조세심판원 과세적부 부가가치세

지방공사인 청구법인이 지자체로부터 위탁받은 쟁점용역을 운영하고 수취한대행사업비가 부가가치세 과세대상인지 여부

사건번호 적부-국세청-2024-0150 선고일 2024.10.22

청구법인이 쟁점용역 관련 대행사업비의 지출에 관하여는 단순히 A시를 대행하는 지위에 있었다고 볼 수 없어 통지관서가 쟁점단서조항에 따라 숙박업, 체육시설운영업에 대해 부가가치세 과세대상으로 본 것은 타당하다.

주 문

이 건 과세전적부심사청구는 불채택결정합니다.

1. 세무조사결과 통지내용
  • 가. 청구법인은 201..**.지방공기업법에 따라 A시가 전액 출자하여 설립 한 유 일한 지방공사로 A시 소유의 공공시설물 관리업무를 대행하여 운영하고 있다.
  • 나. 청구법인은 A시와 위ㆍ수탁계약을 체결하여, D, E, F, G, H 등 A시 소유 공공시설에 대한 관리(이하 “A시 위탁사업” 이라 하고 위탁사업의 대상이 되는 시설을 “쟁점위탁시설” 이라 한다)를 수행하기로 하고, 매년 해당 대행사업비를 수령ㆍ정산한후, 남은 잔액은 A시에 반납하고 있다.
  • 다. 청구법인은 법인세 신고 시 A시 위탁사업 수행에 따른 해당 대행사 업비를 수입금액에 포함하였으나, 동 용역제공 중 대행(위탁)수수료 부분만을 부가 가치세 신고를 하고 나머지 전부를 부가가치세 면제대상으로 보아 부가가치 세 신고는 하지 아니하였고, 자체사업은 부가가치세 신고를 하였다.
  • 라. 국세청장은 2023.2.6.부터 2023.2.24.까지 B국세청 정기종합감사를 실시하여 통지관서 관할인 청구법인의 부가가치세 신고 적정여부를 점검한 결과,

1. 청구법인이 2019년~2023년 사업연도 중 수행한 A시 위탁사업 중 숙박시설, 수영장, 볼링장 등 시설 관리․운영은(이하 “쟁점용역” 이라 한다)은 조세특례제한법 시행령(이하 “조특령” 이라 한다) 제106조제8항단서(이하 “쟁점단서조항” 이라 한다)에서 정하는 부가가치세가 면제되지 아니하는 사업으로 보고,

2. 2023.7.12. 통지관서에 쟁점용역 대행사업비 상당액의 부가가치세 과세대상 여부를 확인하여 신고누락여부를 검토하라는 권고를 하였다.

  • 마. 이에 통지관서는 2024.6.17.부터 2024.6.23.까지 부가가치세 세목별 세무조사 를 실시하고 2019년 제2기~2023년 제2기 과세기간 중 쟁점용역과 관련된 대행사 업비 상당액 6,414백만원(공급가액) 에 대해 부가가치세 신고를 누락한 것으로 보아 2024.7.12. 청구법인에 2019년 제2기 과세기간~2023년 제2기 과세기간 총 981백만원을 과세한다는 세무조사결과통지를 하였다.
  • 바. 청구법인은 이에 대해 2024.7.24. 이 건 과세전적부심사청구를 하였다.
2. 청구주장
  • 가. A시 위탁사업 수행내용 및 세무처리 내용은 다음과 같으며 쟁점대행사업비는 A시의 사업을 대행한 사업으로 부가가치세 면세대상이다.

1. 청구법인은 201..**. 설립(A시 100% 출자)된 지방공기업으로, 현재 A시와 위ㆍ수탁계약을 체결하고, 동 계약에 따라 체육 문화시설, 숙박시설의 시설관리와 수입징수 업무를 위탁받아 운영하는 대행사업과 I 등 자체사업으로 구성되어 있으며, A시 위탁사업과 관련 자급집행계획 및 예산안을 수립하여 A시에 보고하고 최종 결정을 득한 후 대행사업비를 지급받고 있으며, 위ㆍ수탁관리에 따라 사용자에게서 징수한 수입금 전액에 대해서는 익일 A시 일반회계로 입금하고 있으며, 대행사업비를 지출한 후 잔액 및 이자비용에 대해서는 전액 A시로 입금(반납)하고, 예산수지 상황과 함께 정산보고를 하고 있다. 2) 청구법인은 위ㆍ수탁계약서에서 정한 바와 같이 A시 위탁사업을 추진함에 있어 선량한 관리자로서의 주의 의무를 다하여야 하고, 위탁받은 지방정부대행업무에 대하여 이용목적에 반하는 일체의 행위를 할 수 없으며, A시의 승인 없이 제3자에게 양도, 양여 또는 재위탁 및 담보제공도 할 수 없다.

3. 또한, 감독관청의 지시 또는 공익상 필요에 따라 위탁관리를 계속할 수 없는 불가피한 사유가 발생한 때에는 A시는 계약을 해지하거나 기간 단축 등 필요한 조치를 취할 수 있으며, 청구법인은 이로 인한 손실의 보상 또는 이익의 반환을 청구할 수 없다고 명시되어 있고, 청구법인은 시설물의 수탁관리 수행과정에서 발생한 모든 민ㆍ형사상 사고 등에 대하여 청구법인의 부담과 책임하에 제반 사항을 처리하도록 하고 있다.

4. 이러한 A시 위탁사업에 대한 위ㆍ수탁계약 내용에 따라 청구법인은 A시에서 교부받은 대행사업비에 대해서는 매출세금계산서를 발행하지 않고 있으며, 각 시설 사업장에서 발생하고 있는 비용에 대해서는 A시와 문화체육시설사업소를 공급 받는자로 하여 A시 등에서 공제받았고, A시에서 이와 관련한 부가가치세 신고업무를 처리하고 있다.

  • 나. 쟁점위탁시설과 관련한 단순 대행업무만을 하는 청구법인을 부가가치세 납세의무자로 보는 것은 타당하지 않다.

1. 부가가치세법에서는 영리목적의 유무에 불구하고 사업상 독립적으로 재화 또는 용역을 공급하는 자를 사업자라 하여 부가가치세 납세의무자로 규정하고 있는데, 여기서 사업상 독립적으로 재화 또는 용역을 공급하는 자란 부가가치를 창출하여 낼 수 있는 정도의 사업형태를 갖추고 계속적, 반복적으로 재화 또는 용역을 공급하는 자를 뜻한다[의정부지방법원 2015.4.28. 선고 2014 구합9054 판결(서울고등법원 2015.11.12. 선고 2015누42017 판결, 대법원 2015.11.12. 선고 2015두58287 판결) 참조].

2. 청구법인은 위ㆍ수탁계약 당시부터 별도의 부가가치를 창출할 수 없는 사업형태로 계약되어 있으며, 대행사업비에 대해서도 일체의 부가가치가 창출 될 수 없도록 예산보고에 따라 대행사업비 수취, 예금이자의 반환, 위탁사업비 지출 후 남은 잔액의 반환을 계약조건으로 하고 있으며 이를 계속 준수하고 있다(국심 2005서0820, 2006.7.25. 결정 참조). 3) 청구법인은 A시에서 예산을 부여받아 사업을 수행하고 있고, 연도말 각 대행사업에 대한 결산이 완료되면 미사용액(반환예정)을 차감한 나머지 금액을 대행사업 수익으로 계상하고, 미집행된 금액은 A시에 반납하고, 시설운영에 따른 수익금은 전액 A시에 입금된다.

4. A시가 정하여 준 조건에 따라 숙박시설, 체육시설 관리업무 등을 대행하면서 소정의 수수료를 징수하여 자신의 수입으로 삼거나 타목적으로 사용하지 아니하고 전액 A시 회계 계좌로 입금하고 그 대신에 필요한 인건비, 관리비 등의 운영경비를 지급받아 사용한 뒤 남은 금원마저 전액 시에 반환하였다면 운영경비로 사용한 금원에 실제 위탁수수료의 성질로 볼 만한 금원이 포함되어 있다는 증거가 없는 이상 이는 업무대행을 위한 실비변상적 경비에 그치는 것으로서, 관리업무대행의 대가로 지급된 위탁수수료 수입이라고 볼 수 없다 (서울고등법원 1998.4.29. 선고 97구23237 판결 참조).

5. 청구법인은 A시에서 위탁대행사업과 관련된 부가가치세의 신고 및 세액을 정당하게 부담하고 있으며, 청구법인이 대행사업을 위하여 수령한 쟁점사업비에 대한 집행잔액 전액이 반납되어 동 사업의 모든 수익이 최종적으로 A시에 귀속되므로, 대행사업은 청구법인의 수익사업으로 보기보다는 비영리법인의 고유목적사업인 비수익사업을 수행하고 있다고 보는 것이 타당하다.(국심 2005서0820, 2006.7.25. 결정 참조)

  • 다. 위탁사업은 청구법인이 아닌 A시의 책임과 계산으로 운영되고 있다.

1. 위탁인지 아니면 청구법인의 책임과 계산으로 운영한 것인지에 대해 구별하는 기준으로서 ‘타인의 위험과 계산’에 의한 것인지는 가격결정권의 주체, 가격등락에 따른 손익, 멸실, 훼손 등에 대한 위험부담의 귀속주체, 관련 계약의 문언 및 거래관행 등을 종합적으로 고려하여 판단하여야 한다(인천지방법원 2016.6.9. 선고 2015구합52740 판결 참조).

2. A시 위탁사업에서 부가가치를 창출하기 위한 수입수수료의 책정 및 결정에 대한 권한, 요금 징수에 대해서는 위ㆍ수탁계약서에 명시된 조항에 따라 A시의 관련 조례에서 정하고 있으며, A시 위탁사업에 소요되는 자금은 청구법인의 예산안 보고를 통해 최종적으로 A시에서 예산 검토 및 결정을 하고 있다.

