쟁점건물의 환산취득가액을 부인하고 장부가액을 실지취득가액으로 하여 양도소득세를 경정할 수 있는지

이 건 과세전적부심사청구는 채택결정합니다.

• 가. 청구인은 대구광역시 달서구 토지 547.80㎡를 매매로 취득하였고 2000.8.10. 위 필지에 지하 1층∼지상 5층 건물 2,183,54㎡(이하 지하 1층∼지상 5층 건물을 “쟁점건물” 이라 한다)를 신축하였으며 2003.1.14. 지상 6층 165.65㎡를 증축하였다(이하 토지, 쟁점건물, 6층을 합하여 “쟁점부동산” 이라 한다).
• 나. 청구인은 1999.6.1.부터 2021.11.30.까지(1999.6.1.∼2003.11.1. 상호 A, 2003.11.2.∼2021.11.30. 상호 B) 쟁점부동산을 사업소재지로 하여 부동산 임대업을 영위하였으며 이와 관련하여 신고유형을 외부조정으로 기장의무를 복식부기로 하여 종합소득세 신고하였고, 2021.11.30. 주식회사 C에게 쟁점부동산을 0,000,000,000원에 매매로 양도하였다.
• 다. 청구인은 2022.1.20. 쟁점부동산에 대해 양도가액 0,000,000,000원으로 취득가액은 환산가액 0,000,000,000원으로 양도세 1,511,006,605원을 예정신고·납부하였으며, 2022.9.2. 당초 예정신고 시 환산한 취득가액을 착오로 과소 계상하였으므로 과다 납부한 양도소득세 48,934,402원을 환급해 달라는 내용의 경정청구를 하였고, D세무서장(이하 “통지관서” 라 한다)은 2022.10.21. 위 청구가 이유있다 판단하여 환급 결정하였다.
• 라. 감사관(이하 “감사관” 이라 한다)은 2024.4.11.부터 2024.4.30.까지 통지관서에 대한 교차 종합감사를 실시하여, 청구인은 쟁점부동산에 부동산 임대업을 영위하면서 2001년부터 양도 시까지 종합소득세를 복식부기 장부에 따라 확정신고하였고 재무상태표상 쟁점건물의 취득가액을 1,157,468,181 원으로 기장하였으며 감가상각누계액 273,430,336원을 필요경비로 하여 2021년 과세연도 쟁점건물의 장부가액은 884,037,845원으로 확인되므로 소득세법제97조제1항에 따라 재무제표상 쟁점건물 장부가액 884,037,845원을 실지취득가액으로 보아 양도소득세를 경정하도록 통지관서에 처분요구하였다.
• 마. 이에 통지관서는 위 처분요구를 근거로 2024.9.11. 청구인에게 2021년 과 세연도 양도소득세 593,669,876원을 부과한다는 내용의 과세예고통지하였다.
• 바. 청구인은 이에 대하여 2024.10.8. 이 건 과세전적부심사청구를 제기하였다.

• 가. 쟁점건물의 취득가액은 환산취득가액으로 산정함이 적법·타당하며, 재무재표에 계상되어 있는 장부가액을 실지 취득가액으로 하여 양도소득세 과세하는 것은 명백히 부당하다.

1. 건물 신축부터 양도할 때까지의 과정은 아래와 같다.

• 가) 양도한 토지는 고철업자 등에게 임대하다가 건물을 신축하고자 1998년부터 건축사 사무실과 접촉하여 설계도면이나 건물디자인 등을 상의하였고, 1999년 6월에 건축허가를 받아 1999년 7월에 착공하여 2000년 8월에 사용승인을 받았다.
• 나) 공사 과정에 불량 레미콘을 타설한 사실이 지적되어 이미 타설한 콘크리트를 모두 철거하고 정상 레미콘을 다시 투입하는 등 공사비가 이중으로 지출되는 불상사도 겪었다.
• 다) 2003년도에 6층을 증축하였고, 건물 외벽에 1층부터 6층까지 피난계단을 설치하였으며 그 비용도 상당하였다.
• 라) 신축 당시에 주차 공간이 협소하여 쟁점부동산의 임차사업자들이 사업 상 어려움을 호소하였고, 이에 청구인은 주차타워를 시공하였으나 그 과정에서 중소형 승용차 30대 주차가능 크기에서 대형 승용차와 SUV도 주차가능하도록 재시공하는 등 공사비 지출이 상당하였다. 건축물대장에는 옥외주차장 자주식 으로 되어있으나 실제는 기계식 주차타워가 맞고 이는 사진으로 확인할 수 있다. 자주식 주차: 운전자가 자동차를 직접 운전하여 주차장으로 들어가는 주차장

2. 양도한 토지와 건물의 취득가액에 대해 설명하겠다.

