1) 법인세법 제52조 【부당행위계산의 부인】(2019.12.31. 법률 제16833호로 개정된 것)
① 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 특수관계인과의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 "부당행위계산"이라 한다)과 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산한다.
② 제1항을 적용할 때에는 건전한 사회 통념 및 상거래 관행과 특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율ㆍ이자율ㆍ임대료 및 교환 비율과 그 밖에 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 "시가"라 한다)을 기준으로 한다.
③ 내국법인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 각 사업연도에 특수관계인과 거래한 내용에 관한 명세서를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.
④ 제1항부터 제3항까지의 규정을 적용할 때 부당행위계산의 유형 및 시가의 산정 등에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 2) 법인세법 시행령 제88조 【부당행위계산의 유형】(2020.10.7. 대통령령 제31084호로 개정된 것)
① 법 제52조제1항에서 "조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.
3. 자산을 무상 또는 시가보다 낮은 가액으로 양도 또는 현물출자한 경우.
9. 그 밖에 제1호부터 제3호까지, 제3호의2, 제4호부터 제7호까지, 제7호의2, 제8호 및 제8호의2에 준하는 행위 또는 계산 및 그 외에 법인의 이익을 분여하였다고 인정되는 경우 3) 법인세법 시행령 제89조 【시가의 범위】
① 법 제52조제2항을 적용할 때 해당 거래와 유사한 상황에서 해당 법인이 특수관계인 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계인이 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격에 따른다.
② 법 제52조제2항을 적용할 때 시가가 불분명한 경우에는 다음 각 호를 차례로 적용하여 계산한 금액에 따른다. 1.감정평가 및 감정평가사에 관한 법률에 따른 감정평가법인등이 감정한 가액이 있는 경우 그 가액
2. 상속세 및 증여세법 제38조 ㆍ제39조ㆍ제39조의2ㆍ제39조의3, 제61조부터 제66조까지의 규정을 준용하여 평가한 가액.
- 다. 사실관계 청구법인과 조사청이 제출한 심리자료 등에 따르면 다음과 같은 사실이 확인된다.
1. 본 건 과세예고통지세액 내역 청구법인은 2020.2.17. 이사회 의결을 통해 사주 A을 쟁점전환사채 120억원의 쟁점콜옵션 행사자로 지정하고 2021.1.12. 쟁점콜옵션 대가 120백만원(권면가액의 1%)을 수취하였음에도 법인세법 규정에 따라 아무런 세무조정 신고를 하지 아니하였으나, 조사청은 청구법인이 사주 A에게 쟁점콜옵션을 저가에 양도한 것으로 보아 쟁점콜옵션 감정평가액 166억원과 양도가액 120백만원의 차이 164.8억원을 익금산입하고 대표이사에게 165억원(신용카드사적사용분 등 포함)을 소득금액 변동통지(상여)한 사실이 다음과 같이 확인된다. <청구법인 법인세 과세표준 및 세액 경정결의서 발췌> (백만원) 구분 당초 경정 차이 결산서상 당기순이익 △14,857 △14,857
• 소득금액조정 익금산입 18,590 39,769 21,179* 손금산입 14,782 16,211 1,429 차가감소득 △11,049 8,700
• 각사업연도소득 △11,049 8,700
• 이월결손금 8,700 과세표준 △11,049
• * 쟁점콜옵션저가양도, 가공매출 및 매입, 업무무관자산 등 익금산입액 합계 소득금액변동통지서(1) (법인통지용) (중략) 소득자별[√] 상여 소득금액 변동내용 소득종류 사업연도 귀속연도 소득금액 소득자 성명 주민번호 주소 상여 ’20.1.1.~ ’20.12.31. 2020 16,503백만원 A 서울 소득세법 시행령제192조제1항에 따라 위와 같이 소득금액 변동사항을 통지합니다.
