계약서상 보통주 주권번호가 특정되었다고 보기 어려움
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이 건 과세전적부심사청구는 불채택결정합니다.
6.
18. 신주(보통주 16,900주, 전환우선주 1) 22,297주, 청구인은 전환우선주 21,535주 배정)를 발행한 후, ○○을 완전 모회사로 하고 □□□를 완전자회사로 하는 주식교환을 실시하였고, 청구인은 이에 따라 □□□ 주식 54,000주를 양도(이하 “1차 양도”라 한다)하고 ○○ 주식 14,607주(이하 “신주”라 한다)를 취득하였다.
6.
27. 보통주 29,073주, 전환우선주 21,535주를 제3자인 ◇◇◇◇홀딩스㈜(이하 “◇◇◇◇”이라 한다)에게 양도(이하 “2차 양도” 또는 “쟁점주식 양도”라 한다)하였다.
8.
31. ◇◇◇◇에 양도한 보통주 29,073주(2차 양도분)에 대한 양도소득세 신고를 하면서 신주(14,607)와 구주 중 나중에 취득한 30,000주 중에서 일부 (14,466주)를 양도한 것으로 취득가액을 산정하여 199억원의 양도소득세를 신고ㆍ납부하였다.
2. 27.부터 2024.
5. 10.까지 청구인에 대한 양도소득세 조사를 실시하고 청구인이 양도한 ○○의 보통주(29,073주)의 취득시기가 분명하지 아니한 경우에 해당한다고 보아 ｢소득세법｣ 제98조 및 같은 법 시행령 제162조 제5항에 의거, 먼저 취득한 주식을 먼저 양도한 것으로 취득가액을 다시 계산하여 양도소득세 6,543백만원을 과세한다는 세무조사 결과를 2024.
7.
8.
27. 이 건 과세전적부심사청구를 제기하였다.
○○은 2019.
6.
18. 주식의 포괄적 교환에 의한 완전모희사의 설립(｢상법｣ 제360조의2) 절차를 통하여 □□□의 발행주식총수를 소유하는 완전모회사가 되었고 청구인은 □□□ 주식을 ○○ 주식으로 교환하게 되었다(제1차 양도). 청구인은 자신이 보유하던 □□□ 보통주 54,000주를 ○○ 보통주 14,607주(이하 “교환취득 주식”라 한다)와 교환하였다. 2) 쟁점주식양도의 개요 본건 주식교환 직후, 청구인은 2019.
6.
27. ◇◇◇◇에게 ○○의 보통 주식 29,073주(이하 “대상주식”이라 한다)와 전환우선 주식 21,535주를 양도 하였다(제2차 양도). 3) 본건 주식교환ㆍ주식매매 관련 청구인의 당초 양도소득세 신고 내역 청구인은 본건 주식매매계약 체결 시 본건 주식교환을 본건 주식 매매의 전제로 하고 있어, 본건 주식교환 후 본건 주식매매를 예정하고 있었다. 조특법 시행령 제35조의2제4항 단서(“이 경우 주식의 포괄적 교환등 외의 다른 방법으로 취득한 완전모회사등주식이 있으면 주식의 포괄적 교환등으로 취득한 주식을 먼저 양도한 것으로 본다”)에 따르면, 본건 주식 매매(제2차 양도) 시 29,073주를 양도할 때 교환대가로 취득한 14,607주는 전부 먼저 양도한 것으로 보아야 하여 주식교환(제1차 양도) 시 양도소득세에 대하여 조특법 제38조에 따른 주식의 포괄적교환에 대한 과세특례 중 ‘교환으로 취득한 주식을 사업연도의 종료일까지 보유할 것'이라는 요건을 충족하지 못하는 것으로 보아 과세특례를 적용하지 않고, 2019.
8. 29.자로 UU세무서에 약 42억원의 양도소득세를 신고ㆍ납부하였다. 위 신고에 따라 청구인은 2019.
8.
29. BB세무서에 본건 주식매매 관련 양도소득세 신고ㆍ납부 시 대상주식은 ① 본건 주식교환 대가로 취득한 ○○ 보통주 14,607주 전부와 ② 본건 주식교환 전에 취득한 ○○ 보통주 50,000주 가운데 일부인 14,466주로 구성된 것으로 보아 취득가액을 산정 하여 양도소득세를 약 199억원으로 산정하였다. 본건 주식매매 전ㆍ후 청구인 소유 ○○ 주식수 변동 내역을 요약하면 다음과 같다. ❙○○주식 매매 전ㆍ후 청구인 소유 ○○ 주식 수❙ 구분 이전
○○주식매매 이후 A. 청구인 소유 보통주식 수(a+b) 64,607 -29,073 35,534 a. ○○주식 교환 전 취득 보통주식 50,000 -14,466 35,534 b. ○○주식 교환 취득 보통주식 14,607 -14,607 0 B. 청구인 소유 전환우선주식 수 21,535 -21,535 0
- 나. 조사청 과세예고통지의 위법ㆍ부당성 1) 조사청의 본건 과세예고통지를 따르는 경우, 본건 주식교환(제1차 양도)과 본건 주식매매(제2차 양도)에 대한 양도소득세 처리에 모순이 발생한다. 조특법 제38조의 주식의 포괄적 교환에 대한 과세특례(“쟁점과세특례” 이라 한다)의 골자는 법정 요건을 갖춘 포괄적 주식교환에 대한 양도소득세 과세이연이며, 쟁점과세특례 적용 시 포괄적 주식교환 과정에서 발생한 주주의 양도소득세는 과세이연되고, 이후에 그 주주가 포괄적 주식교환으로 취득한 주식을 양도하는 때에 이연되었던 양도소득세가 과세되는데, 주식의 포괄적 교환등 외의 다른 방법으로 취득한 완전모회사 등 주식이 있으면 주식의 포괄적 교환등으로 취득한 주식을 먼저 양도한 것으로 본다(조특법 시행령 제35조의2 제4항, 이하 “쟁점규정”이라 한다). 관련해서, 쟁점과세특례의 요건 가운데 하나는 ‘교환으로 취득한 주식을 교환일이 속하는 사업연도 종료일까지 보유할 것’(이하 “지분연속성 요건”이라 한다)이다(조특법 제38조 제1항 제2호). 지분연속성 요건은 자회사주주가 교환으로 취득한 모회사 주식을 교환일이 속하는 사업연도 종료일까지 처분하지 아니하고 보유한 경우에 한하여 교환 전후 주주의 자회사에 대한 지배력이 유지되는바(교환 전에는 직접, 교환 후에는 모회사를 통하여 간접), 그 경우에 양도소득세 과세이연 및 증권거래세 면제라는 혜택을 주는 데 취지가 있는 것으로 이해된다. 청구인은 본건 주식교환으로 취득한 주식 14,607주보다 많은 29,073주를 후속 본건 주식매매를 통해 양도한바, 지분연속성 요건 및 쟁점과세특례 적용에 관하여 다음의 두 견해가 제기될 수 있다. (견해①) 청구인이 교환으로 취득한 14,607주를 먼저 양도한 것으로 보아야 하는바 지분연속성 요건을 충족하지 못한다는 견해 (견해②) 청구인이 교환으로 취득한 14,607주를 먼저 양도한 것으로 볼 것이 아니고 기 보유하던 29,073주를 양도한 것인바 지분연속성 요건을 충족한다는 견해 견해①에 따르면 제1차 양도에 대하여 지분연속성 요건 위배로 쟁점 과세특례가 적용될 수 없으며, 제2차 양도에 대하여 교환으로 취득한 14,607주와 기 보유하던 14,466주를 양도한 것으로 보아 양도소득세를 과세해야 한다. 반면, 견해②에 따르면 제1차 양도에 대하여 지분연속성이 요건 충족되어 쟁점과세특례가 적용되며, 제2차 양도에 대하여 기 보유 29,073주를 양도한 것으로 보아 양도소득세를 과세하게 된다. 제1차 양도에 대한 쟁점과세특례 적용 여부 판단 목적으로 적용된 '청구인이 제2차 양도에서 어떤 주식을 양도했는지’에 관한 판단기준은, 제1차 및 제2차 양도에 대한 양도소득세 과세표준 계산 목적으로도 동일 하게 적용되어야 하는바, 이를 도식화하면 다음과 같다. 2) 조특법 시행령 제35조의2 제4항은 “주식의 포괄적 교환등 외의 다른 방법으로 취득한 완전모회사등주식이 있으면 주식의 포괄적 교환등으로 취득한 주식을 먼저 양도한 것으로 본다”고 규정하고 있다. 조특법 시행령 제35조의2 제4항에 의하면, 내국법인(이하 “완전자회사”)의 주주인 거주자가 보유주식을 다른 내국법인(이하 “완전모회사”)에게 주식의 포괄적 교환을 통해 이전하고 그 대가로 취득한 완전모회사 주식의 전부 또는 일부를 양도하는 때에는 양도소득세를 과세하는데, 이 경우 주식의 포괄적 교환 외의 다른 방법으로 취득한 완전모회사 주식이 있으면 주식의 포괄적 교환등으로 취득한 주식을 먼저 양도한 것으로 보도록 규정하고 있고(교환 외 다른 방법으로 취득한 완전모회사 취득가액이 아니라) 교환 으로 취득한 주식과 관련된 완전자회사 주식의 취득가액을 기준으로 한 금액을 해당 양도 관련 취득가액으로 본다. ❙조특법 시행령 제35조의2❙ 【주식의 포괄적 교환ㆍ이전에 대한 법인의 과세특례】