3. A시 위탁사업에서 수입금 및 지출금의 유휴자금 이자소득(금융기관 예치기간)에 대한 소유권한은 모두 A시에 있으며 청구법인은 모든 유휴자금의 이자소득을 100% A시로 이전하고 있다.

  • 라. 청구법인이 납세의무자가 아닌 A시 위탁사업에 대해서는 A시를 공급받는 자로 하여 세금계산서를 모두 수취하였다.

1. 청구법인은 A시의 확인 및 결정으로 확정된 대행사업비 예산을 집행하는 경우에 부가가치가 창출되지 아니하는 A시 위탁사업과 관련하여 단순한 대행자의 지위에서 재화와 용역을 공급하는 제3자(하청업체 등)로부터 해당 사업의 자산을 소유하고 수입과 비용에 대한 책임을 갖고 있는 A시를 공급받는 자로 하여 세금계산서를 수취하였는데, 이는 여러 국세청 해석 및 심판원 결정례 등에서도 지방자치단체를 공급받는 자로 하여 제3자로부터 세금계산서를 수취한 경우 해당 위탁사업비 및 위탁수수료에 대한 과세표준에서 제외하고 있는 것과 그 형태가 동일하다(사전답변 법규부가2014-134, 2014.4.28., 서면-2016-법령해석부가-2814, 2016.2.18., 조심 2016중4286, 2017.3.2. 결정, 조심 2015중1439, 2016.3.14. 결정 등 참조) [※ 사례1] 구분 논점 내용 서울고등법원 2019.1.16. 선고 2018누37993 판결 (수원지방법원 2018.2.6. 선고 2017구합65365 판결, 조심 2016중4286, 2017.3.2. 결정) 기초내용 원고는 1900.00.00. 지방공기업법에 따라 A시 환경기초시설의 운영 등을 목적으로 하여 A시가 자본금 100%를 출자하여 설립한 법인 출자형태 A시가 자본금 100%를 출자하여 설립한 법인 별도의 수수료 이 사건 대행사업비와 이 사건 위탁수수료를 합한 이 사건 전체 사업비가 이 사건 용역의 대가로서 청구법인의 세금계산서 수취(매입) 피고는 원고의 부가가치세 과세표준을 산정하면서 A시가 공급받는 자로서 직접 외주업체로부터 매입세금계산서를 수취한 부분은 공급가액에서 제외하였다. 기타 피고는 원고의 부가가치세 과세표준을 산정하면서 A시가 공급받는 자로서 직접 외주업체로부터 매입세금계산서를 수취한 부분은 공급가액에서 제외하였다.

  • 가. [※ 사례2] 구분 논점 내용 서울고등법원 2017.8.25. 선고 2017누32908 판결 (수원지방법 2016.12.21. 선고 2016구합64471 판결, 조심 2015중1439, 2016.3.14. 결정) 기초내용 원고는 2000.8.10. 지방공기업법 및 ○○시 ○○도시개발공사 설립 및 운영 조례에 따라 설립되어○○시 소유의 공유재산의 관리 및 운영사업 등을 영위하여 온 법인이다. 위탁수수료에 관해서만 매출세액 신고를 하고, 대행사업비에 대하여는 매출세액 신고를 하지 않았다. 출자형태

• 별도의 수수료

  • 예) 공영주차장 수탁계약 제9조) 대행수수료는 주차장 총 수입금의 7.5%로 한다. 청구법인의 세금계산서 수취(매입) 하청업체로부터 원고를 공급받는 자로 하여 매입세금계산서를 수취하였을 뿐 이에 상응하는 대행사업비에 대한 매출세금계산서를 ○○시에 발급한 바 없는바, 기타 판단 중 _ [○○시가 공급받는 자로서 직접 매입세금계산서를 수취한 부분은 공급가액에서 제외되었다.
  • 나. 2) 청구법인은 위의 여러 판례 및 국세청 해석에서 확인한 근거를 바탕으로 신의성실의 원칙에 따라 A시 위탁사업에 대한 세금계산서 발행 및 부 가가치세 신고를 진행하였다.
  • 다. 마. 청구법인은 ‘지방공기업 결산기준’에 따라 회계처리 하였으며, 이 결과로 손익계산서 및 법인세 신고 시 대행사업비가 수입으로 반영된 것일 뿐이다.
  • 라. 청구법인이 작성한 손익계산서에 대행사업비를 수입금액으로 하고 지출된 대행사업비를 비용으로 처리한 것은 모두 ‘지방공기업 결산기준’에 따라 처리한 것인데, 이러한 청구법인 담당자의 결산업무처리 행위를 ‘청구법인의 자기책임과 계산’에 따른 것으로 판단하는 것은 타당하지 않다.
  • 마. 바.
결 론
  • 바. 1) 청구법인은 A시의 사업을 대행하는 사업으로 부가가치를 창출할 수 있는 정도의 사업형태를 갖추지 못하였고, 자기계산과 책임하에 사업상 독립적으로 재화 또는 용역을 공급하는 자가 아니며,
  • 사. 2) 쟁점용역 대행사업비의 지출과 관련된 세금계산서의 수취가 위탁자인 A 시를 공급자로 하고 있고, 위탁계약서 조항의 수익의 창출 및 결정의 주체가 A시라는 점으로 볼 때, 쟁점용역에 대한 부가가치세를 과세하겠다는 세무조사결과통지는 취소되어야 한다.
3. 통지관서 의견
  • 가. 청구법인은 조특령 제106조 제8항 쟁점 단서조항에 따라 부가가치세가 면제되지 않는 숙박, 체육시설인 쟁점용역을 자기계산과 책임하에 관리․운영하였음에도 법령을 오인하여 A시관련 대행사업 전체를 면제대상으로 보아 신고누락 한 것이다.

1. 청구법인은 A시의 여러가지 대행사업을 위․수탁받아 관리․운영하고 있으며, 대행사업 중 과세대상으로 예고한 대행사업은 아래 <표1>의 대행사업 중 조특령 제106조 제8항에서 부가가치세가 면제항목에서 제외하는 제1항의 ‘숙박업’에 해당하는 H과, 제4항 ‘운동시설 운영업’에 해당되는 수영장, 볼링장을 <표2>와 같이 부가가치세 과세표준을 누락한 것으로 보아 세무조사결과를 통지한 것이다. <표1> 연도별 A시 공공시설물 대행사업 및 관련 사업비 현황 (원) 연도 수탁시설 대행사업수익/ 전년이월예산① 추경② 불용액/이월액③ 자본적지출 취득보조금 설정액④ 수익인식액 (①+②-③-④) ’19 소 계 6,740,000,000 520,000,000 652,250,088 286,495,030 6,321,254,882 본사 3,514,000,000 250,000,000 394,575,530 41,933,550 3,327,490,920 H(숙박) 864,000,000 78,610,670 24,974,240 760,415,090 J 380,000,000 30,895,440 5,510,000 343,594,560 K 273,000,000 2,864,960 12,195,000 257,940,040 D 1,051,000,000 18,707,145 82,245,080 950,047,775 L 218,000,000 27,983,340 8,211,520 181,805,140 M 164,000,000 19,205,645 2,254,000 142,540,355 E 250,000,000 270,000,000 79,407,358 109,171,640 331,421,002 기타공모사업 26,000,000 26,000,000 ‘20 소 계 7,840,000,000 258,000,000 910,697,744 187,046,890 7,000,255,366 본사 4,269,000,000 258,000,000 559,698,630 77,227,640 3,890,073,730 H(숙박) 864,000,000 41,730,370 15,708,950 806,560,680 J 373,000,000 25,549,161 7,800,000 339,650,839 K 368,000,000 5,943,715 15,572,700 346,483,585 D 1,106,000,000 204,069,238 24,003,290 877,927,472 L 240,000,000 31,163,710 5,989,000 202,847,290 M 170,000,000 4,623,190 6,664,000 158,712,810 E 450,000,000 37,919,730 34,081,310 377,998,960 ‘21 소 계 8,268,000,000 1,026,000,000 933,083,252 330,623,630 8,030,293,118 본사 5,149,000,000 638,000,000 569,437,161 111,970,800 5,105,592,039 H(숙박) 664,000,000 160,000,000 45,242,763 16,995,260 761,761,977 J 284,000,000 50,000,000 26,341,638 35,339,700 272,318,662 K 281,000,000 87,000,000 21,169,020 9,147,910 337,683,070 D 1,106,000,000 188,366,680 111,719,160 805,914,160 L 136,000,000 91,000,000 4,801,660 10,906,020 211,292,320 M 187,000,000 19,835,800 5,140,000 162,024,200 E 461,000,000 57,888,530 29,404,780 373,706,690 ‘22 소 계 9,494,000,000 146,000,000 951,817,775 235,222,050 8,452,960,175 본사 5,841,000,000 609,723,535 41,467,000 5,189,809,465 H(숙박) 818,000,000 20,577,290 11,783,330 785,639,380 J 222,000,000 16,497,060 205,502,940 K 309,000,000 59,000,000 23,330,160 21,345,000 323,324,840 D 1,113,000,000 47,503,060 44,148,700 1,021,348,240 L 143,000,000 87,000,000 9,393,380 19,718,310 200,888,310 M 187,000,000 25,893,230 4,169,990 156,936,780 E 481,000,000 89,534,830 18,857,830 372,607,340 F 270,000,000 69,870,920 27,976,200 172,152,880 G 110,000,000 39,494,310 45,755,690 24,750,000 ‘23 소 계 11,489,115,100 -802,245,250 527,980,566 794,142,300 9,364,746,984 본사 6,010,000,000 -354,540,000 238,750,704 9,931,240 5,406,778,056 H(숙박) 918,000,000 -407,171,000 5,030 17,689,000 493,134,970 J 222,000,000 16,398,120 4,560,450 201,041,430 K 370,000,000 -120,534,250 723 9,532,000 239,933,027 D 1,040,000,000 115,000,000 82,907,570 180,793,750 891,298,680 L 150,000,000 80,000,000 16,804,787 7,999,570 205,195,643 M 202,000,000 24,236,560 3,284,000 174,479,440 F 780,000,000 38,000,000 46,345,476 80,324,190 691,330,334 G 1,797,115,100 -153,000,000 102,531,596 480,028,100 1,061,555,404 2023.제2기 과세기간 부터 자체사업으로 전환하여 부가가치세 신고 <표2> A시 쟁점대행사업 부가가치세 과세표준 누락 내역 (공급가액, 백만원) 구분 계 ’19.2기 ’20.2기 ’21.2기 ’22.2기 ’23.2기 D 대행사업비