2. 청구법인의 주요사업내용 청구법인은 2000년 5월에 설립되어, 약물전달시스템에 관한 원천기술을 바탕으로 패취형 의약품 개발 및 제조와 화장품 OEM, ODM사업을 영위하고 있으며, 본사 및 연구소는 서울특별시 H구에 위치하고 있으며 전북 I군에 제조시설을 보유하고 있다. 주권상장 현황 주권상장일자 특례상장 유형 코스닥시장 상장 2018.7.12. 기술성장기업의 코스닥시장 상장 청구법인의 법인세 신고상황 및 재무상태 현황 등은 다음과 같다. <법인세 신고상황> (백만원) 사업연도 외 형 과세표준 총세액 자 산 부 채 자본 ’23년 35,161 △22,275
• 142,854 87,086 18,779 ’22년 34,300 △16,378
• 203,799 107,870 18,779 ’21년 36,492 △32,575
• 191,549 91,355 9,446 ’20년 48,873 △11,049
• 172,592 63,760 3,774 ’19년 41,074 △2,331
• 190,634 94,453 3,223 <주요 주주 (2024.12.31.기준)> (주, 백만원, %) 주주명 관계 주식수 금 액 지분율 A 본인 5,106,880 2,553 13.6 청구법인 자기주식 188,683 94 0.5 형제 365,392 183 0.97 자녀 89,103 45 0.24 자녀 89,103 45 0.24 형제 10,285 5 0.03 소액주주 기타 31,708,922 15,854 84.42 37,558,368 18,779 100 액면가액(@500원)
3. 쟁점전환사채 발행 주요내용 청구법인이 2019.4.18. 2차와 3차 전환사채를 각 발행한 계약의 주요 내용은 다음과 같고, 사채권자는 각 전환사채 발행일부터 1년 6개월이 되는 날부터 조기상환 청구권(Put Option)을 행사할 수 있는 것으로 나타난다. 구분 제2회차 전환사채 제3회차 전환사채 사채의 종류 무기명식 이권부 무보증 사모 전환사채 무기명식 이권부 무보증 사모 전환사채 사채의 권면총액 35,000,000,000 5,000,000,000 사채의 발행가액 사채 권면총액의 100% 사채 권면총액의 100% 사채의 이율 표면금리는 연 0.00% 표면금리는 연 0.5% 만기보장수익률 분기단위 연 복리 0.00% 분기단위 연 복리 0.5% 조기상환청구권 (풋옵션) 사채의 발행일로부터 2년이 되는 2021년 04월 18일 및 이후 매 3개월에 해당되는 날에 본 사채의 권면금액에 조기상환수익률(분기 단위 연복리 0.00%)을 가산한 금액의 전부 또는 일부 사채의 발행일로부터 2년이 되는 2021년 04월 18일 및 이후 매 3개월에 해당되는 날에 기 지급된 이자 및 배당을 제외하고 본 사채의 전부 또는 일부 전환가액 금 42,558원 금 42,558원 전환청구기간 사채 발행일 이후 1년이 경과한 날(2020년 04월 18일)로부터 만기일 1개월 전(2024년 03월 18일) 사채 발행일 이후 1년이 경과한 날(2020년 04월 18일)로부터 만기일 1개월 전(2024년 03월 18일) 인수인 인수계약체결일 2019년 04월 17일 2019년 04월 17일 발행(납입)일 2019년 04월 18일 2019년 04월 18일 만기일 2024년 04월 18일 2024년 04월 18일
