쟁점용역은 부가세법 시행령 제40조 제2항에 의한 면세대상에 해당하는지

이 건 과세전적부심사청구는 채택결정합니다.

• 가. 청구법인은 벤처투자 촉진에 관한 법률(이하 “벤처투자법” 이라 한다)제50조 제1항 제5호의 요건을 갖춘 유한회사로 벤처투자 등을 목적으로 2005.9.1. 설립되었다. 청구법인은 동 조항에 따라 결성된 벤처투자조합의 업무집행조합원으로서 조합자산의 벤처투자관리 및 운용 용역(이하 “쟁점용역” 이라 한다)을 제공하고, 2021년 1기 및 2기에 투자조합 규약에서 정한 바에 따라 각 5,127,892,091원, 28,637,734,012원의 관리보수 및 성과보수를 수령하였다. 청구법인은 해당 용역을 부가가치세 면세 대상으로 처리하여 2021년 1기 및 2기 부가가치세 신고를 하였다.
• 나. 조사청은 2021년을 조사대상기간으로 청구법인에 대한 법인통합조사를 실시하였는데, 그 결과 주식회사가 아닌 유한회사가 벤처투자조합에 제공한 자산 관리·운용 용역(쟁점용역)은 부가가치세법 시행령(2022.2.15. 대통령령 제32419호로 개정되기 전의 것, 이하 “개정 전 부가세법 시행령” 이라 하고, 같은 호로 개정된 것은 “개정 후 부가세법 시행령” 이라 한다) 제40조 제1항 제13호 나목(이하 “쟁점조항” 이라 한다)의 면세대상으로 열거되어 있지 않고, 같은 조 제2항의 ‘주된 사업에 부수하는 용역’에도 해당하지 않아 부가가치세 면세대상으로 볼 수 없다고 판단하고, 2024.7.31. A지방국세청(조사0국)의 사전심의를 거쳐 2024.7.29. 2021년 1기 부가가치세 686,908,100원, 2021년 2기 부가가치세 3,880,257,449원을 과세하겠다는 내용의 세무조사결과통지를 하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2024.

8.

27. 이 건 과세전적부심사청구를 제기하였다.

• 가. 쟁점용역은 2022년 개정 ‘전’ 혹은 ‘후’ 어느 것이든 부가세법 시행령 제40조 제1항 제13호 나목에 해당하는 것으로서 부가가치세 면세 대상인 것으로 해석되어야 한다. 1) 들어가며 쟁점용역은 2021년에 이루어졌다. 그런데 2022년 개정 전 쟁점조항은 ‘주식회사형 창투회사’가 제공한 쟁점용역만 면세 대상으로 규정하고, ‘유한회사형 창투회사’가 제공한 쟁점용역은 면세 대상으로 규정하지 않았다. 후자는 2022년 개정을 통해 비로소 쟁점조항에 추가되었는데, 2022년 개정 후 부가세법 시행령 부칙 제2조에 따르면 이는 위 개정령 시행일인 2022.2.15. 이후에 공급하는 분부터 적용된다. 따라서 ‘원칙적으로’ 2021년에 이루어진 쟁점용역에는 2022년 개정 전 부가세법 시행령이 적용되어야 하고, ‘엄격한 문언해석’에만 천착한다면 주식회사형 창투회사가 제공한 쟁점용역만 열거되어 있는 2022년 개정 전 쟁점조항에 유한회사형 창투회사가 제공한 그것이 포함된다고 볼 수는 없다. <표>

2. 관련 법리: 확인적 개정이 이루어진 경우 개정 전 법률관계에 대한 법령적용 방법 하지만 위와 같은 ‘원칙’적 법령해석방법은 이른바 ‘확인적 개정’(신설된 규정이 종래 법령의 해석상 당연히 인정되는 내용을 담고 있는 경우)이 이루어진 경우에는 달리 볼 필요가 있다. 위 경우에도 원칙에만 매달린다면 구체적 타당성을 결여한 결론에 이르게 되는 경우가 많기 때문이다. 이를 해결하기 위하여 대법원은 먼저 “법규 상호 간의 해석을 통하여 그 의미를 명백히 할 필요가 있는 경우에는 조세법률주의가 지향하는 법적안정성 및 예측가능성을 해치지 않는 범위 내에서 입법 취지 및 목적 등을 고려한 합목적적 해석을 하는 것은 불가피하다”고 판시하며(대법원 2008.2.15. 선고 2007두4438 판결), 수차례 조세법규에서도 확장해석 내지 유추해석의 필요성이 있음을 인정해 왔다. 확인적 개정의 경우, ① ‘개정 전 법령에 신설된 내용이 포함되는 것으로 확장ㆍ유추해석하는 방법’으로 구체적 타당성을 도모할 수 있는 길이 열린 것이다. 다른 한편, 대법원 및 조세심판원은 ② 개정 후 법령이 개정 전 법률관계에 ‘소급적용’되는 방법으로도 구체적 타당성을 도모할 수 있는 길을 열어 두었다. 대법원은 “법령을 소급적용하더라도 일반 국민의 이해에 직접 관계가 없는 경우, 오히려 그 이익을 증진하는 경우, 불이익이나 고통을 제거하는 경우 등의 특별한 사정이 있는 경우에 한하여 예외적으로 법령의 소급적용이 허용된다.”고 판시하며 예외적으로 법령이 소급적용 될 수 있는 가능성을 확립한 바 있다(대법원 2005.5.13. 선고 2004다8630 판결). 그리고 조세심판원 역시 다수의 사건에서 개정 후 법령이 소급적용도 될 수 있다는 판단을 했고(조세심판원 2021전5169, 2022. 4. 25. 등). 특히 최근 이 사건과 같은 ‘부가가치세 면세 대상 여부’가 쟁점이 되는 사안에서도 같이 취지의 판단을 하였다. 해당 사건 개정 전 부가세법 시행령에서는 부가가치세 면세 대상으로 장사 등에 관한 법률제14, 15조에 따른 ‘사설묘지’, ‘사설화장시설 또는 사설봉안시설’을 설치한 자가 제공하는 용역만을 면세대상으로 삼고, 동법 제16조에 따른 ‘사설자연장지’ 조성자가 제공하는 용역에 대해서는 면세 대상으로 삼지 않았다. 그러던 중 부가세법 시행령이 개정되었는데, 이 때부터는 ‘사설자연장지’ 조성자가 제공하는 용역 역시 면세 대상으로 포함되었다. 이러한 상황에서, 조세심판원은 먼저 위 개정의 취지가 “장사 형태별 과세형평 제고”인 점 등을 고려하면, 개정 전 시행령이 ‘사설자연장지’에 대해서만 의도적으로 면세 혜택을 배제하려는 것이 아니라, 단순 입법 불비였던 것으로 보인다고 판단하였다. 그리고, 확인적 개정임이 명백한 경우 개정후 시행령이 소급 적용될 수도 있다는 이유 등으로 개정전 부가세법 시행령 시행 당시 제공된 사설자연장지조성용역도 부가가치세 면세 대상으로 보아야 한다고 판단하였다(조세심판원 2022중2058, 2023.11.16.). 요컨대 ‘확인적 개정’임이 명백한 경우, 우리 대법원 및 조세심판원은 ① ‘개정 전 법령’을 확장ㆍ유추해석하는 방법 혹은 ② ‘개정 후 법령’을 소급적용하는 방법을 통해 개별 사안에 따라 구체적 타당성을 도모할 수 있는 법리를 확립해 온 것이다. 따라서 쟁점용역이 면세 대상으로 취급되어야 할지 여부도 2022년 개정이 ‘확인적 개정’인지 여부에 달린 것이고, 확인적 개정임이 분명하다면, 쟁점용역을 면세 대상으로 취급하는데 법령해석방법론 상의 문제는 없을 것이다(위 ① 혹은 ② 어느 방법으로도 면세 대상으로 볼 수 있다). 이하 항을 바꾸어 ‘2022년 개정’을 ‘확인적 개정’으로 보아야 하는 이유에 대해 자세히 말씀드리겠다. 3) 주식회사형 창투회사가 제공하는 쟁점용역과 유한회사형 창투회사가 제공하는 쟁점용역은 정확히 동일하고, 양자를 면세 여부에 있어 달리 취급할 아무런 이유가 없다.

