B구역토지는 옥수수 경작 등 농업에 사용된 것으로 추정되나 A구역토지(쟁점토지)가 농업에 사용되었다는 점에 대한 명확한 입증이 부족함
B구역토지는 옥수수 경작 등 농업에 사용된 것으로 추정되나 A구역토지(쟁점토지)가 농업에 사용되었다는 점에 대한 명확한 입증이 부족함
이 건 과세전적부심사청구는 불채택결정합니다.
10.
5. A모방 주식회사(이하 “A모방” 이라 한다)로부터 경기도 H시 B동 1 외 41필지 면적 합계 85,317㎡의 토지(이하 “전체토지” 라 한다)를 매매대금 590억원에 매수하였다.
8. 9.까지 청구법인에 대한 법인세 통합조사를 실시하여, 2024.8.14. 쟁점토지를 비사업용토지 및 업무무관자산으로 보아 법인세 7,372,482,629원을 과세하는 내용의 세무조사결과통지를 하였다.
1. 청구법인은 2020.7.10. 설립되었고, ‘기업적 농업경영’을 하고 있는 농업회사법인이다. 청구법인의 사주 D은 한평생 부동산 취득 ‧ 개발하는 부동산개발업자(Developer)로 이미 여러 개의 아파트 분양 프로젝트를 성공적으로 수행한 이력이 있고, 현재 쟁점토지 상에도 아파트 분양 프로젝트를 진행하고 있다.
2. D은 2018.9월경 농업지역으로 묶여 개발이 제한되어 방치된 H시 시내에 소재하고 있는 전체토지를 발견하였다. 전체토지 인근토지들은 이미 아파트, 상가, 주택지 등으로 개발되었으므로, H시 시세가 확장되면 전체토지 역시 미래 언젠가에는 부동산개발이 가능한 지역으로 변경될 것을 예측하였다. 그래서 1970년대부터 전체토지를 소유하고 있던 A모방과 590억원에 매수하는 매매계약을 2018.10.4. 체결하였으며, D은 유동성이 없었으므로 잔금일은 최대한 미루어 30개월 뒤로 정하였다.
3. 모방적업을 영위하던 A모방 입장에서도 농지인 전체토지를 실제 경작하지 않고서 장기간 방치한 상태였고, 전체토지가 농업지역으로 단기간 내 개발할 수도 없는 토지였으므로, D에게 매도하여 현금화하는 편이 훨씬 유리하였다.
4. 한편, A모방과 계약에 따른 잔금청산일이 다가오자 D은 잔금청산과 동시에 쟁점토지 소유권이전을 위하여 쟁점토지 관할인 H시에 농지 취득자격증명원을 신청하였으나 농민이 아니라는 이유로 거절당하였다. 쟁점토지의 지목이 농지(전‧답)이나 현황은 장기간 잡종지 상태로 방치되어 있었음에도 H시는 공부상 지목이 농지이므로 전체토지를 취득하려면 농지 취득자격증명원이 있어야 하고 농민이 아닌 D에게는 증명원 발급을 거절한 것이다.
5. 이에 D은 2018.10월 A모방에게 지급한 계약금 59억원이 떼일 처지에 놓이자 2021.9.28. A모방과 당초 매매계약을 합의해제하고, 대신 농업회사인 청구법인을 매수자로 하여 2021.10.5. 전체토지를 매수하였다.
1. 청구법인은 기업적 농업경영을 위하여 설립된 법인으로 2021.10.5. 전체토지를 취득한 이후 토지의 용도대로 농업에 사용하였다.
2. H시는 전체토지가 농지라는 이유로 취득시 농지취득자격증명원을 요구하여 D이 취득하지 못하게 하여 청구법인이 취득하였으나, 취득세는 농지세율이 아닌 나대지에 적용하는 일반세율로 부과하였으며, 2022년도분 재산세는 농지에 부과하는 분리과세대상토지가 아닌 나대지에 부과하는 종합합산대상토지로 과세하는 모순을 저질렀다. 이에 청구법인은 H시를 상대로 전체토지가 농지가 아니라고 보아 과세한 2022년도분 재산세에 대하여 정정 요청 중에 있다.