• 가) 토지는 40여년 전에 구입하였고 건물의 경우 24년 전에 신축하여 공사별로 자재비와 노무비, 경비가 기재된 견적서, 공사내역서, 계약서 등이나 장부도 찾을 수 없다.
• 나) 공사를 시작했던 1990년대 말에는 업종과 관계없이 관행적으로 현금이나 수표, 어음 등으로 결제를 했고 계좌이체는 오히려 드물었다. 골조공사를 맡은 ㈜E(이하 “E” 이라 한다)에서도 현금이나 수표 등으로 지급하였고 지급한 대가 중 일부만 세금계산서를 받았으나, 세금계산서 실물은 없고 부가가치세 신고할 때 제출한 세금계산서합계표만 있다. 골조공사 외 설비공사인 전기, 통신, 급배수, 냉난방 및 소방공사, 마감공사, 타일, 방수, 미장, 단열, 창호공사 등은 청구인이 직영으로 업체를 선정하여 시공하였고 그 업체들도 현금 결제를 요구하여 현금 등으로 지급하였으며 세금계산서는 받지 못했다.
• 다) 실제 신축비용을 입증하려고 노력하고 있으나, E은 2003년도에 이미 폐업한 것으로 알고있으며 다른 직영 공사업체들과 마찬가지로 연락이 닿지 않아 공사 서류를 받을 수 없으며 관할 구청에 신축과 증축 당시의 건축허가서나 설계도면이 있는지 확인하였으나 너무 오래되어 보관하고 있지 아니하여 받아 볼 수 없어 실제 공사비를 입증하는데 많은 어려움을 겪고 있다.
• 라) 비록 장부나 계약서 등 직접적인 공사관련 서류는 없으나 금융증빙으로 당시에 지출한 공사비가 어느 정도인지 간접적으로 가늠할 수 있다. (1) 신축과 관련하여 1998년부터 2000년까지 지출한 공사비는 2,829,126,000 원이다. 그 중 E 1,083,000,000원, 엘리베이터를 설치한 F과 G 54,000,000원, 설계한 H건축사사무소 6,818,000원 등 세금계산서를 받은 공사비는 1,143,818,000원에 불과하다.

(2) 나머지 직영 공사업체들에 지출한 1,685,308,000원은 세금계산서를 받지 아니하여 장부가액에 모두 기재할 수는 없었으나, 금융증빙으로 확인된다. 따라서 공사비 총 지출액은 2,829,126,000원이다.

• 마) 한편, 청구인이 종합소득세 신고 시 작성한 재무제표에 기재된 장부가액은 실지취득금액이 아닌 공시지가 또는 일부 공사비만을 반영한 금액이다.

(1) 2001년 귀속 종합소득세 신고 시 처음 제출한 재무제표와 2020년 귀속 종합소득세 재무제표에 기재된 토지 장부가액 564,234,000원은 토지 면적 547.8㎡에 2001년도의 ㎡당 개별공시지가 1,030,000원을 곱한 금액과 정확히 일치한다. 이는 청구인이 토지를 취득한 1981년 계약서 등의 증빙서류를 갖고있지 아니하여 실지 취득가액을 알 수 없었기 때문에 처음 기장한 세무대리인이 종합소득세 신고 목적으로 2001년도 토지 장부가액을 개별공시지가로 임의로 신고하였고, 2020년 귀속 장부가액도 2001년도와 동일한 564,234,000원인 것이다.

(2) 재무제표의 건물 장부가액은 1,157,468,181원이다. 이는 신축 공사 당시 장부 등 증빙서류가 없어 실지 취득가액을 알 수 없었기 때문에 2000년 완공 후 신축건물에 부과한 취득세 시가표준액 1,195,430,902원, 취·등록세 55,996,380원 합계 1,251,427,282원과 E에 지급한 공사비 중 세금계산서 수취한 금액 1,083,000,000원 등을 참고하여 세무대리인이 임의로 1,157,468,181 원으로 신고하였고 2020년 장부가액도 동일한 금액으로 기재되어 있다.

(3) 현재는 24년 전인 2001년도에 장부가액을 어떻게 기장하였는지 확인할 수 있는 회계전표나 계정별원장 등의 서류도 보관하고 있지 않다.

• 바) 한편, 신축건물의 장부가액을 다음의 여러 가액(한국감정원 신축가액, 지방세 과세내역 등)과 비교해보면 장부가액이 실지 취득가액으로 볼 수 없다는 것이 분명히 드러난다.

(1) 공신력 있는 감정기관인 한국감정원에서 매년 발간하는 건물신축단가표에 따라 보다 객관적이고 합리적으로 산정한 건축 단가에 대비하여 다른 평가방법에 따라 산정한 건물 단가가 65〜81%에 불과한 것만 보아도 재무제표에 올라 있는 건물 장부가액 1,157,468,181원을 그대로 신축비용으로 인정하기는 부당하고 적절하지 아니하다.

(2) 더구나, 한국감정원에서 2000년 9월에 발간한 건물신축단가표를 근거로 신축비용을 산정하더라고 1,423,668,080원에 달하고 건물 장부가액은 그 가액의 81%에 불과하며, 세금계산서를 받은 공사비 1,143,818,000원과 세금계산서는 받지 아니하였으나 금융증빙으로 확인되는 금액 1,685,308,000원을 합하면 공사비 추정금액은 2,829,126,000원에 이른다. 취득세 시가표준액보다 장부가액이 낮으며 골조 공사금액, 국세청 건물 기준시가가 큰 차이가 없고 이는 건물 장부가액과도 큰 차이가 없다.

(3) 2006년부터 부동산 실거래 신고제가 도입되어 계약서를 작성하거나 취득세를 낼 때 모든 기준이 실제 거래가액으로 변경되었지만 그 전까지는 통상적으로 실제 가액이 아닌 지방세를 산정하기 위한 기준인 시가표준액에 맞추어 신고하였고, 이 금액은 실제 거래가액보다 훨씬 낮았다.

(4) 2006년도 이전에는 취득세 절감 목적으로 실제 매매계약서 외에 금액을 더 낮게 적은 신고용 계약서를 별도로 만드는 것이 통상적인 관행이었다. 비록 취득 당시의 취득세 신고서는 없지만, 신고용으로 만들어진 매매계약서가 시가표준액이 산정되었을 것으로 추정되고 결국 계약서 상의 매매금액은 실제 거래가액과는 무관하다고 보아야 한다.

• 나. 건물 신축비용이 불분명하므로 환산취득가액을 적용하여야 한다.

