실제 착공하지 않은 상태에서 양도한 것은 농지전용목적 사용에 해당하지 아니함.

이 건 과세전적부심사청구는 불채택 결정합니다.

• 가. 청구법인은 2016.9.1. 부동산개발 분양 및 임대업 등을 사업목적으로 E A시 A대로에서 설립되었다.

1. 청구법인은 2017.2.20. B시 소재 C(주)로부터 ‘JJ특구 S지구 사업(Q HOTEL & RESORT 조성사업)’(이하 “쟁점리조트사업”이라 한다)을 인수한 후, 사업시행자 지정 변경을 승인받고 E도에 쟁점리조트사업에 관한 실시계획 승인 신청을 하여 2017.12.8. 승인을 받았다.

2. 청구법인은 쟁점리조트사업에 수용되거나 사용될 편입토지 대상 부지 58필지 중 국가 및 지방자치단체가 소유하지 않은 E A시 b동 a 등 46필지 64,672㎡(이하 “쟁점토지”라 한다. 사업부지 총면적은 70,227㎡이고, 쟁점토지 중 사업부지에 편입된 토지는 64,347㎡이다)를 2017.12.29., 2018.6.8. 등에 걸쳐 취득하여 위 사업을 추진하였다.

3. 청구법인은 위 사업을 추진하던 중 2021.5.31. F(주)(이하 “사업인수자”라 한다)에 쟁점토지 전부를 00,000백만원에 양도(양도차익 00,000백만원)하였으며, 2021 사업연도 법인세 신고 시 토지 등 양도소득에 대한 법인세는 신고ㆍ납부하지 않았다.

4. 한편, 청구법인은 쟁점리조트사업과 관련 G(주)와 공사도급계약을 체결하여 시행하다가 2020.11.19. (주)H(이하 “사업시공사”라 한다)과 000,000백만원 상당의 공사도급계약을 체결하고 위 사업을 추진하던 중 2021.5.21. 사업인수자에게 동 사업을 양도하였으며(E도고시 제2021-000호, 2021.5.21. 참조), 사업시공사는 2022.4.29. 공사착공을 하였다(사업시공사의 2022 사업연도 감사보고서 참조).

• 나. I지방국세청장(감사관)은 2024.8.26.～9.12. 기간 동안 통지관서에 대한 (교차)종합감사를 실시하여 청구법인의 쟁점토지 양도에 대해 토지 등 양도소득에 대한 법인세를 신고ㆍ납부하지 않은 사안(쟁점토지가 사업용 토지에 해당하는지)에 대하여 검토하였고,

1. 비사업용 토지에서 제외하는 농지는 ‘농지전용허가를 받거나 농지전용신고를 한 법인이 소유한 농지로서 당해 전용목적으로 사용되는 토지’를 말하는데, 청구법인은 쟁점토지에 대해 농지전용허가(의제)를 받은 후 전용목적인 호텔 개발사업에 사용하지 않고 농지 그 상태로 양도하여 비사업용 토지에서 제외하는 농지에 해당하지 않는다고 판단하였다.

2. 위 감사결과에 따라 감사관은 2024.11.15. 통지관서에 청구법인의 쟁점토지 양도와 관련 토지 등 양도소득에 대한 법인세를 추가로 과세하도록 처분지시하였다.

• 다. 통지관서는 감사관의 위 처분지시에 따라 2024.11.27. 청구법인에 2021 사업연도 토지 등 양도소득에 대한 법인세 0,000,000,000원을 과세한다는 감사결과 과세예고 통지를 하였다(통지서 수령일: 2024.12.16.).
• 라. 청구법인은 이에 대하여 2025.1.15. 이 건 과세전적부심사청구를 제기하였다.

• 가. 쟁점리조트사업에 대한 사업진행과정을 살펴보면 다음과 같다.

1. 청구법인은 2017.2.20. E도에서 쟁점리조트사업을 인가받아 사업을 추진 중이던 C(주)(B시 소재)에서 동 사업을 인수한 후 사업시행자 지정 변경을 받고 사업을 본격 추진해 왔다(E도 고시 제2017-00호, 2017.2.20. 참조).

2. 청구법인은 E도에 쟁점리조트사업과 관련 실시계획 승인 신청을 하여 2017.12.8. JJ대회 등에 관한 특별법(이하 “J법”이라 한다)제49조 및 같은 법 시행령 제32조에 따라 실시계획 승인을 받았으며 해당 주요 승인내용은 다음과 같다(E도고시 제2017-000호, 2017.12.8. 참조). (생략)

3. 이후 2차례에 걸쳐 사업시행기간의 변경 승인이 있었다(E도고시 제2020-000호, 2020.10.8., E도고시 제2020-000호, 2020.12.31. 참조). (생략) 4) 위에서 밝힌 바와 같이 쟁점리조트사업의 실시계획을 최초 승인받은 이후 여러 차례의 변경을 거칠 수밖에 없었던 것처럼 쟁점리조트사업은 그 특성상 장기간이 소요될 수밖에 없었다.

• 나. 청구법인이 쟁점리조트사업 관련 그간 추진한 주요 내용은 다음과 같다.

1. 청구법인은 2017.1.24. (주)K사무소와 A L 종합특구 내 호텔 & 리조트 개발PJ(안) 설계용역계약(용역비 0,000백만원)을 체결하여 진행하였고, 2017.9.13. 위 설계용역에 부수된 인테리어 설계용역계약(용역비 000백만원)을 체결ㆍ진행하였다. 이후 2019.1.25. 위 인테리어 설계용역비를 정산하였다(정산금액 00백만원, 심리자료상 “청구법인 제출 증빙자료” 참조).

2. 청구법인은 2017.4.24. I대학교 M 사업단장 N와 쟁점리조트사업의 일환인 리조트 항노화 헬스케어센터 조성사업의 성공적 수행을 위하여 자문계약을 체결하고 이를 추진하였다(000백만원, 심리자료상 “청구법인 제출 증빙자료” 참조).

• 자문료 총액 000백만원(3차례 분할 지급)

• 자문기간: 2017.4.1.～2019.3.31.(24개월간)

3. 청구법인은 쟁점리조트사업의 원활한 추진을 위하여 2019.11.25. 동 사업에 전문성이 있는 (주)O, P(주)와 동 사업에 관하여 ‘공동사업 참여 양해각서’를 체결하고 그에 따라 추진하였으며, (주)O는 향후 위 사업 완료 시 호텔 등의 위탁운영사로서, P(주)는 위 사업의 시공사로서 역할을 맡기로 하였다(심리자료상 “청구법인 제출 증빙자료” 참조).(생략)

4. 청구법인이 쟁점리조트사업 진행 중 쟁점토지 일부(b동 341 답 2,250㎡)에서 온천이 발견되어 온천굴착신고공 굴착을 실시하였고, 검사기관[한국온천협회, (주)한국중앙온천연구소]에 검사를 의뢰한 결과 온천발견신고공의 적법기준에 적합한 것으로 판명되어 2019.10.8. A시에 신고하여 적법하게 수리통보를 받았다(심리자료상 “청구법인 제출 증빙자료” 참조).

5. 청구법인은 2020.9.2. (주)O를 쟁점리조트사업으로 건설될 호텔의 위탁운영자로 선임하고 예비기술지도 계약을 체결하고 그에 따른 후속업무를 처리하였다(심리자료상 “청구법인 제출 증빙자료: 예비기술지도 계약서, A 레이아웃 검토” 참조).

6. 청구법인이 A시에 제출한 쟁점리조트사업의 공사일정상 착공준비기간의 추가 소요 등으로 2021.3.4. 공사 착공일정 변경내용을 통보하고 동 사업을 추진하였다(아래 “Q 호텔 & 리조트 조성사업 공사진행 일정변경 건” 공문 내용 참조).(생략)

7. 청구법인은 쟁점리조트사업을 추진함에 있어 부족한 자금을 PF대출을 통해 조달하고 이를 바탕으로 수년간 위에 열거된 프로젝트 및 이외의 여러 프로젝트들을 수행하면서 사업성공을 위해 백방의 노력을 기울여 왔다.

• 가) 그러나, 투자자 유치 어려움과 당시 대표이사였던 R의 정신적 질환(공황장애) 등으로 동 사업을 계속 이어 나가기 어렵다고 판단하여 2020년말경 동 사업을 능력 있는 제3자에게 양도하기로 하였다.
• 나) 청구법인은 쟁점리조트사업에 대한 적정한 양수자를 찾던 중 동 사업 지역에 연고를 둔 사업시공사가 대주주로 참여하고 있는 사업인수자에 쟁점토지를 포함한 일체의 사업권리를 양도하게 된 것이다.

8. 즉, 2021.5.21. 쟁점리조트사업의 시행자가 사업인수자로 변경되었으며(E도고시 제2021-000호, 2021.5.21. 참조), 2022.4.29. 사업시행자 변경에 관한 쟁점리조트사업의 실시계획 변경 승인 고시(E도고시 제2022-000, 2022.4.29. 참조)가 되어 쟁점토지를 포함한 위 사업의 시행자 지위를 전부 양도하게 되었다.

9. 이후 사업인수자는 청구법인에서 승계받은 쟁점리조트사업을 2022.4.29. ‘T사업’으로 사업명칭을 변경하고, 2025년 현재 청구법인이 최초 설계한 디자인 그대로 건설 중임이 확인되고 있다(아래 “로드뷰 사진” 참조). (생략)

• 다. 쟁점토지는 농지전용목적인 쟁점리조트사업에 제공되었음이 명백하므로 비사업용 토지로 보는 것은 부당하다.

1. 청구법인은 농업을 경영하거나 경영할 목적으로 설립된 법인이 아니므로 농지법상 농지인 쟁점토지를 취득할 수 없었으나, 농지법제6조제2항제7호에서 ‘같은 법 제34조 제1항의 규정에 의한 농지전용허가(다른 법률에 따라 농지전용허가가 의제되는 인ㆍ허가 등)를 받은 자가 당해 농지를 소유하는 경우에는 자기의 농업경영에 이용하지 아니하더라도 농지를 소유할 수 있다’는 규정에 따라, 위 다른 법률 즉, J법 제33조에서 ‘같은 법 제31조에 따른 사업시행자는 농지전용허가를 받은 것으로 의제한다’는 규정에 근거하여 쟁점토지를 적법하게 취득하였다.

