양도 부동산이 다가구 주택의 양도에 해당하는지에 대한 판단

이 건 과세전적부심사청구는 불채택결정합니다.

• 가. 청구인은 KK 로 , 206동 01호(동, 수자인디에티지)에 거주하는 개인으로, 2023.1.6. SS 6**-3 토지 240.3㎡ 및 지상건물 726.21㎡(이하 “쟁점부동산”이라 하고, 건물부분은 “쟁점건물”, 공부상 업무용인 지하1층부터 지상3층에 대하여는 “쟁점상가부분”, 공부상 주택인 지상4층부터 6층에 대하여는 “쟁점주택부분”이라 한다)을 청구외 (주)MM컨텐츠(이하 “매수법인”이라 한다)에 9,000백만원에 양도하였다.
• 나. 청구인은 2023.3.23. 쟁점부동산에 대한 양도소득세 예정신고를 하면서 쟁점상가부분을 양도가액 5,600백만원, 양도소득금액 3,235백만원, 납부할세액 1,389백만원으로, 쟁점주택부분을 1세대1주택 고가주택을 적용하여 양도가액 3,400백만원, 양도소득금액 339백만원, 납부할세액 108백만원으로 각각 신고하였다.
• 다. 청구인은 2023.8.31. 쟁점건물의 취득가액 중 미차감한 감가상각비누계액을 차감하여 쟁점상가부분 양도소득세 17,742천원, 쟁점주택부분 양도소득세 1,478천원을 수정신고하였고, 2024.5.22. 쟁점상가부분과 쟁점주택부분을 합산하여 누진세율을 적용하여 양도소득세 확정신고를 하였다.
• 라. 조사청은 2024.4.28.부터 2024.5.18.까지 청구인에 대한 2023년 과세연도 양도소득세 조사를 실시한 결과 2024.5.27. 양도소득세 1,101백만원(가산세 184백만원 포함)을 과세한다는 세무조사결과를 통지하였다.

1. 쟁점부동산은 하나의 매매단위로 거래되었음에도 청구인이 쟁점상가부분과 쟁점주택부분을 분리하여 예정신고함으로써 누진세율을 적용하지 않은 점과 취득가액 산정 시 환산가액 및 필요경비 과다공제를 확인하였다.

2. 쟁점건물 3층은 쟁점부동산 매매 가계약일인 2022.3.14.현재 주택에 해당하므로 쟁점건물은건축법상 4층 이상을 주택으로 사용하는 다세대주택으로 보아, 청구인이 거주한 5층만을 1세대1주택 비과세를 적용하고, 그 외 주택에 대하여는 중과세율 적용대상으로 보아 장기보유특별공제를 부인하였다. <양도소득세 결정내용>(표생략)

• 마. 청구인은 2024.6.18. 이 건 세무조사결과통지서를 수령하였고 이에 대하여 2024.7.9. 이 건 과세전적부심사청구를 제기하였다.

• 가. 관련법리

1. 주택의 정의

• 가) 구소득세법(2023.7.1. 법률 제19196호로 개정되기 전의 소득세법, 이하 같다)제88조제7호에서 주택은 ‘허가 여부나 공부상의 용도구분과 관계없이 사실상 주거용으로 사용하는 건물’을 의미하므로 쟁점건물 3층의 공부상의 기재된 용도(비입시계학원)와는 별개로 쟁점건물 3층이 양도일 현재 구 소득세법상 주택인지를 판단해보도록 하겠다. 나)‘사실상 주거용’의 정의를 구소득세법에서는 명확히 규정하고 있지 않지만, 대법원은 “실제 용도가 사실상 주거에 공하는 건물인가에 의하여 판단하여야 하고, 일시적으로 주거가 아닌 다른 용도로 사용되고 있다고 하더라도 그 구조·기능이나 시설 등이 본래 주거용으로서 주거용에 적합한 상태에 있고 주거기능이 그대로 유지·관리되고 있어 언제든지 본인이나 제3자가 주택으로 사용할 수 있는 건물”이라고 판시하였다(대법원 2014.3.27. 선고 2013두24945 판결 등 참조)
• 다) 한편 이후 2023.12.31. 법률 제19933호로 개정된소득세법에서는 ‘세대의 구성원이 독립된 주거생활을 할 수 있는 구조로서 대통령령으로 정하는 구조를 갖추어 사실상 주거용으로 사용하는 건물’이라고 구체화하였고, ‘“대통령령으로 정하는 구조”란 세대별로 구분된 각각의 공간마다 별도의 출입문, 화장실, 취사시설이 설치되어 있는 구조’라고 2024.2.29. 대통령령 제34265호로 신설된 소득세법 시행령제152조의4에 그 구조의 정의를 위임하였다. 개정된 소득세법이 양도일 현재의 현행법은 아니지만, 그 이전까지의 법원 판례를 통해 형성된 법리를 함축하여 구체적인 기준을 제시한 것이니만큼 이를 참고할 수 있을 것으로 판단된다.

2. 주택인지를 판정하는 시기

• 가) 구 소득세법제89조는제1항에서 “다음 각호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세를 과세하지 아니한다”라고 하면서 제3호 가목에 “1세대 1주택을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 주택”을 비과세 자산으로 열거하고 있다. 같은 조항에서 위임한 구 소득세법 시행령제154조는제1항에서 “1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항 제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우는 3년) 이상인 것”이라고 구체화하여 양도일 현재 1세대 1주택인 거주자에게 양도소득세를 비과세하는 것으로 명시하고 있다.
• 나) 한편, 대법원은 “조감법 시행규칙 제38조 제3항에는 특별부가세의 비과세 및 감면이 배제되는 부동산에의 해당 여부에 관한 판정은 양도일을 기준으로 한다고 규정하고 있으며, 한편 특별부가세는 양도소득세와 마찬가지로 양도행위를 과세요건으로 하고 양도차익을 과세대상으로 하는 특성을 지니고 있으므로 그 과세요건·면세요건에 해당하는지 여부는 특별부가세에 준용되는 구 소득세법시행령(1998.12.31. 대통령령 제15969호로 개정되기 전의 것) 제162조 소정의 양도시기(이 사건의 경우에는 대금 청산일)를 기준으로 판정하여야 하는 것으로서(대법원 1995.3.24. 선고 94누6871 판결 참조), 이와 같은 기준은 일률적으로 엄격하게 적용되어야 하는 것”이라고 하여 양도시기인 대금 청산일을 기준으로 비과세 요건을 판단하는 것이라는 취지로 판시한 바 있다(대법원 2001.7.27. 선고 99두8268 판결). 대법원은 이후 다른 사건의 판결에서도 “양도소득세의 면제요건의 판정은 특별한 규정이나 사정이 없는 한 양도시를 기준으로 하는 것이 원칙이라 할 것”이라고 판시(대법원 2012.7.12. 선고 2011두31963 판결 참조)하여 양도소득세 비과세 규정은 양도일 현재를 기준으로 판단하는 것이 확고히 자리 잡은 법리라는 것을 확인할 수 있다.

3. 입증책임

• 가) 법원은 “1세대 1주택에 해당하여 양도소득세 비과세요건을 충족하고 있다는 사실에 관하여는 달리 특별한 사정이 없는 한 납세의무자에게 입증책임이 있지만(대법원 2005.12.23. 선고 2005두8443 판결 등), 다른 한편, 구 소득세법 제88조 제7호 에서 주택을 ‘허가 여부나 공부상의 용도 구분에 관계없이 사실상 주거용으로 사용하는 건물을 말한다. 이 경우 그 용도가 분명하지 아니하면 공부상의 용도에 따른다.’라고 명확히 정의하고 있는바, 이처럼 실제 용도가 불분명한 경우, 굳이 ‘공부상의 용도’에 따르도록 별도의 규정을 둔 이상, ‘공부상의 용도가 주택이 아닌 건물’의 경우에는 구 소득세법 제88조 제7호 후문에 따라 이를 사실상 주거용으로 사용하였다는 점에 관한 입증책임이 과세관청인 피고에게 있다고 봄이 타당”하다고 판시한 바 있다(인천지방법원 2023.11.24. 선고 2023구단50193 판결).
• 나) 또한, 서울고등법원은 “공부상 용도가 주택이 아닌 건물을 사실상주거용으로 사용하였다는 점은 당연히 과세관청이 입증하여야 한다”라고 판시한 바 있다(2022.12.13. 선고 2022누49221 판결).
• 다) 이처럼 양도일 현재 건축물의 용도가 불분명하거나 공부상 용도가 주택이 아님에도 이를 주택으로 보아 과세하기 위해서는 과세관청이 사실상 주거용으로 사용하는 건물임을 입증해야 할 책임을 지는 것이고 이는 납세의무자가 1세대 1주택 양도소득세 비과세 신고를 한때에도 마찬가지로 적용되는 법리임을 확인할 수 있다.
• 라) 또한, 이 사건과 유사한 사건에 대해서 조세심판원도 양측 모두 명확한 입증을 못할 때는 용도가 불분명한 경우로 보아야 한다고 판단하고 있음을 확인할 수 있다(조심 2023.12.27. 결정 2023서8122 참조).