1. 소득세법에 따르면 양도차익을 계산할 때 취득가액은 취득 당시 실지거래가액을 원칙으로 하나, 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에 한정하여 매매사례가액, 감정가액, 환산가액을 순차적으로 적용하여야 한다. 2) 소득세법 제114조제7항 및 같은 법 시행령 제176의2제1항에 따르면 취득가액을 실지거래가액에 따라 정하는 경우로서 장부나 그 밖의 증명서류에 의하여 해당 자산의 ‘취득 당시 실지거래가액을 인정 또는 확인할 수 없는 경우’에는 ‘매매사례가액, 감정가액, 환산가액 또는 기준시가’ 등에 따라 추계조사하여 결정·경정할 수 있다‘고 규정하고 있다. 추계사유는 취득 당시의 실지거래가액의 확인을 위한 장부·계약서 등 증빙서류가 없거나 미비된 경우 또는 증빙서류의 내용이 매매사례가액, 감정평가업자가 평가한 감정가액 등에 비추어 ’거짓임이 명백‘한 경우로 되어있다.

3. 양도소득세를 계산함에 있어 소득세법에 장부가액을 실지취득가액으로 본다는 규정은 없다. 납세자 스스로 작성한 재무제표에 기재된 장부가액을 실지 취득가액으로 추정할 수는 있다. 쟁점건물에 대한 장부가액 1,157,468,181원은 총공사비 2,829,126,000원 중 일부와 취·등록세만을 반영한 것이 명백하므로 이를 실지 취득가액으로 볼 수 없는 것이다. 쟁점건물 장부가액은 골조공사비로 2001년부터 2020년까지 장부가액이 동일하고, 그 외 설비비, 마감비, 증축 당시 공사비, 건물 외벽 파난계단 설치비, 주차타워(30대) 설치비 등 취득가액에 산입하여야하는 금액을 재무제표에 반영하지 아니한 사실은 명백하다. 따라서 쟁점건물의 실지 취득가액은 불분명하다고 봄이 타당하고 장부가액이라고 바로 실지 취득가액으로 보는 것은 위법·부당하다.

4. 감사관은 개별공시지가로 기장한 토지의 장부가액은 실지 취득가액이 아니므로 환산취득가액을 그대로 인정한 반면, 쟁점건물의 경우 취득세 시가표준액 등과 큰 차이 없이 기장한 건물의 장부가액을 실지 취득가액으로 보아 장부가액으로 과세하도록 처분지시하였다. 이는 기준시가인 개별공시지가로 기장한 토지의 장부가액과 취득세 시가표준액과 비슷한 금액으로 기장한 쟁점건물의 장부가액도 기준시가와 다름없음에도, 토지는 장부가액을 실지거래가액으로 인정하지 않고 쟁점건물만 장부가액을 실지거래가액으로 인정한 것은 명백히 모순된 과세논리이다.

5. 쟁점건물에 대해 일부 세금계산서를 받은 사실이 있고 재무제표에 기장한 장부가액이 있다는 사실로 취득 당시의 실지거래가액을 확인할 수 있는 ‘증빙서류가 없거나 미비한 경우’인데도 불구하고 쟁점건물 장부가액을 실지 취득가액으로 간주하여 양도소득세를 부과하겠다는 과세예고는 너무나도 억울하고 부당한 결정이다. 6) 쟁점건물 장부가액은 884,037,845원(취득가액 1,157,468,181원-감가상각비 273,430,336원), 공사비 지출 추정액은 2,829,126,000원이며, 환산취득가액은 2,505,943,121원이다. 공사비 지출 추정금액에 비하면 장부가액은 터무니없이 낮으나, 세금계산서 등의 적격증빙이 없으므로 환산취득가액으로 취득가액을 산정하여 양도소득세를 계산하는 것이 합리적이다.

• 다. 당초 지하 1층〜지상 5층 신축 공사비만 대략 2,829,126,000원이며, 6층 증축, 기계식 주차타원 추가 설치, 옥외 피난계단에 대한 추가 공사비는 330,600,000원이다. 위 추가 공사비에 대한 금융증빙을 제출한다. 하지만 세금계산서를 수취하지 못하여 장부가액에 기재하지 않았다. 최종적으로 쟁점건물 공사비 3,159,726,000원이므로 취득가액을 장부가액으로 봐야 한다는 감사관 의견은 도저히 받아들일 수 없다.
• 라. 결어 쟁점건물 공사비 관련 금융증빙을 제출하오니 장부가액을 실지취득가액으로 보아 양도소득세 593,669,876원을 추가 과세하겠다는 처분을 취소하여 주시고 청구인이 신고한 환산취득가액을 인정하여 주시길 간곡히 바란다.

• 가. 장부가액을 쟁점건물의 실지거래가액으로 보아 과세예고한 것은 정당하다.

1. 청구인은 E은 골조공사만 하고 이후 공사에 대해서는 건설업에 대한 지식 및 경력이 없는 청구인이 직영으로 업체를 선정하여 전기공사, 냉난방, 창호공사 등을 진행하였다고 주장하고 있다,

2. 쟁점건물 사용승인일은 2000.8.10.이고 2009.9.6. 일부 용도변경한 것을 건축물대장으로 확인할 수 있으며 2000년부터 국세청에서 수집하고 있는 시공자에 대한 건설공사실적 수집자료에서 쟁점건물 계약일은 1999.6월, 공사착공은 1999.12월, 완공은 2000.7월로 전산상 확인되고, 건축물의 완공 후 사용승인일까지 기간은 통상적으로 접수 후 2∼4주(소규모 건축물 2주), 보완 요구시 1∼2주 정도 늦어지는 것으로 확인된다. 청구인은 E은 골조공사만 진행했고 이후 직영으로 설비공사 등 나머지 공사를 모두 시공했다는 주장은 시간적 제한 등 사유로 신빙성이 없고, 공사기간동안의 E이 수취한 세금계산서를 검토한바 금속제품, 전기공사관련 매입, 하도급업체로부터 받은 배관공사 매입 등 공사관련 매입자료가 확인되는 등 종합건설사인 E이 쟁점건물을 완공한 것으로 보인다.