4. 쟁점전환사채 발행 및 협약의 체결 경위 청구법인은 2019년 무렵 경피약물전달시스템(TDDS) 기술을 기반으로 도네페질 패치(치매 치료용) 관련 다국가 임상을 추진하는 등 다수의 사업을 수행하기 위한 자금이 필요한 상황이었으나, 2018 사업연도 당기 순손실이 약 99억 원에 이를 정도로 자금 상황이 좋지 못하였다. 이에 청구법인은 2019.4.17. 본건 사채권자(사채인수인)들과 제2회 및 제3회 전환사채 발행 및 인수에 관한 계약을 체결하고, 위 인수계약과 별도로 전환사채에 관한 “발행회사의 콜옵션 행사에 관한 협약”을 체결하였다(붙임4 청구법인(발행회사)의 콜옵션 행사에 관한 협약_제2회 전환사채). 본건 협약 제1조에 따르면, 청구법인 및 청구법인이 지정하는 자는 본건 전환사채의 발행일로부터 12개월이 되는 날부터 24개월이 되는 날까지 매 3개월에 해당하는 날에 본건 사채권자들이 보유하고 있는 전환사채 최초 권면총액의 30% 내에서 해당 전환사채를 매수할 수 있는 쟁점콜옵션을 보유하며, 쟁점콜옵션 청구기간과 행사기간은 다음과 같다. <쟁점콜옵션 행사기간> 구분 콜옵션 청구기간 콜옵션 행사일 원금상환율 From To 1차 2020.2.18. 2020.3.19. 2020.4.18. 102.5000% 2차 2020.5.19. 2020.6.18. 2020.7.18. 103.1250% 3차 2020.8.19. 2020.9.18. 2020.10.18. 103.7500% 4차 2020.11.19 2020.12.21. 2021.1.18. 104.3750% 5차 2021.2.17. 2021.3.19. 2021.4.18. 105.0000% 청구법인 및 청구법인이 지정하는 자가 쟁점콜옵션을 행사하기 위해서는 ① 각 차수별 행사일로부터 60일 전부터 30일 전까지 사이에 쟁점사채권자에게 행사청구인명, 콜옵션 행사대상 사채의 수량 및 행사가격을 서면으로 통지해야 하고, ② 이러한 행사통지가 도달한 때에 콜옵션 대상 전환사채에 대한 매매계약이 체결된다(붙임4 발행회사의 콜옵션행사에 관한 협약 제1조제3항 참조). 이후 청구법인은 2019.4.18. 발행금액 합계 400억원 규모의 쟁점전환사채를 발행하였다.
5. 청구법인이 제출한 증빙자료 검토
- 가) 쟁점투자신탁의 설정 경위 청구법인은 쟁점전환사채를 발행할 무렵 추후 청구법인의 경영안정성을 확보할 목적으로, 쟁점협약에 따라 직접 쟁점콜옵션을 행사할 수 있도록 약정하였다. 이후 청구법인은 최초 콜옵션을 행사할 수 있게 된 2020.4.18.은 물론이고, 재차 콜옵션을 행사할 수 있었던 2020.7.18.에도 직접 쟁점콜옵션을 행사하거나 다른 자를 콜옵션 행사권자로 지정하지 않았다. 2020년 초부터 3분기 말까지 당기 순손실이 약 65억원에 이른 청구법인이나 최대주주는 콜옵션을 행사할 자금 여력이 없었고, 쟁점콜옵션을 제3자가 행사할 경우 쟁점전환사채 발행금액 30% 상당의 주식을 제3자가 보유하게 되어 최대주주의 지분이 희석될 우려가 있었기 때문이다. 다만, 청구법인 및 청구법인이 지정하는 자가 쟁점전환사채 발행일로부터 24개월이 경과한 2021.4.17.까지 쟁점콜옵션을 행사하지 않을 경우, 해당콜옵션은 소멸하게 되고, 쟁점사채권자들이 전환권을 행사하게 되어 최대주주 지분 등이 희석될 우려도 있었다. 이러한 상황에서 FN이 청구법인의 대표이사 A에게 자본시장과 금융투자업에 관한 법률(이하 ‘자본시장법’이라 한다)에 따른 집합투자기구를 조성하여 해당 집합투자기구를 쟁점콜옵션 행사권자로 지정받은 다음, 해당 집합투자기구가 쟁점콜옵션을 행사한 후 쟁점전환사채에 부가된 전환권을 행사하여 주식을 취득하는 방안을 제안하게 되었다.
