학교법인이 수익사업회계에 속한 자산을 비영리사업회계에 전입한 경우 이를 비영리사업회계에 ‘지출’한 것으로 보아야 하고, 청구법인은 이를 고유목적사업외 외의 수익용부동산을 취득하였으므로 고육목적사업 외 사용한 것으로 보아 익금에 산입함은 정당함
학교법인이 수익사업회계에 속한 자산을 비영리사업회계에 전입한 경우 이를 비영리사업회계에 ‘지출’한 것으로 보아야 하고, 청구법인은 이를 고유목적사업외 외의 수익용부동산을 취득하였으므로 고육목적사업 외 사용한 것으로 보아 익금에 산입함은 정당함
이 건 과세전적부심사청구는 불채택결정합니다.
2. 청구법인은 1994.4.29. B캠퍼스 의과대학 부속병원(이하 “ 쟁점부속병원 ”이라 한다)을 개원하면서 병원신축, 의료기기 구입이 필요하여 이를 지원할 목적으로 1994년부터 2003년까지 일반업무회계의 보유자금 약 1,336억원(이하 “ 쟁점대여금 ”이라 한다)을 부속병원회계로 이전하고 부속병원회계에서는 장기차입금으로 법인일반회계에서는 장기대여금 과목으로 회계처리하며 상환을 하여 오던 중,
3. 일반업무회계는 2017년부터 2020년까지 부속병원회계 자금 29,399백만원(이하 “ 쟁점대여금 상환액 ”이라 한다)을 이전받으면서 장기대여금회수로 부속병원회계는 장기차입금상환으로 회계처리하였고, 4) 일반업무회계에서는 2017년부터 2021년까지 부속병원회계에서 이전된 쟁점대여금 상환액을 재원으로 새로운 수익용 기본재산인 C빌딩, D빌딩(이하 “ 수익용 부동산 ”이라 한다)을 취득하는 데 사용하였다.
5. 한편, 부속병원회계에서 의료수입은 수익사업으로서 법인세 과세대상이 나, 법인세법제29조 제1항 및조세특례제한법제74조제1항제1호에 따라 병원수익사업에 따른 소득금액 전액(100%)을 매년 고유목적사업준비금으로 설정하여 법인세 부담은 없었으며, 청구법인은 쟁점대여금 상환액은 고유목적사업준비금과 구분․관리되는 자금으로 보아 부속병원회계의 고유목적 사업준비금 손금산입액에서 상계하지 않고 각 사업연도 법인세 신고를 하였다.
2. 청구법인이 2020년부터 2021년까지 수익용부동산을 취득하는데 사용한 쟁점대여금 상환액 293억원은 부속병원회계의 고유목적사업준비금 손금산입액에서 상계대상이며, 고유목적사업준비금을 지출하면서 고유목적사업등이 아닌 수익용 부동산을 취득한 경우로 보아
3. 수익용 부동산 취득액 293억원 중 제척기간 만료분을 제외한 2020년 수익용부동산 취득에 사용된 3,638,184,000원, 2021년 수익용부동 산 취득에 사용된 22,057,288,661원 합계 25,695,472,661원을 각 사업연도 익금에 산입하고, 2024.9.23. 청구법인에게 2020년 사업연도 1,159,449,442원, 2021년 사업연도 7,302,581,679원 합계 8,462,031,121원을 과세하겠다는 세무조사결과 통지를 하였다.
1.
2.
1. 청구법인은사립학교법에 따라 설립된 비영리내국법인으로서 관련법령에 따라 교비회계 (학교운영), 부속병원회계 (비영리의료사업, 의료수익사업), 일반업무회계, 수익사업회계 (임대용부동산, 장례식장운영) 4가지로 구분경리하게 되어 있다.
3.
2. 청구법인은 19OO.4.29. 쟁점부속병원 개원과정에서 건물신축, 토지매입, 의료기기 구입 등 이유로 약 1,500억원의 자금을 투입했음에도 막대한 이자비용 부담(외부차입금 약900억원) 등으로 인해 개원이후 4년 간 약 450억원의 운영적자를 기록하는 등 정상적인 운영이 불가능하였다.
4.
3. 1997년 IMF 당시 국내 학교법인 최초로 OO은행 어음 166억원이 부도 처리 되는 등 청구법인의 심각한 자금난에 공익사업(교육･의료)을 이어나갈 수 있는지에 대한 의문까지 제기되는 지경에 이르렀고, 주무부서인 교육부는 부속병원의 부채 등으로 인한 피해가 학생들에게 돌아갈 것을 염려하여, 원칙적으로 처분이 불가능한 교육용 기본재산을 수익용 기본재산으로 용도를 변경하여 매각 하는 것을 승인해주었다.
5. 일반업무회계는 위 기본재산 매각 대금 등으로 2003년까지 부속병원 회계에 약 1,336억 원을 대여하였고, 일반업무회계에서는 대여금으로, 부속병원회계에서는 차입금으로 각각 회계처리하였다. 이와 같은 내부회계 간 대여금/차입금 처리는 부속병원이 정상화 되는 시점에 동 자금이 일반업무회계로 회수되어 양질의 교육서비스 제공을 위해 다시 사용되어야 한다는 교육부의 지시가 반영된 결과였다.
6.
4. 이후, 청구법인은 2017년부터 2020년까지 부속병원회계 자금사정이 개선되고 교육사업 재원을 마련하기 위한 일반업무회계 수익사업을 정상화할 목적으로 쟁점대여금 중 293억을 부속병원회계에서 법인일반회계로 이전하면서 당초 계상한 대여금 및 차입금에서 293억원씩 차감처리하였다.
7.
5. 부속병원회계에서는 매년 과세소득(익금-손금)에 대해 고유목적사업준비금을 설정하여 이를 세법상 손금으로 추가 인정받고 있으며, 동 고유목적사업준비금을 의료사업에 사용하고 있으며 전체 고유목적사업준비금 사용처의 적법성에 대해서는 조사청도 이견이 없다.
8. 한편, 부속병원회계에는 과세소득을 구성하는 고유목적준비금 이외에도 내･외부 차입금이나 감가상각비처럼 과세소득을 구성하지는 않지만 유보된 자산이 현금, 부동산 등 여러 형태로 존재한다.
9. <고유목적사업준비금 외 영역> <고유목적사업준비금 내 영역> 현금유출 있는 손금 현금유출 없는 손금 (과세소득 구성하지 않는 유보된 자산) 고목준비금 (과세소득 구성하는 유보된 자산) 손금 50원 손금 20원 과세소득 30원 (익금 100원
• 손금 70원) 익금 100원 내･외부 차입금은 손익거래(익금･손금)가 아니라 대차거래(자산･부채)임에도 현금유입은 있었으므로, “고유목적사업준비금 외 영역”에 유보된 자산에 해당하며, 이와 마찬가지로 감가상각비도 과세소득의 차감항목이므로 원천적으로 과세소득을 구성할 수 없고, 실제 유출된 현금은 없으므로 “고유목적사업준비금 외 영역”에 유보된 자산에 해당한다. 부속병원회계는 이와 같이 고유목적사업준비금을 구성하지 않는 과세소득 을 재원으로 쟁점대여금 상환액 293억원을 일반업무회계에 지출하였으며, 일반업무회계는 교육부의 관리･감독하에 회수한 293억원으로 2020년과 2021년에 교육사업을 위해 사용될 자금조달 창구로서 수익용 부동산을 취득하는데 사용하였다. 부속병원회계는 쟁점대여금 상환액의 재원이 고유목적사업준비금이 아니었으므로 관련 지출 시 세무상 고유목적사업준비금을 차감하지 않는 세무처리를 하였다.
10.
1. 부속병원회계에서는 고유목적사업준비금 설정 및 사용에 관계 없이 매년 유보되는 자산이 현금 등 여러가지 형태로 존재하는데, 쟁점대여금 상환액은 부속병원회계에서 이를 재원으로 지출한 것이다. 감가상각비 사례를 들면 다음과 같다.
2. 청구법인 부속병원회계에서 고유목적사업준비금 설정액에는 손금으로 산입하지 않은 건물, 구축물, 의료장비 등의 2013년부터 2021년까지 계상된 누적 ‘감가상각비’가 <표1>같이 780억원에 달하며 이는 현금유출을 수반하지 않는 비용이므로 부속병원회계의 유보현금을 구성하면서 고유목적사업준비금 설정액과는 무관하다. <표1> 부속병원회계 감가상각비 계상내역 (단위: 억원) 사업연도 감가상각비 (회계상) 고유목적준비금 환 입 액 감가상각비 (세무상) 감가상각비 누 적 액 2013 123 123 123 2014 128 128 251 2015 108 108 359 2016 76 76 434 2017 71 71 505 2018 92 18 74 580 2019 118 48 70 650 2020 120 53 67 717 2021 120 57 63 780 계 956 176 780
3. 따라서 쟁점대여금 상환액은 293억원으로 누적 감가상각비 780억원보다 월등히 적은액으로 부속병원회계가 해당 상환액은 현금유출을 수반하지 않는 감가상각비로서 고유목적사업준비금 등 법인세 혜택을 받지 않은 금액이므로 수익용 부동산을 취득하였더라도 고유목적사업준비금 세무처리에 저촉되지 않음에도 조사청이 부속병원회계의 고유목적사업준비금 설정액에서 지출되지 않았음이 회계처리 및 세무처리내역을 통하여 확인하고도 사실관계를 오인하여 고유목적사업준비금 설정액에서 지출한 것으로 보아 수익용부동산을 취득한 것으로 본 것은 부당하다.
4. 또한, 기간배분에 따른 감가상각비와 관계없이 “누적 사업연도”의 잉여금과 현금흐름은 일치하며 “단일 사업연도”일 경우에도 감가상각비로 현금이 유보되는 것이 아닌 과부족상태로 발생한다는 조사청 의견에 대해
1. 청구법인은 사립학교법에 따라 기본재산 처분시 관할청 허가, 학교 직접사용 재산매도, 담보제공금지 교비회계 수입 타 회계 전출․대여 금지 등 매 회계연도 마다 엄격한 감사를 받으며, 각종 결산보고, 공시에도 엄격한 관리를 받고 있으며 고유목적사업준비금 사용목적외 사용 이유로 지적받은 바도 없다.