3. D은 오랜 기간 부동산개발업을 하였기 때문에 사업의 손익을 따져서 사업을 시행하여야 하였고, 그래서 개발사업과 관련된 조세 등에 대한 이해도가 높다. 즉, 개발사업에 따른 부가가치세, 종합소득세, 법인세, 취득세, 재산세부터 농지전용부담금, 개발부담금 등 부동산개발에 따른 각종 준조세에 대해서도 이해도가 높다.
4. 청구법인의 대표이사인 D은 전체토지를 청구법인 명의로 취득하면서 만약 전체토지를 지목대로인 직접 영농에 사용하지 아니할 경우에는 양도시 ‘비사업용토지’의 양도로 보아 중과세되는 문제를 이미 인지하고 있었다. 그래서 청구법인이 전체토지를 영농을 위하여 사용하지 않고 방치할 하등의 이유가 없었다. 왜냐하면 개발사업에 있어 조세가 미치는 영향이 손익에 크게 영향을 주어 사업성패를 가른다는 사실과 과거 세무조사를 통하여 조세가 얼마나 큰 위험인지를 알고 있었기 때문이다.
5. 만약 H시가 2021년 현재 전체토지의 현황이 농지가 아니라고 보아 당초 계획대로 D 명의로 취득하려던 것을 막지 않았다면, D이 전체토지를 취득하여 자경하다가 토지의 용도가 바뀌어 개발이 가능하게 된 이후 그 토지를 개발하여 분양하였을 것이다. 그렇게 되었다면 D은 쟁점토지를 개발한 후 그 손익에 따라 나중에 소득세를 부담하면 족하였을 것이다. 그러나 H시가 D의 전체토지 취득을 차단하여 청구법인이 전체토지를 취득하였고, 아직 개발사업이 진행되지도 않았음에도 부담하지 않아도 되었을 쟁점토지 양도에 따른 법인세를 납부하였다. D의 입장에서는 미리 내지 않아도 되고 나중 개발사업의 손익과 정산하여 내어도 될 세금을 먼저 납부하는 결과가 초래된 피해를 감수해야만 했다.
1. 청구법인의 쟁점토지에 대한 고유목적사업 관련 업무를 요약하면 아래와 같다. (표)
2. 청구법인은 농업회사법인으로 농업 외 타사업은 할 수 없는 법인이다. 쟁점토지는 A모방로부터 매입 당시 지목은 농지였는데, 당초 소유주가 농사를 짓지 않고 있었다는 사유로 취득세율을 농지세율이 아닌 일반 세율을 적용 받았으나, 청구법인은 인수 후 즉시 전소유자의 일시적인 휴경으로 인해 쟁점토지상에 성장한 잡목 ‧ 잡초 ‧ 버려진 쓰레기 등을 정리하여 농지 경작 준비작업을 하였으며,
3. 청구법인은 농업밖에 할 수 없는 법인으로 쟁점토지를 매입 후 농업 외 타 목적 사용 및 매입한 쟁점토지를 방치한 것이 아니라, 농업 경영을 위해 상기 사실관계와 같이 쟁점토지 매입 후 계속적으로 농지 정리작업 등 농업법인 고유업무를 수행하였고, 쟁점토지의 면적에 오염물이 많아 제거작업에 많은 시간이 소요되어 오염물의 제거가 완료된 일부 농지에 대하여는 우선적으로 농작물을 재배하는 등 농업경영을 계획하였다. 청구법인은 지방자치단체에서 농업법인에 대하여 실태조사를 실시한다는 내용에 대비하고 비사업용 토지 해당여부 판단에도 대비하여 토지매입 이후부터 꾸준하게 농지 정리 작업을 계속한 결과 쟁점토지에 대한 잡목 ‧ 잡초제거 ‧ 쓰레기 및 오물 제거 ‧ 복토 및 평탄화 작업 등 경지정리작업을 시행하였으며, 약 5천평의 일부농지에는 우선적으로 옥수수 등 작물을 파종하여 수확하는 등 농업회사 법인 고유의 사업을 영위하였으며, 나머지 농지도 복토 및 평탄화 작업과 오염물 제거를 완료하여 토질에 적합한 작물을 선정하기 위하여 서리테 콩 등 작물을 시험 파종하였다. 전체토지에 대하여 바로 일시에 하지 못한 사유는 일부농지가 쓰레기 등 오물에 방치되어 복토작업 및 지력회복에 필요한 작업이 병행되어야 한다는 의견에 따라 농사에 적합한 경지로 만들고 있는 과정이었기 때문이다.