- 나) 쟁점투자신탁의 구조 FN은 위 방안을 실행하기 위하여, 2020년 11월 경 투자자를 모집하기 위해 쟁점투자신탁인 B투자신탁제13호에 대한 상품설명서를 작성하였다. 해당 상품설명서에 의하면, 쟁점투자신탁은 선순위 투자자 2) 가 출자하는 합계 120억 원과 후순위 투자자 3) 가 출자하는 합계 15억 원을 재원으로 조성하기로 예정되었다. 다만, 절차적으로는 (배임의 리스크를 줄이기 위해) 청구법인이 최대주주에게 쟁점콜옵션을 권면금액의 1%인 1.2억원에 매도하고, 최대주주는 곧바로 쟁점콜옵션을 쟁점투자신탁에게 동일한 금액으로 매도하여 최종적으로는 쟁점투자신탁이 쟁점콜옵션을 행사하여 수익을 실현하는 구조를 택하였다.
- 다) 투자구조 변경 관련 법률자문 당초 청구법인의 대표이사였던 A과 FN는 쟁점콜옵션을 [청구법인 → 최대주주 → 쟁점투자신탁]의 단계로 이전하는 구조를 택하였다. 이후 위 계획을 설계한 FN은, [청구법인 → 최대주주 → 쟁점투자신탁]의 단계를 거치지 않고 청구법인이 쟁점투자신탁을 쟁점콜옵션의 행사권자로 곧바로 지정하는 것에 법률상 리스크가 있는지에 관하여 법무법인(유한) G(이하 ‘법무법인 G’)에 법률 자문을 요청하였다. 이에 법무법인 G은 2020.12.14. ‘청구법인이 쟁점투자신탁을 쟁점콜옵션의 행사권자로 직접 지정하는 것은 청구법인 경영진의 형사상 배임죄를 구성할 여지가 있고, 청구법인과 무관한 제3자인 쟁점투자신탁을 쟁점콜옵션 행사권자로 지정하는 것보다 최대주주인 A을 행사권자로 지정하는 것이 배임죄 성립가능성을 낮출 수 있다’는 취지의 법률 검토의견을 송부하였다. 이러한 법률자문 결과에 따라 청구법인의 대표이사였던 A과 FN은 기존에 설계한 대로 [청구법인 → 최대주주 → 쟁점투자신탁]의 단계를 거쳐 쟁점투자신탁이 쟁점콜옵션을 취득할 수 있도록 하였다.
- 라) 쟁점투자신탁의 (예정된 거래순서에 따라) 쟁점콜옵션 취득 청구법인의 대표이사였던 A은 최초 설계된 구조대로 쟁점투자신탁이 쟁점콜옵션을 취득할 수 있도록 (i) 2020.12.17. 청구법인의 이사회를 개최하여 청구법인이 쟁점콜옵션 행사를 포기하는 대신 그 행사자를 최대주주인 A 자신으로 하는 내용의 이사회 안건을 의결하였고, (ii) 2020.12.18. 청구법인이 최대주주 A을 쟁점콜옵션 행사권자로 지정하고 그 대가로 1억 2,000만 원을 지급받는 계약을 체결하였으며, (iii) 같은 날 본건 사채권자들에게는 쟁점투자신탁이 쟁점콜옵션 행사권자로 지정되었다는 것과 콜옵션 행사대상 전환사채의 수량 및 매매금액 역시 구체적으로 특정되었다는 것을 통지하였으며(붙임 쟁점콜옵션 행사 공문 5 참고), 그에 따라 쟁점투자신탁과 본건 사채권자들 사이에 전환사채에 관한 매매계약이 체결되었다. 청구법인이 본건 사채권자들에게 A이 아니라 쟁점투자신탁을 콜옵션 행사권자로 지정 통지한 것은 예정한 거래구조인 [청구법인 → 최대주주 → 쟁점투자신탁]의 순서에 따라 쟁점투자신탁이 쟁점콜옵션의 최종적이고 실질적인 귀속자였기 때문이다. 이후 A은 2021.1.12. 청구법인에 콜옵션지정 대금을 지급함으로서 청구법인과 A 사이에 체결된 콜옵션 계약은 종결되었고, 이틀 후인 2021. 1.14. A과 쟁점투자신탁의 집합투자업자(위탁자)인 FN 및 피지정자(수탁자)인 J증권 주식회사 사이에, J증권을 쟁점콜옵션 행사권자로 지정하고 그 대가로 1억 2,000만 원을 지급받는 계약도 체결되었다. 한편, 쟁점투자신탁에는 다수의 금융기관이 선순위 투자자로 참여하기로 하였고, 청구법인의 최대주주인 A의 자녀들이 설립한 각 법인(A의 아들이 설립한 JJ 주식회사 및 딸이 설립한KK 주식회사, 이하 각 ‘JJ’ 및 ‘G’, 통칭하여 ‘자녀법인’ 이라 한다) 및 A과 특수관계가 없는 다른 법인이 후순위 투자자로 참여하기로 하였다. 자녀법인 중 JJ는 5억 원을,KK는 5.5억 원을 쟁점투자신탁에 출자하였다.