• 가) 주식회사형 창투회사가 제공하는 쟁점용역과 유한회사형 창투회사가 제공하는 쟁점용역은 정확히 동일하다. 주식회사형 창투회사나 유한회사형 창투회사 모두 유한책임조합원(LP, Limited Partner)을 구해 벤처투자조합을 결성하고(벤처투자법 제50조 제1항), 업무집행조합원(GP, General Partner)이 되어 해당 조합의 자산을 관리ㆍ운용하며(벤처투자법 제50조 제3항), 그에 대한 보수를 받는다. 즉, 양 회사가 벤처투자조합에 제공하는 용역의 내용은 정확히 일치하는 것이다. 이에 대해서는 중소벤처기업부 투자관리감독과장도 같은 내용으로 질의회신한 바 있다. <표>
• 나) 2022년 개정 전 쟁점조항은 ‘주식회사형 창투회사’가 제공하는 쟁점용역만을 면세 대상으로 열거하고 있으나, ‘유한회사형 창투회사’ 역시 정부의 관리ㆍ감독을 받는다는 점에서 전자만 면세 대상으로 취급할 아무런 이유가 없다. 한편, 2022년 개정 전 쟁점조항은 쟁점용역과 같은 ‘물적 요건’(거래의 내용) 외에, ‘인적 요건’(공급자) 역시 두고 있다(공급자가 ‘주식회사형 창투회사’일 것). 통상 부가가치세는 재화 또는 용역의 공급에 대해 부과되는 세금으로서, 거래의 외형에 대하여 부과되는 거래세이다(대물세). 그리고 특정 거래에 대해 부가가치세를 면세하는 이유 역시 ① 단일 세율로 규정함으로써 발생하는 ‘역진성’을 해소하기 위한 것이거나 ② 용역의 성질상 어쩔 수 없이 면세가 필요한 경우 등, 모두 ‘물적 요건’ 때문이다. 즉, ‘인적 요건’은 기본적으로 부가가치세의 이념과는 맞지 않는 것이다. 그럼에도 불구하고 우리 부가세 법령은 몇몇 거래의 경우 이 ‘인적 요건’을 두고 있는데, 이는 바로 정부가 해당 용역의 공급자를 지도ㆍ감독해야 할 필요성이 있기 때문이다(대법원 2008.6.12. 선고 2007두23255 판결, 대법원 2013.5.9. 선고 2011두5834 판결). 즉, ‘인적 요건’을 둔 취지는 관련법에 따라 정부의 지도ㆍ감독을 받는 사업자에 한하여 면세 혜택을 주려는 것이다. 따라서 부가세 법령에 열거된 ‘인적 요건’을 갖추지 못한 사업자라고 하더라도, 해당 사업자가 이미 관련법에 의해 정부의 지도ㆍ감독을 받고 있는 경우라면, 굳이 이 ‘인적 요건’을 엄격히 해석하여 이를 갖춘 공급자가 제공한 용역만이 면세 대상인 것으로 취급할 아무런 이유가 없다고 하겠다. 다시 돌아와 이 사건을 보면, 유한회사형 창투회사 역시 주식회사형 창투회사와 다방면에서 정부의 똑같은 정도의 지도ㆍ감독을 받고 있다. 먼저 ‘회사 자체’에 대하여 중소벤처기업부장관으로부터 지도ㆍ감독을 받는다. 중소벤처기업부장관은 주식회사형 창투회사 뿐만 아니라 유한회사형 창투회사 역시 그 운영상황을 확인ㆍ검사할 수 있고, 공무원을 사무실에 파견하여 직접 감사보고서 등의 서류를 검사할 수도 있다(벤처투자법 제72조 제1항 제4, 7호, 제2항). 그리고 만약 벤처투자법에서 정한 위법사유가 발생하면, 주식회사형 창투회사와 마찬가지로 유한회사형 창투회사 역시 중소벤처기업부장관으로부터 업무정지명령, 시정명령 등의 행정처분을 받게 된다(벤처투자법 제62조 제2항). 나아가 이들이 결성하게 되는 ‘벤처투자조합’에 대하여도 중소벤처기업부장관으로부터 지도ㆍ감독을 받는다. 주식회사형 창투회사 뿐만 아니라 유한회사형 창투회사 역시 중소벤처기업부장관에게 등록하여야만 업무집행조합원으로서 벤처투자조합을 결성할 수 있고, 청구법인 역시 위 절차를 거쳐 벤처투자조합을 결성한 뒤, 해당 조합에 업무집행조합원으로서 쟁점용역을 제공하였다(벤처투자법 제50조 제1항). 따라서 2022년 개정 전 쟁점조항을 굳이 ‘주식회사형 창투회사’에 한정되는 것으로 해석할 아무런 이유가 없고, 주식회사형 창투회사가 제공하는 쟁점용역과 유한회사형 창투회사가 제공하는 쟁점용역은 같이 취급됨이 타당하다고 하겠다.
• 다) ‘인적 요건’을 확장해석한 기획재정부 예규, 조세심판원 결정례

(1) 기획재정부 예규 부가세법 시행령 제40조 제1항 제8호는 ‘보험업법에 따른 보험업’을 부가가치세 면제 대상으로 규정하고 있다. 그리고 보험업에는 보험모집업 역시 포함되며(보험업법 제2조 제2호), 보험모집업을 하기 위해서는 보험업 자체에 대해 금융위원회의 허가를 받고(보험업법 제4조), 보험대리점이나 보험중개사로서 금융위원회에 등록을 해야 한다(보험업법 제87, 89조). 따라서 엄격한 문리해석에 따르면, 위와 같이 금융위원회에 허가 및 등록 절차를 거치지 않은 사업자가 보험모집업을 하는 경우, 이는 부가가치세 면세 대상이 아니라고 해석될 여지가 있었다. 그런데 금융위원회는 금융혁신지원특별법제17조 제1항, 제4조 제2항 제5호에 따라 핀테크사가 제공하는 보험모집용역을 특례를 적용받는 혁신금융서비스로 지정하였고, 이에 따라 핀테크사는 보험업법에 따라 금융위원회에 등록하지 않고도 보험모집업을 할 수 있게 되었다. 이러한 상황에서 기획재정부는 핀테크사가 제공하는 보험모집업은 보험업법상 보험업에 해당되는 것이 아님에도 불구하고 부가세법 시행령 제40조 제1항 제8호에 해당하는 것으로서 면세라는 유권해석을 하였고(기획재정부 부가가치세과-382, 2024.6.13.), 국세청 역시 이와 마찬가지의 견해를 표명하였다(사전-2024-법규부가-0022, 2024.6.25.). 구체적 타당성(사회적 필요성에 따라 핀테크사가 금융위원회에 등록함이 없이 보험모집업을 할 수 있도록 한 것)에 따라 면세에 관한 부가세법 시행령 규정상의 ‘인적 요건’을 확장하여 해석한 사안이라고 평가할 수 있겠다.