2. 한편, 법인세법제55조의2제2항제1호에 의하면, ‘농지법제6조제2항제7호의 규정에 따라 농지전용허가(농지전용허가의제 포함)를 받거나 농지전용신고를 한 법인이 소유한 농지로서 당해 전용목적으로 사용되는 농지’는 비사업용 토지로 보지 않도록 하고 있다

• 가) 쟁점토지는 청구법인이 농지법제6조제2항제7호에 따라 농지전용허가(농지전용허가 의제)를 받아 취득한 농지에 해당함이 명백하고 쟁점토지에서 쟁점리조트사업 시행을 위한 여러 과제들이 수행되어 왔는 점,
• 나) 더욱이 쟁점토지를 양도하려 할 당시(2020.12월경)에는 사업시공사로 착공신고까지 들어간 상태에서 A시에서 착공필증을 교부받아 착공준비 작업 및 공사착수까지 한 점에 비추어 볼 때, 쟁점토지는 쟁점리조트사업에 사용되고 있는 것으로 봄이 타당하고, 이는 곧 쟁점토지를 농지전용목적에 사용하고 다른 용도로 사용하고 있지 아니한 것으로 봄이 타당하므로 쟁점토지를 비사업용 토지로 볼 여지는 전혀 없다고 할 것이다.

3. 청구법인은 쟁점토지를 취득할 당시부터 농지전용목적인 쟁점리조트사업에 사용할 목적으로 취득하였고 이외 목적으로 사용한 사실이 없는데도 불구하고 통지관서가 쟁점토지를 다른 목적으로 사용하였다는 것에 대한 입증을 하지 못하면서도 단지 쟁점토지가 지목이 농지인 상태로 양도되었다고 하여 쟁점토지가 농지전용목적에 사용되고 있지 않다고 단정하는 것은 무리가 있다.

4. 이 건과 유사한 사례에 대한 조세심판원의 선결정례(조심 2009구3381, 2010.8.20.)에서도 ‘농지법제6조제2항제7호의 규정에 따라 취득한 쟁점토지는 청구법인이 쟁점토지를 취득할 당시부터 전용목적에 사용할 목적으로 취득하였으며, 당해 전용목적 외 목적으로 사용하였다는 사실이 확인되지 아니하므로 취득당시부터 양도당시까지 전용목적으로 사용한 것으로 보아야 할 것’이라 하였고,

• 가) 또한 ‘어떤 토지가 사업용으로 사용되었는지 여부는 당해 토지의 용도에 따라 사용하였는지 여부를 기준으로 판단하여야 하고, 사업 도중에 사업시행자가 변경되었다 하여 곧바로 비사업용 토지에 해당된다고 단정하기는 어렵다고 판단’한 점 등을 종합하여 볼 때,
• 나) 쟁점토지는 사업시행자 지정권자인 E도지사의 승인을 받아 사업시행자의 지위를 사업인수자에 양도하였고, 사업인수자는 청구법인에서 승계받은 쟁점리조트사업을 시행하고 있음(2022.4월 착공)이 확인되고 있는 점으로 볼 때, 쟁점토지가 사업용으로 사용되지 않은 것으로 볼 여지는 없다고 할 것이다.
• 라. 통지관서의 ‘쟁점토지를 양도한 후 1년여가 지나서 청구법인의 설계와 달리 사업인수자가 실시계획변경승인을 받고 공사기성청구도 그 이후에 있었던 점으로 보아 쟁점토지 양도당시에는 어떤 공사도 진행되지 않은 농지상태이어서 쟁점토지가 농지전용목적인 호텔 & 리조트 건설에 사용되었다고 볼 수 없다’는 주장에 대하여

1. 청구법인은 E도에서 쟁점리조트사업의 사업시행자로 지정을 받아 농지인 쟁점토지를 취득하고 사업을 추진하여 왔다.

• 가) 쟁점리조트사업 규모는 약 21,000여평(70,227㎡) 부지에 사업비 000,000백만원으로 산정되는 대규모 프로젝트로, 쟁점리조트사업은 E도의 ‘S지구’ 조성에 알맞는 호텔 및 리조트와 다양한 부대시설을 건설하고 운영하는 사업이다.
• 나) 쟁점리조트사업은 쟁점토지 취득 외 사업계획 수립 및 컨설팅, 인ㆍ허가 및 설계, 사업자금 조달, 시공사 선정 등의 과정을 거쳐, 쟁점토지를 양도하기 이전인 2020.12.9. 당시 쟁점토지의 수탁자인 (주)U이 사업시공사를 시공자로 하고, 당초 청구법인이 설계용역을 의뢰하였던 (주)K사무소를 설계자 및 감리자로 하여 동 사업 착공신고서를 제출하였으며, 이에 대하여 A시는 2020.12.29. 공사착수를 승인하는 착공필증을 교부해 주었다.
• 다) 위 2020.12.29.부터 공사에 착수하였고 이후 공사일정에 일부 변경이 발생하여 2021.3.4. ‘공사일정변경 건’ 제목의 공문을 A시에 제출하였으며, 이에 적시된 바와 같이 2020.12.29.～2021.1.31. 동안 사업부지 내 안내사인 설치공사완료, ～2021.2.28.까지는 경작지 정리 및 진입로 개설공사를 완료하였고, ～2021.3.31. 동안에는 가설공사 준비작업을 거쳐 2021.4.1.부터 가설울타리 및 컨테이너 설치공사에 착수하였다.

2. 통지관서가 주장하는 실시계획변경승인은 통상 공사진행 중에 발생하는 것으로 실시계획변경승인이 있었다고 하여 그 이전까지 아무런 공사가 없었다고 추정하는 것은 관련 법규 및 공사의 실질은 물론 이 건 사실관계에 전혀 부합하지 않는다.

• 가) 그리고, 쟁점리조트사업의 경우 공사착수는 위 ‘공사일정 변경 건’ 공문에 나타난 바와 같이 공사준비를 포함한 경작지 정리 및 진입로 개설, 가설공사 등 다양한 형태로 이루어지고 있는바, 1차 공사기성청구가 양도일 이후라 하여 쟁점토지 양도시점에 공사착수도 하지 아니하였다고 추정하는 것은 동 사업을 단순 건물신축공사로 보는 관점에서 판단하는 것으로서 동 사업의 공사착수와는 부합되지 않는다.
• 나) 관련 법규정(법인세법 시행규칙제46의2제1항제5호)에서도 건설착공일이 불분명한 경우에는 착공신고서 제출일을 착공일로 본다고 규정하고 있는 취지 등에 비추어 보더라도 사업에 사용되는지 여부를 판단함에 있어 실제 공사착공일을 기준으로 판단하는 것은 타당해 보이지 않는다.

3. 한편, 통지관서가 쟁점리조트사업에 사용할 목적으로 농지전용허가(의제)를 받아 취득한 쟁점토지에 대하여 공사에 착공해야만 농지전용목적에 사용되는 것으로 보고 있다.

• 가) 그런데, 이는 예외적으로 부득이한 사유가 있어 비사업용 토지로 보지 아니하는 경우를 규정한 법인세법 시행규칙제46조의2제1항제5호의 ‘지상에 건축물이 정착되지 않은 토지를 취득한 경우에는 취득 후 2년간 및 공사착공한 이후 기간부터 비사업용 토지로 보지 아니한다’는 규정에 준하여 판단하려는 것으로 보인다.
• 나) 그러나 청구법인은 쟁점토지 양도 이전에 쟁점리조트사업 착공신고서를 제출하고 공사에 착수하였는바, 비사업용 토지에 해당할 여지는 없다고 생각된다.

4. 비사업용 토지에 대해 관련 법규에서 농지전용허가를 받아 취득한 농지의 경우 농지전용목적에 사용하기 위한 별도의 유예기간을 두고 있지 아니한 점을 보더라도 ‘전용목적으로 사용되는 토지(농지)’라 함은, 공사착공만을 전제하고 있다고 볼 수 없다.

• 가) 만약 이와 같이 해석한다면, 쟁점토지의 경우 취득시점부터 유예기간 적용 없이 전용목적에 사용되지 아니하는 토지에 해당하여 곧바로 비사업용 토지로 보게 되는 법적용의 모순이 발생할 것이다.
• 나) 따라서 당초 사업시행자 지정(농지전용허가 의제)을 받을 당시 쟁점리조트사업에 사용할 목적으로 전용허가 받은 것이라면 동 사업 이외 택지개발 등의 다른 용도로 사용하기 위한 행위가 있었다면 몰라도 당초의 전용목적에 해당하는 사업을 계속 진행하고 있는 이상 당초의 농지전용목적에 사용하고 있다고 보는 것이 타당하다(조심 2009구3381, 2010.8.20.).
• 마. 통지관서가 제시한 조세심판원 결정례(조심 2017서5160, 2018.5.15., 서울행정법원 2019.4.15. 선고 2018구합5277 같은 사건)는 이 건 사실과는 부합되지 아니하므로 이를 과세근거로 주장함은 타당하지 않다(아래 비교표 참조). (생략)
• 바. 이 건과 유사한 사례인 아래 심판결정례(조심 2009구3381, 2010.8.20.)에 따라 판단해 보더라도 쟁점토지는 비사업용 토지에 해당하지 아니한다. (생략)
• 사. 쟁점토지를 처분하게 된 사유와 관련한 보충설명 1) 청구법인은 JJ 개최에 즈음하여 2017.2.20. E도지사에게서 쟁점리조트사업의 시행자로 지정을 받고 2018.6월 쟁점토지를 취득한 이후 착공하기까지 의욕적으로 동 사업을 추진하여 왔다.
• 가) 그러나, 사업진행 도중 예기치 않은 코로나 사태와 이에 따른 경기부진 등으로 이 같은 대규모 사업에 필수적인 자금조달의 어려움, 당시 대표이사(R)의 공황장애증 발생(붙임1. “대표이사 진료확인서” 참조) 등으로 사업추진이 어렵다고 판단하여 부득이 쟁점토지를 포함한 일체의 권리를 양도하게 되었다.
• 나) 즉, 당초부터 토지 양도차익을 목적으로 쟁점리조트사업을 추진하고 쟁점토지를 취득한 것이 아닌 것이다.