- 마) 쟁점투자신탁의 전환권 행사 쟁점투자신탁은 2021.1월경 쟁점콜옵션을 통해 청구법인의 전환사채를 취득한 이후 2021.8월경부터 같은 해 11월경에 걸쳐 전환사채를 제3자에게 매도하여 발생한 차익을 수익권자들에게 배분한 후 청산하였다. 그 결과 쟁점투자신탁에 5억 원을 출자한 JJ(A의 아들이 설립한 법인)는 (세전) 1,434,138,515원을, 5.5억 원을 출자한 KK(A의 딸이 설립한 법인)은 (세전) 1,577,552,367원을 각 수취하게 되었다.
- 바) 청구법인의 최대주주인 A의 특별경제범죄 가중처벌 등에 관한 법률위반 등 혐의 청구법인의 최대 주주이자 당시 대표이사였던 A은 2020.12.16. 쟁점콜옵션을 권면금액 120억 원의 1%인 1억 2,000만 원에 양수하여, 실제 가치 대비 현저히 저가로 취득함으로써 청구법인의 업무에 위배하여 약 165억 원 상당의 재산상 이득을 취득하고 청구법인에 손해를 입힌 혐의[특별경제범죄 가중처벌 등에 관한 법률 위반(배임)]로 검찰에 기소되었다.
6. 조사청이 제시한 증빙자료 검토
- 가) 쟁점콜옵션 행사자 지정내용 청구법인은 제2회, 제3회 전환사채의 쟁점콜옵션과 관련하여 청구법인이 직접 행사하지 않고 그 행사자를 당사 최대주주 A에게 행사 부여하겠다는 내용이 품의서(붙임5 청구법인 품의서)와 2020.12.17. 실시한 청구법인의 이사회의 의사록에서 확인된다.
- 나) 청구법인의 주가에 대한 증권사들의 긍정적 전망 쟁점콜옵션의 행사자 지정(2020.12.17.) 당시 청구법인은 세계 최초 치매 패치 치료제인 도네페질의 최종 임상실험인 3상 결과를 기다리고 있던 시점으로 전고점을 연일 경신하던 시기였고, 쟁점콜옵션의 행사자 지정 즈음에 증권사들은 청구법인의 주가에 대해 다음과 같이 긍정적인 보고서를 발표한 것으로 나타난다.
- 다) 쟁점콜옵션에 대한 감정평가자료 조사청은 ㈜E평가에 쟁점콜옵션에 대하여 감정평가를 의뢰하였고 그 결과 쟁점콜옵션의 평가금액은 다음과 같이 확인된다. < 제2·3회차 전환사채 콜옵션 권리 평가금액 > (백만원, 주) 평가 기준일 구분 전환사채 콜옵션 양도수량(비율) 콜옵션가치 전환가능주식수 콜옵션 가치(1주당) 합 계 40,000 12,000(30%) 16,623 402,805 ’20.12.17. 2차 35,000 10,500(30%)
① 14,534*
② 352,455
③ 41,236 ’20.12.17. 3차 5,000 1,500(30%)
① 2,089
② 50,350
③ 41,502 * ① =
② (x)
③ 조사청은 청구법인의 쟁점콜옵션 저가양도행위에 대하여 부당행위계산 부인금액은 ㈜E평가에서 감정 평가한 쟁점콜옵션가치 16,623백만원과 양도가액 120백만원의 차액 16,480백만원으로 보아 익금산입한 것으로 확인된다. <㈜E평가의 쟁점콜옵션가치 감정평가결과>
- 라) 자녀소유 법인의 투자수익 실현 사주 A의 자녀 소유법인KK㈜는 5.5억원, JJ㈜는 5억원을 2021.1월 쟁점투자신탁에 투자하였으며, 2021.11월 투자수익 14억원과 13억원을 얻었다. 그리고 사주 A은 각 법인으로부터 투자수익 중 11억원(G㈜ 7억원, JJ㈜ 4억원)을 이체받은 사실이 금융거래내역에서 확인된다.