① 4,826 1,032 902 918 1,065 909 자본적지출

② 280 82 24 112 44 18 수익인식액

③ (=①-②) 4,546 950 878 806 1,021 891 세금계산서 제외

④ 1,494 325 319 270 265 315 위탁수수료

⑤ 242 46 52 45 46 53 매출누락

⑥ (=③-④-⑤) 2,810 579 507 491 710 523 E 대행사업비

① 1,646 440 412 403 391 자본적지출

② 191 109 34 29 19 수익인식액

③ (=①-②) 1,455 331 378 374 372 세금계산서 제외

④ 529 144 150 122 113 위탁수수료

⑤ 63 0 22 21 20 매출누락

⑥ (=③-④-⑤) 863 187 206 231 239 F 대행사업비

① 971 200 771 자본적지출

② 108 28 80 수익인식액

③ (=①-②) 863 172 691 세금계산서 제외

④ 310 96 214 위탁수수료

⑤ 10 0 10 매출누락

⑥ (=③-④-⑤) 543 76 467 G 대행사업비

① 1,611 70 1,541 자본적지출

② 525 45 480 수익인식액

③ (=①-②) 1,086 25 1,061 세금계산서 제외

④ 422 25 397 위탁수수료

⑤ 3 0 3 매출누락

⑥ (=③-④-⑤) 661 0 661 H 대행사업비

① 3,696 785 823 779 798 511 자본적지출

② 88 25 16 17 12 18 수익인식액

③ (=①-②) 3,608 760 807 762 786 493 세금계산서 제외

④ 1,850 419 409 379 384 259 위탁수수료

⑤ 221 37 39 42 39 64 매출누락

⑥ (=③-④-⑤) 1,537 304 359 341 363 170 합계 대행사업비

① 12,750 2,257 2,137 2,100 2,524 3,732 자본적지출

② 1,192 216 74 158 148 596 수익인식액

③ (=①-②) 11,558 2,041 2,063 1,942 2,376 3,136 세금계산서 제외

④ 4,605 888 878 771 883 1,185 위탁수수료

⑤ 539 83 113 108 105 130 매출누락

⑥ (=③-④-⑤) 6,414 1,070 1,072 1,063 1,388 1,821 2) 법원에서도 쟁점단서조항의 사업 외의 위탁사업에 대해서도 사업비 예를 들 어 환경기초시설 운영․관리용역(대법원 2011.12.8. 선고 2011두18410 판결), 장례식장 운영․관리용역(대법원 2017.12.21. 선고 2017두60123 판결), 하수․분뇨․폐수처리장 운용․관리용역(대법원 2019.5.16. 선고 2019두34333 판결), 집단에너지공급사업(서울행정법원 2019.11.25. 선고 2020구합50508 판결)과 관련된 대행사업비에 대해서도 부가가치세 과세대상이라고 판결하였다. 3) 이는 쟁점단서조항의 사업이 아니더라도 대행사업비가 정부 등을 대신하여 자기책임과 계산하에 관리용역을 제공하고 수취하는 것으로 보아 대행사업비 전체를 부가가치세 과세대상으로 판결한 것으로서 이에 따를 경우 청구법인이 수령한 대행사업비 모두를 부가가치세 과세대상으로 보고 부가가치세를 과세하는 것이 마땅하나, 청구법인이 지방자치단체가 설립한 유일한 지방공사인 경우 정부업무대행단체로 보아야 하고, 이러한 정부업무대행단체가 공급하는 재화나 용역으로서 쟁점단서조항에 해당하지 않는 경우에 한하여 부가가치세가 면제되는 것이며 동 조항은 2017.2.7. 개정되어 적용되고 있다.

4. 따라서, 이건 과세예고는 조특령 제106조 제8항 제1호 및 제4호에 의거 청구법인이 대행사업중 ‘숙박업’, ‘체육시설운영업’ 을 자기의 계산과 책임하에 부가가치세 면제대상에서 제외되는 것으로 본 것이다.

  • 나. 청구법인은 A시와의 위․수탁계약에 따라 수령한 공공시설물의 쟁점대행사업비를 자체적으로 미리연간집행계획연간집행계획서수립하여 A시에 예산을 편성요구하여 승인을 받아 집행하고, 위탁수수료도 쟁점대행사업 정산금액을 토대로 책정되며, 인건비, 시설보험 등도 자기계산과 책임하에 집행이 되므로 단순대행이라는 청구법인 주장도 이유가 없다.

1. 청구법인은 쟁점대행사업과 관련하여 A시로부터 매년 인건비․경비․ 대행수수료 등으로 구성된 대행사업비 총액을 지급받고 있고, 독자적인 수입 과 지출로 회계처리하고 있으며, 금액의 대부분은 청구법인의 인건비 등을 근거 로 하여 책정된 것으로 단순 업무대행이라는 주장은 근거가 없다.

2. 판례에서도 청구법인과 유사한 사례임에도 지방도시공사 대부분이 자기책임과 계산하에 아래와 <표3>과 같이 위탁사업 전체를 부가가치세 과세대상으로 판단하고 있다. <표3> 지방공사 위탁사업자 부가가치세 과세 관련 판결사례 사건번호 (최종사건번호) 판결유형 (최종판결) 청구주장 청구이유서 상 인용판례 인용여부 조심2015중1439 서울고등법원2017누32908 (대법원2017두60123) 기각 국승 국승 원고가 수령하는 대행사업비는 ‘이윤’이 포함되어 있지 않고, 집행 후 잔액은 반환하고 있으며, 사업비에 대한 실질적 관리·처분 권한도 없으며, 대행 사업비 지출은 단순히 시청을 대행한 것으로 자기의 책임과 계산으로 한 것이 아님 여 조심2016중4286 서울고등법원2018누37993 (대법원2019두34333) 기각 국승 국승 위·수탁계약은 시청이 사업비의 모든 항목과 금액을 경정 하고 위탁사업에서 발생하는 수익은 모두 시로 귀속 되며, 원고는 위탁수수료만 지급받으므로 준 위탁매매에 해당함 여 수원지방법원2010구합5753 (대법원2011두18410) 국승 국승 원고는 공익을 목적으로 하는 단체로 위탁사업용역은 부가가치세법상 면세용역이며, 과세대상이더라도 관리비중 ‘이윤’을 제외한 나머지는 대가관계가 없이 단순대납에 불과함 부 3) 청구법인이 A시에 제공하는 위탁하여 운영하는 쟁점용역의 범위는 시설물의 관리․운영 및 유지관리 업무, 시실이용료 징수 및 세입조치, 기타 시설물대여사업에 필요한 업무로, 청구법인이 대행사업비를 자체 사용계획에 따라 A시에 승인을 받아 지출하고 있고, 대행사업비에 대해 지배․통제권이 없다고 주장하나, 법인세 신고시 수익금액으로 계상하였고, 대행사업비 대부분을 차지하는 인건비도 필요한 인력을 직접 공고, 근로계약 체결 후 지급하였음이 직원채용계획 및 공고문에 의해 확인되며, 소모품비, 복리후생비 등도 청구법인과의 책임과 계산하에 지급하였다.

4. 쟁점위탁시설과 관련하여 2023.12.22. C과 계약한체육시설사업자 배상책임보험에 의하면, 청구법인은 체육시설 관리자로서의 계약자로서 보험가입 및 보험료납입의무가 있으며, D 공제금부과 산정조서내용을 보면 쟁점 위탁시설에 대해 사용자 또는 임차인(점유자)로서 공제금 및 보험료를 부담하는 점 등으로 볼 때 청구법인이 단순 대행업무를 하였다고 볼 수 없다.

4. 또한, 대행사업비를 총액으로 지급받아 본인의 명의로 계약을 체결하고 대금을 지급하고 있고, 수령한 대행사업비를 청구법인의 수입으로 계상하고 이에 대해 이익이 발생하는 경우 지방공기업법 및 청구법인 설립 및 운영 조례에 따라 결손금 보전, 준비금 적립, 이익배당 또는 적립 등의 순서에 따라 처리하고 있는 사실 등으로 미루어 볼 때, A시의 승인을 얻은 범위 안에서 대행사업비를 집행하고, 지출하고 남은 대행사업비는 모두 A시에 반환한다고 하여, 청구법인이 대행사업비의 지출에 관하여 단순히 A시를 대행하는 지위에 있었다고 보기는 어렵다고 판단된다.