3. 청구인은 한국감정원에서 발간하는 건물신축단가표를 근거로 쟁점건물의 장부가액은 임의 기재한 금액이므로 환산취득가액을 적용하여야 한다고 주장한다. 2000년에 한국감정원에서 발간한 건물신축단가표는 각종 건물에 대한 감정평가액 산정, 화재보험금액 산정 등에 활용되는 거긴하나 참고자료에 불과하여 신축건물에 대한 건축비로 일률적으로 적용되기 어려우며(조심 2013-고-2147, 2013.11.13. 결정 참조), E에서 쟁점건물과 비슷한 시기에 착공하여 완공한 건물에 대한 ㎡당 건물 신축 비용과 비교해보면 청구인의 쟁점건물 공사비용이 적지 않음을 알 수 있다. 따라서 공사내역에 대한 아무런 증빙자료를 제출하지 아니하고 공사비용 추정액이 2,829,126,000원이라는 것은 근거 없는 주장에 불과하다. 쟁점건물 시공자로부터 수취한 세금계산서 금액 1,083,000,000원, 그 외 엘리베이터 설치비 등을 합하여 장부 기장한 금액이 1,157,468,181원으로 국세청 기준시가 929,482,158원보다 높은 금액이므로 장부가액을 실지거래가액으로 보는 것이 타당한 것이며 기준시가의 2.5배에 달하는 환산취득가액을 건물 취득가액으로 보는 것은 사회통념에 부합하지 않다.

4. 청구인은 공사와 직접 관련된 서류는 없으나 금융증빙으로 확인되는 공사비가 총 2,829,126,000원이라는 주장이다. 청구인이 제출한 대구은행 등 3개 계좌의 계약월부터 완공월(1999.6월∼2000.7월)까지 출금된 금액의 단순 합계는 2,149,782,115원이며출된 자료의 ’적요‘란을 검토하였으나 입금된자가 명확하게 기재되어 있지 않아 공사비로 지출된 것인지 확인 불가하며, 공사기간 외 월평균 출금액이 69백만원(1999.1월∼1999.5월, 347,000,735원)으로 공사기간 출금액 중 공사기간 외에 고정적으로 발생되는 출금액을 차감하여 계산하는 것이 타당하므로좌 출금액 중 공사금액으로 11억원 정도로 추정되어 청구인이 주장하는 2,829,126,000원은 신뢰할 수 있는 금액이 아니다. 11억원 = [{2,149,782,115원-(69,000,000원×13月(공사기간)}/1.1(부가세 고려)]

5. 청구인은 장부가액이 실지 취득가액이 아닌 공사비 일부만 반영된 금액에 지나지 않는다는 주장이다. 과세관청에게 20여년 전의 쟁점건물 신축에 들어간 비용과 관련한 자료 등을 직접 수집하여 장부가액이 실지 취득가액과 일치한다는 것을 증명하도록 하는 것은 매우 곤란하고, 납세자가 장부가액을 부인할 경우 실지 취득가액에 대한 입증책임은 납세자에게 있는 것으로 과세관청은 반드시 양도소득의 취득과 관련된 증빙서류에 의하지 않더라도 장부가액을 실지 취득가액이라고 볼 수 있는 상당한 사정을 증명하면 족한 것이다(서울고등법원 2014.5.28., 2013누53389 판결 참조). 청구인 스스로 종합소득세 신고 당시 스스로 성실하게 작성하였음을 전제로 작성·제출한 바 있는 장부를 쉽사리 부인하도록 허용하는 것 또한 국세 신고납부체계를 무너트리는 것이다. 청구인은 복식부기의무자로 상가 임대사업 목적으로 신축한 건물을 취득 당시부터 장부가액으로 계상하여 사업용으로 사용하면서 감가상각비를 계상하여 필요경비로 공제하였고, E은 골조공사만 진행하였다고 하면서 그 외 별도로 공사한 내역에 대해서는 어떠한 증빙도 제시하지 못하고 있다. 증빙서류 보관기간인 5년이 지난 이후로는 실지거래가액을 기준으로 한 양도차익 산정이 불리하다고 판단되는 경우 편법으로 보다 유리한 환산가액을 취사선택할 수 있어 오히려 공평과세를 해할 우려가 있고, 청구인이 종합소득세 신고시 첨부한 재무제표 상 쟁점건물 취득가액과 감가상각비 계상액은 납세의무자로서 세법상 성실하게 작성하였음을 전제로 하므로 명백한 근거 없이 장부가액을 부인할 수는 없는 것이다(조심 2019중2708, 2020.4.8. 결정 참조).

• 나. 쟁점부동산의 토지와 2003.1.14. 6층 건물 증축에 대하여 청구인이 양도소득세 신고시 적용한 환산취득가액에 대해서는 감사관도 다툼이 없다.
• 다. 쟁점건물 신축 후 2001∼2003년 기계식 주차타워 및 옥외 피난계단 설치에 대한 자본적 지출액 330,600,000원에 대한 객관적 증빙자료가 없다.