4. 소결

• 가) 조사청이 쟁점주택부분의 양도소득세 비과세를 부인하기 위해서는 쟁점건물 3층이 양도일 현재(잔금 청산일 2023.1.6.) 사실상 주거용으로 사용이 가능한 상태로 존속하고 있어야 한다.
• 나) 즉, 주택에 해당하는지는 실질과세원칙에 따라 공부상 용도 구분 등과 관계없이 사실상 주거 용도로 사용하고 있는지에 따라 판단하여야 하고, 그 용도가 분명하지 아니하면 공부상 용도를 기준으로 판단한다.
• 다) 사실상 주거용으로 사용하고 있는 것으로 보려면 세대의 세대원이 장기간 독립된 주거 생활을 영위할 수 있는 구조로 된 건축물로서 언제라도 주택으로 이용 가능한 시설상태이어야 하고, 세대의 세대원이 독립된 주거생활을 사실상 영위하여야 하며, 주거용으로 상시 장기간 사용하는 경우(비상시 또는 일시적 사용 제외)여야 한다. 그러기 위해서는 기본적으로 독립된 출입문, 화장실, 취사시설이 설치된 구조를 갖추어야 한다.
• 라) 그리고 쟁점건물 3층이 이러한 요건을 갖추어 주거 용도로 적합하게 사용할 수있는지에 대한 판단은 양도일 현재를 기준으로 하는 것이고 이에 대한 입증은 조사청이 하여야 한다.
• 나. 사실관계

1. 매매계약의 내용

• 가) 2022.8.22. 청구인은 매수법인과 쟁점부동산에 대한 매매계약을 체결하였고, 그 내용을 살펴보면 매매대금 총 90억원에 10%인 계약금 9억원을 계약 당일 지급하는 것으로 기재되어 있고, 2023.1.6. 잔금 81억원의 지불을 명시하였으며 매매계약의 내용 중 특약사항(계약서 제15조 제9항)으로 ① 매도인이 3〜6층의 세입자를 2022.10.31.까지 명도하고 ② 잔금일 전까지 건축물대장 상 4〜6층의 용도를 ‘주택’에서 ‘근린생활시설’로 용도변경할 것으로 약정하였다.
• 나) 이처럼 쟁점부동산에 대한 매매계약은 매매계약 당시부터 용도변경을 예정하고 있었고 잔금을 치르기 전 용도변경을 모두 마치기로 합의한 사실이 있다. 청구인은 매수법인과의 매매계약을 이행하기 위하여 매매계약 당시의 임차인들을 3층의 임차인들의 보증금을 반환하고 모두 퇴거시켰다(20 쪽 매매계약일(2022.8.22.) 당시 3층 임차인 현황 참조).
• 다) 청구인과 임차인들은 보증금 반환과 퇴거를 동시이행하였고 결과적으로 3층의 모든 임차인은 2022.8.12. 303호의 김*영이 최종적으로 퇴거하면서 모두 퇴거를 완료하였다.

2. 3층의 철거

• 가) 2022.8.12. 쟁점건물 3층의 임차인이 모두 퇴거한 후 바로 다음 날인 2022.8.13. 청구인은 철거업자를 통해 쟁점건물 3층의 집기, 비품, 취사시설, 화장실, 간이출입문을 모두 철거하였다.
• 나) 청구인이 이렇게 철거까지 한 이유는 매수법인은 쟁점건물을 근린생활시설로 용도변경 후 쟁점건물을 리모델링할 계획으로 취득한 것이기 때문으로 용도변경 및 대수선을 위해서는 관할구청의 허가를 얻어야 하는데 허가 전 현장조사를 통해 기존건축물의 위반사항이 있는지를 확인하게 된다. 따라서 혹시라도 있을지 모르는 쟁점건물 3층의 위반사항을 해소하여 매매계약을 성실하게 이행하기 위해 쟁점건물 3층의 내부를 철거한 것이다.
• 다) 이로써 쟁점건물 3층이 공부상 용도대로 적법하게 사용하여 건축법상 위반사항이 없다는 사실은 이후 2022.12.1. **구청에 건축사가 제출한 ‘건축허가조사 및 검사조서’의 현장조사 결과 기존 건축물의 위반된 부분이 없다는 취지의 내용을 통해 확인된다(붙임1 건축허가조사 및 검사조서 참조). 라)건축법제27조 및 같은 법 시행령 제20조에 따라 허가권자 대신 건축사가 현장조사 업무를 대행할 수 있는데, 다른 지방자치단체에서 작성‧배포한 <현장조사‧검사 및 확인업무의 대행 세부운용계획>을 살펴보면 업무대행 건축사는 “현장조사결과 위반사항이 있을 경우 반드시 서면으로 건축주 및 감리자에게 시정을 요구하여야 하며, 허가권자에게 반드시 서면으로 보고하여야 한다. 현장조사 시 증축 및 용도변경 허가인 경우에는 기존 건물에 위법사항이 있는지 확인하여야 한다”라고 기재되어 업무대행 건축사가 기존건축물의 위반 사항을 확인 후 ‘건축허가조사 및 검사조서’에 위반 여부를 기재하고 허가권자인 구청에 제출하는 것임을 알 수 있다. <파주시 현장조사․검사 및 확인업무의 대행 세부운용계획 중 발췌>(표생략)
• 마) 쟁점건물 3층은 이렇게 잔금을 지급하기 전 청구인과 매수법인간 매매계약 상 합의한 사항을 이행하기 위해 내부를 철거하였고 사실상 주거용으로 볼 소지를 없앤 상태였다.
• 바) 그리하여 그 구조․기능이나 시설 등이 본래 주거용으로서 주거용에 적합한 상태에 있다고 볼 수 없고, 매수법인이 취득 후 쟁점건물을 리모델링하여 3층을 그 구조상 주거 용도로 사용할 가능성이 전혀 없는 상태가 되었으므로 결론적으로 “주거기능이 그대로 유지․관리되고 있어 언제든지 본인이나 제3자가 주택으로 사용할 수 있는 건물”로 볼 가능성을 원천적으로 제거한 것이다.

3. 조사청이 입증한 부분

• 가) (건축물대장상 위반사항) 조사청은 세무조사 기간동안 쟁점건물 3층의 현장조사를 하며 이를 입증할 현장의 사진을 단 한 장도 확보하지 못하고 양도일보다 한참 이전인 2017.10.19. 당시의 건축물대장 상의 위반사항을 근거로 주택이라고 주장하고 있지만 해당 위반사항은 2018.4.23. 2개소 및 2018.5.21. 2개소를 각각 **구청 건축과의 현장확인 후 해제되었다(20 쪽 일반건축물대장(을)변동사항 발췌 참조).
• 나) (3층 철거에 대한 근거 부족) 조사청은 3층을 철거한 사실이 없다며 청구인이 근거로 제시한 증거들을 부정하고 있지만 청구인은 철거업자 김규에게 2022.8.13. 1톤 트럭 분량의 철거 비용을 송금한 내역, 김규가 작성한 사실확인서 등을 통해 쟁점건물 3층을 철거한 사실을 입증했다(50쪽 24.5.17. 철거업자의 사실확인서 참조). 그리고 ‘건축허가조사 및 건축조서’를 통해 적어도 양도일 현재 쟁점건물에 위반사항이 없다는 사실을 확인함에 따라 3층이 철거되어 구조적으로 주거 용도로 사용하기에 불가능하였음을 간접적으로 입증한 셈이다.
• 다) (소결) 쟁점건물 3층의 공부상 용도가 주택이 아님에도 이를 주택으로 과세하기 위해선 조사청이 구소득세법상 주택임을 입증해야 함에도 조사청은 단순히 청구인이 제시한 근거를 부정만 할 뿐, 정작 쟁점 사항인 양도일 현재 쟁점건물 3층이 주거용으로 사용되고 있음을 입증할 증거는 하나도 제시하지 못하고 있다. 입증이란 단순히 청구인의 주장을 부정하는 방식이 아니라 명백한 증거를 토대로 합리적인 의심을 소거할 정도에 이르도록 하여야 하며, 그러한 입증책임을 진다는 것은 청구인이 제시한 증거를 반론하는 것에만 그칠 것이 아니라, 새로운 증거를 제시하여 청구인의 반박이 궁색할 정도에 이르러야 한다.

4. 쟁점건물 3층은 양도일 현재 주택이 아니다.