2. 따라서 쟁점토지의 취득 및 쟁점리조트사업 공사착공에 이르기까지의 전 과정과 양도사유 등을 종합하여 보더라도 쟁점토지를 비사업용 토지로 보는 것은 부당하다고 생각된다.

• 가. 청구법인은 쟁점토지를 전용목적(호텔 & 리조트 건설)에 사용하지 않고 양도하였으므로 쟁점토지는 비사업용 토지에 해당한다.

1. 법인세법제55조의2(토지 등 양도소득에 대한 과세특례)제1항제3호에서는 비사업용 토지를 양도한 경우에는 토지 등 양도소득에 100분의 10을 곱하여 산출한 세액을 각 사업연도 소득에 대한 법인세액에 추가하여 납부해야 한다고 하고 있다.

• 가) 법인세법제55조의2제2항제1호가목에서는 농업을 주된 사업으로 하지 아니하는 법인이 소유하는 농지는 비사업용 토지에 해당하나, 농지법이나 그 밖의 법률에 따라 소유할 수 있는 농지로서 대통령령으로 정하는 농지는 제외하도록 하고 있으며, 나) 법인세법 시행령제92조의5(농지의 범위 등)제3항제2호에서는 “법 제55조의2제2항제1호가목 단서에서 ‘대통령령으로 정하는 농지’란 농지법제6조제2항제7호에 따른 농지전용허가를 받거나 농지전용신고를 한 법인이 소유한 농지 또는 같은 법 제6조 제2항 제8호에 따른 농지전용협의를 완료한 농지로서 당해 전용목적으로 사용되는 토지”를 말하고 있다.

2. 청구법인은 2017.2.20. E도에서 쟁점리조트사업을 인가받아 시행 중이던 C(주)에서 동 사업을 인수하여 이후 사업시행자 지정 변경을 받아 사업을 추진하였고, 2018.6.8. 사업부지인 쟁점토지를 취득하였다.

3. 쟁점토지는 지목이 전ㆍ답인 농지로서 농업을 주업으로 하는 법인이 아닌 청구법인은 쟁점토지를 원래 취득할 수 없었으나, 농지법제6조제2항제7호 및 J법 제33조 제1항 제3호에 따라 쟁점리조트사업의 사업시행자는 농지전용허가를 받은 것으로 의제한다는 규정에 근거하여 쟁점토지를 취득하였다.

• 나. 농지전용허가를 받은 쟁점토지를 사업용 토지로 보기 위해서는 청구법인이 쟁점토지를 전용목적에 사용하였는지를 판단하여야 한다. 1) 청구법인은 쟁점토지상에 사업시행을 위한 여러 과제들을 수행하였고, 2020.12월 쟁점토지를 양도하려 할 당시 사업시공사가 착공준비 작업 및 공사착수를 하여 쟁점리조트사업에 공하였으므로 이는 전용목적에 사용한 것이라고 주장하고 있다.

2. 청구법인은 쟁점토지를 취득하여 양도하기 전까지 사업계획실시 승인 및 실시설계용역 외 쟁점토지 위에 쟁점리조트사업을 위한 어떠한 도급공사계약 및 실제 착공을 한 사실이 없는바, 이는 호텔 & 리조트 건설이라는 전용목적에 사용하였다고 볼 수 없다.

3. 청구법인이 주장하는 쟁점리조트사업을 위한 일련의 행위(설계용역계약, 자문계약, 공동사업참여 양해각서, 예비기술지도계약) 등은 호텔 & 리조트 개발을 위한 준비행위일 뿐이고, 실제 건축행위 없이 준비행위만으로는 쟁점토지를 전용목적에 사용하였다고 보기 어렵다.

• 다. 조세심판원에서는 공장신축을 위하여 농지전용허가를 받은 농지를 취득하여 형질변경과 공장허가를 득하고, 설계건축비 지급, 농지보전부담금 납부, 측량비 지급 및 착공신고 후 실제 건축행위 없이 토지를 양도한 사건에 대하여 공장신축을 위한 사전 절차를 이행하였다는 사정만으로 청구인의 소유기간(2년 2개월)동안 당초 전용목적으로 사용되었다고 보기 어렵다고 하였으며(조심 2017서5160, 2018.5.15.), 법원에서도 해당 사건에 대하여 이 사건 토지를 비사업용 토지가 아니라고 보기 위해서는 이 사건 토지를 양도할 당시 이 사건 토지가 ‘전용목적으로 사용되는 토지’이었어야 할 것인데, 이 사건 토지와 관련하여 건축을 위한 준비행위만이 있었을 뿐 실제 건축행위가 이루어지지 않았으므로 이 사건 토지를 전용목적으로 사용되는 토지로 볼 수 없다고 판결한 바 있다(서울행정법원 2019.4.5. 선고 2018구합5277 판결 참조).
• 라. 청구법인은 2020.12월 쟁점토지를 양도하려고 할 당시 사업시공사(후 소유자인 사업인수자와 계약한 시공사)가 공사에 착수하였다고 주장하나, 사업인수자는 청구법인이 사업인수자에 쟁점토지를 양도한 이후 청구법인 설계와는 다르게 2022.4.29. 실시계획 변경 승인(당초: 숙박시설 690실, 문화 및 집회시설, 부대시설 → 변경: 숙박시설 1,105실 및 부대시설)을 받았는바, 해당 실시계획 변경 승인 전인 2020.12월 사업시공사가 공사에 착수하였다는 것은 사실이 아니다(심리자료상 “E도고시 제2022-000호, 2022.4.29.” 참조).
• 마. 또한, 쟁점토지 현장사진, 쟁점리조트사업 관련 신문기사, 공사기간 변경공문 내용 등을 보면 청구법인이 쟁점토지를 양도하고 약 1년 후인 최소한 2022.4월 이후에야 비로소 사업인수자가 쟁점리조트사업을 위해 착공(사업인수자와 시공사인 사업시공사와의 제1차 공사기성청구는 2022.7.21. 발생)한 것으로 확인되는바, 청구법인이 쟁점토지를 양도할 당시에 이 토지는 어떠한 공사도 진행되지 않은 농지 그 상태이었으므로 농지전용목적에 사용되었다고 볼 수 없다(붙임2. “쟁점토지 중 일부 전경 사진”, 아래 “연합뉴스 기사”, 청구법인이 제출한 “2021.3.4. 청구법인이 A시에 발송한 공사진행 일정 변경 공문” 참조). (생략)
• 바. 어떤 개발사업의 사업시행자가 해당 사업을 진행하다 자금경색ㆍ지가상승 등의 여러 가지 이유로 사업부지를 양도하는 경우는 무수히 많은데 실질적인 개발행위 없이 개발준비행위만을 진행하다 양도하는 경우까지 사업용 토지로 본다면 토지의 생산적인 이용을 목적으로 신설된 토지 등 양도소득에 대한 법인세 취지에도 어긋나게 되며, 제도취지와 다르게 법을 확대해석하는 것이므로 이는 인정하기 어렵다.

1. 한편, 법인세법 시행규칙제46조의2제1항제5호에서는 지상에 건축물이 정착되어 있지 아니한 토지를 취득하여 사업용으로 사용하기 위하여 건설에 착공한 토지는 일정기간 동안 사업용 토지로 보도록 하고 있는데,

• 가) 법원에서는 사회 통념상 특정 토지에서 건물을 신축하기 위한 공사에 ‘착공’하였다고 인정하기 위해서는, 건물을 착공하기 위하여 필요한 준비행위, 즉 토지의 측량이나 지반조사, 건물신축 도급계약의 체결, 기존 건물의 철거나 착공신고서를 제출하는 것만으로는 부족하고, 건축 공정상 일련의 행정절차를 마친 다음 건물신축을 위한 실질적인 공사의 실행이라 볼 수 있는 행위로서 신축할 건물을 유지할 수 있는 최소한의 정도로 부지를 파내는 정도의 굴착공사나 터파기공사에 착수하는 경우에 비로소 공사에 ‘착공’하였다고 볼 수 있고(대법원 1994.12.2. 선고 94누7058 판결 참조),
• 나) 기존 건물이나 시설 등의 철거, 벌목이나 수목 식재, 신축건물의 부지 조성, 울타리 가설이나 진입로 개설 등 건물신축의 준비행위에 해당하는 작업이나 공사를 개시한 것만으로는 공사착수가 있었다고 할 수 없고, 부지정리 공사만 하고 나서 더 이상 건축물 신축공사를 진행하지 아니한 경우 착공신고서를 제출하는 것만으로 공사에 착수하였다고 인정하기에 부족하다고 판결한 바 있다(대구지방법원 2022.9.21. 선고 2021구합25372 판결 참조).

2. 이와 마찬가지로 청구법인이 쟁점토지를 전용목적에 사용하였다고 인정하기 위해서는 해당 개발사업을 위한 실질적인 건축행위가 있어야지 건축을 위한 준비행위인 실시계획승인, 설계용역계약 등만으로(청구법인은 건물신축 도급계약 체결조차 하지 않았다) 쟁점토지를 전용목적에 사용하였다고 보는 것은 타당하지 않다.

• 가) 호텔을 신축하고자 하는 개발업자가 A지역 토지(지목: 대지)와 B지역 토지(지목: 전)에 호텔신축사업을 동시에 추진한다고 가정해 보겠다.

(1) A지역에 호텔을 신축할 경우 해당 토지를 사업용 토지로 보기 위해서는 법인세법 시행규칙제46조의2제1항제5호의 규정에 따라 ‘건설에 착공’하였는지 여부를 판단해야 하고 건설착공없이 사업추진 준비만 했다면 비사업용 토지에 해당한다.

(2) 그러나, B지역의 경우 청구법인 주장대로라면 농지전용허가를 받기만 하면 ‘건설에 착공’하지 않고 사업추진을 위한 준비(부지정리, 도급계약 체결, 가설물 설치 등)행위만 하였더라도 전용목적으로 사용한 것으로 보아 사업용 토지에 해당한다.

(3) 동일한 내용의 사업을 진행하는 데 있어 당초 토지의 지목에 따라 사업용 여부가 달리 판단된다는 것은 합리적이지 않다.