1. 청구인은 위 자본적 지출액에 대하여 장부에 계상하지 않았다는 주장이다. 그러나 양도소득 계산 시 필요경비에 대한 입증책임은 원칙적으로 이를주장하는 자에게 있고, 청구인이 지급하였다고 주장하는 자본적 지출액은 계좌에서 현금으로 출금된 내역 외에 객관적인 증빙이 없고 계좌 출금액을 무조건적으로 자본적 지출로 인정할 수는 없다. 2) 주차장법 제19조 【부설주차장의 설치】 및 같은 법 시행령 제6조【부설주차장의 설치기준】에 따라 쟁점건물(위락시설)은 주차시설에 대한 설치기준이 의무사항으로 규정되어 있다. 또한 건축법 시행령 제36조 【옥외 피난계단의 설치】에서 바닥면적의 합계가 300㎡이상인 위락시설의 경우에는 직통계단 외에 옥외피난계단을 별도로 설치하는 것이 의무사항이다. 따라서 건물의 법적 기준을 충족하지 않은 상태에서 사용승인 후에 엘리베이터 및 옥외 피난시설을 설치하고 공사비를 지출하였다는 주장은 신뢰성이 없다.

• 라. 결어 상기와 같은 사유로 본 건 청구인의 장부가액을 쟁점건물에 대한 취득가액으로 하여 양도소득세 593,669,876원 과세예고통지한 것은 정당하므로 이 건 과세전적부심사는 불채택되어야 한다.

• 가. 쟁점 양도소득 산정 시 쟁점건물에 대해 환산취득가액을 부인하고 장부가액을 실지취득가액으로 볼 수 있는지
• 나. 관련 법령 1) 소득세법 제97조 【양도소득의 필요경비 계산】

① 거주자의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각 호에서 규정하는 것으로 한다.

1. 취득가액(지적재조사에 관한 특별법 제18조 에 따른 경계의 확정으로 지적공부상의 면적이 증가되어 같은 법 제20조에 따라 징수한 조정금은 제외한다). 다만, 가목의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에 한정하여 나목의 금액을 적용한다.

• 가. 제94조제1항 각 호의 자산 취득에 든 실지거래가액
• 나. 대통령령으로 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산취득가액을 순차적으로 적용한 금액

2. 자본적지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것

3. 양도비 등으로서 대통령령으로 정하는 것

② 제1항에 따른 양도소득의 필요경비는 다음 각 호에 따라 계산한다.

1. 취득가액을 실지거래가액에 의하는 경우의 필요경비는 다음 각 목의 금액에 제1항제2호 및 제3호의 금액을 더한 금액으로 한다.

• 가. 제1항제1호가목에 따르는 경우에는 해당 실지거래가액
• 나. 제1항제1호나목 및 제114조제7항에 따라 환산취득가액에 의하여 취득 당시의 실지거래가액을 계산하는 경우로서 법률 제4803호 소득세법개정법률 부칙 제8조에 따라 취득한 것으로 보는 날(이하 이 목에서 "의제취득일"이라 한다) 전에 취득한 자산(상속 또는 증여받은 자산을 포함한다)의 취득가액을 취득 당시의 실지거래가액과 그 가액에 취득일부터 의제취득일의 전날까지의 보유기간의 생산자물가상승률을 곱하여 계산한 금액을 합산한 가액에 의하는 경우에는 그 합산한 가액

③ 제2항에 따라 필요경비를 계산할 때 양도자산 보유기간에 그 자산에 대한 감가상각비로서 각 과세기간의 사업소득금액을 계산하는 경우 필요경비에 산입하였거나 산입할 금액이 있을 때에는 이를 제1항의 금액에서 공제한 금액을 그 취득가액으로 한다. 2) 소득세법 제94조 【양도소득의 범위】

① 양도소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.

1. 토지[공간정보의 구축 및 관리 등에 관한 법률에 따라 지적공부(地籍公簿)에 등록하여야 할 지목에 해당하는 것을 말한다] 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)의 양도로 발생하는 소득 2-1) 소득세법 시행령 제170조 【양도소득금액의 조사결정】

② 토지와 건물등을 함께 취득하거나 양도한 경우에는 이를 각각 구분하여 기장하되, 토지와 건물등의 가액의 구분이 불분명한 때에는 취득 또는 양도당시의 기준시가에 의하여 계산한 가액에 비례하여 안분계산한다. 이 경우에 공통되는 취득가액과 양도비용은 당해 자산의 가액에 비례하여 안분계산한다 3) 소득세법 제114조 【양도소득 과세표준과 세액의 결정·경정 및 통지】

④ 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제1항부터 제3항까지의 규정에 따라 양도소득 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 제96조(양도가액), 제97조 및 제97조의2에 따른 가액에 따라야 한다.

⑥ 제4항을 적용할 때 양도가액 및 취득가액을 실지거래가액에 따라 양도소득 과세표준 예정신고 또는 확정신고를 한 경우로서 그 신고가액이 사실과 달라 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장이 실지거래가액을 확인한 경우에는 그 확인된 가액을 양도가액 또는 취득가액으로 하여 양도소득 과세표준과 세액을 경정한다.

⑦ 제4항부터 제6항까지의 규정을 적용할 때 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 따라 정하는 경우로서 대통령령으로 정하는 사유로 장부나 그 밖의 증명서류에 의하여 해당 자산의 양도 당시 또는 취득 당시의 실지거래가액을 인정 또는 확인할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 양도가액 또는 취득가액을 매매사례가액, 감정가액, 환산취득가액 또는 기준시가 등에 따라 추계조사하여 결정 또는 경정할 수 있다. 3-1) 소득세법 시행령 제176조의2 【추계결정 및 경정】

① 법 제114조제7항에서 "대통령령으로 정하는 사유"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 양도 또는 취득당시의 실지거래가액의 확인을 위하여 필요한 장부ㆍ매매계약서ㆍ영수증 기타 증빙서류가 없거나 그 중요한 부분이 미비된 경우

2. 장부ㆍ매매계약서ㆍ영수증 기타 증빙서류의 내용이 매매사례가액, 감정평가 및 감정평가사에 관한 법률에 따른 감정평가법인등(이하 이 조에서 "감정평가법인등"이라 한다)이 평가한 감정가액 등에 비추어 거짓임이 명백한 경우

③ 법 제114조제7항에 따라 양도가액 또는 취득가액을 추계결정 또는 경정하는 경우에는 다음 각 호의 방법을 순차적으로 적용(신주인수권의 경우에는 제3호를 적용하지 않는다)하여 산정한 가액에 따른다. 다만, 제1호에 따른 매매사례가액 또는 제2호에 따른 감정가액이 제98조제1항에 따른 특수관계인과의 거래에 따른 가액 등으로서 객관적으로 부당하다고 인정되는 경우에는 해당 가액을 적용하지 않는다.