• 가) 결론적으로 쟁점건물 3층은 적어도 양도일 현재에는 주택이 아니다. 청구인은 양도일 이전 쟁점건물 3층의 세입자들을 모두 퇴거 조치하였고 내부 집기․비품, 취사시설, 화장실, 간이출입문을 모두 철거 및 중고로 처분하여 적어도 철거일 이후 오늘까지 사실상 주거용으로 사용할 가능성은 전혀 없고 실제로도 주택으로 사용하고 있지 않다. 다시 말해, “본래 주거용으로서 주거용에 적합한 상태에 있고 주거 기능이 그대로 유지 관리되고 있어 언제든지 본인이나 제3자가 주택으로 사용할 수 있는 건물”이 아니라는 의미다.
• 나) 백번 양보하여 청구인이 제시한 증거들이 조사청의 주장처럼 신빙성이 없다고 하더라도 조사청이 양도일 현재 쟁점건물 3층이 명백하게 주택임을 입증하지 못하는 한, 이는 그 용도가 분명하지 아니한 경우로 보아 공부상 용도에 따라 판단하여야 하며, 쟁점건물 3층의 공부상 용도는 근린생활시설이므로 결과적으로 이를 주택으로 볼 수는 없는 것이다.
• 다) 이처럼 조사청의 세무조사 결과통지는 근거가 없는 상태에서 내린 처분이므로 위법하며, 추가로 과세 예고된 납부세액은 청구인의 재산권을 중대하게 침해하고 있다.
• 다. 결론 이상과 같은 이유로 청구인은국세기본법제81조의15 및 같은 법 시행령 제63조의15에 따라 부득이하게 과세전적부심사청구를 제기하게 되었으니 부디 이러한 사정을 넉넉히 고려하여 청구를 채택해주기 바란다.
• 라. 조사청 의견에 대한 항변

1. 주택 수의 판정은 양도일 현재를 기준으로 한다.

• 가) 조사청은 청구인이 쟁점건물 3층의 용도 판정을 양도일 현재로 하면서도 쟁점주택부분은 매매계약일 현재의 용도로 판정해야 한다는 것이 모순된다고 주장하고 있지만 이는 법리에 대한 오해로 비롯한 주장일 뿐 청구인의 주장은 결코 모순이 아니다.
• 나) 앞서 제출한 청구이유서에서 설명해 드린 것처럼 양도소득세 비과세 규정은 양도일 현재를 기준으로 주택 수를 판단하여 1세대에서 1주택을 보유한 경우에만 적용하는 것이 확고히 자리 잡은 법리이다. 헌법 제38조는 “모든 국민은 법률이 정하는 바에 의하여 납세의 의무를 진다”고 규정하면서 제59조에서 “조세의 종목과 세율은 법률로 정한다”라고 규정하여 조세법률주의를 천명하고 있다. 대법원은 “조세법률주의의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석 하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다”라고 하여 조세법률주의의 하부개념으로 엄격해석의 원칙이라는 세법의 해석기준을 판시하면서도 특별한 사정이나 합리적 이유가 있다면 합목적적 해석을 할 수 있다는 가능성을 열어두고 있다(대법원 2009.2.12. 선고 2006두7904 판결 등 참조).
• 다) 한편 대법원은 종전의 주택이 도시계획사업의 시행으로 인하여 철거됨에 따라 나대지로 남게 된 주택의 부수토지를 양도하는 경우 종전의 주택에 대해 비과세를 적용할 수 없었던 사건에 대해 “원래 1세대 1주택에 부수되는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득이 비과세 소득이 되려면 양도당시 그 지상에 주택이 정착되어 있어야 하는 것임은 원심이 판시한 바와 같지만, 종전의 주택이 도시계획사업의 시행으로 인하여 철거됨에 따라 나대지로 남게 된 그 부수토지를 양도하는 경우에는, 적어도 종전의 주택이 철거될 당시 법 제5조 제6호 (자)목 소정의‘1세대 1주택’으로서의 비과세요건을 갖추고 있었던 이상, 그 후 그 부수토지가 나대지의 상태로 양도되었다는 이유만으로, ‘1세대 1주택’에 부수되는 토지가 아닌 것으로 보아 그 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여 소득세를 부과할 수는 없는 것이라고 해석하는 것이, 국세기본법 제18조 제1항 에 ‘세법의 해석·적용에 있어서는 과세의 형평과 당해 조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당히 침해되지 아니하도록 하여야 한다’고 규정된 세법해석의 기준에 합치되는 것”이라고 판시하였다(대법원 1992.5.12. 선고 92누1889 판결 참조). 이 사건 주택 수의 판정 시점을 법문 그대로 양도일 현재로 본다면 1세대 1주택 비과세를 적용하지 못하지만 주택이 철거되어 나대지 상태로 양도한 때에는 합목적적 해석(양도일 현재 주택이 존재하는 것으로 간주)을 할 수 있는 특별한 사정이 있는 것으로 본 것이다.
• 라) 이후 국세청은 “1세대 1주택에 해당되는 주택과 그 부수 토지를 소유하던 본인이 2주택과 부수 토지를 양도하면서 양도계약 후 매수자의 필요에 의해서 잔금청산 전에 주택을 근린생활 시설로 매수자가 공사를 하여 용도 변경 하였을 경우 1세대 1주택 비과세 여부의 찬정은 양도일 현재를 기준하지만 양도일 이전에 매매특약에 따라서 1세대 1주택 비과세 대상이 되는 주택을 근생으로 용도 변경하였을 경우에도 매매계약일 현재를 기준으로 하여 1세대 1주택 비과세 대상으로 판정할 수 있는지”를 묻는 질의에 “양도소득세가 비과세 되는 1세대 1주택의 판정은 원칙적으로 양도일 현재를 기준하는 것이나 매매계약의 특약사항으로 당해 주택의 매매대금을 청산하기 전에 매수자가 주택 외의 용도로 사용할 것을 약정한 경우에는 매매계약일 현재를 기준하여 판정할 수 있는 것”이라고 답하여 용도변경도 합목적적 해석이 가능한 특별한 사정에 포섭하는 공적인 견해를 밝혔다(재일 46014-517, 1997.3.7.). 또한, 소득세법 기본통칙(89-154…12)(이하 “쟁점통칙”이라 한다)도 “영 제154조 제1항의 규정에 따른 1세대 1주택 비과세의 판정은 양도일 현재를 기준으로 한다. 다만, 매매계약 후 양도일 이전에 매매특약에 의하여 1세대 1주택에 해당되는 주택을 멸실한 경우에는 매매계약일 현재를 기준으로 한다”라고 1997.4.8. 개정하였다.
• 마) 정리하자면 조세법률주의의 엄격해석 원칙에 따라 1세대 1주택 비과세를 적용하기 위한 주택 수 판정 기준일은 법문 그대로 양도일 현재이다. 예외적으로 양도일 이전 용도변경 등의 특별한 사정이 있는 때에는 1세대 1주택 비과세 규정에 대한 합목적적인 해석을 허용하고 양도일 현재에 1주택을 보유한 것으로 간주하여 비과세를 적용하는 것이다. “매매계약일 현재를 기준하여 판정할 수 있다”라는 의미는 그 용도가 주택이었는지를 판정하겠다는 의미로 국한하여 해석하여야 하고, 만약 양도 당시가 아닌 매매계약일로 앞당겨 비과세 여부를 판정한다면 이는 법문을 유추나 확장해석 나아가 축소해석하게 되어 조세법률주의를 위배하는 결과를 초래한다. 하지만 조사청은 매매특약으로 양도일 이전 주택에서 주택 외 건축물로 용도변경한 경우 양도일 현재가 아닌 매매계약일 당시로 판단기준일을 앞당겨 주택 수를 산정하겠다는 뜻으로 법리를 오해하고 있다.

2. 조사청이 근거로 삼은 조세심판원의 결정 사례 및 서울고등법원의 판례는 조사청의 주장과 관계가 없다.

• 가) 조사청은 조세심판원 결정 사례(2022.4.4. 결정 2022부148)를 근거로 청구인의 주장을 반박하고 있지만 결정문에는 이 사건 처분청의 “1세대 1주택 비과세와 다주택자 중과세율 적용 시 주택의 보유 시기를 달리 볼 이유가 없다”라는 주장에 대한, 이 사건 심판부의 판단이 전혀 없다. 결론적으로 이 사건 심판부는, 조사청의 주장대로 매매계약일을 기준으로 주택 수를 판단하여 기각한 것이 아니고 양도일 현재를 기준으로 판단한 것으로 이 사건 결정 취지는 청구인의 주장에 반하지 않는다.
• 나) 조사청이 근거로 제시한 서울고등법원 판결(2012.1.10. 선고 2011누3151)에 대해 살펴보면,조세특례제한법제66조제5항제1호에서 “양도일 이전에 매매계약조건에 따라 매수자가 형질변경, 건축착공 등을 한 경우 매매계약일 현재의 농지 기준”으로 양도소득세 감면 요건을 판단한 것은 법령에서 명확하게 예외 규정을 둔 것이므로, 이러한 예외적인 법문을 두고 있지 않은 경우에까지 유추 적용할 수 있는 판결이 아니고, 게다가 이 사건은 최종적으로 원고의 승리로 대법원에서 확정되었다. 조사청은 스스로의 주장과도 아무런 관계가 없는 판결을 근거로 잘못 제시하며 청구인의 주장을 반박하고 있다.