• 나) 농지의 경우 농지전용허가를 받았다는 사실 하나만으로 사업준비행위를 전용목적에 사용한 것으로 본다면 대지에 호텔을 신축하는 사업자와 비교하여 과도한 혜택을 주게 되며 해당 법 규정의 입법취지를 고려할 때 농지를 대지보다 과하게 혜택을 줄 아무런 사유가 없다. 그러므로 농지전용허가를 받은 농지를 전용목적에 사용하였다고 보려면 사업준비행위를 넘어 직접 해당 토지 위에 ‘건설에 착공’한 경우만이 이에 해당한다고 봄이 타당하다.
• 사. (결어) 이상에서 살펴본 바와 같이 청구법인이 양도한 쟁점토지는 농지전용허가를 받은 후 전용목적(호텔 및 리조트 개발)에 사용한 토지에 해당하지 않아 비사업용 토지로 봄이 타당하므로 쟁점토지의 양도에 대해 ‘토지 등 양도소득에 대한 법인세’를 과세예고한 이 건 과세예고 통지는 정당하다.
• 아. 통지관서(감사관)가 추가로 제시한 의견은 다음과 같다.

1. 청구법인은 쟁점토지를 전용목적인 호텔 & 리조트 건설에 사용한 사실이 없다.

• 가) 비사업용 토지에서 제외하는 농지는 ‘농지전용허가를 받은 법인이 소유한 농지로서 당해 전용목적으로 사용되는 토지’를 말하는데, 여기서 전용목적으로 사용되는 토지란 당해 목적에 직접 사용되는 토지를 의미하는 것으로서 해당 토지 위에 어떠한 행위없이 사업준비만 한 사실로는 전용목적에 사용되었다고 볼 수 없다.
• 나) 즉, 청구법인의 경우는 쟁점토지를 호텔 & 리조트 건설에 직접 사용해야 쟁점토지를 전용목적으로 사용하였다고 볼 수 있는 것이지 사업계획승인을 받았거나 착공신고서를 제출한 것만으로 해당 토지를 전용목적에 사용한 것으로 보기는 어렵다.

2. 청구법인은 토지양도계약을 체결한 2020.12월부터 양도(2021.5.31.)하기 전까지 쟁점토지 위에 공사를 하였다고 주장하나, 청구법인의 매입세금계산서를 보면 해당 기간 중 매각자문수수료, PM용역수수료, 임대료 등 수수료 매입만 있을 뿐, 공사와 관련한 매입세금계산서는 확인되지 않고 청구법인 또한 직접 공사에 대한 구체적인 증빙을 제시하고 있지 않다. 3) 또한, 기제출한 답변서 8페이지의 2021.4월 쟁점토지(사업부지) 전경사진 상의 ‘경작금지 안내문’을 보면 해당 토지는 공사예정으로 경작(영농)을 금지한다고 기재되어 있는바, 이는 청구법인이 양도하기 직전까지도 쟁점토지는 농지였으며 사업목적에 사용하지 않았다는 사실을 알 수 있다(청구법인 소유기간 동안 재산세 또한 농지(전ㆍ답)로서 종합합산과세되었다). (생략) 가) 설령, 청구법인 주장대로 안내사인 설치공사, 경작지 정리, 가설울타리 및 설치공사를 하였다고 할지라도 이는 호텔건설에 착수하기 전의 준비행위일 뿐, 이를 가지고 해당 토지를 호텔건설에 사용하였다고 볼 수 없으며, 청구법인에서 쟁점토지를 양수한 사업인수자가 호텔건설 시 설치한 공사현황판을 보면 2022.4월부터 호텔공사에 착수한 사실을 알 수 있으므로 청구법인은 쟁점토지를 전용목적인 호텔신축에 사용한 사실이 없다(아래 “공사현황판” 참조). (생략)

• 나) 또한, 청구법인은 어떤 사업에 사용할 목적으로 농지전용허가를 받고 해당 토지를 타 용도에 사용하기 위한 행위가 있지 않았다면 당해 전용목적에 사용한 것으로 보아야 한다고 주장하나, 법인세법 시행령제92조의5제3항제2호에서는 농지전용허가를 받고 ‘당해 전용목적으로 사용되는 토지’를 비사업용 토지에서 제외한다고 규정하고 있는 것이지 해당 토지를 타 용도에 사용하지 않으면 비사업용 토지에서 제외한다고 하는 것이 아니므로 청구법인 경우처럼 쟁점토지를 취득하여 아무런 용도로 사용하지 않고 보유하다 양도한 경우는 비사업용 토지에 해당한다고 보아야 한다.

4. 처분청이 제시한 심판례는 본 건과 쟁점이 동일하다.

• 가) 청구법인은 처분청이 제시한 심판례는 본 건과는 사실관계가 동일하지 않으므로 과세근거로 볼 수 없다고 주장하나, 처분청이 제시한 심판례의 쟁점은 공장신축목적으로 농지전용허가를 받은 토지를 취득하여 착공 전에 양도하였을 경우 당초의 전용목적으로 사용한 것으로 볼 수 있는지 여부로서, 일부 사실관계(소유관계, 전용 근거법 등)가 다르긴 하나 이는 해당 사건을 판단함에 있어 아무런 영향을 미치지 않는다.
• 나) 청구법인의 경우(호텔신축목적으로 농지전용허가를 받고 공사 착공하기 이전에 양도)와 쟁점이 동일하므로 해당 심판례는 본 건에 적용할 수 있다.

• 가. 쟁 점 쟁점토지를 호텔ㆍ리조트사업 추진 중에 양도하였다고 하더라도 법인세법상 비사업용 토지에 해당하는 것으로 보는 것은 부당하다는 청구주장의 당부
• 나. 관련법령 1) 법인세법 제55조의2 【토지등 양도소득에 대한 과세특례】(2020.12.22. 법률 제17652호로 개정된 것)

① 내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지, 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다), 주택을 취득하기 위한 권리로서 소득세법 제88조제9호 에 따른 조합원입주권 및 같은 조 제10호에 따른 분양권(이하 이 조 및 제95조의2에서 "토지등"이라 한다)을 양도한 경우에는 해당 각 호에 따라 계산한 세액을 토지등 양도소득에 대한 법인세로 하여 제13조에 따른 과세표준에 제55조에 따른 세율을 적용하여 계산한 법인세액에 추가하여 납부하여야 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호의 규정 중 둘 이상에 해당할 때에는 그 중 가장 높은 세액을 적용한다. <개정 2014.12.23, 2020.8.18>

3. 비사업용 토지를 양도한 경우에는 토지등의 양도소득에 100분의 10(미등기 토지등의 양도소득에 대하여는 100분의 40)을 곱하여 산출한 세액

② 제1항제3호에서 "비사업용 토지"란 토지를 소유하는 기간 중 대통령령으로 정하는 기간 동안 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지를 말한다. <개정 2013.1.1, 2014.12.23, 2015.7.24>

1. 논밭 및 과수원(이하 이 조에서 "농지"라 한다)으로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 것

• 가. 농업을 주된 사업으로 하지 아니하는 법인이 소유하는 토지. 다만, 농지법이나 그 밖의 법률에 따라 소유할 수 있는 농지로서 대통령령으로 정하는 농지는 제외한다.
• 나. 특별시, 광역시(광역시에 있는 군 지역은 제외한다. 이하 이 항에서 같다), 특별자치시(특별자치시에 있는 읍ㆍ면지역은 제외한다. 이하 이 항에서 같다), 특별자치도(B도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법 제10조제2항에 따라 설치된 행정시의 읍ㆍ면지역은 제외한다. 이하 이 항에서 같다) 및 시 지역[ 지방자치법 제3조제4항 에 따른 도농(都農) 복합형태의 시의 읍ㆍ면 지역은 제외한다. 이하 이 항에서 같다] 중 국토의 계획 및 이용에 관한 법률 제6조제1호 에 따른 도시지역(대통령령으로 정하는 지역은 제외한다. 이하 이 목에서 같다)에 있는 농지. 다만, 특별시, 광역시, 특별자치시, 특별자치도 및 시 지역의 도시지역에 편입된 날부터 대통령령으로 정하는 기간이 지나지 아니한 농지는 제외한다.

4. 농지, 임야 및 목장용지 외의 토지 중 다음 각 목을 제외한 토지

• 가. 지방세법이나 관계 법률에 따라 재산세가 비과세되거나 면제되는 토지
• 나. 지방세법 제106조제1항제2호 및 제3호에 따른 재산세 별도합산과세대상 또는 분리과세대상이 되는 토지
• 다. 토지의 이용상황, 관계 법률의 의무이행 여부 및 수입금액 등을 고려하여 법인의 업무와 직접 관련이 있다고 인정할 만한 상당한 이유가 있는 토지로서 대통령령으로 정하는 것

7. 그 밖에 제1호부터 제6호까지에 규정된 토지와 유사한 토지로서 법인의 업무와 직접 관련이 없다고 인정할 만한 상당한 이유가 있는 대통령령으로 정하는 토지

③ 제1항제3호를 적용할 때 토지를 취득한 후 법령에 따라 사용이 금지되거나 그 밖에 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있어 비사업용 토지에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 비사업용 토지로 보지 아니할 수 있다.

④ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지등 양도소득에 대하여는 제1항을 적용하지 아니한다. 다만, 미등기 토지등에 대한 토지등 양도소득에 대하여는 그러하지 아니하다.

1. 파산선고에 의한 토지등의 처분으로 인하여 발생하는 소득

2. 법인이 직접 경작하던 농지로서 대통령령으로 정하는 경우에 해당하는 농지의 교환 또는 분할ㆍ통합으로 인하여 발생하는 소득

3. 도시 및 주거환경정비법이나 그 밖의 법률에 따른 환지(換地) 처분 등 대통령령으로 정하는 사유로 발생하는 소득

⑥ 토지등 양도소득은 토지등의 양도금액에서 양도 당시의 장부가액을 뺀 금액으로 한다. 다만, 비영리 내국법인이 1990년 12월 31일 이전에 취득한 토지등 양도소득은 양도금액에서 장부가액과 1991년 1월 1일 현재 상속세 및 증여세법 제60조 와 같은 법 제61조제1항에 따라 평가한 가액 중 큰 가액을 뺀 금액으로 할 수 있다. <개정 2014.12.23>

⑦ 제1항부터 제6항까지의 규정을 적용할 때 농지ㆍ임야ㆍ목장용지의 범위, 주된 사업의 판정기준, 해당 사업연도에 토지등의 양도에 따른 손실이 있는 경우 등의 양도소득 계산방법, 토지등의 양도에 따른 손익의 귀속사업연도 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 1-1) 법인세법 시행령 제92조의3 【비사업용 토지의 기간기준】(2021.2.17. 대통령령 제31443호로 개정된 것) 법 제55조의2제2항 각호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 기간"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기간을 말한다. <개정 2011.6.3, 2015.2.3>

1. 토지의 소유기간이 5년 이상인 경우에는 다음 각 목의 모두에 해당하는 기간

• 가. 양도일 직전 5년 중 2년을 초과하는 기간
• 나. 양도일 직전 3년 중 1년을 초과하는 기간
• 다. 토지의 소유기간의 100분의 40에 상당하는 기간을 초과하는 기간. 이 경우 기간의 계산은 일수로 한다.