(2) 조세심판원 결정례 부가세법 시행령 제35조 제12호는 ‘폐기물관리법제25조에 따라 생활폐기물 또는 의료폐기물의 폐기물처리업 허가를 받은 사업자가 공급하는 생활폐기물 또는 의료폐기물의 수집ㆍ운반 및 처리용역’은 부가가치세 면세 대상으로 규정하고 있다. 그런데 해당 사건 폐기물처리시설은 소위 ‘BTO방식’으로 건설된 것으로, 청구법인이 이를 건설한 뒤 지방자치단체에 기부채납하고, 청구법인은 다시 해당 지방자치단체로부터 시설관리운영권을 받았다. 그리고 이를 바탕으로 청구법인은 해당 지방자치단체에 폐기물처리용역을 제공하고 보수를 받았다. 그런데 해당 시설 소유권 변동 경위와 위와 같다보니, 실제 폐기물처리용역을 제공하는 민간사업체는 폐기물시설의 소유자가 아니어서 폐기물관리법에 따른 인허가를 받을 수 없었고, 따라서 조사청은 청구법인이 폐기물관리법에 따른 인허가를 받은 자가 아니라는 이유로 청구법인이 제공한 폐기물처리용역이 면세 대상이 아니라고 판단하고 과세를 하였다. 즉, 해당 사건 청구법인이 부가세법 면세 조항 상의 ‘인적 요건’을 충족하지 못했다는 이유로 면세 적용을 부인한 것이다. 이에 대해 조세심판원은 현실적으로 부가세법이 BTO 방식과 같이 폐기물처리시설의 설치ㆍ운영과정에서 나타날 수 있는 다양한 계약형태를 모두 고려하여 세법에 반영하는 것은 입법기술상 한계가 있는 측면 등을 고려하여, 청구법인이 제공한 용역이 폐기물처리 용역에 해당한다면(‘물적 요건’), 청구법인이 폐기물관리법상 허가를 받은 자가 아니라고 하더라도 허가를 받은 자로 의제되고 면세적용이 가능하다고 판단하였다(조세심판원 2021중3518, 2022.8.30.). 4) 법제처에서는 명시적으로 2022년 개정이 ‘창설적 개정’이 아닌, ‘확인적 개정’임을 밝혔다. 법제처에서 제공한 2022년 개정의 ‘개정이유’를 보면, 아래와 같이 현행 제도의 ‘미비점을 개선ㆍ보완’하기 위해 2022년 개정이 이루어졌다고 설명하고 있다. ‘미비’는 “아직 다 갖추지 못한 상태에 있음”을 의미한다(네이버 국어사전 참조). 즉, 법제처에서는 2022년 개정 전 부가세법 시행령이 유한회사형 창투회사가 제공한 쟁점용역을 면세 대상으로 규정하고 있지 않았던 것이 입법불비의 상황이었던 것이고, 2022년 개정이 ‘확인적 개정’임을 명확히 한 것이다. <표> 5) 주식회사형 창투회사가 제공하는 쟁점용역 역시 2006년경 면세 대상으로 입법될 때 ‘확인적 개정’을 통해 추가되었다. 주식회사형 창투회사가 제공하는 쟁점용역은 2006.2.9.자 대통령령 제19330호 부가세법 시행령 개정(이하 ‘2006년 개정’ 이라 한다)을 통해 입법되었고, 이는 위 개정 시행령의 시행일 이후 공급하는 분부터 적용된다(부칙 제4조). <표> 그런데 이 2006년 개정은 입법경위를 살펴보면 ‘확인적 개정’이었음을 알 수 있다. 2006년 개정 전 구 부가세법 시행령 제33조 제1항 제2호에서는 ‘투자자문업’만을 면세대상으로 규정하고 있었고, 주식회사형 창투회사가 제공하는 쟁점용역은 면세대상으로 규정되어 있지 않았다. 이러한 이유로 조사청은 위 용역을 과세대상으로 보고 부가가치세 과세처분을 하였고, 납세자는 조세심판청구를 하였다. 이러한 상황에서 조세심판원은, 주식회사형 창투회사가 제공하는 쟁점용역이 증권거래법제2조 제10항 제2호의 ‘투자일임업’에 해당된다고 판단한 뒤, 이러한 ‘투자일임업’이 ‘투자자문업’과 비교했을 때 금융용역의 특성이 덜하다고 보이지는 않는다는 이유로 이 역시 면세대상이라고 판단하였다(국세심판소 2003서3682, 2004.3.30.). 그리고 위 2006년 개정은 바로 이러한 조세심판원 결정 이후에 이루어졌는바, 확인적 개정임이 명확하다. 따라서 위 2006년 개정(투자자문업-주식회사형 창투회사가 제공하는 쟁점용역)보다 비교대상 용역의 일치성이 더욱 큰 2022년 개정(주식회사형 창투회사가 제공하는 쟁점용역-유한회사형 창투회사가 제공하는 쟁점용역)의 경우, 당연히 확인적 개정으로 봄이 타당하다고 하겠다. 6) 주식회사형 창투회사가 제공하는 쟁점용역은 당초 타 금융용역과의 조세중립성을 확보하기 위해 면세대상으로 포함되었는바, 이러한 취지를 십분 살리기 위해서는 위 용역과 정확히 동일한 용역인 유한회사형 창투회사가 제공하는 쟁점용역 역시 면세대상으로 해석해야 한다. 조세중립성은 조세가 경제주체의 의사결정을 왜곡하지 말아야 한다는 재정학적 원리로, 의사결정(거래) 자체에 대하여 직접적으로 과세되는 부가가치세에 있어서는 특히 더욱 요구된다. 쟁점조항이 면세 대상으로 부가세법 시행령에 열거된 것도 이러한 ‘조세중립성’을 도모하기 위함이었다. 이를 알기 위해서는 부가세법 시행령의 개정 경위를 과거부터 살펴볼 필요가 있다. 2004년까지는 간접투자기구 중 ‘투자회사’ 혹은 ‘투자신탁’이 제공하는 금융용역에 대해서만 면세했다. 그런데 이러한 제도가 위 사업과 경쟁관계에 있는 ‘사모펀드’를 차별하여 조세중립성이 침해된다는 비판이 있었고, 부가세법 시행령 개정(2004.12.31. 대통령령 제18626호)을 통해 2005년부터는 ‘사모펀드에 공급하는 자산관리 용역’ 역시 면세 대상으로 추가되었다(국세청, 2005년 개정세법해설). 그러자 쟁점용역(‘벤처캐피탈에 공급하는 자산관리 용역’) 역시 위 사업들과 경쟁관계에 있음을 이유로 이것만 과세대상으로 두는 것은 조세중립성을 침해한다는 주장이 대두되었고, 다음 해 개정을 통해 이 또한 면세 대상으로 추가되었다(국세청, 2006년 개정세법해설). 즉, 쟁점용역은 간접투자기구가 제공하는 금융용역들 간에 조세중립성을 도모하기 위한 일련의 과정에서 면세 대상으로 도입된 것이다. <표> 그런데 주식회사형 창투회사가 제공하는 쟁점용역은 유한회사형 창투회사가 제공하는 쟁점용역과 정확히 동일한바, 후자 역시 사모펀드에 제공하는 용역 등 간접투자기구가 제공하는 금융용역과 경쟁관계에 있음이 명확하다. 따라서 쟁점조항의 입법취지(조세중립성 확보)를 살리기 위해서는, 후자 역시 면세 대상으로 취급함이 타당하고, 따라서 2022년 개정은 ‘확인적 개정’인 것으로 봄이 타당하다.