④ 거주자등이 제3항에 따라 취득한 완전모회사등주식의 전부 또는 일부를 양도하는 때에는 다음 계산식에 따른 금액을 취득가액으로 보아 양도소득세 또는 금융투자소득세를 과세한다. 이 경우 주식의 포괄적 교환등 외의 다른 방법으로 취득한 완전모회사등주식이 있으면 주식의 포괄적 교환등으로 취득한 주식을 먼저 양도한 것으로 본다. 청구인은 (1) 선행 본건 주식교환 거래와 (2) 후행 주식매매 거래가 이루어진 상황에서, 상기 규정에 따라 선행 포괄적 주식교환으로 취득한 완전모회사의 주식과, 그 외의 방법으로 취득한 완전모회사의 주식 가운데 포괄적 주식교환으로 취득한 완전모회사의 주식을 먼저 양도한 것으로 보아 그에 따라 성실히 신고하였다. 3) 조사청 주장대로 본건 주식매매 시 교환취득주식을 양도하지 않은 것으로 보면, 본건 주식교환은 조특법 제38조의 요건을 갖추므로 양도 소득세 과세이연과 증권거래세 면제가 적용되어야 한다. 청구인의 견해와 조사청의 견해에 따른 본건 주식교환 및 주식매매 관련 청구인의 세금 효과를 도표로 각각 요약하면 다음과 같다. ❙청구인 견해 및 조사청 견해에 따른 세금 효과 요약❙ 구분 청구인 견해 조사청 견해 본건 주식매매 전ㆍ후 청구인 소유 ○○ 보통주식 수 요약 본건 주식매매 전 구분 주식수 좌동 당초 소유 주식 50,000주 교환취득 주식 14,607주 합계 64,607주 본건 주식매매에 따른 변동분 구분 주식수 구분 주식수 당초 소유 주식 (14,466)주 당초 소유 주식 (29,073)주 교환취득 주식 (14,607)주 교환취득 주식 (0)주 합계 (29,073)주 합계 (29,073)주 본건 주식매매에 따른 변동분 구분 주식수 구분 주식수 당초 소유 주식 35,534주 당초 소유 주식 20,927주 교환취득 주식 0주 교환취득 주식 14,607주 합계 35,534주 합계 35,534주 본건 주식교환 및 본건 주식매매에 따른 청구인의 세금 효과 본건 주식교환 ▪포괄적 주식교환일이 속한 사업연도 중 교환취득 주식을 모두 처분. 따라서 과세특례 적용 불가 ▪ 양도소득세 약42.3억원 및 증권거래세 약 1억원 납부 ▪교환취득 주식을 포괄적 주식교환일이 속한 사업연도 종료일까지 계속 보유. 따라서 과세특례 적용 가능 ▪양도소득세 및 증권거래세 납부세액 없음(양도소득세 약 42.3억원 과세이연 및 증권거래세 약 1억원 면제) 본건 주식매매 ▪증권거래세 약 1억원 납부 (양도차익은 없음) ▪ 양도소득세 약 42.3억원 및 증권거래세 약 1억원 납부 납부세액 합계 ▪양도소득세 약 42.3억원 ▪증권거래세 약 2억원 ▪양도소득세 약 42.3억원 ▪증권거래세 약 1억원 조특법 제38조 제1항, 제3항 및 같은법 시행령 재35조의2 제13항 제1호, ｢법인세법 시행령｣ 제80조의2 제1항 가목에 의하면, 내국법인이 아래 요건을 모두 갖추어 ｢상법｣ 제360조의2 에 따른 주식의 포괄적 교환에 따라 주식의 포괄적 교환의 상대방 법인의 완전자회사로 되는 경우, 그 주식의 포괄적 교환으로 발생한 완전자회사 주주의 주식양도차익에 상당하는 금액에 대한 양도소득세에 대해서 과세를 이연받을 수 있다.
① 주식의 포괄적 교환일 현재 1년 이상 계속하여 사업을 하던 내국 법인간의 주식의 포괄적 교환일 것
② 완전자회사의 주주가 완전모회사로부터 교환대가를 받은 경우 그 교환대가의 총합계액 중 완전모회사 주식의 가액이 80% 이상 …(생략)…으로서 그 주식이 대통령으로 정하는 바에 따라 배정 되고, 완전모회사 및 대통령령으로 정하는 완전자회사의 주주가 주식의 포괄적 교환등으로 취득한 주식을 교환일이 속하는 사업 연도의 종료일까지 2분의1 이상 보유할 것
③ 완전자회사가 교환일이 속하는 사업연도의 종료일까지 사업을 계속할 것 본건 주식교환은 위 요건 가운데 “완전모회사 및 대통령령으로 정하는 완전자회사의 주주가 주식의 포괄적 교환등으로 취득한 주식을 교환일이 속하는 사업연도의 종료일까지 2분의1 이상 보유할 것”이라는 요건을 제외한 나머지 요건을 모두 중족하였다. 본건 주식교환이 동 요건을 충족하지 못하게 된다면 관련 규정은 “주식의 포괄적 교환등 외의 다른 방법으로 취득한 완전모회사등주식이 있으면 주식의 포괄적 교환등으로 취득한 주식을 먼저 양도한 것으로 본다”는 조특법 시행령 제35조의2 제4항 규정이다. 조특법 시행령 제35조의2 제4항에 의하면, (1) 본인이 본건 주식교환 전부터 소유하고 있던 ○○ 보통주식 50,000주와 (2) 본건 주식교환으로 취득한 ○○ 보통주식 14,607주 가운데, 본건 주식교환으로 취득한 ○○ 보통주식 14,607주를 먼저 양도한 것으로 보아 교환으로 취득한 주식 중 2분의 1 이상 보유 요건을 충족하지 못하게 되므로, 조특법 제38조 제1항에 따른 포괄적 주식교환에 대한 과세특례 요건을 충족하지 못하게 되어, 제1차 양도에 대하여 양도소득세 과세이연 및 증권거래세 면제 등의 특례를 적용받지 못하게 된다. 만약 조특법 시행령 제35조의2 제4항의 규정에도 불구하고, (1) 본인이 본건 주식교환 전부터 소유하고 있던 ○○ 보통주식 50,000주와 (2) 본 건 주식교환으로 취득한 ○○ 보통주식 14,607주 가운데, 교환으로 취득한 14,607주는 양도한 것으로 보지 아니하고 본건 주식교환 전부터 소유하고 있던 ○○ 보통주식 50,000주 가운데 29,073주를 먼저 양도한 것으로 보는 것이 타당하다면, 조특법 제38조 제1항에 따른 과세특례 요건을 충족하게 되고,제1차 양도에 대한 양도소득세 과세이연 및 증권거래세 면제 등의 특례를 적용받을 수 있게 된다. 즉, 조사청 주장대로 선입선출법(조특법 시행령 제35조의2 제4항을 적용하지 않는 경우)에 따라 본건 주식매매 시 청구인이 양도한 대상주식이 오직 당초 소유주식만으로 구성되어 있다고 본다면, 본건 주식교환은 조특법 제38조 제1항의 요건을 갖추게 되어 본건 주식교환에 대해서 양도소득세 과세이연과 증권거래세 면제가 이루어져야 한다. 4) 조특법 시행령 제35조 제4항의 규정을 적용하지 않고 선입선출법을 적용하는 것은 특례주식의 장기보유를 촉진하고 주식 양도 시 과세이연을 조기 중단하려는 취지에 어긋난다. 조세심판원은 청구인이 포괄적 주식교환 이후 주식을 양도하면서, 양도한 주식의 취득가액 산정 목적으로 ‘양도주식의 취득시기가 불분명한 경우에 해당한다’는 등의 이유로 선입선출법을 적용한 사건에서 “주식의 포괄적 교환등에 대한 과세특례는 기업 구조조정 지원을 위한 세법상 혜택으로, 주식을 처분하는 등의 사유가 있으면 과세특례를 조기에 중단할 필요가 있고, 이러한 점을 고려하여 조특법 시행령 제35조의2 제4항에서 과세이연이 중단되는 시점을 세부적으로 규정한 것으로 보이므로, 동일한 회사가 발행한 특례주식과 그 밖의 주식을 함께 보유하다가 그 회사의 주식을 양도하면 특례주식을 먼저 양도한 것으로 해석하는 것이, 특례 주식의 장기보유를 촉진하고 주식 양도 시 과세이연을 조기 중단하려는 취지에 부합하고, 이와 달리 다른 방법으로 취득한 주식을 처분하였음에도 단지 특례주식을 보유하였다는 이유만으로 과세이연의 혜택은 계속 누리게 하는 것은 불합리”하다고 판단한바 있다(조심 2023서9817, 2024.