1. 토지취득 경위 및 진행과정
2. 조사청 의견에 대한 청구인 추가의견
(2) 2만5천평이란 토지는 매우 넓은 토지로 H시의 예상밖 결정으로 인해 준비되지않은 상태에서 갑자기 매입한 농지이므로, 매입즉시 전체 토지에 농사를 짓는다는 것은 상식적으로도 힘든일이며, 조사청에서는 양도토지에는 농사를 짓지 않아서 농업을 경영한 사실이 없다고 주장하나, 농업의 운영은 청구인의 입장에서는 전체 토지에 대하여 운영계획을 수립하여 토질이 비교적 적합한 곳에는 우선적으로 파종하여 농사를 지었고, 나머지 농지에 대해서도 수립한 운영계획대로 진행 중이었으나, 주택지역으로 고시허가됨으로서 쟁점 토지는 더 이상 농업 본연의 사업을 할 수 없게 되어 시행업체에 양도하였고, 잔여토지는 현재도 농사를 짓고 있는 상태이다.
(1) 청구법인은 농업 등 고유목적 사업 외의 사업은 할 수 없는 법인이므로 건설사업을 목적으로 취득하였다는 주장은 맞지 않으며, 비사업용토지를 규제하는 목적이 법인이 자산증식을 위해서 사업목적 외의 토지를 구입하는 것을 막기위한 것인데 반하여,
(2) 청구법인의 경우는 당초 부동산 개발업자인 D 대표 개인명의로 취득하여 사업을 시행할 목적으로 매매계약하였으나 계약금을 잃을 절박한 상황에서 전체토지를 인수하였고, 인수 후에는 고유목적사업에 대한 운영계획을 수립하여 시행 중이었다.
(1) 전술한 바와같이 기존 시행해 오던 시행사업 관련 계약 등은 기존 시행진행업체인 I에서 종결하도록 하였고, 청구법인은 고유목적사업에 대한 행위만 진행했다.
(2) 항공사진에서 나타난 트렌치는 2022.4월 문화재조사 완료 후 복토로 메워졌고, 이후로는 농업을 방해하는 시행사업 관련 용역은 없었으므로, 이를 근거로 농업에 이용되지 않았다는 주장은 전체적인 상황을 이해하지 못한 것에 기인한 것으로 판단된다.
(1) 관련법령상 농업법인의 관할지자체장은 농업법인의 운영실태를 조사하도록 규정되어 있고 청구법인은 관련 서류를 제출하였고 이를 검토한 부천시장은 청구법인이 정상적인 농업법인으로 판단했다.
(2) 청구법인이 농업법인의 목적과 취지에 맞지않게 토지를 취득하여 사용하고 있는 행위를 하고 있었다면 부천시장은 실제 현장확인을 하거나 청구법인에게 그에 따른 행정제재나 지시를 하였을 것이므로 청구법인의 쟁점토지 사용은 정당한 것이다.
(1) 청구법인은 쟁점토지의 전소유자인 A모방(주)가 관리하지 않고 방치하였던 토지를 정리하여 농지로 원상회복 중에 있었으며 쟁점토지를 다른 용도로 이용하지도 않았고 불법 전용한 사실도 없었다.