7. 쟁점용역에 대해서만 부가가치세를 과세하는 것은 유한회사로 하여금 벤처투자조합을 결성할 수 있도록 허용한 정부의 정책취지를 퇴색시키는 결과를 초래한다. 벤처투자법이 벤처투자조합을 결성할 수 있는 주체로 주식회사형 창업투자회사 뿐만 아니라 유한회사형 창업투자회사도 둔 것은, 투자 관련 업무를 수행함에 있어(주식회사와 달리) 사원과 주주가 분리되지 않아서 더 적극적, 능동적으로 벤처캐피탈을 운영할 수 있는 등, 유한회사만이 가지는 강점이 있기 때문입니다. 이는 아래와 같이 소관부처인 중소기업청(現 중소벤처기업부)이 배포한 보도자료를 통해서 확인하실 수 있다. <표> 한편, 과거에는 ‘중소기업’ 및 ‘벤처기업’에 대해 투자하기 위한 ‘한국벤처투자조합’은 벤처기업육성에 관한 특별조치법(이하 “벤처기업법” 이라 한다)에서, ‘창업기업’에 대해 투자하기 위한 ‘중소기업창업투자조합’은 중소기업창업 지원법(이하 “중소기업창업법” 이라 한다)에서 각 따로 규율하고 있었다. 전자를 결성할 수 있는 주체로 유한회사형 창투회사가 추가된 것은 벤처기업법이 2004.12.31. 법률 제7288호로 개정되면서부터이고(제4조의3 제1항 제3호), 후자를 결성할 수 있는 주체로 유한회사형 창투회사가 추가된 것은 중소기업창업법이 2016.1.27. 법률 제13868호로 개정되면서부터이다(제20조 제1항 제3호). 그런데 ‘한국벤처투자조합’과 ‘중소기업투자조합’은 사실상 성격이 유사했고, 결국 벤처투자법이 2020.8.12. 법률 제16998호로 제정되면서 ‘벤처투자조합’이라는 이름으로 통합하여 규율하게 되었다(벤처투자법 제정이유 참조). 이 ‘벤처투자조합’은 창업기업, 중소기업, 벤처기업 모두에 투자하는 것을 모두 포함하고(제2조 제11호, 2호), 주식회사형 창투회사 뿐만 아니라 유한회사형 창투회사 역시 과거 나뉘어 각 법률에서 규율되던 때와 마찬가지로 ‘벤처투자조합’ 결성 주체가 될 수 있다(제50조 제1항 제2, 5호)(이하 “벤처투자법”, “벤처기업법”, “중소기업창업법”을 합쳐 “벤처투자에 관한 법률” 이라 한다). 즉, 피투자기업이 어떠한 기업이든(‘창업기업’ or ‘중소기업’ or ‘벤처기업’), 늦어도 중소기업창업법에서 유한회사형 창투회사 역시 ‘중소기업창업투자조합’을 결성할 수 있게 된 2016년부터는, 벤처투자에 관한 법령이 유한회사형 창투회사의 강점을 고려하여 해당 회사 역시 주식회사형 창투회사와 마찬가지로 투자조합을 결성할 수 있도록 규정한 것이다. 요컨대 정부(중소벤처기업부)에서는 벤처투자조합을 결성함에 있어 유한회사형 창투회사를 장려하기 위한 방향으로 법률 개정을 하여 온 것이라 할 수 있겠다. 그리고 유한회사형 창투회사는 현재 한국벤처캐피탈협회에 등록한 협회만을 기준으로 해도 46개로서(협회에 등록하지 않은 업체도 존재할 수 있음), 그 수와 시장에 미치는 영향력이 결코 적지 않다. 이러한 상황에서 위 회사가 제공한 쟁점용역만 과세대상으로 취급하는 것은 위와 같은 정부 정책에 정면으로 반할 뿐만 아니라, 그 파급효과 역시 매우 클 것으로 예상된다. 이러한 점을 고려하면, 2022년 개정은 ‘확인적 개정’이고, 그간 부가세법 시행령에 위 회사가 제공한 쟁점용역이 면세 대상으로 포함되어 있지 않았던 것은 단순히 부가세법 시행령이 벤처투자에 관한 법령이 개정된 사실을 반영하지 못한 것으로 봄이 타당하다고 하겠다.

8. 소결 이상의 내용을 종합하면, 2022년 개정은 확인적 개정임이 명백하다. 따라서 2022년 개정 전 부가세법 시행령을 확장ㆍ유추해석하거나, 혹은 2022년 개정 후 부가세법 시행령을 소급적용하는 방법 어느 것이든. 쟁점용역은 부가세법 시행령 제40조 제1항 제13호 나목에 해당하는 것으로서 면세 대상인 것으로 취급되어야 할 것이다.