1. 16). 국세청 역시 조특법 제38조와 조문 체계가 유사한 조특법 제38조의2에 따른 지주회사 특례주식 사안에서 특례주식과 그 밖의 주식이 서로 다른 증권계좌에서 관리되어 특례주식이 실제로 양도되지 아니하였음에도 다른 주식의 양도시점에서 특례주식이 먼저 양도된 것으로 해석한 사례가 있다 (부동산거래관리과-99, 2012.
2. 13). 이를 고려하면, 포괄적 주식의 교환에 따라 취득한 주식과, 그 밖의 방법으로 취득한 주식이 있을 때, 포괄적 주식의 교환에 따라 취득한 주식을 먼저 처분한 것으로 보지 않는 것은 특례주식의 장기보유를 촉진하고 주식 양도 시 과세이연을 조기 중단하려는 취지에 어긋나는 불합리한 해석에 해당한다. 5) 본건에 조특법 시행령 제35조의2 제4항이 적용되지 않더라도, 청구인은 거래 상대방인 ◇◇◇◇과 대상주식 29,703주가 주식교환 취득 주식 14,607주와 종전부터 소유하고 있던 주식 14,466주로 구성된다는 점을 특정 하여 주식의 취득시기가 분명하므로 선입선출법이 적용될 여지가 없다. 가) 본건 주식매매의 양도인과 양수인은 대상주식 29,073주를 신주 14,607주와 구주 14,466주로 특정하려는 의사가 분명하였다. 본건 주식매매는 ‘매매’를 원인으로 한 것으로 매도인은 매수인에 대해 ‘매매의 목적이 된 권리’를 이전해야 한다(｢민법｣ 제568조 제1항). 즉, 매도인과 매수인이 ‘매매의 목적이 된 권리’에 대해 약정한 경우 그 약정한 바에 따른 해당 권리가 양도의 대상이 된다. 양수인은 양도인이 대가를 받지도 않는 주식에 대해서까지 이중 세금부담(교환 시 한번, 양도 시 다시 한 번)을 지면서까지 양도하도록 할 수는 없었던바 매매의 목적이 교환 신주와 기존 구주라는 점을 분명히 하고자 하였고, 양도인도 당연히 실제 양도하고 대가를 받는 주식에 대해 성실히 세금을 납부하고자 하였던바, 양도인과 양수인은 대상주식 29,073주를 신주 14,607 주와 14,466주로 특정하려는 의사가 합치하였다. 이러한 사실은 양수인의 확인서에서 확인된다. 양수인인 ◇◇◇◇을 운용하는 OOOOOO OOOOOO Private Equity 소속 인원이 양도인(청구인)의 매각 주간사인 ppp Partners 소속 인원을 통해 양도인의 본건 주식매매 관련 양도소득세 계산내역을 공유받은 이메일은 다음과 같다. 양수인은 2019.
5. 14.자 오후 12시 16분 보낸 이메일 본문에서 해당 엑셀 파일의 ‘I91 cell 부터 확인하면 된다’고 설명하였다. ￭ 양수인 측에서 작성한 동 엑셀 파일의 191 cell 부터의 부분을 살펴보면, 양수인은 AAA의 제2차 양도 관련 양도소득세 계산 시 교환에 따라 취득하는 ○○ 주식을 매매 대상으로 하는 합의에 따라 교환에 따라 과세된 양도가액을 ‘취득가액’에 포함 하여 양도소득세를 계산하였다. 즉 양수인은 AAA이 제2차 양도 시 주식의 포괄적 교환으로 취득한 ○○ 보통주를 특정하여 양도하는 것으로 보았다. ￭ 동 계산 내역에 나타나는 바와 같이 양도인과 양수인은 ‘교환으로 취득한 ○○ 보통주’를 특정하여 양도하고 양수하고자 하였다. 즉, 양도인과 양수인 모두 교환으로 취득한 ○○ 보통주를 ‘특정’하여 양도하고자 하는 의사가 명확하였다. ￭ 이러한 이유로 매매의 목적이 되는 권리에 대하여 ‘00회사’의 주식 ‘XXX주’라고만 하는 일반적인 주식매매계약과 달리 본건 주식매매계약에서는 전환우선주의 경우에는 (주권번호 등 다른 언급이 없이) 주식 수만 21,535주로 기재된 것과 달리 보통주 (Common Shares)에 대해서는 주권번호(Share Certificate Numbers (Common Shares)) 란을 두고 해당 주권번호를 거래종결 전 제시 (“To be provided by the Sellers prior to Closing”)하는 것으로 하였던 것이다. 나) 주식매매계약서 별첨 문구는 통상 주식양수도계약서에는 포함되지 않는 것으로, 대상주식 29,073주를 신주 14,607주와 구주 14,466주로 특정 하려는 양도인과 양수인의 의사를 반영하기 위한 것이다. 일반적인 주식매매계약에서는 회사명과 대상 주식 수를 규정할 뿐 본 건 주식매매계약과 같이 주권을 특정하는 조항을 두지 않는다 본건에서는 양도인과 양수인이 대상주식 29,073주를 신주 14,607주와 구주 14,466주로 특정하는 합의 내용을 분명하게 하고자 계약서에 관련 문구를 기재한 것이다. 또한 제출한 메일에서도 ‘개별법’을 염두에 두고 ‘SPA(Share Purchase Agreement, 주식매매계약을 의미함)에도 포괄적 주식의 교환으로 허득한 주식 0000주와 기존 보유주식 0000주라고 명시하면서 해당 주권 발행번호를 명시’하고자 한 것이 주식매매계약에 반영된 양 당사자의 의사임이 확인된다. ❙주식매매계약서 일부 〔참고용 번역〕❙ 본 주식매매계약은 2019년 5월 16일 아래 당사자들 간에 체결되었다. (A) 대한민국 ▶▶시 PP구 00번지에 주소를 두고 대한민국 법률에 따라 설립된 SSSS IV (B) 대한민국 ▶▶시 UU구 ○○빌리지 00, C-000호에 주소를 둔 대한민국 국민인 AAA (중략) SECTION 2. 대상 주식의 매도 및 매수; 매매가액 및 지급 2.1 대상 주식의 매매. 본 계약 내용 및 조건에 따라 거래종결일에, 각 매도인은 Exhibit 1에 기재된 자신이 소유하는 대상 주식을 ‘총 매매가액 중 각 매도인 별 비율에 따른 가액’(이하 각 “배분금액”)으로 어떠한 부담도 설정되지 않은 상태로 양도하고 매수인은 양수한다. 단, (ⅰ) 모든 매도인들이 각자의 배분대상주식을 매수인에게 동시에 매도하지 않는 한 매수인은 어떠한 경우에도 매도인으로부터 대상주식을 매수할 의무는 없으며, (ⅱ) 매수인이 모든 매도인들로부터 동시에 대상주식을 매수하지 않는 한 어떠한 경우에도 매도인은 매수인에게 자신의 배분대상주식을 매도할 의무는 없다. EXHIBIT 1 관계 회사 주식들 (현재)
4. ○○ (자기주식) 주주 주식수 지분율
○○ 5 100% 계 5 100% 대상주식 (거래종결일 현재) 주주 보통주 주식 수 주권번호(보통주) 전환우선주 주식수 전체 발행주식중 해당 주식 가치 비율 AAA 29,073 거래종결 전 제시 예정 21,535 67.60% 을 731 상동 540 1.70% 병 150 상동 111 0.35% 정 150 상동 111 0.35% 계 30,103
• 22,297 70%
청구인은 주식양도 순서를 정한 조특법 시행령 제35조의2 제4항에 따라 교환으로 취득한 주식을 먼저 양도한 것으로 보아 양도소득세를 신고해야 한다고 생각하였다. 기왕 신고해야 한다면 더 명확히 하는 것이 좋을 것 같아 주식매매 계약서에서 대상주식을 특정하고자 하였고 이러한 양도인과 양수인 간 대상주식 특정의 의사는 (1) 일반 주식매매 계약서와 다른 형태의 특이한 주식매매계약서, (2) 양수인 확인서, (3) (양도인이 아니라) 양수인이 제시한 양도소득세 계산내역, (4) 계약서상 특정 조항을 포함하게 된 배경에 대한 이메일을 통하여 명확하게 확인된다. 조사청 의견과 같이 선입선출법에 따라 양도소득세를 과세하면 (1) 위 특례규정 취지에 위배되고, (2) 매매당사자들의 매매대상 주식 특정 의사에 배치되며 (3) 납세자에게 실제 양도하고 대가를 받은 29,073주보다 50%나 많은 43,680주(교환 14,607주, 양도 29,073주)에 대한 양도소득세를 부담 시키는 부당한 결과가 된다.