(2) 조사청이 쟁점토지 취득시 일정시점의 토지 상태로만 판단하여 과세한 취득세 및 재산세를 근거로 쟁점토지를 나대지로 보아 비사업용토지로 판단하는 것은 부당한 처분이다.
1. 청구법인은 쟁점토지에 농지경작준비 작업을 하였다고 주장하나, 해당 작업은 청구법인 대표자가 운영하는 개인사업자(I, 부동산개발업)가 B3구역 공동주택 건설사업 문화재조사 대비 벌목공사를 발주한 것으로 청구법인의 농업경영과는 무관하다. 청구법인은 2022.6∼8월경 쟁점토지(A구역)에 농업사업용 비닐을 설치하였고 옥수수 및 콩 등을 재배하였다고 주장하나 청구법인이 제출한 농산물 작업일지에 나와 있는 지역을 카카오로드뷰를 통해 보면, 쟁점토지(A구역)가 아닌 잔여토지(B구역)에 해당하는 경기도 H시 B동 -, -, -, -에서 일부 농작업이 이루어졌음을 알 수 있다. 쟁점토지(A구역) 일대를 2022.5월경 카카오로드뷰로 살펴보면 공사 펜스가 설치되어있고, 펜스벽에는 아래와 같이 농작물경작금지 현수막이 곳곳에 부착되어 있는데, 현수막에는 “본 토지는 I 아파트 건립예정부지이오니 농작물 경작을 금지하시기 바라며, 만약 무단으로 경작할 시에는 관계법률에 의하여 조치할 예정입니다.”라고 기재되어 있는 것이 확인되므로, 쟁점토지는 농작물 재배에 전혀 사용되지 않았음을 확인할 수 있다. 청구법인이 쟁점토지를 취득하기 전인 2020.10월 청구법인 대표가 개인사업자 I 명의로 H시에 ①B동 제3구역 지구단위계획 주민제안서를 제출한 사실이 확인되고, 역시 청구법인의 대표자가 개인사업자 I 명의로 쟁점토지를 청구법인이 취득한 이후 쟁점토지 일대에 ② B3구역 공동주택 건설사업 문화재조사 대비 벌목공사(2022.1월∼2월), ③ 공동주택 신축사업 공사도급약정(2022.2.25.), ④ B3지구 공동주택 신축사업 지반조사(2022.5월∼6월)를 진행한 사실이 확인되므로, 청구법인이 농업경영이 아닌 공동주택 건설사업을 진행하려는 목적으로 쟁점토지를 취득하였고 쟁점토지(B3구역)에 농작물 재배 등 농업을 영위한 사실이 없음이 명확히 확인된다. 2)농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률제20조의2에 의하면 시장은 조합원 인적사항, 사업범위와 관련된 사항, 소유한 농지의 규모 및 경작유무 등 현황을 확인하여 농업법인의 운영실태를 조사하도록 규정하고 있다. 조사청이 부천시 도시농업과 담당자와 유선으로 통화한 내역에 의하면, 농업법인 실태조사 과정에서 소유한 농지의 규모 및 경작유무에 대하여 실제로 현장을 확인하고 있지 않다고 진술하며 아래와 같은 공문을 회신받았다. 농업법인 실태조사과정에서 조사법인은 사업자등록증, 정관, 주주명부, 농업인 확인서, 재무상태표, 전자계산서를 제출하여 부천시장은 아래와 같이 실태조사 결과를 조사법인이 운영중인 법인으로 기재하였을 뿐 소유한 농지의 규모 및 경작유무를 조사하여 기록한 내역은 없는 것으로 확인되므로, 실태조사로는 쟁점토지의 실제 이용현황을 확인할 수 없다.