• 나. 쟁점용역은 부가세법 시행령 제40조 제2항에 따라 부가가치세 면세 대상인 것으로 취급되어야 한다. 1) 들어가며 이상과 같이 유한회사형 창투회사가 제공하는 쟁점용역은 2022년 개정 전 부가세법 시행령 제40조 제1항 제13호 나목(쟁점조항)에 해당하는 것으로서 면세 대상으로 취급됨이 타당하다. 그럼에도 불구하고, 엄격해석의 원칙에 입각하여 쟁점용역이 위 조항에 열거되어 있지 않기 때문에 그와 같이 볼 수 없다면, ‘같은조 제2항’에 따라 면세대상인 것으로 취급되어야 할 것이다. 이하 항을 바꾸어 자세히 설명한다. 2) 부가세법 시행령 제40조 제2항은 같은 조 제1항 각 호 사업과 유사한 사업을 ‘주된 사업’으로 하는 경우에도 적용된다고 해석해야 한다. 부가세법 시행령 제40조 제2항은 ① 같은 조 제1항 각 호 외의 사업을 주된 사업으로 하는 자가 ② 그에 부수하여, ③ 위 항 각 호의 금융ㆍ보험 용역과 같거나 유사한 용역을 제공하는 경우에도 해당 용역은 면세 대상이라고 규정하고 있다. 이 중 ‘③요건’은 앞서 말씀드린 바와 같이 쟁점용역이 면세 대상으로 규정된 주식회사형 창투회사가 제공하는 용역과 완벽히 일치하는 바, 위 요건이 충족됨은 분명하다. 나머지 ①, ② 요건 관련하여서는 추가적인 해석이 필요하다. 위 조항의 입법취지는 같은 조 제1항 각 호의 금융ㆍ보험 용역과 같거나 유사한 용역을 제공하는 경우에도 경쟁중립성이나 과세형평성을 도모하기 위하여 면세대상으로 정하는 것이다(A행정법원 2012.11.16. 선고 2012구합23136 판결). 그런데 만약 위 요건을 문언 그대로 엄격하게 해석하면, 제1항 각 호와 전혀 다른 사업을 주된 사업으로 하면서 동시에 위 각 호와 유사한 사업을 부수사업으로 하는 자는 면세하면서, 오히려 위 각 호와 유사한 사업을 ‘주된 사업’으로 하는 경우에는 과세하는, 입법취지와는 맞지 않는 불합리한 법적용의 상황이 발생한다. 따라서 위 제2항의 핵심은 ③요건 즉, 입법기술상 면세 대상을 법령에 모두 열거하지 못하는 문제를 보완하기 위해 제1항 각 호와 유사한 용역을 하는 경우에도 면세혜택을 주기로 한 것으로 해석함이 타당하고, ①, ② 요건 즉, 제1항 각 호와 유사한 용역을 ‘주된 사업’으로 하는지, ‘부수 사업’으로 하는지는 중요하지 않은 것으로 해석함이 타당하다. 그리고 조세심판원 역시 앞서 이와 마찬가지의 판단을 기초로, 제1항 각 호와 유사한 사업을 주된 사업으로 하는 자에 대해 제2항에 따라 면세로 봄이 타당하다는 판단을 한 바 있다(국세심판소 2003서3682, 2004.3.30.). <표> 3) 소결 이상과 같이, 유한회사형 창투회사가 제공하는 쟁점용역은 주식회사형 창투회사가 제공하는 쟁점용역과 정확히 같고, 부가세법 시행령 제40조 제2항은 동조 제1항 각 호와 유사한 사업을 ‘주된 사업’으로 하는 경우에도 적용되는 것으로 해석함이 타당한바, 유한회사형 창투회사가 제공하는 쟁점용역이 2022년 개정 전 혹은 후의 부가세법 시행령 제40조 제1항 제13호 나목(쟁점조항)에 해당하는 것으로 해석될 수 없다면, 동조 제2항에 해당하는 것으로서 면세 대상인 것으로 해석되어야 할 것이다.
• 다. 사전열람에 대한 추가의견

1. 대법원 및 조세심판원 모두 신법이 그 시행 이후에 이루어지는 공급부터 적용된다는 부칙 규정이 있는 경우에도, 입법 취지 등 제반 사정에 비추어 신법이 확인적 규정임이 인정되는 경우에는 그 시행 전에 이루어진 공급도 면세 대상인 것으로 인정하고 있다. 결국 확인적 규정인지 여부는 ‘적용례에 관한 부칙 규정의 존재 여부’가 아닌, ‘입법취지 등 제반 사정’에 비추어 판단함이 타당하다.

• 가) 대법원 2003. 4. 8. 선고 2001두10011 판결 부가가치세법제12조 제1항 제6호에서는 ‘여객운송용역’을 면세 대상으로 정하면서, 구 부가가치세법 시행령(1998. 12. 31. 대통령령 제15973호로 개정되기 전의 것) 제31조 제3호 (다)목에서는 ‘자동차운송 겸용 여객선’을 위 ‘여객운송용역’의 범위에서 제외하고 있었다. 그런데 구 부가가치세법 시행령(1998. 12. 31. 대통령령 제15973호로 개정된 것) 제31조 제3호에서는“재정경제부령이 정하는 차도선형 여객선에 의한 여객운송용역을 제외한다”는 문구가 추가되며, ‘차도선형 여객선’의 경우, 면세 대상에 포함되도록 개정되었다. 한편, 위 개정 후 부가가치세 시행령부칙 제2조에서는 “이 영은 이 영 시행 후 최초로... 공급받는 분... 부터 적용한다.”고 하여, 개정 전에 이미 이루어진 공급에 대하여는 적용되지 않는 것으로 정하고 있었다. 그럼에도 불구하고 대법원은, 여객운송용역을 면세 대상으로 규정하는 취지(일반 국민의 기초적 생활에 필수적으로 관련되는 용역은 면세함)에 비추어 볼 때, ‘차도선형 여객선’은 섬의 주민이 육지로 왕래하는 교통수단으로서 그 취지에 부합하므로, ‘개정 전 부가가치세법 시행령’ 하에서도 면세 대상으로 봄이 타당하고, ‘개정 후 부가가치세법 시행령’ 조항에 추가된 문구는 확인적 규정이라고 판단하였다.
• 나) 조세심판원 2022중2058, 2023. 11. 16. 부가가치세법제26조 제1항 제5호에서는 ‘의료보건 용역’을 면세 대상으로 정하면서, 구 부가가치세법 시행령(2022. 2. 15. 대통령령 제32419호로 개정되기 전의 것) 제35조 제7호에서는 ‘사설묘지, 사설장화시설, 사설봉안시설’을 설치한 자가 제공한 용역만이 이에 해당하는 것으로 규정하고 있었다. 그런데 구 부가가치세법 시행령(2022. 2. 15. 대통령령 제32419호로 개정된 것) 제35조 제7호에서는 위 시설 외에 ‘사설자연장지’를 설치한 자가 제공한 용역도 면세 대상으로 추가되었다. 한편, 위 개정 후 부가가치세 시행령부칙 제2조에서는 “이 영은 부칙 제1조에 따른 시행일(이 부분 용역의 경우는 ‘이 영을 공포한 날’) 이후...공급받는 경우...부터 적용한다.”고 하여, 개정 전에 이미 이루어진 공급에 대하여는 적용되지 않는 것으로 정하고 있었다. 그럼에도 불구하고 조세심판원은, 개정취지가 ‘장사 형태별 과세형평 제고’인 점에 비추어 볼 때, 개정 전 부가가치세법 시행령 조항에 ‘사설자연장지’가 빠져 있는 것은 단순누락인 것으로 보인다는 이유로, ‘사설자연장지’를 설치한 자가 제공한 용역도 면세 대상에 포함시키는 것이 타당하다고 판단하였다.

2. 청구법인과 같은 유한회사형 창투회사가 제공하는 쟁점용역은 주식회사형 창투회사가 제공하는 그 것과 정확히 일치한다. 그럼에도 불구하고 후자에 대해서만 면세 혜택을 부여한다면, 벤처기업법 개정을 통해 유한회사의 형태로도 쟁점용역을 공급할 수 있도록 허용한 취지(유한회사의 경우 주주와 투자담당자가 일치함으로써 효율성 및 책임성을 도모할 수 있음)에도 불구하고, 전자는 시장에서 도태될 수밖에 없다(조세중립성 훼손). 특히 이 사건 청구가 불채택으로 결정되면 유한회사형 창투회사가 2019〜2021년 사이에 공급한 쟁점용역 전부에 대해 일괄하여 부가가치세가 과세 될 것인데, 경쟁이 치열한 벤처캐피탈업계에서 유한회사형 창투회사는 살아남을 수 없게 될 것이다.