7.
17. 본건 주식교환에 대해 조특법 제38조에 따른 주식의 포괄적교환등 과세특례의 적용을 신청하는 내용의 “주식의 포괄적 교환등 과세특례신청서”를 BB세무서에 제출하였다. 2) 조사청은 모순되는 주장으로 납세자에 부당하고 과도한 세부담을 지우려 한다. 청구인은 조특법 제38조에 따른 과세특례를 신청한바, 조사청 의견대로 선입선출법을 적용하면 조사청이 제시한 아래 표①이 적용되어야 하고, 납세자 의견과 같이 본건 주식교환으로 취득한 주식을 먼저 양도한 것으로 보면, 조사청이 제시한 아래 표③이 적용되어야 함에도 불구하고, 조사청은 표②의 계산대로 세무조사결과 통지를 한 것은 모순되며 납세자에 부당하고 과도한 세부담을 지우는 것이다. 심리자료의 통지관서(조사청) 의견 가운데 표①, 표②, 표③의 내용을 발췌하면 다음과 같다. ❙① 1차양도 과세이연(신청) + 2차양도 과세(신주 14,607주, 구주 14,466주)❙ 구 분 교환 (과세이연 신청) 양도 ㈜□□□주식 신주(특례해제) 구주 양도일자
2019. 6.18.
2019. 6.27.
2019. 6.27 양도주식수 54,000주(14,607주) 14,607주 14,466주 주당양도가액 1,474,568원 1,474,568원 양도가액 21,539백만원 21,331백만원 취득일자
2013. 9.25.
2013. 9.25. 2001.12.29. 주당취득가액 5,000원 10,000원 취득가액 270백만원 144백만원 필요경비 107백만원 106백만원 양도소득금액
• 21,161백만원 21,079백만원 소득금액 계 42,241백만원 ❙② 1차양도 과세(미신청) + 2차양도 과세(구주 29,073주)❙ 구 분 교환(과세이연 미신청) 양도 ㈜□□□주식 구주(선입선출) 구주 양도일자
2019. 6.18.
2019. 6.27.
2019. 6.27. 양도주식수 54,000주(14,607주) 14,607주 14,466주 주당양도가액 398,886원 1,474,568원 1,474,568원 양도가액 21,539백만원 21,539백만원 21,331백만원 취득일자
2013. 9.25.
1994. 3.31.
1994. 3.31., 2001.12.29. 주당취득가액 5,000원 10,000원 10,000원 취득가액 270백만원 146백만원 144백만원 필요경비 107백만원 107백만원 106백만원 양도소득금액 21,162백만원 21,285백만원 21,079백만원 소득금액 계 63,527백만원 ❙③ 1차양도 과세(신주 14,607주) + 2차양도 과세(신주 14,607주, 구주 14,466주) ❙ 구 분 교환 양도 ㈜□□□주식 신주(후입선출) 구주 양도일자
2019. 6.18.
2019. 6.27.
2019. 6.27. 양도주식수 54,000주(14,607주) 14,607주 14,466주 주당양도가액 398,886원 1,474,568원 1,474,568원 양도가액 21,539백만원 21,539백만원 21,331백만원 취득일자
2013. 9.25.
2019. 6.18. 2001.12.29. 주당취득가액 5,000원 1,474,568원 10,000원 취득가액 270백만원 21,539백만원 144백만원 필요경비 107백만원 107백만원 106백만원 양도소득금액 21,162백만원 △107백만원 21,079백만원 소득금액 계 42,134백만원 3) 본건 주식매매의 양도인과 양수인은 대상주식 29,073주를 신주 14,607주와 구주 14,466주로 특정하려는 의사가 분명하였다. 청구인이 당초 본건 주식교환 및 본건 주식매매에 대한 양도소득세와 증권거래세를 신고하기 전에, 충분한 검토가 없었다면 아래 도표와 같은 내용의 복잡한 계약 조문을 작성하지 않았을 것이다. ❙주식양수도계약서 일부❙ SUBJECT SHARES: 대상주식 Common Shares: 보통주 Share Certificate Number: 주권번호 CS: 전환우선주 Founder: AAA(청구인) Seller 1: NNN Seller 2: KKK Seller 3: GGG 특히, 전환우선주(CS)는 단순하게 주식 수(Number of CS)만 기재되어 있는 것에 비해 보통주(Common Shares)에 대해서는 “Share Certificate Numbers(Common Shares)”로 되어 있고 “To be provided by the Sellers prior to the Closing”과 같이 달리 규정되어 있다는 점이 이를 반증하며, 기 제출한 양수인의 확인서에도 양 당사자의 특정하려는 의사가 명확히 나타나 있다. 또한, 청구인은 당초 ○○과 □□□ 주식을 각각 매각하고자 하였으나, 양수인이 ‘○○, □□□, ♤♤♤’의 세 법인을 각각 인수하기 보다는 세 법인을 하나의 법인으로 통합한 상태로 인수하는 것을 원하였고, 해당 통합의 방안으로 양수인과 협의하면서 포괄적 교환(SPA상 restructuring)을 하게 된 것이다. 양수인이 청구인 측에게 제시한 인수의향서(Letter of Intent)에서 발췌한 다음의 “인수 제안 구조”에서 양수인이 세 법인을 통합하여 인수 하기를 제안한 사실이 확인된다. 즉, 본건 주식교환(2019.
6.
18. 거래)과 본건 주식매매(2019.
6.
27. 거래)는 양수인의 요청에 의해 연속적으로 발생한 일련의 거래였고 교환으로 취득한 주식을 매매하고자 하였던 것이다.
1. 16.)
5. 28.), 조특법 제38조 제1항에서 주식의 포괄적 교환등으로 발생한 완전자회사 주주의 주식 양도소득세에 대해서는 대통령령이 정하는 바에 따라 완전모회사 주식을 처분할 때까지 과세를 이연받을 수 있다고 되어 있고, 같은 법 시행령 제35조의2 제14항에서 과세이연을 적용받으려는 완전 자회사의 주주는 완전 모회사와 함께 과세특례신청서를 제출하여야 한다고 되어 있어 과세이연을 적용받으려는 납세자는 모회사와 함께 과세특례 신청서를 제출하여야 한다.
5.
28. 확정) 마) 청구인은 조특법 시행령 제35조의2 제4항에 따라 신주를 먼저 양도한 것으로 신고했다고 주장하면서도 조특법 제38조 및 같은 법 시행령 제14조에 따라 과세특례신청서를 제출하지 않았고 과세이연을 받지 않은 채 양도 소득세를 직접 납부하였으므로 애당초 과세이연에 대한 사후관리 관련 조항인 조특법 시행령 적용 대상이 아니라고 봐야 한다. 바) 결론적으로 청구인은 포괄적 주식교환 시 발생한 양도차익에 대하여 조특법 제38조에 의한 과세이연을 받지 않았으므로 같은 법 시행령 제35조의2 제4항 적용대상이 될 수 없고, 따라서 ｢소득세법 시행령｣에 따라 주식의 양도차익을 산정해야 하는바, 양도자산의 취득시기가 불분명한 경우에 해당하므로 먼저 취득한 자산을 먼저 양도한 것으로 보아 취득가액을 산정하여 과세예고 통지한 것은 적법한 처분이다.