1. 청구법인은 H시가 농지라는 이유로 취득시 농지취득자격증명원을 요구하여 D이 취득하지 못하게 하여 농업법인인 청구법인이 취득하였으나, 취득세는 농지세율이 아닌 나대지에 적용하는 일반세율로 부과하고, 2022년도분 재산세는 농지에 부과하는 분리과세대상토지가 아닌 나대지에 부과하는 종합합산대상토지로 과세하는 모순을 저질렀다고 주장하나, 아래와 같이 검토한바 청구법인의 주장은 타당하지 않다. 농지 취득 및 농지취득자격증명원은 농지법규정을 적용하고 취득세 및 재산세는 지방세법규정을 적용한다. 농지법제2조 제1호 가목 전단에서 정한 ‘농지’인지 여부는 공부상의 지목과 관계없이 그 토지의 실제 현상에 따라 판단하여야 하지만, 농지법에서 농지의 개념을 실제 농작물 경작지 등으로 이용되는 토지로 규율한 취지는 농지를 보전하고 그 이용을 증진하고자 하는 데 있는 것이지, 농지가 불법 전용되어 현실적으로 다른 용도로 이용된다고 하여 이를 곧바로 농지에서 제외하기 위한 것으로 볼 수는 없다. 농지법상 ‘농지’였던 토지가 현실적으로 다른 용도로 이용되고 있더라도 그 토지가 농지전용허가 등의 절차를 거치지 아니한 채 불법 전용된 것이라면, 특별한 사정이 없는 한 농지로 원상회복되어야 하는 것으로서 그 변경 상태는 일시적인 것에 불과하므로 여전히 농지법상 ‘농지’에 해당한다고 보아야 한다(대법원 2021.8.19. 선고 2020두30665 판결). 지방세법제106조 3항에 따르면 공부상 등재현황과 사실상의 현황이 다른 경우에는 사실상의 현황에 따라 재산세를 부과한다고 규정하고 있다. 따라서, 농지법 규정에 따라 농지 취득시 농지로 판단하고 지방세 규정에 따라 재산세 부과시 사실상 현황에 따라 대지로 판단하여 지목을 달리 적용하는 것은 모순이 아니다. 또한, 취득세는 신고납부세목에 해당하고 청구법인의 의사에 따라 농지가 아닌 것으로 판단하여 농지 외 세율을 적용하여 신고납부하였다.
2. 쟁점토지는 2022년에 대지로 종합합산과세대상 토지로 분류되어 재산세가 부과되었으므로, 법인세법제55조의2 제2항 제4호에 의한 비사업용토지에 해당한다. 법인세법 시행령제92조의4에서 토지 지목의 판단은 사실상 현황에 따르는 것을 원칙으로 하고 있고, 지방세법 제106조 3항 은 공부상 등재현황과 사실상의 현황이 다른 경우에는 사실상의 현황에 따라 재산세를 부과한다고 규정하고 있다. 쟁점토지 중 406㎡은 전･답인 농지 및 도로로 재산세 비과세 대상에 해당, 69,808㎡은 공부상 농지이나 사실상 현황 지목이 대지로서 재산세 종합합산과세대상에 해당하므로, 법인세법 제55조의2 에 해당하는 비사업용토지로 봄이 타당하다. 표 쟁점토지는 A모방이 1973.
3.
21. 취득한 토지로, 재산세 부과내역·항공사진 검토한바, 청구법인의 취득 이전부터 장기간 동안 대부분이 나대지 상태로 방치된 것으로 확인된다. 표
① 청구법인은 설립 후 쟁점토지에 농업을 영위한 사실이 없고, ② 쟁점토지는 농업을 영위하려는 목적이 아닌 공동주택 건설사업 목적으로 취득한 것이며, ③ 청구법인이 쟁점토지 취득(2021.
10. 5.) 후 쟁점토지 지상에 B3구역 공동주택 건설사업 문화재조사 대비 벌목공사(2022.1월∼ 2월), 공동주택 신축사 업 공사도급약정(2022.2월), B3지구 공동주택 신축사업 지반조사(2022.5월) 등을 체결하는 등 사실상 농지로 사용되지 않았음이 명백하고, ④ 재산세 종합합산과세대상 토지(대지)로 부과되는 등을 종합해 볼 때, 쟁점토지는 비사업용토지에 해당하므로 법인세법제55조의2에 의거하여 토지등 양도소득에 대한 법인세를 산정하여 세무조사 결과통지한 처분은 정당하다.
