내에 신규로 취득한 주택은 임대 등록하더라도’ 종부세를 旣 과세하고 있다고 명시되어 있다. 나) 법제처 법령정보시스템 상 2020.10.7. 시행령 개정이유는 ‘개인 다주택자가 법인을 통해 주택을 분산 보유함으로써 다주택자에 대한 종합부동산세 과세를 회피하는 것을 방지하기 위하여 법인이 조정대상지역 공고일이 지난 후 또는 기존 조정대상지역에서 2020년 6월 17일이 지난 후에 매입임대주택 중 장기일반민간임대주택의 임대사업자 등록 등을 신청한 주택은 종합부동산세 과세표준 합산의 대상에 포함’하는 것이라고 명시되어 있다. 3) 임대 주택법 개정 취지 가) 2020.7.10. 국토교통부, 기획재정부, 금융위원회, 행정안전부가 합동 발표한 ｢주택시장 안정 보완대책｣에 따르면, 등록임대사업제도 보완을 위해 단기임대 제도 및 아파트 장기일반 매입임대 제도는 폐지하며, 단기 및 아파트 장기일반 매입임대로 등록한 기존 주택의 경우 즉시 자동 등록말소하는 방안을 추진한다고 명시되어 있다. 나) 법제처 법령정보시스템 상 2020.8.18. 법률 개정사유는 ‘전월세상한제, 계약갱신요구권 도입을 통해 일반 임대주택과 차별성이 희박해진 단기민간 임대주택과 주택시장 과열요인이 될 수 있는 아파트 장기일반민간매입임대주택 유형은 폐지’하는 것이라고 명시되어 있다.

1) 관련 법리 가) 구 ｢종합부동산세법 시행령｣ 제3조제1항제3호 (2020.10.7. 대통령령 제 3 1085호 로 일부 개정된 것)는 임대사업자의 지위에서 2005년 1월 5일 이전부터 임대하고 있던 임대주택으로서 국민주택 규모 이하이고 2005년 과세기준일의 공시가격이 3억원 이하이면서 5년 이상 계속하여 임대하는 주택을 합산배제 임대주택으로 정하고 있고, 같은 항 제8호는 ｢민간임대주택법｣ 에 따른 장기일반민간임대주택으로서 일정 요건을 갖춘 경우 합산배제 임대주택으로 인정하고 있으나, 같은 호 나목2) 단서규정에 따르면 법인이 조정대상지역의 공고가 있은 날이 지난 후에 사업자등록을 신청한 조정대상지역에 있는 장기일반민간임대주택은 합산배제 임대주택에서 제외된다. 또한, 같은 법 시행령 부칙 제1조는 위 규정의 시행일을 공포한 날로 규정하면서 별도의 경과규정을 두고 있지 않다. 나) 구 ｢민간임대주택법｣(2020.8.18. 법률 제17482호로 일부 개정된 것) 제6조 제5항은 단기민간임대주택은 임대의무기간이 종료된 날 등록이 말소된다고 규정하고 있고, 같은 법 부칙 제7조는 종전 규정에 따른 단기민간임대주택은 그 임대의무기간이 법 시행일 전에 경과된 경우 시행일에 그 임대주택의 등록이 말소된 것으로 본다고 규정하고 있다. 다) 한편, ｢종합부동산세법 시행령｣ 제3조제1항 이 적용되기 위한 임대사업자 요건인 ‘주택임대업 사업자등록을 한 자’라는 요건은 ｢민간임대주택법｣에 따른 사업자등록을 할 것뿐만 아니라 임대사업자등록을 유효하게 유지하고 있을 것을 포함하는 것으로 봄이 상당하다(서울고등법원 2024.10.11. 선고 2024 누39228 판결 참조). 2) 쟁점주택을 종합부동산세 합산배제 임대주택으로 볼 수 있는지에 대한 판단 가) 위 법리와 앞서 살펴본 사실관계 및 다음 내용으로 볼 때 쟁점주택은 종합부동산세 합산배제 임대주택으로 볼 수 없다. (1) 쟁점주택은 2002... 5년 매입(단기)임대주택으로 등록된 주택으로서 구 ｢민간임대주택법｣(2020.8.18. 