3. 관련 결정사례 및 판례

• 가) 조세심판원은 양도하는 주택(철거되어 토지로 양도한)에 대해서는 매매계약일 현재를 기준으로 용도를 판정하되 그 외 다른 주택까지 포함하여 매매계약일 현재를 기준으로 주택 수를 계산하는 것은 조세법률주의의 원칙을 위반하는 것이라고 결정하였다(2023.4.13. 결정 2023전0048 참조). 즉, 양도 당시를 기준으로 주택 수를 판정하되 매매특약에 따라 양도일 전 주택의 철거 또는 용도변경의 특별한 사정이 있다면 매매계약일 현재 비과세 요건을 충족한 주택이었다는 전제하에 철거 또는 용도변경 후에도 이를 주택으로 간주하는 것이다. 양도시기 원칙에 따라 양도 당시를 기준으로 주택 수를 판정하므로 양도하는 주택을 포함하여 1주택자가 아닌 경우에는 비과세를 적용하지 못하는 것으로 조사청의 논리에 따라 매매계약일을 기준으로 주택 수를 판정한다면 양도주택에 대해 일시적 2주택으로 비과세를 적용할 수 있어야만 한다.
• 나) 서울고등법원은 양도일 전 2층의 원상복구를 인정하여 이 사건 건물이 양도일을 기준으로 1세대 1주택인 다가구주택에 해당한다고 판단하면서 “매매계약 체결일을 기준으로 1세대 1주택에 해당하는지 여부를 판단하여야 한다는 피고의 주장은 위 구 소득세법 관련 규정에서 정한 비과세 대상의 범위를 축소시키는 것으로서 앞서 본 법리에 비추어 허용될 수 없다”라고 판시하였다(2022.8.17. 선고 2021누75636 판결). 결론적으로 양도일 전까지 주택으로 위법하게 사용하던 건물을 원상복구하여 양도일 현재 1세대 1주택 비과세 요건을 충족하였다면 양도소득세를 부과할 수 없다고 판단한 것이다.
• 다) 요약하자면 조세법률주의의 엄격해석원칙에 따라 1세대 1주택 양도소득세 비과세를 적용하기 위한 주택 수의 판정 시점은 법문대로 양도일 현재를 기준으로 판단하는 것이 일관된 법리지만 매매계약일 당시 주택을 매매특약에 따라 양도일 이전에 주택에서 주택 외의 용도로 변경하였더라도 매매계약일 당시 용도가 주택이었다면 이를 양도 당시 주택으로 보아 1세대 1주택 비과세를 적용할 수 있는 것이다. 이는 주택의 철거나 용도변경에 대해 특별한 사정이 있는 것으로 인정하여 납세자의 재산권을 침해하지 않도록 합목적적인 해석에 따라 법을 적용하도록 하는 예외적인 법리이다. 이러한 취지의 세법해석이나 국세행정의 관행은 1997.3.7. 국세청의 질의회신 이후 2022.10.21. 기획재정부의 새로운 행정해석(기획재정부 재산세과-1322)이 발표되기 전까지 약 25년간 불특정한 일반 납세자에게 정당한 것으로 이의 없이 받아들여져 납세자가 그와 같은 해석 또는 관행을 신뢰하는 것이 무리가 아니라고 인정될 정도에 이른 것이라 볼 수 있다. 청구인은 이러한 양도 시기의 원칙과 국세청의 공적 견해에 터잡아 쟁점주택의 양도차익에 대해 1세대 1주택 비과세를 적용하여 신고하였다.
• 라) 백번 양보하여 조사청의 주장대로 매매계약일을 기준으로 주택 수를 판정하는 것이 옳다고 가정하더라도 쟁점건물 3층은 2022.8.12. 마지막 임차인이 퇴거하였고 바로 다음 날인 2022.8.13. 철거업자가 집기, 비품, 취사시설, 화장실, 간이출입문 등을 모두 철거하고 매수법인과 2022.8.22. 매매계약을 체결하였다. 즉, 양도일 현재뿐만 아니라 2022.8.22. 매매계약일 현재에도 이미 쟁점건물 3층은 본래 공부상 용도와 일치하도록 원상복구를 한 상태이므로 쟁점주택부분은 매매계약일 현재 건축법시행령 [별표1]에 따른 다가구주택의 요건(주택으로 사용하는 층수가 3개 층 이하)을 충족한 것이다.

4. 입증책임에 대하여

• 가) 청구인은 “조사관서가 이를 번복될 개연성을 제시하였다면 공부상 용도로 변경하였다는 증빙은 납세자의 지배영역 안의 것”이라는 조사청의 주장에 십분 공감하여 쟁점세무조사 기간 조사청이 요구한 자료들을 빠짐없이 성실하게 제출하였고 양도일로부터 수일이 흘러 분실된 자료가 있을 뿐, 고의로 은폐한 사실이 전혀 없다. 청구인은 ① 매매계약일 전 임차인이 퇴거한 사실을 임차인에게 돌려준 임대보증금 계좌이체 내역 및 임대차계약서로 입증, ② 철거업자가 쟁점건물 3층을 철거하였다는 사실확인서 및 1톤 트럭 1대 철거물에 해당하는 용역비용의 송금내역으로 철거 사실을 입증, ③ 2022.12.1. 작성된 <건축허가조사 및 검사조서>로 쟁점건물 3층을 공부상 용도와 일치하도록 원상복구하여 기존 건축물의 위반된 부분이 없다는 사실을 입증하였다. 반면 조사청은 매매계약일 현재 쟁점건물 3층의 용도를 주택이라고 단정하면서도 청구인의 증거를 부정만 할 뿐 어떠한 근거도 제출하지 못하고 있음을 다시 한번 상기해 주기 바란다.
• 나) 철거업자 진술 번복에 대한 반박

(1) 철거업자 김*규는 쟁점건물 3층을 철거하면서 쟁점주택부분의 집기 비품도 일부 철거한 사실이 있는데, 쟁점건물의 3층의 싱크대와 변기, 간이출입문 등은 1톤 트럭 1대 분량에 현저히 미치지 못하는 양이므로 남은 용량은 쟁점주택부분의 집기 비품 일부를 함께 철거하면서 충당한 것이었다.

(2) 이는 3층을 철거하지 않았다는 근거로 볼 수 없고 진술을 번복한 것으로 인정하기 어렵다.

• 다) **구청의 용도변경 승인

(1) 건축법제27조는 제1항에서 “허가권자는 이 법에 따른 현장조사ㆍ검사 및 확인업무를 대통령령으로 정하는 바에 따라건축사법제23조에 따라 건축사사무소개설신고를 한 자에게 대행하게 할 수 있다”라고 규정하고 있고, 같은 법 제2항에서는 “제1항에 따라 업무를 대행하는 자는 현장조사ㆍ검사 또는 확인결과를 국토교통부령으로 정하는 바에 따라 허가권자에게 서면으로 보고하여야 한다”고 규정하고 있다.

(2) 이처럼 건축사법에 따라 건축사사무소개설신고를 한 자가 허가권자(특별시장ㆍ광역시장ㆍ특별자치시장ㆍ특별자치도지사 또는 시장ㆍ군수ㆍ구청장)의 현장조사․검사 및 확인업무를 대행하는 것은 법제화된 행정절차이다.

(3) 쟁점건물은 용도변경의 허가를 구하기 위해 이러한 제도에 따라 건축사사무소를 통해 현장조사를 받은 것으로 지방자치단체의 행정절차 결과를 부정하기 위해서는 이를 주장하는 자에게 입증책임이 있지만 조사청은 법제화된 행정절차의 결과를 근거도 없이 불신하고 있다.

(4) 결론적으로 청구인은 양도 당시뿐 아니라 이를 앞당겨 매매계약일 현재로 주택 수를 판정하더라도 쟁점건물 3층의 원상복구를 통해건축법상 위반 사실이 없음을, 구 소득세법상 주택이 아님을 객관적인 증거로 입증하였다.

(5) 따라서 이를 부정하기 위해서는 조사청이 반대되는 증거로써 입증하여야 함에도 현장조사 사진 한 장도 증거로 제출하지 못하고 있다.

5. 결어 조사청은 법 규정대로 양도일 현재를 기준으로 주택 수를 판단하여야함에도 법리를 오해하여 매매계약일을 기준으로 주택 수를 판정하고 있다. 청구인은 세무조사 당시 조사청에 성실히 협조하여 증거를 고의로 은닉한 사실이 없고 양도일 현재뿐만 아니라 매매계약일 현재에도 원상복구를 통해 쟁점건물 3층의 공부상 용도가 주택이 아님을 객관적인 증거로 입증하였다. 조사청이 이를 부정하고 과세하기 위해서는 이를 반증해야할 책임이 있음에도 증거를 제출하지 못하고 있으므로 본 청구를 채택해 주기 바란다.