3. 청구법인은 2005년 설립 이래로 쟁점용역에 대해 줄곧 면세로 신고해왔는데, 한 번도 이를 부인하는 경정이 이루어지거나 세무조사를 받은 적이 없다. 그러다가 2021년 초 한국벤처투자(공공기관)에 대한 감사원 감사 과정에서 한국벤처투자가 제공하는 쟁점용역이 면세 대상이 맞는지 여부가 이슈가 되었는데, 이 과정에서 유한회사형 창투회사가 제공하는 쟁점용역 역시 같이 이슈가 되었다. 이에, 벤처캐피탈협회 및 중소벤처기업부(소관부처)에서는 유한회사형 창투회사가 제공하는 쟁점용역이 주식회사형 창투회사가 제공하는 그것과 다르지 않음을 기획재정부에 적극 알렸고, 결국 전자 역시 2022년 부가가치세법 시행령 개정을 통해 명확히 면세 대상으로 열거되면서 이슈가 해소되었다. 그런데 이 과정에서도 과세당국은 역시 과거 분에 대하여 경정을 하거나 세무조사를 개시하지 않았다. 이러한 상황에서 지금에 와서 부과제척기간 범위 내라는 이유로 2019〜2021년 기간에 한하여 과세를 한다는 것은 첫째, 국세행정의 일관성·계속성에 부합하지 않고, 단지 세수확보를 목적으로 하는 것으로 보일 수 있는 등 국민의 국세행정에 대한 신뢰를 훼손하는 것이다. 둘째, 청구법인은 오랜 기간 쟁점용역이 면세 대상임을 믿고 부가가치세를 거래징수하지 않았고, 과세를 대비하여 사내에 유보해둔 잉여금도 없다. 그런데 2019〜2021년 귀속 부가가치세가 한 번에 과세된다면, 회사 사정이 매우 어렵게 될 것이다.

• 가. 개정 전 부가세법 시행령 제40조 제1항 제13호에 유한회사형 벤처투자회사가 공급하는 용역은 면세대상으로 열거하고 있지 않으므로 면세를 적용할 수 없다. <표>

1. 부가세법상 사업자가 제공하는 모든 재화 또는 용역은 부가가치세 과세대상에 해당하며 예외적으로 부가세법 제26조에 열거된 재화 및 용역에 대하여만 부가가치세가 면제된다. <표>

2. 쟁점용역의 제공이 독립적인 사업에 해당하는 이상 부가세법 시행령 제40조 제1항 각 호에 규정되어 있는 요건을 충족해야 하는 것이며 2022.2.15. 이전 법령에 ‘유한회사형 벤처투자회사가 제공하는 자산 관리·운용 용역’이 면세로 규정되어 있지 않은 이상 과세대상에 해당한다.

3. 또한 부가세법 시행령 제32419호 개정규정은 부가가치세 면세 대상을 확대하고자 유한회사형 벤처투자회사가 공급하는 용역도 면세 대상으로 추가한 것으로, 그 부칙에 시행일 (2022.2.15.) 이후 재화나 용역을 공급하는 경우부터 적용한다고 명시하고 있으므로 시행일 전 공급분에 대하여는 면세로 볼 수 없다. 이는 2015.2.23. 부가세법 시행령이 26071호로 개정되며 인터넷신문 구독료가 면세하는 도서, 신문, 잡지 등의 범위에 추가되었을 때 부칙에 해당 개정 규정은 이 영 시행 이후 신고하거나 결정․경정하는 분부터 적용한다고 하여 소급적용을 인정한 것과 비교해볼 때 더 명확해진다. <표>

4. 통상적으로 면세 규정은 논리·필연적이라기보다는 일정한 정책적 이유에 근거한 것으로, 조세중립성에도 불구하고 과세권자가 일정한 정책적 목적 내지 과세 기술상의 문제 등을 이유로 과세하지 않는 것으로 볼 수 있다. 부가세법 시행령 제40조 제1항 또한 그 연혁과 개정 취지를 보면, 창업·벤처기업 활성화 지원이라는 정책적 이유에서 면제대상이 확대되고 있음을 알 수 있다. <표> 용역 제공 주체에 관하여 그 대상을 한정하는 명확한 규정이 있는 면세 조항의 경우에는 주체 요건을 충족해야 하는 것이며, 이를 충족하지 못하였음에도 용역의 성격만 동일하다면 제2항에 따라 면세를 적용해야한다고 주장하는 것은 적용 주체를 한정하여 규정한 제1항에 전면으로 반하는 것이다. 따라서 제2항의 적용은 후술할 내용과 같이 일시적이고 부수적인 용역에 한정하여 적용하여야 할 것으로 주된 용역에 대하여는 적용할 수 없다.

5. 대법원 판례 내용을 인용하면 “조세법률주의의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면 요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적인 이유 없이 확장해석 하거나 유추해석 하는 것은 허용되지 아니하고, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다고 할 것이다”(대법원 1988.03.27. 선고 97누20090 판결, 대법원 2012.03.15. 선고 2011두14524 판결 등 참조)라고 보는 입장에서 엄격해석의 원칙을 강조하고 있다.

6. 2018.5.14. 생성된 부가세과 예규를 보면 부가세법 시행령 제40조 1항 13호 면세조항에 명시되어 있지 않은 ‘신기술투자조합이 자산의 관리·운용업무를 수행하고 관리보수 및 성과보수를 받는 경우 자산관리·운용업무는 과세대상으로 본다고 해석하였다. <표>

7. 따라서 상기 검토내용과 같이 쟁점용역은 면세대상으로 열거된 용역으로 볼 수 없어 부가가치세가 과세한 당초 처분은 정당하다.

• 나. 쟁점용역은 조사법인의 주된 사업에 부수하여 제공하는 용역이 아니라 독립적·지속적으로 발생하는 별도의 주된 사업에 해당하여 부가세법 시행령 제40조 제2항 규정을 적용할 수 없다.

1. 부가세법 시행령 제40조 제2항은 “제1항 각 호에 따른 사업 외의 사업을 하는 자가 주된 사업에 부수하여 같은 항의 금융·보험 용역과 같거나 유사한 용역을 제공하는 경우에도 법 제26조 제1항 제11호의 금융·보험 용역에 포함되는 것으로 본다”고 규정하고 있다. 대법원은 ‘면세대상인 주된 공급에 부수되는 공급인지 여부’와 관련하여 “조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조사감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 할 것이고 합리적 이유 없이 확장 해석하거나 유추 해석하는 것은 허용되지 아니한다고 할 것이므로, 부가가치세법 제14조 제2항 의 규정에 따라 부가가치세가 면세되는 재화 또는 용역의 공급에 필수적으로 부수되는 재화 또는 용역의 공급으로서 면세되는 재화 또는 용역의 공급에 포함되는 것으로 보는 것의 범위는 부가가치세가 면세되는 주된 재화 또는 용역을 공급하면서 그에 필수적으로 부수되는 어느 재화 또는 용역을 공급하는 사업자 자신의 거래로만 국한하여야 한다”(대법원 2001.3.15. 선고 2000두7131 판결)는 입장에 있다. 부가세법 시행령 제40조 제2항을 살펴보면 용역의 제공이 주된 사업에 부수하여 발생하는 경우를 전제로 하고 있으므로 제1항에 열거된 용역과 같거나 유사한 경우라 할지라도 위 조건을 충족하지 못하였다면 면세에 해당한다고 할 수 없다.