- 라. 판단
1. 관련 법리 법인세법제52조에 정한 부당행위계산부인이란, 법인이 특수관계에 있는 자와 거래할 때 정상적인 경제인의 합리적인 방법에 의하지 아니하고 법인세법 시행령제88조제1항 각호에 열거된 여러 거래형태를 빙자하여 남용함으로써 조세부담을 부당하게 회피하거나 경감시켰다고 하는 경우에 과세권자가 이를 부인하고 법령에 정하는 방법에 의하여 객관적이고 타당하다고 보이는 소득이 있는 것으로 의제하는 제도로서, 이는 경제인의 입장에서 볼 때 부자연스럽고 불합리한 행위계산을 함으로써 경제적 합리성을 무시하였다고 인정되는 경우에 한하여 적용되고, 경제적 합리성의 유무에 대한 판단은 거래행위의 여러 사정을 구체적으로 고려하여 과연 그 거래행위가 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성을 결한 비정상적인 것인지의 여부에 따라 판단하여야 한다(대법원 2018.10.25. 선고 2016두39573 판결 등).
2. 위 법리와 다음과 같은 사정등을 종합해 볼 때 청구법인의 이사회 의사록과 쟁점콜옵션양수도계약에 따라 쟁점콜옵션거래의 당사자는 청구법인과 사주 A임이 명백히 확인되므로 A이 단순도관에 불과하다는 청구주장은 받아들이기 어렵다.
① 쟁점콜옵션 일련의 거래는 전환사채 발행법인인 청구법인의 전환사채 콜옵션 양도거래와 자녀법인의 펀드 투자거래로 구분되는데, 조사청이 부당행위계산부인규정을 적용하여 과세한 것은 쟁점콜옵션 양도거래이며, 자녀법인의 펀드 투자거래에 대해서는 별도로 법인세를 과세하였는바, 펀드 투자거래에 대하여는 부당행위계산부인규정이 적용될 여지가 없다.
② 사주 A은 전환사채를 발행한 청구법인의 최대주주이자 경영권을 가진 자이고, A 본인이 직접 이사회에 참석하여 쟁점콜옵션을 본인에게 양도하기로 의사결정을 하였으므로 의사결정 능력이 있고 직접 의사결정에 관여한 A 본인이 도관에 불과하다는 논리는 성립될 수 없다.
③ 금융감독원이 2024.9월 실시한 청구법인의 주식 불공정거래 조사 결과 사전통지서 상에 금융감독원은 사주 A과 FN 대표 F이 공모하여 쟁점콜옵션 거래를 한 사실이 확인되는 등 청구법인이 A에게 이익을 분여하기 위하여 쟁점콜옵션을 저가로 양도한 사실이 감독기관에 의해 확인되고 있다.
④ 쟁점콜옵션의 행사자 지정 당시 청구법인은 세계 최초 치매치료제의 최종 임상실험 3상 결과를 기다리고 있던 시점으로 주가 또한 상승세에 있던 시기였고 증권사 또한 긍정적인 보고서를 발표하는 상황으로 추후 기대이익이 상당히 예상되는 시점에 쟁점콜옵션의 감정가액 166억원의 1% 정도인 1.2억원에 양도한 행위는 경제적 합리성을 무시하였다고 볼 수 있다.
3. 따라서 조사청이 청구법인과 사주 A 간의 쟁점콜옵션 저가양수도거래에 대하여 부당행위계산부인 규정을 적용하여 법인세를 과세하겠다는 세무조사결과 통지는 잘못이 없다.