5. 청구법인이 수탁하여 관리하는 각 시설에 대한 이용료는 각 시설의 이용자들에게서 그 이용에 대한 대가로 지급받는 것으로 이는 A시의 ‘수입’ 또는 ‘매출’인데, 이는 A시가 각 시설의 관리ㆍ운영을 위하여 지출하는 청구법인에 지급한 용역대금 등의 ‘비용’ 내지 ‘매입’에 대응하는 것일 뿐, 동 이용료의 귀속이 A시 위탁사업 관련 용역에 대한 대가의 범위를 결정하는 것은 아니므로 청구법인과 A시 간의 위ㆍ수탁계약에 따라 청구법인이 수취하는 대행사업비는 A시에 공급한 용역의 수행과정에서 청구법인의 계산으로 지출한 것으로 보는 것이 합리적이다(아래 “국세청 해석, 부가가치세과-686, 2017.3.27.” 참조).

○ 부가가치세과-686, 2017.3.27. 지방공사가 국가 등의 사업을 대행하는 경우로서 2017.2.7. 이후 공급하는 재화 또는 용역에 대하여 부가가치세를 면제하나 조특령 제106조 제8항 단서 조항 즉 1호에서 7호에 해당하는 사업을 영위하는 경우에는 면세하지 아니한다.

6. 따라서, ‘위탁계약에 따른 대행사업비와 대행수수료를 본인의 계산으로 지출한 이상 대행사업비와 대행수수료 전체가 용역의 대가’이므로 대행사업비는 부가가치세 과세대상에 해당하나, 쟁점용역에 대한 대행사업비는 쟁점단서조항에 따라 부가가치세가 면제되지 아니하는 것으로 보는 것이므로 이 건 과세예고 통지는 정당하다.

4. 심리 및 판단
  • 가. 쟁점 청구법인이 A시로부터 위탁받은 쟁점용역을 운영하고 수취한대행사업비가 부가가치세 과세대상에서 제외해야 한다는 청구주장의 당부
  • 나. 관련법령 1) 부가가치세법 제2조 【정의】 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다. <개정 2018.12.24, 2020.12.22>

3. "사업자"란 사업 목적이 영리이든 비영리이든 관계없이 사업상 독립적으로 재화 또는 용역을 공급하는 자 를 말한다. 1-1) 부가가치세법 시행령 제3조 【용역의 범위】

① 법 제2조제2호에 따른 용역은 재화 외에 재산 가치가 있는 다음 각 호의 사업에 해당하는 모든 역무(役務)와 그 밖의 행위로 한다. <개정 2019.2.12, 2020.2.11>

6. 부동산업. 다만, 다음 각 목의 사업은 제외한다.

  • 가. 전ㆍ답ㆍ과수원ㆍ목장용지ㆍ임야 또는 염전 임대업
  • 나. 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률 제4조 에 따른 공익사업과 관련해 지역권ㆍ지상권(지하 또는 공중에 설정된 권리를 포함한다)을 설정하거나 대여하는 사업

7. 전문, 과학 및 기술 서비스업과 사업시설 관리, 사업 지원 및 임대서비스업

8. 공공행정, 국방 및 사회보장 행정

② 제1항제1호 및 제6호에도 불구하고 건설업과 부동산업 중 기획재정부령으로 정하는 사업은 재화(財貨)를 공급하는 사업으로 본다. 2) 부가가치세법 제3조 【납세의무자】

① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자로서 개인, 법인(국가ㆍ지방자치단체와 지방자치단체조합을 포함한다), 법인격이 없는 사단ㆍ재단 또는 그 밖의 단체는 이 법에 따라 부가가치세를 납부할 의무가 있다. <개정 2020.12.22>

1. 사업자

3) 부가가치세법 제4조 【과세대상】 부가가치세는 다음 각 호의 거래에 대하여 과세한다.

1. 사업자가 행하는 재화 또는 용역의 공급

2. 재화의 수입

4) 부가가치세법 제11조 【용역의 공급】

① 용역의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따른 것으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로 한다.

1. 역무를 제공하는 것

2. 시설물, 권리 등 재화를 사용하게 하는 것

② 제1항에 따른 용역의 공급의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 5) 부가가치세법 제29조 【과세표준】

① 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 해당 과세기간에 공급한 재화 또는 용역의 공급가액을 합한 금액으로 한다.

③ 제1항의 공급가액은 다음 각 호의 가액을 말한다. 이 경우 대금, 요금, 수수료, 그 밖에 어떤 명목이든 상관없이 재화 또는 용역을 공급받는 자로부터 받는 금전적 가치 있는 모든 것을 포함하되, 부가가치세는 포함하지 아니한다. <개정 2017.12.19>

1. 금전으로 대가를 받는 경우: 그 대가. 다만, 그 대가를 외국통화나 그 밖의 외국환으로 받은 경우에는 대통령령으로 정한 바에 따라 환산한 가액

2. 금전 외의 대가를 받는 경우: 자기가 공급한 재화 또는 용역의 시가

⑫ 시가와 그 밖에 공급가액 및 과세표준의 계산에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 6) 조세특례제한법 제106조 【부가가치세의 면제 등】

① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 재화 또는 용역의 공급에 대해서는 부가가치세를 면제한다. 이 경우 제1호, 제4호의2, 제5호, 제9호의2, 제9호의3, 제11호 및 제12호는 2022년 12월 31일까지 공급한 것에만 적용하고, 제2호, 제3호, 제4호의5 및 제9호는 2021년 12월 31일까지 공급한 것에만 적용하며, 제8호 및 제8호의2는 2014년 12월 31일까지 실시협약이 체결된 것에만 적용하고, 제8호의3은 2015년 1월 1일부터 2022년 12월 31일까지 실시협약이 체결된 것에만 적용한다. <개정 2020.6.9, 2020.12.29>

6. 대통령령으로 정하는 정부업무를 대행하는 단체가 공급하는 재화 또는 용역으로서 대통령령으로 정하는 것 6-1) 조세특례제한법 시행령 제106조 【부가가치세 면제 등】

⑦ 법 제106조제1항제6호에서 "대통령령으로 정하는 정부업무를 대행하는 단체"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자를 말한다.

22. 지방공기업법제76조의 규정에 의하여 설립된 지방공단 22의2. 다음 각 목의 요건을 모두 갖춘 지방공기업법제49조에 따라 설립된 지방공사

  • 가. 시ㆍ군 또는 자치구인 지방자치단체가 설립하였을 것
  • 나. 제21호에 따른 지방공사를 제외할 경우 해당 지방자치단체가 설립한 유일한 지방공사일 것
  • 다. 해당 지방자치단체에 제22호에 따른 지방공단이 없을 것

⑧ 법 제106조제1항제6호에서 "대통령령으로 정하는 것"이란 제7항 각호의1에 해당하는 자가 그 고유의 목적사업으로서 기획재정부령이 정하는 사업을 위하여 공급하는 재화 또는 용역을 말한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업을 제외하며, 제7호의 규정은 부가가치세법 시행령 제45조제1호 에도 불구하고 적용한다. <개정 2010.2.18, 2013.6.28>

1. 소매업ㆍ음식점업ㆍ숙박업ㆍ욕탕업 및 예식장업

2. 부가가치세법 시행령제3조제2항에 규정된 사업

3. 부동산임대업

4. 골프장ㆍ스키장 및 기타 운동시설 운영업

5. 수상오락서비스업

6. 유원지ㆍ테마파크운영업

7. 주차장운영업 및 자동차견인업

7) 지방공기업법 제67조 【손익금의 처리】 (2020.10.20. 법률 제17522호로 개정된 것)

① 공사는 결산 결과 이익이 생긴 경우에는 그 이익금을 다음 각 호의 순서에 따라 처리한다.

1. 전 사업연도로부터 이월된 결손금이 있으면 결손금을 보전

2. 대통령령으로 정하는 바에 따라 이익준비금으로 적립

3. 대통령령으로 정하는 바에 따라 감채적립금으로 적립

4. 이익을 배당하거나 정관으로 정하는 바에 따라 적립

② 제1항제3호의 감채적립금은 공사의 사채를 상환하는 목적 외에는 사용할 수 없다.

③ 공사는 결산 결과 손실이 생긴 경우에 그 결손금을 제1항제4호의 적립금으로 보전하고, 그 적립금으로도 보전하지 못한 결손금은 제1항제2호의 이익준비금으로 보전하거나 이월한다. 8) 지방공기업법 제71조 【대행사업의 비용 부담】

① 공사는 국가 또는 지방자치단체의 사업을 대행할 수 있으며, 이 경우에 필요한 비용은 국가 또는 지방자치단체가 부담한다.

② 제1항에 따른 비용의 부담에 필요한 사항은 대통령령으로 정하는 사항을 제외하고는 조례로 정한다. 8-1) 지방공기업법 시행령 제63조 【대행업무의 비용부담등】 (2020.12.8. 대통령령 제31229호로 개정된 것)

① 공사가 법 제71조제1항의 규정에 의하여 국가 또는 지방자치단체의 사업을 대행하고자 하는 때에는 위탁계약에 의한다.

② 공사가 법 제71조제1항의 규정에 의하여 국가 또는 지방자치단체의 사업을 대행하는 경우 국가 또는 지방자치단체가 부담하여야 할 경비의 범위는 다음과 같다.

1. 사업실시에 따른 사업계획의 수립, 사전조사, 용역등에 소요되는 경비

2. 사업의 집행에 소요되는 시설비ㆍ인건비 및 부대경비

3. 사업의 종료후 결산이전 또는 시설물등의 인계이전까지의 사이에 시설물등을 관리하는 데 소요되는 경비

4. 사업의 대행에 따른 대행수수료

5. 기타 사업집행상 필수적으로 소요되는 경비

③ 법 제71조제1항의 규정에 의하여 국가 또는 지방자치단체가 비용을 부담하는 경우, 공사는 미리 자금집행계획을 수립하여 국가 또는 지방자치단체에 제출하여야 하며, 국가 또는 지방자치단체는 다른 자금에 앞서 이에 대한 자금을 우선적으로 지급하되, 그 지급시기를 조정하고자 하는 때에는 공사와 협의하여야 한다.