3. 청구인은 ㉮ 구주를 양도한 것으로 볼 경우에 신주가 과세이연요건을 충족하여 1차양도 과세이연 및 2차양도 과세되고, ㉯ 신주를 양도한 것으로 볼 경우에 과세이연요건을 미충족하여 1차양도 및 2차양도 과세 되는 총 두가지 경우를 주장하나, 포괄적 과세이연은 과세이연요건을 총족할 경우 청구인의 의사와 무관하게 적용되는 것이 아닌 청구인의 신청에 의해서 적용된다. 따라서 2차양도 시 구주를 양도한 것으로 볼 경우에 ① 1차양도 과세 이연(신청) + 2차양도 과세(신주 14,607주, 구주 14,466주) 또는 ② 1차양도 과세(미신청) + 2차양도 과세(구주 29,073주)되며, 신주를 양도한 것으로 볼 경우에 ③ 1차양도 과세(신주 14,607주) + 2차양도 과세(신주 14,607주, 구주 14,466주)되는 총 세가지 경우가 존재하는 것으로, 1차양도(주식교환)에 따른 과세이연과 2차양도(주식매매)는 별개로 보아야 하는바, 신고서식 으로 요약하면 아래와 같다. ❙① 1차양도 과세이연(신청) + 2차양도 과세(신주 14,607주, 구주 14,466주)❙ 구 분 교환 (과세이연 신청) 양도 ㈜□□□주식 신주(특례해제) 구주 양도일자
2019. 6.18.
2019. 6.27.
2019. 6.27 양도주식수 54,000주(14,607주) 14,607주 14,466주 주당양도가액 1,474,568원 1,474,568원 양도가액 21,539백만원 21,331백만원 취득일자
2013. 9.25.
2013. 9.25. 2001.12.29. 주당취득가액 5,000원 10,000원 취득가액 270백만원 144백만원 필요경비 107백만원 106백만원 양도소득금액
• 21,161백만원 21,079백만원 소득금액 계 42,241백만원 ❙② 1차양도 과세(미신청) + 2차양도 과세(구주 29,073주)❙ 구 분 교환(과세이연 미신청) 양도 ㈜□□□주식 구주(선입선출) 구주 양도일자
2019. 6.18.
2019. 6.27.
2019. 6.27. 양도주식수 54,000주(14,607주) 14,607주 14,466주 주당양도가액 398,886원 1,474,568원 1,474,568원 양도가액 21,539백만원 21,539백만원 21,331백만원 취득일자
2013. 9.25.
1994. 3.31.
1994. 3.31., 2001.12.29. 주당취득가액 5,000원 10,000원 10,000원 취득가액 270백만원 146백만원 144백만원 필요경비 107백만원 107백만원 106백만원 양도소득금액 21,162백만원 21,285백만원 21,079백만원 소득금액 계 63,527백만원 ❙③ 1차양도 과세(신주 14,607주) + 2차양도 과세(신주 14,607주, 구주 14,466주) ❙ 구 분 교환 양도 ㈜□□□주식 신주(후입선출) 구주 양도일자
2019. 6.18.
2019. 6.27.
2019. 6.27. 양도주식수 54,000주(14,607주) 14,607주 14,466주 주당양도가액 398,886원 1,474,568원 1,474,568원 양도가액 21,539백만원 21,539백만원 21,331백만원 취득일자
2013. 9.25.
2019. 6.18. 2001.12.29. 주당취득가액 5,000원 1,474,568원 10,000원 취득가액 270백만원 21,539백만원 144백만원 필요경비 107백만원 107백만원 106백만원 양도소득금액 21,162백만원 △107백만원 21,079백만원 소득금액 계 42,134백만원 4) 청구인은 조사청의 주장대로 2차양도 시 교환취득 주식을 양도하지 않은 것(구주를 양도한 것)으로 보면, 본건 주식교환은 조특법 제38조의 요건을 갖추므로 양도소득세 과세이연이 적용되어야 한다고 주장하나, 주식 교환 취득주식을 양도하지 않은 것으로 보더라도 청구인은 양도일 현재 과세이연요건(사업연도 종료일까지 보유 요건)을 갖추지 못하였고 사업연도 종료일 이후에 과세특례신청을 하지 않았다. 가) 국세청 및 기획재정부는 예정신고를 할 때 주식의 포괄적 교환등 과세특례신청서를 납세지관할세무서장에게 제출하지 못한 경우 확정신고 시 제출하여 과세이연 받을 수 있는 것(서면법규과-1061, 2013.
9. 29.)이며, 주식의 포괄적 교환에 대한 과세특례를 적용받으려는 주주가 예정신고를 하지 않고 해당 신청서를 확정신고 시 제출하는 경우 무신고가산세 적용대상에 해당 하지 아니하는 것(기획재정부 조세정책과-320)으로 해석하고 있다. 나) 따라서 청구인은 양도한 주식의 취득시기가 구주인지 신주인지 여부가 분명하지 않은 경우에 해당하는바, 예정신고 시 상기 ②와 동일한 신고서를 제출하였어야 하고, 사업연도 종료일까지 보유하여 과세이연 요건을 충족한 이후 다음해 확정신고 시 과세특례신청서를 제출하여 과세이연 적용을 받을 수 있었음에도 청구인은 과세이연을 선택하지 않은 것이다 다) 청구인이 고의가 아닌 착오나 법령에 대한 부지 등으로 당초 양도 소득세 신고 시 과세이연 요건을 충족하지 못하였다고 판단하여 그렇게 신고한 경우라도 이러한 착오 등은 적법하게 신고하지 못한 것에 대한 정당한 사유라고 볼 수 없다.
○○)을 통해 ○○ 아래 □□□를 계열화하는 구조조정을 실시한 후 거래함을 전제조건으로 한다고 되어 있으며, 나) 계약서의 상당 부분은 법인의 부동산, 지적재산권, 보증내역, 계약 내용, 고용관계 등을 보장·확정하는 내용으로, 양도주식을 구주 또는 신주로 특정한 사실은 확인되지 않으며, 계약서상 대상주식을 기재한 부분은 아래와 같다. ❙주식양수도계약서 일부❙ SUBJECT SHARES: 대상주식 Common Shares: 보통주 Share Certificate Number: 주권번호 CS: 전환우선주 Founder: AAA(청구인) Seller 1: NNN Seller 2: KKK Seller 3: GGG 다) 청구인은 주식양수도계약서상 대상주식(Subject shares) 표의 보통주 주권번호(Share Certificate Numbers(Common Shares))란에 기재된 “To be provided by the Sellers prior to the Closing”가 납세자가 제시하는 주권 번호에 해당하는 주식을 특정하여 양도한 것을 입증한다고 주장하나, 양도자인 청구인(Seller)이 양수인에게 제공한 보통주 29,073주의 주권발행 번호는 ‘가0000001호’이며, 발행일자는 2019.
6.
18. 교부일자는 2019.
6. 27.로, 청구인 거래를 위해 양도 당시 주권이 1매로 최초 발행되었는바, 주권에 기재된 양도주식의 구성을 특정할 수 없다. 라) 상기와 같이 주권발행법인은 양도대상 주식 29,073주에 대한 주권을 1매로 최초 발행하였는바, 29,073주 1매의 주권이 어떤 주식으로 구성되어 있는지 특정할 수 없고, 계약서에도 상기 부분 외에 양도대상 주식을 특정한 내용은 달리 없다. 2) 청구인은 허위로 의심되는 주권발급대장을 제출하는 등 객관적인 증빙을 통해 신주 양도 사실을 입증하지 못하고 있다. 가) 청구인은 양도주식에 신주가 포함되어 있다는 것을 입증하는 증빙 으로 아래와 같은 주권발급대장을 제출한 사실이 있는바, 주권발급대장은 주권발행법인에서도 작성 및 보관 사실을 부인한 문서로써 누가, 언제, 무슨 목적으로 작성하였는지 확인되지 않는 허위가 의심되는 문서로 이러한 서류를 제출한 사실만 보아도 청구인 주장을 입증할 객관적인 증빙은 없다는 것을 알 수 있다. 나)
4.