2. 토지의 소유기간이 3년 이상이고 5년 미만인 경우에는 다음 각 목의 모두에 해당하는 기간

• 가. 토지의 소유기간에서 3년을 차감한 기간을 초과하는 기간
• 나. 양도일 직전 3년 중 1년을 초과하는 기간
• 다. 토지의 소유기간의 100분의 40에 상당하는 기간을 초과하는 기간. 이 경우 기간의 계산은 일수로 한다.

3. 토지의 소유기간이 3년 미만인 경우에는 다음 각 목의 모두에 해당하는 기간. 다만, 소유기간이 2년 미만이면 가목은 적용하지 아니한다.

• 가. 토지의 소유기간에서 2년을 차감한 기간을 초과하는 기간
• 나. 토지의 소유기간의 100분의 40에 상당하는 기간을 초과하는 기간. 이 경우 기간의 계산은 일수로 한다. 1-2) 법인세법 시행령 제92조의4 【토지지목의 판정】 법 제55조의2제2항의 규정을 적용함에 있어서 농지ㆍ임야ㆍ목장용지 및 그 밖의 토지의 판정은 이 영에 특별한 규정이 있는 경우를 제외하고는 사실상의 현황에 의한다. 다만, 사실상의 현황이 분명하지 아니한 경우에는 공부상의 등재현황에 의한다. 1-3) 법인세법 시행령 제92조의5 【농지의 범위 등】

① 법 제55조의2제2항제1호에서 "농지"라 함은 전ㆍ답 및 과수원으로서 지적공부상의 지목에 관계없이 실제로 경작에 사용되는 토지를 말한다. 이 경우 농지의 경영에 직접 필요한 농막ㆍ퇴비사ㆍ양수장ㆍ지소(池沼)ㆍ농도ㆍ수로 등의 토지 부분을 포함한다.

② 법 제55조의2제2항제1호가목의 규정을 적용함에 있어 주업은 다음 각 호의 기준에 따라 판정한다.

1. 2 이상의 서로 다른 사업을 영위하는 경우에는 주업은 사업별 사업수입금액이 큰 사업으로 한다.

2. 제1호의 규정에 불구하고 당해 법인이 농업에 직접 사용한 농지에서 생산한 농산물을 당해 법인이 제조ㆍ생산하는 제품의 원료로 사용하고 그 농업과 제조업 등을 구분하여 경리하는 경우에는 농업을 주업으로 하는 것으로 본다. 이 경우 당해 법인이 생산한 농산물 중 당해 법인이 제조하는 제품의 원재료로 사용하는 것의 비율(이하 이 항에서 "사용비율"이라 한다)이 100분의 50 미만인 경우에는 당해 농지의 면적 중 그 사용비율에 상당하는 면적의 2배 이내의 농지에 한하여 농업을 주업으로 하는 것으로 본다.

③ 법 제55조의2제2항제1호가목 단서에서 "대통령령으로 정하는 농지"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 농지를 말한다. <개정 2008.2.22, 2008.2.29, 2011.6.3, 2015.2.3>

1. 농지법 제6조제2항제2호 ㆍ제6호ㆍ제10호가목 또는 다목에 해당하는 농지

2. 농지법 제6조제2항제7호 에 따른 농지전용허가를 받거나 농지전용신고를 한 법인이 소유한 농지 또는 같은 법 제6조제2항제8호에 따른 농지전용협의를 완료한 농지로서 당해 전용목적으로 사용되는 토지

3. 농지법 제6조제2항제10호 라목부터 바목까지의 규정에 따라 취득한 농지로서 당해 사업목적으로 사용되는 토지

4. 종중이 소유한 농지(2005년 12월 31일 이전에 취득한 것에 한한다)

5. 제사ㆍ종교ㆍ자선ㆍ학술ㆍ기예 그 밖의 공익사업을 목적으로 하는 지방세법 시행령 제22조 에 따른 비영리사업자가 그 사업에 직접 사용하는 농지

6. 농지법 그 밖의 법률에 따라 소유할 수 있는 농지로서 기획재정부령이 정하는 농지

④ 법 제55조의2제2항제1호나목 본문에서 "대통령령으로 정하는 지역"이란 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 따른 녹지지역 및 개발제한구역을 말한다. <개정 2011.6.3>

⑤ 법 제55조의2제2항제1호나목 단서에서 "대통령령으로 정하는 기간"이란 3년을 말한다. <개정 2011.6.3, 2015.2.3>[본조신설 2005.12.31] 1-4) 법인세법 시행령 제92조의11 【부득이한 사유가 있어 비사업용 토지로 보지 않는 토지의 판정기준 등】

① 법 제55조의2제3항에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지는 해당 각 호에서 규정한 기간동안 법 제55조의2제2항 각 호의 어느 하나에 해당하지 않은 토지로 보아 같은 항에 따른 비사업용 토지(이하 이 조에서 "비사업용 토지"라 한다)에 해당하는지를 판정한다. <개정 2008.2.29, 2009.2.4, 2021.1.5>

1. 토지를 취득한 후 법령에 따라 사용이 금지 또는 제한된 토지: 사용이 금지 또는 제한된 기간

2. 토지를 취득한 후 문화재보호법에 따라 지정된 보호구역 안의 토지: 보호구역으로 지정된 기간

3. 그 밖에 공익, 기업의 구조조정 또는 불가피한 사유로 인한 법령상 제한, 토지의 현황ㆍ취득사유 또는 이용상황 등을 고려하여 기획재정부령으로 정하는 부득이한 사유에 해당되는 토지: 기획재정부령으로 정하는 기간

③ 법 제55조의2제3항에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지는 비사업용 토지로 보지 않는다. <개정 2008.10.7, 2009.2.4, 2014.2.21, 2021.1.5>

5. 그 밖에 공익, 기업의 구조조정 또는 불가피한 사유로 인한 법령상 제한, 토지의 현황ㆍ취득사유 또는 이용상황 등을 고려하여 기획재정부령으로 정하는 부득이한 사유에 해당되는 토지[본조신설 2005.12.31] [제목개정 2021.1.5.] 1-5) 법인세법 시행규칙 제46조의2 【부득이한 사유가 있어 비사업용 토지로 보지 아니하는 토지의 판정기준 등】(2021.3.16. 기획재정부령 제844호로 개정된 것)

① 영 제92조의11제1항제3호에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지는 해당 각 호에서 규정한 기간동안 법 제55조의2제2항 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 토지로 보아 같은 항에 따른 비사업용 토지에 해당하는지 여부를 판정한다. 다만, 부동산매매업(한국표준산업분류에 따른 건물건설업 및 부동산공급업을 말한다)을 영위하는 자가 취득한 매매용부동산에 대하여는 제1호 및 제2호를 적용하지 아니한다. <개정 2011.2.28, 2019.3.20>

5. 지상에 건축물이 정착되어 있지 아니한 토지를 취득하여 사업용으로 사용하기 위하여 건설에 착공(착공일이 불분명한 경우에는 착공신고서 제출일을 기준으로 한다)한 토지: 당해 토지의 취득일부터 2년 및 착공일 이후 건설이 진행 중인 기간(천재지변, 민원의 발생 그 밖의 정당한 사유로 인하여 건설을 중단한 경우에는 중단한 기간을 포함한다)

10. 법인이 2년 이상 사업에 사용한 토지로서 사업의 일부 또는 전부를 휴업ㆍ폐업 또는 이전함에 따라 사업에 직접 사용하지 아니하게 된 토지: 휴업ㆍ폐업 또는 이전일부터 2년

13. 당해 토지를 취득한 후 제1호 내지 제12호의 사유 외에 도시계획의 변경 등 정당한 사유로 인하여 사업에 사용하지 아니하는 토지: 당해 사유가 발생한 기간

③ 영 제92조의11제3항제5호에서 "기획재정부령으로 정하는 부득이한 사유에 해당되는 토지"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지를 말한다. <개정 2009.3.30, 2011.2.28, 2013.3.23, 2014.11.19, 2015.3.13, 2020.3.13>

1. 기업구조조정 촉진법에 따른 부실징후기업과 채권금융기관협의회가 같은 법 제10조에 따라 해당 부실징후기업의 경영정상화계획 이행을 위한 약정을 체결하고 그 부실징후기업이 해당 약정에 따라 양도하는 토지(2008년 12월 31일 이전에 취득한 것에 한정한다. 이하 이 항에서 같다)

11. 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률 제39조 에 따라 산업시설구역의 산업용지를 소유하고 있는 입주기업체가 산업용지를 같은 법 제2조에 따른 관리기관(같은 법 제39조제2항 각 호의 유관기관을 포함한다)에 양도하는 토지

12. 과학기술분야 정부출연연구기관 등의 설립ㆍ운영 및 육성에 관한 법률에 따라 설립된 한국원자력연구원이 소유한 시험농장용 토지

13. 공장의 가동에 따른 소음ㆍ분진ㆍ악취 등으로 생활환경의 오염피해가 발생되는 지역의 토지로서 해당 토지소유자의 요구에 따라 취득한 공장용 부속토지의 인접토지 2) 농지법 제2조 【정의】(2020.2.11. 법률 제16975호로 개정된 것) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다. <개정 2007.12.21, 2009.4.1, 2009.5.27., 2018.12.24>

1. "농지"란 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 토지를 말한다.