④ 공사가 그 대행사업을 종료한 때에는 지체없이 국가 또는 지방자치단체가 부담한 비용을 정산하여야 한다.

⑤ 공사는 국가 또는 지방자치단체의 사업을 대행함에 있어 특히 필요한 경우에는 지방자치단체의 장의 승인을 얻어 그 사업의 일부를 제3자로 하여금 시행하게 할 수 있다. 9) 지방공기업법 제76조 【설립ㆍ운영】

① 지방자치단체는 제2조의 사업을 효율적으로 수행하기 위하여 필요한 경우에는 지방공단(이하 "공단"이라 한다)을 설립할 수 있다.

10. 행정권한의 위임 및 위탁에 관한 규정 제2조【정의】 (2021.2.17. 대통령령 제31450호로 개정된 것) 이 영에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

3. “민간위탁”이란 법률에 규정된 행정기관의 사무 중 일부를 지방자치단체가 아닌 법인·단체 또는 그 기관이나 개인에게 맡겨 그의 명의로 그의 책임 아래 행사하도록 하는 것을 말한다.

5. “위탁기관”이란 자기의 권한을 위탁한 해당 행정기관의 장을 말하고, “수탁기관”이란 행정기관의 권한을 위탁받은 다른 행정기관의 장과 사무를 위탁받은 지방자치단체가 아닌 법인·단체 또는 그 기관이나 개인을 말한다.

  • 다. 사실관계 1) 청구법인 설립, 연혁, 조직안내 등 기본사항은 다음과 같다.
  • 가) 청구법인 법인등기사항증명서상 목적사업 및 설립일 등

○ 주사무소: P도 A시

○ 목적사업

1. 토지개발 등을 위한 토지의 취득, 개발, 공급, 임대 및 관리

2. 주택 및 일반건축물의 건설, 개량, 공급, 임대 및 관리

3. 관광(단)지, 리조트 등 위락단지 조성 및 관리

4. 산업단지 및 공업단지 조성 및 관리

5. 도로, 도시철도 등 교통관련 시설의 건설 및 유지관리

6. 지역경제 활성화에 기여할 수 있는 해외무역, 외자유치 및 그와 관련된 투자업무

7. 건설 자재의 생산 및 공급

8. 문화, 체육, 교육시설의 조성 및 관리

9. 지역 특산품 개발 및 판매사업

10. 산림문화휴양에 관한 법률에 의한 자연 휴양림 조성, 관리

11. 국가 또는 지방자치단체의 대행 업무

12. 제1호부터 제10호까지 부수되는 설계용역 및 감리 등의 업무

13. 지방공기업법 제2조 와 관련되는 공공성과 수익성이 있는 경영수익사업

14. 위 각호에 관련된 부대사업 일체

○ 법인성립연월일: 201..**. 설립

  • 다) 2019년부터 2023년까지 기간 동안의 A시 출자총액(100%) (천원) 2019년 2020년 2021년 2022년 2023년 7,226,360 7,226,360 7,226,360 7,226,360 7,226,360
  • 라) 청구법인 조직도 및 주요 업무내용(청구법인 홈페이지 참조) 2) 청구법인이 A시와 체결한 시설관리ㆍ운영에 관련된 위ㆍ수탁계약, 위탁협약 등 내용은 다음과 같다.
  • 가) 2018.12월 체결, H (숙박시설) 위․수탁계약서 지방공기업법 제71조 및 같은 법 시행령 제63조와 N 설립 및 운영에 관한 조례 제22조의 규정에 따라 A시 공공시설물의 관리·운영을 위탁함에 있어 위탁자인 A시장(이하 “시”라 한다)과 수탁자인 N 사장(이하 “공사”라 한다)은 다음과 같이 위·수탁 계약을 체결한다. 제1조 (목적) 본 계약은 “시”가 관리·운영해야 할 공공시설물을 “공사”에게 위탁함에 있어 책임경영과 위탁시설물의 효율적인 관리·운영을 위하여 상호 필요한 사항을 규정함을 목적으로 한다. 제2조 (위탁업무의 범위)

① “시”가 “공사”에게 위탁하는 업무는 다음과 같다.

1. A시 한옥마을 설치 및 운영 조례에 따른 시설관리·운영

2. 위탁관리 시설물에 필요한 제반시설의 신설, 개선, 폐지 등

② 제1항 제2호의 경우는 “공사”의 요구로 “시”가 승인 후 결정한다.

③ 제1항의 위탁시설 현황은 [별표1]과 같으며, 인계·인수목록은 [별표2]와 같다.

④ “공사”는 위탁업무 관련 조례 또는 지침이 정하는 바에 따라 관리·운영하여야 한다.

⑤ 제1항 제1호의 위탁업무 이외에 추가되는 위탁업무에 대해서는 별도의 계약을 체결하여야 한다.

⑥ “공사”는 사업활성화 및 경영수익 개선을 위해 “시”로부터 위탁사업 시설 및 부지의 사용에 대한 승인·허가를 득하여 직접운영사업을 추진할 수 있으며, “시”는 필요하다고 인정되는 경우 무상 또는 유상으로 시설을 사용케 할 수 있다. 제3조 (공유재산) 제2조에 따라 위탁받은 시설의 업무수행에 필요한 물품은 공유재산 및 물품관리법 시행령제75조 (무상대부)에 따라 본 계약 체결시 무상사용을 허가한 것으로 본다. 다만, 무상사용 대상 물품에 대하여는 인수·인계 시 목록에 작성한 물품과 수탁자가 시설 관리·운영을 위해 새롭게 구입한 물품 등에 한하며, 내구연한의 경과로 인한 폐기물품은 “시”에게 인계한다. 제4조 (계약기간)

① 본 계약의 계약기간은 계약일로부터 5년으로 하되, 필요에 따라 연장 또는 단축할 수 있다.

② 본 계약은 계약일로부터 효력이 발생하며, 계약상 오류 또는 운영상의 조정 등 불가피한 계약변경 사유가 발생할 경우 쌍방 간의 합의하에 계약을 변경하고, 계약이 해지되는 경우 계약 유효기한은 위탁 업무의 인수·인계 종료시점까지로 한다. 제5조 (사용료 등 징수)

① 시설물의 사용료 또는 입장료는 “시”가 정한 관련 조례와 규정에 따라 “공사”가 징수한다. 단, 제2조 제6항에 의한 수입금은 제외한다.

② “공사”는 “시”의 승인을 득하여 시설물의 사용료 또는 입장료를 탄력적으로 운영할 수 있다. 제6조 (수입금의 조치)

① “공사”는 수탁사업으로 발생되는 사용료 또는 입장료 등의 수입금(이하 “수입금”이라 한다)전액을 “시”가 지정한 금고에 납입하여야 한다. 단, 제2조 제6항에 의한 수입금은 “공사”의 수입금으로 처리한다.

1. 사용료, 입장료 등 현금으로 징수한 수입금은 그 다음날까지

2. 신용카드로 징수한 수입금은 그 다음달 입금기한까지

3. 1호부터 2호까지에도 불구하고 입금일이 공휴일인 경우에는 그 다음날까지

② 수입금의 환불처리는 A시 한옥마을 설치 및 운영조례 [별표3]의 기준에 따라 “공사”가 자체적 으로 처리한다.

③ “공사”는 시설 운영에서 발생되는 모든 수입금 내역(납입자 현황 등)을 포함하는 징수부 등의 장부를 작성·관리하여야 한다. 제7조(대행사업비)

① “시”는 “공사”의 대행사업비를 매년 “시”의 예산에 편성하여 “을”에게 교부 하며 “시”가 “공사”에게 교부하여야 할 대행사업비는 다음 각 호와 같다.

1. 대행사업의 집행에 소요되는 인건비 및 운영비

2. 시설 유지관리 성격의 소규모 소모성 유지비, 단, 시설에 대한 기본경비 및 대수선비는 “시”의 해당 부서에서 예산을 편성하여 시행한다.

3. 그 밖에 사업대행에 필수적으로 소요되는 경상경비

② 제1항의 각 호에도 불구하고 “공사”가 시행할 필요가 있다고 판단되는 경우 “시”의 승인을 받아 “공사”가 시행할 수 있다.

③ “공사”는 대행사업비를 원활하게 집행하기 위하여 연간집행계획을 수립하여야 한다.

④ “공사”는 연간 집행계획서에 따라 “시”에게 대행사업비를 청구하여야 한다.

⑤ “시”는 “공사”가 제출한 대행사업 집행계획서와 세입상황을 종합 검토하여 예산 범위 내에서 대행사업비를 교부한다.

⑥ “시”는 “공사”가 사업계획과 대비하여 실적이 현저히 미비하다고 판단될 때에는 대행사업비를 조정하여 교부할 수 있다.

⑦ “시”는 “공사”가 수탁사업을 수행하기 위한 기본적인 시설을 갖추어야 하며 “공사”로 하여금 시설개선(보수) 등을 하게 할 수 있다.

⑧ “공사”는 제3항에 따라 교부된 대행사업비를 당해 목적 외에 사용해서는 안된다. 제8조(대행수수료 등)

① “시”는 공공시설을 “공사”에게 위탁함에 있어 사업수행에 따른 대행수수료를 “공사”에게 지급하여야 한다.

② 제1항에 따른 대행수수료는 예산의 범위 내에서 대행사업비 정산 집행액을 기준으로 적정 지급률을 결정하여 “공사”에게 지급하여야 한다.

③ 제2항의 규정에 추가하여 “시”는 책임경영 촉진을 위해 별도의 인센티브를 지급할 수 있다.