2. 쟁점대여금 상환액은 부속병원회계에서 고유목적사업준비금과 구분되어 별도로 유보된 자금을 출처로 하여 누적관리되는 고유목적사업준비금과 달리 차감처리 된 바도 없고,
3. 매년 손금으로 산입되어 누적관리되는 고유목적사업준비금은 법인세법에 따라 신고된 고유목적사업준비금명세서, 세무조정계산서, 운용소득 사용명 세서와 감사보고서 등을 통해 고유목적사업준비금으로 손금산입액의 사용이 고유목적사업에 사용된 사실이<표2～5>와 같이 확인되고 2021년 사업연도부터는 운용소득 사용실적의 세부명세서도 과세관청의 요청에 따라 제출하고 있다. <표2> 2020년 사업연도 고유목적사업준비금 사용 신고 내역 <표3> 2020년 사업연도 세무조정계산서 발췌 <표4> 2020년 사업연도 부속병원회계 감사보고서 발췌 <표5> 2020년 사업연도 홈택스 공시 운용소득 사용명세서
4. 조사청은 고유목적사업준비금과 무관한 유보 현금을 재원으로 지출되었음에도 부속병원회계가 쟁점대여금 상환액이 고유목적사업준비금을 설정한 재원으로 지출되었다는 전제 하에, 사용목적외에 사용한 것으로 본 것은 사실관계를 오인한 것이다.
5. 참고로, 조사청은 2018년 기준 부속병원회계에서 설정한 고유목적사업준비금 잔액 708억원이 남아 있음에도 이를 사용하지 않으면서 유동자금이 부족하여 암센터 건립시 OOOO진흥재단으로부터 200억원을 차입한 것으로 보아 쟁점대여금 상환 시 고유목적준비금을 재원으로 한 것으로 주장하나,
1. 조사청은 법인세법 시행규칙제76조제3항에서 “비영리법인이 기타의 사업에 속하는 자산을 수익사업에 지출 또는 전입하는 경우 그 자산가액은 자본의 원입으로 경리한다”라고 규정하고 제4항에는 “비영리법인이 수익사업에 속하는 자산을 기타의 사업에 지출하는 경우 그 자산가액 중 수익사업의 소득금액을 초과하는 금액은 자본원입액의 반환으로 한다”라고 규정되어 있고
2. 법인세법기본통칙 113-156…3 【비영리법인의 잉여금의 범위】제2항(이하 “ 쟁점기본통칙 ”이라 한다)에서는 수익사업에 속하는 자산을 비영리법인에 지출한 때에는 고유목적사업준비금으로 산입된 금액을 우선 상계처리하는 규정을 들고 있으나
3. 수입사업 (부속병원회계) 에서 기타의 사업 (일반업무회계) 으로 자금이동이 있는 경우 고유목적사업준비금부터 상계하도록 규정한 취지는 조세상 혜택 (고유목적사업준비금 손금산입) 에 대한 의무를 조속히 이행하도록 유도하고, 이러한 의무이행 상황을 회계처리로 나타내 주기 위함(서울행정법원 2014구합66045, 2015.1.30. 선고, 대법원 2016두31173 판결 확정)이므로 청구법인 부속병원회계는 5년내 고유목적사업준비금을 매년 사용완료 하였기에, 쟁점대여금 상환액을 고유목적사업준비금에서 차감할 이유가 없다.
4. 조사청은 청구법인의 부속병원회계 및 일반업무회계간 쟁점대여금 내부거래를 예외 없이 자본거래로 전제하고, 고유목적사업준비금으로 소득금액 전액 세제혜택을 받으면서도 법인세법상 인정되지 않는 대여금, 차임금 회계처리를 이용하여 고유목적사업준비금으로 고유사업목적 외 수익용 부동산을 구입한 것이라 주장하나
(1) 조사청이 인용한 법원 판례는 쟁점기본통칙에서 상계처리의 순서를 정한 이유에 관할 것일 뿐 수익사업에서 비수익사업회계로 자금이 이동이 있는 경우 무조건 고유목적사업준비금의 사용으로 본다는 취지가 아니며, 오히려 상계순서와 같이 상계되는 고유목적사업준비금은 손금산입되거나 손금부인된 경우에 한하는 점”이라고 판시하여 이 사건과 같이 손금산입된 고유목적사업준비금 외의 자금으로 변제한 경우에는 적용되지 않는 규정이다.
(2) 예를 들면, 비수익사업(A)에서 수익사업(B)에 10억원을 대여하였는데 수익사업에서 수 년간 해당 자금을 보유하다가 사용하지 않는 경우를 가정하면, 위 10억원은 본래 비수익사업(A)의 자금으로서 수익사업(B)의 소득과는 무관하며 수익사업(B)회계에서는 10억원 그대로 변제(반환)하여야 하는데 조사청의 주장대로 수입사업(B)회계에서 비수익사업(A)에 자금이 이동하였다는 이유로 쟁점시행규칙대로 무조건 고유목적사업준비금으로 사용한 것으로 보면, 위 10억원은 수익사업의 고유목적사업준비금과는 전혀 무관한 자금임에도 고유목적사업준비금의 사용으로 보아 상계처리해야 한다는 논리에 맞는 않는 결론이 도출된다.
(3) 이러한 경우 수익사업(A)입장에서는 고유목적사업에 사용하기 위해 설정한 고유목적사업준비금 중 10억원은 고유목적사업에 사용도 하지 못하며, 고유목적사업준비금으로도 사용한 것이 아닌 10억원을 익금에 산입하는 불합리한 결과가 된다.
(4) 조사청은 유사사례로 청구법인 산하 부속병원회계의 하나인 F병원 회계처리 사례를 들어 “청구법인은 일반업무회계에서 수익사업인 F병원에 지원한 운영자금은 법인세법에 따라 출자금의 증가로 회계처리하고 고유준비금으로 설정하여 손금산액된 금액으로 상환하기로 계획하였다 하면서 쟁점대여금 상환액은 세법과는 다르게 회계처리 하였다”는 주장에 대해 (가) F병원 사례는 일반업무회계가 부속병원회계로 자금을 투입한 목적이 “투자”에 있었기 때문에 F병원은 향후 반환의무가 없었으므로 자본의 원입으로 회계처리하였고. 이 후 실제 일반업무회계로 자금이 반환되지도 않았으나 (나) 이 사건의 경우 일반업무회계가 부속병원회계로의 자금투입 목적이 “회수”에 있었기 때문에 향후 일반업무회계로 반환되어 교육사업에 사용 될 것이 예정되어 있었으므로 대여금과 차입금으로 각각 회계구분 처리하였고 실제로도 자금 반환이 이루어졌으므로, 쟁점시행규칙은 실질을 고려하여 적용되는 규정으로 자금의 이동이 있었다는 이유만으로 무조건 자본원입액의 반환으로 보아 고유목적사업준비금과 상계한 것은 부당하다.
(1) 우선, 내부 회계간 자금의 대여 및 상환은 청구법인의 지속가능한 교육 및 의료사업 수행을 위한 고육지책으로 교육부의 엄격한 지시·감독 하에 전부 이루어진 것이었고, 실제 이에 사용된 자금은 (고유목적사업준비금 손금산입을 통한) 법인세 면세 혜택과는 전혀 궤를 달리하며
(2) 즉 1994년부터 2003년 일반회계에서 병원회계로 이전된 1,336억원은 (고유목적사업준비금 손비처리 및 법인세 면세혜택과 관련 있는) 병원회계가 신설되기 훨씬 전부터 일반회계에 있던 부동산을 처분한 자금을 원천으로 하고 있고, 2017부터 2020년 병원회계에서 일반회계로 반환된 293억원은 병원회계에서도 “고유목적사업준비금 외 영역”에 있던 잉여 자금인 현금 유출 없는 손금(감가상각비 등) 계상과 관련된 자금이었다.
1. 부속병원회계의 쟁점대여금 상환액이 고유목적사업준비금 재원이 아님이 ‘고유목적사업준비금조정명세서’, ‘자금계산서’ 등을 통해 확인되는 이상 이를 임의로 달리 판단하는 것은 부당하며
2. 법원에서도 “의료법인의 해당 사업연도에 있어서의 회계처리를 통한 결산, 과세표준 신고 및 고유목적사업준비금 조정명세서 제출에 의하여 비로소 대외적으로 명확히 드러나고 공식화되는 것으로 볼 수 있으므로, 의료기기 등 고정자산의 취득에 있어서 해당 사업연도 종료에 따른 회계처리를 통한 결산과 이에 근거한 과세표준 신고가 손금에 계상되어 있는 고유목적사업준비금을 사용한 것으로 이루어지지 않았다면 이는 의료법인이 고유목적사업준비금이 아닌 자산 등으로 지출하기로 선택한 것으로 볼 수 밖에 없고” 라고 판단한 바(대법원 2018두51409, 2018.11.8. 판결 참조) 이는 비영리법인의 객관적으로 드러난 공식 제출서류에 의해 고유목적사업준비금 사용 여부를 판단하라는 입장이다.
3. 조사청은 아무런 근거 없이 쟁점대여금 상환액의 재원이 쟁점대여금 상환일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도에 설정된 고유목적사업준비금이라고 간주하여 이자상당액을 산정하였으나, 목적 외로 사용한 준비금 및 대응되는 자산 또는 5년 내 사용하지 않은 준비금이 확인되지 않고 있어 본 건 과세가 추측에 의한 과세임을 자인하는 것에 불과하다.