2. 청구법인은 펀드운용사로 벤처투자조합을 결성하여 운용하는 것을 목적사업으로 하고 있다. 벤처투자법 제33조 에 따라 조합을 결성하는 유한회사는 조합결성금액의 1% 이상을 출자금으로 불입해야 하며 이에 따라 직접투자가 이뤄지고 있으나, 이러한 투자수익은 5,096백만원으로 전체 매출(93,602백만원) 대비 5%에 불과하여 투자조합을 결성하기 위한 최소한 요건만 갖춘 것으로 확인된다. 그에 비하여 전체 매출액 중 쟁점용역이 차지하는 비중은 연도별로 58%, 72%, 42%로 상당량에 해당하여 벤처투자조합 관리․운용용역을 주된 사업으로 보는 것이 합리적이다. <표>

3. 조세심판원은 모바일기기에서 구동되는 어플을 통해 금융 관련 서비스 및 금융상품 홍보용역을 제공하는 업체가 고객들에게 간편 계좌송금서비스를 제공하고 해당 송금용역이 ‘주된 사업에 부수하여 제공하는 금융용역’으로서 부가세법 시행령 제40조 제2항에 따라 면세 대상이므로 부가가치세를 환급해 달라고 청구한 사건 (조심2018서3460, 2019.7.22.)에서, ‘청구법인의 전체 매출액 중 쟁점용역의 매출액이 차지하는 비율을 보면 2017년 69%, 2018년 51% 등으로 상당량을 차지하는바 쟁점용역을 주된 사업에 부수하여 제공하는 용역으로 볼 수 없는 점’ 등에 비추어 쟁점용역은 주된 사업에 부수하여 제공하는 금융용역에 해당하지 아니한다고 판단한 바 있다.

4. 따라서 청구법인이 쟁점용역을 주업으로 하여 독립적, 지속적으로 수행하는 한 별도의 사업으로 보아야 할 것이며 주된사업에 부수하여 제공하는 용역에 대하여 면세를 적용하는 부가세법 제40조 제2항은 적용할 수 없다.

• 가. 쟁점

① (주위적 주장) 쟁점용역은 2022년 개정 ‘전’ 혹은 ‘후’ 어느 것이든 부가세법 시행령 제40조 제1항 제13호 나목의 면세대상에 해당하는 것으로 해석해야 한다는 청구주장의 당부

② (예비적 주장) 쟁점용역은 부가세법 시행령 제40조 제2항에 의한 면세대상에 해당한다는 청구주장의 당부

• 나. 관련 법령 1) 부가가치세법 제26조 【재화 또는 용역의 공급에 대한 면세】(2021.1.1. 법률 제17653호로 개정된 것, 이하 같다)

① 다음 각 호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다.

11. 금융ㆍ보험 용역으로서 대통령령으로 정하는 것 1-1) 부가가치세법 시행령 제40조 【면세하는 금융‧보험 용역의 범위】 (2022.2.15. 대통령령 제32419호로 개정되기 전의 것, 개정 전 부가세법 시행령)

① 법 제26조 제1항 제11호에 따른 금융·보험 용역은 다음 각 호의 용역, 사업 및 업무에 해당하는 역무로 한다.

13. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 자산 관리·운용 용역. 다만, 벤처투자 촉진에 관한 법률 제2조 제9호 에 따른 창업기획자 또는 같은 조 제10호에 따른 중소기업창업 투자회사가 자금을 부동산, 실물자산 및 그 밖에 기획재정부령으로 정하는 자산에 운용하는 경우는 제외한다. 가.벤처투자 촉진에 관한 법률제2조 제9호에 따른 창업기획자가 같은 조 제8호에 따른 개인투자조합에 제공하는 자산 관리·운용 용역

• 나. 벤처투자 촉진에 관한 법률 제2조 제10호 에 따른 중소기업 창업투자회사가 같은 조 제11호에 따른 벤처투자조합에 제공하는 자산 관리·운용 용역

② 제1항 각 호에 따른 사업 외의 사업을 하는 자가 주된 사업에 부수하여 같은 항의 금융·보험 용역과 같거나 유사한 용역을 제공하는 경우에도 법 제26조 제1항 제11호의 금융·보험 용역에 포함되는 것으로 본다. 2) 부가가치세법 시행령 제40조 【면세하는 금융‧보험 용역의 범위】 (2022.2.15. 대통령령 제32419호로 개정된 것, 개정 후 부가세법 시행령)

① 법 제26조제1항제11호에 따른 금융·보험 용역은 다음 각 호의 용역, 사업 및 업무에 해당하는 역무로 한다.

13. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 자산 관리·운용 용역. 다만, 해당 목의 용역을 제공하는 자가 자금을 부동산, 실물자산 및 그 밖에 기획재정부령으로 정하는 자산에 운용하는 경우는 제외한다.

• 가. 벤처투자 촉진에 관한 법률 제2조제9호 에 따른 창업 기획자가 같은 조 제8호에 따른 개인투자조합에 제공하는 자산 관리·운용 용역
• 나. 벤처투자 촉진에 관한 법률 제2조제9호 에 따른 창업 기획자 또는 같은 법 제50조제1항 제2호ㆍ제4호 또는 제5호에 따른 자가 같은 법 제2조제11호에 따른 벤처투자조합에 제공 하는 자산 관리ㆍ운용 용역
• 다. 벤처투자 촉진에 관한 법률 제66조 에 따른 한국벤처 투자가 같은 법 제70조제1항에 따른 벤처투자모태조합에 제공하는 자산 관리ㆍ운용 용역

② 제1항 각 호에 따른 사업 외의 사업을 하는 자가 주된 사업에 부수하여 같은 항의 금융·보험 용역과 같거나 유사한 용역을 제공하는 경우에도 법 제26조제1항제11호의 금융·보험 용역에 포함되는 것으로 본다. 2-1) 부가가치세법 시행령 부칙(제32419호, 2022.2.15) 제1조(시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 다음 각 호의 개정규정은 해당 호에서 정한 날부터 시행한다.

1. 제42조의 개정규정: 2022년 6월 16일

2. 대통령령 제31445호 부가가치세법 시행령 일부개정령 제68조제1항ㆍ제2항의 개정규정, 대통령령 제31445호 부가가치세법 시행령 일부개정령 부칙 제7조ㆍ제12조의 개정규정, 이 영 제89조, 제96조의2제8항ㆍ제9항 및 제99조의 개정규정: 2022년 7월 1일 제2조(일반적 적용례) 이 영은 부칙 제1조에 따른 각 해당 개정규정의 시행일 이후 재화나 용역을 공급하거나 공급받는 경우 또는 재화를 수입신고하는 경우부터 적용한다. < 국세법령정보시스템에 등록된 쟁점조항 개정 취지 > [2022년] 벤처투자조합에 제공하는 자산 관리·운용 용역에 대한 부가가치세 면제대상 확대 가.개정취지

○ 창업·벤처기업 활성화 지원 나.개정내용 종전 개정 ▢ 부가가치세가 면제되는 자산 관리·운용 용역

○ 창업기획자가 개인투자조합에 제공하는 경우

○ 중소기업창업투자회사가 벤처투자조합에 제공하는 경우 <추 가> ▢ 면제대상 추가

○ (좌 동)

○ 창업기획자, 신기술사업금융업자, 유한(책임)회사 가 벤처투자조합에 제공하는 경우 추가

○ 한국벤처투자가 벤처투자모태조합에 제공하는 경우 다.적용시기 및 적용례

○ 2022.2.15. 이후 공급하는 분부터 적용 3) 벤처투자 촉진에 관한 법률 제2조 【정의】(2020.8.12. 법률 제16998호로 제정된 것, 이하 같다) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

8. "개인투자조합"이란 개인 등이 벤처투자와 그 성과의 배분을 주된 목적으로 결성하는 조합으로서 제12조에 따라 등록한 조합을 말한다.