• 가. 비과세 및 중과대상 주택 판단기준일

1. 청구인은 쟁점건물 3층의 이용현황의 판단에 있어 양도일을 기준으로 조사청이 주택으로 사용한 근거를 입증하여야 한다고 주장하면서도 매매계약일 이후 계약의 특약조건에 따라 주택에서 상가로 용도변경된 4층～6층의 쟁점주택부분에 대하여는 매매계약일을 기준으로 비과세로 주장하고 있다.

2. 하나의 매매단위로 거래한 쟁점건물을 청구인에게 유리하게 관철하기 위하여 쟁점주택부분은 매매계약일을 기준으로 비과세를, 쟁점건물 3층에 대하여는 양도일을 기준으로 하여 비과세 및 중과대상 여부를 판단하여야 한다는 모순된 주장을 하는 것이다.

3. 즉, 청구인은 쟁점부동산 매매계약일 현재 쟁점건물 3층은 공부상 학원시설임에도 주택으로 불법용도 변경하여 4가구 이상의 원룸으로 개조하여 주택으로 사용하여 왔음에도, 쟁점주택부분의 주택여부 판단과 달리 양도일을 기준으로 본래의 용도인 상가로 보아야 한다고 주장하는 것이다.

4. 뿐만아니라, 청구인이 쟁점건물 3층이 주택에서 학원으로 용도변경을 하였다는 입증책임이 있음에도 오히려 조사청에 입증책임이 있다고 주장하는 것은 비과세 및 감면에 있어서 공부와 다른 사용현황이 확인된 이상 공부상 용도로 사용하였다는 입증책임은 청구인에 있음을 오인하고 있는 것이다.

5. 이 사건과 유사한 사항에 대하여 심판원 등은 ‘매매계약의 특약에 따라 매수인의 책임하에 용도변경한 경우 비과세를 판정함에 있어 매매계약일을 기준으로 판정할 뿐 아니라 2주택이상의 중과세율의 판단에 있어서도 동일하게 매매계약일을 기준으로 판단하여야 한다’고 결정함으로써 비과세와 다주택자 중과세율 적용 시 유리한 결과를 도출하기 위하여 주택의 보유시기를 달리 볼 이유가 없음을 분명히 하고 있다(조심 2022.4.4. 결정 2022부0148, 서울고동법원 2012.1.10. 선고 2011누3151 판결 같은 뜻)

6. 아울러, 청구인은 쟁점부동산 매매계약일을 2022.8.22.이라는 주장이나, 쟁점건물의 비과세 및 중과대상 판정기준인 매매계약일은 매매대금 90억원중 9억원을 수령한 2022.3.14.로 보아야 할 것이다(21 쪽 2022.3.14. 부동산매매 가계약서 발췌 참조). 청구인은 쟁점건물 3층 임차인을 명도완료하는 시점에 본 계약을 체결하기도 한다는 가계약 특약(14항 “본 건물에 대하여 매도인이 3층 임차인을 명도완료하는 시점에 본 계약을 체결하기로 한다”)에 따라 별도의 대금수반 없이 2022.8.22. 매매계약서를 재작성하였을 뿐임에도 이러한 사실을 은폐하기 위하여 계약금 수령일이 2022.3.14.임에도 매매계약서상에는 2022.8.22.일을 계약금 지급일로 기재한 것이다(19 쪽 2022.8.22. 매매계약서 기재내역 발췌 참조).

• 나. 입증책임

1. 앞서 살핀바와 같이 쟁점건물의 주택부분에 관한 비과세 및 중과대상 판단은 쟁점부동산의 매매계약일을 기준으로 판단하여 주택으로 4개층(쟁점주택부분과 쟁점상가부분 중 3층)을 사용한 이상건축법상 다가구에 해당하지 아니한 사실이 명확하게 확인되고 있어 입증책임을 살펴볼 실익이 없다.

2. 양도소득세의 비과세요건을 충족하고 있다는 사실에 관하여는 특별한 사정이 없는 한 납세의무자에게 입증책임이 있는 것이며(대법원 2005.12.23. 선고 2005두8443 판결 같은 뜻), 쟁점건물과 같이 공부상 이용현황과 실질이 다른 상황에 관하여 조사청이 주택전입내역 및 임차인 거주현황, 내부 주거환경 등을 확인하여 소명요구함으로써 공부상용도로 사용하였을 것이라는 추정에 관하여 조사청이 이를 번복될 개연성을 제시하였다면 공부상 용도로 변경하였다는 증빙은 납세자의 지배영역 안의 것들로 납세자는 입증책임을 부담하여야 한다.

3. 그럼에도 불구하고, 일관되게 쟁점건물 3층에 대하여만 양도일 현재의 상황으로 주택이 아니라고 주장하면서도 청구인은 조사청의 조사해명요구 에 반박할 입증자료를 제시하지 아니한 채 관련증빙을 폐기하였다고 주장하면서 입증책임을 조사청에 전가하고 있는 것이다. 명확한 주택철거 내역에 관한 현황사진, 철거업자 김*규의 진술번복 사실(3층만을 철거한 사실이 없음), **구청이 쟁점건물의 용도변경에 대하여 현황조사 실시 없이 서류상 심사만으로 용도변경을 승인한 사실에 대한 유선확인 등

• 다. 결론

1. 이상과 같이 쟁점건물은 매매특약에 따라 매매계약 이후 공부상 주택인 4층～6층을 상가로 용도변경하였으므로 쟁점주택부분의 비과세 및 중과세 여부는 매매계약일 현재의 실제 용도에 따라 판단하여야 하는 것이다.

2. 매매계약 당시 쟁점건물 3층은 원룸으로 4인에 임대하여 주거시설이 완벽한 상태로 상시주거가 가능한 주택임을 확인한 이상 쟁점건물 중 3층～6층은 건축법상 다가구가 아닌 다세대에 해당하므로 당초 신고를 부인하고, 청구인이 거주한 5층만을 1세대 1주택 비과세로 본 것은 적법하다.

• 라. 추가 의견

1. 청구인의 주택수의 판정은 양도일 현재를 기준으로 한다는 주장에 대하여

• 가) 청구주장의 모순

(1) 청구인은 하나의 매매단위로 거래한 쟁점건물에 대한 과세대상판정, 중과세율 적용 주택수 산정 및 1세대 1주택 비과세에 있어 주택에서 상가로 용도변경하는 경우 판단기준일을 정함에 있어 쟁점건물은 매매계약의 특약에 따른 매수인의 요구에 따라 매매계약이후 주택을 상가로 용도변경할 경우 매매계약일 현재 주택으로 사용한 사실을 근거로 공부상 주택인 쟁점주택부분을 매매계약일 현재 다가구로 보아 비과세를 적용하는 한편, 쟁점건물의 3층에 대하여는 매매계약일 현재 주택으로 사용중임에도 이를 쟁점주택부분의 비과세 적용에 있어서는 반영하지 아니한 채 다른 상가와 함께 양도일 현재의 이용현황에 따라 과세대상 및 용도를 판정하여야 한다는 이중적이고 모순된 논리를 재차주장하고 있다.

(2) 즉 청구인의 주장은 실질 이용현황에 따라 쟁점상가 3층은 쟁점주택부분의 비과세 판단 기준일인 매매계약일 현재 비과세 및 주택수산정, 건축법에 정한 주택의 유형 등의 판정에 반영함이 타당함에도 청구인에게 유리한 부분만을 취사선택하여 양도일을 기준으로 세법을 적용하여야 한다는 것이다.

• 나) 실질과세 및 조세법률주의(세법해석의 원칙)

(1) 청구인의 주장대로 주택수의 판정은 양도일 현재 상황으로 보는 것이 원칙이나, 매매계약 특약으로 매수인의 요구에 따라 용도를 변경하는 경우 매매계약일 현재 이용현황에 따라 과세요건을 포섭하는 것이 수년간의 누적된 소득을 대상으로 하는 양도소득에 있어국세기본법제14조에 정한 실질에 부합할 뿐 아니라 공평과세 및 조세법률주의에 충실한 것으로 “매매계약일 현재를 기준으로 1세대1주택 비과세를 판단함에 있어 과세대상물 전체를 고려하지 아니한 채 임의로 일부건물만을 대상으로 한정(쟁점주택부분)하여 비과세를 판정하면서 이를 엄격해석에 부합한다”는 청구인의 주장이야말로 유추내지 확장해석에 불과하다 할 것이다.

2. 청구인이 제시한 결정사례에 대한 의견

• 가) 조세심판원 결정(2023.4.13. 결정 2023전0048)은 양도물건 이외의 주택을 포함한 데 대한 판단으로 이번 사건과 핵심적인 차이가 있어 관련사례로 적용하기 어렵다.
• 나) 서울고등법원 판례(2021.11.24. 선고 2021누75636)은 임의로 용도변경한 사안에 관하여 양도일을 기준으로 판단한 것일 뿐 용도변경 특약을 담고있지 아니하여 이번 사안의 관련사례로 적용하기 어렵다.