④ “시”가 “공사”에게 지급하는 대행수수료는 제20조에 따른 당해 연도사업의 결산종료 후 15일 이내에 정산한다. 제9조 (운영계획 수립 등)

① “공사”는 수탁사업의 효울성을 제고하기 위하여 매년 시설관리 운영계획을 수립하여 “시”에게 다음 사업연도 개시전까지 제출하여야 하며, 시설관리에 대한 운영계획에는 다음 각 호의 내용을 포함하여야 한다.

5. 예산

6. 기타 시설운영을 위하여 필요하다고 인정되는 사항

② “공사”가 시설관리 운영계획을 변경하고자 하는 경우에는 미리 “시”와 협의하여야 한다. 제10조 (수탁 재산관리)

① “공사”는 위탁받은 사업의 각종 시설 및 물품이 계약당시 상태대로 관리될 수 있도록 선량한 관리자 로서 주의 의무를 다하여야 한다.

② “공사”는 수탁운영을 이유로 수탁기간 중의 사용권을 제외한 재산에 대한 연고권 등 일체의 권리를 주장할 수 없다.

③ “공사”는 “시”의 사전 승인 없이 건물의 외형변경, 개보수 행위를 할 수 없으며 필요한 경우 “시”의 승인 하에 기 편성된 예산의 범위 내에서 집행하여야 한다.

④ “공사”는 시설물과 물품 등에 대해 관리책임자를 지정하여 관리하여야 하며, 격년마다 정기적으로 재물조사(그와 유사한 조사 포함)를 실시한 후 그 결과를 “시”에 제출하여야 한다. 제11조 (예산집행 등)

① “공사”는 사업계획서상의 예산집행시 예산회계 법규, 조례 및 관련 규정에 따라 집행하여야 한다.

② “공사”는 소모성 물품의 구매 등 기타 경비의 집행 시 연간 수급계획을 수립하여 공개경쟁 입찰이나 단가계약을 원칙으로 하고, 긴급 또는 대체가 불가능할 때와 생산업체 또는 도매업자 등과 직접 거래할 경우에는 최저가로 집행하도록 노력하여야 한다. 제12조 (계리의 원칙) “공사”는 운영성과 및 재정상태를 명백하게 파악할 수 있도록 회계거래를 발생사실에 따라 기업회계 기준에 의하여 독립적으로 처리하여야 한다. 다만, 필요한 경우 연결 재무제표를 작성할 수 있다. 제13조 (배상책임 및 보험가입 등)

① “시”는 매년한국지방재정공제회법에 의한 공공시설물인 시설의 건물 및 시설물, 영조물 등의 배상공제(이하 “공제”라 한다)에 가입하여야 한다.

② “공사”는 시설 운영 및 관리 중과실로 제3자에게 피해를 입혔을 때 손해배상청구소송 등의 소송업무를 대행한다. 다만, 시설물 등의 변경 또는 누락사실이 발생하였을 때에 “공사”는 지체 없이 “시”에게 공제 등록요청을 하여야 하며, 공제등록을 요청하지 아니하여 발생한 손해에 대한 배상의무 등 소송결과의 책임은 “공사”에게 있다.

③ “공사”는 기타 공제 등록이 불가능한 보험에 대하여는 정부가 허가한 보험사업자의 보험에 가입하여 만약의 사고에 대비하여야 하며, 가입 후 보험증권 또는 계약서 사본을 첨부하여 “시”에게 보고하여야 한다. 제14조 (계약해지)

① “시”는 “공사”에게 다음 각 호에 해당하는 사유가 발생하였을 때에는 계약을 해지할 수 있다.

1. “시”와 “공사” 상호간 모두 계약 해지에 동의할 때

2. 전재지변 등으로 본 계약관계를 유지할 수 없는 부득이한 사유가 발생한 때

3. “시”가 공공 목적을 위하여 특히 필요하다고 인정하는 새로운 사유가 발생하였을 때

4. “공사”가 계약 내용을 이행하지 않고 관계법규 등을 현저히 위반한 때

5. “공사”가 시설물 운영능력이 없다고 “시”가 판단한 경우

② “시”가 계약을 해지하고자 할 경우에는 해지하고자 하는 날로부터 45일 전에 그 사유를 문서로 “공사”에게 예고(통지)하고 의견 진술의 기회를 주어야 한다.

③ “공사”는 전재지변 등의 이유로 계약을 유지할 수 없는 부득이한 사유가 발생하여 계약을 해지하고자 할 경우에는 해지하고자 하는 날로부터 45일전에 “시”에게 문서로 예고(통지)하여야 한다. 제15조(계약의 변경) “시”와 “공사”는 필요한 경우 상호 협의하여 이 계약의 조건 및 내용을 변경 또는 추가할 수 있다. 제16조(해지 시 수탁재산의 반환 등) 본 계약기간이 만료 또는 제4조에 따라 계약기간이 만료되었거나 제14조에 따라 계약이 해지된 경우 에는 “공사”는 “시”에게 속하는 재산을 지체 없이 반환하여야 하며, “공사”는 계약해지로 인한 손해배상 또는 부당이득금의 반환을 청구할 수 없다. 다만, “시”의 귀책사유로 인하여 계약이 해지된 때에는 그러 하지 아니하다. 제17조(양도·양여 등의 금지)

① “공사”는 “시”의 승인 없이 수탁재산을 제3자에게 양도·양여하거나 담보로 제공할 수 없으며 위탁업무를 재 위탁할 수 없다. 단, 위탁업무의 효율성과 전문성을 기하기 위하여 “시”의 사전승인을 받은 경우에는 제3자에게 재 위탁할 수 있다.

② 이 계약 체결 이전에 “시”가 제3자에게 위탁한 시설 및 업무는 “시”가 승인한 것으로 보며 “공사”는 “시”의 권리를 승계한 것으로 본다.

③ “공사”는 계약 체결 이후 효율적인 시설 운영·관리를 위하여 시설의 일부를 제3자에게 재 위탁할 수 있다. 이 경우 월별 사용료를 징수할 수 있다. 제18조(지도·감독) “시”는 “공사”에게 위탁업무와 관련하여 필요한 자료의 제출을 요구할 수 있으며, 관계법령 및 조례에 따르거나 업무상 필요하다고 인정될 때에는 지도·감독권의 행사 및 필요한 명령 또는 지시를 할 수 있다. 이 경우 “공사”는 정당한 이유없이 이를 거부할 수 없다. 제19조(수지정산·보고) “공사”는 “시”의 위탁업무에 대하여 매 분기별 예산수지분석 상황 등 정산보고서를 작성하여 “시”에 보고하여야 한다. 제20조(결산서의 제출)

① “공사”는 당해 회계연도 종료 후부터 2월까지 결산을 완료하고 그 결과를 “시”에게 제출하여야 한다. 단, 제14조에 따른 계약해지의 경우에는 그 사유가 발생한 날로부터 45일 이내에 결산서를 작성하여 제출하여야 한다.

② 결산은 “시”가 지정하는 공인회계사에게 당해 연도 회계전반에 대한 결산검사 및 감사를 득한 후 공인회계사가 날인한 결산서와 회계감사 보고서를 첨부하여 제출한다. 제21조 (관계법령의 적용) 본 계약에 정하지 아니한 사항에 대하여는 관계법령, 조례, 규칙, 규정 등이 정하는 바에 따른다. 제22조(분쟁) 본 계약에 관한 분쟁 발생 시 소송법원은 “시”를 관할하는 법원으로 한다. 제23조(계약서 작성) 본 계약이 체결되었음을 증명하기 위하여 계약서 2부를 작성하여 기명날인 후 “시”와 “공사”가 각각 1부씩 보관한다. 2018.12. “위탁자” A시장 OOO (직인) “수탁자” N 사장 OOO (직인)

  • 나) 2021.11월 체결, OOD 위․수탁계약서 ※ 기타 체육시설: F(’22.9.22.), G(’22.11.30.), 볼링장(’19.1.1.) 내용 동일함. 지방공기업법 제71조 및 같은 법 시행령 제63조와 N 설립 및 운영에 관한 조례 제22조의 규정에 따라 A시 공공시설물의 관리·운영을 위탁함에 있어 위탁자인 A시장(이하 “시”라 한다)과 수탁자인 N 사장(이하 “공사”라 한다)은 다음과 같이 위·수탁 계약을 체결한다. 제1조(목적) 본 계약은 “시”가 관리·운영해야 할 공공시설물을 “공사”에게 위탁함에 있어 책임경영과 위탁시설물의 효율적인 관리·운영을 위하여 상호 필요한 사항을 규정함을 목적으로 한다. 제2조(위탁업무의 범위)

① “시”가 “공사”에게 위탁하는 업무는 다음과 같다.

1. A시 체육시설관리 및 운영조례, O 운영규정에 따른 D 관리·운영

2. 위탁관리 시설물에 필요한 제반시설의 신설, 개선, 폐지 등

② 제4호의 경우는 “공사”의 요구로 “시”가 승인 후 결정한다.

③ 제1항 1호의 위탁시설 현황은 [별표1]과 같다.

④ “공사”는 위탁업무 관련 조례 또는 지침이 정하는 바에 따라 관리·운영하여야 한다.

⑤ 제1항 제1호의 위탁업무 이외에 추가되는 위탁업무에 대해서는 별도의 계약을 체결하여야 한다. 제3조(공유재산) 제2조에 따라 위탁받은 시설의 업무수행에 필요한 물품은 공유재산 및 물품관리법 시행령 제75조(무상대부)에 따라 본 계약 체결시 무상사용을 허가한 것으로 본다. 다만, 무상사용 대상 물품에 대하여는 인수·인계 시 목록에 작성한 물품과 수탁자가 시설 관리·운영을 위해 새롭게 구입한 물품 등에 한하며, 내구연한의 경과로 인한 폐기물품은 “시”에게 인계한다. 제4조(계약기간)

① 본 계약의 계약기간은 계약일로부터 2년 51일로 하되, 필요에 따라 연장 또는 단축할 수 있다. (계약기간: 2021.11.10.~2023.12.31.)