1. 이 사건과 경제적 실질이 동일한 아래 거래사례들과 비교를 하였을 경 우 사례①: 부속병원회계 자체에서 고유목적사업준비금 외의 유보 현금으로 수익용 재산을 매입하거나 타 수익사업회계의 부채를 상환한 경우 위 경우에는 부속병원회계에서 일반업무회계로의 자금 이전이 없을 뿐 본사건과 경제적 실질은 동일하나 조사청 논리로는 과세대상이 아니므로 형평에 맞지 않는다. 사례②: 쟁점대여금 출자로 개시한 수익사업회계에서 쟁점대여금을 상환한 경우 사립학교법은 학교법인이 수익사업을 할 수 있다고 규정하고, 수익사업에 대한 회계는 학교법인의 경영에 관한 회계와 구분경리하여야 한다고 하며, 달리 수익사업에 대한 출자방법을 규정하지 않았으므로 일반업무회계에서 새로운 수익사업회계를 개시하며 쟁점대여금과 같은 자산을 출자하는 것은 적법하고, 이 경우 역시 ‘부속병원회계의 유보 현금으로 새로운 수익사업이 개시되고 타 수익사업의 부채가 상환된다는 점’에서 이 사건과 본질이 다르지 않으나 ‘수익사업에서 기타의 사업으로 전출된 금액’이 없으므로 조사청 과세 논리는 적용이 불가하다. 사례③: 일반업무회계가 보유한 자금으로 직접 수익용 기본재산을 취득한 경우 일반업무회계가 보유한 자금으로 직접 수익용 기본재산을 취득할 경우 그 재원이 고유목적사업준비금이 아니라면 고유목적사업준비금 설정액을 고유목적사업 외 사용한 것이 아니므로 과세문제가 없으며, 이 사건에서 쟁점대여금이 없었더라면 고유목적사업준비금 개념을 언급할 필요도 없이 추징할 근거 또한 없는 바, 단지 쟁점대여금이 있었다는 이유로 달리 취급할 수 없어 형평에 맞지 않는다.
1. 쟁점부속병원은 1989년부터 개원 당시 1994년까지 1,500억원의 자금이 투입되었음에도 부채가 900억원에 달해 이자 조차 감당이 안되는 상태였으며, 이에 부득이하게 일반업무회계의 매각이 불가능한 교육용 기본재산을 수익용으로 교육부에 전환허가를 받으면서까지 매각자금 등 1,336억원을 부속병원회계로 이전한 것으로
2. 당시에는 쟁점부속병원이 건립전으로 아직 ‘부속병원회계가’ 개설되기 이전이라 청구법인은 일반업무회계에서 외부차입하여 병원 공사비 등을 지불하고, 이를 쟁점부속병원 건립 후 부속병원회계에서 회수하게 된 것이다.
3. 한편 청구법인은 쟁점부속병원 개원 후 안정화 될 때까지 일반업무회계에서 운영자금을 계속 지원하고자 하였으나, 자금사정이 악화되어 감당이 어렵자 서울시 OO동 학교부지를 매각하여 상환하려 하였으나, OO동 부지는 교육용 기본재산이자 풍치지구로 매각이 어려웠고 1998년 IMF 한파로 은행어음을 처리하지 못해 국내 대학으로 처음 부도처리까지 되었고 관련법인까지 모두 부도처리되는 사태를 겪었으며 4) 이러한 배경에서 재무상태 악화로 대학재정이 파탄 지경이 이르자 교육부는 매각이 불가능한 교육용 기본재산인 OO동 부지를 수익용으로 전환을 허가하는 등 지원을 하였고 OO동 부지 매각자금으로 부속병원회계 부채를 상환하는 데 사용하였고, 이에 청구법인은 교육부의 재정정상화의 일환으로 쟁점대여금을 일반업무회계는 장기대여금으로, 부속병원회계는 장기차입금으로 각각 회계처리한 것이다.
5. 쟁점부속병원 운영이 정상궤도에 들어서면서, 일반업무회계에서 고유목적사업을 지원할 수익사업에 사용목적으로 쟁점대여금을 회수하여 수익용 부동산을 지출하여 교육, 의료사업의 고유목적사업 정상화를 위해 거래한 자금임에도 조사청은 십수년의 거래관계와 사안의 특수성 등을 모두 무시하고 쟁점대여금 상환액은 고유목적사업준비금 설정액에서 지출된 것이 아님에도 오로지 자금거래에만 집중하여 고유목적사업준비금 고유목적 외 사용으로만 오해를 한 것으로 이건 세무조사결과통지는 위법․부당하다.
• 차입(현금유입) 100 차입금 100 X1 익금(현금유입) 100 익금(현금유입) 100 잉여금과 무관한 현금 10 초과 발생 손금(현금유출) △70 손금(현금유출) △70
• - 차입(현금유입) 100 2) 손금(감가상각비) △10 자산취득(현금유출) △100 누적잉여금 20 현금누적액 30 X2 익금(현금유입) 200 익금(현금유입) 200 잉여금과 무관한 현금 20 초과 발생 손금(현금유출) △140 손금(현금유출) △140
• - 차입(현금유입) 100 손금(감가상각비) △20 자산취득(현금유출) △100 누적잉여금 40 현금누적액 60 X3 익금(현금유입) 300 익금(현금유입) 300 잉여금과 무관한 현금 30 초과 발생 손금(현금유출) △210 손금(현금유출) △210
• - 차입(현금유입) 100 손금(감가상각비) △30 자산취득(현금유출) △100 누적잉여금 60 현금누적액 90 … 중략 … X9 익금(현금유입) 900 익금(현금유입) 900 잉여금과 무관한 현금 90 초과 발생 손금(현금유출) △630 손금(현금유출) △630
• - 차입(현금유입) 100 손금(감가상각비) △90 자산취득(현금유출) △100 누적잉여금 180 현금누적액 270 X10 익금(현금유입) 1,000 익금(현금유입) 1,000 잉여금과 무관한 현금 100 초과 발생 손금(현금유출) △700 손금(현금유출) △700
• - 차입(현금유입) 100 손금(감가상각비) △100 자산취득(현금유출) △100 누적잉여금 200 현금누적액 300
2. ‘ 법인세법 시행규칙 제76조 제3항 및 제4항과 쟁점기본통칙의 상계처리 순서’에 관한 조사청 주장에 대하여,
(2) 청구법인의 경우 수익사업의 소득금액 내의 자산은 부속병원회계가 고유목적사업준비금으로 설정하여 적법하게 고유목적사업에 지출하고 있어, 쟁점대여금 상환액은 수익사업의 소득금액을 재원으로 한 것이 아니라, 법인일반업무회계로부터 차입한 자금을 재원으로 취득한 자산의 감가상각비 유보 현금 등을 재원으로 쟁점대여금을 다시 상환한 것이므로, 위 규정들에 의하더라도 쟁점대여금 상환액은 애당초 수익사업의 소득금액 밖의 금액(즉, 법인일반업무회계로부터 차입한 자금)으로서 고유목적사업준비금의 우선 상계 대상에 해당하지 않는 것이다.
(3) 또한 쟁점대여금 상환액은 부속병원 보유 자산의 현금유출 없는 감가상각비 등을 재원으로 하였는데, 만약 비영리법인 간 내부회계 사이의 차입거래를 부인하고 자본거래만 인정하겠다는 조사청 입장에 따르면 오히려 쟁점대여금 상환액은 쟁점기본통칙에서 정한 상계처리 순서 중 가장 마지막 항목인 제4호의 ‘자본의 원입액’의 상계가 되어, 조사청 주장 자체로도 고유목적사업준비금을 우선 상계해야 할 이유 또한 없게 된다.
3. 조사청이 제시한 ‘본건과 유사한 F병원 회계처리 사례와 비교’ 부분에 대하여,
1. 고유목적사업준비금 중 법 제29조에 따라 손금산입된 금액
2. 고유목적사업준비금 중 손금부인된 금액
3. 법인세과세후의 수익사업소득금액(잉여금을 포함한다)
3. 한편,법인세법제29조 제1항은 “비영리법인이 고유목적사업에 지출하기 위하 여 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 경우에는 법정 한도액 범위 안에서 당해 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입한다.”라고 규정하고 있다. 이 규정은 고유목적사업을 지원할 목적으로 법정 한도액 범위 내에서 소득금액 계산 시 손금에 산입할 수 있도록 하여 5년간 과세를 유예하고, 5년의 유예기간 중에 고유목적사업준비금을 고유목적사업 등이 아닌 다른 용도에 사용하여 더 이상 고유목적사업에 지출할 수 없다는 점이 분명하게 드러남으로써 과세혜택을 부여할 전제가 상실된 경우라면, 5년의 유예기간이 경과하지 않았더라도 사용금액 상당을 사유가 발생한 사업연도의 익금에 곧바로 산입할 수 있도록 한 것입니다.(대법원 2016두59249, 2017. 3. 9. 판결 참조) 4) 이 사건의 경우 쟁점시행규칙에 따라 일반업무회계인 기타의 사업에 지출한 수익사업인 부속병원회계의 자산은 세법에 따라 부속병원회계의 ‘고유 목적사업준비금’으로 보아야 하고 청구법인은 고유목적사업준비금 293억원 을 고유목적사업 외 수익용 부동산을 취득하였으므로,법인세법제29조제1항제5호에 따라 동 금액을 지출한 사업연도 익금에 산입하고, 법인세 및 이자상당액을 과세함이 타당하다.
1. 청구법인은 쟁점대여금 상환액으로 수익용부동산 취득에 사용한 자금은 고유목적사업준비금과 무관한 “감가상각비로 인해 유보된 현금”이 재원으로서 고유목적사업준비금의 고유목적사업 등이 아닌 용도로 사용여부를 논할 대상이 아니 라고 주장하나, 법인세법시행규칙제76조 제4항 및 쟁점기본통칙에 따르면, 수익사업에 속하는 자산을 기타의 사업에 지출한 경우, 지출한 자산의 재원이나 출처를 구분하지 않고 그 자산가액을 가장 먼저 고유목적사 업준비금과 상계처리하도록 규정하고 있다. 따라서 자산의 재원을 근거로 세법 적용을 배제하여야 한다는 주장은 받아들이기 어렵다.
(2) 청구법인은 부속병원회계에서는 고유목적사업준비금 설정 및 사용에 관계없이 매년 유보되는 현금이 존재하고 쟁점대여금 상환액이 이에 해당한다며, 이는 부속병원회계에서 고유목적사업준비금 설정 시 소득에서 제외되어 고유목적사업준비금 영역 밖에 별도의 자금으로 존재하는 것으로서 고유목적사업준비금 설정과 무관하다고 주장하나, 청구법인의 주장에 따르더라도 손익계산서상 현금유출이 없는 비용은 그 자체로 새로운 현금흐름을 창출하지 않는 것이 아니므로 청구법인 주장과 같이 현금 유출없는 감가상각비 계상에 따라 잉여금을 초과하는 현금유보액은 어디까지나 실존하는 현금 잔액의 범위 내에서만 존재하는 것이다.