3. 입증책임이 조사관청에 있다는 주장에 대하여

• 가) 조사청은 쟁점건물 3층이 2017년 불법용도변경 이후 2018년 위반건축물 해제가 되었지만 2018년 이후 매매계약일까지 임차인의 주민등록전입현황을 확인하여 청구인에게 세입자의 보증금 반환내역과 함께 3층의 주택시설에 대한 원상복구 및 철거내역을 요구하였다(21 쪽 3층 주민등록 전입현황 참조).
• 나) 청구인은 쟁점건물 3층의 용도변경에 관하여 부동산매매 및 개발업에 종사하는 장남인 윤호와 거래관련인인 폐기물 운반업자 김규의 확인서를 제출하였으나 확인결과 김*규는 쟁점건물 3층의 철거물을 운반한 것이 아니라 용도변경 공사한 쟁점주택부분의 폐기물과 함께 3층의 일부 집기비품과 가구 등을 운반한 것이라고 확인하였다(붙임2 폐기물운반업자의 확인서(조사청 제출) 참조).
• 다) 이에 조사청은 청구인에 복구공사 사실을 입증할 관련자료의 제출을 수차례 요구하였으나, 현재까지 자료제출을 하지 못하면서 입증책임만을 주장하는 것은 청구인에게 불리한 자료임을 스스로 인정하고 있는 것이다.
• 라) 필요경비는 청구인의 지배영역안의 것으로 이 사건과 같이 청구인이 쟁점주택부분의 비과세를 주장하기 위하여는 쟁점상가부분 중 수년간 주택으로 임대한 쟁점건물 3층의 실제 사용현황이 상가임을 동시에 입증하여야 하는 것으로, 매매계약일부터 잔금일까지 기간 중 주택에서 상가(입시학원)로 원상복구 및 기존주택시설 등의 철거내역을 제시함으로써 입증할 책임이 비과세를 주장하는 청구인에게 있음에도 청구인은 현재 쟁점건물이 새로 신축공사가 진행중인 점을 이용하여 이러한 사실을 알고 은페하고 있다.
• 마) 즉 매매특약에 따라 매수인은 계약의 조건인 4층〜6층만을 매수인의 부담으로 용도변경에 소요된 경비를 지출한 것으로 파악되고 있어 쟁점건물 3층의 기존주거시설에 대한 철거공사를 이행하였다면 청구인이 공사업체를 지정하여 비용을 부담하였을 것이다.
• 바) 그럼에도 불구하고 청구인은 이에 대한 증빙을 제시하지 아니한 채 조사청의 입증책임만을 주장하는 것은 청구인 스스로 용도변경공사를 이행한 사실이 없이 단순히 가구 집기 등의 비품만을 철거하여 일시적으로 공실상태에 불과할 뿐 주거기능이 그대로 유지된 주택으로 사용할 수 있는 상태임을 인정하고 있는 것이다.
• 사) 나아가, 주거기능이 유지되는지 여부의 판단은 매매계약일 현재로 보아야 할 것이어서 양도일 이전 용도변경에 관한 입증여부는 더이상 논의의 실익이 없는 것이다.

• 가. 쟁점 쟁점건물 3층은 주택을 철거하였고 4층부터 6층까지는 다가구주택에 해당하므로 1세대 1주택 비과세 대상이라는 주장의 당부
• 나. 관련 법령 1) 국세기본법 제18조 【세법해석의 기준 및 소급과세의 금지】(2022.12.31. 법률 제19189호로 일부 개정된 것)

① 세법을 해석ㆍ적용할 때에는 과세의 형평(衡平)과 해당 조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당하게 침해되지 아니하도록 하여야 한다. 2) 소득세법 제88조 【정의】(2022.12.31. 법률 제19196호로 일부 개정된 것) 이 장에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

7. "주택"이란 허가 여부나 공부(公簿)상의 용도구분과 관계없이 사실상 주거용으로 사용하는 건물을 말한다. 이 경우 그 용도가 분명하지 아니하면 공부상의 용도에 따른다. 2-1) 소득세법 시행령 제152조의4 【주택의 범위】(2024.2.29. 대통령령 제34265호로 일부개정된 것) 법 제88조제7호 전단에서 "대통령령으로 정하는 구조"란 세대별로 구분된 각각의 공간마다 별도의 출입문, 화장실, 취사시설이 설치되어 있는 구조를 말한다. 3) 소득세법 제89조 【비과세 양도소득】

① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 "양도소득세"라 한다)를 과세하지 아니한다.

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(주택 및 이에 딸린 토지의 양도 당시 실지거래가액의 합계액이 12억원을 초과하는 고가주택은 제외한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 "주택부수토지"라 한다)의 양도로 발생하는 소득

• 가. 1세대가 1주택을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 주택 3-1) 소득세법 시행령 제154조 【1세대1주택의 범위】(2022.12.31. 대통령령 제33207호로 일부개정된 것, 이하 같다)

① 법 제89조제1항제3호가목에서 "대통령령으로 정하는 요건"이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우는 3년) 이상인 것[취득 당시에주택법제63조의2제1항제1호에 따른 조정대상지역(이하 "조정대상지역"이라 한다)에 있는 주택의 경우에는 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우에는 3년) 이상이고 그 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것]을 말한다. 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 제1호부터 제3호까지의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 보유기간 및 거주기간의 제한을 받지 않으며 제5호에 해당하는 경우에는 거주기간의 제한을 받지 않는다. 3-2) 소득세법 시행령 제155조 【1세대1주택의 특례】

⑮ 제154조제1항을 적용할 때 건축법 시행령별표 1 제1호다목에 해당하는 다가구주택은 한 가구가 독립하여 거주할 수 있도록 구획된 부분을 각각 하나의 주택으로 본다. 해당 다가구주택을 구획된 부분별로 양도하지 아니하고 하나의 매매단위로 하여 양도하는 경우에는 그 전체를 하나의 주택으로 본다. 3-3) 소득세법 시행령 제156조 【고가주택의 범위】

① 법 제89조제1항제3호 각 목 외의 부분을 적용할 때 1주택 및 이에 딸린 토지의 일부를 양도하거나 일부가 타인 소유인 경우로서 실지거래가액 합계액에 양도하는 부분(타인 소유부분을 포함한다)의 면적이 전체 주택면적에서 차지하는 비율을 나누어 계산한 금액이 12억원을 초과하는 경우에는 고가주택으로 본다. <개정 2022.2.15>

② 법 제89조제1항제3호 각 목 외의 부분에 따른 고가주택의 실지거래가액을 계산하는 경우에는 제154조제3항 본문에 따라 주택으로 보는 부분(이에 부수되는 토지를 포함한다)에 해당하는 실지거래가액을 포함한다.

③ 제155조제15항에 따라 단독주택으로 보는 다가구주택의 경우에는 그 전체를 하나의 주택으로 보아 법 제89조제1항제3호 각 목 외의 부분을 적용한다. <개정 2022.2.15> 3-4) 소득세법 기본통칙 89-154…12 【 매매특약이 있는 주택의 1세대 1주택 비과세 판정 】(개정 1997.4.8., 삭제 2024.3.15.) 영 제154조 제1항의 규정에 따른 1세대1주택 비과세의 판정은 양도일 현재를 기준으로 한다. 다만, 매매계약 후 양도일 이전에 매매특약에 의하여 1세대1주택에 해당되는 주택을 멸실한 경우에는 매매계약일 현재를 기준으로 한다. 3-5) 건축법 시행령 별표1【용도별 건축물의 종류】(개정 2022.12.6.)

1. 단독주택[단독주택의 형태를 갖춘 가정어린이집·공동생활가정·지역아동센터ㆍ공동육아나눔터(아이돌봄 지원법제19조에 따른 공동육아나눔터를 말한다. 이하 같다)ㆍ작은도서관(도서관법제4조제2항제1호가목에 따른 작은도서관을 말하며, 해당 주택의 1층에 설치한 경우만 해당한다. 이하 같다) 및 노인복지시설(노인복지주택은 제외한다)을 포함한다]

• 다. 다가구주택: 다음의 요건을 모두 갖춘 주택으로서 공동주택에 해당하지 아니하는 것을 말한다.

1. 주택으로 쓰는 층수(지하층은 제외한다)가 3개 층 이하일 것. 다만, 1층의 전부 또는 일부를 필로티 구조로 하여 주차장으로 사용하고 나머지 부분을 주택(주거 목적으로 한정한다) 외의 용도로 쓰는 경우에는 해당 층을 주택의 층수에서 제외한다.