② 제1항제3호에서 “비사업용 토지"란 토지를 소유하는 기간 중 대통령령으로 정하는 기간 동안 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지를 말한다.
1. 논밭 및 과수원(이하 이 조에서 "농지"라 한다)으로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 것
4. 농지, 임야 및 목장용지 외의 토지 중 다음 각 목을 제외한 토지 가.지방세법이나 관계 법률에 따라 재산세가 비과세되거나 면제되는 토지
3. 토지의 소유기간이 3년 미만인 경우에는 다음 각 목의 모두에 해당하는 기간. 다만, 소유기간이 2년 미만이면 가목은 적용하지 아니한다.
1. 청구법인의 전체토지 취득 및 쟁점토지 양도 진행 개요 청구법인의 전체토지 취득 및 쟁점토지 양도 과정은 아래와 같다. < 표 >
2. 전체토지 지적도 등 현황 쟁점토지 포함 전체토지의 현황은 아래와 같다. < 표 >
3. 청구법인 대표 D의 사업이력 청구법인 대표 D의 (청구법인을 인수하기 전) 사업이력은 아래와 같은데, 2018.10.4.〜2022.9.13. 쟁점토지 소재지(B동 10-2외 41필지)에서 I(부동산개발업)를 운영한 것으로 확인된다. < 표 >
4. 청구법인 제시 증빙 검토 청구법인은 쟁점토지를 농지로 사용했다고 주장하며 아래의 증빙들을 제시하였다. < 표 >
5. 조사청 제시 증빙 검토 조사청은 청구법인이 주장하는 농지경작준비 작업은 D의 개인사업자 I가 B3구역 공동주택 건설사업(쟁점토지 일원) 문화재조사 대비 벌목공사를 발주한 것이고, 옥수수 등 재배는 쟁점토지(A구역)가 아닌 잔여토지(B구역)에서 이루어진 것이고, 쟁점토지는 농작물 재배에 전혀 사용되지 않았다는 등의 주장하며 아래의 증빙들을 제시하였다. < 표 >
1. 관련 법령 법인세법제55조의2 제2항 제4호 및 같은법 시행령 제92조의4에 의하면, 농지, 임야 및 목장용지 외의 토지 중 지방세법이나 관계 법률에 따라 재산세가 비과세되거나 면제되는 토지 등 각 목에서 정한 토지를 제외한 토지를 비사업용 토지 판정의 대상으로 규정하면서, 농지ㆍ임야ㆍ목장용지 및 그 밖의 토지의 판정은 사실상의 현황에 의하도록 규정하고 있다.
2. 쟁점토지가 농지로서 사업용토지에 해당하는지에 대한 판단
(1) 청구법인과 조사청이 제출한 증거를 종합해 보면, B구역토지는 옥수수 경작 등 농업에 사용된 것으로 추정되나 A구역토지(쟁점토지)가 농업에 사용되었다는 점에 대한 명확한 입증이 부족하고, 관할 지자체는 도로 등 일부를 제외한 대부분을 대지로 보아 재산세 종합합산과세를 한 것으로 확인된다.
(2) A구역토지와 B구역토지는 서로 연결된 토지가 아니라 도로로 명확히 구분되는 토지이고 1년 6월의 시차를 두고 각 별도의 양수인에게 양도되어, 전체농지의 일부를 우선 개간하여 농업에 사용한 것으로 보기도 어렵다.
(3) 한편, B구역토지는 그 현황에 따라 옥수수 경작 등 농업에 사용된 것으로 인정되어 사업용토지로 과세되었다.
이 건 과세전적부심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없으므로 국세기본법제81조15 제5항 제1호의 규정에 따라 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.