(3) 일례로 기초 현금잔액이 1억원인 법인이 당기순이익 2억원 발생하였고 이때 감가상각비가 1억원이라면 기말 현금잔액은 당기순이익 2억원만큼 증가하는 것이 아니고 감가상각비계상액 1억원을 포함하여 총 3억원이 증가하여 기말 현금잔액은 4억원이 된다. 결국 당기순이익 증가액을 초과하여 증가한 현금 1억원을 유보현금으로 보더라도 어디까지나 기말잔액인 4억원 범위 내에서 존재하는 것이다. <표7> 청구법인 주장 유보 현금 누적액과 실제 보유현금 등 비교 내역 (단위: 억원) 사업연도 청구법인이 주장한 감가상각비 유보 현금 (장기대여금 회수 회계처리 전) 재무상태표상 ‘현금’ 고유목적사업준비금 미사용잔액 2018 580 321 679 2019 650 313 815 2020 717 605 967 2021 780 493 926
(4) 더욱이 기말현금 잔액이 고유목적사업준비금 잔액에 미달하는 청구법인의 경우 고유목적사업준비금을 초과하는 유보 현금잔액은 존재할수 없는데, 상기 <표8>과 같이 2021년 사업연도를 기준으로 청구법인은 감가상각비 유보현금이 780억원이라고 주장하였으나, 청구법인 쟁점부속병원의 현금 잔액은 493억원에 불과하고, 현금 잔액 493억원은 고유목적사업준비금 잔액 926억원에도 미치지 못한다. 아무리 감가상각비 등 현금유출이 없는 비용으로 유보현금이 발생한다고 하더라도 고유목적사업준비금(926억원)보다도 현금 잔액 (493억원)이 적은 상태에서 고유목적사업준비금 영역 밖에 별도로 존재하는 유보현금이 발생할 수는 없는 것이다.
(5) 설령 청구법인의 주장에 따르더라도 쟁점대여금 상환액 전부가 고유목적사업준비금과 무관한지 여부는 단순히 일반적 기능성만을 기준으로 판단할 수는 없는데, 가령 ‘현금을 지출하여 자산을 취득’한 경우 자산을 취득한 시점에 현금유출이 일시에 수반되므로, 이후의 감가상각비 계상 과정에서 현금이 유보될 수 없으며, ‘외부자금을 차입하여 자산을 취득’하는 경우에도 차입거래로 부속병원회계가 그 현금을 보유하는 것이 아니라 단지 자산 취득 시점에 유출된 현금의 재원이 외부차입금일 뿐이다. (6) 아울러 감가상각비 외에도 현금 흐름이 수반되지 않는 수많은 비현금거래가 존재하고, 현금 유입·유출 거래와 비현금거래 사이에서 감가상각비로 인한 유보 현금이 얼마인지 특정하여 쟁점대여금 전부를 상환한 사실을 입증하기란 현실적으로 불가능하며, 감가상각비로 인한 유보 현금만으로 쟁점 대여금 전부를 상환하였다는 청구법인의 주장으로는 ’94년부터 ’11년까지의 기간 동안 감가상각비로 인한 유보 현금을 초과하여 쟁점대여금을 상환한 사실관계를 설명할 수 없다.
(7) 한편, 청구법인이 세무조사 당시 제출한 ‘장기대여금 관련 납세자의견’을 보면, 1995년 사업연도에 최초의 장기대여금의 설정이 병원에서 발생할 수익 으로 대여금을 충분히 회수할 수 있을 것이라는 판단에 기초한 것이라고 <표8>과 같이 진술하였고, <표8> 2024.6.28._장기대여금 관련 납세자의견(최종)’ 중 발췌 2019년 청구법인 산하 F병원에서 작성한 공문<표 9 >에서도 일반업무 회 계에 대한 내부 차입금을 병원의 수익 상황에 따라 상환하기로 계획한 것으로 미루어 볼 때, 청구법인은 애당초 부속병원의 ‘ 수익 상황 ’ 에 따라 장기차입금 상환계획을 세운 것이라고 보는 것이 합리적이다. <표9> 총무팀(치) 915_2019년 F병원 장기차입금상환 자금지원요청’ 중 발췌 반면, 청구법인은 부속병원이 장기차입금을 상활할 당시에 현금유출이 수반되지 않는 비용으로 인한 유보 현금을 재원으로 장기차입금을 상환하기로 계획을 수립하였다는 어떠한 종류의 정황 자료도 제시하지 못하고 있다. 감가상각비로 인한 유보 현금을 재원으로 쟁점대여금 전부를 상환하였다는 주장은 사후에 구상한 이론적 논리에 불과하다.
(8) 법원에서도 법인세법 시행규칙제76조 및 법인세법 기본통칙 113-156…3이 직접 쟁점이 된 사안에서 ‘세법에서 상계처리 순서를 두는 이유는 조세상 혜택(고유목적사업준비금의 손금산입)에 대한 의무를 조속히 이행하도록 유도하고, 이러한 의무이행 상황을 회계처리로 나타내 주기 위함’이라는 입장을 밝히며 ‘만약 이와 같은 순서에 의하지 않고 회사가 임의로 이익 잉여금을 먼저 차기하는 경우 회계처리만으로 이것이 고유목적사업에 자산을 지출한 것인지 여부가 분명히 나타나지 않기 때문’이라고 판시 (서울행정법원 2014구합66045, 2015.1.30. 판결, 대법원 2016두31173판결 확정)하였는데 청구법인은 이러한 취지를 간과하고 세무조정을 하지 않았으니 수익용 기본재산 취득의 재원은 당연히 ‘장기대여금 회수액’으로 보일 수밖에 없다. 청구법인은 세법에서 정한 세무조정을 이행하지 않아 그 재원이 대여금으로 보이는 상황을 이용하여 조세 정책상 손금산입된 금액을 영리사업에 사용할 수익용 부동산을 취득한 것이다. 설 령 청구법인의 주장대로 장기차입금을 상환한 재원의 전부가 부속병원회계의 감가상각비 등 현금유출을 수반하지 않는 비용을 계상한 데에 따른 유보 현금이라고 하더라도, 해당 자금 또한 수익사업인 부속병원회계 에 속한 자산이라는 사실에는 변함이 없으므로, 세법에서 정한 상계처리 순서에 따라 ‘ 수익사업에 속하는 자산을 기타의 사업에 지출한 경우 ’ 에는 가장 먼저 ‘ 고유목적사업준비금을 설정하여 손금산입된 금액 ’ 과 상계처리할 뿐이다.
2. 이 같은 규정에 의하면, 기타의 사업(일반업무회계)에 속한 자산을 수입사업(부속병원회계)에 지출 또는 전입하는 경우 그 자산가액은 “자본의 원입”외에 다른 자산․부채 및 손익으로 경리하는 것은 허용되지 않으며, 수익사업에 속한 자산을 기타의 사업에 지출하는 경우도 세법에서 정한 바 외에 다른 자산․부채 및 손익으로 경리하는 것 또한 허용되지 않으므로
3. 청구법인이 일반업무회계가 쟁점대여금으로 1,336억을 계상하였다 하더라도 부속병원회계는 ‘자본의 원입’으로 보아야 하고, 2018년부터 2021년 사업연도까지 쟁점대여금 상환액은 기타의 사업에 지출한 것으로 보아야 하며 그 지출된 자금을 재원으로 일반업무회계에서는 고유사업목적외 수익용 부동산 구입에 사용하였으므로 고유목적사업준비금 손입 산입한 금액으로 보아 <표10>과 같이 세무조정하였어야 한다. <표10> 부속병원이 법인세법에 따라 이행하였어야 할 했어야 할 세무조정 구분 회계처리 내역 세법규정 세무조정 대여 시점 (차)현금등 xxx / (대)차입금 xxx (차)현금등 xxx / (대)자본금 xxx 익금산입 차입금 xxx (유보) 손금산입 자본금 xxx (기타) 상환 시점 (차)차입금 xxx / (대)현금등 xxx (차)고유목적사업준비금 xxx / (대)현금등 xxx 익금산입 고유목적준비금 xxx (유보) 손금산입 차입금 xxx (유보)
4. 청구법인은 부속병원회계의 고유목적사업준비금 설정액은 적절한 기간 내 모두 고유목적사업에 사용되었고 고유목적사업외 사용한 사실이 감사등 지적받은 일이 없다고 주장하나 가) 고유목적사업준비금 조정명세서(갑)표를 보면, 쟁점 대여금을 회수하기 시작한 2018년 사업연도보다 훨씬 이전부터, 매 사업연도마다의 고유목적사업준비금 미사용잔액(= 아직 미처 사용하지 못한 고유목적사업준비금)이 수백억원에 달하는 것으로 확인되는 바, 모두 사용하였다는 청구법인의 주장은 이해하기 어렵고,
5. 청구법인은 부속병원회계가 개설되기 전부터(= 부속병원 건립 전) 일반업무회계에서 차입할 수밖에 없었던 매우 특수한 사정이 있었으므로, 단지 청구법인 내부회계 사이에 대여 처리가 있었다는 점 에만 집중하여 부당하다고 주장하나 관계기관의 어떤한 정책도 기타의 사업에 속하는 자산을 수익사업에 지출 또는 전입한 경우 ‘ 대여금 ’ 으로 처리하도록 법률 등으로 규정한 사실이 없는 반면, 법인세법에서는 자본의 원입으로 경리하도록 명확 하게 규정하고 있으므로 부속병원회계로의 자금 이전을 기본금이 아닌 대여금으로 계상한 것은 청구법인의 자의적인 판단에 기초한 것일 뿐이다.
6. 따라서 교육부 등 외부감사기관으로부터 별도의 시정 조치 처분을 받지 않았다고 하여 이를 달리 적용하여야 할 이유는 없다.