2. 1개 동의 주택으로 쓰이는 바닥면적의 합계가 660제곱미터 이하일 것

3. 19세대(대지 내 동별 세대수를 합한 세대를 말한다) 이하가 거주할 수 있을 것

2. 공동주택[공동주택의 형태를 갖춘 가정어린이집·공동생활가정·지역아동센터ㆍ공동육아나눔터ㆍ작은도서관·노인복지시설(노인복지주택은 제외한다) 및 주택법 시행령제10조제1항제1호에 따른 소형 주택을 포함한다]. 다만, 가목이나 나목에서 층수를 산정할 때 1층 전부를 필로티 구조로 하여 주차장으로 사용하는 경우에는 필로티 부분을 층수에서 제외하고, 다목에서 층수를 산정할 때 1층의 전부 또는 일부를 필로티 구조로 하여 주차장으로 사용하고 나머지 부분을 주택(주거 목적으로 한정한다) 외의 용도로 쓰는 경우에는 해당 층을 주택의 층수에서 제외하며, 가목부터 라목까지의 규정에서 층수를 산정할 때 지하층을 주택의 층수에서 제외한다.

• 다. 다세대주택: 주택으로 쓰는 1개 동의 바닥면적 합계가 660제곱미터 이하이고, 층수가 4개 층 이하인 주택(2개 이상의 동을 지하주차장으로 연결하는 경우에는 각각의 동으로 본다) 4) 소득세법 제98조 【양도 또는 취득의 시기】 자산의 양도차익을 계산할 때 그 취득시기 및 양도시기는 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우를 제외하고는 해당 자산의 대금을 청산한 날로 한다. 이 경우 자산의 대금에는 해당 자산의 양도에 대한 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 양수자가 부담하기로 약정한 경우에는 해당 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액은 제외한다. 4-1) 소득세법 시행령 제162조 【양도 또는 취득의 시기】

① 법 제98조 전단에서 "대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우"란 다음 각 호의 경우를 말한다.. 1. 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 등기부ㆍ등록부 또는 명부 등에 기재된 등기ㆍ등록접수일 또는 명의개서일

2. 대금을 청산하기 전에 소유권이전등기(등록 및 명의의 개서를 포함한다)를 한 경우에는 등기부ㆍ등록부 또는 명부등에 기재된 등기접수일 5) 건축법 제27조 【현장조사․검사 및 확인업무의 대행】(2021.10.19. 대통령령 제18508호로 일부개정된 것)

① 허가권자는 이 법에 따른 현장조사ㆍ검사 및 확인업무를 대통령령으로 정하는 바에 따라 건축사법제23조에 따라 건축사사무소개설신고를 한 자에게 대행하게 할 수 있다.

② 제1항에 따라 업무를 대행하는 자는 현장조사ㆍ검사 또는 확인결과를 국토교통부령으로 정하는 바에 따라 허가권자에게 서면으로 보고하여야 한다.

• 다. 사실관계

1. 다툼이 없는 사실관계

• 가) 사건 진행이력(표생략)
• 나) 쟁점부동산 매매현황

(1) 쟁점건물은 지하1층 지상6층 건물로 일반건축물대장에 기재된 층별 용도는 아래와 같다. < 쟁점건물의 건축물 관리대장상 층별 용도 >(표생략)

(2) 쟁점건물 등기사항전부증명서에는 청구인이 2001.6.1. 청구외 윤성과 함께 각각 지분 1/2를 취득하였고, 2004.2.24. 윤성 지분 1/2 중 1/100 증여받고 2013.1.23. 나머지 지분 모두를 소유권 이전받은 사실이 확인된다. < 쟁점건물 등기사항전부증명서 >(표생략)

(3) 2022.8.22. 쟁점부동산의 매매계약서에는 계약금 900백만원은 계약당일 지급하고, 잔금은 2023.1.6. 지급하고, 특약사항에는 ‘쟁점건물 3층〜6층을 2022.10.31. 전까지 명도하고, 4층〜6층의 용도를 잔금일 전까지 매수인 부담하에 주택에서 근린생활시설로 용도변경한다’고 기재되어 있으며, 쟁점건물 3층의 용도는 ‘교육연구시설(비입시계학원)’이라고 기재되어 있다. < 2022.8.22. 쟁점부동산 매매계약서 >(표생략)

• 다) 쟁점부동산 양도소득세 신고 및 수정신고 현황

(1) 청구인은 2023.3.21. 쟁점부동산 양도에 대하여 쟁점주택부분은 1세대1주택 고가주택 비과세, 장기보유특별공제는 쟁점주택부분 10년이상 보유․거주로 80%, 쟁점상가부분 15년이상 보유 30% 적용, 양도소득세 쟁점주택부분 108백만원, 쟁점상가부분 1,385백만원으로 각각 별도 계산 예정신고하였다.

(2) 청구인은 2023.8.31. 쟁점건물 취득가액 중 미차감한 감가상각비누계액(쟁점주택부분 28,514천원, 쟁점상가부분 56,324천원)을 각각 차감하여 쟁점주택부분 1,476천원, 쟁점상가부분 17,742천원의 양도소득세를 추가납부한다고 수정신고하였다. < 예정신고 및 수정신고 내역 비교 >(표생략)

• 라) 양도소득세 조사 결과

(1) 조사청은 2024.4.28.부터 2024.5.15.까지 청구인에 대한 양도소득세조사를 실시하였고, 환산취득가액 과다산정 80,109천원, 쟁점주택부분 비과세 부인 50,517천원, 다주택자 장기보유특별공제 부인 1,774,307천원 등을 적출하여 2024.5.27. 청구인에게 2023년 과세연도 양도소득세 1,101,880천원(가산세 184,417천원 포함)을 과세한다는 세무조사결과를 통지하였다.

(2) 조사청은 쟁점건물의 환산취득가액을 쟁점주택부분 47,157천원, 쟁점상가부분 32,954천원 과다하게 산정한 사실을 확인하였다.

(3) 조사청은 쟁점건물이 2022.3.14. 매매계약일 현재 4개층이 주택으로 사용되어 다가구주택 아닌 다세대주택에 해당하는 것으로 판단하여 청구인의 쟁점주택부분에 대한 1세대 1주택 비과세 신고를 부인하고, 쟁점주택부분 중 청구인이 거주한 쟁점건물 5층만 1세대 1주택으로 보아 비과세 결정하였다. (가) 조사청은 청구인이 2022.8.22. 본계약 체결 이전인 2022.3.14. 가계약을 체결하고 계약금 900백만원을 수령한 사실을 확인하였고 2022.3.14.을 부동산 매매계약일로 판단하였다. (나) 조사청은 계약일을 기준(소득세법 시행규칙 89-154…12) 으로 쟁점건물 3층의 임대차관계 및 내부현황 등을 확인하여 공부상 교육연구시설이나 실제는 주택(4가구)로 사용되었고, 매매계약 조건에 따라 명도하였다고 하더라도 상시주거가 가능한 주택으로 판단하였다. < 쟁점부동산의 공부상 현황 및 계약일 현재 실제현황 >(표생략) < 조사종결보고서 중 일부발췌 >(표생략)

(4) 청구인은 조사기간이 종료된 2024.5.22. 쟁점주택부분과 쟁점상가부분을 합산하여 양도소득세 40,685천원을 추가로 납부한다는 양도소득세 확정신고를 하였다. < 확정신고 및 조사결정 내역 비교 >(표생략)

2. 청구인 주장 및 증빙자료 검토

• 가) 청구인은 쟁점부동산 매매계약일은 2022.8.22.로 쟁점건물은 용도변경 예정되어 있어 매매계약 이행을 위해 2022.8.12.까지 임차보증금을 반환하고 퇴거시켰다고 주장하면서 쟁점건물 3층의 임대차계약서 4매, 보증금반환 계좌이체내역 등을 제출하였고 그 내용을 정리하면 아래와 같다. < 매매계약일(22.8.22.) 당시 3층 임차인 현황 >(표생략) < 3층 임차인 임대보증금 반환내역 >(표생략)
• 나) 청구인이 제출한 2022.12.1.자 건축사 천환(유건축사사무소)이 **구청에 제출한 ‘건축허가조사 및 검사조서’에는 작성자의 날인은 없으나. ‘기존건축물에 위반된 부분이 없음’으로 기재되어 있다(붙임1 참조).
• 다) 청구인이 제출한 쟁점건물 ‘일반건축물대장(을)변동사항’에는 쟁점건물 3층 위반건축물이 2018.4.23.과 2018.5.21. 해제되었고, 2022.12.5. 쟁점주택부분이 근린생활시설(사무소)로 용도변경되었다고 기재되어 있다. < 일반건축물대장(을)변동사항 발췌 >(표생략)
• 라) 청구인이 제출한 ‘2024.5.17. 철거업자의 사실확인서’에는 ‘쟁점건물 3층 의 싱크대 등의 폐기물 처리를 의뢰받아 현금 30만원을 받고 처리한 사실이 있다’고 기재되어 있으나, 첨부된 거래명세서는 제출되지 아니하였다. 국세청 전산시스템에 따르면 김규는 2019.11.15. 개업한 폐기물처리업자(7-4-0)로 확인되며, 청구인이 제출한 철거비용 이체내역에는 청구인의 아들 윤호의 농협계좌(35110945***)에서 2022.8.13. 300천원이 김규에게 이체된 사실이 확인된다. < 2024.5.17. 철거업자의 사실확인서 >(표생략)
• 마) 청구인이 제출한 ‘폐기물중고판매입금내역’에 따르면 2022.11.14. 중고재활용센터(홍길, 2014-1-87)에서 90천원을 청구인의 국민은행(3600157)으로 입금받은 사실이 확인된다.
• 바) 그 외에 청구인이 제출한 ‘2024.6.19. **구청 정보공개’ 자료는 매매계약일인 2022.8.22. 및 양도일인 2023.1.6. 쟁점건물 3층 사용현황과 관련이 없는 자료로 검토를 생략한다.