• 가. 전ㆍ답, 과수원, 그 밖에 법적 지목(地目)을 불문하고 실제로 농작물 경작지 또는 대통령령으로 정하는 다년생식물 재배지로 이용되는 토지. 다만, 초지법에 따라 조성된 초지 등 대통령령으로 정하는 토지는 제외한다.
• 나. 가목의 토지의 개량시설과 가목의 토지에 설치하는 농축산물 생산시설로서 대통령령으로 정하는 시설의 부지

7. "농지의 전용"이란 농지를 농작물의 경작이나 다년생식물의 재배 등 농업생산 또는 대통령령으로 정하는 농지개량 외의 용도로 사용하는 것을 말한다. 다만, 제1호나목에서 정한 용도로 사용하는 경우에는 전용(轉用)으로 보지 아니한다. 3) 농지법 제6조 【농지 소유 제한】

① 농지는 자기의 농업경영에 이용하거나 이용할 자가 아니면 소유하지 못한다.

② 제1항에도 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 농지를 소유할 수 있다. <개정 2017.10.31, 2020.2.11>

1. 국가나 지방자치단체가 농지를 소유하는 경우

7. 제34조제1항에 따른 농지전용허가[다른 법률에 따라 농지전용허가가 의제(擬制)되는 인가ㆍ허가ㆍ승인 등을 포함한다]를 받거나 제35조 또는 제43조에 따른 농지전용신고를 한 자가 그 농지를 소유하는 경우

8. 제34조제2항에 따른 농지전용협의를 마친 농지를 소유하는 경우

③ 제23조제1항제2호부터 제6호까지의 규정에 따라 농지를 임대하거나 무상사용하게 하는 경우에는 제1항에도 불구하고 임대하거나 무상사용하게 하는 기간 동안 농지를 계속 소유할 수 있다. <개정 2020.2.11>

④ 이 법에서 허용된 경우 외에는 농지 소유에 관한 특례를 정할 수 없다. 4) 농지법 제34조 【농지의 전용허가ㆍ협의】

① 농지를 전용하려는 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 외에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 농림축산식품부장관의 허가를 받아야 한다. 허가받은 농지의 면적 또는 경계 등 대통령령으로 정하는 중요 사항을 변경하려는 경우에도 또한 같다. <개정 2008.2.29, 2009.5.27, 2013.3.23>

1. 다른 법률에 따라 농지전용허가가 의제되는 협의를 거쳐 농지를 전용하는 경우 5) 농지법 제39조 【전용허가의 취소 등】

① 농림축산식품부장관, 시장ㆍ군수 또는 자치구구청장은 제34조제1항에 따른 농지전용허가 또는 제36조에 따른 농지의 타용도 일시사용허가를 받았거나 제35조 또는 제43조에 따른 농지전용신고 또는 제36조의2에 따른 농지의 타용도 일시사용신고를 한 자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하면 농림축산식품부령으로 정하는 바에 따라 허가를 취소하거나 관계 공사의 중지, 조업의 정지, 사업규모의 축소 또는 사업계획의 변경, 그 밖에 필요한 조치를 명할 수 있다. 다만, 제7호에 해당하면 그 허가를 취소하여야 한다. <개정 2008.2.29, 2009.5.27, 2013.3.23, 2015.1.20, 2017.10.31>

1. 거짓이나 그 밖의 부정한 방법으로 허가를 받거나 신고한 것이 판명된 경우

2. 허가 목적이나 허가 조건을 위반하는 경우

3. 허가를 받지 아니하거나 신고하지 아니하고 사업계획 또는 사업 규모를 변경하는 경우

4. 허가를 받거나 신고를 한 후 농지전용 목적사업과 관련된 사업계획의 변경 등 대통령령으로 정하는 정당한 사유 없이 2년 이상 대지의 조성, 시설물의 설치 등 농지전용 목적사업에 착수하지 아니하거나 농지전용 목적사업에 착수한 후 1년 이상 공사를 중단한 경우

5. 농지보전부담금을 내지 아니한 경우

6. 허가를 받은 자나 신고를 한 자가 허가취소를 신청하거나 신고를 철회하는 경우

7. 허가를 받은 자가 관계 공사의 중지 등 이 조 본문에 따른 조치명령을 위반한 경우

② 농림축산식품부장관은 다른 법률에 따라 농지의 전용이 의제되는 협의를 거쳐 농지를 전용하려는 자가 농지보전부담금 부과 후 농지보전부담금을 납부하지 아니하고 2년 이내에 농지전용의 원인이 된 목적사업에 착수하지 아니하는 경우 관계 기관의 장에게 그 목적사업에 관련된 승인ㆍ허가 등의 취소를 요청할 수 있다. 이 경우 취소를 요청받은 관계 기관의 장은 특별한 사유가 없으면 이에 따라야 한다. <신설 2015.1.20>

6. JJ대회 및 동계패럴림픽대회 지원 등에 관한 특별법 제33조【다른 법률에 따른 인ㆍ허가등의 의제】(2020.1.29. 법률 제16902호로 개정된 것)

① 시행자가 제31조에 따른 시행자 사업계획의 승인 또는 변경승인을 받은 경우에는 다음 각 호의 허가ㆍ인가ㆍ결정ㆍ해제ㆍ지정ㆍ승인ㆍ협의ㆍ심의ㆍ신고 등(이하 "인ㆍ허가등"이라 한다)을 받은 것으로 보며, 승인을 고시한 때에는 다음 각 호의 법률에 따른 인ㆍ허가등의 고시 또는 공고가 있는 것으로 본다. <개정 2014.1.14, 2014.6.3, 2015.8.28, 2016.1.19, 2016.12.27, 2017.1.17, 2017.2.8, 2017.10.24>

3. 농지법 제34조 에 따른 농지의 전용허가ㆍ협의 7) 지방세법 제106조 【과세대상의 구분 등】(2019.12.31. 법률 제16855호로 개정된 것)

① 토지에 대한 재산세 과세대상은 다음 각 호에 따라 종합합산과세대상, 별도합산과세대상 및 분리과세대상으로 구분한다. <개정 2010.12.27, 2015.12.29, 2016.12.27, 2017.12.26, 2019.12.3>

1. 종합합산과세대상: 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 토지 중 별도합산과세대상 또는 분리과세대상이 되는 토지를 제외한 토지

2. 별도합산과세대상: 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 토지 중 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 토지

• 가. 공장용 건축물의 부속토지 등 대통령령으로 정하는 건축물의 부속토지
• 나. 차고용 토지, 보세창고용 토지, 시험ㆍ연구ㆍ검사용 토지, 물류단지시설용 토지 등 공지상태(空地狀態)나 해당 토지의 이용에 필요한 시설 등을 설치하여 업무 또는 경제활동에 활용되는 토지로서 대통령령으로 정하는 토지
• 다. 철거ㆍ멸실된 건축물 또는 주택의 부속토지로서 대통령령으로 정하는 부속토지

3. 분리과세대상: 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 토지 중 국가의 보호ㆍ지원 또는 중과가 필요한 토지로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 토지

• 가. 공장용지ㆍ전ㆍ답ㆍ과수원 및 목장용지로서 대통령령으로 정하는 토지
• 나. 산림의 보호육성을 위하여 필요한 임야 및 종중 소유 임야로서 대통령령으로 정하는 임야
• 다. 제13조제5항에 따른 골프장용 토지와 같은 항에 따른 고급오락장용 토지로서 대통령령으로 정하는 토지
• 라. 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률 제2조제1호 에 따른 공장의 부속토지로서 개발제한구역의 지정이 있기 이전에 그 부지취득이 완료된 곳으로서 대통령령으로 정하는 토지
• 마. 국가 및 지방자치단체 지원을 위한 특정목적 사업용 토지로서 대통령령으로 정하는 토지
• 바. 에너지ㆍ자원의 공급 및 방송ㆍ통신ㆍ교통 등의 기반시설용 토지로서 대통령령으로 정하는 토지
• 사. 국토의 효율적 이용을 위한 개발사업용 토지로서 대통령령으로 정하는 토지
• 아. 그 밖에 지역경제의 발전, 공익성의 정도 등을 고려하여 분리과세하여야 할 타당한 이유가 있는 토지로서 대통령령으로 정하는 토지 7-1) 지방세법 시행령 제102조 【분리과세대상 토지의 범위】(2020.4.28. 대통령령 제30633호로 개정된 것)

① 법 제106조제1항제3호가목에서 "대통령령으로 정하는 토지"란 다음 각 호에서 정하는 것을 말한다. <개정 2014.11.19, 2016.12.30, 2017.7.26>

2. 전ㆍ답ㆍ과수원

• 가. 전ㆍ답ㆍ과수원(이하 이 조에서 "농지"라 한다)으로서 과세기준일 현재 실제 영농에 사용되고 있는 개인이 소유하는 농지. 다만, 특별시ㆍ광역시(군 지역은 제외한다)ㆍ특별자치시ㆍ특별자치도 및 시지역(읍ㆍ면 지역은 제외한다)의 도시지역의 농지는 개발제한구역과 녹지지역(국토의 계획 및 이용에 관한 법률 제6조제1호 에 따른 도시지역 중 같은 법 제36조제1항제1호 각 목의 구분에 따른 세부 용도지역이 지정되지 않은 지역을 포함한다. 이하 이 항에서 같다)에 있는 것으로 한정한다.