18. 세무대리인 문답에 의하며, 주권발급대장은 누가 언제 작성한 것인지 모르며, 청구인 및 세무대리인은 출처를 알 수 없는 복사본만 보관 중으로 확인되고 주권발급대장 원본도 보관하고 있지 않아 주권발급 대장은 진위 여부를 확인할 수 없고, 허위 작성이 의심되는 문서이다. 다) 청구인은 양수인 측에서 양도인의 양도소득세를 계산 시 신주를 포함하여 계산한 엑셀파일을 근거로 당사자 간에 신주를 거래하였음이 분명 하다고 주장하나, 양수인 ◇◇◇◇는 주식양수도과정(신주발행, 주식교환, 주식양수도 등)을 통해 ○○의 지분 70%를 인수하는 것이 목적이었기 때문에 매수하는 주식이 구주인지 신주인지는 관심사항이 아니었다. 그런 상황에서 양수인 측 입장을 대변한다고 볼 수 없는 실무자가 양도자 측 부탁을 받고 세액계산을 해주면서 신주를 포함하여 계산해 주었다는 것만으로 양수인이 신주를 취득할 의사가 있었다고 볼 수 없는 것으로, 거래와 관련하여 쌍방이 주고받은 전체메일이나 의사소통과정 전체를 모르는 상태에서 실무자가 계산한 엑셀파일 하나만으로 그것이 양수자 측 의사를 대변한다고 단정할 수는 없기 때문이다. 라) 양수인이 진정으로 특정한 주식을 매수하고자 하였다면 계약서상 구체적으로 명시했어야 하는 것으로, 2019.
5. 14., 2019.
5.
15. 양도소득세 엑셀파일 및 이메일 발·수신 이후인 2019.
5.
16. 주식양수도계약서를 작성하였음에도 양수도계약서상 양도대상 주식을 구·신주로 특정하여 구체적 으로 기재하지 않은 것은 양도인과 양수인 간에 특정 주식 양수도에 관한 약정이나 합의가 없었다고 봐야 한다. 마) 청구인은 양수인의 확인서를 제출하면서 양수인도 교환으로 취득한 신주를 포함하여 취득하였음을 확인하였다고 주장하나, 양수인의 확인서는 청구인에 대한 양도소득세 조사가 진행 중이던 2024.
5.
8. 작성된 것으로 청구인의 요청에 따라 작성된 것으로 보인다. 그 확인서 내용도 “본 계약 EXHIBIT 1에서 대상주식(SUBJECT SHARS)를 정함에 있어 ①우선주(CS)는 주식 수가 단순하게 21,535주로 기재되어 있는 것과 달리 ② 보통주는 매매대상 주식을 ‘교환으로 취득한 보통주 14,607주’와 ‘교환 전 보유하고 있던 14,466주’로 구체적으로 규정하고 있는 취지는”이라고 기재하고 있으나, 실제 EXHIBIT 1에서 매매대상인 보통주 주권번호란에는 “To bo provided by the sellers prior to the Closing(거래 종결 전에 양도자가 제공할 주권번호”라고만 기재되어 있고, “본 계약 체결 시점에는 ‘교환으로 취득한 보통주’는 아직 발행되지 않아서 주권 번호가 확정되어 있지 않았기 때문에 주권 번호는 ‘To bo provided by the sellers prior to the Closing’이라고 반영하였습니다.”라고 기재하고 있으나, 체약 체결 이후에도 교환으로 취득한 보통주의 주권을 별도로 발행한 사실이 없고, 거래 종결 전에 양도인이 교환으로 취득한 보통주의 주권번호를 양수인에게 제공한 사실이 없다 그러므로 양도인과 양수인이 대상주식 29,073주를 신주 14,607주와 14,466주로 특정하려는 의사가 확인서에서 확인된다는 청구인의 주장은 사실과 다르다 바) 결국 청구인은 어떤 주식을 양도하였는지 분명하지 아니함에도 불구 하고 ｢소득세법 시행령｣을 간과하고 후입선출법으로 신고하여 양도소득을 과소 신고하였는바, 만약 청구인이 ｢소득세법｣ 제98조 및 같은 법 시행령 제162조를 간과하지 않았다면 2차양도 시 신주를 먼저 양도하였다고 보더라도 나머지 양도한 주식은 구주 중 먼저 취득한 주식을 양도하였다고 신고하여야 하나, 납세자는 구주 중 나중에(2001.
12. 29.) 취득한 30,000주 중 일부를 양도한 것으로 하여 후입선출법으로 신고한 사실을 볼 때, 당초 신고 시 ｢소득세법｣ 규정에 대한 충분한 검토 없이 후입선출법을 적용하여 신고하였고 조사 과정에서 본인의 착오 신고를 보완하는 논리를 만든 것으로 판단된다. 3)
가) 청구인은 구주와 주식의 포괄적 교환으로 취득한 신주를 보유한 상태 에서 일부 주식을 양도하면서 주식양수도계약서상 신주를 특정하지 않고 보통주 29,073주를 매매대상으로 계약하였는바, 조특법 시행령 제35조의2 제4항에 따라 신주를 양도한 것으로 보아야 한다고 주장하나, 이는 주식의 포괄적 교환으로 발생한 구주의 양도차익에 대하여 조특법 제38조에 의한 과세이연을 적용받지 않은 경우에 적용되는 조항으로 청구인은 과세이연을 적용받지 않고 양도소득세를 납부하였으므로 과세이연에 대한 사후관리 관련 규정인 조특법 시행령 제35조의2 제4항 적용대상이 아님이 명백하고, 따라서 ｢소득세법 시행령｣을 적용하여 양도소득세를 과세함이 타당하다. 나) 과세여부는 객관적이고 명백한 증빙에 따라 결정하여야 하는 것인데, 주식양수도계약서에는 매매대상에 신주가 포함되어 있는지 확인되지 않고, 청구인은 양도자 측 요청에 따라 계산된 세액계산 파일 외에 당사자 간 특정한 주식을 거래하였음을 입증할 만한 거래 관련 서류, 권한 있는 자 간의 메일 등 구체적이고 명확한 증빙을 전혀 제출하지 못하였다. 그러므로, ① 주식양수도계약서상 거래대상 주식이 특정되어 있지 않다는 점, ② 양도한 29,073주의 주권은 양도 당시 1매로 최초 발행되어 그 주식이 어떤 주식으로 구성되어 있는지 특정할 수 없다는 점, ③ 주권 발급대장은 원본이 존재하지 않는 허위가 의심되는 서류에 불과하다는 점, ④ 양도자도 신주·구주를 특정해서 매입할 아무런 이유가 없었고, ⑤ 그 외 쌍방간 특정한 주식을 거래하였다는 것을 알 수 있는 객관적이고 명백한 증빙도 전혀 없다는 점 등을 종합해 볼 때 양도자산의 취득시기가 분명하지 아니한 경우에 해당하므로 ｢소득세법｣ 제98조 및 ｢소득세법 시행령｣ 제162조 에 의거 하여 먼저 취득한 자산을 먼저 양도한 것으로 취득가액을 산정하여 세무조사 결과통지한 처분은 정당하다.
⑤ 법 제98조 및 이 조 제1항을 적용할 때 양도한 자산의 취득시기가 분명하지 아니한 경우에는 먼저 취득한 자산을 먼저 양도한 것으로 본다. 2) 상법 제360조의2 【주식의 포괄적 교환에 의한 완전모회사의 설립】
① 회사는 이 관의 규정에 의한 주식의 포괄적 교환에 의하여 다른 회사의 발행주식의 총수를 소유하는 회사(이하 "완전모회사"라 한다)가 될 수 있다. 이 경우 그 다른 회사를 "완전자회사"라 한다.