3. 조사청 주장 및 증빙자료 검토

• 가) 조사청이 제출한 ‘2022.3.14. 부동산 매매 가계약서’는 2022.8.22. 매매계약서(19 쪽 참조)와 제목, 매매대금 지급일자, 특약사항 ⑧,⑨,⑭의 내용만 다르고 나머지는 같으며, ⑭에는 쟁점건물 3층 임차인 명도완료 시점에 본 계약을 체결한다고 기재 되어 있고, 청구인의 국민은행 계좌로 2022.3,14. 가계약금 900백만원을 받은 사실이 확인된다. < 2022.3.14. 부동산매매 가계약서 발췌 >(표생략)
• 나) 조사청이 제출한 ‘3층 주민등록 전입현황’에는 쟁점건물 3층에 2010년부터 임차인들이 주민등록을 전입하였고, 301호부터 303호까지 주택으로 임차한 사실을 전화확인한 것으로 기재되어 있고, ‘매매계약일(2022.3.14.) 현재 3층 임차인 현황’은 청구인 제출자료(20 쪽 참조)와 달리 304호 최종 임차인이 채수가 아닌 김진이 2021.9.7.-2022.7.28.까지 거주한 것으로 기재되어 있다. < 3층 주민등록 전입현황 >(표생략) < 매매계약일(2022.3.14.) 현재 3층 임차인 현황 >(표생략)
• 다) 조사청이 제출한 ‘폐기물운반업자의 확인서(조사청 제출)’에는 폐기물 내역에 대하여 ‘싱크대, 장롱, 그밖의 생활폐기물 수거함’, 몇층의 폐기물을 운반하였는지에 대하여 ‘3층, 4층 원룸안 폐기물을 수거’라고 답변을 기재하고 있다(붙임2 폐기물운반업자 확인서(조사청 제출) 참조).

4. 심리담당자 확인내용 심리담당자가 네이버 지도 로드맵에서 쟁점건물 3층의 외관을 확인한 결과, 2022.1월에는 에어컨실외기와 보일러의 연통이 보이고, 청구인이 3층을 철거하였다는 2022.8.13. 이후인 2022.10월에는 에어컨실외기는 보이지 않고 보일러 연통만 보이며, 쟁점부동산 매매이후 인 2023.4월에는 보일러 연통도 보이지 않고, 2024.4월에는 리모델링을 완료한 것으로 확인된다. <쟁점건물 3층 외관사진>(표생략)

• 라. 판단

1. 관련 법리 및 규정 가)소득세법제88조제7호에서는 ‘주택이란 허가 여부나 공부(公簿)상의 용도구분과 관계없이 사실상 주거용으로 사용하는 건물을 말한다. 이 경우 그 용도가 분명하지 아니하면 공부상의 용도에 따른다.’라고 규정하고 있고, 같은 법 제89조제1항에서는 ‘1세대가 1주택을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 주택의 양도로 발생하는 소득은 과세하지 아니한다’라고 규정하면서, 같은 법 시행령 제154조제1항은 ‘대통령령으로 정하는 요건이란 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 해당 주택의 보유기간이 2년 이상인 것을 말한다’라고 규정하고 있다.

• 나) 반면, 소득세법 기본통칙 89-154…12에서는 ‘영 제154조 제1항의 규정에 따른 1세대1주택 비과세의 판정은 양도일 현재를 기준으로 한다. 다만, 매매계약 후 양도일 이전에 매매특약에 의하여 1세대1주택에 해당되는 주택을 멸실한 경우에는 매매계약일 현재를 기준으로 한다.’라고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제155조제15항은 ‘다가구주택은 한 가구가 독립하여 거주할 수 있도록 구획된 부분을 각각 하나의 주택으로 보되, 다가구주택을 구획된 부분별로 양도하지 아니하고 하나의 매매단위로 하여 양도하는 경우에는 그 전체를 하나의 주택으로 본다’라고 규정하고 있다.
• 다) 반면, 용도별 건축물의 종류를 규정한 건축법 시행령 별표1제1호제다목에서는 ‘다가구주택은 1) 주택으로 쓰는 층수(지하층 제외)가 3개 층 이하일 것, 2) 1개 동의 주택으로 쓰이는 바닥면적의 합계가 660제곱미터 이하일 것, 3) 19세대 이하가 거주할 수 있을 것이라는 요건을 모두 갖춘 주택으로서 공동주택에 해당하지 아니하는 것’이고, 제2호제다목에서 ‘공동주택인 다세대주택은 주택으로 쓰는 1개 동의 바닥면적 합계가 660제곱미터 이하이고, 층수가 4개 층 이하인 주택’이라고 규정하고 있다.

2. 쟁점건물은 다가구 주택에 해당하는 것으로 볼 수 있는지

• 가) 앞서 본 법리와 사실관계를 종합하여 인정되는 아래의 사실과 사정에 따르면, 청구인의 쟁점건물 3층은 양도일을 기준으로 주택에 해당하지 않으므로 쟁점주택부분은 매매계약일 현재 1세대1주택인 다가구주택으로 보아 비과세를 적용하여야 한다는 주장은 받아들이기 어렵다. (1) ｢소득세법 시행령｣ 제154조제1항 에 따라 1세대 1주택 비과세 판정은 ‘양도일’을 기준으로 판단함이 원칙이나, 매매계약 후 양도일 이전에 매매특약에 의하여 1세대 1주택에 해당하는 주택을 멸실한 경우 매매계약일 현재를 기준으로 판단하여야 하고(소득세법 기본통칙 89-154…12), 1세대 2주택 이상 중과 규정을 적용함에 있어서도 이와 다르다고 보기 어렵다(재산세과-2830, 2008.9.17. 외 다수 같은 뜻).

(2) 법령에 따른 매매계약일을 언제로 보아야 하는지 살펴보면, 2022.3.14. 작성된 매매가계약서에는 건물 및 토지의 부분별 가액이 확정되어 있지 않고, 별도로 본 계약서를 작성하기로 기재되어 있고, 매매가계약서가 2022.8.22. 작성된 본 계약서의 내용이 다른 사실로 보아 조사청의 주장처럼 매매가계약서 작성일을 매매계약서 작성일이라고 보기는 어려운 것으로 판단된다.

(3) 이에 따라, ① 쟁점건물 3층에는 2010년부터 2022.8.12.까지 주민등록 상 전입하여 주택으로 사용한 사실이 확인되는 점, ② 폐기물처리업자의 사실확인서에 따르더라도 싱크대, 장롱 등 폐기물을 운반하였다는 것만 확인될 뿐 주거에 필요한 화장실, 난방시설 등을 철거하였다는 증빙자료는 제출하지 못하고 있는 점, ③ 쟁점부동산 매매계약일 이후 인 2022.10월 기준 네이버 로드뷰에서도 쟁점건물 3층에 보일러 연통이 확인되고 있는 점, ④ 청구인이 제출한 ‘2022.12.1. 건축허가조사 및 검사조서는 검사자의 서명이 없고, 단순하게 쟁점건물에 위반된 부분이 없다’고 만 기재되어 있어 실재 현장을 확인한 사진 등 자료는 제출되지 아니한 점 등에 비추어 보면 2022.8.22. 매매계약일 현재 쟁점건물 3층은 주거용으로서 주거에 적합한 상태에 있고 주거기능이 그대로 유지·관리되고 있다고 봄이 타당하므로 쟁점부동산은 2022.8.22. 매매계약일 현재 3층부터 6층까지 4개 층을 주택으로 사용하고 있으므로 다세대주택에 해당한다고 봄이 타당하다.

• 나) 이에 따라 통지관서가 이 사건 세무조사결과통지를 하면서 쟁점건물 3층을 주택의 양도에 해당하므로 쟁점건물은건축법상 4층 이상을 주택으로 사용하는 다세대주택으로 판단한 것에는 잘못이 있는 것으로 판단된다.

이 건 과세전적부심사청구는 청구주장을 받아 들일 수 없으므로 국세기본법 제81조의15 제5항 제1호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다. (붙임 1~2 생략)