② 본 계약은 계약일로부터 효력이 발생하며, 계약상 오류 또는 운영상의 조정 등 불가피한 계약 변경 사유가 발생할 경우 쌍방 간의 합의하에 계약을 변경하고, 계약이 해지되는 경우 계약 유효기한은 위탁업무의 인수·인계 종료시점까지로 한다. 제5조(사용료 등 징수)

① 시설물의 사용료 또는 입장료는 “시”가 정한 관련 조례와 규정에 따라 “공사”가 징수한다. 단, 상품판매 대금 등 자체수입에 의한 수입금은 제외한다. 제6조 (수입금의 조치)

① “공사”는 수탁사업으로 발생되는 사용료 또는 입장료 등의 수입금(이하 “수입금”이라 한다) 전액을 “시”가 지정한 금고에 납입하여야 한다. 단, 제2조 제6항에 의한 수입금은 “공사”의 수입금 으로 처리한다.

1. 사용료, 입장료 등 현금으로 징수한 수입금은 그 다음날까지

2. 신용카드로 징수한 수입금은 그 다음달 입금기한까지

3. 1호부터 2호까지에도 불구하고 입금일이 공휴일인 경우에는 그 다음날까지

② 수입금의 환불처리는 A시 한옥마을 설치 및 운영조례 [별표3]의 기준에 따라 “공사”가 자체적으로 처리한다.

③ “공사”는 시설 운영에서 발생되는 모든 수입금 내역(납입자 현황 등)을 포함하는 징수부 등의 장부를 작성·관리하여야 한다. … (중략) … 제23조(계약서 작성) 본 계약이 체결되었음을 증명하기 위하여 계약서 2부를 작성하여 기명날인 후 “시”와 “공사”가 각각 1부씩 보관한다. 2021.11.10. “위탁자” A시장 OOO (직인) “수탁자” N 사장 OOO (직인) 3) (통지관서 제출) 감사관이 쟁점용역을 부가가치세 과세대상으로 본 사유, 근거는 다음과 같다.

  • 가) 청구법인은 A시와 시민생활과 밀접한 전분야의 공공시설 및 사업에 대한 시설관리ㆍ운영에 대한 위ㆍ수탁계약을 체결하고, 매년 대행사업비를 A시에서 교부받고, 쟁점용역관련 인건비, 운영비, 광고선전비, 위탁관리비 등을 집행한 것으로 지방공사 공시자료 등에 의해 확인되고, 지자체가 설립한 유일한 지방공사인 경우 정부업무대행단체에 해당하더라고 조특령 제106조 제8항 각호에 해당하는 사업과 관련된 위탁사업지는 위탁사업지 전체를 부가가치세 과세표준으로 신고하여야 하며
  • 나) “N 설립 및 운영에 관한 조례” 제26조(손익금의 처리)에서는 공사는 결산한 결과 이익이 생긴 때에는 이월결손금 보전이나 이익준비금 적립 및 주주에 대한 배당을 순서에 따라 실시할 수 있다고 규정하고 있고, 제33조(감독)에서는 공사는 정원 및 인사규정과 보수 규정에 대해서는 시장의 승인을 받도록 규정하고 있는 바, 이는 직원 선발 및 급여지급이 공내에서 자기계산하에 이루어 지고 있다는 증거이다.
  • 다) 청구법인은 위탁사업과 관련하여 인건비 지급을 제외한 부분에 대해서는 매입세금계산서를 A시청 및 문화체육시설사업소 명의 사업자번호로 수취하여 A시가 부가가치세 신고시 매입세액을 공제받고 있고, 청구법인이 A시에 쟁점대행사업비에 대해서 매출세금계산서를 발급한 사실은 없다.
  • 라) 따라서, 조특령 제106조 제8항에 단서 조항에 해당하는 사업의 대행사업비는 부가가치세 면제대상에 해당하지 않는 것임에도 신고를 누락하였다. 4) 통지관서가 부가가치세 과세대상으로 본 쟁점용역은 숙박,체육시설로 내역은 다음과 같다.
  • 가) (통지관서 제출) 2019년~2023년 쟁점대행사업비 세부 집행내역 연도 쟁점위탁시설 대행사업수익 /전년이월예산

① 추경② 불용액/이월액③ 자본적지출취득 보조금 설정액④ 수익인식액 (①+②-③-④) 합 계 14,143,115,100 22,829,000 1,250,712,566 1,355,660,500 11,559,571,034 ‘19 소 계 2,165,000,000 270,000,000 176,725,173 216,390,960 2,041,883,867 H 864,000,000 78,610,670 24,974,240 760,415,090 D 1,051,000,000 18,707,145 82,245,080 950,047,775 E 250,000,000 270,000,000 79,407,358 109,171,640 331,421,002 ‘20 소 계 2,420,000,000 0 283,719,338 73,793,550 2,062,487,112 H 864,000,000 41,730,370 15,708,950 806,560,680 D 1,106,000,000 204,069,238 24,003,290 877,927,472 E 450,000,000 37,919,730 34,081,310 377,998,960 ‘21 소 계 2,231,000,000 160,000,000 291,497,973 158,119,200 1,941,382,827 H 664,000,000 160,000,000 45,242,763 16,995,260 761,761,977 D 1,106,000,000 188,366,680 111,719,160 805,914,160 E 461,000,000 57,888,530 29,404,780 373,706,690 ‘22 소 계 2,792,000,000 0 266,980,410 148,521,750 2,376,497,840 H 818,000,000 20,577,290 11,783,330 785,639,380 D 1,113,000,000 47,503,060 44,148,700 1,021,348,240 E 481,000,000 89,534,830 18,857,830 372,607,340 F 270,000,000 69,870,920 27,976,200 172,152,880 G 110,000,000 39,494,310 45,755,690 24,750,000 ‘23 소 계 4,535,115,100 -407,171,000 231,789,672 758,835,040 3,137,319,388 H 918,000,000 -407,171,000 5,030 17,689,000 493,134,970 D 1,040,000,000 115,000,000 82,907,570 180,793,750 891,298,680 F 780,000,000 38,000,000 46,345,476 80,324,190 691,330,334 G 1,797,115,100 -153,000,000 102,531,596 480,028,100 1,061,555,404

  • 나) 대행 사업비 중 부가가치세 과세표준 누락액 및 추징세액은 다음과 같으며, 통지관서는 청구법인의 결산서상 수익인식액(대행사업비-자본적지출)에 쟁점위탁시설과 관련된 A시의 지급을 단순 대행하여 A시를 공급받는 자로 하여 수취한 매입세금계산서 결제금액과 기신고한 위탁수수료를 제외한 가액을 최종 과세표준 누락액으로 산출한 사실이 확인된다. (원) 구 분 계 ’19.2기 ’20.2기 ’21.2기 ’22.2기 ’23.2기 대행사업비

① 12,750 2,257 2,137 2,100 2,524 3,732 자본적지출

② 1,192 216 74 158 148 596 청구법인 수익인식액

③ (=①-②) 11,558 2,041 2,063 1,942 2,376 3,136 A시 수취 세금계산서 제외

④ 4,605 888 878 771 883 1,185 위탁수수료(기신고)

⑤ 539 83 113 108 105 130 대행사업비(과세표준) 누락액

⑥ (=③-④-⑤) 6,414 1,070 1,072 1,063 1,388 1,821 부가가치세 추징세액 981 181 171 160 209 260 5) 청구법인의 공시자료(클린아이)에 게시된 2023 사업연도 수입․지출예산결산보고서상 쟁점대행사업비 수입예산결산서상 직접관리 수익으로 지출예산결산보고서상에는 전체 판관비로 통합하여 결산한 것으로 확인된다.. 6) 정부대행업무에 대한 부가가치세 면세제도의 개정연혁(쟁점을 중심으로)을 살펴보면 다음과 같으며, 정부대행업무란, ‘정부 등으로부터 위탁을 받아 수행하는 업무’라고 정의하고 있음을 알 수 있다.

  • 가) 1999년부터는 정부대행업무에 대한 부가가치세 면제 규정이 세법 등의 체계조정을 위해 조세특례제한법으로 이관되었다.

□ 1998년 간추린 개정세법(기획재정부 발간) 11. 세법 등의 체계조정을 위하여 법령 간 이관되는 부분 나. 개별세법에 포함되어 있는 조세감면규정을 조세특례제한법으로 이관 개별세법 조세특례 제한법 주요 내용 부가세법 §12①12 §106①6 ◦정부업무대행단체 부가가치세 면제 - 정부업무대행단체 범위(시행령에 위임) 별정우체국, 농․수․축협, 도로공사, 한국공항공단, 공무원연금관리공단, 지방공사, 지방공단 등 【참고】 정부업무대행단체의 면세사업의 범위(별표10→ 별표5)

단 체 명 면세사업의 범위 ⁞ ⁞

22. 지방공기업법제76조의 규정에 의하여 설립된 지방공단 지방공기업법제71조제1항의 규정에 의하여 국가 또는 지방자치단체로부터 위탁을 받아 수행 하는 업무

28. 한국산업안전공단법에 의한 한국산업안전공단 산업안전보건법시행령제47조의 규정에 의하여 정부로부터 위탁을 받아 수행 하는 업무 ⁞ ⁞

  • 나) 정부업무대행단체가 수행하는 정부대행업무 중 부가가치세 면제대상에서 제외되는 업종에 대한 연혁은 다음과 같다.