9. "창업기획자"(액셀러레이터)란 초기창업자에 대한 전문보육 및 투자를 주된 업무로 하는 자로서 제24조에 따라 등록한 법인 또는 비영리법인을 말한다.

10. "중소기업창업투자회사"란 벤처투자를 주된 업무로 하는 회사로서 제37조에 따라 등록한 회사를 말한다.

11. "벤처투자조합"이란 중소기업창업투자회사 등이 벤처투자와 그 성과의 배분을 주된 목적으로 결성하는 조합으로서 제50조에 따라 등록한 조합을 말한다. 4) 벤처투자 촉진에 관한 법률 제50조 【벤처투자조합의 결성과 등록 등】

① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자가 그 외의 자와 상호출자하여 결성하는 조합으로서 이 법의 적용을 받으려는 조합은 중소벤처기업부장관에게 벤처투자조합으로 등록하여야 한다. 등록한 사항 중 중소벤처기업부령으로 정하는 중요한 사항을 변경하려는 경우에도 또한 같다.

1. 제24조제3항에 따른 요건을 갖춘 창업기획자

3. 제66조에 따른 한국벤처투자

4. 여신전문금융업법 제2조제14호 의3에 따른 신기술사업금융업자 또는 같은 조 제14호의4에 따른 신기술사업금융전문회사(이하 "신기술사업금융업자등"이라 한다)

5. 상법에 따른 유한회사 또는 유한책임회사로서 출자금 총액, 전문인력 등 대통령령으로 정하는 요건을 모두 갖춘 회사 4-1) 벤처투자 촉진에 관한 법률 시행령 제33조 【벤처투자조합을 결성할 수 있는 유한회사 또는 유한책임회사의 요건】(2020.8.11. 대통령령 제30934호로 제정된 것, 이하 같다) 법 제50조 제1항 제5호에서 "대통령령으로 정하는 요건"이란 다음 각 호의 요건을 말한다.

1. 출자금 총액이 조합 결성금액의 1퍼센트 이상일 것

2. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 전문인력을 갖출 것

• 가. 제4조제2호나목1)부터 5)까지의 규정에 해당하는 기관에서 투자와 관련된 업무에 5년 이상 종사한 경력이 있는 사람 1명 이상과 3년 이상 종사한 경력이 있는 사람 2명 이상
• 나. 제4조제2호나목1)부터 5)까지의 규정에 해당하는 기관에서 투자와 관련된 업무에 5년 이상 종사한 경력이 있는 사람 2명 이상
• 다. 사실관계

1. 청구법인의 쟁점용역 관련 부가세 신고 현황 청구법인의 2019년 1기〜2021년 2기 쟁점용역 관련 매출액 현황은 아래와 같은데, 청구법인은 동 기간 동안의 쟁점용역 관련 매출은 물론 2005년 회사 설립 이후부터 관련 매출을 면세로 신고해 온 것으로 확인된다. <표>

2. 조사청의 A지방국세청에 대한 조사 사전심의 요청과 그 결과 조사청은 ‘유한회사가 벤처투자조합에 제공하는 자산 관리·운용 용역이 2022년 부가세법 시행령 개전 이전에도 면세대상에 해당하는지’에 대해 2024.4.16. A지방국세청(조사0국)에 조사 사전심의를 신청하였는데, 이에 대해 A지방국세청은 2024.7.31. ‘청구법인은 자산 관리·운용용역을 주업으로 하고 있어 부수용역의 면세를 정하는 부가세법 시행령 제40조 제2항을 적용할 수 없으며, 2022년 개정 이전에는 쟁점용역을 면세대상으로 열거하고 있지 않아 제40조 제1항에 의하여도 면세대상에 해당하지 않음’이라는 내용으로 조사 사전심의 의견서를 회신하였다.

• 라. 판단

1. 개정 후 부가세법 시행령 제40조 제1항 제13호 나목을 확인적 규정으로 보아 청구법인이 제공한 쟁점용역을 면세 대상으로 볼 수 있는지(주위적 주장)에 대한 판단 법령을 개정하면서 부칙의 개별적 적용례에서 개정 규정의 시행시기를 별도로 정한 경우 시행시기를 명시한 개정 취지를 고려할 때 일반적으로 해당 규정은 창설적 규정으로 보아야 하고, 개정 규정 적용 시점 이전의 거래 또는 행위에 대하여 소급 적용하는 것은 적용 시점을 명시한 부칙 규정의 문언에 정면으로 반한다고 할 것인데(대법원 2020.3.26. 선고 2019두60813 판결, A고등법원 2019.11.6. 선고 2019누31589 판결 참조) 개정 전 부가세법 시행령 제40조 제1항 제13호 나목은 중소기업창업투자 회사가 벤처투자조합에 제공하는 쟁점용역을 면세대상으로 규정하다가 2022.2.15. 개정을 통해 창업기획자, 신기술사업금융업자, 유한회사가 벤처투자조합에 제공하는 쟁점용역을 면세대상으로 추가하면서 그 부칙에 동 개정 규정의 시행일(2022.2.15.) 이후 재화나 용역을 공급하는 경우부터 적용하는 것으로 명시하였고, 이에 더해 국세법령정보시스템에 등록된 동 조항의 개정 취지에 ‘벤처투자조합에 제공하는 자산 관리·운용 용역에 대한 부가가치세 면세 대상 확대’라고 적시하고 있어, 동 개정조항은 창설적 규정으로 봄이 타당하므로, 이와 다른 전제에서 동 개정조항은 확인적 규정에 불과하다는 청구법인의 주장은 받아들이지 아니한다.

2. 쟁점용역은 부가세법 시행령 제40조 제2항에 의한 면세대상에 해당하는지(예비적 주장)에 대한 판단 청구법인이 벤처투자조합에 제공하는 쟁점용역은 개정 전 부가세법 시행령 제40조 제1항 제13호 나목이 면세대상으로 규정하고 있는 주식회사형 창투회사가 제공하는 쟁점용역과 동일하므로, 비록 청구법인과 같은 유한회사형 창투회사가 제공하는 쟁점용역이 개정 전 부가세법 시행령 제40조 제1항 제13호 나목의 면세대상으로 열거되어 있지는 아니하였지만, 동조 제2항에 의거 청구법인이 제공한 쟁점용역을 부가가치세 면세대상으로 봄이 합리적이라고 판단된다.

이 건 과세전적부심사청구는 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법제81조15 제5항 제2호의 규정에 따라 주문과 같이 결정한다.