⑤ 법 제106조제1항제3호마목에서 "대통령령으로 정하는 토지"란 다음 각 호에서 정하는 토지(법 제106조제1항제3호다목에 따른 토지는 제외한다)를 말한다. <개정 2017.12.29, 2018.2.27>

1. 국가나 지방자치단체가 국방상의 목적 외에는 그 사용 및 처분 등을 제한하는 공장 구내의 토지

2. 국토의 계획 및 이용에 관한 법률, 도시개발법, 도시 및 주거환경정비법, 주택법 등(이하 이 호에서 "개발사업 관계법령"이라 한다)에 따른 개발사업의 시행자가 개발사업의 실시계획승인을 받은 토지로서 개발사업에 제공하는 토지 중 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 토지

• 가. 개발사업 관계법령에 따라 국가나 지방자치단체에 무상귀속되는 공공시설용 토지
• 나. 개발사업의 시행자가 국가나 지방자치단체에 기부채납하기로 한 기반시설(국토의 계획 및 이용에 관한 법률 제2조제6호 의 기반시설을 말한다)용 토지

3. 방위사업법 제53조 에 따라 허가받은 군용화약류시험장용 토지(허가받은 용도 외의 다른 용도로 사용하는 부분은 제외한다)와 그 허가가 취소된 날부터 1년이 지나지 아니한 토지

⑦ 법 제106조제1항제3호사목에서 "대통령령으로 정하는 토지"란 다음 각 호에서 정하는 토지(법 제106조제1항제3호다목에 따른 토지는 제외한다)를 말한다. 다만 제9호 및 제11호에 따른 토지 중 취득일로부터 5년이 지난 토지로서 용지조성사업 또는 건축을 착공하지 아니한 토지는 제외한다. <신설 2017.12.29, 2018.2.9, 2018.2.27, 2019.4.2>

4. 도시개발법 제11조 에 따른 도시개발사업의 시행자가 그 도시개발사업에 제공하는 토지(주택건설용 토지와 산업단지용 토지로 한정한다)와 종전의 토지구획정리사업법(법률 제6252호 토지구획정리사업법폐지법률에 의하여 폐지되기 전의 것을 말한다. 이하 이 호에서 같다)에 따른 토지구획정리사업의 시행자가 그 토지구획정리사업에 제공하는 토지(주택건설용 토지와 산업단지용 토지로 한정한다) 및 경제자유구역의 지정 및 운영에 관한 특별법 제8조의3 에 따른 경제자유구역 또는 해당 단위개발사업지구에 대한 개발사업시행자가 그 경제자유구역개발사업에 제공하는 토지(주택건설용 토지와 산업단지용 토지로 한정한다). 다만, 다음 각 목의 기간 동안만 해당한다.

• 가. 도시개발사업 실시계획을 고시한 날부터 도시개발법에 따른 도시개발사업으로 조성된 토지가 공급 완료(매수자의 취득일을 말한다)되거나 같은 법 제51조에 따른 공사 완료 공고가 날 때까지
• 다. 경제자유구역개발사업 실시계획 승인을 고시한 날부터 경제자유구역의 지정 및 운영에 관한 특별법에 따른 경제자유구역개발사업으로 조성된 토지가 공급 완료(매수자의 취득일을 말한다)되거나 같은 법 제14조에 따른 준공검사를 받을 때까지

⑧ 법 제106조제1항제3호아목에서 "대통령령으로 정하는 토지"란 다음 각 호에서 정하는 토지(법 제106조제1항제3호다목에 따른 토지는 제외한다)를 말한다. <신설 2017.12.29, 2019.5.31>

3. 부동산투자회사법에 따라 설립된 부동산투자회사가 목적사업에 사용하기 위하여 소유하고 있는 토지

• 다. 사실관계 ※ <참고> [쟁점리조트사업 관련 일정별 공사추진 내용] (생략) 1) 청구법인의 법인등기사항증명서상 사업목적, 주주변동, 재무제표 현황은 다음과 같다.(생략)

2. 청구법인은 쟁점리조트사업 관련 (주)K사무소와 설계용역 체결을 하였는데, 위 설계용역 관련 매입세금계산서 수취 내역은 다음과 같다. (생략)

3. 청구법인은 쟁점리조트사업 관련 (주)O외 기술지도계약을 체결하였는데, 관련 매입세금계산서 2매를 다음과 같이 수취하였음이 확인된다.(생략)

4. 청구법인은 2020.12.3. 사업인수자에 쟁점토지를 양도하는 매매계약을 체결하고 2021.5.31. 소유권이전을 하였는데 관련 계약내용은 다음과 같다. (생략)

5. 쟁점토지의 사업용 토지 해당여부와 관련된 사업인 ‘JJ 특구 녹색비지니스․해양휴양지구(Q HOTEL & RESORT 조성사업)’의 실시계획 승인․고시에 대한 그간 고시내용을 정리하면 다음과 같다.

• 위 사업시행자는 2017.2.20. C(주)→청구법인(E도고시 제2017-00호, 2017.2.20.), 2021.5.21. 청구법인→사업인수자로 변경되었고(E도고시 제2021-000호, 2021.5.21.), 시공사는 2020.11.19. G(주)에서 사업시공사로 변경되었음(공사금액 000,000백만원, 공시내용 참조)을 알 수 있다. (생략)

6. 2022.4.29. E도고시 제2022-139호로 ‘JJ 특구 S지구(T사업)’에 수용되거나 사용될 토지 등의 세부 목록(변경된 내용)은 다음과 같다.(생략) 7) 사업시공사의 2022 사업연도 감사(사업)보고서상에는 ‘S지구(T사업)’의 공사착공일이 2022.4.29.로 나오며, 인터넷 블로그글에 게시되어 있는 위 사업부지 현황 등 사진은 다음과 같다.

• 가) 공사착공일: 2022.4.29. 준공예정일: 2025.3.28. (생략)
• 나) 사업부지 현황 등 사진(2021.5.7. 인터넷상 게시글) (생략)

8. 청구법인이 제출한 설계용역계약서(3종), 항노화 헬스케어 조성사업 관련 자문계약서, 온천굴착신고 수리 알림, 예비기술지도계약서 등 증빙서류 내용은 다음과 같다. (생략)

9. 감사관이 2024.11.15. 통지관서에 ‘쟁점토지는 비사업용 토지에 해당하므로 토지 등의 양도소득에 대한 법인세를 과세하라는 내용의 처분지시를 하였는데, 그 처분지시서상 내용은 다음과 같다. (생략)

10. 청구인이 사전열람 후 수정요청한 사항은 심리자료에 반영하였으며, 추가로 제기한 주장은 다음과 같다.

• 가) P.2 사실관계 내용 중 4) ～, 사업시공사는 2022.4.29. 공사착공을 하였다(2022 사업연도 감사보고서 참조) 관련 (1) 쟁점리조트사업 공사착수 시기에 관하여는 처분청 의견 및 시공사의 감사보고서 내용에 불구하고 청구법인이 달리 주장하는 부분이다. 감사보고서 표기내용을 밝힐 수는 있어도 이로써 사실관계를 확정할 수 있는 것은 아니라 사료되므로 제외 또는 달리 표현하여 주시기 바란다. (2) (수정의견) ～ 사업시공사[(주)H]는 2020.12.9. 착공신고서를 제출하였고 해당 사업연도 회계감사보고서상에는 착공일이 2022.4.29.로 표기되어 있다(2022 사업연도 감사보고서 참조).
• 나) 착공신고 및 공사착수, 공사진행 등 관련한 사실관계를 보충하면 다음과 같다.

(1) 청구법인은 2020.12월초, 해당 사업의 공사착수에 앞서 ‘특구사업 실시계획(변경) 승인신청서에 대한 관계기관(부서) 협의의견 및 조치계획서’(붙임3. 참조)에 표시된 바와 같이 A시 각 해당 부처, 관련 군부대 및 농어촌공사 등 관계기관과 협의조건 이행상황을 점검하고, 2020.12.9. 건축물 착공신고를 하였으며(기제출 착공신고서 참조), 이후 안내사인 설치, 경작지 정리 및 진입로 개설, 가설울타리 및 컨테이너 설치 등의 공사를 진행하였다(기제출 ‘공사일정변경공문’ 참조).

(2) 이를 위해 공사 감리회사인 (주)K사무소(대표 V)에는 착공신고서 제출 당시에 감리용역비 0,000백만원 중 착수금으로 000백만원을 지급한 사실도 있다(아래 “2020.2기 매입세금계산서 수취내역” 참조). (생략)

(3) 청구법인에서 쟁점토지를 포함하여 쟁점리조트사업을 인수한 사업인수자는 2022.4.29. ‘T사업’으로 사업 명칭을 변경하고 사업규모를 확대한 내용(당초 숙박시설 690실 → 1,105호실 등)으로 사업실시계획 변경승인을 받았다(※ 당초 제출 “E도 고시 제2022-000” 참조).

(4) 사업인수자가 사업실시계획 변경을 신청하고 그 승인을 받게 되는 사정으로 2020.12.9. 청구법인이 제출한 착공신고서에 따라 진행하던 공사를 지체하게 되었으며 이후 실시계획변경승인(2022.4.29.)을 받고 나서야 공사를 정상적으로 진행하였으며, 이에 따라 사업시공사 감사보고서상에도 착공일을 이날로 표기하게 된 것이다. (생략) (5) 통지관서(감사관)가 주장하는 해당 공사현황판에 공사기간이 2022.4월～2025.2월로 표기된 것은 2020.12.9. 당초 청구법인의 착공신고에 의한 계속 공사이지만 변경승인받은 사업계획에 의해 공사가 재개된 것으로 보고 공사명 및 공사일정을 임의 표기한 것이다(※ A시청 확인).

(6) 이는 건축물 신축용 토지의 경우에도 착공일이 불분명한 경우 착공신고서 제출일을 기준으로 가리는데[ 법인세법 시행규칙제46조의2①(5)], 더욱이 HOTEL & RESORT 건물 건축이 전용목적의 전부가 아닌 쟁점토지상에 착공신고서가 제출되고 공사가 진행되었다면 전용목적 사용을 위한 공사에 착수하였다고 봄이 타당하다.

• 다) 농지전용허가를 받아 취득한 쟁점토지는 전용목적에 사용되고 있음이 명백하다.

(1) 농지전용허가를 받아 취득한 쟁점토지는 지상에 건물이 없는 토지를 취득하여 건설에 착공한 때에 비사업용 토지로 보지 않게 되는 것과 달리 해당 전용목적에 사용되고 있으면 비사업용 토지에 해당하지 아니하는 것이다.

(2) 농지법제34조 내지 제37조의2 규정에 따라 농지전용허가(의제)를 받아 농지를 취득할 경우 그 전용목적은 단순히 건물 건축에 한하는 것은 아니며 택지조성, 공단 또는 산업단지 조성, 녹지조성 등 다양한 용도로 사용하는 데 있다.

(3) 청구법인은 쟁점리조트사업 즉, ‘JJ특구『S지구 사업(Q HOTEL & RESORT 조성)’에 사용할 목적으로 쟁점토지(농지)에 대한 전용허가를 받아 취득하였으며(붙임5. “2017.3.22. A시 농지전용협의 공문내용” 참조), 위 전용목적은 ‘특구개발사업 실시계획승인 신청서’(붙임6. “특구개발사업 실시계획승인 신청서” 참조)에 나타난 바와 같이 HOTEL & RESORT 숙박시설(전체부지의 28%) 건축 이외 운동ㆍ문화ㆍ집회시설과 도로ㆍ주차장 및 조경녹지(44%) 조성 등 다양한 용도이다.