할 수 없고, 당해 법인의 회계처리, 법인세 과세표준 신고 및 이와 함께 이루어지는 고유목적사업준비금 조정명세서 제출을 토대로 판단하여야 한다고 주장하며 법원이 ‘ 고유목적사업준비금을 지출한 것으로 계상하지 않았 다면 이를 고유목적사업준비금에서 사용한 것으로 볼 수 없다 ’ 는 판결 문을 원용하며, 조사청이 고유 목적사업준비금 설정액으로 쟁점대여금을 상환하였다고 ‘간주’ 하였 을 뿐만 아니라 이자상당액을 계산할 때에도 손금산입 연도를 쟁점 대여금 상환 직전 연도라고 ‘간주’하였는데, 이는 법령상 근거가 없는 위법·부당한 과세방식이라고 하나
2. 조사청은 정당하게 계산된 산출세액의 범위 내에서 추징세액을 산정하였기 때문에 이를 두고 세무조사결과통지를 취소하여야 할 위법이 있다고 볼 수는 없다. 가)법 인세법 시행규칙제76조 제4항에서 정한 “ 수익사업에 속하는 자산을 기타의 사업에 지출 ” 하는 경우, 같은 법 기본통칙 113-156…3 제2항에 따라 해당 자산가액은 ‘ 고유목적사업준비금 중 법 제29조에 따라 손금 산입된 금액 ’ 과 가장 먼저 상계처리되어야 한다. 이때 ‘ 손금산입된 금액 ’ 이라 함은 고유목적사업준비금을 설정하여 이미 손금에 산입하는 효과를 적용받은 금액을 의미하는 것으로 해석된다.
• -
• - 기말 67,896
• 2,386 29,517 35,993
• -
• 2020 기초 81,480
• -
• 32,703 48,777
• - 기말 96,715
• -
• - 42,998 53,717
• 2021 기초 96,715
• -
• - 42,998 53,717
• 기말 92,648
• -
• -
• 53,378 39,270
(1) 2018년 사업연도를 예로 들면, 전기 사업연도 이전에 설정한 고유목적 사업준비금 손금산입액 중 미사용잔액은 기초를 기준으로 52,348백만원 이고, 이는 2015년 사업연도에 설정한 270백만원, 2016년 사업연도에 설정한 11,900백만원, 2017년 사업연도에 설정한 40,178백만원으로 구성된다.
(2) 청구법인은 조사청이 ‘장기대여금 회수액’을 ‘고유목적사업준비금 중 미사용잔액’으로 보고 법인세 추징세액을 계산한 사실에 대하여 2018년 사업연도의 장기대여금 회수액 7,391백만원이 2015년, 2016년, 2017년 중 어느 사 업 연도에 설정한 고유목적사업준비금으로 구성된 것인지 특정하지 못한 사실을 지적하는 것으로 이해되나 (3) 법인세법 시행령 제56조 제7항 에 따라 이자상당액은 ‘ 당해 고유목적사업준비금의 잔액을 손금에 산입한 사업연도를 기준으로 손금산입 여부에 따른 법인세액 차액 ’ 에 ‘ 손금에 산입한 사업연도의 다음 사업연도의 개시일부터 익금에 산입한 사업연도의 종료일까지의 기간 ’ 에 대하여 ‘ 법으로 정한 율 ’ 을 곱하여 계산하도록 규정하고 있어 ◎ 법인세 추징 시 이자상당액 계산방법 = (A) × (B) × (C) (A) 당해 고유목적사업준비금의 잔액을 손금에 산입한 사업연도 에 그 잔액을 손금에 산입함에 따라 발생한 법인세액의 차액 (B) 손금에 산입한 사업연도 의 다음 사업연도의 개시일부터 익금에 산입한 사업연도 의 종료일까지의 기간 (C) 일정한 율
(4) 청구법인은 장기대여금을 일시에 회수하지 않고 매달 분할 회수하였기 때문에 어느 사업연도에 손금에 산입한 고유목적사업준비금인지 특정하기 위해서는, 원칙적으로 ‘고유목적사업비’와 ‘ 장기대여금 회수액’을 시간 순서로 나열하여 ‘고유목적사업준비금을 손금에 산입한 비영리내국법인이 고유목적사업 등에 지출한 금액이 있는 경우에는 그 금액을 먼저 계상한 사업연도의 고유목적사업준비금부터 차례로 상계하여야 한다’는 법인세법제29조 제3항에 따라 가장 먼저 설정한 고유목적사업준비금부터 상계처리해나가는 방법 으로 분할 회수 시점마다의 장기대여금 회수액이 어느 사업연도에 설정한 고유목적사업준비금인지 밝혀 이자상당액을 계산하여야 합니다. (5) 이러한 과정을 거치면 2018년 사업연도의 장기대여금 회수액 7,391 백만 원은 2015년, 2016년, 2017년 사업연도에 설정한 고유목적사업준비 금으로 구성<표12>되는 것이다. <표12>고유목적사업준비금 설정액으로 보는 장기대여금 회수액의 구성 구 분 원칙에 따라 분할회수 시점마다 특정 한 경우 기말 일시 회수를 가정 하고 직전사업연도 설정액으로 본 경우 장기대여금 회수액 구성 ’15 사업연도 설정액 ’16 사업연도 설정액 ’17 사업연도 설정액 ’17 사업연도 설정액 이자상당액 적수 기산일 ’15.02. 설정액 2015.03.01. 2017.10.31. ’16.02. 설정액 2016.03.01. ’17.02. 설정액 2017.03.01.
(6) 원칙에 따라 분할회수 시점마다 손금에 산입한 사업연도를 특정하기란 현실적으로 불가능하며, 손금에 산입한 사업연도를 특정하더라도 기말 에 장기대여금 일시 회수를 가정하였을 때와 비교할 때 이자상당액 기산일만 앞으로 당겨져 추징상당액이 증가하는 효과만 발생할 뿐 입니
(1) 청구법인이 원용한 판결은 고유목적사업준비금이 결산조정사항 이므로, 비영리법인이 고유목적사업 용도에 자금을 사용하였다고 하더라도 고유목적사업준비금을 재원으로 지출한 것이라 외부에 의사 표시(고유목적사업준비금을 지출한 것으로 계상)하지 않았다면, 과세관청이 고유목적사업준비금을 재원으로 해당 자금을 지출한 것으로 볼 수는 없다는 사안으로, 이는 하나의 회계 내에서 고유목적사업에 자금을 사용하였을 때 고유목적사업준비금의 사용 시기를 강제할 수 있는지 여부에 관한 판단이다.
(2) 반면, 본 사안은 구분경리되는 회계 간의 자금 이전에 관한 사안으로, ‘ 수익사업 에 속하는 자산을 기타의 사업에 지출한 경우 ’ 에는 세법에서 정한 상계처리순서에 따라 그 자산가액을 우선 ‘ 고유목적사업준비금 설정하여 손금산입된 금액 ’ 으로 강제하는 것이므로
(3) 두 사안의 쟁점이 되는 사실관계나 법령이 전혀 다름에도, ‘ 결산조정 사항으로서 과세관청이 고유목적사업준비금 사용 시기를 강제할 수 없다 ’ 는 법원의 판결문을 원용하며 ‘ 상계처리순서에 의하더라도 고유목적사업 준비금 설정하여 손금산입된 금액으로 강제할 수 없다 ’ 고 주장하는 것은 이해하기 어렵다.
1. 2019.1.15. 청구법인 산하의 F병원은 운영자금 지원을 요청하는 내부공문<표13>을 발송하였는데, 공문에는 지원된 운영자금의 상환계획도 기재되어 있었는데, 청구법인은 감사보고서<표14>에서도 2020년에 쟁점시행규칙에 따라 일반업무회계에서 F병원으로 이전한 자금을 ‘자본의 원입’으로 정상적으로 회계처리하여, 이 사건 쟁점대여금으로 계상한 것과는 대조를 이루고 있다.
2. 청구법인은 쟁점부속병원 개원시 1995년 사업연도에 발생한 쟁점대여금거래와 2020년 사업연도에 발생한 F병원의 운영자금 거래를 세법상 달리 취급하여야할 이유를 제시하지 못하고 있으며, 비영리법인 내부 의사결정에 따른 계정과목 분류만으로 세법 적용과 해석이 달라지는 것은 타당하지 않으며, 쟁점대여금 상환액도 세법령에 따라 부속병원회계에서 손금산입한 고유목적사업준비금 설정액에서 상계처리하여야 할 대상으로 보아야 한다. <표13> 2019년 F병원 장기차입금상환 자금지원요청 공문 <표14> 2020년 사업연도 감사보고서 _ 부속병원회계 ‘주석 11.
3. F병원은 일반업무회계로부터 차입한 자금을 다시 상환할 때에, 예상되는 금액만큼을 매년 병원 수익 상황에 따라 고유목적사업준비금으로 설정하여 손금산입한 금액으로 상환하기로 계획<표15>하였습니다. <표15> 2019년 F병원 장기차입금상환에 관한 계획(안) (4) 청구법인은 2020 년 사업연도에 발생한 일련의 거래에 대하여 F병원의 상환 의사가 있었는지 여부에 관계없이 수익사업의 운영자금을 지원할 목적으로 일반업무회계의 자산이 수익사업으로 이전되는 ‘지출’이 발생한것으로 보았고, 법인세법 시행규칙제76조 제3항에 따라 그 자산을 자본의 원입으로 경리하였다. 이에 따라 그 반대의 자금 이전에 대하여도 법인세법 시행규칙 제76조 및 기본통칙에 따라 자금 계획을 세운 것이다. 이는 법인세법에 따른 올바른 회계처리에 해당한다.
(5) 청구법인은 1995년 사업연도에 발생한 쟁점대여금 거래와 2020년 사업연도)에 발생한 운영자금 거래를 세법상 다르게 취급하여야 할 명백한 이유를 제시하지 못하고 있으며, 아무런 정황 증거 없이 F병원 사례의 자금 투입목적의 사실은 “투자”였다는 주장 또한 사후적으로 구상한 것으로 보이고 단순히 법인의 내부적인 의사결정에 따른 계정과목 분류만으로 세법 적용이 달라지는 것은 타당 하지 않으며, 1995년 사업연도에 발생한 대여거래 또한 법인세법 시행규칙및 같은 법 기본통칙에 따른 상계처리 순서 적용 대상으로 보아야 한다.