1. 양도일 또는 취득일 전후 각 3개월 이내에 해당 자산(주권상장법인의 주식등은 제외한다)과 동일성 또는 유사성이 있는 자산의 매매사례가 있는 경우 그 가액

2. 양도일 또는 취득일 전후 각 3개월 이내에 해당 자산(주식등을 제외한다)에 대하여 둘 이상의 감정평가법인등이 평가한 것으로서 신빙성이 있는 것으로 인정되는 감정가액(감정평가기준일이 양도일 또는 취득일 전후 각 3개월 이내인 것에 한정한다)이 있는 경우에는 그 감정가액의 평균액. 다만, 기준시가가 10억원 이하인 자산(주식등은 제외한다)의 경우에는 양도일 또는 취득일 전후 각 3개월 이내에 하나의 감정평가법인등이 평가한 것으로서 신빙성이 있는 것으로 인정되는 경우 그 감정가액(감정평가기준일이 양도일 또는 취득일 전후 각 3개월 이내인 것에 한정한다)으로 한다.

3. 제2항의 규정에 의하여 환산한 취득가액

4) 국세기본법 제81조의3【납세자의 성실성 추정】 세무공무원은 납세자가 제81조의6제3항 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 제외하고는 납세자가 성실하며 납세자가 제출한 신고서 등이 진실한 것으로 추정하여야 한다. 5) 국세기본법 제86조의6 【세무조사 관할 및 대상자 선정】

③ 세무공무원은 제2항에 따른 정기선정에 의한 조사 외에 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 세무조사를 할 수 있다.

1. 납세자가 세법에서 정하는 신고, 성실신고확인서의 제출, 세금계산서 또는 계산서의 작성ㆍ교부ㆍ제출, 지급명세서의 작성ㆍ제출 등의 납세협력의무를 이행하지 아니한 경우

2. 무자료거래, 위장ㆍ가공거래 등 거래 내용이 사실과 다른 혐의가 있는 경우

3. 납세자에 대한 구체적인 탈세 제보가 있는 경우

4. 신고 내용에 탈루나 오류의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우

5. 납세자가 세무공무원에게 직무와 관련하여 금품을 제공하거나 금품제공을 알선한 경우 6) 주차장법 제19조 【부설주차장의 설치ㆍ지정】 (법률 제6234호, 2000.1.28. 일부개정된 것)

① 국토이용관리법의 규정에 의한 도시지역·준도시지역 및 지방자치단체의 조례가 정하는 준농임지역안에서 건축물·골프연습장 기타 주거수요를 유발하는 시설(이하 “施設物"이라 한다)을 건축 또는 설치하고자 하는 자는 당해 시설물의 내부 또는 그 부지안에 부설주차장(貨物의 荷役 기타 사업수행을 위한 駐車場을 포함한다. 이하 같다)을 설치하여야 한다.

② 부설주차장은 당해 시설물의 이용자 또는 일반의 이용에 제공할 수 있다.

③ 제1항의 규정에 의한 시설물의 종류와 부설주차장의 설치기준은 대통령령으로 정한다. 6-1) 주차장법 시행령 제6조 【부설주차장의 설치기준】 (대통령령 제16891호, 2000.7.1. 일부개정된 것)

① 법 제19조제3항의 규정에 의하여 부설주차장을 설치하여야 할 시설물의 종류와 부설주차장의 설치기준은 별표 1과 같다. 다만, 다음 각호의 경우에는 특별시·광역시·시 또는 군의 조례로 시설물의 종류를 세분하거나 부설주차장의 설치기준을 따로 정할 수 있다.

1. 오지·벽지·도서지역, 도심지의 간선도로변 기타 당해 지역의 특수성으로 인하여 별표 1의 기준을 적용하는 것이 현저히 부적합한 경우

2. 준도시지역 또는 준농림지역으로서 주차난이 발생할 우려가 없는 경우

3. 단독주택 또는 공동주택에 설치하여야 하는 부설주차장의 설치기준을 세대별로 정하고자 하는 경우 6-2) 부설주차장 설치기준 별표1 7) 건축법 제39조 【건축물의 피난시설·용도제한등】 (법률 제6247호, 2000.1.28. 일부개정된 것)

① 대통령령이 정하는 용도 및 규모의 건축물과 그 대지에는 건설교통부령이 정하는 바에 의하여 복도·계단·출입구 기타의 피난시설과 소화전·저수조 기타의 소화설비 및 대지안의 피난과 소화상 필요한 통로를 설치하여야 한다. 7-1) 건축법 시행령 제36조 【옥외 피난계단의 설치】 (대통령령 제16874호, 2000.6.27. 일부개정된 것) 건축물의 3층이상의 층(피난층을 제외한다)으로서 다음 각호의 1에 해당하는 용도에 쓰이는 층의 경우에는 제34조의 규정에 의한 직통계단외에 그 층으로부터 지상으로 통하는 옥외피난계단을 따로 설치하여야 한다.