○ 2001.6.30. 이전: 부동산매매업, 부동산임대업에 대하여는 부가가치세 과세

○ 2001.7.1. 이후: 소매업, 음식점업, 숙박업 에 대하여는 부가가치세 과세 * 개정취지: 정부업무대행단체의 사업 중 일반 사(私)경제와 유사한 사업에 대하여는 형평성 유지를 위하여 과세로 전환

○ 2002.7.1. 이후: 기타서비스업 중 욕탕업과 예식장업을 추가 과세 전환

○ 2005.1.1. 이후: 골프장ㆍ스키장 운영업과 기타 운동시설 운영업 및 유원지 테마파크 운영업을 과세로 전환

○ 2006.7.1. 이후: 주차장운영업, 자동차견인업 을 면세사업범위에서 제외

  • 다) 2017.2.7. 이후부터는 정부업무대행단체에 시ㆍ군ㆍ구가 설립한 지방공사 추가되었으며 청구법인은 이에 해당한다.

17. 부가가치세를 면제받는 정부업무대행단체 추가 (조특령 §106⑦)

(1) 개정내용 현 행 개 정 안

□ 다음의 단체가 국가․지자체의 업무를 대행하여 공급하는 재화․용역에 대해 부가가치세 면제 ㅇ수산업협동조합법에 따른 수산업협동조합, 중앙회 및 어촌계 <추 가> ㅇ 지방공단

□ 정부업무대행단체 추가 ㅇ (좌 동) ㅇ수산업협동조합법에 따른 조합공동사업법인 ㅇ (좌 동) ㅇ 시․군․구가 설립한 지방공사 해당 시․군․구가 설립한 다른 지방 공사 또는 지방공단이 없는 경우에 한정 (2) 개정이유: 지방자치단체 부담 완화 및 국제대회 개최 지원 (3) 적용시기 및 적용례

○ 2017.2.7. 이후 공급하는 분부터 적용

○ 다만, 지방공사는 경영개선 명령 등에 따라 통합된 경우 2017.2.7. 이후 결정․경정하는 분부터 적용

○ 조직위원회는 2017.2.7.이 속하는 과세기간부터 적용 라) 위의 개정연혁을 종합해 보면, 청구법인이 A시에서 위탁받아 수행하는 사업 중 쟁점용역인 숙박시설, 수영장, 볼링장 운영업은 부가가치세가 면제대상에서 제외되는 사업으로 보인다.

판단

1) 관련 법리 가)조세특례제한법제106조제1항제6호는 ‘정부업무대행단체가 공급하는 재화 또는 용역으로서 대통령령이 정하는 것’을 부가가치세 면제 대상으로 규정하고 있다. 나) 조세특례제한법 시행령제106조제8항은 “법 제106조 제1항 제6호에서 ‘재화 또는 용역으로서 대통령령이 정하는 것’이라 함은 정부업무대행단체가 그 고유의 목적사업으로서 기획재정부령이 정하는 사업을 위하여 공급하는 재화 또는 용역을 말한다. 다만 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업을 제외한다”고 하면서 각 제1호, 제4호, “1. 숙박업, 4. 골프장ㆍ스키장 및 기타 운동시설 운영업”을 규정하고 있다. 다) 조세특례제한법 시행령제106조제8항의 내용 및 개정연혁 등을 종합 하여 보면, 정부업무대행단체의 면세사업의 범위는 일단 이 사건 시행령 조항 의 본문과 그 위임에 의한 시행규칙 규정에 의하여 정해지고, 그 중 일부는 쟁점단서조항(조세특례제한법 시행령제106조제8항단서, 이하 같다)에 따라 면세사업의 범위에서 제외되는 형식으로 규정된 것이다. 그리고, 부가가치세의 납부의무는 영리목적의 유무에 불구하고 발생하는 것으로 규정한 부가가치세법제2조제1항의 취지 등에 비추어 볼 때 반드시 정부업무대행단체가 사경제주체로서 영리를 목적으로 하는 경우만을 의미한다고 볼 수 없다(대법원 2012.10.25. 선고 2010두3527 판결 참조). 2) 쟁점용역과 관련하여 수령한 대행사업비는 단순히 A시를 대신하여 집행한 것으로 부가가치세 과세대상에서 제외하는 것인지에 대한 판단

  • 가) 관련 법리와 다음의 여러 사정들을 종합하여 볼 때, 청구법인이 쟁점용역과 관련하여 그 대가로 A시로부터 수령한 대행사업비를 청구법인의 책임과 계산으로 집행한 것으로 보이므로 청구주장은 이유가 없다.

(1) 세금계산서 교부 및 부가가치세 거래징수는 부가가치세 면세 여부에 따라 그 의무의 존부가 달라지고, 이는 모두 재화 또는 용역을 공급할 때 이루어지는 점 등의 사정을 보태어 보면, 부가가치세 면제대상에 해당하는지 여부는 개별 재화 또는 용역을 기준으로 판단하여야 하고, 각 사업분야 전체를 기준으로 판단할 수는 없다(대법원 2022.3.17. 선고 2017두69908 판결 참조). (2) 쟁점단서조항의 내용과 개정연혁 등을 종합해 보면, 청구인이 운영하 는 이들 업종들은 쟁점단서조항의 제1호, 제4호에 따라 면세사업 대상에서 과세로 전환되어 청구법인이 A시에 제공한 쟁점용역은 부가가치세가 면제되는 사업 에 해당하지 않는 것으로 보는 것이 타당해 보인다. 아울러, 쟁점용역에 대한 부가가치세의 납부의무는 영리목적의 유무에 불구하고 발생하는 것으로 규정한 부가가치세법제2조제1항제1호의 취지 등에 비추어 볼 때 반드시 정부업무대행단체가 사경제주체로서 영리를 목적으로 하는 경우만을 의미한다고 볼 수 없다(대법원 2012.10.25. 선고 2010두3527 판결 참조).

(3) 청구법인은 쟁점용역이 A시를 대신하여 수행한 것으로 이와 관련하여 A시에서 수령하여 집행한 대행사업비가 부가가치세 과세표준에서 제외되어야 한다고 주장하는데, 다음의 사정들을 종합하여 보더라도 쟁점용역에 대한 대행사업비 대부분은 청구법인의 책임과 계산으로 집행된 것으로 보인

  • 다.부가가치세법제29조제1항 및 제3항에 따르면, ‘용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 해당 과세기간에 공급한 재화 또는 용역의 공급가액’으로서 ‘대금, 요금, 수수료, 그 밖에 어떤 명목이든 상관없이 재화 또는 용역을 공급받는 자로부터 받는 금전적 가치 있는 모든 것을 포함한다’고 규정하고 있다.

② 청구법인은 A시에서 위탁사업관련 위탁시설에 대한 시설운영, 시설유지․보수, 사용료 징수 등 관리․운영 업무 일체를 위탁받았고, 이 사건 위탁시설의 관리․운영 과정에서 발생하는 민·형사상 책임을 청구법인이 부담하기로 약정하였다.

③ 청구법인과 A시는 2018.12월 쟁점대행사업에 대한 위․수탁계약을 체결하면서 대행사업비의 원활한 집행을 위해 공사는 연간집행계획을 수립하여 집행계획서에 따라 지급하고(위․수탁계약서 제7조), 매년 운영계획을 세워 제출(위․수탁계약서 제9조)하고 있으며, 청구법인은 쟁점위탁시설관련 각 위ㆍ수탁계약에 따라 A시에서 수령하는 전체 대행사업비를 독자적인 수입과 지출로 회계처리하면서, 법인세 신고 시에도 전체 대행사업비를 수입금액으로 신고하였으나, 이는 지방공기업 결산기준에 따라 회계처리한 것일 뿐, 청구법인에 귀속되었음을 인정하는 것은 아니라고 주장한다. 그러나, A시는 쟁점용역 관련 쟁점위탁시설의 관리․운영과 관련한 일체의 업무를 청구법인에 위임하고 청구법인은 수임인의 지위로 본인의 계산과 책임으로 해당 업무를 대부분 수행한 것으로 보이고 A시에서 지급받은 선급 대행사업비를 청구법인 명의의 계좌로 예치한 이상, 이는 청구법인의 소유로 귀속되며 그에 대한 처분권한 역시 청구법인이 갖는 점(대법원 2022.3.17. 선고 2017두69908 판결 참조) 등에 비추어 볼 때, 청구법인이 A시의 승인을 얻은 범위 안에서 대행사업비를 집행하고, 지출하고 남은 대행사업비는 모두 A시에 반환함으로써 당초 약정한 위탁수수료만 취득하였다는 사정만으로는 청구법인이 쟁점용역 관련 대행사업비의 지출에 관하여 단순히 A시를 대행하는 지위에 있었다고 보기는 어렵다(수원지방법원 2018.2.6. 선고 2017구합65365 판결 참조).

④ 또한, 통지관서는 쟁점위탁시설이 A시 소유에 따라 운영에 따른 단순대행업무로 수취한 세금계산서는 모두 부가가치세 과세대상에서 제외하였음이 확인되었다.

  • 나) 상기내용을 종합하여 볼 때, 청구법인이 쟁점용역 관련 대행사업비의 지출에 관하여는 단순히 A시를 대행하는 지위에 있었다고 볼 수 없어 통지관서가 쟁점단서조항에 따라 숙박업, 체육시설운영업에 대해 부가가치세 과세대상으로 본 것은 타당한 것으로 보인다.
5. 결론

이 건 과세전적부심사청구는 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법 」 제81조의15제5항제1호의 규정에 따라 주문과 같이 결정한

결정 내용은 붙임과 같습니다.

원본 출처 (국세법령정보시스템)