② 주식의 포괄적 교환(이하 이 관에서 "주식교환"이라 한다)에 의하여 완전자회사가 되는 회사의 주주가 가지는 그 회사의 주식은 주식을 교환하는 날에 주식교환에 의하여 완전모회사가 되는 회사에 이전하고, 그 완전자회사가 되는 회사의 주주는 그 완전모회사가 되는 회사가 주식교환을 위하여 발행하는 신주의 배정을 받거나 그 회사 자기주식의 이전을 받음으로써 그 회사의 주주가 된다. 3) 조세특례제한법 제38조 【주식의 포괄적 교환ㆍ이전에 대한 과세특례】
① 내국법인이 다음 각 호의 요건을 모두 갖추어 ｢상법｣ 제360조의2 에 따른 주식의 포괄적 교환 또는 같은 법 제360조의15에 따른 주식의 포괄적 이전(이하 이 조에서 "주식의 포괄적 교환등"이라 한다)에 따라 주식의 포괄적 교환등의 상대방 법인의 완전자회사로 되는 경우 그 주식의 포괄적 교환등으로 발생한 완전자회사 주주의 주식양도차익에 상당하는 금액에 대한 양도소득세 또는 법인세에 대해서는 대통령령으로 정하는 바에 따라 완전자회사의 주주가 완전모회사 또는 그 완전모회사의 완전모회사의 주식을 처분할 때까지 과세를 이연받을 수 있다.
1. 주식의 포괄적 교환ㆍ이전일 현재 1년 이상 계속하여 사업을 하던 내국법인 간의 주식의 포괄적 교환등일 것. 다만, 주식의 포괄적 이전으로 신설되는 완전모회사는 제외한다.
2. 완전자회사의 주주가 완전모회사로부터 교환ㆍ이전대가를 받은 경우 그 교환ㆍ이전대가의 총합계액 중 완전모회사 주식의 가액이 100분의 80 이상이거나 그 완전모회사의 완전모회사 주식의 가액이 100분의 80 이상으로서 그 주식이 대통령령으로 정하는 바에 따라 배정되고, 완전모회사 및 대통령령으로 정하는 완전자회사의 주주가 주식의 포괄적 교환등으로 취득한 주식을 교환ㆍ이전일이 속하는 사업연도의 종료일까지 보유할 것
3. 완전자회사가 교환ㆍ이전일이 속하는 사업연도의 종료일까지 사업을 계속할 것 3-1) 조세특례제한법 시행령 제35조 2【주식의 포괄적 교환ㆍ이전에 대한 법인의 과세특례】
③ 완전자회사의 주주인 거주자, 비거주자 또는 ｢법인세법｣ 제91조 제1항 에 해당하지 아니하는 외국법인(이하 이 조에서 "거주자등"이라 한다)이 보유 주식을 법 제38조제1항에 따라 완전모회사에 주식의 포괄적 교환등을 하고 과세를 이연받는 경우에는 제1호와 제2호의 금액 중 작은 금액을 양도 소득으로 보아 양도소득세를 과세한다.
1. 교환ㆍ이전대가에서 주식의 포괄적 교환등으로 양도한 완전자회사 주식의 취득가액을 뺀 금액
2. 교환ㆍ이전대가로 받은 완전모회사등주식 외의 금전, 그 밖의 재산 가액의 합계액
④ 거주자등이 제3항에 따라 취득한 완전모회사등주식의 전부 또는 일부를 양도하는 때에는 다음 계산식에 따른 금액을 취득가액으로 보아 양도소득세를 과세한다. 이 경우 주식의 포괄적 교환등 외의 다른 방법으로 취득한 완전모회사등주식이 있으면 주식의 포괄적 교환등으로 취득한 주식을 먼저 양도한 것으로 본다.
⑭ 법 제38조제1항을 적용받으려는 완전자회사의 주주는 주식의 포괄적 교환ㆍ이전일이 속하는 과세연도의 과세표준 신고를 할 때 완전 모회사와 함께 기획재정부령으로 정하는 주식의 포괄적 교환등 과세특례 신청서를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.
6. 18.) 유상증자 후 쟁점주식 양도 (2019.
6. 27.) 주식양도 후 청구인
○○주식 50,000주 36,142주 (보통주) 14,607 (전환우선주) 21,535 86,142주 50,608주 (보통주) 29,073 (전환우선주) 21,535 35,534주 보통주는
□□□ 54,000주와 교환하여 취득 (매수자) ◇◇◇◇ 2) 청구인이 주식교환 및 쟁점주식 양도 이후 양도소득세를 신고하였으며, 쟁점주식 양도 시에는 최근에 취득한 주식부터 양도한 것으로 신고한 것으로 확인된다. ❙청구인 양도소득세 신고내역❙ 주식등 종목명
○○코스메틱
□□□ 주식등 종류 비상장법인－중소기업 대주주 양도유형 매매 매매 매매 매매 취득유형 기타(교환취득) 출자(기존보유분) 출자(전환우선주) 출자 양도주식등 수 14,607 14,466 21,535 54,000 양도일자 2019. 6.27. 2019. 6.27. 2019. 6.27. 2019. 6.18. 주당양도가액 1,474,568 1,474,568 3,686,849 398,886 양도가액 21,539,014,784 21,331,100,695 79,396,311,863 21,539,854,078 취득일자 2019. 6.18. 2001.12.29. 2019. 6.19. 2013. 9.25. 주당취득가액 1,474,568 10,000 10,000 5,000 취득가액 21,539,014,783 144,660,000 215,350,000 270,000,000 필요경비 107,695,074 106,655,503 396,981,560 107,699,270 양도소득금액 -107,695,073 21,079,785,192 78,783,980,303 21,162,154,808 과세이연여부 부 부 부 부 납부세액 19,951,214,084 4,231,930,961 3) 국세청 전산자료로 확인되는 ○○과 □□□의 사업자등록 내역은 다음과 같다. 상호 업종/업태 개업일 폐업일 사업장 소재지
○○코스메틱 주식회사 제조업/화장품 1994.5.1.
• 주식회사 □□□ 제조업/플라스틱제품 2013.9.25.
• 4)
○○ 주식과 □□□ 주식교환 관련 계약서를 살펴보면 “○○은 □□□ 및 ♤♤♤의 완전모회사가 되고, □□□ 및 ♤♤♤는 ○○의 완전자회사가 됨을 목적으로 한다”고 기술되어 있다. ❙주식교환 계약서 (제1조 목적)❙ 본 계약은 ○○ 이외의 □□□ 및 ♤♤♤의 주주(이하 “주식교환 대상주주”)가 소유하고 있는 □□□ 및 ♤♤♤의 발행 주식을 본 계약 제5조에 따른 주식교환일(이하 “본 주식 교환일”)에 ○○에게 이전하고, 주식교환 대상주주는 ○○이 제2조에서 정한 비율에 따라 발행하는 ○○ 발행 보통주식 신주(이하 “본건 신주”)를 취득함으로써 ○○의 주주가 되고, 그 결과 ○○은 □□□ 및 ♤♤♤의 완전모회사가 되고, □□□ 및 ♤♤♤는 ○○의 완전자회사가 됨을 목적으로 한다. 5)
○○은 쟁점주식 양도(2019.
6. 27.) 전인 2019.
6.
18. 유상증자를 실시하여 보통주 16,900주, 전환우선주 22,297주를 발행하였고, 청구인이 쟁점주식 양도 이전에 보유하고 있던 ○○ 주식은 2000년 이전 취득 8,000주, 2001년 유상증자 12,000주, 2015년 취득 30,000주, 2019년 유상증자 36,142주(14,607주 교환)로 구성되어 있었던 것으로 확인된다. ❙청구인의 ○○주식 보유량(연말기준) 변동내역❙ 2000년 2001년부터 2014년까지 2015년부터 2018년까지 2019년부터 현재까지 주식수 지분율 주식수 지분율 주식수 지분율 주식수 지분율 8,000 40% 20,000 40% 50,000 100% 35,534 28.97% * 2019년 중 보통주 14,607주, 전환우선주 21,535주 유상증자로 취득, 50,608주 양도 6) 청구인의 2019.
6.
27. 쟁점주식 양도 관련 계약서에 매매 대상주식을 보통주 29,073주, 전환우선주 21,535주로 기재하고 있어, 전환우선주는 2019.
6.