2. 비영리법인은 법인세 부과 후 소득에 한하여 비영리사업에 지출할 수 있는 것이 원칙이며, 다른 비영리법인이 법인세가 과세된 후의 잉여금을 재원으로 수익용 기본재산 취득자금을 마련하여야 할 때, 청구법인은 장기대여금의 회수 명목으로 법인세를 면제받은 잉여금을 얼마든지 수익용 기본재산 취득자금으로 사용할 수 있다. 이는 청구법인이 계정과목을 ‘장기대여금’으로 분류한 사실만으로 누리게 되는 부당한 조세 혜택으로서 만약 청구법인이 고유목적사업준비금을 설정하여 손금산입된 금액만큼을 고유목적사업에 지출하였다는 이유로 익금산입의 대상으로 삼지 않는다면, 다른 비영리법인이 고유목적사업준비금 설정하여 손금산입된 금액을 재원으로 수익용 기본재산을 취득한 때에 즉시 면제받은 법인세를 추징당하는 데에 반하여 청구법인은 5년의 유예기간 내에 차후 사업연도의 잉여금을 고유목적사업에 지출하기만 하면 법인세 추징을 회피할 수 있는 부당한 혜택을 누리게 되는 것이다.
① 부속병원회계 자체에서 고유목적사업준비금 외의 유보 현금으로 수익용 재산을 매입하거나 타 수익사업회계의 부채를 상환한 경우
② 쟁점 대여금의 출자로 개시한 수익사업회계에 쟁점 대여금을 상환한 경우
③ 법인일반업무회계가 보유한 자금으로 직접 수익용 기본재산을 취득한 경우
1. 사례①과 관련하여, 의료기관이 영위할 수 있는 임대사업으로는 환자 또는 의료기관 종사자 등의 편의를 위한 안경 조제･판매업, 은행업 등 제한적인 사업에 국한 4) 되어 있으므로 ‘부속병원에서 직접 수익용 재산을 매입’하는 경우가 임대 업종의 제한이 없는 본 사안과 경제적 실질이 동일하다고 볼 수 없다. 실제로 조사대상기간에 해당하는 2020년 2기 부가가치세 신고서의 부동산임대공급가액 명세서를 보면, 수익용부동산 중 D빌딩의 경우 세무회계사무소, C빌딩은 H, I, J 등의 국가기관이 입주하는 등 의료법에 명시된 임대업 외의 사업에 임대한 사실이 확인되므로 청구법인이 쟁점이 되는 수익용 기본재산을 ‘부속병원에서 직접 수익용 재산을 매입’한 경우와 경제적 실질이 동일하게 운영하였다고도 볼 수 없다.
2. 한편, 청구법인이 주장한 바와 같이 사업을 운영하면서 발생하는 다양한 지출로 인해 고유목적사업준비금에 대응되는 자산을 일률적으로 명확하게 추적하기가 현실적으로 불가능하나, 그럼에도 청구법인은 타 수익사업회계의 부채를 감가상각비로 인한 유보 현금만으로 상환하였다는 상황을 가정하며 경제적 실질이 동일하다고 주장하는데, 고유목적사업준비금에 대응되는 자산을 명확하게 추적하기가 불가능하다는 주장을 하면서 고유목적사업준비금 설정액과 무관한 자산만으로 타 사업회계의 부채를 상환하였다고 가정하는 것은 앞뒤가 맞지 않는다. 2) 사례②와 관련하여, 청구법인은 사립학교법에서 수익사업에 대한 출자방법에 대하여는 달리 규정하지 않았다며 일반업무회계에서 새로운 수익사업을 개시할 때 쟁점대여금을 출자하는 상황을 가정하였으나, 이는 일반업무회계의 쟁점 대여금 자체를 새로운 수익사업의 출자금으로 전환하여 부속병원으로부터 차입금을 상환받을 주체를 일반업무회계가 아닌 새로운 수익사업회계로 변경한 것으로 이해되며. 일반적으로 사용되지 않는 회계처리는 자칫 조세회피 의도가 있다고 보일 수 있으므로, 사례②에서 법인세가 과세되지 않기 위해서는, 사례①의 사례와 마찬가지로 부속병원에서 감가상각비로 인한 유보 현금(고유목적사업준비금 설정액과 무관한 자금)만으로 타 수익사업회계의 부채를 상환하였다는 사실을 입증하여야 할 뿐만 아니라, 법인세법에 따른 상계처리 순서의 적용을 피하려는 조세회피 의도가 없었다는 사실도 소명하여야 할 것이다.
3. 사례③와 관련하여, 청구법인이 제시한 사례는 일반업무회계에서 쟁점대여금을 부속병원회계에 이전하지 않고 계속 보유하였다가 직접 수익용 기본재산을 취득하는 상황을 가정한 것으로 이해되는바, 그렇다면 애당초 1995년 사업연도 당시 일반업무회계의 자금이 부속병원회계로 이전되지 않았을 것이므로 현재 시점에는 부속병원이 존재할 수 없다는 결론에 도달하므로 부속병원이 존재할 수 없는 상황을 가정한 사례③이 본 사안과 경제적 실질이 동일하다고 볼 수는 없다. 4) 본 사안의 핵심 쟁점은 법인세법 시행규칙제76조 제4항이 적용되는지 여부, 즉 ‘ 수익사업에 속하는 자산을 기타의 사업에 지출한 경우 ’ 에 해당하는지 여부이므로 ‘ 구분경리되는 회계 간의 대여금 회수를 명목으로 발생한 자금의 이전과 이를 바탕으로 한 수익용 빌딩 취득에의 지출 ’ 은 본 사안에 있어 세법 해석의 적용 대상이 되는 기초적인 사실관계이자 법인세 추징의 발단이 된 아주 핵심적사실관계이다. 5) 따라서 실질과세원칙은 과세관청이 과세표준을 조사·결정할 때 적용되는 국세 부과의 원칙으로서, 청구법인이 실질과세원칙을 적용하여 경제적 실질을 이유로 사실관계를 달리 해석하는 것은 용납되지 않는다
③ 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는 수입(이하 "수익사업"이라 한다)에서 생기는 소득으로 한다.
1. 제조업, 건설업, 도매업·소매업, 소비자용품수리업, 부동산·임대 및 사업 서비스업 등의 사업으로서 대통령령으로 정하는 것 2.소득세법제16조제1항에 따른 이자소득
5. 고정자산(고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산으로서 대통령령으로 정하는 것은 제외한다)의 처분으로 인하여 생기는 수입 1-1) 법인세법 시행령 제3조 【수익사업의 범위】
② 법 제3조제3항제5호에서 "대통령령으로 정하는 것"이란 해당 고정자산의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업(제1항에 따른 수익사업은 제외한다)에 직접 사용한 것을 말한다. 이 경우 해당 고정자산의 유지·관리 등을 위한 관람료·입장료수입 등 부수수익이 있는 경우에도 이를 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산으로 본다. 2) 법인세법 제29조 【비영리내국법인의 고유목적사업준비금의 손금산입】
① 비영리내국법인(법인으로 보는 단체의 경우에는 대통령령으로 정하는 단체만 해당한다)이 각 사업연도에 그 법인의 고유목적사업이나 지정기부금 (이하 이 조에서 "고유목적사업등"이라 한다)에 지출하기 위하여 고유목적사업 준비금을 손금으로 계상한 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액의 범위에서 그 사업연도의 소득금액을 계산할 때 이를 손금에 산입한다. 1.소득세법제16조제1항 각 호(같은 항 제11호에 따른 비영업대금의 이익은 제외한다)에 따른 이자소득의 금액
3. 특별법에 따라 설립된 비영리내국법인이 해당 법률에 따른 복지사업으로서 그 회원이나 조합원에게 대출한 융자금에서 발생한 이자금액
4. 제1호부터 제3호까지에 규정된 것 외의 수익사업에서 발생한 소득에 100분의 50(공익법인의 설립·운영에 관한 법률에 따라 설립된 법인으로서 고유목적사업등에 대한 지출액 중 100분의 50 이상의 금액을 장학금으로 지 출하는 법인의 경우에는 100분의 80)을 곱하여 산출한 금액
⑤ 제1항에 따라 손금에 산입한 고유목적사업준비금의 잔액이 있는 비영리 내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하게 된 경우 그 잔액은 해당 사 유가 발생한 날이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 익금에 산입한다.
4. 고유목적사업준비금을 손금에 산입한 사업연도의 종료일 이후 5년이 되는 날까지 고유목적사업등에 사용하지 아니한 경우(5년 내에 사용하지 아니한 잔액으로 한정한다)
⑦ 제5항제4호 및 제6항에 따라 고유목적사업준비금의 잔액을 익금에 산 입하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 이자상당액을 해당 사업연도의 법인세에 더하여 납부하여야 한다. 2-1) 법인세법 시행령 제56조 【고유목적사업준비금의 손금산입】
⑤ 법 제29조제1항에서 "고유목적사업"이라 함은 당해 비영리내국법인의 법령 또는 정관에 규정된 설립목적을 직접 수행하는 사업으로서 제2조제1항의 규정에 해당하는 수익사업외의 사업을 말한다.
⑥ 법 제29조제1항부터 제4항까지의 규정을 적용할 때 다음 각 호의 금액은 고유목적사업에 지출 또는 사용한 금액으로 본다.
1. 비영리내국법인이 당해 고유목적사업의 수행에 직접 소요되는 고정자산 취득비용 및 인건비 등 필요경비로 사용하는 금액 3) 법인세법 제113조 【구분경리】
① 비영리법인이 수익사업을 하는 경우에는 자산·부채 및 손익을 그 수익사업에 속하는 것과 수익사업이 아닌 그 밖의 사업에 속하는 것을 각각 다른 회계로 구분하여 기록하여야 한다. 3-1) 법인세법 시행규칙 제76조 【비영리법인의 구분경리】
③ 비영리법인이 기타의 사업에 속하는 자산을 수익사업에 지출 또는 전입한 경우 그 자산가액은 자본의 원입으로 경리한다. 이 경우 자산가액은 시가에 의한다.