(4) 쟁점리조트사업 진행 중 쟁점토지상에 온천이 발견되어 온천신고공 굴착과 관할지자체(A시)에 온천개발 신고 및 수리까지 마쳤고, 쟁점토지 양도 전인 6개월여 전에 착공신고와 함께 호텔 & 리조트 건축 본공사에는 미치지 못했지만 해당 용도의 전용목적에 사용하기 위한 공사에 착수하였다. (5) 이후 사업인수자가 사업실시계획 변경신청 등 사정으로 공사를 지연시키기는 하였으나 다른 목적에 사용함이 없이 위 청구법인의 착공신고에 따른 공사를 계속하여 곧 준공을 앞두고 있다는 점에서 보더라도 쟁점토지는 양도 당시 같은 전용목적에 사용되고 있었음이 명백하다.

• 라) 이건 사안과 동일한 사례에 대하여 결정한 아래 조세심판원 결정례에 비추어 보더라도 쟁점토지는 비사업용 토지에 해당하지 아니함이 더욱 명백하다. (생략)
• 마) 청구법인은 쟁점토지를 전용목적 외 목적으로 사용하거나 다른 용도로 사용함이 없이 오로지 전용목적에 사용하기 위하여 필요한 절차를 완료하고 착공신고(2020.12.9.)와 함께 공사에 착수하였으나 6개월여 만에 부득이 쟁점토지를 포함한 사업시행자 지위를 양도(2021.5.31.)하게 되었다.

(1) 쟁점리조트사업을 인수한 사업인수자는 E도지사에게서 사업시행자 지정변경(2021.5.21.)과 사업실시계획 변경승인(2022.4.29.)을 받아 2020.12.9. 청구법인이 당초 착공신고한 바에 따른 공사를 계속하여 현재 해당 사업의 준공을 앞두고 있다.

(2) 사정이 이와 같다면 쟁점토지는 전용목적에 사용하기 위해 취득한 이후 다른 용도에 사용함이 없어 오로지 전용목적에 사용되어 온 것이고 사업인수자 또한 전용목적을 위한 공사를 진행 중인바, 위 조세심판원 결정례의 사건 토지와 동일하게 비사업용 토지에 해당하지 아니함은 명백하다. 11) 통지관서(감사관)가 사전열람 후 수정요청한 사항과 추가 제출의견은 심리자료에 반영하였다.

• 라. 판단

1. 관련 법리

• 가) 법인세법(2020.12.22. 법률 제17652호로 개정된 것, 이하 같다)제55조의2제1항제3호는 ‘내국법인이 비사업용 토지를 양도한 경우에는 토지등의 양도소득에 100분의 10을 곱하여 산출한 세액을 토지 등 양도소득에 대한 법인세로 납부하도록 규정하고 있고, 같은 조 제2항은 ‘비사업용 토지’에 해당하는 토지를 각 호에서 열거하고 있다. 그리고 법인세법제55조의2제2항제1호는 ‘논밭 및 과수원(농지)’으로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 것을 ‘비사업용 토지’로 규정하면서, 가목에서 “농업을 주된 사업으로 하지 아니하는 법인이 소유하는 토지, 다만 농지법이나 그 밖의 법률에 따라 소유할 수 있는 농지로서 대통령령으로 정하는 농지는 제외한다”라고 규정하고 있다.
• 나) 법인세법제55조의2제2항제1호가목 단서의 위임에 따른 법인세법 시행령(2021.2.17. 대통령령 제31443호로 개정된 것, 이하 같다)제92조의5제3항은 농업을 주된 사업으로 하지 아니하는 법인이 소유하는 토지로서 비사업용 토지에서 제외되는 토지 중 하나로 제2호에서 “농지법제6조제2항제7호에 따른 농지전용허가를 받거나 농지전용신고를 한 법인이 소유한 농지 또는 같은 법 제6조 제2항 제8호에 따른 농지전용협의를 완료한 농지로서 당해 전용목적으로 사용되는 토지”를 규정하고 있다. 다) 관련 법률에 따라 해당 사업의 실시계획이 인가․고시됨에 따라 농지법제34조에 따른 농지전용의 허가, 제35조에 따른 농지의 전용신고 및 제40조에 따른 용도변경의 승인이 있는 것으로 의제된다 하더라도, 관련 법률의 입법목적에 비추어, 이는 해당 개발사업의 원활한 추진을 위한 것에 불과한 것이지, 비사업용 토지였던 농지를 해당 개발구역의 실시계획 인가 및 고시로 ‘대지’ 등 ‘그 밖의 토지’로 바로 전환시키는 규정으로 볼 수 없고, 비사업용 토지에 대한 중과제도는 토지의 소유자가 그 토지를 생산수단으로 활용하지 않는 투기적인 수요를 억제하기 위한 것이므로 개개의 토지소유자의 취득 목적과 실제 이용현황 및 본래 용도의 변경가능성을 고려하지 않고 실시계획인가․고시가 되었다는 사정만으로 비사업용 토지에서 제외하는 것은 그 입법 취지에도 반하는 해석이다(서울고등법원 2022.4.5. 선고 2021누61828 판결 참조).
• 라) ‘농지의 전용’이란 “농지를 농작물의 경작이나 다년생식물의 재배 등 농업생산 또는 대통령령으로 정하는 농지개량 외의 용도로 사용하는 것”을 의미하고(농지법제2조제7호), 단순히 토지를 사용하지 않고 방치하고 있다는 사정만으로 해당 토지의 지목(사실상 현황)이 농지가 아닌 ‘대지’, ‘잡종지’ 등으로 변경되었다고 보기는 어렵다(서울고등법원 2022.4.5. 선고 2021누61828 판결 참조).
• 마) 해당 토지를 비사업용 토지가 아니라고 보기 위해서는 양도할 당시 해당 토지가 ‘전용목적으로 사용되는 토지’이었어야 할 것인데, 건축을 위한 준비행위만이 있었을 뿐 실제 건축행위가 이루어지지 않은 경우 해당 토지가 양도 당시 전용목적으로 사용되는 토지였다고 보기는 어렵다(서울행정법원 2019.4.5. 선고 2018구합5277 판결 참조).

2. 쟁점토지가 비사업용 토지에 해당하는 것인지에 대한 판단

• 가) 관련 법리와 다음의 여러 사정을 종합하여 볼 때, 청구법인은 쟁점리조트사업과 관련하여 실제 공사착공을 하지 않은 상태에서 사업인수자에게 쟁점토지를 양도하였음이 확인되므로 쟁점토지의 양도를 비사업용 토지의 양도로 보아 한 이 건 과세예고 통지는 정당하다.

① 청구법인은 2016.8.23.경 쟁점리조트사업과 관련 종전 사업시행자인 C(주)에 사업인수대금 0,000백만원을 지급하기로 하고 위 사업의 사업권을 인수한 후, 관할 지방자치단체인 E도지사에서 2017.2.20. 사업시행자 지정 변경 승인을 받았다(E도고시 제2017-00호, 2017.2.20. 참조).

② 청구법인은 쟁점리조트사업과 관련 2017.1월경 (주)K사무소와 설계용역 및 신축 인테리어 설계용역을 체결하였고 2017.4.24.경 I대학교 M 사업단과 A리조트 항노화 헬스케어센터 조성사업에 대한 자문계약, 2019.11.25.경 (주)OㆍP(주)와 공동사업 참여 양해각서를 체결하고 쟁점리조트사업을 진행한 것으로 보인다.

③ 아울러, 청구법인은 쟁점리조트사업 시행자 지정 변경 승인을 받고 난 후인 2017.12월～2018.8월경에 이르기까지 쟁점토지를 전 소유자들에게서 취득하고 2020.11.19. 사업시공사와 쟁점리조트사업의 시공계약을 체결하였으며, 사업시공사는 2020.12.9. 착공신고서(착공예정일: 2020.12.4.)를 제출하였으나, 청구법인은 2020.12.3. 사업인수자인 F(주)에 사업권 일체와 쟁점토지를 00,000백만원에 양도하는 부동산 매매계약을 체결하고 2021.5.31. 소유권이전 하였음도 확인되는데, 시공사인 사업시공사가 공사착공을 하기 전에 쟁점토지 및 쟁점리조트사업에 대한 사업권 양도가 먼저 진행된 것으로 확인되어[이후 사업인수자는 2021.5.21. 쟁점리조트사업의 시행자로 변경 승인받았다(E도고시 제2021-000, 2021.5.21. 참조)], 청구법인이 쟁점리조트사업을 추진하려는 목적을 가지고 쟁점토지를 취득한 것인지 의문이 들기도 한다.

④ 사업시공사의 2022 사업연도 감사보고서를 보면, 쟁점리조트사업은 2022.4.29. 공사착공하여 2025.3.28. 준공예정으로 되어 있어 청구법인이 쟁점토지를 소유하고 있는 기간 중에는 공사착공은 이루어지지 않은 것으로 확인된다[사업시공사의 2020ㆍ2021 사업연도 감사보고서를 보면, 쟁점리조트사업에 대해 공사미착공으로 기재하고 있다].

⑤ 살피건대, 청구법인은 J법에 따라 농지전용허가를 받은 것으로 의제된 쟁점토지에 대해 해당 사업인 쟁점리조트사업 추진과 관련 설계용역 발주, 경작지 정리, 진입로 개설 등 준비작업을 한 정황은 보이나 실질적인 쟁점리조트사업의 진행으로 볼 수 있는 공사착공은 이루어지지 않은 상태에서 쟁점토지를 사업인수자에게 양도한 것으로 확인된다.

⑥ 위의 내용을 종합하여 볼 때, 쟁점토지는 법인세법제55조의2제2항제1호가목 단서 및 같은 법 시행령 제92조의5제3항제2호에 따라 비사업용 토지에서 제외하는 ‘농지전용허가를 받거나 농지전용협의를 완료한 농지로서 당해 전용목적으로 사용되는 토지’에 해당한다고 보기는 어렵다고 판단된다.

• 나) 따라서, 통지관서가 쟁점토지의 양도를 비사업용 토지의 양도로 보아 청구법인에 한 이 건 법인세 과세예고 통지는 잘못이 없다고 판단된다.

이 건 과세전적부심사청구는 심리결과 청구주장이 이유 없다고 인정되므로 국세기본법제81조의15제5항제1호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.