1. 문화 및 집회시설중 공연장, 위락시설중 주점영업의 용도에 쓰이는 층으로서 그 층의 거실의 바닥면적의 합계가 300제곱미터이상인 것

2. 문화 및 집회시설중 집회장의 용도에 쓰이는 층으로서 그 층의 거실의 바닥면적의 합계가 1천제곱미터이상인 것 8) 부동산 거래신고에 관한 법률 제3조 【부동산 거래의 신고】(2014.1.28. 법률 제12376호로 제정)

① 거래당사자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 계약을 체결한 경우 그 실제 거래가격 등 대통령령으로 정하는 사항을 거래계약의 체결일부터 60일 이내에 그 권리의 대상인 부동산등(권리에 관한 매매계약의 경우에는 그 권리의 대상인 부동산을 말한다)의 소재지를 관할하는 시장(구가 설치되지 아니한 시의 시장 및 특별자치시장과 특별자치도 행정시의 시장을 말한다)ㆍ군수 또는 구청장(이하 "등록관청"이라 한다)에게 공동으로 신고하여야 한다. 다만, 거래당사자 중 일방이 신고를 거부하는 경우에는 국토교통부령으로 정하는 바에 따라 단독으로 신고할 수 있다. 8-1) 부동산 거래신고에 관한 법률 시행령 제2조 【부동산 거래의 신고】 (2014.7.28. 대통령령 제25523호로 제정)

① 부동산 거래신고에 관한 법률(이하 "법"이라 한다) 제3조제1항·제2항 및 제5항에 따라 부동산 또는 부동산을 취득할 수 있는 권리에 관한 매매계약에 관하여 신고하여야 하는 사항은 다음 각 호와 같다.

2. 계약일, 중도금 지급일 및 잔금 지급일

3. 거래대상 부동산(부동산을 취득할 수 있는 권리에 관한 매매계약의 경우에는 그 권리의 대상인 부동산을 말한다. 이하 제5호에서 같다)의 소재지·지번 및 지목

4. 거래대상 부동산의 종류(부동산을 취득할 수 있는 권리에 관한 매매계약의 경우에는 그 권리의 종류를 말한다)

• 다. 사실관계 1) 일자별 사실관계 요약

2. 청구인 사업자등록사항 및 종합소득세 신고 시 제출한 표준대차대조표 정리

• 가) 청구인은 쟁점건물 신축 전에는 1985년부터 토지임대 영위하였으며 쟁점건물 신축한 1999년부터 부동산 임대업을 영위하였다.
• 나) 국세청 내부전산시스템에서 확인되는 쟁점부동산 관련 표준대차대조표는 2001년 과세연도부터이고 토지 564,234,000원, 건물 1,157,468,181원으로 계상되어 있다. 2002년∼2010년 과세연도까지 매년 28,936,704원 감가상각하여 2010년 과세연도에 감가상각누계액 273,430,336원이였으나, 2011년부터 감가상각비 계상하지않아 양도시 감가상각누계액도 273,430,336원이였다.

• 토지 면적 547.8㎡에 2001년 ㎡당 개별공시지가 1,030,000원을 곱한 금액인 564백만원이 2001년 토지 장부가액이라는 사실엔 다툼이 없으며, 같은 이유로 감사관이 토지 장부가액은 실지취득가액이 아니라고 판단하여 양도세 산정 시 토지는 환산가액을, 쟁점건물은 장부가액을, 6층 증축분은 장부가액에 반영안된 것으로 보아 환산가액을 적용하였다.

3. 청구인 제출 자료

• 가) 청구인은 한국감정원에서 2000년 9월 발간한 2000년 4월 기준건물신축단가표에 따라 산정한 건축단가 1,423백만원에 비해 쟁점건물 장부가액은 1,157백만원(81%)으로 이를 실지취득가액으로 보는 것은 부당하다는 주장이다.

(1) 한국감정원(現 한국부동산원)이 2000년 4월 기준 발간한 건물신축단가표에 점포 및 상가의 철근콘크리트조 슬래브지붕의 ㎡당 단가는 652,000원으로 기재되어 있다. ㎡당 652,000원이 산출된 주요공사내역에는 가설공사, 기초 및 토공사, 방수공사, 미장공사, 창호공사 등 17개의 공사내역 포함된 금액이다. * 쟁점건물 면적 2,183.54㎡×652,000원= 1,423,668,080원

(2) 쟁점건물 취득세 시가표준액과 취·등록세 내역 (가)쟁점부동산 관련하여 취·등록세 납부세액은 총 55,996,380원이다. 청구인이 쟁점부동산으로 받은 매입세금계산서 1,143,818,000원과 취·등록세 납부액 55,996,380원의 합계액은 1,199,814,380원으로 2001년 과세연도 장부가액 1,157,468,181원보다 42,364,199원 큰 금액이다. 또한, 쟁점부동산 관련하여 과세표준액 합계는 1,195백만원으로 장부가액(1,157백만원)보다 37백만원 크다 (나) 쟁점건물 관련 청구인이 받은 매입세금계산서 내역

(3) 국세청 건물 기준시가 청구인이 작성한 건물 기준시가 929,482,158원에 대해 감사관도 이견 없다는 의견이다.

(4) 기계식 주차타워와 옥외 피난계단 설치 사진 건축물 대장에는 ‘자주식 옥외 30대’라고 기재되어 있다.

• 나) 농협과 아이엠뱅크(舊 대구은행)에서 발급한 거래명세표 (1)청구인은 쟁점건물 신축비용 관련하여 1998.1.1.부터 2000.12.31.까지 거래한 청구인 명의 금융계좌 4개의 거래명세표를 제출하였으며, 동일 기간 중 총 지출금액은 3,618백만원이나 공사비 지출금액은 2,829백만원이라는 주장이다. 청구인이 공사비라고 주장하는 금액의 거래명세표 상 지급방법은 현금, 자기앞수표, 어음발행이고 거래상대방은 확인할 수 없었다.