④ 비영리법인이 수익사업에 속하는 자산을 기타의 사업에 지출한 경우 그 자산가액 중 수익사업의 소득금액(잉여금을 포함한다)을 초과하는 금액은 자본원입액의 반환으로 한다. 이 경우조세특례제한법제74조제1항제1호의 규정을 적용받는 법인이 수익사업회계에 속하는 자산을 비영리사업회계에 전 입한 경우에는 이를 비영리사업에 지출한 것으로 한다. 4) 법인세법 기본통칙 113-156…3 【비영리법인의 잉여금의 범위】
① 규칙 제76조 제4항에서 ¨잉여금¨이라 함은 이미 법인세가 과세된 소득 (법 및 조세특례제한법에 의하여 비과세되거나 익금불산입된 금액을 포함한다) 으로서 수익사업부문에 유보되어 있는 금액을 말한다.
② 규칙 제76조 제4항을 적용함에 있어 비영리법인이 수익사업에 속하는 자산을 비영리사업에 지출한 때에는 당해 자산가액을 다음 각 호에 규정하는 금액과 순차적으로 상계처리 하여야 한다.
1. 고유목적사업준비금 중 법 제29조에 따라 손금산입된 금액(같은 조 제3항 후단의 금액을 포함한다)
2. 고유목적사업준비금 중 손금부인된 금액
3. 법인세과세후의 수익사업소득금액(잉여금을 포함한다)
5) 조세특례제한법 제74조 【고유목적사업준비금의 손금산입특례】 (2016. 12. 20. 법률 제14390호로 개정되기 전의 것)
① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 법인에 대해서는 2016년 12월 31일 이전에 끝나는 사업연도까지법인세법제29조를 적용하는 경우 같은 조 제1항 제4호에도 불구하고 해당 법인의 수익사업(이 항 제4호 및 제5호의 경우에는 해당 사업과 해당 사업 시설에서 그 시설을 이용하는 자를 대상으로 하는 수익 사업만 해당한다)에서 발생한 소득을 고유목적사업준비금으로 손금에 산입할 수 있다.
1. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 법인
① 학교법인은 그가 설치한 사립학교의 교육에 지장이 없는 범위에서 그 수익을 사립학교의 경영에 충당하기 위하여 수익을 목적으로 하는 사업(이하 "수익사업"이라 한다)을 할 수 있다.
④ 수익사업에 관한 회계는 해당 학교법인이 설치ㆍ경영하는 사립학교의 경영에 관한 회계와 구분하여 별도 회계로 경리하여야 한다. 7) 사립학교법 제28조 【재산의 관리 및 보호】
① 학교법인이 그 기본재산에 대하여 매도ㆍ증여ㆍ교환ㆍ용도변경하거나 담보로 제공하려는 경우 또는 의무를 부담하거나 권리를 포기하려는 경우에는 관할청의 허가를 받아야 한다. 다만, 대통령령으로 정하는 경미한 사항은 관 할청에 신고하여야 한다. 8) 사립학교법 제29조 【회계의 구분 등】
① 학교법인의 회계는 그가 설치ㆍ경영하는 학교에 속하는 회계와 법인의 업무에 속하는 회계로 구분한다.
② 제1항에 따른 학교에 속하는 회계는 교비회계(校費會計)와 부속병원회계(부속병원이 있는 경우로 한정한다)로 구분할 수 있고, 교비회계는 등록금회계와 비등록금회계로 구분하며, 각 회계의 세입ㆍ세출에 관한 사항은 대통령령으로 정하되 학교가 받은 기부금 및 수업료와 그 밖의 납부금은 교비회계의 수입으로 하여 별도 계좌로 관리하여야 한다.
③ 제1항에 따른 법인의 업무에 속하는 회계는 일반업무회계와 제6조에 따른 수익사업회계로 구분할 수 있다.
⑥ 제2항에 따른 교비회계에 속하는 수입이나 재산은 다른 회계로 전출(轉出)ㆍ대여하거나 목적 외로 부정하게 사용할 수 없다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.
1. 차입금의 원리금을 상환하는 경우
1. 기간별 사실관계 1994.4.29. 1994년~2003년 2017년~2020년 ▾ ▾ ▾ ▾ 쟁점부속병원 개원 (부속병원회계) 1,336억 자금지원 (일반업무회계 →부속병원회계) 293억원 자금이전 (부속병원회계 →일반업무회계) 293억원 재원으로 수익용부동산 취득 (일반업무회계)·건물,토지,의료기기구입으로 외부차입금 900억·자금지원 목적으로 장기대여금, 장기차입금 회계처리·대여금회수, 차입금상환으로 회계처리·임대용 C빌딩․D빌딩 취득시 부채상환 등 사용
2. 다툼이 없는 사실관계 쟁점대여금 상환액과 관련하여 ① 쟁점대여금 상환액을 재원으로 청구법인 일반업무회계에서 수익용 부동산을 구입한 사실 ② 각각 일반업무회계 장기대여금, 부속병원회계는 장기차입금으로 계상후 매년 상환하고 있고, 비수익사업인 일반업무회계에서 수익사업사업인 부속병원회계로의 자금이동시 ‘자본의 원입’으로는 회계처리 하지 않은 사실 ③ 매년 수익사업인 부속병원회계에서 손금에 산입한 고유목적사업준비금 설정액에 대해서는 청구법인과 조사청간에 다툼이 없다. 3) 청구법인은사립학교법에 따른 학교법인으로서 1994.4.29. 쟁점부속병원을 개원하면서 외부 차입형태로 자금을 조달하였으며, 최초 개원당시 쟁점부속병원의 외부차입금은 약 900억원으로 확인되며, 청구법인은 1994년부터 2003년까지 쟁점부속병원의 외부차입금 상환 및 운영자금 지원 목적으로 청구법인의 일반업무회계 보유 쟁점대여금 약 1,336억원을 부속병원회계로 이전하였고 회계처리 내역은 <표16>과 같다. <표16> 청구법인 회계별 회계처리 내역 부속병원회계 일반업무회계 (차)현금등 xxx / (대)장기차입금 xxx (차)장기대여금 xxx / (대)현금등 xxx 4) 청구 법인이 제출한 쟁점부속병원의 장기대여금 내역은 다음과 같으며 1994년부터 2003년 가지 1,336억원을 대여하고 2011년 까지 811억원을 회수하여 2011년도 말 현재 525억원을 장기대여금으로 계산하고 있다. (표 삽입을 위한 여백) 5) 청구법인은 20 17년부터 2020년까지 쟁점 부속병원 회계 의 자금 293억원을 일반업무 회계로 이전<표16>하여 수익용 부동산을 취득하는데 사용하였으며, 자금이전에 대한 회계처리<표16>는 대여시 당초 회계처리의 역분개 하였다. <표16> 부속병원회계에서 일반업무회계로 이전한 자금 내역 (백만원) 전입연도 금액 사용연도 사용 내역 2017 7,391 2020 D빌딩 취득 2018 3,638 2018 C빌딩 취득 제척기간 만료 2019 3,638 2019 C빌딩 취득 6,000 2020 D빌딩 취득 2020 2,916 2019 C빌딩 취득 5,750 2020 D빌딩 취득 합계 29,334 * C빌딩: 일반회계로 전입과 동시에 건물 취득시 발생한 부채 상환금액으로 즉시 사용, D빌딩: 일반회계로 전입 후 기금 설정을 통해 사용 유보 후 2020년 일시에 사용 <표17> 부속병원회계에서 일반업무회계로 이전한 자금 내역 부속병원회계 일반업무회계 (차)장기차입금 xxx / (대)현금 xxx (차)현금 xxx / (대)장기대여금 xxx 6) 청구법인의 장기대여금 회수 및 전표상 입금내역은 <표18>과 같이 확인된다. <표18> 청구법인 부속병원회계에서 일반업무회계 입금내역 (백만원) 구분 합계 학교법인 교비회계 일반회계 대여금 회수 합계 43,296 20,429 18,304 4,563 2021.02 21,735 10,805 8,666 2,264 2020.02 21,561 9,624 9,638 2,299 <전표상 장기대여금 회수 상세 내역> (백만원) 전표번호 계정과목 차변금액 적요 20190305-1903050100 예금 304 장기대여금 회수 (병원) 20190405-1904050092 예금 304 20190507-1905030044 예금 304 20190605-1906050075 예금 304 20190705-1907040029 예금 304 20190805-1908020010 예금 304 20190905-1909030062 예금 304 20191007-1910020011 예금 304 20191105-1911040091 예금 304 20191205-1912040031 예금 304 20200106-2001060129 예금 304 20200206-2002030072 예금 294 20200220-2002140101 예금 6,000 9,638 20200305-2003030029 예금 300 장기대여금 회수 (병원) 20200406-2004020109 예금 308 20200506-2005040059 예금 304 20200605-2006010169 예금 464 20200706-2007020014 예금 245 20200724-2007130025 예금 5,500 20200805-2008030035 예금 245 20200907-2009020038 예금 405 20201005-2010050101 예금 245 20201105-2011020171 예금 245 20201207-2012020045 예금 405 8,666 7) 청구법인 은 수익사업인 부속병원회계(쟁점부속병원 등)에서 발생한 수익에 고유목적사업준비금을 설정<표19>하였고,조세특례제한법제74조에 의한 학교법인은 고유목적사업준비금 설정율은 100%이다. <표19> 부속병원회계의 고유목적사업준비금 설정내역 (백만원) 사업연도 수입금액 당기순이익 고유목적사업 준비금설정 준비금설정 후 이익(손실) 법인세 부담세액 2017.02. 251,660 29,642 39,433 △9,801
• 2018.02. 266,052 29,360 32,617 △3,257
• 2019.02. 292,389 34,469 35,276 △807
• 2020.02. 319,327 37,586 40,092 △2,506
• 2021.02. 317,326 23,331 27,643 △4,312
• 8) 청구법인의 2020.2월 및 2021.2월 사업연도 고유목적사업준비금 조정명세서(갑),(을)은 <표20>과 같으며, 2015～2021년 고유목적사업준비금 설정내역과 이후 2017～2023년 고유목적사업준비금 사용 및 잔액내역은 <표21>과 같으며, 조사청은 고유목적준비금 조정명세서(을)표상 쟁점부속병원이 일반업무회계에 전출한 금액(2020.2월 96억, 2021.2월 108억)은 정상 지출분으로 확인하였다. (표 삽입을 위한 여백) <표20> 2020년～2021년 고유목적사업준비금조정명세서(갑),(을) 사 업 연 도 2019.03.01 고유목적사업준비금 조정명세서(갑) 법인명 （학）A대학 ~ 사업자등록번호 2020.02.29