18. 유상증자로 취득한 주식으로 특정할 수 있으나, 보통주 주권번호는 양도자가 제공하는 것으로 기재되어 있어 보통주는 주권번호가 기재되어 있지 않아 계약서상 특정되었다고 보기는 어렵고, 주권발행법인이 29,073주에 대해 주권을 1매(발행번호: 가0000001호)로 발행한 것을 조사청이 확인하였다. ❙주식양수도계약서 일부(대상주식)❙ 주식 보유자 보통주 주식수 주권번호 전환우선주 보유비율 비고 청구인 29,073 양도자가 제공 21,535 67.6% NNN 731 540 1.7% KKK 150 111 0.35% GGG 150 111 0.35% 합계 30,104 22,297 70% * KKK GGG는 ㈜♤♤♤, NNN는 ㈜□□□ 주식과 교환하여 ○○ 주식 취득 7) 청구인은 주식양수도 계약과 관련하여 양수인 측이 청구인 측에 보낸 투자의향서를 아래와 같이 제출하였으며. ‘인수 제안 구조’ 제안 내용에 ○○, □□□, ♤♤♤ 세 법인이 하나의 회사로 합병된 구조를 선호하며 추후 협의 가능하다고 기재되어 있다. 8) 조특법의 주식의 포괄적 교환ㆍ이전에 대한 과세특례 제도를 요약하면 다음과 같고, 주식의 포괄적 교환으로 취득한 주식을 교환일이 속하는 사업연도에 양도하는 경우에는 과세이연 대상이 아닌 것으로 규정하고 있다. ❙주식의 포괄적 교환ㆍ이전에 대한 과세특례(조특법 제38조)❙ 구분 내용 개요 ｢상법｣ 제360조의2 에 따른 주식의 포괄적 교환 또는 같은 법 제360조의 15에 따른 주식의 포괄적 이전에 따라 주식의 포괄적 교환등의 상대방 법인의 완전자회사로 되는 경우 그 주식의 포괄적 교환등으로 발생한 완전자회사 주주의 주식양도차익에 상당하는 금액에 대한 양도소득세 또는 법인세에 대해서는 완전자회사의 주주가 완전 모회사 또는 그 완전모회사의 완전모 회사의 주식을 처분할 때까지 과세를 이연 요건
① 주식의 포괄적 교환ㆍ이전일 현재 1년 이상 계속사업 법인
② 완전자회사의 주주가 주식의 포괄적 교환등으로 취득한 주식을 교환ㆍ이전일이 속하는 사업연도의 종료일까지 보유
③ 완전자회사가 교환ㆍ이전일이 속하는 사업연도의 종료일까지 계속 사업 지주회사ㆍ 전환지주회사 과세이연 현물출자, 자기주식교환으로 취득한 자회사 주식을 현물출자, 자기주식 교환한 법인주주의 장부가액 또는 개인 주주의 취득가액으로 취득한 것으로 봄 ▪ 현물출자 등으로 취득한 자회사 주식의 가액을 시가로 계상하되, 시가 에서 자회사 주식의 장부가액 합계액을 뺀 금액을 자산조정 계정으로 계 상 ▪ 이 경우 자산조정계정은 자회사 주식을 처분하는 사업연도에 익금 또는 손금에 산입하되, 자기주식으로 소각되는 경우에는 익금 또는 손금에 산입하지 아니하고 소멸 현물출자·자기주식 교환주주 과세이연 (거주자) 보유주식을 지주회사, 전환지주회사에 현물출자, 자기주식 교환함에 따라 발생하는 소득에 대하여 양도소득세 과세이연 지주회사, 전환지주회사의 주식을 양도하는 때에는 지주회사, 전환지주회사 주식의 취득가액에서 위 과세이연금액을 뺀 금액을 취득가액으로 보아 양도소득세 과세. 이 경우 현물출자, 자기 주식교환으로 취득한 주식 외의 주식이 있는 경우 현물출자, 자기주식교환으로 취득한 주식을 먼저 양도한 것으로 봄 (내국법인) (ⓐ-ⓑ) 금액을 현물출자·자기주식교환으로 취득한 지주회사, 전환지주회사의 주식에 대한 압축기장충당금으로 손금산입 ⓐ 현물출자·자기주식교환을 한 날 현재의 지주회사, 전환지주 회사 주식의 시가 ⓑ 현물출자·자기주식교환 전일의 보유주식의 장부가액 압축기장충당금은 지주회사, 전환지주회사의 주식을 양도하는 사업 연도에 익금 산입. 이 경우 현물출자, 자기주식교환으로 취득한 주식 외의 주식이 있는 경우 현물출자, 자기주식교환으로 취득한 주식을 먼저 양도한 것으로 봄 9) 조사청이 청구인에게 통지한 세무조사 결과의 주요내용은 다음과 같다. ❙세무조사 결과 통지❙
① 조사대상 (세목: 양도소득세 연도: 2019 기분: 2019.1.1. ～ 2019.12.31.) 조사한 내용 2019.6.27. ○○코스메틱(주) 주식 양도 관련하여 신주가 먼저 양도된 것으로 보아 당초 신고하였으나, 양도세 조사한바 양도주식을 특정할 수 없는 것으로 확인되어 ｢소득세법 시행령｣ 제162조 에 의거하여 구주가 먼저 양도된 것으로 보아 경정함
③ 결정 또는 경정할 내용(예상 총 고지세액: 6,543,331,662원) 세목 연도 과세표준 산출세액 가산세액 예상 고지세액 신고 결정 신고 결정 양도소득세 2019 96,186,226,731 138,738,826,322 19,237,245,346 27,747,765,264 2,264,742,705 6,543,331,662
1. 관련 법리 가) ｢소득세법｣ 제98조 는 ‘자산의 양도차익을 계산함에 있어서 그 취득 시기 및 양도시기에 관하여는 대통령령으로 정한다’고 규정하고 있고, 그 위임을 받은 ｢소득세법 시행령｣ 제162조 는 제1항 내지 제4항에서 구체적인 경우에 있어서 자산의 취득시기 및 양도시기에 관하여 규정하면서 제5항에서 ‘제1항 내지 제4항의 규정을 적용함에 있어서 양도한 자산의 취득시기가 분명하지 아니한 경우에는 먼저 취득한 자산을 먼저 양도한 것으로 본다’고 규정하고 있다. 나) ｢소득세법 시행령｣ 제162조 제5항 은 “양도한 자산이 취득시기가 분명하지 아니한 경우에는 먼저 취득한 자산을 먼저 양도한 것으로 본다”라고 규정하고 있는데, 양도한 주식이 당초 원고가 소유하고 있는 주식 가운데 어느 주식인지 기술적으로 특정할 수 없는 경우 역시 양도한 자산의 취득시기가 분명하지 아니한 경우로 보이는 점, 주권이 발행되지 아니하여 특정을 할 수 없는 주식의 경우까지 납세자가 관념적으로 특정 하는 대로의 주식을 양도하는 것으로 보고 양도소득세를 부과하는 것은 과세소득의 산정을 납세자의 자의에 맡기는 것이 되어 공정, 타당하다고 보이지 아니하는 점 등에 비추어 볼 때 원고가 양도한 소외 회사 주식에 대한 양도차익은 ｢소득세법 시행령｣ 제165조 제5항 에 의하여 ‘선입선출법’에 의하여 산출하여야 할 것이다(인천지방법원
4. 선고 2007구단1436 판결).
2. 청구인이 2019.
6.
27. ○○코스메틱㈜ 보통주를 양도할 때 2019.6월 주식교환으로 취득한 보통주를 포함하여 양도한 것으로 볼 수 있는지 대한 판단
6.
18. 교부일자는 2019.
6. 27.로, 청구인 거래를 위해 양도 당시 주권이 1매로 최초 발행되었는바, 주권에 기재된 양도주식의 구성을 특정할 수 없는 점 (2) 양수인 ◇◇◇◇홀딩스㈜는 ○○의 지분 70%를 인수하는 것이 목적이었기 때문에 매수하는 주식이 구주인지 신주인지는 관심사항이 아니였던 것으로 보이는 점 (3) 조특법 시행령 제35조의2 제4항의 적용대상이 되려면 조특법 제38조에 의한 과세이연을 적용받는 것이 전제조건이라고 보아야 하나, 청구인은 과세이연을 적용받지 않았으므로 쟁점주식 양도 시 포괄적 교환으로 취득한 주식부터 먼저 양도한 것으로 판단할 필요가 없는 점 나) 따라서, 통지관서가 청구인이 2019.6월 주식교환 전 보유하고 있었던 ○○코스메틱㈜ 보통주를 양도한 것으로 보아 한 이 건 세무조사결과 통지는 잘못이 없는 것으로 판단된다.
이 건 과세전적부심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없으므로 ｢국세기본법｣ 제81조의15 제5항 제1호 의 규정에 따라 주문과 같이 결정한다. 1) 전환우선주는 발행은 우선주의 형태이지만 일정기간이 지난 후 보통주로 전환할 수 있는 주식을 말하고, 일반적으로 경영권 보호 장치의 하나로 우호지분을 확보하기 위해 발행됨
결정 내용은 붙임과 같습니다.