(2) 청구인은 6층 증축공사, 주차타워 등 자본적 지출에 대한 금융증빙으로 2001.1.1.부터 2003.12.31.까지 농협 계좌 1개의 거래명세표를 제출하였고, 현금인출액 대부분을 관련 공사비(330백만원)라고 주장하고 있다. 3) 감사관 제출자료

• 가) E의 건설공사실적자료(국세청 내부전산시스템 참조) E은 1990.4.15. 개업하여 2003.12.31. 폐업하였으며 주택신축 건설업을 영위하는 법인으로 발주자는 주로 대구광역시 달성군청, 종합건설본부, 교육청, 고등학교 등 대구에 소재하는 관공서들이었다. 쟁점부동산 신축관련하여 계약년월은 1999.6월 착공년월은 1999.7월 완공년월은 2000.7월이고 당해연도(2000년) 신고금액은 784백만원이다. 감사관은 E이 시공한 여러 공사 중 I초등학교와 J중학교의 계약금액을 면적으로 나누어 ㎡당 공사비를 산출하였고 쟁점건물 ㎡당 공사비와 비교하였다.
• 나) 쟁점부동산 토지이용계획확인서 및 쟁점건물 건축물대장 감사관은 쟁점부동산이 도시지역에 위치하고 쟁점건물 위락시설의 면적이 300㎡이상이므로 주차장법 제19조 및 건축법 시행령 제36조 에 따라 쟁점건물 사용승인시 주차장과 옥외피난계단을 의무적으로 설치하여야 하며 장부가액에 위 설치비가 포함되어 있다는 의견이다. 토지이용계획정보에 쟁점부동산은 도시지역, 중심상업지역, 방화지구, 지구단위계획구역으로 기재되어 있다. 건축물대장에 지하1층 위락시설 236.78㎡, 주차장 193.6㎡, 1층 제1종근린생활시설(소매점) 344.67㎡, 2층 위락시설(주점영업) 342.89㎡, 3층 판매시설(인터넷컴퓨터게임시설제공업)342.89㎡, 4·5층 제2종 근린생활시설 각 342.89㎡, 6층 제2종 근린생활시설(사무소) 165.65㎡로 기재되어 있다. 또한 건축물대장에 시공자는 E, 설계자·감리자 조영달, 허가일 1999.6.14., 착공일 1999.7.5. 사용승인일은 2000.8.10.으로 기재되어 있다.
• 라. 판단

1. 관련 법리 양도차익의 계산은 양도 및 취득 당시의 실지거래가액에 의하여 계산하는 것이 원칙이고, 실지거래가액으로 양도차익을 계산하는 경우 실지거래가액은 장부를 기장한 경우에도 취득에 관한 제 증빙서류 등에 의하여 확인되는 경우에 한하여 장부가액(취득가액)을 실지거래가액으로 인정하는 것이며, 장부 기타 증빙서류에 의하여 당해 자산의 취득당시의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에는 취득가액을 매매사례가액, 감정가액, 환산가액의 순서에 의하여 적용해야한다(같은 뜻 조심 2008서0872, 2008.8.5. 등).

2. 청구인이 신고한 쟁점건물의 환산취득가액을 부인하고 장부가액을 실지취득가액으로 하여 양도소득세를 경정할 수 있는지에 대한 판단

• 가) 위 법리와 앞서 살펴본 사실관계 및 다음의 내용을 종합하여 살피건대, 쟁점건물 장부가액은 실지취득가액으로 인정하기 어렵다고 판단된다. 나) 청구인은 2001년 과세연도 종합소득세를 신고하면서 제출한 표준대차대조표에 쟁점건물의 장부가액을 1,157,468,181원으로 계상하였는데, 당시 쟁점건물 취득세 시가표준액은 1,195,430,904원으로 감가상각 대상인 사업용 자산의 취득가액을 장부에 계상하는 경우 감가상각비의 비용화를 위하여 취득세 시가표준액보다 낮지 아니한 가액으로 계상하는 것이 일반적이였음에도 청구인의 경우 쟁점건물의 장부상 취득가액은 낮은 가액이었고, 취득 당시 나름 객관적 지출금액이라 할 수 있는 쟁점건물 관련 매입세금계산서 총 공급가액 1,143,818,000원과 취·등록세 납부액 55,996,380원을 합한 금액인 1,199,814,380원보다도 낮은 가액이었던 점 등으로 비추어 보건대 쟁점건물 장부가액은 실지취득가액이 아닌 종합소득세 신고 목적으로 임의 계상된 것으로 보인다.
• 다) 또한, 2003.1.14. 당초 지상 5층의 쟁점건물을 6층으로 증축하고 옥외피난시설 및 기계식 주차타워를 추가 설치하였음이 청구인이 본건 과세전적부심사청구에서 제출한 증빙에서 확인되나 이와 관련한 추가 비용은 장부에 전혀 반영하지 않은 점을 고려시에도 쟁점건물 장부가액을 실지취득가액으로 보기 어렵다고 판단된다.
• 라) 따라서, 장부 기타 증빙서류에 의하여 쟁점건물의 실지취득가액을 확인할 수 없는 경우로 소득세법제114조제7항에 따라 쟁점건물 취득가액을 환산가액으로 하여 양도소득세를 산출하는 것이 타당하다 판단된다.

이 건 과세전적부심사청구는 청구주장이 이유 있다고 인정되므로 국세기본법제81조의15제5항제2호의 규정에 따라 주문과 같이 결정한다.