법률 제17482호로 일부 개정된 것) 시행일 전에 이미 임대의무기간이 경과했음이 명백하므로, 같은 법 제6조제5항 및 부칙 제7조에 따라 그 임대주택의 등록은 법 시행일에 말소되어 효력을 상실한 것이다. (2) 청구법인은 쟁점주택이 임대사업자의 지위에서 2005년 1월 5일 이전부터 임대하고 있던 임대주택이므로 구 ｢종합부동산세법 시행령｣(2020.10.7. 대통령령 제31085호로 일부 개정된 것) 제3조제1항제3호에 따른 합산배제 대상이라고 주장하나, 임대사업자등록이 유효하게 유지되지 아니한 이상 청구법인이 구 ｢종합부동산세법 시행령｣ 제3조제1항제3호 에서 규정한 ‘임대사업자의 지위에서 2005년 1월 5일 이전부터 계속 임대하고 있던 임대주택’으로 볼 수는 없다. (3) 이후 2021.9.30.에 이르러 청구법인은 쟁점주택을 장기일반민간임대 주택으로 하는 임대사업자로 A시에 등록을 신청하였고, 쟁점주택이 소재한 A시 B구는 위 등록 신청 이전인 2020.12.18. 조정대상지역으로 지정된 상태였으므로, 쟁점주택은 구 ｢종합부동산세법 시행령｣(2020.10.7. 대통령령 제31085호로 일부 개정된 것) 제3조제1항제8호나목2) 단서규정에 따라 합산배제 임대주택에서 제외되는 것으로 봄이 타당하다. (4) 아울러 청구법인은 쟁점주택이 구 ｢종합부동산세법 시행령｣(2018.10.23. 대통령령 제29243호로 일부 개정되어 2020.10.7. 대통령령 제31085호로 일부 개정되기 전의 것) 부칙 제2조제2항제1호의 경과규정에서 규정한 ‘2018.9.13. 이전에 취득한 주택’에 해당하고 해당 부칙 규정이 삭제되지 않은 유효한 상태이기에 2020.10.7. 시행령 개정에도 불구하고 2018.10.23. 개정 전 같은 법 시행령 제3조제1항제8호 규정이 적용되어야 한다는 취지로 주장하고 있으나, 2018.10.23. 개정된 같은 법 시행령 제3조제1항제8호는 1세대가 국내에 1 주택 이상을 보유한 상태에서 새로이 취득한 조정대상지역에 있는 장기일반 민간임대주택을 합산배제 임대주택에서 제외한다고 규정하는데 이때 1세대는 개인만을 가리키는 것으로 법인은 포함될 수 없는 것으로 해석되며(서면-2020- 부동산-2348, 2020.10.26. 같은 뜻임), 법제처 법령정보시스템 상 2020.10.7. 시행령 개정이유 및 개정 배경이 된 ｢주택시장 안정을 위한 관리방안｣(2020.6.17., 관계부처 합동)을 살펴보아도 2018.9.14. 이후 조정대상지역 내 개인이 신규 취득한 주택은 임대 등록하더라도 종합부동산세를 과세하도록 같은 법 시행령이 먼저 개정되었으나 개인 다주택자가 법인을 통해 주택을 분산 소유하여 종합부동산세 과세를 회피하는 문제가 발생하자 2020.10.7. 시행령을 재차 개정한 것이라고 밝히고 있으므로, 청구법인이 2018.10.23. 개정 시행령 규정의 적용대상이 아닌 이상 그 부칙 규정의 적용대상도 될 수 없다. 나) 따라서, 통지관서가 쟁점주택을 합산배제 임대주택에서 제외한 이 건 과세예고통지는 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 과세전적부심사청구는 청구주장이 이유 없다고 인정되므로 ｢국세기본법｣ 제81조의15제5항제1호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.