① 소득금액
② 당기 계상 고유목적사업 준비금
③ 법인세법 제24조제3항에 따른 기부금
④ 해당 사업연도 소득금액 (①+②+③)
⑤ 법인세법 제29조제1항 제1호의 각목에 따른 금액
⑥ -1법인세법 제13조제1항제1호에 따른 결손금 중 공제대상액(=㉔)
⑥ -2법인세법 제29조제1항 제2호에 따른 수익사업에서 발생한 결손금 -470,733,174 54,187,856,704 0 53,717,123,530 0 0 0
⑦ 법인세법 제24조제3항에 따른 기부금
⑧ 조세특례제한법 제121조의23 및 제121조의 25에 따른 금액
⑨ 수익사업 소득금액 (④-⑤-(⑥-1)-⑦-⑧)
⑩ 손금산입률
⑪ 손금산입한도액 (⑤+⑧+⑨×⑩) 또는 (⑤+⑧-(⑥-2))
⑫ 손금부인액 [(②－⑪)>0] 0 0 53,717,123,530 100 % 53,717,123,530 470,733,174
⑬ 사업 연도
⑭ 손금 산입액
⑮ 직전 사업연도 까지 고유목적사업 지출액
⑯ 해당 사업연도 고유목적사업 지출액
⑰ 익금 산입액
⑱ 잔 액 (⑭－⑮－⑯)
⑲ 5년 이내분
⑳ 5년 경과분 2019/02 48,776,948,161 0 5,778,826,300 0 42,998,121,861 0 2018/02 51,616,485,750 18,913,035,445 32,703,450,305 0 0 0 2017/02 53,244,996,080 53,244,996,080 0 0 0 0 2016/02 33,939,403,312 33,939,403,312 0 0 0 0 2015/02 25,465,228,525 25,465,228,525 0 0 0 0 2014/02 7,002,780,217 7,002,780,217 0 0 0 0 2013/02 3,849,881,267 3,849,881,267 0 0 0 0 (당 기) 53,717,123,530 0 0 0 53,717,123,530 0 계 277,612,846,842 142,415,324,846 38,482,276,605 0 96,715,245,391 0 사업 연도 2019.03.01 고유목적사업준비금 조정명세서(을) 법인명 （학）A대학 ~ 사업자등록번호 2020.02.29 지출내역
④ 금액
⑤ 비고
① 구분
② 적요
③ 지출처 상호(성명) 사업자등록번호 (주민등록번호) Ⅱ. 고유목적 사업비 고유목적사업전출(법인일반회계전출) （학）A대학 9,624,630,000 의료원 고유목적사업전출(교비회계전출) （학）A대학교 2,298,656,000 의료원 의료기기 취득 7,201,676,591 의료원 병원 건물 취득 9,702,029,484 의료원 고유목적사업전출(법인일반회계전출) （학）A대학 1,256,500,000 사업소 Ⅱ. 고유목적 사업비 고유목적사업전출(법인일반회계전출) （학）A대학 171,802,000 K사업소 의료기기 취득 119,624,000 치대부속병원 고유목적사업전출(법인일반회계전출) （학）A대학 1,418,748,000 치대부속병원 의료기기 취득 14,530,000 치대부속병원 Ⅲ. 고유목적사업관련 운영경비 장학금 외 7,144,813,704 법인일반회계 및 교비 회계 장학금 외 -470,733,174 법인일반회계 및 교비 회계 (고유목적사업 준비금 한도초과액) 사 업 연 도 2020.03.01 고유목적사업준비금 조정명세서(갑) 법인명 （학）A대학 ~ 사업자등록번호 2021.02.28
① 소득금액
② 당기 계상 고유목적사업 준비금
③ 법인세법 제24조제3항에 따른 기부금
④ 해당 사업연도 소득금액 (①+②+③)
⑤ 법인세법 제29조제1항 제1호의 각목에 따른 금액
⑥ -1법인세법 제13조제1항제1호에 따른 결손금 중 공제대상액(=㉔)
⑥ -2법인세법 제29조제1항 제2호에 따른 수익사업에서 발생한 결손금 -367,261,428 39,637,528,213 0 39,270,266,785 0 0 0
⑦ 법인세법 제24조제3항에 따른 기부금
⑧ 조세특례제한법 제121조의23 및 제121조의 25에 따른 금액
⑨ 수익사업 소득금액 (④-⑤-(⑥-1)-⑦-⑧)
⑩ 손금산입률
⑪ 손금산입한도액 (⑤+⑧+⑨×⑩) 또는 (⑤+⑧-(⑥-2))
⑫ 손금부인액 [(②－⑪)>0] 0 0 39,270,266,785 100 % 39,270,266,785 367,261,428
⑬ 사업 연도
⑭ 손금 산입액
⑮ 직전 사업연도 까지 고유목적사업 지출액
⑯ 해당 사업연도 고유목적사업 지출액
⑰ 익금 산입액
⑱ 잔 액 (⑭－⑮－⑯)
⑲ 5년 이내분
⑳ 5년 경과분 2020/02 53,717,123,530 0 338,845,924 0 53,378,277,606 0 2019/02 48,776,948,161 5,778,826,300 42,998,121,861 0 0 0 2018/02 51,616,485,750 51,616,485,750 0 0 0 0 2017/02 53,244,996,080 53,244,996,080 0 0 0 0 2016/02 33,939,403,312 33,939,403,312 0 0 0 0 2015/02 25,465,228,525 25,465,228,525 0 0 0 0 2014/02 7,002,780,217 7,002,780,217 0 0 0 0 2013/02 3,849,881,267 3,849,881,267 0 0 0 0 (당 기) 39,270,266,785 0 0 0 39,270,266,785 0 계 316,883,113,627 180,897,601,451 43,336,967,785 0 92,648,544,391 0 사업 연도 2020.03.01 고유목적사업준비금 조정명세서(을) 법인명 （학）A대학 ~ 사업자등록번호 2021.02.28 지출내역
④ 금액
⑤ 비고
① 구분
② 적요
③ 지출처 상호(성명) 사업자등록번호 (주민등록번호) Ⅱ. 고유목적 사업비 고유목적사업전출(법인일반회계전출) （학）A대학 10,805,585,000 의료원 고유목적사업전출(교비회계전출) （학）A대학교 2,264,430,000 의료원 의료기기 취득 4,016,614,000 의료원 병원 건물 취득 18,181,921,000 의료원 고유목적사업전출(법인일반회계전출) （학）A대학 1,006,402,000 A대학 Ⅱ. 고유목적 사업비 고유목적사업전출(법인일반회계전출) （학）A대학 336,641,000 A대학 C빌딩 의료기기 취득 81,936,000 치대부속병원 고유목적사업전출(법인일반회계전출) （학）A대학 1,330,257,000 치대부속병원 고유목적사업전출(교비회계전출) （학）A대학교 373,981,000 치대부속병원 의료기기 취득 13,050,000 치대부속병원 고유목적사업전출(교비회계전출) （학）A대학교 111,496,000 치대부속병원 Ⅲ. 고유목적사업관련 운영경비 장학금 외 5,181,916,213 법인일반회계 및 교비 회계 장학금 외 -367,261,428 법인일반회계 및 교비 회계 (고유목적사업 준비금 한도초과액) <표21> ’ 15년～’23년 고유목적사업준비금 설정액, ’17년～’23년 사용 및 잔액 내역 (억원) 귀속 손금산입 ’16.02.前 ’17.02. ’18.02. ’19.02. ’20.02. ’21.02. ’22.02. ’23.02. 합 계 사용 잔액 사용 잔액 사용 잔액 사용 잔액 사용 잔액 사용 잔액 사용 잔액 사용 잔액 ’15. 02 255 157 98 95 3 3 255 ’16. 02 339 131 208 89 119 95 24 24 339 ’17. 02 532 131 402 107 295 295 532 ’18. 02 516 156 360 329 327 327 516 ’19. 02 488 488 578 430 430 488 ’20. 02 537 537 3 534 534 537 ’21. 02 393 392 116 28 28
• 393 합계 288 306 315 523 360 679 352 815 385 967 433 936 649 277 277
• 9) 청구법인은 장기대여금 회수액은 감가상각비 등 유보현금으로 상환한 것이라고 주장하는바 청구법인이 제출한 감가상각비 계상내역 <표22>와 같다. <표22> 쟁점부속병원 감가상각비 계상내역 (백만원) 사업연도 감가상각비 고유목적사업준비금 환입 고유목적취득자산 제외 감가상각비 고유목적취득자산 제외 감가상각비 누적액 대여금 회수액 2013.02. 123 123 123 2014.02. 128 128 251 2015.02. 108 108 359 2016.02. 76 76 434 2017.02. 71 71 505 2018.02. 92 18 74 580 75 2019.02. 118 48 70 650 36 2020.02. 120 53 67 717 96 2021.02. 120 57 63 780 87 합계 956 176 780 294 10) 청구법인은 2019년 산하 F병원의 운영자금 지원 목적으로 일반업무 회계의 보유자금 5억원을 부속병원회계로 이전하였으며, 자금이전에 대 한 회계처리는 이 사건 쟁점대여금과는 다르게 ‘기타자본금’으로 회계처리하고 상환계획에는 고육목적사업준비금 지출로 설정된 사실이 조사청 제시자료인 운영자금 요청 공문 및 상환계획, 2020.월 기본금변동계산서에 의해 같이 확인된다.
1) 관련 법리
이 건 과세전적부심사청구는 청구주장이 이유 없으므로 ｢국세기본법 ｣ 제81조의15제5항제1호의 규정에 따라 주문과 같이 결정한
9. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 업무를 하려는 자에게 의료법인이 개설하는 의료기관의 건물을 임대하는 사업
결정 내용은 붙임과 같습니다.